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RFLP检测内皮一氧化氮合酶基因多态性一、实验背景PCR-RFPLDNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。
RFLP（限制片段长度多态性）已被广泛基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。
RFLP是根据不同个体基因组的限制性内切酶的酶切位点发生改变，或酶切位点之间发生碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生变化，这种变化也可以通过特定探针杂交进行检测，从而可以比较不同个体DNA水平的差异（即多态性）。
内皮一氧化氮合酶基因多态性与高血压一氧化氮合酶（NOS）是一种催化小分子信息化合物，一氧化氮生成的酶广泛参与免疫调节、神经传递、血压生理调控和血小板凝聚的抑制等多种生理功能。
与高血压、糖尿病、肾病等多种疾病的发生密切相关。
NOS可以分为三型：神经元型、诱导型、内皮型。
内皮型一氧化氮合酶（NOS3，又称eNOS）基因在人类染色体上定位于7q35~7q36区域，跨度约21kb，含有26个外显子和25个内含子，相应的信使核糖核酸（mRNA）约4.1kb，翻译成含1203个氨基酸的蛋白产物。
近年来已知的NOS3的3个基因多态性位点与原发性高血压的关系。
1、位于第4内含子上的27bp数目可变的串联重复序列（VNTR），根据重复次数不同有两种等位基因，重复4次为a等位基因，重复5次为b等位基因。
2、位于第8外显子上，由于894位碱基G突变成T（G894T，即rs57135373），导致相应蛋白产物第298位上的谷氨酸被替换成天冬氨酸（Glu298Asp），突变前后的等位基因分别成为G、T等位基因。
3、位于5端侧翼区上786位碱基T突变成C（T786C），突变前后的等位基因分别为T、C等位基因。
G894T多态性1.与血管痉挛的关系:最近的研究显示带有G894T的NOS3基因转染细胞后可以分裂成100Kda和35Kda的两个片段，影响NOS3的功能导致NOS3合成减少或功能下降，NO减少，冠状动脉紧张性升高诱发冠状动脉痉挛。
NQO1基因多态性与大肠癌遗传易感性代恩勇;卢振霞;史洁萍;于雅琴;张静【期刊名称】《中国肿瘤临床》【年(卷),期】2004(31)2【摘要】目的:探讨依赖还原型辅酶Ⅰ/Ⅱ:醌氧化还原酶(NQO1)基因多态性与大肠癌遗传易感性之间的相关性.方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)基因型分析技术对101例大肠癌患者及103例对照者NQO1 cDNA 609位点多态性进行测定.结果:基因型频率分布在大肠癌组与对照组差异显著(X2=9.52,P ＜0.01),T/T基因型携带者大肠癌患病危险性是野生纯合型(C/C)的3.56倍(OR=3.56,95%CI为1.58～7.96).NQO1 T等位基因及C等位基因频率在大肠癌组与对照组分别为42.1%、57.3%,57.9%、42.7%,T等位基因频率两组有显著差异(X2=9.43,P＜0.01),T等位基因携带者患大肠癌的危险性是C等位基因携带者的1.85倍,(OR=1.85,95%CI为1.25～2.73).结论:NQO1在大肠癌的形成过程中起一定的保护作用,而NQO1 cDNA 609位点T等位基因可能是大肠癌发生的危险因素,NQO1基因的多态性与生活特征共同决定个体大肠癌的患病风险.【总页数】3页(P89-91)【作者】代恩勇;卢振霞;史洁萍;于雅琴;张静【作者单位】吉林大学中日联谊医院血液肿瘤科,长春市,130031;吉林大学中日联谊医院血液肿瘤科,长春市,130031;吉林大学公共卫生学院流行病学教研室;吉林大学公共卫生学院流行病学教研室;吉林大学中日联谊医院血液肿瘤科,长春市,130031【正文语种】中文【中图分类】R735.3+4【相关文献】1.白细胞介素-27的基因多态性与大肠癌的遗传易感性之间的相关性研究 [J], 郭俊宇;覃安强;李如锟;杨昌谋;黄甫达;黄展易;郭厚基2.NQO1基因多态性与肺癌遗传易感性 [J], 林月好;卢锡林;邵明3.血小板源性生长因子-D基因多态性与大肠癌遗传易感性关系的研究 [J], 杨志伟;王燕锋;朱大勇;陈晓红;毛晓光;王燕颖4.MTHFD1基因多态性与大肠癌遗传易感性的研究 [J], 彭勇;崔建华;赵新华;张石峰;张喜梅;黎亚芳;吴琼辉5.NQO1基因多态性与慢性苯中毒遗传易感性的研究 [J], 陈艳;纪之莹;许建宁;吴春玲;李桂兰因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
NQO1基因C609 T多态性与乳腺癌分子分型的关系及意义汪满金;俸瑞发;刘晓萌;陈威;金美华【期刊名称】《临床与实验病理学杂志》【年(卷),期】2015(000)001【摘要】Purpose To investigate the distribution of polymorphisms of quinone oxidoreductase 1 (NQO1) C609T gene in breast cancer patients, and to analyze the relationship with breast cancer molecular subtype. Methods Genotyping of C609T rs1800566 lo-cus of NQO1 gene in peripheral blood of 248 cases of female breast cancer were detected using high-throughput TaqMan MGB real-time fluorescence quantitative PCR technology, while the detection of ER, PR, HER-2 and Ki-67 in cancerous tissues were used with immu-nohistochemical staining and FISH gene amplification. Results Among 248 cases of breast cancer patients, CC genotype accounted for 27. 42% (68/248), CT genotype accounted for 49. 60% (123/248), TT genotype accounted for 22. 98% (57/248), which con-sistent with Hardy-Weinberg equilibrium law genetic (P>0. 05). 5 cases of HER-2 (++) who did not undergo FISH testing were re-moved, all the rest were done with FISH detection. Luminal A type accounted for 15. 2% (37/243), Luminal B type accounted for 51. 4% (125/243), HER-2 overexpression type accounted for 19. 8% (48/243), basal cell type accounted for 13. 6% (33/243). Compared with patients carrying the CC genotype, ER and PR positive rates in breast cancer patients carrying CTand TT genotype was significantly higher (P<0. 05), while there was no statistically difference on the expression of HER-2 and Ki-67 proteins in two groups (P>0. 05). There was no statistically difference on distribution of C609T polymorphism of NQO1 gene among different molecular sub-types of breast cancer (P>0. 05). Conclusions Here is no relationship between C609T polymorphism of NQO1 gene and breast cancer molecular subtype, miss rate of NQO1 ( CT+TT) in basal cell carcinoma is lower, and its gene polymorphism may provide the reasonable explanation to the heterogeneity of breast cancer molecular subtype.%目的：探讨乳腺癌中醌氧化还原酶1(quinone oxido reductase 1, NQO1)基因第6外显子(C609T)多态性的分布,并分析其与乳腺癌分子分型的关系。
猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析侯永刚;闫守庆;何晓波;柏蒙蒙;孙泰雷;吴明明;孙金海【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2010(038)012【摘要】[目的]研究猪NCOA1基因的PCR-RFLP多态性,为猪的分子育种和标记辅助选择提供理论依据.[方法]以81头山东寿光六和原种猪场的长白猪为研究对象,采取常规酚-氯仿抽提法从猪耳组织提取基因组DNA,以基因组DNA为模板进行PCR扩增获得440 bp的NCOA1基因目的片段,利用限制性内切酶Rsa Ⅰ对PCR 产物进行酶切和琼脂凝胶电泳检测,并计算各等位基因频率和基因型频率.[结果]琼脂糖电泳检测酶切产物出现3种基因型:AA型(1条带:440 bp)、AB型(3条带:440、282、158 bp)、BB型(2条带:282、158 bp);基因型频率分别为0.54、0.43和0.03;A和B 2个等位基因的基因频率分别为0.76和0.24.[结论]该研究猪群中,A为优势等位基因,AA基因型频率较高.【总页数】2页(P6235-6236)【作者】侯永刚;闫守庆;何晓波;柏蒙蒙;孙泰雷;吴明明;孙金海【作者单位】青岛农业大学动物科技学院,山东青岛,266109;吉林大学畜牧兽医学院,吉林长春,130062;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛,266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛,266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛,266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛,266109;青岛农业大学动物科技学院,山东青岛,266109;吉林大学畜牧兽医学院,吉林长春,130062【正文语种】中文【中图分类】S828【相关文献】1.猪GPX5基因、FUT1基因和NCOA1基因的多态性分析 [J], 赵金凤;张冬杰;谷溪;谢雨彤;刘娣2.撒坝猪及长撒二元杂交猪SLA-DQA基因PCR-RFLP多态性分析 [J], 钱锦花;连林生3.猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析（摘要）（英文） [J], 侯永刚;闫守庆;何晓波;柏蒙蒙;孙泰雷;吴明明;孙金海4.猪NCOA1基因PCR-RFLP多态性分析 [J], 侯永刚; 闫守庆; 何晓波; 柏蒙蒙; 孙泰雷; 吴明明; 孙金海5.大约克猪和二花脸猪SLA-DRB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析 [J], 杨彤彤;张婷婷;赵族;徐银学因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
如何用PCR法检测基因的多态性多态性（polymorphism）是指处于随机婚配的群体中，同一基因位点可存在2种以上的基因型。
在人群中，个体间基因的核苷酸序列存在着差异性称为基因（DNA）的多态性(gene polymorphism)。
这种多态性可以分为两类，即DNA位点多态性(site polymorphism)和长度多态性(longth polymorphism)。
基因多态性的主要检测方法简述如下：1．限制性片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP）：由DNA 的多态性，致使DNA 分子的限制酶切位点及数目发生改变，用限制酶切割基因组时，钠问亢兔扛銎蔚某ざ染筒煌此降南拗菩云纬ざ榷嗵裕贾孪拗破纬ざ确⑸谋涞拿盖形坏悖殖莆嗵晕坏恪W钤缡怯肧outhern Blot/RFLP方法检测，后来采用聚合酶链反应（PCR）与限制酶酶切相结合的方法。
现在多采用PCR-RFLP法进行研究基因的限制性片段长度多态性。
2．单链构象多态性（SSCP）：是一种基于单链DNA构象差别的点突变检测方法。
相同长度的单链DNA如果顺序不同，甚至单个碱基不同，就会形成不同的构象。
在电泳时泳动的速度不同。
将PCR产物经变性后，进行单链DNA凝胶电泳时，靶DNA中若发生单个碱基替换等改变时，就会出现泳动变位（mobility shift），多用于鉴定是否存在突变及诊断未知突变。
3．PCR-ASO探针法（PCR-allele specific oligonucleotide, ASO）：即等位基因特异性寡核苷酸探针法。
在PCR扩增DNA片段后，直接与相应的寡核苷酸探杂交，即可明确诊断是否有突变及突变是纯合子还是杂合子。
其原理是：用PCR扩增后，产物进行斑点杂交或狭缝杂交，针对每种突变分别合成一对寡核苷酸片段作为探针，其中一个具有正常序列，另一个则具有突变碱基。
突变碱基及对应的正常碱基匀位于寡核苷酸片段的中央，严格控制杂交及洗脱条件，使只有与探针序列完全互补的等位基因片段才显示杂交信号，而与探针中央碱基不同的等位基因片段不显示杂交信号，如果正常和突变探针都可杂交，说明突变基因是杂合子，如只有突变探针可以杂交，说明突变基因为纯合子，若不能与含有突变序列的寡核苷探针杂交，但能与相应的正常的寡核苷探针杂交，则表示受检者不存在这种突变基因。
许婧11，尹立红1，浦跃朴1，张文翠1，王仪2，潘恩春21.东南大学公共卫生学院劳动卫生与环境卫生学系，江苏南京（210009）2. 江苏省淮安市疾病预防控制中心，江苏淮安（223200）E-mail：lhyin@摘要：本文应用聚合酶链式反应-限制性片断长度多态性（PCR-RFPL）、等位基因特异性引物-聚合酶链反应技术（AS-PCR）及普通Taqman探针等技术方法，对640例正常体检样本NQO1基因多位点进行分析。
通过研究发现NQO1基因相关位点野生型纯合子、杂合子、突变纯合子三种基因型的分布频率分别是： rs1800566 44.8%，36.4%，18.8%； rs4986998 93.5%，6.2%，0.3%； rs10517 16.1%，60.1%， 23.8%；编码区rs11555215和非编码区rs1050873， rs1063556， rs8056468四个位点未检测到杂合子和突变纯合子。
本研究结果与国内外相关报道有一定的差异。
对了解不同种族、不同地域人群NQO1基因的遗传特征具有一定的参考价值。
关键词：汉族人群；NQO1基因；多态性中图分类号：Q346.51. 引言NQO1基因位于人16号染色体q22区段，长约20kb，一共由6个外显子组成，中间被5个内含子所隔开[2]，其编码的NAD(P)H：醌氧化还原酶1 (NAD(P)H: Quinine Oxidoreductase, NQO1；DT-硫辛酰胺脱氢酶，DT－diaphorase)[1]是一种黄素酶，酶分子以双聚体形式存在，每个亚基含有一个黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)分子，相对分子质量为30kb[2]。
该酶催化醌双电子还原反应，对醌及其衍生物有解毒作用，NQO1在细胞内主要存在于细胞质，在微粒体、线粒体、高尔基体中也可以检测到该酶的活性。
能够借助NADH或NADPH作为电子供体，催化体内醌类化合物的还原反应[3]。
醌在自然界中广泛存在，能诱发哺乳动物细胞癌变、突变和坏死。
中国农业大学学报 2009,14(4):1-9Journal o f China A g ricultur al U niv ersity末端限制性片段长度多态性技术(T -RFLP)在微生物群体分析上的应用与技术优化李献梅 王小芬 崔宗均*(中国农业大学农学与生物技术学院/中国农业大学生物质工程中心,北京100193)摘 要 末端限制性片段长度多态性技术(T-RFL P)是以荧光标记引物P CR 为基础,根据末端限制性片段长度区分出微生物群体组成的一种微生物群体图谱法。
本文综述了该方法在群体微生物分析上的应用及DN A 提取、PCR 扩增、酶切和数据分析等步骤的技巧与优化,总结了科学应用该技术的要求以及和多重PCR 、gy r B 基因等相结合的观点。
关键词 T -RF LP ;微生物群体;图谱分析;PCR;克隆中图分类号 Q 936 文章编号 1007-4333(2009)04-0001-09 文献标志码 A收稿日期:2008-10-27基金项目:国家/十一五0科技支撑计划(2006BAD07A 01;2006BA D25B04)第一作者:李献梅,博士研究生,E -mail:staro fchina@g 通讯作者:崔宗均,教授,主要从事生物质资源利用与微生物生态研究,E -mail:acuizj@Applications and optimizations of T -RFLP in fingerprintingenvironm ental microbial populationsLI Xian -mei,WANG Xiao -fen ,CUI Zong -jun *(College of Agronomy and Biotechnology/Center of Biomas s Engineeri ng,Chi na Agricul tural U nivers i ty,Bei jing,100193,China)Abstract Terminal re stric tio n fra gment leng th polymorphis m (T -RFLP)is one o f micro bia l popula tio n fing erprinting me tho ds tha t is ba sed o n labele d primers -PCR to ide ntify microbial co mposition a ccording to diffe re nt terminal re stric tio n frag me nt leng ths.The applic ations and te chnica l o ptimizations we re o ve rv iew ed o f T -RFLP thro ugh the pro cedures of DNA preparation,PCR,enzyme dig estion and da ta analysis.The sc ientific applic ation re quire me nts and new view s of combination with multiple -PCR o r g yr B g e ne we re dra wn.Key words T -RFLP;microbial po pulation;fing erprinting ana lysis;PCR;clone libra ry当前环境微生物组成及生态研究已经成为微生物领域的一大热点[1]。
醌氧化还原酶1基因多态性与食管癌易感性关系的研究冯向先1,李志芳2,王丽冰2,张建斌2,卢祖洵1【摘要】 目的 探讨长治地区食管癌易感性与醌氧化还原酶1(NQO1)基因多态性的关系。
方法 采用1∶1配对的病例对照研究,对201对研究对象进行食管癌相关危险因素的问卷调查,应用聚合酶链反应2限制性片段长度多态性(PCR 2RFL P )技术检测NQO1C609T 多态性位点的基因型,采用SPSS 12.0统计软件对研究结果进行分析。
结果 病例组携带突变(T)等位基因的频率明显高于对照组(χ2=7.97,P <0.01);NQO1基因3种基因型在两组间差异有统计学意义(χ2=14.14,P <0.01),且携带有NQO1突变杂合子(C/T )和突变纯合子(T/T )的个体发生食管癌的危险性比携带野生纯合子(C/C )个体高,O R (95%CI )值分别为2.53(1.56～4.10)和2.68(1.60～4.48)。
NQO1易感基因型与经常食用腌制食品存在交互作用(S =2.29,API =0.48)。
结论 NQO1突变基因型是食管癌的易感基因型,与该地食管癌发生的易感性有关,且与腌制食品存在协同作用。
【关键词】 食管肿瘤;醌还原酶类;多态性,限制性片段长度【中图分类号】R735.1 【文献标识码】A 【文章编号】100826013(2008)022*******Study on t he r ela tio n ship bet w een polymo r phisms of NQ O1gene and susceptibility to esopha geal cancerF ENG Xiang 2xia n 1,L I Zhi 2fa ng 2,WAN GLi 2bing 2,ZHAN GJian 2bin 2,L U Zu 2xun 1. 1.Scho ol ofPublic Health ,Huazhong University of Science and Technology ,Wuha n 430030,China ;2.Cha ngzhi Medical Colleg e ,Shanxi 046000,China【A bstract 】 Object ive To st udy the relationship between the polymorphisms of NQO1and t he suscep 2tibility to esophageal cancer (EC )in Changzhi area.Methods The resea rc h was conducted by a 1∶1matching case 2control study which included 201cases of EC and 201cases of controls.NQO1polymor 2phisms were determined with polymerase chain 2restriction on f ragment length polymorp hism (PCR 2RFLP ).All data were analyzed by conditional logistic multiple factor regression analysis with SPSS 12.0statistical pac kage.Results The f requencies with mutation allele (T )in case grou p was significantlyhigher t han those in control group (χ2=7.97,P <0.01);The three genoty pes of NQO1were signifi 2cantly different between two grou ps (χ2=14.14,P <0.01),a nd the odds risk of NQO1mutation ho 2mozygote and mutation heterozyg ote to wild homozygote were s ignifica ntly increased ,O R (95%CI )were 2.53(1.56～4.10),2.68(1.60～4.48)respectively.Conclusions NQO1mutation ge n otype is predis posing genes ,relative to susceptibility to EC in Changzhi area ,and t here are synergistic action be 2tween NQO1predis posing ge n otype and pickled food.【K ey w or ds 】 Es op hageal neoplasm ;Quinone reductases ;Polymorphism ,restriction fragment length(Chin J Dis Control Prev 2008,12(2):1122114) 醌氧化还原酶(quinone oxi doreductase 1,NQO1)定位于人类染色体16p22,是一种重要的化学致癌物代谢酶,其可催化醌双电子还原的黄素酶,能对抗氧自由基的作用产生抗氧化剂,在氧化应激过程中有保护细胞的功用[1]。
专利名称：利用PCR-RFLP检测绵羊DAZL基因单核苷酸多态性的方法及其应用
专利类型：发明专利
发明人：乐祥鹏,罗静,秦芳,李发弟,李万宏
申请号：CN201910860404.0
申请日：20190911
公开号：CN110592190A
公开日：
20191220
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了利用PCR‑RFLP检测绵羊基因单核苷酸多态性的方法，包括利用PCR‑RFLP检测绵羊DAZL基因第26750位为G或A的单核苷酸多态性的检测方法；所述的检测方法包括以下步骤：S1样品采集及前期处理；S2构建品种DNA池子；S3利用PCR‑RFLP法处理；S4凝胶成像判定基因型；双向测序判定单核苷酸多态性；本发明还提供利用PCR‑RFLP检测绵羊基因单核苷酸多态性的方法的用途：包括以下步骤：Ⅰ表型数据分析与单核苷酸位点频率统计分析；Ⅱ关联分析构建数学模型；Ⅲ构建模型推导成年绵羊的基因单核苷酸多态性；本发明的有益效果是：通过PCR‑RFLP处理品种DNA池，达到精准标记的目的；采用I酶消化，解决假阳性的问题；采用数学模型进行关联分析，提高分子标记准确性。
申请人：兰州大学
地址：730000 甘肃省兰州市城关区天水南路222号
国籍：CN
代理机构：成都时誉知识产权代理事务所(普通合伙)
代理人：沈成金
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