G-蛋白笔记
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1: Many-body study of the photoisomerization of the minimal
model of the retinal protonated Schiff base
视紫红质发色团的异构化:11-cis视黄醛的质子化的席夫碱。在动物的发色团中,
是由多烯链形成的,以β-ionone终结,并以共价结合到视紫红质的lys296的残
基。吸收一个质子,它的几何构造有11-cis’到all-trans转变通过轴旋转连接到多
烯链的两个碳原子:C11和C11。
C5H6NH2+ (tZt-penta-3,5-dieniminium),这是视黄醛质子化席夫碱的最小模型
事实上,席夫碱的光异构化过程似乎相当的敏感对于共轭链模型的长度
就我们目前所知,实验的光学光谱对于那些有相似结构的分子是有效的,只在溶
液和固体,气态没有。实验信息对于中间构造物是没有用的,除了cis。
The excitation energies εnexc obtained by the two approaches have been used to
calculate the excited state energies En by the addition of the ground state energy E
GS
obtained by DFT:
En = EGS(DFT)+
εnexc
2: Regarding the use and misuse of retinal protonated Schiff base
photochemistry as a test case for time-dependent density-functional
theory
关于DFT 和TD-DFT的一些描述。
在视觉视蛋白色素比如视紫红质,化学反应最终导致视觉,是有一个快速的视黄
醛发色团光异构化,从11-cis到all-trans。