来料加工与进料加工有以下区别：
1. 来料加工是对方来料，我方按其规定的花色品种、数量进行加工，我方向对方收取约定的加工费用；进料加工是我自营的业务，自行进料，自定品种花色，自行加工，自负盈亏。
2. 进料加工，进是一笔买卖，加工再出口又是一笔买卖，在进出口的合同上没有联系；来料加工原料进口和成品出口往往是一笔买卖，或是两笔相关的买卖，原料的供应往往是成品承受人
3. 来料加工的双方，一般是委托加工关系，部分来料加工，虽然包括我方的一部分原料，在不同程度上存在买卖关系，但一般我方为了保证产品的及时出口，都订有对方承购这些产品的协议，进料加工再出口，从贸易对象来讲，没有必然的联系，进归进，出归出，我和对方都是商品买卖关系，不是加工关系。
4、进料是要付汇的，而来料是不付汇的
5、来料加工是客户提供主要原材料，公司进行零星辅料及人工进行生产，然后复出口。进料加工是自主生产，部分原材料从国外进口，部分从国内购买，然后进行复出口。
手册事宜
1、来料、进料都要做手册的，做手册则可以免掉进口的关税、增值税，是用来进口的时候用来保税用的。
2、手册办理要求：进料加工因为进口料件比较少，一般情况，做手册的话，要达到50%左右,做手册要去报关公司帮忙做的，先去外经贸批、然后再去海关，要是没有厂房，
还要缴纳保证金，开设保证金台账账户，厂房租的就要缴纳保证金的，有缴纳比例，风险担保金式4份，第一联企业留底作账、第二联退款联、第三联海关财务留底、第四联海关加贸部门留底。按照规定退款的时候要持有第二联，
3、手册办理时间：如果第一次做手册，一个月能做下来，要办理很多东西，要外经贸的生产能力证明、商务部出具的一个证书等等。
4、税务问题：然后如果进料是3，出口是10，那么就是进料的3不缴纳关税、增值税，出口的10只有（10-3）进行免抵退税的，如我进来的3只用了2，那么其中的1要补税了；这个保税料件需要专门的仓库存放，然后属于海关监管物品。
