病毒基因组201247
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2012新冠状病毒实验室检测
（3）确定诊断：在疑似和临床诊断的基础上，若分泌物或血清SARS-CoV RNA检测阳性，或血清（或血浆）SARS-CoV特异性N蛋白抗原检测阳 性，或血清SARS-CoV抗体阳转，或抗体滴度4倍及以上增高，则可做 出确定诊断。
呼吸道样本
• 拭子或抽吸物 • 鼻咽拭子 • 气管、支气管深部灌洗，肺泡灌洗液 • 样本转移液
测北 京 儿 童 医 院 重 症 下 呼 吸 道 感 染 婴 幼 儿 呼 吸 道 病 毒 的 检
··
2019-2019年，采集住院病人鼻咽拭子370份， 应用xTAG® RVP Panel 试剂盒进行多种呼吸道 病毒检测。
样品检出阳性率：96.22%
检测结果表明，感染率较高的病毒分别为：
Piconavirus：54.05%
HCoV（2019） 实验室检测
• 近期曾往中东地区，出现上呼吸道感染后，如果症 状加重，或呼吸困难，建议立刻就诊并进行实验室 检测。
• WHO发布了临时病例定义来帮助各国加强针对这种 新病毒的健康保护措施。基于目前发现的病例，分 为“正在调查中的病人”、“可能病例”和“确诊 病例”。病例的分类基于临床、流行病学和实验室 检测指标。
A
1
ORF 1a
5,000
10,000
15,000
ORF 1b
20,000
E MN
S
25,000
30,000
B
20,001
8.3 kb
SARS-CoV
C
25,000
30,000
12 3 kB
X1 E
X3
9.0
M
N
6.0
5.0
S
X2
X4 X5
4.0
呼吸道样本
• 拭子或抽吸物 • 鼻咽拭子 • 气管、支气管深部灌洗，肺泡灌洗液 • 样本转移液
测北 京 儿 童 医 院 重 症 下 呼 吸 道 感 染 婴 幼 儿 呼 吸 道 病 毒 的 检
··
2019-2019年，采集住院病人鼻咽拭子370份， 应用xTAG® RVP Panel 试剂盒进行多种呼吸道 病毒检测。
样品检出阳性率：96.22%
检测结果表明，感染率较高的病毒分别为：
Piconavirus：54.05%
HCoV（2019） 实验室检测
• 近期曾往中东地区，出现上呼吸道感染后，如果症 状加重，或呼吸困难，建议立刻就诊并进行实验室 检测。
• WHO发布了临时病例定义来帮助各国加强针对这种 新病毒的健康保护措施。基于目前发现的病例，分 为“正在调查中的病人”、“可能病例”和“确诊 病例”。病例的分类基于临床、流行病学和实验室 检测指标。
A
1
ORF 1a
5,000
10,000
15,000
ORF 1b
20,000
E MN
S
25,000
30,000
B
20,001
8.3 kb
SARS-CoV
C
25,000
30,000
12 3 kB
X1 E
X3
9.0
M
N
6.0
5.0
S
X2
X4 X5
4.0
原核及病毒基因组
AT富含区
ABF：ARS-binding factor
16
J. Bacteriol. August 1996 vol. 178 no. 15 4420-4428
操纵子结构
操纵子（Operon）：原核基因功能单位，含有一个启动子 序列和多个结构基因。
指数个功能上相关的基因串联在一起，连同上游的调控区 和 下游的转录终止信号构成基因的表达单位。
复制程度
严密型质粒： 1-2个拷贝 松弛型质粒：10-60拷贝
功
18
4、除主基因组外，原核生物往往还具有质粒基因组 质粒（Plasmid）：－独立于核基因组外的环状或线性的共 价闭合环状DNA/RNA分子。 生物学特征
可嵌入某些染 料 （ 溴化乙锭 ） 有较强的抗切割和抗变性能力 几乎所有已知质粒都为环状超 螺旋DNA分子（酵母杀伤质粒为RNA分子） 自主复制：有复制调控[ori+rep+cop]、分裂分配、分裂控制和位点特异重组四大系统 基因转移：常用作基因工程载体，用来转移目的基因（最大10Kb）。
10
共价环闭超螺旋DNA (1)
2
解超螺旋环状DNA (2)
3
1
解环线性DNA (3)
电 泳 迁 移 方 向
11
2、基因组DNA小，基因数目少（1500-5900个），种间 DNA大小差异大，GC含量差异大(菌种鉴定和分类标准），基因多为 单拷贝基因（编码rRNA 、tRNA基因多拷贝，利于核糖体的快速组装和蛋白质合成）
形态与细胞组成：无核膜，无细胞核（拟核或类核）；无微纤维系统（无肌球、肌
动蛋白），细胞质不能流动，无伪足、吞噬作用等现象）；鞭毛（非微管）由几条螺旋或平行的蛋白质丝构成；
核糖体（70S）散在于细胞内，无线粒体、高尔基体、内质网、溶酶体、液泡和质体（植物）、中心粒(低等植物 和动物)等细胞器；单位膜系统由细胞膜内褶而成，发挥氧化磷酸化电子传递功能或光合作用（蓝细菌在类囊体
病毒基因组
病毒基因组的预测方法
• 基因预测软件：如：GeneMark、Glimmer等
• 非编码RNA预测软件：如：RNAscan、findRNA等
• 重复序列预测软件：如：RepeatMasker、TRF等
病毒基因组的实验技术与应用
病毒基因组的实验技术
• 基因克隆：将病毒基因克隆到宿主细胞中，研究病毒基因的功能
RNA病毒基因组
• 以单链或双链RNA为遗传物质
• 基因组大小差异较大，从几千到几十万个核苷酸不等
• 如：冠状病毒、流感病毒、丙肝病毒等
⌛️
逆转录病毒基因组
• 以单链RNA为遗传物质，需通过逆转录酶转录成DNA
• 基因组大小一般为几万个核苷酸
• 如：人类免疫缺陷病毒、白血病病毒等
病毒基因组的组成元素及其功能
病毒基因组与病毒性疾病诊断的关系
病毒基因组在病毒性疾病诊断中的应用
病毒基因组在病毒性疾病诊断中的意义
• 基于病毒基因组的检测技术：如：PCR、qPCR、基因芯
• 提高病毒性疾病诊断的准确性：通过病毒基因组检测，
片等
准确识别病毒类型
• 基于病毒基因组的诊断方法：如：病毒基因分型、病毒
• 提高病毒性疾病诊断的敏感性：通过病毒基因组检测，
病毒基因组变异对病毒致病性的影响
• 病毒毒力：变异可能导致病毒毒力的改变，如：增强或减弱
• 病毒潜伏期：变异可能影响病毒在宿主体内的潜伏期
• 病毒致病谱：变异可能导致病毒致病谱的改变，如：引起新的疾病或影响已有疾病
的严重程度
03
病毒基因组的研究方法与技术
病毒基因组的测序技术与策略
病毒基因组的测序技术
• 病毒基因组重组：病毒基因组在复制过程中发生重组
苦苣菜黄网病毒基因组末端顺式作用元件突变分析
苦苣菜黄网病毒基因组末端顺式作用元件突变分析不分节段负链RNA病毒基因组3’和5’末端非编码区分别为leader和trailer序列,leader和trailer部分碱基可互补配对形成锅柄状二级结构,该区域包含病毒基因组复制和mRNA转录起始所必需的顺式作用元件。
随着动物负义RNA病毒的反向遗传学体系的建立,研究人员对动物负义RNA病毒的末端顺式作用元件进行了一系列的研究,发现了病毒转录与复制的关键调控序列,也揭示了相关的二级结构在病毒转录与复制中的作用。
然而由于缺乏可用的反向遗传学体系,人们对侵染植物的负义RNA病毒的末端顺式作用元件的功能所知甚少。
苦苣菜黄网病毒(Sonchus yellow net virus, SYNV)属于弹状病毒科(Rhabdoviridae),细胞核弹状病毒属(Nucleorhabdovirus),是侵染植物的不分段的负义RNA病毒,其leader与trailer序列也能部分互补配对,形成茎环状二级结构。
本研究利用实验室前期构建的表达eGFP和DsRed报告基因的SYNV微型复制子(Minireplicon, MR)系统,对SYNV基因组末端leader和trailer的部分序列进行了一系列的缺失、置换、颠换等突变分析,初步探索了其在病毒mRNA转录中的作用。
首先,通过快速扩增cDNA末端(Rapid Amplification of cDNA Ends, RACE)分析,明确了SYNV微型复制子末端leader和trailer的序列与NCBI数据库中SYNV病毒的末端序列一致。
结构预测发现leader和trailer前30 nt形成的二级结构中,1-17 nt配对程度高,形成茎(stem)结构,leader上第18-21 nt、第28 nt分别形成四碱基凸起(bulge 1)和单碱基凸起(bulge2)。
1.茎(stem)的突变分析对1-17 nt预测形成的stem进行缺失突变分析发现,leader缺失末端3nt、6nt或10 nt, SYNV-MR报告基因转录水平都显著降低,且其下降的程度与缺失的碱基数目直接相关；相似地,trailer缺失3nt、5 nt、10 nt后报告基因转录水平显著降低,且下降程度一致。
微生物基因组
NCBI提供Web版本
/genomes/MICROBES/ glimmer_3.cgi
GeneMark
/
ORF Finder
/gorf/gorf.html
Phred
Phred根据信号峰的间距，识别与未 识别碱基的比率，及信号峰的分辨率 来估计错误率（error-probabilities）， 从而对序列中的每一个数据（碱基） 产生一个与之相对应的被广泛接受的 质量控制标准（qulity value）： Quality Value = -10 X log10 (P_e)
鸟枪法测序(shotgun)
随机打断
细菌基因组二代测序测序CloningSanger测序
Sequencing reads
测序模板
基因组组装过程
Assembly Finishing (gap closure)
Single Stranded Region
Contig Gap
Low Quality Region
100-200 bp/read, 0.1-0.4 Gb/run
Illumina/MiSeq (2011)
36-250 bp/read, 0.5-5 Gb/run
第三代测序？
Next-next generation / G3
Single-molecule sequencing (SMS) Long read length (1-10 kb?) High data quality and fast run Low cost ($1000 human genome?)
Misassembly
High quality genome sequence: < 1 error/ 10,000 bases
一株高病毒载量PCV2_毒株的基因组特征及序列分析
广东农业科学Guangdong Agricultural Sciences 2024，51（3）：124-135 DOI:10.16768/j.issn.1004-874X.2024.03.012常鑫，蒋智勇，卞志标，徐民生，杨冬霞，杨傲冰，翟少伦. 一株高病毒载量PCV2毒株的基因组特征及［J］. 广东农业科学，2024，51（3）：124-135. CHANG Xin, JIANG Zhiyong, BIAN Zhibiao, XU Minsheng, YANG Dongxia, YANG Aobing, ZHAI Shaolun. Genome characterization and sequence analysis of porcine circovirus type 2 isolated with high viral load［J］. Guangdong Agricultural Sciences, 2024，51（3）：124-135.一株高病毒载量PCV2毒株的基因组特征及序列分析常 鑫1,2，蒋智勇2，卞志标2，徐民生2，杨冬霞2，杨傲冰3，翟少伦2（1.仲恺农业工程学院动物科技学院，广东 广州 510305；2. 广东省农业科学院动物卫生研究所/广东省畜禽疫病防治研究重点实验室/农业农村部兽用药物与诊断技术广东科学观测实验站，广东 广州 510640；3.广东永顺生物制药股份有限公司，广东 广州 511356）摘 要：【目的】了解广东省某猪群中猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type 2，PCV2）流行毒株的遗传进化情况，丰富PCV2分子流行病学数据，为当地PCV2疫苗候选株的选用和研发提供参考。
【方法】使用qPCR方法对疑似PCV2的样品进行检测，发现1株具有高病毒载量的PCV2毒株，命名为GD222858。
通过PCR方法进行全基因组分子克隆及遗传进化分析。
32株SARS冠状病毒基因组比对在PCR检测中的应用
32株SARS冠状病毒基因组比对在PCR检测中的应用刘伟;李振勇;屈凌波【期刊名称】《生物信息学》【年(卷),期】2004(002)001【摘要】进行了32株SARS冠状病毒基因组的多序列比对分析.所得无根进化树揭示SARS冠状病毒之间的同源性.同时,验证了所设计的PCR检测引物对全部32株SARS冠状病毒检测的适用性.%Multi alignment of 32 SARS-Cov genomes is analyzed. An unrooted tree of 32 SARS-Cov genomes shows the homology among them. A new primer pair in the PCR identification of SARS-Cov is designed,which is suitable for all of 32 SARS-Cov identification.【总页数】3页(P1-3)【作者】刘伟;李振勇;屈凌波【作者单位】郑州大学生物工程系,郑州,450052;郑州大学化学生物学重点实验室,郑州,450052;郑州大学化学生物学重点实验室,郑州,450052【正文语种】中文【中图分类】Q939.47【相关文献】1.SARS冠状病毒基因组进化与PCR检测引物的设计 [J], 刘伟;李宪民;马丽萍;李振勇;屈凌波2.应用套式RT-PCR检测SARS患者血液样品中SARS冠状病毒 [J], 王效义;戴二黑;杜宗敏;刘海洪;韩延平;庞昕;翟俊辉;江凌晓;陈泽良;邱茂峰;王津;王宏霞;郭兆彪;杨瑞馥;吴清发;李京湘;杨玲;汪建3.四引物扩增受阻突变体系PCR在绵羊线粒体基因组SNP检测中的应用 [J], 陈晓勇;向海;O.H.D.Brahi;敦伟涛;赵兴波4.应用RT-PCR方法检测人与动物的SARS冠状病毒 [J], 赵锦;房师松;何雅青;杨洪;刘建军;扈庆华;何建凡;刘涛;刘小立;庄志雄;张丹;周俊安5.检测SARS冠状病毒的套式RT-PCR方法的建立与初步应用 [J], 赵卫;晏辉钧;张文炳;方丹云;周经姣;朱利;江丽芳;龙北国因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
泡沫病毒基因组结构及其调节蛋白的功能
泡沫病毒基因组结构及其调节蛋白的功能
刘淑红;耿运琪
【期刊名称】《病毒学报》
【年(卷),期】1999(15)1
【摘要】泡沫病毒（Ｓｐｕｍａｖｉｒｕｓｅｓ）传统上被分为反转录病毒科的泡沫病毒亚科，按１９９１年Ｃｕｌｅｎ的分类系统，泡沫病毒属复杂反转录病毒中的一个属。
对泡沫病毒的研究远滞后于其它反转录病毒，这主要是由于至今未能确定其致病性。
泡沫病毒可能与神经性病变相关的...
【总页数】8页(P84-91)
【关键词】泡沫病毒;基因组结构;调节蛋白
【作者】刘淑红;耿运琪
【作者单位】南开大学生命科学学院
【正文语种】中文
【中图分类】Q939.4
【相关文献】
1.禽流感病毒基因组及其编码蛋白的结构与功能 [J], 司振书;王守山;胡冬民
2.牛病毒性腹泻病毒基因组结构与蛋白功能研究进展 [J], 范进江;薄新文;钟发刚
3.古典猪瘟病毒基因组及ORF编码蛋白的结构和功能 [J], 朱小甫;吴旭锦;徐德乾;杨萍
4.猫杯状病毒基因组结构与结构蛋白功能研究进展 [J], 王延树;向华;程淑琴
5.新型冠状病毒基因组结构与蛋白功能 [J], 刘彬; 秦照玲; 戚中田
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
新冠病毒变异株分析方法
新冠病毒变异株分析方法新冠病毒变异株分析方法新冠病毒（SARS-CoV-2）是一种引起严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS）的病原体，自2019年底首次在中国武汉爆发以来，已经迅速传播到全球各地，导致了数百万人感染和数十万人死亡。
随着时间的推移，新冠病毒也在不断变异，出现了多个不同的变异株。
为了更好地了解和应对这些变异株的传播和病毒特性，科学家们开发了一系列分析方法。
一、全基因组测序全基因组测序是一种最常用的新冠病毒变异株分析方法。
通过对病毒样本进行高通量测序，可以获取整个病毒基因组的序列信息。
这种方法可以帮助科学家们了解新冠病毒的遗传变异情况，包括单核苷酸变异（SNV）和插入/缺失等结构变异。
全基因组测序还可以帮助确定新冠病毒的传播途径和流行病学特征，以及评估疫苗和药物对不同变异株的效果。
二、单核苷酸变异分析单核苷酸变异（SNV）是指病毒基因组中单个核苷酸的变异。
通过对新冠病毒样本进行SNV分析，可以发现不同变异株之间的差异，包括突变的位置、频率和类型。
这些信息有助于科学家们了解病毒的进化过程和传播途径，以及评估疫苗和药物对不同变异株的效果。
此外，SNV分析还可以帮助监测病毒的变异趋势，及时发现新出现的变异株。
三、蛋白质结构预测新冠病毒的蛋白质结构对于病毒的功能和相互作用起着重要的作用。
通过蛋白质结构预测方法，科学家们可以预测新冠病毒变异株的蛋白质结构，包括病毒外壳蛋白（S蛋白）、膜蛋白（M蛋白）和包膜蛋白（E蛋白）等。
这些预测结果可以帮助科学家们了解病毒的功能和相互作用机制，以及评估疫苗和药物对不同变异株的效果。
四、免疫学分析新冠病毒变异株的免疫学特性对疫苗和药物的研发和应用具有重要意义。
通过免疫学分析方法，科学家们可以评估不同变异株对人类免疫系统的影响，包括抗体和T细胞的识别和反应。
这些分析结果可以帮助科学家们选择合适的疫苗和药物靶点，以及评估其对不同变异株的效果和安全性。
总结起来，新冠病毒变异株分析方法包括全基因组测序、单核苷酸变异分析、蛋白质结构预测和免疫学分析等。
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终止子
第二节 真核生物基因
一.真核生物因组的结构
(一)真核基因的基本结构特点
（1）一个基因完全在另一个基因里面。如基因Ａ和Ｂ是两个 不同基因，而Ｂ包含在基因Ａ内。
（2）部分重叠。如基因Ｋ和基因Ａ及Ｃ的一部分基因重叠。 （3）两个基因只有一个碱基重叠。如基因Ｄ的终止密码子的 最后一个碱基是Ｊ基因起始密码子的第一个碱基(如TAATG)。
9.病毒基因组大部分是用来编码蛋白质的，只有非常小的一 份不被翻译，这与真核细胞DNA的冗余现象不同。
7.基因组中的重复序列很少。
8. 结构基因多为单拷贝，但编码rRNA的基因往 往是多拷贝，这有利于核糖体的快速组装。
9.细菌基因组中存在可移动的DNA序列，包括插 入序列和转座子。
10.原核基因的基本结构特点：
调控序列、启动子（promoter）、操纵序 列（operator）、结构基因（structure gene）、终止子（terminator）。
一个生物的所有基因加上那些可能带有或不带有 遗传信息的间隔序列，即一个细胞中全部的DNA就 组成一个基因组。
除了位于细胞核中的核基因组外，不同的生物中 可能还有线粒体基因组、叶绿体基因组等。
基因组结构 不同的基因在核酸分子中的排布情况及间隔序列
的组成和分布情况。
基因组学
研究生物基因组的结构与功能，包括基因组作 图、基因定位、序列分析及基因功能分析等。
12.噬菌体（细胞病毒）的基因是连续的；而真核细胞病毒的 基因是不连续的，具有内含子。
第一节 原核基因组
以细菌为代表讲述，有称bacteria genome。 细菌是基因工程研究的主要材料之一。因为： 1.构造相对简单，基因结构也不复杂，取材便利，易于培养， 可选择突变株进行研究，实验结果容易重复 2.与人类有共同的生物学规律，如：
6.编码区和非编码区在基因组中约各占50%，非编 码区主要是调控序列。
7.基因组中的重复序列很少。
8. 结构基因多为单拷贝，但编码rRNA的基因往 往是多拷贝，这有利于核糖体的快速组装。
9.细菌基因组中存在可移动的DNA序列，包括插 入序列和转座子。
10.原核基因的基本结构特点：
调控序列、启动子（promoter）、操纵序 列（operator）、结构基因（structure gene）、终止子（terminator）。
终止子
一、原核生物基因组结构与功能的特点
1.基因组通常仅由一条环状双链DNA分子组成。
其DNA是与蛋白质结合，但并不形成染色体结构， 只是习惯上将之称为染色体。细菌染色体DNA在胞内 形成一个致密区域，即类核（nucleoid），类核无核 膜将之与胞浆分开。
2.具有操纵子结构。 操纵子（operon） 是指数个功能相关的结构
基因串联在一起，构成信息区，连同其上游的调 控区（包括启动和操纵区）及其下游的转录终止 子构成的基因表达单位。
3.基因序列是连续的，无内含子。
终止子
4.基因组中只有1个复制起点。
5.结构基因无重叠现象，基因组中任何一段DNA不 会用于编码2种蛋白。
6.编码区和非编码区在基因组中约各占50%，非编 码区主要是调控序列。
7.多数RNA病毒的基因组是由连续的核糖核酸链组成，但也 有些病毒的基因组RNA由不连续的几条核酸链组成。
8.基因重叠：即同一段DNA片段能够编码两种甚至三种蛋白质 分子，这种现象在其它的生物细胞中仅见于线粒体和质粒DNA， 所以也可以认为是病毒基因组的结构特点。
这种结构使较小的基因组能够携带较多的遗传信息。 重叠基因是1977年Sanger在研究ΦX174时发现的。 叠基因有以下几种情况：
病毒基因组
1.与细菌或真核细胞相比，病毒的基因组很小。 2.病毒基因组大小相差较大, 但是不同的病毒之间其基因组 相差亦甚大。
如乙肝病毒DNA只有3kb大小，所含信息量也较小，只能编码 4种蛋白质，而痘病毒的基因组有300kb之大，可以编码几百种蛋 白质。
3.病毒基因组可以由DNA组成，也可以由RNA组成， 4.每种病毒颗粒中只含有一种核酸，或为DNA或为RNA，两者 一般不共存于同一病毒颗粒中。 5. 组成病毒基因组的DNA和RNA可以是单链的，也可以是双 链的，可以是闭环分子，也可以是线性分子。 6. 大多数DNA病毒的基因组是双链DNA分子，而大多数RNA 病毒的基因组是单链RNA分子。
2.具有操纵子结构。 操纵子（operon） 是指数个功能相关的结构
基因串联在一起，构成信息区，连同其上游的调 控区（包括启动和操纵区）及其下游的转录终止 子构成的基因表达单位。
3.基因序列是连续的，无内含子结构。
终止子
4.基因组中只有1个复制起点。
5.结构基因无重叠现象，基因组中任何一段DNA不 会用于编码2种蛋白。
10.病毒基因组DNA序列中功能上相关的蛋白质的基因或rRNA 的基因往往丛集在基因组的一个或几个特定的部位,形成一个功 能单位或转录单元。
它们可被一起转录成为含有多个mRNA的分子，称为多顺反子 mRNA然后再加工成各种蛋白质的模板mRNA。
11.除了反转录病毒以外，一切病毒基因组都是单倍体，每个 基因在病毒颗粒中只出现一次。反转录病毒基因组有两个拷贝。
基因组（gencme） 细胞或生物中，一套完整单倍体遗传物质的总
和（包括一种生物所需的全套基因及间隔序列）。 人类基因组包含22条染色体和X、Y两条性染色
体上的全部遗传物质（核基因组）以及胞质中线粒 体上的遗传物质（线粒体基因组）。
人类基因组
DNA分子上，除了具有生物学功能的基因外，还 含有许多目前不十分清楚的序列---间隔序列，它们 可能同样含有遗传信息。
（1）遗传物质都是DNA； （2）主要的功能分子都是蛋白质； （3）基因密码是通用的。 3.E.coli,是分子克隆的“明星“。
一、原核生物基因组结构与功能的特点
1.基因组通常仅由一条环状双链DNA分子组成。
其DNA是与蛋白质结合，但并不形成染色体结 构，只是习惯上将之称为染色体。细菌染色体DNA 在胞内形成一个致密区域，即类核（nucleoid）， 类核无核膜将之与胞浆分开。
第二节 真核生物基因
一.真核生物因组的结构
(一)真核基因的基本结构特点
（1）一个基因完全在另一个基因里面。如基因Ａ和Ｂ是两个 不同基因，而Ｂ包含在基因Ａ内。
（2）部分重叠。如基因Ｋ和基因Ａ及Ｃ的一部分基因重叠。 （3）两个基因只有一个碱基重叠。如基因Ｄ的终止密码子的 最后一个碱基是Ｊ基因起始密码子的第一个碱基(如TAATG)。
9.病毒基因组大部分是用来编码蛋白质的，只有非常小的一 份不被翻译，这与真核细胞DNA的冗余现象不同。
7.基因组中的重复序列很少。
8. 结构基因多为单拷贝，但编码rRNA的基因往 往是多拷贝，这有利于核糖体的快速组装。
9.细菌基因组中存在可移动的DNA序列，包括插 入序列和转座子。
10.原核基因的基本结构特点：
调控序列、启动子（promoter）、操纵序 列（operator）、结构基因（structure gene）、终止子（terminator）。
一个生物的所有基因加上那些可能带有或不带有 遗传信息的间隔序列，即一个细胞中全部的DNA就 组成一个基因组。
除了位于细胞核中的核基因组外，不同的生物中 可能还有线粒体基因组、叶绿体基因组等。
基因组结构 不同的基因在核酸分子中的排布情况及间隔序列
的组成和分布情况。
基因组学
研究生物基因组的结构与功能，包括基因组作 图、基因定位、序列分析及基因功能分析等。
12.噬菌体（细胞病毒）的基因是连续的；而真核细胞病毒的 基因是不连续的，具有内含子。
第一节 原核基因组
以细菌为代表讲述，有称bacteria genome。 细菌是基因工程研究的主要材料之一。因为： 1.构造相对简单，基因结构也不复杂，取材便利，易于培养， 可选择突变株进行研究，实验结果容易重复 2.与人类有共同的生物学规律，如：
6.编码区和非编码区在基因组中约各占50%，非编 码区主要是调控序列。
7.基因组中的重复序列很少。
8. 结构基因多为单拷贝，但编码rRNA的基因往 往是多拷贝，这有利于核糖体的快速组装。
9.细菌基因组中存在可移动的DNA序列，包括插 入序列和转座子。
10.原核基因的基本结构特点：
调控序列、启动子（promoter）、操纵序 列（operator）、结构基因（structure gene）、终止子（terminator）。
终止子
一、原核生物基因组结构与功能的特点
1.基因组通常仅由一条环状双链DNA分子组成。
其DNA是与蛋白质结合，但并不形成染色体结构， 只是习惯上将之称为染色体。细菌染色体DNA在胞内 形成一个致密区域，即类核（nucleoid），类核无核 膜将之与胞浆分开。
2.具有操纵子结构。 操纵子（operon） 是指数个功能相关的结构
基因串联在一起，构成信息区，连同其上游的调 控区（包括启动和操纵区）及其下游的转录终止 子构成的基因表达单位。
3.基因序列是连续的，无内含子。
终止子
4.基因组中只有1个复制起点。
5.结构基因无重叠现象，基因组中任何一段DNA不 会用于编码2种蛋白。
6.编码区和非编码区在基因组中约各占50%，非编 码区主要是调控序列。
7.多数RNA病毒的基因组是由连续的核糖核酸链组成，但也 有些病毒的基因组RNA由不连续的几条核酸链组成。
8.基因重叠：即同一段DNA片段能够编码两种甚至三种蛋白质 分子，这种现象在其它的生物细胞中仅见于线粒体和质粒DNA， 所以也可以认为是病毒基因组的结构特点。
这种结构使较小的基因组能够携带较多的遗传信息。 重叠基因是1977年Sanger在研究ΦX174时发现的。 叠基因有以下几种情况：
病毒基因组
1.与细菌或真核细胞相比，病毒的基因组很小。 2.病毒基因组大小相差较大, 但是不同的病毒之间其基因组 相差亦甚大。
如乙肝病毒DNA只有3kb大小，所含信息量也较小，只能编码 4种蛋白质，而痘病毒的基因组有300kb之大，可以编码几百种蛋 白质。
3.病毒基因组可以由DNA组成，也可以由RNA组成， 4.每种病毒颗粒中只含有一种核酸，或为DNA或为RNA，两者 一般不共存于同一病毒颗粒中。 5. 组成病毒基因组的DNA和RNA可以是单链的，也可以是双 链的，可以是闭环分子，也可以是线性分子。 6. 大多数DNA病毒的基因组是双链DNA分子，而大多数RNA 病毒的基因组是单链RNA分子。
2.具有操纵子结构。 操纵子（operon） 是指数个功能相关的结构
基因串联在一起，构成信息区，连同其上游的调 控区（包括启动和操纵区）及其下游的转录终止 子构成的基因表达单位。
3.基因序列是连续的，无内含子结构。
终止子
4.基因组中只有1个复制起点。
5.结构基因无重叠现象，基因组中任何一段DNA不 会用于编码2种蛋白。
10.病毒基因组DNA序列中功能上相关的蛋白质的基因或rRNA 的基因往往丛集在基因组的一个或几个特定的部位,形成一个功 能单位或转录单元。
它们可被一起转录成为含有多个mRNA的分子，称为多顺反子 mRNA然后再加工成各种蛋白质的模板mRNA。
11.除了反转录病毒以外，一切病毒基因组都是单倍体，每个 基因在病毒颗粒中只出现一次。反转录病毒基因组有两个拷贝。
基因组（gencme） 细胞或生物中，一套完整单倍体遗传物质的总
和（包括一种生物所需的全套基因及间隔序列）。 人类基因组包含22条染色体和X、Y两条性染色
体上的全部遗传物质（核基因组）以及胞质中线粒 体上的遗传物质（线粒体基因组）。
人类基因组
DNA分子上，除了具有生物学功能的基因外，还 含有许多目前不十分清楚的序列---间隔序列，它们 可能同样含有遗传信息。
（1）遗传物质都是DNA； （2）主要的功能分子都是蛋白质； （3）基因密码是通用的。 3.E.coli,是分子克隆的“明星“。
一、原核生物基因组结构与功能的特点
1.基因组通常仅由一条环状双链DNA分子组成。
其DNA是与蛋白质结合，但并不形成染色体结 构，只是习惯上将之称为染色体。细菌染色体DNA 在胞内形成一个致密区域，即类核（nucleoid）， 类核无核膜将之与胞浆分开。