cDNA文库和基因组文库比较
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河南农业大学考研专业课《现代分子生物学》课程试卷(含答案)__________学年第___学期考试类型:(闭卷)考试考试时间:90 分钟年级专业_____________学号_____________ 姓名_____________1、分析题(5分,每题5分)1. 写出从组织中抽取RNA的关键步骤,并解释如何判断RNA质量。
答案:(1)从组织中提取RNA的步骤如下:①将组织在液氮中所磨碎,每50~100mg组织加入1ml TRIzol 裂解液溶解样品,充分吹打混匀。
②每1ml TRIzol加入2.0ml氯仿,剧烈震荡15s,室温放置5min。
③4℃,10000g离心15min,此时RNA主要集中在水相中。
④将水相转移至新的离心管中,加入等体积丙酮,室温放置10min。
⑤4℃,10000g离心10min,此时可在离心管仔细分析底部观察到白色沉淀,即为RNA。
⑥用75冷的乙醇洗涤沉淀,4℃,7500g以下,离心5min,弃上清。
⑦超净台中吹干,加入无RNase的水溶解。
(2)检测RNA质量的方法如下:①凝胶成像:取适量RNA溶液加入电泳缓冲液后,跑琼脂糖凝胶电泳,如果28S和18S条带明亮、清晰,并且28S的亮度在18S条带的两倍以上,则认为RNA的质量是好的。
②吸光度检测:使用紫外波谱光度计检测RNA样品在260nm、280nm处的吸光度,若两者的比值在1.8~2.0时,可认为RNA纯度良好,蛋白质等其他物质的污染可以接受。
解析:2、判断题(55分,每题5分)1. 衰减子在真核基因调控中起负调节作用。
()答案:错误解析:真核基因无衰减子。
2. 一个基因的内含子能够作为另一个基因的外显子。
()答案:正确解析:内含子是指断裂基因的非编码序列,可被转录,但在mRNA加工过程中被剪切压碎,故成熟mRNA上用无内含子编码序列。
外显子是真核抗原生物基因的一部分。
它在片断后会被保存下来,并可在蛋白质生物合成关键步骤中被表达为蛋白质。
个人收集整理-ZQ文库和基因组文库比较文库:以为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成,与适当地载体(常用噬菌体或质粒载体)连接后转化受体菌,则每个细菌含有一段,并能繁殖扩增,这样包含着细胞全部信息地克隆集合称为该组织细胞地文库.基因组文库: 一个生物体地基因组用限制性内切酶部分酶切后,将酶切片段插入到载体分子中,所有这些插入了基因组片段地载体分子地集合体,将包含这个生物体地整个基因组,也就是构成了这个生物体地基因文库. b5E2R。
基因组文库与文库地比较:基因组文库地优点相对于文库,基因组文库地优点: 克隆只能反映着地分子结构,没有包括基因组地间隔序列, 文库中,不同克隆地分布状态总是反映着地分布状态,即:高丰度地克隆,所占比例较高,分离基因容易;低丰度地克隆,所占比例较低,分离基因困难; 从克隆中,不能克隆到基因组中地非转录区段序列,不能用于研究基因编码区外侧调控序列地结构与功能. p1Ean。
文库地主要优点:①文库以为材料,特别适用于某些病毒等地基因组结构研究及有关基因地克隆分离.②文库地筛选比较简单易行.③每一个文库都含有一种序列,这样在目地基因地选择中出现假阳性地概率就会比较低,因此阳性杂交信号一般都是有意义地,由此选择出来地阳性克隆将会含有目地基因.DXDiT。
④文库可用于在细菌中能进行表达地基因地克隆,直接应用于基因工程操作.⑤克隆还可用于真核细胞地结构和功能研究.克隆地主要地缺点:文库所包含地遗传信息要远远少于基因组文库,并且受细胞来源或发育时期地影响. 文库虽能反映地分子结构和功能信息,但不能直接获得基因内含子序列和基因编码区外大量调控序列地结构与功能方面信息. 在文库中,相应于高丰度地克隆所占地比例比较高,分离起来比较容易,而相应于低丰度地克隆所占地比例则比较低,因此分离也就比较困难.RTCrp。
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噬菌体cDNA文库cDNA文库(complementary DNA library)以组织中的mRNA 为模板,反转录合成双链cDNA,各cDNA分子分别插入载体形成重组子,再导入宿主细胞克隆扩增。
这些在重组体内的cDNA的集合即cDNA文库。
代表特定细胞或组织中mRNA的文库。
cDNA文库是在基因组水平上研究某一生物特定器官、特定组织、特定的发育时期基因表达的前提和基础。
传统的筛库方法是将克隆高密度影印到尼龙膜上进行菌落原位杂交筛选。
此方法工作量大,而且必须使用放射性同位素。
现如今,作为大容量文库(≥108克隆)中选择特异的结合肽或蛋白的强大工具,噬菌体展示技术的到来位cDNA克隆基因表达提供了发展的机会。
一.cDNA文库的优点1. 使遗传物质为RNA病毒可建立文库;2. 因克隆数比基因组文库少得多,易于筛选;3. 从分化特异的细胞的cDNA文库中可分离到特异表达的基因。
4. 建库时已排除了其他的RNA,使假阳性率降低。
5. cDNA文库可在细菌中表达,可用多种策略进行筛选。
二.cDNA文库和基因组文库的区别时效性代表某一时期特定细胞或组织中mRNA的转录水平,仅反映某一时期特定组织表达的功能基因,不是全部基因。
包含该生物所有基因序列组成不同无间隔序列和调控区等非编码区可显示基因组的全部结构信息,由于制备DNA片段的切点是随机的,所以每一个克隆内所含的DNA片段既可能是一个或几个基因,也可能是一个基因的一部分或除完整基因外还包含着两侧的临近DNA序列。
如何选择在分离植物RNA、病毒基因、研究植物功能蛋白序列、分离植物特定发育阶段或特异表达的基因时应用cDNA文库研究mRNA不存在的序列及基因组做图时必须构建基因组文库三.用于噬菌体cDNA文库展示的载体1. 丝状噬菌体因为全长cDNA包含在3’末端的翻译终止子,原核表达时缺乏合适的核糖体结合位点(若该cDNA来源于真核细胞),确保cDNA在噬菌体表达的最实际的方法是将5’末端与载体基因融合。
基因组文库和cDNA文库的比较首先,让我们了解一下基因组文库和cDNA文库的定义和构建方法。
1.基因组文库:基因组文库是整个基因组的DNA序列的集合,包含了一个生物体的全部遗传信息。
构建基因组文库的过程中,需要将整个基因组的DNA分解成小片段,并将其插入一个合适的DNA载体(如噬菌体、质粒或染色体)。
随后,DNA片段和载体将被放入宿主细胞(如大肠杆菌),产生许多基因组文库的克隆。
这些克隆可用于后续的DNA测序、定位和功能研究等。
-包含了一个生物体的全基因组DNA序列,不仅包括编码蛋白质的外显子,也包含调控序列、非编码RNA等。
-克隆数目较大,能覆盖整个基因组的序列。
-信息量大,能提供全面的基因组遗传信息。
-由于涵盖了大量非编码序列,分析起来比较复杂。
2.cDNA文库:cDNA文库是由转录mRNA后得到的互补DNA(cDNA)构建而成的。
转录是由DNA模板合成RNA的过程,其中mRNA是转录出的可翻译成蛋白质的分子。
cDNA文库的构建过程中,需要在转录过程中加入反转录酶,用于合成cDNA。
此后,cDNA片段会被插入到DNA载体中,并转化到宿主细胞中。
cDNA文库可用于研究特定时期或类型细胞的基因表达情况,并逆推分析源自该时期或类型细胞的mRNA信息。
同样,cDNA文库可用于DNA 测序、蛋白质表达等研究。
cDNA文库的主要特点:-反映了特定时期或类型细胞的基因表达情况。
-由于只含有编码蛋白质的序列,分析起来相对简单。
-cDNA文库总体克隆数较少,故无法覆盖全基因组的信息。
-最初的RNA模板需经过反转录,过程中可能有一定的误差和损失。
接下来我们对比基因组文库和cDNA文库的优缺点和应用:1.优点:-信息量大,提供更全面的基因组遗传信息。
-适用于定位基因和研究调控序列、非编码RNA等。
cDNA文库:-分析相对简单,只包含编码蛋白质的序列。
-反映特定细胞或时期的基因表达情况。
2.缺点:-复杂性高,涵盖了大量的非编码序列。
《基础分子生物学》复习题及参考答案要点《基础分子生物学》复习题及参考答案一、填空题1.核酸分子中糖环与碱基之间为β型的糖苷键,核苷与核苷之间通过磷酸二酯键连接成多聚体。
2.DNA变性后,紫外吸收增加,粘度下降,浮力密度升高,生物活性丧失。
3.DNA双螺旋直径为 2 nm,每隔 3.4nm上升一圈,相当于10个碱基对。
4.Z-DNA为左手螺旋。
5.hn-RNA是真核生物mRNA的前体。
6.用Sanger的链末端终止法测定DNA一级结构时,链终止剂是双脱氧核苷三磷酸。
7.维系DNA双螺旋结构稳定的力主要有氢键和碱基堆积力。
8.在碱性条件下,核糖核酸比脱氧核糖核酸更容易降解,其原因是因为核糖核酸的每个核苷酸上-OH 的缘故。
9.DNA复制时,连续合成的链称为前导链;不连续合成的链称为随从链。
10.DNA合成的原料是四种脱氧核糖核苷三磷酸;复制中所需要的引物是RNA 。
11.DNA合成时,先由引物酶合成RNA引物,再由DNA聚合酶Ⅲ在其3′端合成DNA链,然后由 DNA聚合酶Ⅰ切除引物并填补空隙,最后由 DNA连接酶连接成完整的链。
12.细菌的DNA连接酶以NAD为能量来源,动物细胞和T4噬菌体的DNA连接酶以A TP为能源。
13.大肠杆菌RNA聚合酶的全酶由α2ββ′σ组成,其核心酶的组成为α2ββ′。
14.RNA转录过程中识别转录启动子的是σ因子,协助识别转录终止部位的是ρ因子。
15.真核细胞mRNA合成后的成熟过程包括戴帽、加尾、剪接、甲基化修饰。
16.遗传信息由RNA传递到 DNA 的过程称为逆转录,由逆转录酶催化。
17.反密码子第 1 位碱基和密码子第 3 碱基的配对允许有一定的摆动,称为变偶性。
18.在原核细胞翻译起始时,小亚基16SrRNA的3′端与mRNA5′端的 SD序列之间互补配对,确定读码框架,fMet-tRNA f占据核糖体的 P 位点位置。
19.细胞内多肽链合成的方向是从 N 端到 C 端,而阅读mRNA的方向是从5′端到3′端。
现代生物技术概论复习题一、名词解释1、生物技术:也称生物工程,是人们以现代生命科学为基础,结合先进的工程技术手段和其他基础科学的科学原理,按照预先的设计,改造生物体或加工生物原料,为人类生产出所需产品或达到某种目的的一门新兴的、综合性的学科。
2、基因组DNA文库:将某一种基因DNA用适当的限制酶切断后,与载体DNA重组,再全部转化宿主细胞,得到含全部基因组DNA的种群,称为基因组DNA文库。
3、蛋白质工程是指:利用基因工程的手段,在目标蛋白的氨基酸序列上引入突变,从而改变目标蛋白的空间结构,最终达到改善其功能的目的。
4、基因工程:在体外将外源基因进行切割并与一定的载体连接,构成重组DNA分子并导入相应受体细胞,使外源基因在受体细胞中进行复制、表达,使目的基因大量扩增或得到相应基因的表达产物或进行定向改造生物性状。
简单概括,就是将外源目的基因与载体重组后再进入宿主细胞的过程。
5、发酵工程:是发酵原理与工程学的结合,是研究由生物细胞(包括动植物、微生物)参与的工艺过程的原理和科学,是研究利用生物材料生产有用物质,服务于人类的一门综合性科学技术。
6、基因和基因组DNA分子中具有特定生物学功能的片段称为基因(gene)。
一个生物体的全部DNA序列称为基因组(genome)5、载体:把一个有用的目的DNA片段通过重组DNA技术,送进受体细胞中去进行繁殖或表达的工具称为载体。
6、cDNA文库:即由mRNA经过反转录成cDNA,然后来构建文库,构建的文库不包含内含子。
7、转化:外源DNA导入宿主细胞的过程称之为转化。
8、重叠基因:一个基因序列中,含有另一基因的部分或全部序列。
9、基因组文库:把某种生物基因组的全部遗传信息通过载体贮存在一个受体菌克隆子群体中,这个群体即为这种生物的基因组文库。
10、细胞工程:以生物细胞、组织或器官为研究对象,运用工程学原理,按照预定目标,改变生物性状,生产生物产品,为人类生产或生活服务的科学。
cDNA文库和基因组文库比较
cDNA文库:以mRNA为模板,经反转录酶催化,在体外反转录成cDNA,与适当的载体(常用噬菌体或质粒载体)连接后转化受体菌,则每个细菌含有一段cDNA,并能繁殖扩增,这样包含着细胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合称为该组织细胞的cDNA文库。
基因组文库:一个生物体的基因组DNA用限制性内切酶部分酶切后,将酶切片段插入到载体DNA分子中,所有这些插入了基因组DNA片段的载体分子的集合体,将包含这个生物体的整个基因组,也就是构成了这个生物体的基因文库.
基因组DNA文库与cDNA文库的比较:
1 基因组DNA文库的优点相对于cDNA文库,基因组文库的优点: cDNA克隆只能反映着mRNA的分子结构,没有包括基因组的间隔序列,cDNA文库中,不同克隆的分布状态总是反映着mRNA的分布状态,即:高丰度mRNA的cDNA克隆,所占比例较高,分离基因容易;低丰度mRNA的cDNA克隆,所占比例较低,分离基因困难; 从cDNA克隆中,不能克隆到基因组DNA 中的非转录区段序列,不能用于研究基因编码区外侧调控序列的结构与功能.
2 cDNA文库的主要优点:
①cDNA文库以mRNA为材料,特别适用于某些RNA病毒等的基因组结构研究及有关基因的克隆分离.
②cDNA文库的筛选比较简单易行。
③每一个cDNA文库都含有一种mRNA序列,这样在目的基因的选择中出现假阳性的概率就会比较低,因此阳性杂交信号一般都是有意义的,由此选择出来的阳性克隆将会含有目的基因。
④cDNA文库可用于在细菌中能进行表达的基因的克隆,直接应用于基因工程操作。
⑤cDNA克隆还可用于真核细胞mRNA的结构和功能研究。
3 cDNA克隆的主要的缺点:
cDNA文库所包含的遗传信息要远远少于基因组DNA文库,并且受细胞来源或发育时期的影响. cDNA文库虽能反映mRNA的分子结构和功能信息,但不能直接获得基因内含子序列和基因编码区外大量调控序列的结构与功能方面信息。
在cDNA文库中,相应于高丰度mRNA 的cDNA克隆所占的比例比较高,分离起来比较容易,而相应于低丰度mRNA的cDNA克隆所占的比例则比较低,因此分离也就比较困难。