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第十章微生物的分类和鉴定-2013-2014(2)

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微生物分类和鉴定

微生物分类和鉴定
《伯杰氏系统细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
但具有相似G+C含量的生物并不一定表明它们 之间具有近的亲缘关系。
Hale Waihona Puke 同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4～5%以下； 同属不同种的差别应低于10～15%；
G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征，
它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。
若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的 菌株，如果其G+C含量的差别大于5%，则肯定
1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上 细菌分类学家参加编写(如1974年第八版，撰稿人多 达130多位，涉及15个国家；现行版本撰稿人多达 300多人，涉及近20个国家)，所以它的近代版本反 映了出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确 立了在国际上对细菌进行全面分类的权威地位。
从20世纪80年代末期，该手册改名为：
其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特 征和把那些G+C含量差别大的种类排除出某一分类单元。
G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定
2、核酸的分子杂交
不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间 亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间 的亲缘关系就越近，反之亦然。
直接分析比较DNA的碱基排列顺序
(根据现有数据建立系统的过程)
鉴定：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未 知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类 群的过程。
(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
命名：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。

[课件]第十章 微生物分类,鉴定和菌种保藏PPT

[课件]第十章 微生物分类,鉴定和菌种保藏PPT
第十章 微生物分类, 鉴定和菌种保藏
微生物分类鉴定目的
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分类是人类认识微生物，进而利用和改造微 生物的一种手段，微生物工作者只有在掌握了 分类学知识的基础上，才能对纷繁的微生物类 群有一清晰的轮廊，了解其亲缘关系与演化关 系，为人类开发利用微生物资源提供依据。
Phylogeny of the Living World-Overview
微 生 பைடு நூலகம் 的 命 名2
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如命名对象是新种，需在种名后加n.sp (即novo species) 如仅泛指某一属的微生物，或某属微生物内的某些 种，则在属名后用sp.（单数时）或spp.（复数时） 如需表示变种，则在变种学名前加var., 变种学名命 名原则与种名的命名同 Staphylococcus aureus Rosenbach 1884 属名：葡萄球菌 种名：金黄色 命名者姓 命名年 份 Bacillus subtilis var. niger Desulfotomaculum thermoacetoxidans n. sp. Strain CAMZ
三、微生物系统发育分析
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由于现代分子生物学技术的迅速发展，正在形成一 套与传统的分类鉴定方法完全不同的分类鉴定技术与 方法，从基因水平上分析各微生物种之间的亲缘关系， 即系统发育地位。 原核生物细胞中的16S rDNA 和真核生物细胞中的 18S rDNA的碱基序列都是十分保守的，不受微生物所 处环境条件的变化、营养物质的丰缺的影响而有所变 化，都可以看作为生物进化的时间标尺，记录着生物 进化的真实痕迹。因此，分析原核生物细胞中的16S rDNA 和真核生物细胞中的18S rDNA的碱基序列，比 较所分析的微生物与其他微生物种之间16S rDNA和 18S rDNA序列的同源性，可以真实地揭示它们亲缘关 系的距离和系统发育地位。

第十章微生物分类及鉴定帮助你理清基本概念,规律

第十章微生物分类及鉴定帮助你理清基本概念,规律

第十章微生物分类及鉴定一. 分类学基础分类学(taxonomy)：生物分类的科学微生物分类学(microbial taxonomy):研究微生物分类理论和技术方法的学科1. M分类学三个组成部分(既独立又相互关联的三个部分):分类(classification)鉴定(identification或determination)命名(nomenclature)分类(classification)：根据相似性或相关性(进化亲缘关系)将生物归属为类群或分类单元.鉴定(identification或determination)：决定某一特定分离物归属于某一已确定分类单元的过程。

命名(nomenclature)：给予分类类群单元与公布规则相符的名称.2. 分类单元及其等级分类单元(taxon,复数taxa)：是指具体的分类群，如：原核生物界(Procaryotae)、杆菌科(Enterobacteriaceae)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)等都分别代表一个分类单元。

国际公认的7个生物分类单元:界(亚界 ), 门 (亚门 ), 纲(亚纲 ), 目(亚目 ), 科(亚科 ), 属(亚属 ), 种(亚种 ).除此之外, 在M的分类中, 还常使用一些非正式的类群术语, 亚种以下常用培养物、菌株、居群和型；种以上常使用群、组、系等类群名称；近年伍斯还在界之上使用域(domain)，他把全部生物分为古生菌域、细菌域和真核生物域，域下面再分界，把"域"作为分类单元的最高等级。

(1). 种(species): 物种，生物分类中基本的分类单元和分类等级。

高等生物中，物种通常被看作是彼此杂交能繁殖的自然群体，这个群体与其他群体在生殖上是隔离的。

在这里，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准。

微生物的种：菌株的一个集合，这批菌株有许多共同稳定特征，并与其他类菌株有显著区别。

有相似G+C组成，DNA杂交同源性在70%以上的菌株的集合。

10章微生物的分类鉴定

10章微生物的分类鉴定
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二、种及种以下的分类单元
种 是一个基本分类单元，它是一大群表型 特征高度相似、亲缘关系极其接近、与 同属内的其它物种有着明显差异的一大 群菌株的总称。
菌 在株微又生称物品中系，（一在非个细种胞只型能的用病该毒种中则内称的为一毒个株典或 株 型）菌，株它当表作示它任的何由具一体个代独表立，分这离个的单典细型胞菌（株或即单 个 为病该毒种）的繁模殖式而种成的。纯遗传型群体及其一切后代。
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4、rRNA的寡核苷酸编目分析
通过分析原核细胞或真核细胞中最稳 定的rRNA寡核苷酸序列同源性程度，以 确定不同生物间的亲缘关系和进化谱系的 方法。
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优点
★普遍存在于一切细胞内 ★生理功能既重要又稳定 ★含量高，易提取 ★编码rRNA的基因十分稳定 ★序列保守，进化缓慢 ★分子量适中
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在进化过程中，rRNA分子的功能几乎保持 恒定，而且其分子排列顺序有些部位变化非常 缓慢，以致保留了祖先的一些序列。即rRNA结 构既具有保守性，又具有高变性。保守性能够 反映生物物种的亲缘关系，为系统发育重建提 供线索；高变性则能揭示出生物物种的特征核 酸序列，是属种鉴定的分子基础。
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三总界五界系统
非细胞总界
生物
原核总界
细菌界 蓝细菌界
植物界 真核总界 动物界
真菌界
1979年，我国学者陈世骧提出。
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二、三域学说及其发展
20世纪70年代，伍斯用寡核苷酸序列编目 分析法对60多株细菌的16SrRNA序列进行比较 后，惊奇的发现：产甲烷细菌完全没有作为细 菌特征的那些序列，于是提出了生命的第三种 形式——古细菌。
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3、亚种的命名
亚种名为三元式组合（三名法），即属名、种

微生物学微生物的分类和鉴定【可编辑PPT】

微生物学微生物的分类和鉴定【可编辑PPT】
②基因序列
《伯杰氏细菌鉴定手册》（Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology），第九版的伯杰氏手册基于细 胞壁的特性将原核生物分成四大类群，其中薄壁菌和厚壁菌两 个类群物种数量最多。
类群I：薄壁菌（革兰氏阴性菌） 组1：暗细菌纲（不进行光合作用） 组2：不产氧光合细菌纲（光合细菌，不产氧） 组3：产氧光合细菌纲（光合细菌，产氧）
草鱼肠道中弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与PCR-SSCP分析
郑璐1，吕爱军1*，胡秀彩2，曹成亮1，蒋继宏2 (1.徐州师范大学生命科学学院，江苏 徐州 221116； 2.江苏省药用植物生物技术重点实验室，江苏 徐州 221116)
摘要：从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肠道中分离到3株细菌，暂时编
亚种(subspecies, subsp) 亚种是进一步细分种时所用的单元，一般指除 某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征与模 式种相同的种，是变种的同义词。
例2：酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var．ellipsoideus
（五）菌株(strain) 又称品系（在非细胞型的病毒中则称毒株或株），表示 任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而 成的纯遗传型群体及其一切后代。 模式菌株（Type strain)：是一个种的具体活标本，必须是 该菌种的活培养物，是由一个被指定为命名的模式菌株 传代而来。
（2）细胞组分水平 （3）蛋白质水平 分类依据：
（4）核酸水平
• 微生物形态 • 生理特性 • 抗原特性 • 分子生物学方法
一、微生物分类鉴定中的经典方法
二、微生物分类鉴定中的现代方法
（一）通过核酸分析鉴定微生物遗传型

微生物的分类和鉴定

微生物的分类和鉴定

微生物的分类和鉴定第十章微生物的分类和鉴定一、名词解释：01.系统学（systematics）：是研究生物多样性及其分类和演化关系的科学。

分子系统学是检测、描述并揭示生物在分子水平上的多样性及其演化规律的科学。

研究内容包括了群体遗传结构、分类学、系统发育和分子进化等领域。

02.系统树：在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分支的图型来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图型也称为发育树（phylogenetic tree）。

03.分子系统树：通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。

04.微生物分类学（microbial taxonomy）：是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条例清楚的各种分类单元或分类群的科学，其具体任务有三，即分类、鉴定和命名。

05.分类（classification）：根据文献资料，经过科学的归纳和理性的思考，整理成一个科学的分类系统。

即解决从个别到一般或从具体到抽象的问题。

06.鉴定（identification）：通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、辨名的目的。

即解决从一般到特殊或从抽象到具体的问题07.命名（nomenclature）：为一个新发现的微生物确定一个新学名的过程。

08.培养物（culture）：是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。

如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。

如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该微生物的纯培养物（pure culture)。

09.菌株（strain）：从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物，都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。

菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。

10.标准菌株：指能代表这个种的各典型性状的一个被指定的菌株。

第十章微生物的分类和鉴定简介

第十章微生物的分类和鉴定简介第十章微生物的分类和鉴定简介微生物分类学 (microbial taxonomy) 是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条理清楚的各种分类单元或分类群(taxon)的科学。

具体任务有三，即分类(classification)、命名(nomenclature)和鉴定(identification)。

分类指的是根据相似性或亲缘关系，将一个有机体放在一个分类单元中；命名是按照国际命名法规给有机体一个科学名称；鉴定则是确定一个新的分离物是否归属于已经命名的分类单元的过程。

第一节微生物的分类单元和命名一分类单元微生物的主要分类单位，依次为界(kingdom) 、门( phylum 或division)、纲 (class) 、目 (order) 、科 (fami1y) 、属 (genus) 、种(species) 。

具有完全或极多相同特点的有机体构成同种。

性质相似、相互有关的各种组成属。

相近似的届合并为科。

近似的科合并为目。

近似的目归纳为纲。

综合各纲成为门。

由此构成一个完整的分类系统。

此外，每个分类单位都有亚级，即在两个主要分类单位之间，可添加“亚门”、“亚纲”、“亚目、”“亚科”等次要分类单位。

在种以下还可以分为亚种、变种、型、菌株等。

1.“种”(species)的概念关于微生物“种”的概念，目前看法不一。

微生物的种是一个基本的分类单元，是一大群表型高度相似、亲缘关系极其接近、与同属的其它物种有明显差异的所有菌株总称。

在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作为其具体代表，此典型菌株就称为该种的模式菌株(type strain)。

2.亚种 (subspecies) 的概念当某一种内的不同菌株，存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状而又不足又区分成新种时，可将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元，即亚种。

亚种是细菌分类中具有正式分类地位的最低等级。

3.亚种以下的分类等级通常表示能用某些特殊的特征加以区别的菌株类群。

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