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基于COI基因探讨雉科6个属的分类地位

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我国6个地方鸡品种线粒体COI基因遗传多样性分析

我国6个地方鸡品种线粒体COI基因遗传多样性分析

我国6个地方鸡品种线粒体COI基因遗传多样性分析
屠云洁;高玉时;周新民;张学余;王克华;唐修君
【期刊名称】《扬州大学学报：农业与生命科学版》
【年(卷),期】2007(28)3
【摘要】以我国地方鸡品种为研究对象，测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C
氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列，分析COⅠ基因序列的多态性。

结果表明：6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点，占分析位点总数的3．52％；6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0．7274，核苷酸多样度平均为0．352％，品种间核苷酸分歧度为0．283％～0．791％。

6个地方鸡品种的
COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。

【总页数】3页(P31-33)
【关键词】地方鸡品种;线粒体CO;Ⅰ基因;遗传多样性
【作者】屠云洁;高玉时;周新民;张学余;王克华;唐修君
【作者单位】中国农业科学院家禽研究所
【正文语种】中文
【中图分类】S831.2
【相关文献】
1.基于线粒体COI基因序列的丽文蛤群体遗传多样性和遗传结构分析 [J], 田云方;叶莹莹;吴常文;傅泽钦
2.基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究 [J], 单云晶;鲁翠云;
李超;张明昭;顾颖;孙效文
3.基于线粒体COI基因序列的丽文蛤群体遗传多样性和遗传结构分析 [J], 田云方;叶莹莹;吴常文;傅泽钦;
4.江苏省地方鸡品种线粒体DNA遗传多样性分析 [J], 贾晓旭;唐修君;樊艳凤;陆俊贤;葛庆联;黄胜海;高玉时
5.基于线粒体COI基因分析广州市15个白纹伊蚊种群的遗传多样性 [J], 郑梓豪;吴珊珊;魏勇;钟代斌;郑学礼
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基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构

基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构

基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构鲁翠云;孙志鹏;曹顶臣;耿龙武;那荣滨;吴学工;郑先虎【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2024(48)1【摘要】为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。

结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。

单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。

每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069;π=0.00079±0.00011),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。

AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.20736<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_(st)>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。

基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。

研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。

利用线粒体COII基因序列对中国尾蛱蝶属系统分化的研究(鳞翅目:蛱蝶科)

利用线粒体COII基因序列对中国尾蛱蝶属系统分化的研究(鳞翅目:蛱蝶科)

利用线粒体COII基因序列对中国尾蛱蝶属系统分化的研究(鳞翅目：蛱蝶科)王戎疆;万宏;龙玉;雷光春;李绍文【期刊名称】《昆虫学报》【年(卷),期】2004(047)002【摘要】利用线粒体C0II基因序列分析法,研究了我国尾蛱蝶属5种蝴蝶的系统分化.结果表明,在尾蛱蝶属5个种的12个样品中,405 bp长的COII片段有11.4%的位点为多态性位点,大部分的碱基改变是转换.各物种内不同个体间的差异明显小于不同物种间的差异,种内个体间的差异一般为0.5%～1.5%,各物种间的差异绝大多数在4%以上.利用最大似然性法构建的尾蛱蝶属聚类关系图显示,尾蛱蝶属蝴蝶分为两大分支,一支包括大二尾蛱蝶、二尾蛱蝶和忘忧尾蛱蝶,另外一个分支包括窄斑凤尾蛱蝶和黑凤尾蛱蝶聚在一起.在大二尾蛱蝶、二尾蛱蝶和忘忧尾蛱蝶这一分支中,大二尾蛱蝶和忘忧尾蛱蝶的亲缘关系较近,而二尾蛱蝶较远.这些分子系统学的结果均与形态学的结果相一致,是对形态分类的有力支持.【总页数】5页(P243-247)【作者】王戎疆;万宏;龙玉;雷光春;李绍文【作者单位】北京大学生命科学学院,北京,100871;北京大学生命科学学院,北京,100871;北京大学生命科学学院,北京,100871;北京大学生命科学学院,北京,100871;北京大学生命科学学院,北京,100871【正文语种】中文【中图分类】Q969【相关文献】1.中国粉眼蝶属分类研究(鳞翅目:蛱蝶科:眼蝶亚科) [J], 袁峰;史宏亮;李宇飞;谌安明2.中国绢斑蝶属分类研究(鳞翅目,蛱蝶科,斑蝶亚科) [J], 张雅林;房丽君;周尧3.中国尾蛱蝶属分类研究并记一新种(鳞翅目,蛱蝶科) [J], 房丽君;张雅林4.基于线粒体Cyt b基因和CO Ⅰ基因序列研究豹蛱蝶亚科(鳞翅目,蛱蝶科)10属间的系统发生关系 [J], 张大秀;郝家胜;邹方振;朱国萍;潘鸿春;张小平5.中国秆野螟属昆虫线粒体COⅠ基因遗传多样性及其分子系统学研究(鳞翅目:草螟科) [J], 杨瑞生;王振营;何康来;白树雄;姜义仁因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

基于线粒体COⅠ基因序列探讨卵翅蝗亚科系统发育关系

基于线粒体COⅠ基因序列探讨卵翅蝗亚科系统发育关系
（大理大学农学与生物科学学院，云南大理 671003）
［摘要］基于线粒体 COⅠ基因 538 bp 片段重建了斑腿蝗科中 4 亚科（卵翅蝗亚科、稻蝗亚科、禿蝗亚科和黑蝗亚科）10 属 37 种
和锥头蝗科 1 属 1 种（外群）的系统发育关系。结果显示：（1）4 亚科的亲缘关系为（（（卵翅蝗亚科、稻蝗亚科）秃蝗亚科）黑蝗亚
大理大学学报
JOURNAL OF DALI UNIVERSITY
［DOI］10. 3969 / j. issn. 2096-2266. 2016. 12. 014
第1卷 第12期 2016年12月 Vol.1 No.12 Dec. 2016
基于线粒体 COⅠ基因序列探讨卵翅蝗亚科系统发育关系
胡 洲，徐吉山，毛本勇*
较差的碱基后，使用 ClustalX 软件〔14〕进行同源性比 对，共得到平均长度为 619 bp 的数据集，序列采用 MEGA4.0〔15〕进行序列组成及饱和度分析，之后采用 ML 法构建系统发育树。见表 1。
表 1 样品来源及其 COⅠ基因序列 GenBank 登录号
亚科
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ïïLeabharlann ï扩增体系为：DNA 模板 3 μL、上游引物 2 μL、下 游引物 2 μL、Taq 酶 1 μL、Buffer 10 μL、DNTP 2 μL、 H2O 30 μL。
PCR 反应条件：95 ℃预变性 3 min，运行循环： 95 ℃变性 30 s，60 ℃退火 1 min，72 ℃延伸 1 min，共 35 个循环，72 ℃延伸 10 min，25 ℃保存。个别样品 在实验中出现非特异的条带，且经优化条件无法去
目前缺乏针对卵翅蝗亚科开展的分子系统学 研究，或仅见涉及该亚科个别属的 1~2 个物种的报 道，所以有必要在增加属级单元和物种数量以加大

基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析

基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析

基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析沈玉帮;张俊彬;冯冰冰;李家乐【期刊名称】《海洋通报》【年(卷),期】2011(030)004【摘要】本文采用线粒体COI基因序列分析对我国沿海6个紫贻贝群体124个个体的遗传多样性和群体结构进行了初步研究.在紫贻贝6个群体中共发现13个单倍型和33个核苷酸多态位点.青岛群体单倍型数目是最多的,温州群体、丹东群体和宁德群体次之.6个紫贻贝群体的基因多样性为0.569～0.821,核苷酸多样性为0.015 5～0.051 0,表现出较低的遗传多样性.紫贻贝不同群体之间的遗传分化较小,所有群体之间没有发生显著的遗传分化.分子方差分析表明,紫贻贝的变异主要存在于群体内.该研究为紫贻贝的可持续开发和资源保护提供了一定的理论依据.%Genetic biodiversity of Mytilus galloprovincialis was estimated, based on sequence analyses of the mitochondrial cytochrome oxidase I (mfDNA COI) gene, employing 124 individuals of 6 groups along the coast of eastern and southern china. 13 haplotypes and 33 variation sites were observed in the sequences of the 124 individuals. QD population had the greatest number of haplotypes, while secondary for WZ population, DD population and ND population. Among all six populations, gene diversities ranged from 0.569 to 0.821, and the nucleotide diversities from 0.0155 to 0.0510, suggesting that M. Galloprovincialis has low genetic diversity. The pairwise estimates of FST between M. Galloprovincialis populations weresmall, and no significant genetic differentiation was observed between populations. AMOVA analysis showed that a large proportion of variation was attributed within population of M. Galloprovincialis. This study provides objective data for the sustainable exploitation and fishery management of M. Galloprovincialis.【总页数】6页(P435-440)【作者】沈玉帮;张俊彬;冯冰冰;李家乐【作者单位】上海海洋大学教育部水产动物种质资源的挖掘与利用重点实验室,上海201306;上海海洋大学教育部水产动物种质资源的挖掘与利用重点实验室,上海201306;上海海洋大学教育部水产动物种质资源的挖掘与利用重点实验室,上海201306;上海海洋大学教育部水产动物种质资源的挖掘与利用重点实验室,上海201306【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COI基因的遗传比较分析 [J], 庞宇杰;李继姬;郭宝英2.基于线粒体COⅢ基因分析厚壳贻贝（Mytilus coruscus）养殖群体遗传多样性[J], 周超;郭宝英;吴常文;叶莹莹;李继姬;冯广朋3.基于线粒体D-loop区和COI基因序列研究2个禾花鲤群体和野生鲤群体的遗传多样性与系统进化关系 [J], 潘贤辉; 罗辉; 叶华; 林勇; 周康奇; 陈忠; 杜雪松; 黄姻; 覃俊奇; 文露婷; 潘志忠; 邓潜4.基于线粒体COI序列的中华绒螯蟹养殖群体与野生群体遗传多样性与遗传结构分析 [J], 轩中亚;薛竣仁;陈修报;姜涛;刘洪波;杨健5.基于线粒体COI序列的矛尾复虾虎鱼5个野生群体的遗传多样性分析 [J], 祝斐;应博凯;贾超峰;孟乾;高波;孙瑞健;宋双双;徐大凤;卢瑶瑶;张志伟;陈淑吟;张志勇;陈心因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

雉科四族鸟类的分子系统发生研究

雉科四族鸟类的分子系统发生研究

Ａ ｒ ｇ ｕ ｓ ｉ ａ ｎ ｉ ｎ ｉ ａ ｎ ｄ Ｐ ａ ｖ ｏ ｃ ｉ ｎ ｉ ） ， ａ ｔ ｏ ｔ ａ ｌ ｏ ｆ ６ ９ ４ ｎ ｕ ｃ ｌ ｅ ｏ ｔ ｉ ｄ ｅ ｓ ｏ ｆ ｍｉ ｔ ｏ ｃ ｈ ｏ ｎ ｄ ｒ ｉ ａ ｌ ＤＮＡ （ ｍｔ ＤＮＡ ）Ｃ Ｏ Ｉ ｇ ｅ ｎ ｅ ｓ ｏ ｆ ７ ｓ ｐ ｅ ｃ ｉ ｅ ｓ
发 生，本研 究分析 了雉科 ４属 ７ 种 鸟类 线粒 体 Ｄ ＮＡ Ｃ Ｏ１ 基因 ６ ９ ４ ｂ ｐ序列 ，共 发现 ２ １ ０个变异位点 ，其 中简约信
息位 点 １ ８ ０个 。４个族之 间，眼斑雉族 和孔 雀族 的遗传距离最小为 ０ ． １ ４ ５ ；眼斑雉族和雉族 间的最大 为 ０ ． １ ９ ２ 。４ 个族在 系统 发生树上聚成两个 明显 的分支 ，其 中鹑族和雉族 聚成一支 ，眼斑 雉族 和孔雀族聚成另一支 。形态和分 子 的证据均 表明眼斑雉族和孔雀族关系较近 。 关键词 ：雉 科；细胞色素 ｃ氧化酶亚基 １ ；系统发生 中图分 类号 ：Ｑ ４ ５ ９ ． ７ ２ ５ 文献标识码 ：Ａ Ｄ Ｏ Ｉ ： １ ０ ． ３ ９ ６ ９ ／ ｊ ． ｉ ｓ ｓ ｎ ． １ ６ ７ ４ — ８ ０ ８ ５ ． ２ ０ １ ３ ． ０ ２ ． ０ ２ ４
Ａｂ ｓ ｔ ｒ ａ ｃ ｔ ：Ｔ ｏ ｄ ｅ ｍｏ ｎ ｓ ｔ ｒ ａ ｔ ｅ ｔ ｈ ｅ ｐ ｈ ｙ ｌ ｏ ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ ｒ ｅ ｌ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｓ ｈ ｉ ｐ ｓ ｏ ｆ ｆ ｏ ｕ ｒ ｒ ｔ ｉ ｂ ｅ ｓ ｉ ｎ Ｐ ｈ ａ ｓ ｉ ａ ｎ ｉ ｄ ａ ｅ（ Ｐ ｅ ｒ ｄ ｉ ｃ ｉ ｎ ｉ ， Ｐ ｈ ａ ｓ ｉ ａ ｎ ｉ ｎ ｉ ，
Ｎｅ ｉ ｇ ｈ ｂ ｏ ｒ ｄ ｏ ｉ ｉｎ ｎ ｇ ｍｅ ｔ ｈ ｏ ｄ ａ ｎ ｄ Ｍａ ｘ ｉ ｍｕ ｍ ｐ ａ ｒ ｓ ｉ ｍｏ ｎ ｙ ｍｅ ｔ ｈ ｏ ｄ ｗｅ ｒ ｅ ｕ ｓ ｅ ｄ ｔ ｏ ｃ ｏ ｎ ｓ ｔ ｒ ｕ ｃ ｔ ｍｏ ｌ ｅ ｃ ｕ ｌ ａ ｒ ｐ ｈ ｙ ｌ ｏ ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ ｔ ｒ ｅ ｅ ，

基于COI基因探讨雉科6个属的分类地位

基于COI基因探讨雉科6个属的分类地位

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基于线粒体coi基因的马鲅科鱼类dna条形码研究

基于线粒体coi基因的马鲅科鱼类dna条形码研究
关键词：马科；ＤＮＡ条形码；ＣＯＩ基因 中图分类号：Ｑ３４９ 文献标志码：Ａ
马 科 （Ｐｏｌｙｎｅｍｉｄａｅ）隶 属 于 硬 骨 鱼 纲 （Ｏｓｔｅｉｃｈｔｈｙｅｓ）辐 鳍 亚 纲 （ＳｕｂｃｌａｓｓＮｅｏｐｔｅｒｙｇｉｉ） 鲈形目（Ｐｅｒｃｉｆｏｒｍｅｓ），广泛分布于温带、亚热带和 热带近岸海域以及淡水河流的入海口。马科 鱼类如六丝多指马（Ｐｏｌｙｄａｃｔｙｌｕｓｓｅｘｆｉｌｉｓ），肉质 鲜美、营 养 价 值 高；还 有 一 些 种 类 如 长 指 马 （Ｐｏｌｙｎｅｍｕｓｐａｒａｄｉｓｅｕｓ），形态优美、有较强的观赏 性，是珍稀 名 贵 的 经 济 鱼 类 ［１－２］。 全 世 界 已 知 马 科 鱼 类 共 有 ８属 ４３种，其 中 中 国 有 ３属 ７ 种［３－５］，分 别 为 四 指 马 属 （Ｅｌｅｕｔｈｅｒｏｎｅｍａ）的 四 指马 （Ｅ．ｔｅｔｒａｄａｃｔｙｌｕｓ）和 多 鳞 四 指 马 （Ｅ． ｒｈａｄｉｎｕｍ），多指 马 属 （Ｐｏｌｙｄａｃｔｙｌｕｓ）的 五 指 多 指马（Ｐ．ｐｌｅｂｅｊｕｓ）、黑斑多指马（Ｐ．ｓｅｘｔａｒｉｕｓ）、
目前，中国马科鱼类 ＤＮＡ条形码的研究 仅见有严安琪 等 ［１７］对 浙 江 海 域 四 指 马 和 黑 斑 多指马以及 邓 春 兴 ［１８］对 中 国 近 海 四 指 马 属 等少数物种局部地区的研究。本研究测定了在 中国黄海、东海和南海 ７省 １０个地点采集的 ３属 ５种 ３３条标本的线粒体 ＣＯＩ序列，结合 ＧｅｎＢａｎｋ 中下载的 ５属 １６种的 ＣＯＩ序列，进行中国马科 鱼类 ＤＮＡ条形码研究，旨在明确该科鱼类的分 类地位，为中国马科鱼类种质资源的保护和开 发利用提供科学依据。
文章编号：１００４－２４９０（２０２０）０１－０００１－０９

基于线粒体COⅠ基因序列分析5个巨[鱼丕]群体的遗传多样性

基于线粒体COⅠ基因序列分析5个巨[鱼丕]群体的遗传多样性
随着分子生物学技术的不断进步，目前各种分子标记已 被广泛应用于各种生物的分子系统分类和物种鉴定研究，其 中线 粒 体 ＣＯⅠ 基 因 序 列 是 最 常 用 的 分 子 标 记 之 一［１０］。 Ｈｅｂｅｒｔ等提出了利用线粒体细胞 ＣＯⅠ 基因的部分序列建立 全球动物的 ＤＮＡ条码（ＤＮＡｂａｒｃｏｄｅ）标准数据库，从而进行 物种简单有效的识别和鉴定工作 。 ［１１］ 区别于传统的形态学 鉴定方法，ＤＮＡ条形码技术更加简单有效且不受人为和客观 因素的影响，因为 ＤＮＡ条形码技术是直接用碱基顺序来反映 物种的客观指标，对于不同地域鱼类的遗传和进化关系的鉴 定更为简单有效［１２］。单云晶等利用线粒体 ＣＯⅠ 基因序列对 ５个不同的鲤养殖品进行遗传多样性分析［１３］；曹艳等基于线
采用酚 －氯仿方法 提 ［１３］ 取巨 基因组 ＤＮＡ，１％的琼脂 糖凝胶进行电泳检测后经凝胶成像系统进行拍照并保存在 －２０℃ 冰箱。巨 ＰＣＲ扩增所用的引物为杜民等［１７］设计 合成的 １对简并引物，其名称和序列分别为 Ｂａｙａ０９Ｆ：５′－ＧＡ
群体在分子水平上进行遗传多样性研究，为今后建立基于 ＤＮＡ分子标记的巨 物种提供资料基础。本试验选用来自 澜沧江上游（Ｌ）、怒江坝（Ｂ）、红河曼耗（Ｍ）、景洪（Ｊ）以及怒 江下游（Ｎ）不同群体的巨 作为试验材料，采用基因克隆方 法获得讨不同巨 群体的遗传和进化关系。
收稿日期：２０１７－１２－３１ 基金项目：国家自然科学 基 金 （编 号：３１３６０６３８）；云 南 省 中 青 年 学 术
带头人后备人才项目（编号：２０１５ＨＢ０５９）；云南省教育厅科学研究 基金重大专项（编号：ＺＤ２０１３００９）；红河学院中青年学术带头人后 备人才项目（编号：２０１４ＨＢ０２０３）。 作者简介：牛宝珍（１９７９—），女，湖北枣阳人，硕士，实验员，主要从事 水生生物资源研究。Ｅ－ｍａｉｌ：ｎｉｕ２０１１ｂａｏ＠１２６．ｃｏｍ。 通信作者：杜 民，博 士，副 教 授，主 要 从 事 水 生 生 物 技 术 与 资 源 研 究。Ｅ－ｍａｉｌ：ｄｕ２００５ｍｉｎ＠１２６．ｃｏｍ。

COⅡ基因在昆虫分子系统学研究中的作用和地位

COⅡ基因在昆虫分子系统学研究中的作用和地位

COⅡ基因在昆虫分子系统学研究中的作用和地位
卜云;郑哲民
【期刊名称】《昆虫知识》
【年(卷),期】2005(42)1
【摘要】细胞色素氧化酶Ⅱ(cytochromeoxidaseⅡ,COⅡ)基因位于线粒体DNA(mtDNA)上,编码细胞色素氧化酶亚基Ⅱ,该亚基为细胞色素c提供重要的结合位点。

COⅡ基因进化速率较快,是昆虫分子系统学研究中理想的分子标记。

目前,已经利用该基因从各个分类水平对昆虫系统发育关系、物种形成与分化、种群遗传与变异及生物地理等方面做了广泛的研究。

研究表明,利用该基因可以很好地解决昆虫属、种及种下分类单元的系统发育问题,但是在解决科、亚科等高级阶元的系统发育关系时仍存在一些局限,COⅡ基因与其他mtDNA及核基因的联合分析能够更好地解决昆虫的系统发育问题。

【总页数】5页(P18-22)
【关键词】昆虫;分子系统学研究;COⅡ;系统发育关系;生物地理;亚科;种下分类;基因;细胞色素氧化酶;细胞色素c
【作者】卜云;郑哲民
【作者单位】陕西师范大学动物研究所
【正文语种】中文
【中图分类】Q949;Q969.445.6
【相关文献】
1.核糖体RNA基因在蕈菌分子系统学研究中的应用 [J], 盛伟;方晓阳;潘传奇
2.核基因在两栖爬行动物分子系统学中的研究进展 [J], 刘奎;陈卫
3.COⅠ基因在海洋动物分子系统学研究中的应用 [J], 毕相东;杨雷;侯俊利;白东清;董少杰;孙金辉;李永仁;侯林
4.单拷贝核基因在昆虫分子系统学中的应用 [J], 马兰;黄原
5.线粒体基因在鳞翅目昆虫分子系统学中的研究进展 [J], 李青青;段焰青;李佛琳;李地艳;周汝敏;曹能
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基于线粒体COI序列的DNA条形码在中国海口足类物种鉴定中的应用分析

基于线粒体COI序列的DNA条形码在中国海口足类物种鉴定中的应用分析

中国水产科学 2018年7月, 25(4): 858-866 Journal of Fishery Sciences of China研究论文收稿日期: 2017-09-18; 修订日期: 2018-05-21.基金项目: 科技部科技基础性工作专项(2013FY110700, 2014FY110500); 国家自然科学基金项目(31401955). 作者简介: 沙忠利, 研究员, 博士, 研究方向为发育生物学. E-mail: shazl@通信作者: 程娇(1986–), 女, 副研究员, 博士, 研究方向为海洋甲壳动物分类与系统发育. E-mail: jcheng@ DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17338基于线粒体COI 序列的DNA 条形码在中国海口足类物种鉴定中的应用分析沙忠利1, 2, 3, 王永良1, 程娇1, 21. 中国科学院海洋研究所, 山东 青岛 266071;2. 中国科学院大学, 北京 100049;3. 中国科学院海洋大科学研究中心, 山东 青岛 266071摘要: 中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性, 是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。

口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似, 仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。

DNA 条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限, 为物种鉴定提供了有效的工具。

该研究探讨了利用线粒体COI 序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性, 共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI 序列, 与GenBank 收录的14种42条口足类同源序列进行比对, 结果显示口足类COI 基因不存在碱基插入缺失现象, 碱基组成偏倚明显, A+T 含量(63.5%)显著高于G+C 含量(36.5%)。

基于Kimura 双参数模型计算遗传距离, 结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。

同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%, 平均值为0.76%。

基于线粒体COI基因的17种菱蜡蝉亚科昆虫DNA条形码研究(半翅目:蜡蝉总科:菱蜡蝉科)

基于线粒体COI基因的17种菱蜡蝉亚科昆虫DNA条形码研究(半翅目:蜡蝉总科:菱蜡蝉科)

基于线粒体COI基因的17种菱蜡蝉亚科昆虫DNA条形码研究(半翅目：蜡蝉总科：菱蜡蝉科)肖永刚;陈祥盛【摘要】通过对菱蜡蝉科Cixiidae菱蜡蝉亚科Cixiinae 9属17种昆虫的mt DNA COI基因序列进行研究,探讨DNA条形码在菱蜡蝉亚科昆虫中快速识别和准确鉴定的可行性.采用MEGA 5对序列进行比对和遗传距离分析,基于COI基因序列构建ML、MP、NJ、ME系统发育树.结果显示:属间平均遗传距离为0.133,介于0.102 ～0.147之间;属内种间平均遗传距离为0.047,介于0.025～ 0.079之间;地理种群间平均遗传距离为0.039;介于0.024～0.064之间.系统发育树显示:同属物种聚为一小支,分支置信度高达97％～ 100％;同一地理类群聚为一支,分支置信度高达98％～100％.结果表明应用基于COI基因片段的DNA条形码对菱蜡蝉亚科昆虫分类鉴定是可行的.【期刊名称】《山地农业生物学报》【年(卷),期】2014(033)002【总页数】7页(P44-50)【关键词】菱蜡蝉亚科;DNA条形码;mt COI基因;遗传距离;系统发育树【作者】肖永刚;陈祥盛【作者单位】贵州大学昆虫研究所,贵州贵阳550025;贵州昆虫资源开发利用省级特色重点实验室,贵州贵阳550025;宜宾学院实验与教学资源管理中心,四川宜宾645300;贵州大学昆虫研究所,贵州贵阳550025;贵州昆虫资源开发利用省级特色重点实验室,贵州贵阳550025;贵州大学动物科学学院,贵州贵阳550025【正文语种】中文【中图分类】Q969.35线粒体细胞色素氧化酶第一亚基DNA(mt DNA)被认为是动物界中最适合的DNA 条形码标准基因［1-2］。

COI基因包含丰富的遗传信息，既相对保守又能保证足够变异，进化速率适中，可作为属种系统进化研究的良好标记，目前已广泛应用于昆虫分子系统发育分析［3-6］。

DNA条码技术已为研究和利用地球上众多的生物资源，鉴定生物多样性提供了强大的工具，并在各物种的鉴定与分类中发挥重要作用［5-8］。

6个地方鸡种线粒体COⅠ基因的DNA条形码

6个地方鸡种线粒体COⅠ基因的DNA条形码

6个地方鸡种线粒体COⅠ基因的DNA条形码高玉时;屠云洁;童海兵;王克华;陈宽维;顾荣【期刊名称】《农业生物技术学报》【年(卷),期】2007(15)6【摘要】以我国6个地方鸡(Gallus gallus)品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome coxidase Ⅰ,COⅠ)基因的2段序列,研究COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡种方面的可行性和有效性.研究结果表明,所选择的2段序列中,经过多态性分析筛选,以Bar1序列(712～1 359 位)突变位点较多,为24个,为24种单倍型,其中22种单倍型为6个鸡品种所特有;品种间平均多态性3.860%,6个鸡品种均有其特异位点;6个品种的NJ聚类分析结果显示,6个鸡品种基本被聚为不同的类别,与形态学分类基本一致,COⅠ基因的Bar1序列用于这些品种鉴定是可行的.而对Bar2序列(1 800～2 314 位)进行序列多态性分析,只发现5个突变位点,为5种单倍型,且大多品种没有其特异位点.由于其多态性低,且NJ聚类分析6个品种的聚类结果与形态学分类不一致,Bar2序列不利于品种鉴定.研究结果表明,CO Ⅰ基因的Bar1序列更适合地方鸡品种鉴定条形码.【总页数】7页(P924-930)【作者】高玉时;屠云洁;童海兵;王克华;陈宽维;顾荣【作者单位】中国农业科学院家禽研究所,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,扬州,225003【正文语种】中文【中图分类】S188【相关文献】1.3个地方鸡种线粒体D A COⅠ基因条形码遗传多样性研究 [J], 屠云洁;陈国宏;高玉时;王克华;童海兵;张学余2.基于水稻线粒体atp6基因的稻属CMS基因起源及DNA条形码的研究 [J], 李平; 刘雅婷; 赵自仙; 娄红波; 张雪梅3.基于线粒体COI基因的DNA条形码技术对小叶蝉亚科昆虫种类的分子鉴定 [J], 高娅蓉; 熊康宁; 袁周伟; 苑晓伟; 谭超; 陈晓晓; 宋月华4.基于线粒体COI基因5'端区段粉螨DNA条形码研究 [J], 张兰香;詹雨娟;李梦珠;王严;李心玫;褚凌渺;孙恩涛5.我国3个地方品种鸭线粒体DNA COⅠ基因的DNA条形码初步分析 [J], 徐向明因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

COI基因在我国昆虫分类中的应用

COI基因在我国昆虫分类中的应用
Ａｂ ｓ ｔ ｒ ａ ｃ ｔ ：Ｔ ｈ ｉ ｓ ｐ ａ ｐ ｅ ｒ ｉ ｎ ｔ ｒ ｏ ｄ ｕ ｃ ｅ ｄ ＤＮ Ａ Ｂ ａ ｒ ｃ ｏ ｄ ｉ ｎ ｇ ｔ ｈ ａ ｔ ｈ ａ ｓ ｂ ｅ ｅ ｎ ａ ｍｏ ｎ ｇ ｈ ｏ ｔ ｔ ｏ ｐ ｉ ｃ ｓ ｉ ｎ ｃ ｌ ａ ｓ ｓ ｉ ｆ ｉ ｃ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｏ ｆ ｉ ｎ ｓ ｅ ｃ ｔ，ａ ｎ ｄ ｓ ｕ ｍｍａ ｒ ｉ ｚ ｅ ｅ ｌ ａ ｓ ｓ ｉ ｆ ｉ —
昆虫是动物界 中最大的生命类群 ， 拥有丰富 的种类 、 个体数量 、 展 的基础 。昆虫作为地球上最大的动物群体 ， 传统 的分类手段 已经 生物量及基 因数 ， 在生物 多样性 中 占有十分重要的地位 。Ⅲ 因此 ， 昆 不能满足 当前科研工作的需 要了。Ｄ Ｎ Ａ条形码 技术 的出现 ， 很好 的 虫分类学有着极其重要的理论指导意义 。 自林奈创立 双名法以来 ， 解决 了这一难题 ，作为通用 序列 的 Ｃ Ｏ Ｉ 基 因必将在未来 的昆虫分 依据形态学进行分类是经典分类学家的主流分类方式 。 然 而对于种 类学工作 中起到极其重要 的作用 。 ‘ 类 极度 丰富的昆虫纲生物 ， 经典 的分类 方式显 然无 法满足现在的分 在 国际上 ， Ｂ Ｏ Ｌ Ｄ系统正 以每年 ３ ０ ０万 条徐磊 ， ３ Ｏ万个样本 的 类需求 。 近２ ０ 年来 ， 分子生物学飞速发展 ， 核酸提取技术 与 Ｐ Ｃ Ｒ技 速度扩充。国外利用 Ｃ Ｏ Ｉ 基因进行的昆虫分类鉴定工作已经取得 术 的广 泛应用带 动了一批传统 学科 的发展 ， 昆 虫分类学 也得到了极 极大的成果 ， 这些生物信息数据 ， 不但可 以为坚定物种服务 ， 同时能 大 的发展 。本文综述 了一种最新 的以 ｃ Ｏ Ｉ 基 因为分类 基准的分类 够获取大量的为系统发育学 、 种群遗传学等学科服务的数据。在我 方法在 我国昆虫分类学 的应用情况 。 国， 这项工作正处于发展的起 步时期 ， 尚没有 系统化 、 规模化 。 因此 ， １ ＤＮ Ａ条形码技术 及早 的建立一个属于我 国的完整类群的条形码数据库非常必要 。 这 ２ ０ ０ ２年 Ｔ ａ ｕ ｔ ｚ 提出 Ｄ Ｎ Ａ分类 的概念 ， 建立 以 Ｄ Ｎ Ａ序列 为基 础 个数据库 的建立将不仅对昆虫分类学上有着极大作用 ， 也将 在生 物 的物 种 识 别 体 系 。随 后 ， Ｈｅ ｒ ｂ ｅ ｒ ｔ等提 出 Ｄ Ｎ Ａ 条形 码 概念 （ Ｄ Ｎ Ａ 多样性调查研究 、 保护生物学等领域起到巨大的作用 。 Ｂ ａ ｒ ｃ ｏ ｄ ｉ ｎ ｇ ） 。Ｈ ｅ ｒ ｂ ｅ ｒ ｔ 倡 导利用线粒体 ｃ ０ Ｉ 基 因偿 戋 粒 体细胞色素 氧 参 考 文 献 化酶亚基 Ｉ 基 因） 作为通用序列 ， 建立全球性的物种鉴别系统。 【 １ 】 彩 万志 ， 庞雄 飞等． 普通 昆 虫学［ Ｍ ］ ． 北京 ： 中 国农业 大 学 出版社 ， ０ ０ １ ． ７ ２ ０ ０ ３年 ， 在美 国的冷泉港 ， 全球 的生物学专家经 过两次会议 的 ２ ２ ］ Ｈｅ ｂ ｅ ｔ ｒ Ｐ Ｄ Ｎ ， Ｃ ｙ ｗ ｉ ｎ ｓ ｋ ａ Ａ ， Ｂ ａ ｌ Ｉ Ｓ Ｌ ， ｄ ｅ Ｗａ ａ ｒ ｄ Ｊ Ｒ ， ２ ０ ０ ３ ａ ．Ｂ ｉ ｏ ｌ ｏ ｇ ｉ ｃ ａ ｌ ｉ — 讨 论 ，提 出了国际 Ｄ Ｎ Ａ条形码计划 一ｉ Ｂ Ｏ Ｌ（ Ｉ ｎ ｔ ｅ ｒ ｎ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ａ ｌ Ｂ ａ ｒ ｃ ｏ ｄ ｅ 『 ｅ ｎ ｔ ｉ ｉ ｆ ｃ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｓ ｔ ｈ ｒ ｏ ｕ ｇ ｈ ＤＮ Ａ ｂ ａ ｒ ｃ ｏ ｄ ｅ ｓ ．Ｐ ｏｃ ｒ ．Ｒ． Ｓ ｏ ｃ ．Ｂｉ ｏ １ ．Ｓ ｃ ｉ ．Ｓ ｅ ｒ ． ｆ ｏ Ｌ ｉ ｆ ｅ ｏ ２ ０ ０ ４年 ， 拥有来 自 ５ ０多个 国家 １ ７ ０多个组织成员 的 ” 生 ｄ ２ ７ ０ ： ３１ ３ － ３ ２ １ ． 命 条形码联 盟 ” 成立 。目前 ， 还有针对鸟类 、 鱼类 、 鳞翅 目昆虫 、 极地 Ｂ， 生物的条形码计划在陆续实施 中。２ ０ ０ ７ 年５ 月， 涵盖了序列信息 、 【 ３ ］ Ｈｅ ｂ ｅ ｔ ｒ Ｐ Ｄ Ｎ ， Ｒ ａ ｔ ｎ ａ ｓ ｉ ｎ ｇ ｈ ａ ｍ Ｓ ，ｄ ｅ Ｗａ ａ ｒ ｄ Ｊ Ｒ ， ２ ０ ０ ３ ｂ ．Ｂ ａ ｒ ｃ ｏ ｄ ｉ ｎ ｇ ａ ｎ ｉ － ｌ ｌ ｉ ｆ ｅ ：ｃ ｙ ｔ ｏ ｅ ｈ ｒ ｏ ｍｅ ｅ ｏ ｘ ｉ ｄ ａ ｓ ｅ ｓ ｕ ｂ ｕ ｎ ｉ ｔ １ ｄ ｉ ｖ ｅ ｒ ｇ ｅ ｎ ｃ ｅ ｓ ａ ｍｏ ｎ ｇ ｃ ｌ ｏ ｓ ｅ ｌ ｙ 物 种描述 、 地理分 部信息 、 标本 图片等 信息 的生命 条形码数据 系统 ｍａ ｅ ｌ ａ ｔ ｅ ｄ ｓ ｐ ｅ ｃ ｉ ｅ ｓ ．Ｐ ｏｃ ｒ ．Ｒ．Ｓ ｏ ｃ ．Ｂ ｉ ｏ １ ．Ｓ ｃ ｉ ．Ｓ ｅ ｒ ．Ｂ，２ ７ ０ ，￥ ９ ６ 一 ｓ ９ ９ ． （ Ｂ ａ ｒ ｅ ｏ ｄ ｅ ｏ ｆ Ｌ ｉ ｆ ｅ Ｄ ａ ｔ ａ Ｓ ｙ ｓ ｔ ｅ ｍ ｓ ， Ｂ Ｏ Ｌ Ｄ） 在加拿大圭 尔夫大 学正式筹 ｒ 建 。截 止到 目前为止 ， Ｂ Ｏ Ｌ Ｄ 中已收集 到 １ ７ ０ １ ８ ５个种类 ， 与条 形码 】 诸 立新 ， 吴笑兵等． 基于 Ｃ Ｏ Ｉ 基 因部 分序列对尾凤蝶 属（ 鳞翅 目， 有关 的 １ ９ ３ ０ ０ ８ ７条序列 ， 这其 中超 过 ７ ０ ％的为昆虫 。 凤蝶科） 四种蝴蝶 分子 系统 关 系及相关 问题 的探 讨『 Ｊ ］ ． 动 物分类 学 ２ ＣＯ Ｉ 基 因 报， ２ ０ ０ ６ ， ３ １ （ １ ） ： ２ ５ — ３ ０ ． ５ １ 冷 海楠 ， 迟德 富等 ， 松 毛 虫属部 分地理种群 ｃ Ｏ Ｉ基 因序 列分析 Ｃ Ｏ Ｉ 基 因是全球性物种鉴别 系统 的通用序 列。与其他 的基 因 『 片段相 比， Ｃ Ｏ Ｉ基 因有许多优点 ， 序列长度适 中且既相对保守 又足 『 Ｊ １ ． 东北林业大 学学报 ， ２ ０ １ ０ ， ３ ８ （ １ １ ） ： １ ０ ５ — １ ０ ８ ． 够 的变异 。 『 ６ １ 付景 ， 张迎春 ． ２ ７种瓢 虫 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ — Ｃ Ｏ Ｉ基 因序 列分析及 系统发 育 鞘翅 目： 瓢 虫科 ） 【 Ｊ 】 ． 昆虫分类学报 ， ２ ０ ０ ６ ； ２ ８ （ ３ ） ： １ ７ ９ — １ ８ ６ ． ２ ０ ０ ３年 ， Ｈ ｅ ｒ ｂ ｅ ｒ ｔ 等首 次分析 了 ２ ０ ０个亲缘关 系较近 的鳞翅 目 研 究（ 昆虫 的 Ｃ Ｏ Ｉ片段 ，结果显示 ， Ｃ Ｏ Ｉ 片段能够全部 的鉴别 出这些鳞 『 ７ １ 郑福 山， 杜予州等． 基 于线粒体 ｃ ０ Ｉ 基 因序列的 小萤叶 甲属部种 翅 目昆虫 。同年 ， Ｈ ｅ ｒ ｂ ｅ ｔ又基 于 Ｃ ｒ Ｏ Ｉ 片段对鳞翅 目的 ８ ８ ２种 昆虫 类分子 系统 学研 究『 Ｊ ］ ． 昆虫学报 ， ２ ０ ０ ７ ， ５ ０ （ ５ ） ： ５ ０ ７ — ５ ０ ７ ． ８ １ 潘程莹 ， 胡婧等 ， 斑腿 蝗科 Ｃ ａ ｔ ａ ｎ ｔ ｏ ｐ ｉ ｄ ａ ｅ七种蝗 虫线粒体 ｃ ０ Ｉ 基 进行 了研究分析 ，推算出鳞翅 目 昆虫 的种 间遗传 差异为 ６ ． ５ ％。此 『 Ｎ Ａ条形码研 究『 Ｊ １ ． 昆虫分 类学报， ２ ０ ０ ６ ， ２ ８ （ ２ ） ： １ ０ ３ — １ １ ０ ． 后， Ｄ Ｎ Ａ条形码广泛用于 了昆虫学 的分类 和坚定 ， 尤其 是在鳞翅 目 因的 Ｄ 昆虫中。鳞翅 目 Ｄ Ｎ Ａ条形码协会（ Ａ ｌ ｌ Ｌ ｅ ｐ ｓ Ｂ ａ ｒ ｅ ｏ ｄ ｅ ｓ ｏ ｆ Ｌ ｉ ｅ ｆ ，ｈ ｔ ｔ ｐ ： ／ ／ ｗ ｗ ｗ ． １ ｅ ｐ ｂ ａ ｒ ｃ ｏ ｄ ｉ ｎ ｇ ． ｏ ｒ ｇ ） 目前已收录 了 １ ５ ９ ０ ６个鳞 翅 目物种超 过 ３ ９ 万条条形码序列 ， 这些都是序列全部是基于 Ｃ Ｏ Ｉ片段 。 ３ ＣＯ ｌ 基因在 我国昆虫分类 中的应用 鳞翅 目昆虫是利用 Ｄ Ｎ Ａ条形码技 术进 行研 究的最多 的昆虫类 群。 诸立新 等利用 Ｃ Ｏ Ｉ 基 因对尾凤蝶属（

DNA条形码论文：DNA条形码COI基因两栖纲物种分类

DNA条形码论文：DNA条形码COI基因两栖纲物种分类

DNA条形码论文：DNA条形码 COI基因两栖纲物种分类【中文摘要】线粒体是绝大多数真核生物细胞内的一种基本的、重要的细胞器,是进行有氧呼吸的主要场所。

脊椎动物的线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)是闭合的环状双链DNA分子,能进行严格的自我复制,具有母系遗传特征,在世代传递过程中不会发生基因重组。

mtDNA已被广泛应用于脊椎动物进化遗传学和种群遗传学的研究,为在分子水平上解决物种的系统发育问题提供了很好的研究材料。

本次研究以mtDNA上的COI基因(Mitochondrial cytochrome coxidase subunit I)为研究对象,对湖南省的部分两栖动物的分类和系统发育问题进行了研究。

研究克隆了11种两栖动物COI基因的DNA 条形码区域,11个物种均获得了650 bp左右的序列。

运用MEGA4.1软件以及P-distance的方法比较了这些动物COI基因的遗传相似性和序列差异并构建了MP系统进化树,结果显示：(1)A+T含量为56%,G+C含量为44%。

不同物种中A+T含量都高于G+C含量,从密码子的使用频率来看,密码子第一位碱基G的使用频率最低,第三位T的使用频率最高,这说明碱基以及密码子的使用具有一定的偏向性。

(2)遗传相似性在55.4-98.6%之间,序列差异在1.5-33.7%之间。

泽蛙和棘腹蛙的COI基因的遗传相似性最高,中华蟾蜍和花姬蛙的遗传相似性最低。

大鲵和沼蛙的序列差异最大；泽蛙和棘腹蛙的序列差异性最小。

(3)从分子系统进化树来看,蛙科、树蛙科、姬蛙科与蟾蜍科的各物种分别聚类,与传统分类学是一致的,说明用COI基因来鉴别物种是较理想的。

(4)通过与GenBank中相同物种的COI基因序列比较,发现其相似度很高,但也有区别比较大的序列,这有可能是由于不同的亚种、个体差异、地理隔离等原因导致的,从另一方面来说COI基因可能对相同物种的不同亚种也有很好的鉴别能力。

利用DNA条形码COI基因分析我国重要贝类系统进化关系

利用DNA条形码COI基因分析我国重要贝类系统进化关系

中国水产科学 2018年7月, 25(4): 847-857 Journal of Fishery Sciences of China研究论文收稿日期: 2017-10-01; 修订日期: 2018-03-13.基金项目: 科技部科技基础性工作专项(2013FY110700); 国家水产种质资源共享服务平台(2017DKA30470). 作者简介: 赵庆(1992–), 男, 研究生, 研究方向为贝类遗传与免疫. E-mail: sjxapy@ 通信作者: 刘志鸿, 研究员, 研究方向为贝类遗传与免疫. E-mail: liuzh@ DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.17363利用DNA 条形码COI 基因分析我国重要贝类系统进化关系赵庆1, 3, 吴彪1, 2, 刘志鸿1, 2, 刘寒苗1, 3, 孙秀俊1, 2, 周丽青1, 2, 张高伟1, 3, 杨爱国1, 21. 农业农村部海洋渔业可持续发展重点实验室, 中国水产科学研究院黄海水产研究所, 山东 青岛 266071;2. 海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 青岛海洋科学与技术国家实验室, 山东 青岛 266273;3. 水产科学国家级实验教学示范中心, 上海海洋大学, 上海 201306摘要: DNA 条形码旨在通过PCR 技术获得一段DNA 序列, 在物种水平上对现存生物类群和未知生物材料进行识别和鉴定。

线粒体细胞色素C 氧化酶I (COI)基因是常用DNA 条形码基因之一, 为研究COI 基因作为DNA 条形码在贝类系统进化中的评估效果, 本文利用PCR 技术扩增获得了60个贝类物种的353条COI 基因序列, 通过聚类法构建了neighbor-joining (NJ)进化树, 同时还对7个物种不同地理群体的遗传进化情况进行了分析。

结果表明, 选用的COI 基因引物在大多数贝类中通用性较强, 除在珍珠贝目中的扩增效率只有10%以外, 在整个研究中扩增效率达到82.7%；60个物种中除太平洋潜泥蛤(Panopea abrupta )、沼蛤(Limnoperna fortunei )和魁蚶(Scapharca broughtoni )等8个物种在进化树中的进化地位与传统系统分类具有一定差别外, 其他物种的聚类关系与传统分类基本一致；对7个物种、共26个地理群体的聚类分析发现, COI 基因基本能对同一物种的不同地理群体进行聚类, 只有极个别群体或群体中的某个个体存在聚类混乱现象。

基于线粒体Co Ⅰ基因的鸫亚科14种鸟类的系统进化

基于线粒体Co Ⅰ基因的鸫亚科14种鸟类的系统进化

基于线粒体Co Ⅰ基因的鸫亚科14种鸟类的系统进化徐怀亮;熊伟;姚永芳;倪庆永;潘阳【期刊名称】《东北林业大学学报》【年(卷),期】2010(038)010【摘要】基于鸫亚科(Turdinae)6属14种鸟类的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(Co Ⅰ)基因部分序列(1176 bp),以雪松太平鸟(Bombycilla cedrorum)为外群,采用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建鸫亚科的系统发生树.结果表明鸫亚科鸟类分为2个大的支系.第1个支系包括鸫属(Turdus)和地鸫属(Zoothera),第2个支系包括红尾鸲属(Phoeicurus)、鸲属(Tarsiger)、燕尾属(Enicurus)和啸鸫属(Myioponus).宝兴歌鸫(Turdus mupinensis)独立于鸫属而与虎斑地鸫(Zoothera dauma)形成最近的亲缘关系;灰翅鸫(Turdus boulboul)和乌灰鸫(Turdus cardis)、赤颈鸫(Turdus ruficollis)和斑鸫(Trudus naumanni)分别聚为姐妹群关系;红尾鸲属的两个种互聚为姐妹群后再与鸲属的红胁蓝尾鸲(Tarsiger cyanurus)形成一个支系.乌鸫(Turdus merula)、紫啸鸫(Myiophonus caeruleus)、黑背燕尾(Enicurus leschenaulti)在鸫亚科鸟类分子进化树中的位置尚不稳定.【总页数】4页(P75-78)【作者】徐怀亮;熊伟;姚永芳;倪庆永;潘阳【作者单位】四川农业大学,雅安,625014;四川农业大学,雅安,625014;四川农业大学,雅安,625014;四川农业大学,雅安,625014;昆明动物园【正文语种】中文【中图分类】Q951.3%Q959.739【相关文献】1.基于线粒体基因cyt b的鹟亚科部分鸟类系统发育 [J], 雷忻;廉振民;雷富民;尹祚华;赵洪峰2.基于细胞色素b的鸫亚科部分鸟类的系统进化 [J], 潘巧娃;雷富民;杨淑娟;尹祚华;黄原;邰发道;Anton;KRISTIN3.基于核基因c-mos的鸫亚科部分鸟类系统发生关系 [J], 潘巧娃;雷富民;尹祚华;赵洪峰;高学斌;王洪建;Anton Kristin4.秀丽白虾线粒体16S rRNA基因序列及长臂虾亚科系统进化初步分析 [J], 张敏莹;徐东坡;周彦锋;方弟安;刘凯;潘泽钰5.基于线粒体Cyt b基因(开鸟)亚科部分鸟类的系统进化与黑(开鸟)的分类地位初探 [J], 张保卫;常青;朱立峰;魏辅文因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

基于线粒体COI基因序列的挂墩稻弄蝶分类地位研究

基于线粒体COI基因序列的挂墩稻弄蝶分类地位研究

基于线粒体COI基因序列的挂墩稻弄蝶分类地位研究国栋;范骁凌;王敏【期刊名称】《华南农业大学学报》【年(卷),期】2010(031)002【摘要】对稻弄蝶属Parnara 4种20个样本的线粒体COI基因序列(1 380 bp)的特征、遗传距离进行了分析,并以2种谷弄蝶Pelopidas为外群,采用最大简约法(MP)和贝叶斯法(BI)构建系统树.结果表明:种间最小序列差异为3.3%,种内个体间最大序列差异为0.9%;系统树显示挂墩稻弄蝶Parnara batta与直纹稻弄蝶Parnara guttata是2个明显不同的分支;其种间的平均遗传距离为3.5%.综合地理分布与形态差异,挂墩稻弄蝶应该是一个独立的种.【总页数】4页(P43-46)【作者】国栋;范骁凌;王敏【作者单位】华南农业大学资源环境学院,广东,广州,510642;山东省农业科学院高新技术研究中心,山东,济南,250100;华南农业大学资源环境学院,广东,广州,510642;华南农业大学资源环境学院,广东,广州,510642【正文语种】中文【中图分类】Q969【相关文献】1.基于线粒体COI基因序列的金乌贼群体遗传学研究 [J], 单斌斌;宋娜;刘淑德;涂忠;王晓梅;高天翔;韩志强;张秀梅2.基于线粒体COI基因序列的4个海域口虾蛄群体的遗传多样性研究 [J], 董鑫;邢坤;隋宥珍;刘海映3.基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究 [J], 单云晶;鲁翠云;李超;张明昭;顾颖;孙效文4.基于线粒体D-loop区和COI基因序列研究2个禾花鲤群体和野生鲤群体的遗传多样性与系统进化关系 [J], 潘贤辉; 罗辉; 叶华; 林勇; 周康奇; 陈忠; 杜雪松; 黄姻; 覃俊奇; 文露婷; 潘志忠; 邓潜5.基于线粒体COI基因序列的5个黄河鲤群体遗传多样性研究 [J], 王磊;陈军平;王娅;施文瑞;李学军;董丽;张笑谦因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

基于线粒体COⅠ基因序列探讨臂尾轮属的系统发生和几种轮虫的分类地位

基于线粒体COⅠ基因序列探讨臂尾轮属的系统发生和几种轮虫的分类地位

基于线粒体COⅠ基因序列探讨臂尾轮属的系统发生和几种轮虫的分类地位程双怀;席贻龙;项贤领;胡好远【期刊名称】《动物分类学报》【年(卷),期】2007(032)002【摘要】通过对萼花臂尾轮虫、角突臂尾轮虫、壶状臂尾轮虫、十指臂尾轮虫、镰形臂尾轮虫、尾突臂尾轮虫和红臂尾轮虫等7种轮虫mtDNA COⅠ序列分析,并以透明囊足轮虫为外群,使用MEGA软件构建臂尾轮属轮虫系统发生树(ME树和NJ树)以探讨臂尾轮属的系统发生和该属中几个种类的分类地位.结果表明本研究所涉及的轮虫mtDNA COⅠ平均序列差异百分比为24%;在两个系统树中,淡水臂尾轮虫和海水臂尾轮虫均独立成枝;用两种方法得到的系统发生树均支持将十指臂尾轮虫作为一个独立的支系分离出来.壶状臂尾轮虫和红臂尾轮虫应属于不同的种;来自芜湖、墨西哥和美国的十指臂尾轮虫以及来自芜湖和澳大利亚的萼花臂尾轮虫应分别互为姐妹种.本研究还首次揭示了角突臂尾轮虫、尾突臂尾轮虫和镰状臂尾轮虫与其它臂尾轮虫间的系统关系.【总页数】7页(P328-334)【作者】程双怀;席贻龙;项贤领;胡好远【作者单位】安徽师范大学生命科学学院安徽省高校生物环境与生态安全省级重点实验室芜湖 241000;安徽师范大学生命科学学院安徽省高校生物环境与生态安全省级重点实验室芜湖 241000;安徽师范大学生命科学学院安徽省高校生物环境与生态安全省级重点实验室芜湖 241000;安徽师范大学生命科学学院安徽省高校生物环境与生态安全省级重点实验室芜湖 241000【正文语种】中文【中图分类】Q951.3【相关文献】1.臂尾轮虫属中国新纪录种(轮虫门:单巢纲:臂尾轮科) [J], 金丽文;吴波;罗永婷;王全喜2.龟甲轮属中国新纪录种(轮虫纲:单巢目:臂尾轮科) [J], 周晓梅;吴波;罗永婷;王全喜3.基于 rDNA ITS 1序列探讨臂尾轮属轮虫的系统发生关系 [J], 项贤领;席贻龙;胡好远4.基于线粒体16S rRNA和COI基因序列探讨对虾属(Penaeus)物种系统发生关系[J], 刘帅;李墨非;叶嘉;王亚;王春琳5.龟甲轮属中国新记录种(轮虫门:真轮纲:游泳目:臂尾轮科) [J], 郭欧阳;吴波;王全喜因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

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材料与方法
试验材料为雉科 4 属 7 种 81 个鸟类的血液， 扩 增、 测定其 COI 序列， 并从 GenBank 和 BOLD 下载了 21 属 46 种 159 条雉科鸟类 COI 基因序列， 本研究共 涵盖了雉科 21 属 46 种 240 条 COI 序列， 见表 1。 1 ． 1 DNA 提取 抽取血液样本的上层血清后， 取 10 μL 的去除 血清的血液样本采用酚氯仿抽提法提取总 DNA， 用 －20 ℃ 保存。 0． 8% 琼脂糖凝胶电泳检测， 1． 2 PCR 扩增
1 ） 中央高校基本科研业务费专项资金（ DL09CA01 ） 。 1985 年 1 月生， 第一作者简介： 刘园园， 女， 东北林业大学野生 动物资源学院， 硕士研究生。 通信作者： 白素英， 东北林业大学野生动物资源学院， 副教授。 E－mail： syb01@ 163． com。 收稿日期： 2011 年 9 月 26 日。 责任编辑： 潘 华。
刘园园张Biblioteka 伟白素英蔡晓琪
李
立
（ 东北林业大学， 150040 ） 哈尔滨，
（ 湖南省野生动物救护繁殖中心）
BOLD 中获取 21 摘 要 试验测定了雉科 4 属 7 种的 81 条 COI 序列， 获得片段长度为 690 bp， 并从 Genbank、 属 46 种的相应序列， 进行了序列和系统发生分析 。通过计算属间遗传距离 ， 并以中华秋沙鸭 （ Mergus squamatus ） 、 ME 法和 ML 法对雉科 46 种鸟类构建系统发育树 ， 马来闭壳龟（ Cuora amboinensis） 为外群， 用 NJ 法、 来探讨雉科内 存在争议属的分类问题 。结果表明： 血雉与鹑类关系更近； 雪鸡属与石鸡属关系很近 ； 山鹑属始终与鹌鹑属聚在一 起； 勺鸡属与雉鹑属相邻而自成一个支 ； 原鸡属与竹鸡属和鹧鸪属始终聚在一起 ； 山鹧鸪属最先分化出来 ， 在整个 雉科类群的基部。 关键词 雉科； COI 基因； 分类地位 分类号 Q959． 7 Phylogenetic Relationships Among Six Genera in Phasianidae Based on COI Genes / Liu Yuanyuan，Zhang Wei，Bai Suying，Cai Xiaoqi（ School of Wildlife Resources，Northeast Forestry University，Harbin 150040 ，P． R． China ） ； Li Li （ Wildlife Conservation and Breeding Center of Hunan Province ） / / Journal of Northeast Forestry University． － 2012 ， 40 （ 6 ） ． －89 ～ 94 A study was conducted to discuss the phylogenetic relationships among Ithaginis，Tetraogallus，Perdix，Pucrasia， Gallus and Arborophila in Phasianidae，which have remained controversial． Eightone COI genes （ 690 bp ） of 7 species form 4 genera were sequenced，and the homologous sequences of 46 species in 21 genera were downloaded from Genbank and BOLD． Genetic distances were calculated and phylogenetic trees of 46 species of birds in Phasianidae were made by the methods of NJ，ME and ML to investigate the classification of controversial genera，using Mergus squamatus and Cuora amboinensis as outgroups． Results show that Ithaginis is relatively close to Perdicini； the relationship between Tetraogallus and Alectoris is very close； Perdix and Coturnix cluster together； Pucrasia and Tetraophasis is adjacent； Gallus，Bambusicola and Francolinus cluster together； Arborophila is at the base of Phasianidae group，and it is the first genus to diverge from other species． Keywords Phasianidae； COI genes； Phylogenetic relationships
双向测序。
Genbank 序列号 / BOLD 序列号
本研究选用的雉科鸟类和外群的序列信息
AY666409 ，DQ432706 ，FJ465298 ，GQ4813 16 ，GQ481315 ，GQ481314 ，GQ481313 ， FJ8 08621 ，USNM550484 ，FJ752426 FJ465299 GU951807 FJ752425 FJ194942 ，FJ752424 ，GQ922643 ，GQ922644 FJ752423 EU165706 1B－973 ，AB073301 BISE－Aves248 ，GQ481648 ，GQ481649． MKP 1444 1B－4569 ， 1B－4570 ，AP003195 ，FJ808632 ，GQ481650 ，GQ481651 ，GQ481652 ， GQ481653 ，HM102295 ，KRIBB 1520． GQ150381 ，GQ150382 GQ150379 ，GQ150380 GQ150378 ，GQ150383 ，GQ150385 ，GQ150386 ，GQ150387 EU165707 GQ482330 ，GQ482331 ，FJ752431． BISE－Aves194 ，BISE－Aves474 ，DQ433069 ，DQ433070 ，DQ433890 ，DQ433891 ，NHMO－ BC404 ，NHMO－BC403 ，GU951808 ，GQ482332 ，DQ433893 ，DQ433892 GQ482760 1B－1015 ， 1B－1029 GQ922647 ，FJ799728 ，GQ922645 ，GQ922 646 ，FJ752428 1B－2330 ， 1B－2331 1B－153 ，FJ752434 ，GQ922603 ，GQ922604 ，GQ922605 ，GQ922606 ，GQ922607 ， GQ922608 ，GQ922609 ，GQ922610 ，JF834896* ． FJ752433 ，GQ922630 ，GQ922631 ，GQ92263 2 ，HQ221859 ，JF834897* ． 1B－927 ，GQ922639 ，GQ922640 GQ922614 ，GQ922613 AB086102 ，AP003317 ，AP003318 ，AP003319 ，AP003321 ，AP003322 ，AP003323 ， AP003580 ，AY235570 ，AY235571 ，DQ648776 ，FJ80863 ，GQ922621 ，PW002 ，X52392 AP003325 AP006746 ，AP003320 ，AP006741 AP003324 GQ922649 GQ871234 AB164627 EU417810 ，GQ922618 ，GQ922619 ，GQ9226 20 ，JF834901* ，JF834902* ，JF834903* 1B－474 ，GQ922611 ，GQ922612 ，GQ922638 EU417811 AY666332 ，AY666562 ，BISE－Aves80 ，BISE－Aves464 ，EF515775 ，FJ752430 ，GQ482362 ～ GQ482364 ，GQ922650 ，GQ922651 ，KRIB B 48 ，KRIBB719 ，KRIBB723 ，KRIBB2915 ， NHMO－BC402 AB164626 EU417812 GQ922648 ，FJ752429 AB164624 ，JF834900* AB164623 ，JF834898* ，JF834899* AB164622 1B－15 ， 1B－367 ， 1B－368 ， 1B－369 1B－361 ， 1B－362 ， 1B－363 ，GU187969 ，JF8349 06* 1B－365 1B－364 ，FJ752427 ，GQ922633 ，GQ922634 ，GQ922635 ，JF834904* ，JF834905* GQ482159 EF011465
雉科（ Phasianidae ） 鸟类大都雌雄异色， 雄性具 有艳丽的装饰性羽毛， 雌性多具棕褐色的隐蔽色。 血雉、 雪鸡、 斑翅山鹑和山鹧鸪的尾较翅短， 尾羽的 换羽顺序从中央到外侧， 这些特点与鹑族各属相同； 勺鸡与原鸡雌雄异色， 被划为雉族， 而这 6 个属的分 类地位一直存在争议。 线粒体 DNA 中的细胞色素 C 氧化酶亚基 I（ cytochrome oxidase subunit I，COI ） ， 其突变速度是核 DNA 突变速度的 10 倍， 由于线粒体遗传为母系遗 传发生基因重组的可能性就低。进化主要以碱基替 换为主， 含有系统发育信号。 COI 不但能够保证足 ［1 ］ 够的变异， 而且又容易用通用引物扩增 ， 已经用 。 本文通过测定雉 于鸟类系统发生关系的研究 科鸟类的 COI 序列， 并结合 GenBank 和 BOLD 中的 雉科鸟类 COI 序列， 为研究雉科存在争议比较大的 6 属的分类地位问题提供一定的分子理论依据 。