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Pymol教程4

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关注此空间2011-05-30 03:35 【转】PyMOL 用法（教程四）广场biolight退出南鱼嘴AFA 的螺旋星云相遇相知是缘分，长相守是考验关于label在显示一个蛋白结构的某个细节的时候，常常会需要给某些重要的氨基酸打上标签，这就需要用到label 命令。

label 的命令格式如下：Pymol> label [selection, [expression]]selection 当然就是你要加标签的对象，expression 就是标签的内容，可选的有：name, resn, resi, chain 等等。

你也可以组合使用它们。

expression 也可以是你自定义的一段内容，这时候只要把内容用引号包含起来就行：Pymol> label selection, "user-defined expression"在下面这个例子中，我想把glucosyltran sferase 中UDP-Glucose 的binding pocket 标注出来：首先说明一下，该pdb 文件中A 链是蛋白质，B 链是UDP-Glucose 。

Pymol> load glucosyltransferase.pdb, tmpPymol> extract upg, chain bPymol> extract pro, chain aPymol> delete tmpPymol> select near, pro within 4.5 of upgPymol> hide allPymol> show sticks, upgPymol> show lines, nearPymol> label near, ("%s/%s") % (resn, resi)#("%s/%s"): 设定显示格式。

上面的图看起来有点乱，因为默认Pymol 在每个原子上都打上了标签。

要想看起来顺眼点，需要一点加工。

在这之前，让我们先看一下关于label 的其他设置：投影模式，可选值0（无投影），1（object 有投影到label 上，但是label 本身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label本身有投影）:Pymol> set lab el_shadow_mode, 3文字颜色：Pymol> set label_color, color-name, selection标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能：Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]]字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。

15号和16号字体是unicode的：Pymol> set label_font_id, 5字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。

你也可以用负值，则单位是Å：Pymol> set label_size, -0.5Pymol> set label_size, 4设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有用：Pymol> set label_position, (x,y,z)最后说说怎样用单个字母标注氨基酸。

首先在$HOME/.pymolrc中加入：# start $HOME/.pymolrc modificationsingle ={'VAL':'V', 'ILE':'I', 'LEU':'L', 'GLU':'E', 'GLN':'Q', \'ASP':'D', 'ASN':'N', 'HIS':'H', 'TRP':'W', 'PHE':'F', 'TYR':'Y', \'ARG':'R', 'LYS':'K', 'SER':'S', 'THR':'T', 'MET':'M', 'ALA':'A', \'GLY':'G', 'PRO':'P', 'CYS':'C'}# end modification用法，用single[resn]代替resn：Pymol> label n. CG and i. 230+246, single[resn]下面是改进过的图片：是不是看起来好多了，下面是具体的代码，其中关于电子密度图的设置请见下一节：Pymol> select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520Pymol> as cartoon, proPymol> 鼠标操作：显示near的sidechainPymol> set_color grey1, [224,224,224]Pymol> set cartoon_color, grey1Pymol> set cartoon_transparency, 0.3Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1Pymol> label n. CB and near, ("%s%s") % (single[resn], resi)Pymol> 进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置Pymol> set cartoon_transparency, 0.3Pymol> set label_font_id, 13Pymol> set label_size, 26Pymol> bg_color whitePymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离Pymol> set dash_length, 0.015Pymol> set dash_radius, 0.015分享到：举报浏览(459)评论转载逍儿的生日大聚（一）——搓饭乐乐的快乐周末，外加帽子秀萌动你的心(10P)现代教育国际集团的幼教专家告防治佝偻病的三个误区吃喝玩乐过周末星城春之曲Pymol> set dash_gap, 0.6Pymol> set dash_color, grey在pymol中导入电子密度图假设我们已经有了一个蛋白质的pdb文件(protein.pdb)和mtz(protein.mtz)文件，这样我们就可以用fft(Fast Fourier Transfor m)命令生成electron density map，以便在pymol中导入。

fft的命令格式如下：fft HKLIN protein.mtz XYZIN protein.pdb MA POUT p4回车后进入fft环境，还需要指定一些参数：LABIN F1=FWT PHI=PHWTGRID SAMPLE 5END上诉第2句“GRID...”用来指定生成电子密度图的精细程度。

默认值是3，表示生成的“网格”大小是最大分辨率的三分之一，以此类推。

回车之后电子密度图就搞定了，名字叫p4然后就可以在pymol中导入了。

首先导入pdb文件glucosyltransferase.pd b，然后电子密度图：首先说明一下，该pdb文件中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。

Pymol> load glucosyltransferase.pd b, proPymol> load p4你会发现，还看不见density。

打开Wizard -- Density，怎么样，看见了吧。

按住ctrl键和鼠标右键可以移动density，或者点击Density Map Wizard中的"Next Res."和"Previous Res."。

不过显示全部的density map并不是我们的目的，因为这样显的很乱，也看不到什么细节。

下面的例子是仅仅显示UDP-Glucose的电子密度图。

Pymol> remove resn H OHPymol> select upg, chain bPymol> as cartoon, proPymol> as stick, upgPymol> orient, upgPymol> isomesh upg-d, 2fofc, 2.0, upg, carve=1.5Pymol> set stick_radius, 0.2Pymol> set mesh_radius, 0.01#让电子密度图的网格细一点，好看效果图如下：上诉命令中，其余设置请见上一节label，和显示电子密度相关的就是isomesh了，它的用法如下：Pymol> isomesh name, map, level [,(selection) [,buffer [,state [,carve ]]]]name: 给这个mesh isosurface随便起个名字。

map: 就是刚才load的那个2fofc。

level: 轮廓值，越大轮廓越细。

selection: 要表达的对象buffer: 没用过state: 没用过carve: 以selection中的任何原子为中心，半径为该值，所包含的全部原子，画出他们的densityOK!搞定。

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pymol做图简单教程

pymol做图简单教程

1.将对接好的ligand和蛋白merge(好像每次只能用一个ligand和一个蛋白,否则pymol里会把几个ligand当作一个2.Merge后export structure,存成pdb格式3.在pymol中打开.pdb4.在里面找出ligand,点sele的A(action)/renameRename这个ligand,这里命名为lig5.选all,H(hide)everthing6.选lig，S(show)sticks7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element2j50选white9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了10.然后再找氢键作用的残基，可以在上面直接点选，但最好找出氨基酸代码来选取（因为这里面点不准）Rename它们，以便以后好找，这里rename为res，show它们为line，color为by element11.再选display，将background改成white12.然后分别点选这几个res(因为颜色不同,所以很容易找出来),右键label/residuesbel出来后,还可以调整它们的位置,点一下左图viewing,就变成了右图的editing,这时就可以按住ctrl键拖动label的位置了12.大体已经完成了,再进行一些修饰Setting/transparency/cartoon/50% 蛋白的透明度Setting/label/size 18调节字体的大小Setting/edit allcartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车) //或者输入命令Pymol>set cartoon_color white在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点Stick也可以改细点13.电子密度1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白2)download maps3)选ccp4格式,generate map4)下载后解压,重命名为*p45)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue6)选中lig,在PyMOL输入isomesh map,2j50.map,2.0,sele,carve=1.6实用标准文档文案大全 7) 这样就从原来的map 里iso 出lig 周围的蛋白的电子密度,把2j50.map_mesh 关了就可以看见了然后再调整它的粗细电子密度周围的线好像有些奇怪,可能设置里哪个地方还没调好吧.另外,ray 1900,980就能生成1900*980分辨率的图片,然后file/save image as 输出.png。

《pymol使用教程》

《pymol使用教程》

简介&安装Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。

据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。

今天先来说说安装吧。

自2006年8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好的PyMOL执行程序（包括beta版）采取限定下载的措施。

目前，只有付费用户可以取得。

不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。

如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是Windows用户，首先下载Pymol的源代码。

然后安装CygWin，并且确保正确安装以下模块：▪C++ (gcc or g++ package name)▪Python▪OpenGL▪PNG然后在源代码目录里面依次运行：2.如果你是Linux用户，首先确保以下东东已安装：▪Python▪Pmw▪OpenGL driver（我用的是NVdia）▪libpng▪Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol的源代码$ mkdirpymol-src$ svn co https:///svnroot/pymol/trunk/pymolpymol-src然后进入源代码目录# cdpymol-src开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin如果运行时得到错误信息"ImportError: No module named Pmw"，那么你应该运行# python setup2.py install pmw如果你在使用Gentoo，请确保编译python时添加了tcl/tk支持，否则运行是会提示错误"ImportError: No module named _tkinter"# USE="tcltk" emerge python好了，下面我们就可以进入Pymol的世界了。

pymol使用教程中文

pymol使用教程中文

pymol使用教程中文PyMOL是一款用于分子建模的强大工具，许多化学生物学和生物化学研究人员使用它来可视化蛋白质、核酸和其他生物分子的三维结构。

本文将介绍PyMOL的基本用法，包括如何加载分子结构、调整视图和颜色、创建图片和动画等功能。

### 1. 安装与启动首先，您需要下载PyMOL软件并安装到您的计算机上。

安装完成后，双击图标启动PyMOL。

您可以在终端中输入`pymol`命令启动PyMOL。

### 2. 加载分子结构在PyMOL中加载分子结构非常简单。

点击菜单栏中的“File”，然后选择“Open”或者直接拖拽您的分子结构文件到PyMOL窗口中即可加载。

常见的分子结构文件格式包括PDB、XYZ、MOL等。

### 3. 调整视图与颜色PyMOL提供了丰富的功能来调整分子的视图和颜色。

您可以使用鼠标滚轮缩放、移动视图，也可以通过菜单栏中的“Edit”来选择不同的视图模式。

同时，您还可以通过选择不同的颜色方案为分子上色，以突出不同的氨基酸或核苷酸。

### 4. 选择和操作分子在PyMOL中，您可以使用鼠标来选择分子中的原子、氨基酸或核苷酸等部分。

通过单击可以选择一个原子，通过按住Shift键加单击可以选择多个原子。

您还可以使用命令行来选择特定的部分，例如`select resi 10`选择氨基酸编号为10的氨基酸。

### 5. 创建图片与动画PyMOL还支持创建高质量的图片和动画。

您可以调整分子的角度和视角，然后点击菜单栏中的“File”-“Save Image”来保存图片。

如果您想要创建动画，可以使用PyMOL的命令行来逐帧绘制动画，并将其导出为视频文件。

### 总结在本教程中，我们介绍了PyMOL的基本用法，包括加载分子结构、调整视图和颜色、选择和操作分子、创建图片和动画等功能。

希望这些内容能够帮助您更好地使用PyMOL进行分子建模和可视化工作。

如果您想进一步了解PyMOL的高级功能，可以查阅PyMOL的官方文档或参考其他教程。

pymol教程

pymol教程

pymol教程
Pymol是一种用于分子可视化的软件工具，它可以让科学家和
研究人员更好地理解和展示分子结构和相互作用。

本教程将引导您使用Pymol进行一些基本的分子可视化操作。

1. 安装Pymol
在开始之前，您需要在计算机上安装Pymol软件。

您可以从
官方网站上下载适用于您的操作系统的最新版本。

安装完成后，启动Pymol。

2. 加载分子数据
在Pymol中，您可以加载各种不同格式的分子数据文件，包
括PDB、MOL2、XYZ等。

您可以从菜单栏中选择“File”-
>“Open”来加载一个分子文件。

3. 调整分子的显示样式
一旦分子文件加载完成，您可以使用Pymol的各种工具来调
整分子的显示样式。

例如，您可以选择隐藏或显示原子、调整原子的颜色和大小等。

4. 旋转和平移分子
Pymol允许您通过鼠标来旋转和平移分子。

按住鼠标左键并
拖动可以旋转分子的视角，按住鼠标右键并拖动可以平移分子的位置。

5. 添加和调整分子的标签
Pymol还支持添加和调整分子上的标签。

您可以选择一个原
子或残基，并在菜单栏中选择“Label”->“Atom”或“Residue”，然后在弹出的对话框中输入您想要显示的标签。

6. 创建和编辑分子图形
Pymol还提供了一些工具来创建和编辑分子图形。

您可以使用线条、球棒、面片等工具来可视化分子的结构和相互作用。

以上是使用Pymol进行基本分子可视化的简要教程。

希望这对您有所帮助！。