生物科学总论
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Ｑ生物科学总论 ２００８１０４０１ ０ 生命之树的原核枝… 一组分矢量方法的贡献＝Ｐｒｏｋａｒｙ— ｏｔｉｃ ｂｒａｎｃｈ ｏｆ ｔｈｅ ｒｌ１ｒｅｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ：Ａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ｖｅｃｔｏｒ ａｐｐｒｏａｃｈｌ英Ｊ／郝柏林（Ｔ Ｌ ｆｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｅｎｔｅｒ Ｆｕｄａｎ Ｕｎｉｖｍ‘ｓｉｔｙ Ｓｈａｎｇｈａｉ ２００４３３；Ｃｈｉｎａ），高雷／／植物分类学 报．一２００８，４６（３）．一２５８～２６２ Ｔｈｅ Ｃｏｒｎｐｏｓｉｔｉｏｎ Ｖｅｃｔｏｌ’ Ｉ、‘ｅｅ（ＣＶＴｒｅｅ）ｉｓ ａ ｐａｒａｍｅｔｅｒ— ｆｉ－ｃｅ ａｎｄ ａｌｉｇｎｒｎｅｎｔ－－仟ｃｅ ｍｅｔｈｏｄ ｔｏ ｉｎｆｅｒ ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃ ｐｈｙ— Ｉｏｇｅｎｙ ｆｒＯｍ ｔｈｅｉｌ‘ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｇｅｎｏｍｅｓ．Ｉｔ ｉｓ ｄｉｓｔｉｎｃｔ ｆＴｏｍ ｔｈｅ ｔｌ’ａｄ ｔｉＯｌｌａ１ ｌ ６Ｓ ｒＲＮＡ ａｎａ１ｙｓｉｓ ｉｎ ｂｏｔｈ ｔｈｅ ｉｎｐｕｔ ｄａｔａ ａｎｄ ｔｈｅ ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｙ．Ｔｈｅ ｐｒｏｋａｌ‘ｙｏｔｉｃ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅｓ ＣＯＩｌ— ｓｔｒｕｃｔｅｄ ｂｙ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ＣＶ＿ｒＩ．ｅｅ ｍｅｔｈｏｄ ａｇｌ‘ｅｅ ＷｅＩ１ ｗｉｔｈ ｔｈｅ Ｂｅｌ’ｇｅｙ’ｓ ｔａｘｏｎｏｍｙ １１］ａｌｌ ｍａｊｏｌ’ｇｌ‘ｏｕｐｉｎｇｓ ａｎｄ ｆｉｎｅ ｂｒａｎｃｈ— ｉｌａｇ ｐａｔｔｅｌ’ＩＩＳ Ｔｈ ＬＩＳ．ｃｏｎｌｂｉｎｅｄ ＬＩＳｅ ｏｆ ｔｉｌｅ ＣＶＴ１‘ｃｅ ａｐｐｒｏａｃｈ ａｎｄ ｔｈｅ】６Ｓ ｌ’ＲＮＡ ａｌｌａＩＶＳｉＳ ｍａｙ ｐｒｏｖｉｄｅ ａｎ ｏｂ１ｅｃｔ ｖｅ ａｎｄ ｒｅｌ！ａｂｌｅ ｒｅｃｏｎｓｔｌ‘ｕｃｔｉｏｎ ｏｔ’ｔｈｅ ｐｌ‘ｏｋｒａ’ｙｏｔｉｃ ｂｌ‘ａｎｃｈ ｏｆ ｔｈｅ Ｔｒｅｅ ｏｆ１ ｊ佗． １参２３ Ｏ１１ ２０Ｏ８１０４０１ １ 真核生物ｓ Ｍ ｃ基因家族中拷贝数目的长期稳定进 化爿 ｏｎｇ—ｔｅｒｍ ｍａｉｎｔｅｎａｎｃｅ ｏｆ ｓｔａｂｌｅ ｃｏｐｙ ｎｕｉｎｂｅｒ ｉｎ ｔｈｅ ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ ＳＭＣ ｆａｍｉｈ，：ｏｒｉｇｉｎ ｏｆ ａ ｖｅｒｔｅｂｒａｔｅ ｍｅｉｏｔｉｃ ＳＭＣ１ ａｎｄ ｆａｔｅ ｏｆ ｒｅｃｅｎｔ ｓｅｇｍｅｎｔａｌ ｄｕｐｌｉｃａｔｅｓ［英］／Ｓｕｒｃｅｌ Ａ ’ｈｅ Ｉｎ！ｅｌ’ｃｏ１］ｅｇｅ Ｇ１’ａｄｕａｔｅ Ｐ１‘ｏｇｒａｍ ｉｎ Ｃｅｔｌ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐ— ｎｌｅｎｔａｌ １３ｉｅｌｏｇｙ，Ｔｈｅ Ｉ Ｉｕｃｋ ｈａｓｔｊｔｕｆｔｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｉ １ｆｃ Ｓｃ ｅｎｃｅｓ、 Ｔｈｅ Ｐｅｎｎｓｖｌｖａｌｌｉａ Ｓｔａｔｅ １．３１１ｉｖｅｌ’ｓ１ｔｖ，ＵｎｉＶｅＦＳｉｔｙ Ｐａｌ’ｋ ＰＡ １ ６８０２：【 ＳＡ），Ｚｏｕ Ｘｉａｏｆａｎ…／／植物分类学报．一２００８，４６ （３）．一４０５￣４２３ Ｍｅｍｂｅｉ’ｓ ｏｔ’ｔｈｅ Ｓｔ；‘ｕｃｔｕｌ‘ａｌ Ｍａｉｎｔｅｎａｎｃｅ ｏｆ Ｃｈｒｏｍｏ— ＳＯｒｔｉｅ（ＳＭＣ） ｒｆｉｉ１Ｙ ｈａｖｅ Ｉｏｎｇ ｂｅｅｎ ｏｆｊｎｔｅｒｅｓｔ ｔｏ ｍｅｌｅｃｕｌａｌ‘ ａｎｄ ｅｖｅｌｕｔｉｏｎａｌ‘Ｙ ｂｉｏ１ｏｇｊ ｓｉｓ ｆｂｌ‘ｔｈｅ！ｒ ｒｅ１ｅ ｉｎ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｓｎ‘ｕｃｔｕ！’ａｌ ｄ３ｍａｎｌｉｃｓ．ｐａｒｔｉｃｕｌａｌ’ｌｙ ｓｉｓｔｃｌ—ｃｈｒｏｍａｔｉｄ ｃｏｈｅｓｉｏｎ． ＣＯＤｄｅｎｓａｔｉｏｎ．ａｎ（ｉ ｌ）ＮＡ １．ｅｐａｉｉ’．ＳＭＣ ａｎｄ １．ｏｌａｔｃｄ ｐｒｏｔｅｊｎｓ ａｒｃ ｆｏｕｎｄ ｉｎ ａｌ１ ｍａｊＯ１ ｇｌ’ｏｕｐｓ ｏｆ ｌｉｖｉｎｇ ｅｌ’ｇａｎｉ ｓｎｌｓ ａｎｄ ｓｈａｒｅ ａ ＣＯＩＴＩｎｌｏｎ ｓｔｌ‘ＬＩＣｔＵｌ’ｅ ｏｔ’ｃｏｎＳＣ１’ｖｅｄ Ｎ ａｎｄ Ｃ ｇｌｏｂｕｌａｌ’ｄｏｍａｉｎｓ ｓｅｐａｌ’ａｔｅｄ ｆｉｏｍ ｔｈｅ ＣＯｆｌＳＣ［’ｖｅｄ ｈｉｎｇｃ ｄｏｍａｉｎ ｂｙ ｌｏｎｇ ｃｏｉｌｅｄ—— ｃｏｉｌ ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｉｎ ｅｕｋａｒｙｏｔｅｓ ｔｈｅｌ’ｅ ａｒｅ ｓｉｘ ｐａｒａｌｏｇｏｕｓ ｐｉ’ｏｔｅｉｎｓ ｔｈａｔ ｆｏｒｍ！ｈｉ’ｅｅ ｈｅｔｅｌ’ｏｄｉｍｅｌ’ｉｃ ｐａｉｒｓ ｗｈｅｒｅａｓ ｉｎ ｐｒｏｋａｒｙｏｔｅｓ ｔｈｅｒｅ ｉｓ ０１１ｌＹ ｏｎｅ ＳＭＣ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｈａｔ ｈｏｍｅｄ！ｍｅｌ’ｉｚｅｓ．Ｆｒｏｍ ＩＩｅｃｃｎｔｌｙ ｃｏｍｐｌｅｔｅｄ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ，ｗｅ ｈａｖｅ ｉｄｅｎｔｉｆｌｅｄ ＳＭＣ ｇｅｎｅｓ ｆｉ’ｏｍ ３４ ｅｌｌｋａｌ‘ｙｏｔｅｓ ｔｈａｔ ｈａｖｅ ｎｏｔ ｂｅｅｎ ｄｅ— ＳＣｌ‘ｉｂｅｄ ｉｎ ｐｌ‘ｅｖｉｅＬｌＳ ｒｅｐｏｒｔｓ．Ｏｕｒ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｔｓ ｏｆ ｔｈｅｓｅ ａｎｄ ｐｌ’ｃ、 ！ｏｕｓｔＹ！ｄｅｎｔ！ｆｉｅｄ ＳＭＣ ｇｅｎｅｓ ｓｕｐｐｏｒｔｓ ａｎ ｏｒｉｇｉｎ ＦＯｌ ｔｈｅ ｖｅｒｔｅｂｔ ａｔｅ ｍｅｉｏｔｉｃ ＳＭＣ １ ｉｎ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｒｅｃｅｎｔ ｃｏｍｍｏｎ ａｎｃｅｓｔｏｌ‘ｓｉｎｅｅ ｔｈｅ ｄｉｖｅｒｇｅｎｃｅ ｆｒｏｍ ｊｎｖｅｒｔｅｂｒａｔｅ ａｌｌｉ１＂１１ａ１ｓ Ａｄｄｉｔｉｏｎａｌ１Ｙ．ｗｅ ｈａｖｅ ｄｅｎｔｉｆｌｅｄ ｄｕｐｌｊｃａｔｅ ｃｏｐｉｅｓ ｄｕｅ ｔｏ ｓｅｇｒｅｅｎｔａ１ ｄｕＰｌ１ｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｓｏｍｅ ｏｆ ｔｈｅ ＳＭＣ ｐａｌ ａｌｏｇｓ ｉｎ ｐｌａｎｔｓ ａｎｄ ｙｅａｓｔ，ｍａｉｎｌｙ ＳＭＣ２ ａｎｄ ＳＭＣ６，ａｎｄ ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｔｈａｔ ｄｕｐ１ｉｃａｒｅｓ ｏｔ’ｅｔｈｅｌ‘ｐａｒａ１ｏｇｓ ｗｅｒｅ ｌｏｓｔ，ｓｕｇｇｅｓｔｉｎｇ ｄｉｆｆｅｌ‘ｅｎｔｉａｌ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅｓｅ ｇｅｎｅｓ．Ｏｕｌ’ ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈａｉ ｔｈｅ ＳＭＣ ｐａｌ’ａｌｏｇｓ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｓｔａｂ１ｙ ｍａｉｎｔａｉｎｅｄ ａｔ、，ｅ１．ｖ ＩＯＷ ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒｓ．ｅｖｅｎ ａｆｌｅｌ。ｓｅｇｍｅｎｔａＩ （ｇｅｎｏｍｅ—ｗｉｄｅ）ｄｕｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ｉｔ ｊ ｓ ｐｏｓｓｉｈｉｅ ｔｈａｔ ｓｕｃｈ ＩＯＷ ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｌ‘ｓ ｍｉｇｈｔ ｂｅ ｓｅｌｅｃｔｅｄ ｄｕｒｉｎｇ ｃｕｋａｒｙｏｔｉｃ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ， ａｌｔｈｏｕｇｈ ｅｔｈｅｌ‘ｐｏｓｓｉｂｉｌｉｔｉｅｓ ａｌ‘ｅ ｎｏｔ ｒｕｌｅｄ ｏｕｔ．图１ ０表３参４５ Ｑｌ３ ２００８１ ０４０１ ２ 高时空分辨的脑功能光学成像研究进展＝Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ０ｎ ｏｐｔｉｃａｌ ｉｍａｇｉｎｇ ｏｆ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｂｒａｉｎ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ ｔｅｍｐｏｒａｌ ａｎｄ ｓｐａｔｉａｌ ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ／王珍（华中科技火学生命科学与技术学 院．湖北，武汉４３００７４），刘庆茕／／生物化学与生物物理进 展．一２００８，３５（５）一４８８￣４９５ 脑功能成像技术对深入分析脑的信息加工过程，揭示 脑的高级功能至关重要，是同前国际石）『究热点，已经在｛Ｉｊ１经 科学研究和神经系统疾病的临床诊断方面取得＿ｒ很大的 进展。已有腑功能成像技术如：功能磁共振成像 （ｆＭＲＩ）、正｝乜子断层成像（１’ ’）、脑电 （１－；ＥＧ）、腑磁 （Ｍ ＥＧ）等等，虽然已被成功Ｊｆ』】：腑功能研究，但是Ｉ ｛哺这 些方法也存在着ｎＣｔｌｌ或空问分辨率不够的局限。比较 ｆ 言，光学成像方法表现 其独特魅力。激光散斑衬比成 像和内源信号光学成像由ｆ能提供空问取样、【Ｉｌｊ问分辨 率及空间分辨率三者的最佳组合和不需加入外源性标记 物等特点，与其他脑功能成像技术相比其优势可能更为突 出。具有较高的时间和空间分辨率的这两种Ｊ】ｆ｛ｉ功能光学 成像技术及其应用都取得＿ｒ亟大发展，成为研究脑皮层功 能构筑和脑病理生删的有力工具。但是目前这两种成像 方法也面临着一些挑战。表２参３６ ｅｌ９ ２００８１ ０４０１ ３ 类群取样与系统发育分析精确度之探索一 ｌ１ａｘＯｎ ｓａＨｉ— ｐｉｉｎｇ ａｎｄ Ｉｈｅ ａｃｃｕｒａｃｙ ｏｆ’ｐｈ），Ｉｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ］英｝／Ｉ！ｃａｌｌ１ ｒ Ａ（Ｓｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｎｔｅｇ￣‘ａｔ！ｖｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃｅｎｔｅｌ‘ｆｂｌ‘Ｃｏｌ１ｌｐｕ— ｔａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｅｌｅｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｉｎｆｏ￣’ｍａｔｉｃｓ．Ｏｎｅ Ｕｎｉｖｅ１．ｓｉｔｙ Ｓｔａ— ｔｉｏｎ（２０９３０， Ｆｈｅ ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＴｅｘａｓ，Ａｕｓｔｉｎ， ｒＸ ７８７１ ２；ＵＳＡ）， Ｈｅｄｔｋｅ Ｓ Ｍ…／／植物分类学报．一２００８，４６（３）．一２３％２５７ Ａｐｐｒｏｐｒｉａｔｅ ａｎｄ ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ ｔａｘｏｎ ｓａｍｐｌｉｎｇ ｉｓ ｏｎｅ ｏｆ ｔｉｌｅ ｍｏｓｔ ｉｍｐｏｌ ｌａｎｔ ｄｅｌｔａ’ｍｉｎａｎｔｓ ｅｌ、ａｃｃｕｌ’ａｔｅ ｐｈｙｌｏｇｅｌ￣ｅｔｉｃ ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ．Ｉｎ ａｄｄｉｔｉｏｎ ａｃｃｕｌ‘ａｃｙ ｏｔ‘ｉｎｆｅｌ‘ｅｎｃｅｓ ａｂｏｕｔ ｅｖｅ— ｈｌｔｉｏｎａｒｙ ｐｌ’ｏｃｅｓｓｅｓ ｏｂｔａｉｎｅｄ仔ｏｍ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ ｉｓ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌＹ ｂｙ ｔｈｏｌ ｏｕｇｈ ｔａｘｏｎ ｓａｒｎｐｌ１ｎｇ ｅｆｆｏｒｔｓ．Ｍａｎｙ １’ｅｃｅｎｔ ｅｆｆｏｒｔｓ ｔｏ ｉｍｐｒｏｖｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｃｔｉＣ ｅｓｔ卜 ｍａｔｅｓ ｈａｖｅ ｆｏｃｕｓｅｄ ｉｎｓｔｅａｄ ｏｎ ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｌｅｎｇｔｈ ｏｒ ｔｈｅ ｎｕｎｌｂｅｌ‘ＯｆＯＶＣＩ’ａｌｌ ｃｈａｒａｃｔｅｌ’ｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ，ａｎｄ ｔｈｉｓ ｏｆｔｅｎ ｄｏｅｓ ｈａｖｅ ａ ｂｅｎｅｆｉｃｉａｌ ｅｆｆｅｃｔ ｏｎ ｔｈｅ ａｃｃｕｒａｃｙ ｏｆ ｐｈｙ— Ｉｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ．ｆｌｏｗｅｖｅｉ ，ｐｈｙｔｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ ｏｆ ｆｅｗ ｔａｘａ（ｂｕｔ ｅａｃｈ １’ｅｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ｂｙ ｍａｎｙ ｃｈｉｎ ａｃｔｅｌ‘ｓ）ｃａｎ ｂｅ ｓｕｂ— ｊｅｃｔ ｔｏ ｓｔｌ’ｏｎｇ ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ｂｉａｓｅｓ，ｗｈｉｃｈ ｉｎ ｔｌｉｒｎ ｐｒｏｄｕｃｅ ｈｉｇｉ１ ｍｅａｓｕｌ’ｅｓ ｏｆ １．ｅｐｅａｔａｂｉｌｉｔｙ（ｓｕｃｈ ａｓ Ｉ）ｏｏｌｓｔｌ’ａｐ ｐｌ‘ｏｐｏｒｔｉｏｎｓ） ｉｎ ｓｕｐｐｏｒｔ ｏｆ ｉｎｃｏｒｒｅｃｔ ｏｒ ｍｉｓｌｅａｄｉｎｇ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ １．ｃｓｕｌｔｓ． Ｔｈｕｓ，ｉｔ ｉｓ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｆｏｒ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｓ ｔｏ ｃｏｎｓｉｄｅｒ ｂｏｔｈ ｔｈｅ ｓａｍｐｌｉｎｇ ｏｆ ｔａｘａ．ａｓ ｗｅｌｊ ａｓ ｔｉｌｅ ｓａｍｐｔｉｎ２ ｏｆｃｈａｌ ａｃｔｃｌ‘ｓ， ｉｎ ｄｅｓｉｇｎｉｎｇ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｕｄｉｅｓ．Ｔａｘｏｎ ｓａｍｐｌｉｎｇ ａｌｓｏ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｐａｌ‘ａｍｅｔｅｌ’ｓ ｄｅｌ‘Ｎｅｄ ’ｏｍ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅｓ．ａｎｄ ｉｓ ｔｈｕｓ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｒ（）ｒ ｉｍｐＩ‘ｅｙｅｄ ａｐ— ｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ．Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｃｎｓｉｔｈ ｉｔｙ
