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基于形态学特征和psbA-trnH叶绿体编码基因序列明确五指山野生茶的分类地位作者：苏凡杨小波李东海来源：《热带作物学报》2019年第08期摘 ;要 ;海南的野生茶树在植物形态分类学上，在植物分类上一般都认为属于普洱茶（Camellia sinensis var. assamica），也有人认为是白毛茶（Camellia sinensis var. pubilimba）。
五指山市以水满乡为代表，是海南野生茶分布的集中地区，为了进一步明确五指山市的野生茶分类地位，本研究通过在五指山市境内8个居群的野生茶植株的观察和测量。
结果表明，五指山市野生茶树与茶（原变种）、普洱茶和白毛茶（茶的变种）等相比较，在形态方面，五指山市野生茶树更为接近普洱茶，但也有明显的区别，五指山市野生茶的叶子要比普洱茶、白毛茶的叶子大，侧脉稍多;从花形态分析，普洱茶的花瓣多为6～7枚，白毛茶为5～6枚，五指山市野生茶都是5枚。
psbA-trnH叶绿体编码基因序列测序结果进一步表明，8个居群的五指山市的野茶30个样品为独立的一组，与普洱茶、白毛茶并列。
我们认为五指山市野生茶也可确定为茶（原变种）的另一个变种，因此，命名为海南五指山水满茶（Camellia sinensis （Linnaeus） Kuntze var. shuiman F.Su and X.B.Yang），简称水满茶。
关键词 ;形态特征;分子鉴定;psbA-trnH;野生茶;水满茶;五指山中图分类号 ;S571.1 ;;;;;文献标识码 ;AAbstract ;The wild tea in Hainan Island was regarded Camellia sinensis var. assamica （CSA）or C. sinensis var. pubilimba （CSB）. The concentrated distribution;area of the tea is Shuimanxiang， Wuzhishan. In order to further clarify the classification status of the tea， the wild tea plants of eight communities were studied. The morphological characteristics of the tea were closer to CSA than CSB. But there were also obvious differences， since the leaves of the tea was larger than that of CSA and CSB， the side veins of the tea was slightly more than that of CSA and CSB，and the petals of the tea， CSB and CSA was 5， 5-6 and 6-7， correspondingly. The sequence of the psbA-trnH chloroplast coding gene showed that the 30 samples of the eight communities of the tea was an independent group， which is parallel to CSA and CSB. So， the wild tea could also be identified as another variety of C. sinensis. It was named as Camellia sinensis （Linnaeus） Kuntze var. shuiman F. Su and X. B. Yang， short for Shuiman Tea.Keywords ;morphological characteristics; molecular identification; psbA-trnH; wild tea; Shuiman tea; WuzhishanDOI ;10.3969/j.issn.1000-2561.2019.08.016在我國关于茶组植物的分类一直都存在争议，张宏达[1]在1981年将茶组植物分为17种3变种，1984年订正后为37个种3个变种[2]，又在1998年修订为4个变种[3];闵天禄[4]1992年在张氏系统基础上将茶组植物进行归并，将茶组植物分为12种6变种;陈亮等[5]2000年全面考察了茶树种质资源的分子生物学系统，提出将茶组植物分成5种3变种，将茶组植物分为大厂茶Camellia tachangensis F. S. Zhang、厚轴茶C. crassicolumna Chang、大理茶C. taliensis（W. W. Smith）Melchior、秃房茶C. gymnogyna Chang和茶C. sinensis （L.） O. Kuntze等5个种，在茶下分茶C. sinensis var. sinensis、普洱茶C. sinensis var. assamica （Masters）Kitamura、白毛茶C. sinensis var. pubilimba Chang等1个原变种，2个变种。
基于rbcL和matK序列探讨马鞭草科部分植物的系统学位置杨金宏;孔卫青【摘要】为探究适用于马鞭草科植物的DNA条形码及该类群的系统分类关系,对豆腐柴(Premna microphylla)的叶绿体基因ycf6-psbM、trnV-atpE、rbcL、trnL-F、psbM-trnD、atpB-rbcL、trnC-ycf6、trnH-psbA、rpl36-infA-rps8和核基因ITS序列进行了PCR扩增和测序,结果表明,仅rbcL、trnl-F、trnH-psbA 序列的PCR扩增以及测序效果较好,而ITS不能得到明显的扩增条带,ycf6-psbM 不能成功测序,其它序列存在有部分双峰或噪值高等问题.根据DNA条形码标准,rbcL序列是所有测试条码中相对最适合的.应用rbcL和matK序列对马鞭草科(Verbenaceae)豆腐柴属、牡荆属(Vitex L.)、马鞭草属(Verbena L.)和大青属(Clerodendrum L.)等4属与唇形科宝盖草属(Lamium L.)、水苏属(Stachys L.)、鼠尾草属(Salvia L.)和香科科属(Teucrium L.)等4属的分类和系统发育关系进行分析,以紫草科Lithospermum multiflorum L.为外类群,最大简约法对2个片段的单独和联合矩阵分别构建系统发育树.豆腐柴属和大青属应从马鞭草科划入唇形科,马鞭草属仍归于马鞭草科,而牡荆属的系统学位置还需更多的证据.【期刊名称】《热带亚热带植物学报》【年(卷),期】2013(021)002【总页数】7页(P116-122)【关键词】rbcL;matK;马鞭草科;豆腐柴属;系统学【作者】杨金宏;孔卫青【作者单位】安康学院,陕西省蚕桑重点实验室,陕西安康725000【正文语种】中文马鞭草科(Verbenaceae)隶属于被子植物门双子叶植物纲唇形目，有80余属3000余种，主要分布于热带和亚热带地区，少数延至温带。
·综述·ＤＮＡ条形码等分子鉴定技术与动植物类中药材的鉴定张国林 ，邢以文，薛满苏州市药品检验检测研究中心，江苏 苏州 ２１５０００［摘要］ 中药材鉴定是控制中药质量、确保用药安全与效果的首要环节。
ＤＮＡ分子鉴定是从基因层面上进行中药材鉴别的手段，准确率高。
ＤＮＡ分子鉴定包括电泳技术、免疫技术、随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）、限制性内切酶片段长度多态性（ＲＦＬＰ）、扩增片段长度多态性（ＡＦＬＰ）、简单重复序列（ＩＳＳＲ）及ＤＮＡ条形码等，以ＤＮＡ条形码应用最为广泛。
ＤＮＡ条形码是基因组中相对较短的、可用于物种鉴定的特异性基因片段。
植物类中药材的条形码多选用核基因和叶绿体基因ＤＮＡ片段，如叶绿体ｐｓｂＡ ｔｒｎＨ基因、内转录间隔区（ＩＴＳ）、叶绿体核酮糖 １，５ 二磷酸羧化酶大亚基（ｒｂｃＬ）和ＲＮＡ转录体Ⅱ型内含子剪切酶基因（ｍａｔＫ）等；动物类中药材的条形码多来自核基因和线粒体基因ＤＮＡ，主要有线粒体细胞色素Ｃ氧化酶亚基１（ＣＯⅠ）、核糖体ＲＮＡ（ｒＲＮＡ）和线粒体细胞色素ｂ基因（ＣｙｔＢ）等。
综述动植物类中药材ＤＮＡ分子标记与鉴定技术应用进展，并探讨ＤＮＡ条形码在药用动植物类中药材鉴定中存在的局限性及发展前景，为中药质量控制提供参考。
［关键词］ 条形码；核基因；叶绿体基因；线粒体基因；微条形码；复合条形码［中图分类号］ Ｒ２８２ ５ ［文献标识码］ Ａ ［文章编号］ １６７３ ４８９０（２０２１）０２ ０３８１ ０８ｄｏｉ：１０ １３３１３／ｊ ｉｓｓｎ １６７３ ４８９０ ２０２００２１６００１ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆＤＮＡＢａｒｃｏｄｉｎｇａｎｄＯｔｈｅｒＭｏｌｅｃｕｌａｒＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓｉｎＩｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆＡｎｉｍａｌａｎｄＰｌａｎｔＴｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅＺＨＡＮＧＧｕｏ ｌｉｎ ，ＸＩＮＧＹｉ ｗｅｎ，ＸＵＥＭａｎＳｕｚｈｏｕＩｎｓｔｉｔｕｔｅｆｏｒＤｒｕｇＣｏｎｔｒｏｌ，Ｓｕｚｈｏｕ２１５０００，Ｃｈｉｎａ［Ａｂｓｔｒａｃｔ］ ＴｈｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＴＣＭ）ｉｓｔｈｅｆｉｒｓｔｓｔｅｐｆｏｒｑｕａｌｉｔｙｃｏｎｔｒｏｌｏｆｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅ ＤＮＡｍｏｌｅｃｕｌａｒｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ｉｓａｍｅｔｈｏｄｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙＴＣＭｆｒｏｍｔｈｅｇｅｎｅｌｅｖｅｌｂｙｄｉｒｅｃｔｌｙａｎａｌｙｚｉｎｇｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｍａｔｅｒｉａｌｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ Ｉｔｈａｓｈｉｇｈａｃｃｕｒａｃｙａｎｄｉｓｎｏｔｅａｓｙａｆｆｅｃｔｅｄｂｙｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｓｔａｇｅ，ｔｉｓｓｕｅｐｏｓｉｔｉｏｎ，ｓａｍｐｌｅｓｈａｐｅａｎｄｅｘｔｅｒｎａｌｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌｆａｃｔｏｒｓ ＤＮＡｍｏｌｅｃｕｌａｒｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｉｎｃｌｕｄｅｓｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ，ｒａｎｄｏｍａｍｐｌｉｆｉｅｄｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃＤＮＡ（ＲＡＰＤ），ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅｆｒａｇｍｅｎｔｌｅｎｇｔｈｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（ＲＦＬＰ），ａｍｐｌｉｆｉｅｄｆｒａｇｍｅｎｔｌｅｎｇｔｈｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（ＡＦＬＰ），ｓｉｍｐｌｅｒｅｐｅａｔｓｅｑｕｅｎｃｅ（ＩＳＳＲ）ａｎｄＤＮＡｂａｒｃｏｄｅ，ａｍｏｎｇｗｈｉｃｈＤＮＡｂａｒｃｏｄｅｉｓｍｏｓｔｗｉｄｅｌｙａｄｏｐｔｅｄ ＤＮＡｂａｒｃｏｄｉｎｇｉｓａｒｅｌａｔｉｖｅｌｙｓｈｏｒｔｓｐｅｃｉｆｉｃｇｅｎｅｓｅｇｍｅｎｔｉｎｇｅｎｏｍｅ，ｗｈｉｃｈｃａｎｂｅｕｓｅｄｆｏｒｓｐｅｃｉｅｓｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ＩｎｔｈｅｂａｒｃｏｄｅｏｆｐｌａｎｔｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｎｕｃｌｅａｒｇｅｎｅａｎｄｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｇｅｎｅＤＮＡｆｒａｇｍｅｎｔｓａｒｅｍｏｓｔｌｙｓｅｌｅｃｔｅｄ，ｓｕｃｈａｓｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｐｓｂＡ ｔｒｎＨｇｅｎｅ，ｉｎｔｅｒｎａｌｔｒａｎｓｃｒｉｂｉｎｇｓｐａｃｅｒ（ＩＴＳ），ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｒｉｂｏｋｅｔｏｓｅ １，５ ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅｌａｒｇｅｓｕｂｕｎｉｔ（ｒｂｃＬ）ａｎｄＲＮＡｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｒｔｙｐｅⅡｉｎｔｒｏｎｓｈｅａｒｅｎｚｙｍｅｇｅｎｅ（ｍａｔＫ） ＩｎａｎｉｍａｌｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｔｈｅｂａｒｃｏｄｅｍｏｓｔｌｙｃｏｍｅｓｆｒｏｍｎｕｃｌｅａｒｇｅｎｅａｎｄｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌｇｅｎｅＤＮＡ，ｍａｉｎｌｙｉｎｃｌｕｄｉｎｇｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＤＮＡＣｙｔｏｃｈｒｏｍｅＣｏｘｉｄａｓｅｓｕｂｕｎｉｔ１（ＣＯⅠ），ｒｉｂｏｓｏｍａｌＲＮＡ（ｒＲＮＡ）ａｎｄｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅｂｇｅｎｅ（ＣｙｔＢ） ＤＮＡｂａｒｃｏｄｉｎｇｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｆａｓｔｅｓｔｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇｍｅｔｈｏｄｓｉｎＤＮＡｍｏｌｅｃｕｌａｒｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｗｈｉｃｈｐｌａｙｓａｎｉｎｃｒｅａｓｉｎｇｌｙｉｍｐｏｒｔａｎｔｒｏｌｅｉｎｔｈｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｏｆａｎｉｍａｌａｎｄｐｌａｎｔＴＣＭ Ｉｎｔｈｉｓｐａｐｅｒ，ｔｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆＤＮＡｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒａｎｄｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙｉｎａｎｉｍａｌａｎｄｐｌａｎｔｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌＣｈｉｎｅｓｅｍｅｄｉｃｉｎｅｉｓｒｅｖｉｅｗｅｄ［Ｋｅｙｗｏｒｄｓ］ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ；ｎｕｃｌｅａｒｇｅｎｅ；ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｇｅｎｅ；ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌｇｅｎｅ；ｍｉｃｒｏ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ；ｃｏｍｐｏｕｎｄｂａｒｃｏｄｉｎｇ［通信作者］ 张国林，副主任药师，研究方向：药品检验及质量控制；Ｔｅｌ：（０５１２）６６０９０２２９，Ｅ ｍａｉｌ：ｚｈａｎｇｇｕｏｌｉｎ２００６＠１６３ ｃｏｍ由于中药材种类繁多、来源复杂及市场利益的驱使，中药材品种混淆、掺伪现象时有发生。
石斛属植物rbcL基因序列变异和系统发育初步研究【摘要】目的探讨10种石斛植物叶绿体rbcL基因序列变异和系统发育关系。
方法根据Genebank已经公布的植物rbcL基因序列设计一对引物，用于石斛rbcL基因PCR扩增。
基因序列排列用Clustal X软件完成，应用Seqnconverter软件分析序列的长度、GC含量、GpC量、GCskew值等；用Mega 4.1软件分析转换值、颠换值、转换/颠换比；采用最大简约法（maximum parsimony method）获得最大简约系统树；应用自展法（bootstrap）检验系统树，自展次数为1 000次。
结果10种石斛植物叶绿体rbcL基因的长度范围为944～950 bp，其中536 bp为保守位点，466 bp为变异位点，439 bp为具有系统发育信息的信息位点。
基因中GC含量为40.61%～41.37%，GpC含量为4.03%～4.78%，GCskew 值为0.043 2～0.082 1。
序列转换/颠换比（Si/Sv）为0.9。
结论利用PCR和核酸测序方法可以获得rbcL基因的核苷酸序列，能为石斛植物的系统发育研究提供核苷酸序列方面的资料。
【关键词】石斛；rbcL基因；序列分析；系统发育Abstract：ObjectiveTo explore the sequence variation of rbcL Gene and Phylogenetic relationship of Dendrobium plants. MethodsA pair of primers was designed to amplify the rbcL gene. Gene sequence， the contents of G+C， the contents of GpC， the value of GCskew，transitionsal pairs， transversional pairs and si/sv were conducted. Phylogenetic analysis was conducted using the maximum - parsimony (MP) method. Bootstrap analysis were carried out to evaluate statistical reliability based on 1000 resamplings of the data set. Results944～950 bp nucleotides were sequenced in the chloroplast rbcL gene from Dendrobium plants. Conserved sites， variable sites and phylogenetically informative sites were 536 bp， 466 bp， 439 bp respectively. The contents of GC， the contents of GpC， the value of GC skew and transitionsal pairs/transversional pairs were 40.61%～41.37%， 4.03%～4.78%， 0.043 2～0.082 1 and 0.9 respectively. ConclusionThis paper offers DNA sequence data for the study of Dendrobium phylogeny.Key words：Dendrobium; rbcL gene; Sequence analysis; Phylogeny石斛是我国传统贵重中药材，现代药理研究证明其具有增强免疫、抗肿瘤、抗衰老、治疗白内障等作用［1］。
青藏高原仲彬草属植物叶绿体rbcL序列的谱系分析凡星;罗小梅;罗春莲;沙莉娜;周永红【期刊名称】《四川农业大学学报》【年(卷),期】2010(028)003【摘要】对9个青藏高原植被区的仲彬草属(StYP基因组组成)植物及2个拟鹅观草属(St基因组)物种和2个冰草属(P基因组)植物共13个类群的叶绿体rbcL序列进行遗传和基因谱系分析,探讨青藏高原仲彬草属植物的系统关系及其物种形成的母本供体来源.结果表明:①Kengyilia stenachyra、Kengyilia kokonorica、Kengyilia hirsuta、Kengyilia rigidula和Kengyilia grandiglumis的种间关系较近;②Kengyilia stenachyra和Kengyilia geminata在rbcL序列上发生了一定程度的分化;③拟鹅观草属和冰草属植物均可能作为母本供体参与青藏高原植被区不同仲彬草属植物的物种形成.【总页数】5页(P271-275)【作者】凡星;罗小梅;罗春莲;沙莉娜;周永红【作者单位】四川农业大学,小麦研究所,四川,温江,611130;四川农业大学,小麦研究所,四川,温江,611130;四川农业大学,小麦研究所,四川,温江,611130;四川农业大学,小麦研究所,四川,温江,611130;四川农业大学,小麦研究所,四川,温江,611130【正文语种】中文【中图分类】S543【相关文献】1.鹅观草属、披碱草属、猬草属和仲彬草属物种的酯酶同工酶分析 [J], 张春;周永红;于海清;凡星;张海琴2.仲彬草属植物ITS序列PCR产物直接测序与克隆测序比较分析 [J], 曾建;张利;凡星;张春;张海琴;周永红3.鹅观草属、披碱草属、猬草属和仲彬草属植物的RAPD分析及其系统学意义 [J], 周永红;郑有良;杨俊良;颜济;魏育明;杨瑞武4.基于叶绿体atpB-rbcL序列探讨猬草属和赖草属植物的系统发育和母系起源 [J], 刘静;张海琴;凡星;沙莉娜;曾建;周永红5.基于ITS序列分析仲彬草属植物的亲缘关系 [J], 张利;周永红;丁春邦;杨瑞武;凡星因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于ITS、Nad intron2和psbA-trnH 序列探讨霍山石斛的分类位置李国良;张建霞;曾宋君;吴坤林;段俊【期刊名称】《广东农业科学》【年(卷),期】2013(040)013【摘要】《中国植物志》将铁皮石斛(Dendrobium officinale)、霍山石斛(D.huoshane~e)、细茎石斛(D.moniliforme)和黄石斛(D.tosaense)处理为4个独立的种,但《Flora of China》却将铁皮石斛(D.officinale)、霍山石斛(D.huoshanense)和D.tosaense处理为黄石斛(D.catenatum)的异名.通过对以上4种石斛的ITS、Nad intron2和sbA-trnH三段DNA序列分析发现,铁皮石斛和黄石斛在ITS、Nad intron2的碱基差异较小,仅在psbA-trnH上有一段碱基序列的缺失;霍山石斛与铁皮石斛、黄石斛在ITS、Nad intron2和psbA-trnH序列上都有明显的碱基差异,但与细茎石斛没有明显的碱基差异.遗传距离计算结果表明,霍山石斛和细茎石斛之间的遗传距离比霍山石斛和铁皮石斛、黄石斛之间的遗传距离小,因此认为霍山石斛应该处理为细茎石斛的异名.【总页数】4页(P145-147,168)【作者】李国良;张建霞;曾宋君;吴坤林;段俊【作者单位】中国科学院华南植物园华南农业植物遗传育种重点实验室,广东广州510650;中国科学院大学,北京100049;中国科学院华南植物园华南农业植物遗传育种重点实验室,广东广州510650;中国科学院华南植物园华南农业植物遗传育种重点实验室,广东广州510650;中国科学院华南植物园华南农业植物遗传育种重点实验室,广东广州510650;中国科学院华南植物园华南农业植物遗传育种重点实验室,广东广州510650【正文语种】中文【中图分类】Q523+8【相关文献】1.基于psbA-trnH序列变异分析川明参属亲缘关系及分类地位 [J], 宋春凤;吴宝成;周伟;刘启新2.基于线粒体nad4基因探讨土耳其斯坦东毕吸虫的系统发生位置 [J], 王宇;肖景莹;王春仁;高俊峰;朱兴全3.基于线粒体nad1 intron2序列的金钗石斛和混淆品亲缘关系及DNA条形码研究 [J], 丁鸽;张代臻;丁小余;蔡照胜;商士斌4.基于形态学特征和psbA-trnH叶绿体编码基因序列明确五指山野生茶的分类地位 [J], 苏凡;杨小波;李东海5.利用核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列探讨野扁桃和矮扁桃分类学关系 [J], 邱蓉;程中平;王章利;辛海平因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
利用核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列探讨野扁桃和矮扁桃分类学关系邱蓉;程中平;王章利;辛海平【期刊名称】《果树学报》【年(卷),期】2012(29)3【摘要】研究旨在通过植物学性状和分子生物学分析确认扁桃类植物中野扁桃和矮扁桃是否同物异名或是不同的2个种。
从出版的专著和发表的文献中查找野扁桃和矮扁桃的植物学特征,对2者的描述进行对比,并以新疆塔城的野扁桃为实验材料,扩增其细胞核ITS序列和叶绿体psbA-trnH序列,与GeneBank中下载的矮扁桃的ITS和psbA-trnH序列进行比对。
结果表明,野扁桃和矮扁桃的植物学特征描述基本一致,psbA-trnH序列100%相似,并且在以ITS序列对扁桃亚属所有物种进行构树时以100%的自展值聚在一起。
对2者的主要植物学特征和分子生物学的核质基因序列综合分析,认为野扁桃和矮扁桃是一个种。
【总页数】6页(P387-392)【关键词】野扁桃;矮扁桃;植物学性状;ITS;psbA—trnH【作者】邱蓉;程中平;王章利;辛海平【作者单位】中国科学院武汉植物园;中国科学院研究生院;中国科学院植物种质创新与特色农业重点实验室【正文语种】中文【中图分类】S662.9【相关文献】1.基于叶绿体 psbA-trnH 序列和 trnL-F序列的牡丹野生种间关系 [J], 冯玉兰;成娟;臧荣鑫;王明明;陈红;何丽霞2.新疆野扁桃六个新S-RNase基因的克隆和序列分析 [J], 曾斌;刘梦雯;王建友;王波3.基于叶绿体DNA非编码序列的蒙古扁桃谱系地理学研究 [J], 段义忠;白春梅;段春燕;申烨华4.孑遗濒危植物矮扁桃叶绿体全基因组特征分析及亲缘关系鉴定 [J], 杨斌;孟庆瑶;张凯;段义忠5.基于叶绿体trnL-F,rbcL序列和核核糖体ITS序列探讨蓼属(蓼科)头状蓼组的系统发育 [J], 赵大鹏;王康满;侯元同因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于植物分子标记的谱系地理学研究摘要：分子谱系地理学技术主要是基于分子标记的谱系地理学。
其主要是通过叶绿体基因里面的rpl16、trnK 内含子，trnT-trnF、atpB-rbcL、psbA-trnH的标记，运用分子方差分析(analysis of molecular variance，AMOVA) 方法统计种群遗传多样性及遗传分化参数并以Mantel test模型分析遗传距离与地理距离之间的相关性。
常用于种群遗传多样性及遗传分化评价参数有：Nei氏基因多样性、单倍型丰富度、私有等位基因数目及分布。
目前的研究中常常会结合其他的分子标记技术来全面的揭示居群的演化。
此外，分子谱系研究对于植物种植资源的鉴定、物种的遗传多样性、濒危物种的保护，以及一些外来入侵植物的研究都具有重要的意义。
关键词：谱系地理、分子标记、遗传多样性、进化；谱系地理学(phylogeography ) 是Avise 在1987年提出的关于历史生物地理学的新概念主要探讨一个物种的基因谱系当前地理分布格局的历史成因，同时对种内居群的扩散迁移等微观进化历史进行有效的推测。
谱系地理学的重要理论基础之一是溯祖理论，溯祖理论是探讨近缘种或种内基因谱系的数学和统计学理论，为遗传漂变历程的反向理论，即依据现存居群中存在的中性遗传变异，回推出此变异如何产生的历史过程，即回推至共同祖先基因型所经历的历史事件。
谱系地理学结合分子生物学技术和统计分析技术发展出的分子谱系地理是目前国际上群体遗传学研究的最新进展，该理论应用母系遗传的叶绿体变异构建趋近于物种树的基因树，显示居群演化的地理痕迹。
近年来结合统计分析技术发展出了嵌套分支分析NCA ，这一分析方法能够把基因型或单倍型网状进化树用于分析目前基因型或单倍型遗传变异的空间分布，并能将影响居群遗传结构的现代因素( 如基因流) 和历史性事件( 如片断化快速扩展和拓殖现象等) 区分开来，对居群的动态结构和历史事件发生的过程和时间顺序有一清晰的认识，全面地反映居群的进化历史。
叶绿体rbcL基因序列在植物系统学研究中的应用
王艇;苏应娟
【期刊名称】《武汉植物学研究》
【年(卷),期】1999(017)A09
【总页数】7页(P8-14)
【作者】王艇;苏应娟
【作者单位】中山大学生命科学学院;中山大学生命科学学院
【正文语种】中文
【中图分类】Q949
【相关文献】
1.叶绿体DNA分析技术及其在植物系统学研究中的应用 [J], 李健仔;李思光;罗玉萍;万璐
2.小球藻核rDNA ITS与叶绿体rbcL基因序列分析及应用 [J], 孙雪;吴晓微;李兴文;裴鲁青
3.叶绿体DNA及其在植物系统学研究中的应用 [J], 黄瑶;马诚
4.木兰亚纲的分子系统学研究进展：（一）叶绿体rbcL基因序列的分支分析 [J], 王艇;Park.,CP
5.基于叶绿体基因序列rbcL-accD研究莛子藨的分子遗传多样性和谱系地理结构[J], 刘海瑞;高庆波;张发起;邢睿;迟晓峰;陈世龙
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doi：10.3969/j.issn.2095-1736.2021.01.046基于肌mK和”c厶序列的石斛属植物亲缘关系研究林晓霞1,鹿炎1,李会丽1,周苹1,郭新红1,印丽萍$(1.湖南大学生物学院植物功能基因组学与发育调控湖南省重点实验室，长沙410082；2.上海市出入境检验检疫局，上海200135)摘要采集了中国6个省份的铁皮石斛种质资源共22份，通过叶绿体基因皿冰和旳c厶进行克隆测序，同时结合已报道的近缘物种matK序列33个和rbcL序列30个进行系统进化分析及分子鉴定。
序列结果显示：ma/K基因序列平均长度为1708bp,GC含量32%,保守位点768个，简约信息位点871个;旳c厶基因序列平均长度1332bp,GC 含量42.9%，保守位点802个，简约信息位点24个。
遗传多样性分析表明：肌atK序列单倍型数量(H)32个,单倍型多态性水平(加)0.842,核昔酸多态性(77)0.27016；rbcL序列H为10个，Hd为0.664,〃为0.02611；序列分析及遗传多样性显示序列的分析结果具有更大的遗传多样性。
遗传聚类结果显示不同产地的铁皮石斛与已有报道的石斛属各聚一支，相同产地铁皮石斛的聚类结果也与其地理分布基本一致。
m/K序列作为石斛属系统进化关系及亲缘关系分析具有更高的遗传多样性；中国6个省份铁皮石斛种质资源在进化上也具有一定的地域性特征。
关键词石斛属；铁皮石斛；叶绿体基因；系统进化树中图分类号Q943.2文献标识码A文章编号2095-1736(2021)01-0046-05Genetic relationship analysis of Dendrobium plantsbased on chloroplast matK and rbcL geneLIN Xiaoxia1,LU Yan1,LI Huili1,ZHOU Ping1,GUO Xinhong1,YIN Liping2(1.School of Biology,Hunan Province Key Laboratory of Plant Functional Genomics and Developmental Regulation,Hunan University,Changsha410082,China；2.Shanghai Entry-Exit Inspection andQuarantine Bureau,Shanghai200135,China)Abstract Dendrobium officinale is a Chinese herbal medicine and mainly cultivated artificially with multiple botanical origins.A total of22D.officinale samples were collected from six different localities of China.The chloroplast genes matK and rbcL form22samples were amplified using PCR,and the purified PCR products were sequenced.These samples sequences with33matK and30rbcL sequences of different Dendrobium species were analyzed on sequence features,genetic variation and phylogenetic relationships.The average length of matK sequences were1708bp,and average GC content was32%with768conserved(polymorphic)sites and871 parsimony informative sites；the average length of matK sequences were1332bp,and average GC content was42.9%,802conserved (polymorphic)sites and24parsimony informative sites.In genetic diversity,the haplotypes(H)of matK sequence was32,values of haplotype polymorphism(Hd)was0.842,and nucleotide diversity(77)was0.27016.For rbcL sequence,H was10,Hd was0.664, and77was0.02611.The genetic diversity of the populations of D.officinale was very high.In the phylogenetic trees,both gene matK and rbcL presented almost in all samples as a group with the D.officinale and consistent with their geographical distributions.In conclusion,the matK sequence had higher genetic diversity for phylogenetic analysis of Dendrobium.There was obvious regional characteristics in evolution for germplasm resources of D.officinale in six different provinces of China.Key words Dendrobium spp.；Dendrobium officinale；chloroplast gene；phylogenetic analysis铁皮石斛Dendrobium officinale Kimura et Migo属于兰科(Orchidaceae)石斛属(Dendrobium Sw.)多年生草本植物,是中国古代典籍中记载最早的兰科植物之一⑴。
