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新型种质资源数据库系统的设计原理和方法黄骥 王建飞 张红生 翟虎渠(南京农业大学教育部作物遗传与特异种质创新重点实验室,南京210095)摘要:介绍了以Visual Basic 610为主导设计语言,建立新型水稻种质资源数据库系统的原理和方法。
该系统利用计算机技术的最新进展,在当前数据库结构的基础上新加入了多媒体数据表并实现了高效的浏览器/服务器网络构架,其设计简单、管理方便、可移植性强,是设计新一代种质资源数据库系统的有益尝试。
关键词:水稻;种质资源;数据库中图分类号:S5111024∶TP3111138 文献标识码:A 文章编号:1000Ο2030(2001)03Ο0011Ο04Principle and w ay on creating ne w germplasmdatabase systemHuang Ji ,Wang Jian fei ,Zhang H ongsheng and Zhai Huqu(K ey Laboratory for Crop G enetics and G erm plasm Enhancement ,Ministry of Education ,Nanjing Agric Univ ,Nanjing 210095,China )Abstract :The principle and way on creating new rice germplasm database system with Visual Basic 610as the main designing language were ing computer technology of today ,The system includes one added multimedia data table and the browser/server netw ork structure.The system is als o attempted to become the germplasm database system of next generation for its simple designing ,easy mainte 2nance and g ood transplantation.K ey w ords :rice ;germplasm ;database ;早在20世纪70年代,美、日、法等一些科学技术发达的国家相继出现了种质资源档案的计算机管理,部分国家还形成了全国或地区性网络,如美国的作物种质资源信息网络系统(G RI N ),日本的作物种质资源信息系统(EXIS )[1]。
家养动物品种资源数据库信息共享网络的建立
吴南;章莉;王丹萍;赵丰成;任战军
【期刊名称】《畜牧兽医杂志》
【年(卷),期】2004(023)005
【摘要】通过搜集和整理陕西省商洛地区家养动物品种资源资料,在Internet的PWS(PersonalWeb Server)上利用其提供的动态网页页面ASP(Active Server Page)实现动态交互的数据库和数据库检索系统、改造网络,实现陕西省商洛地区家养动物品种资源数据库信息共享网络,以便进行信息查询,浏览和打印所需的信息.【总页数】2页(P53-54)
【作者】吴南;章莉;王丹萍;赵丰成;任战军
【作者单位】商洛市畜牧兽医中心站,陕西,商洛,726000;商洛市畜牧兽医中心站,陕西,商洛,726000;商洛市畜牧兽医中心站,陕西,商洛,726000;西北农林科技大学动物科技学院,陕西,杨陵,712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西,杨陵,712100【正文语种】中文
【中图分类】S813.9
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4.馆室接轨联手建立数据库统一标准实现信息共享化 [J], 黄懿娴
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中国骆驼种质资源保护调研报告中国畜牧业协会骆驼分会摘要：通过对地方骆驼品种集中饲养区的协会会员企业进行调研，掌握骆驼品种的基本种群状况、生产性能和保种方向，针对该品种特性，设计相应骆驼品种生产经营模式，提出该骆驼品种保护的可行性措施；组织业内相关专家、学者及企业组成的专家顾问组，制定地方骆驼品种的保种方案；以期望将这些地方骆驼品种的特性或其独特外貌特征加以保护，在有条件的地区鼓励和推广饲养该地方骆驼品种，扩大各地方骆驼品种的推广饲养数量，推动我国地方骆驼品种资源的保护。
效益的产生主要体现在：通过广泛调研与研究，针对地方骆驼品种的品种特点，选择合适的生产经营模式，制定骆驼行业发展战略规划，促进该品种骆驼群商业化的开发和利用。
关键词：骆驼种质资源保护发展1调研的目的与意义为了全面掌握我国现有的骆驼数量、经济类型以及开发利用情况，从2014年1月1日起全面启动了“2014年全国骆驼种质资源保护项目”的调研工作。
从而分别对内蒙古自治区、青海省、甘肃省和新疆维吾尔族自治区等双峰驼主要产区进行实地考察和调研，掌握了骆驼品种的基本种群状况、生产性能、保种方向以及危害骆驼健康的主要疾病等。
2调研掌握全国骆驼分布情况中国是世界上双峰驼的主要分布区域之一。
依据我们调研的数据，2014年全国约有29万峰左右的双峰驼，主要分布在新疆、内蒙古、青海、甘肃等地区干旱的荒漠和草原上。
其中，新疆的骆驼约有16万峰，内蒙古约有12万峰，青海约有6559峰，甘肃省约有6000峰。
从分布区域的广度来看，以新疆维吾尔自治区分布最广，几乎各县、市都有分布。
内蒙古的骆驼主要分布在阿拉善盟，其他地方如呼伦贝尔盟、锡林郭勒盟、巴彦淖尔盟也有一定分布。
全国骆驼主要分布地区及全国骆驼主产区数量比率见，图1、图2.图1 全国骆驼主要分布地区图 2 全国骆驼主产区数量比率3调研地区骆驼数量变化及骆驼产业情况3.1内蒙古自治区内蒙古自治区位于中国北部边疆，由东北向西南斜伸，呈狭长形，东西直线距离2400公里，南北跨度1700公里，横跨东北、华北、西北三大区。
智慧畜牧数据库建设方案一、前言畜牧业是我国的重要行业之一，为保障国内人民的饮食安全和支持国家经济发展做出了重要贡献。
然而，传统畜牧业模式存在管理不精、信息不全，导致生产效率低下和资源浪费等问题。
智慧畜牧数据库建设方案的提出，将有助于解决这些问题，提高畜牧生产效率，推动畜牧业向智能化、信息化发展。
二、建设目标1.完善信息化建设利用现代化技术手段，对畜牧业生产流程、畜禽疾病防治、饲料配合等方面进行信息化记录和管理，实现畜牧资源的可视化、数字化、智能化管理。
2.提高畜牧生产效率通过提供准确、实时、可靠的数据支撑，为决策者提供科学依据，优化生产供应链，推进畜牧业向高效、优质、安全方向发展。
3.提高畜牧品质建立畜牧品质管理体系，记录畜牧的饲养环境、生长状况、品质检测等相关数据，实现畜牧品质的追溯和管理，为消费者提供高品质的畜产品。
三、建设内容1.基础设施建设建设完备的区域网络、服务器、存储设备、数据备份方案等基础设施，保证数据的安全、稳定和可靠。
2.数据采集和存储利用物联网技术和传感器等设备，对畜牧场的温度、湿度、饲料配合、饮水量等实时数据进行采集。
在数据存储方面，采用分布式存储方案，实现数据的备份、容灾和快速恢复。
3.数据处理和分析采用大数据处理技术，对采集到的数据进行处理和分析，提取有价值的信息和知识。
针对不同的业务场景，建立数据分析模型，实现需求驱动的数据分析和应用。
4.移动端应用开发为决策者和工作人员提供移动端的应用程序，实现远程的数据采集、监控和管理，满足灵活的业务场景需求。
5.安全和权限管理建立完备的安全防护措施，配置网络及防火墙进行入侵检测、流量监控等。
在数据使用方面，实行严格的权限管理和数据保护措施，确保数据的保密性和安全性。
四、实现路径1.明确需求建立智慧畜牧数据库，需要明确需求，确定解决什么问题，为何需要建设。
2.选用合适的平台根据需求，选择适合自己的平台和技术方案。
考虑平台的安全性、可靠性、稳定性、易用性以及可扩展性。
我国地方猪资源网络数据库的构建黄菊，丁向东，张勤（中国农业大学动物科学技术学院、农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室、国家畜禽育种工程实验室，北京 100193）摘要：我国具有丰富的地方猪遗传资源，如何保护好这些宝贵的遗传资源成为了我国育种工作者的重要任务。
目前，我国需亟待完善地方猪品种信息网络平台，本研究通过对我国地方猪品种资料的收集整理，旨在构建我国地方猪品种资源数据库，为我国猪遗传资源的保护和利用构建网络信息平台。
系统采用了WAMP的网站开发环境，即Windows+Apache+Mysql+PHP，并将网站架构软件Drupal应用到网站开发中，实现了对网站框架结构的整合。
本数据库共收集了76个地方猪品种，涉及每个品种从群体规模、分布状况、种质特征到品种内群体结构等的信息，系统主要功能包括检索查询、系统管理、数据管理及网络支持等。
本文主要分析网络数据库的设计思想和实现过程，并给出部分功能说明。
关键字：猪；种质资源；数据库；WAMP地方品种资源是生物多样性的重要组成部分，是未来育种创新工作的原始素材及人类生存和畜牧业可持续发展的物质保障之一。
我国地域辽阔，在各地区多样化的生活习惯、地形、气候、环境、温度等条件的作用下，形成了各具特色的优良种质资源。
丰富的猪种质资源不仅为我国畜牧业的发展，也为国际畜牧业发展提供重要的遗传多样性信息资料。
为了迎合市场的需求，我国大量引进外来品种，使得地方猪品种的遗传多样性受到了威胁。
20世纪90年代，已经灭绝的猪种就有2个，濒临灭绝的品种5个，数量急剧减少的品种8个[1-3]。
因此，在遗传资源日趋流失的今天，要保护并利用好这些资源，一个必要的措施就是对这些品种信息实施动态监控。
虽然近年来，我国已陆续建立了一些畜禽种质资源数据库，但都存在不同的问题，如信息不全面、描述不够详尽、数据更新不及时等。
本研究采用WAMP的开发环境，构建一个全国地方猪品种网络资源共享平台，为今后我国猪种质资源的保护和开发利用提供重要参考。
附件4畜禽标识信息数据库管理规范1.范围本规范适用于国家和省级畜禽标识信息数据库系统建设、运行、安全、维护等工作。
2.数据库系统建设建立国家畜禽标识中央数据库和省级子数据库。
中央数据库存储全国范围内畜禽标识及编码、养殖档案、系谱档案、防疫档案、检疫证章、移动监督、产品标识和追溯管理等数据信息。
省级子数据库存储本省范围内相关数据信息，与中央数据库保持同步数据更新。
数据库内容、结构、命名、数据分区及交换格式等设计应满足：2.1实时查询、汇总、统计分析与报表生成等功能要求；2.2网络互联互通要求；2.3现有数据存储总量和应用发展的升级要求；2.4安全性、可靠性和可维护性要求。
数据库系统建设参考标准见附件。
3.运行管理3.1国家畜禽标识中央数据库建在中国动物疫病预防控制中心，省级子数据库由省级动物卫生监督机构或动物疫病预防控制机构牵头建立。
3.2数据传输管理3.2.1基础信息各级动物卫生监督机构或动物疫病预防控制机构利用计算机终端将区域信息、机构信息、人员档案等内容通过互联网上传至中央数据库。
3.2.2标识信息3.2.2.1 县级动物疫病预防控制机构组织填报本辖区畜禽标识需求时间、数量、畜禽种类等信息，利用中央数据库系统申请标识订购。
3.2.2.2 地市级动物疫病预防控制机构通过登录中央数据库系统对县级机构的畜禽标识订购申请进行审核。
3.2.2.3 省级动物疫病预防控制机构对提交的畜禽标识订购申请进行审批，并按照招标结果，选出畜禽标识生产厂商。
同时将审核意见及选出的生产厂商名称等信息发送到中央数据库。
3.2.2.4 中央数据库系统生成畜禽标识编码和二维码数据。
3.2.2.5 耳标生产任务由中央数据库统一下达。
耳标生产厂与中央数据库建立网络通道，并将生产结果和发货信息返回到中央数据库。
3.2.2.6县级动物疫病预防控制机构收到畜禽标识后，核对畜禽标识包装箱信息，利用中央数据库系统签收畜禽标识，并将发放和申领信息传回中央数据库。
中国畜禽品种资源网络数据库系统的构建熊本海,马月辉,罗清尧,庞之洪(中国农业科学院畜牧研究所,北京100094)摘 要:在规范化《中国畜禽品种志》和重新调查搜集到的大量畜禽种质资源信息后,利用TBF 全文信息非结构数据库,构建了“中国畜禽品种资源网络数据库”,并通过Internet 以http ://www.cdad /网址发布。
在网站内系统提供了包括全文检索、组合检索、二次检索、字段检索和多库检索等功能,并指出了本网络数据库的今后发展目标是如何获取我国畜禽品种资源的动态信息,以及实现资源信息从内容管理到知识管理的逐步过渡。
关键词:畜禽;资源;网络数据库中图分类号:S81319 文献标识码:A 文章编号:036626964(2005)0120043205收稿日期:2003207210基金项目:科技部科技基础性项目(2001DEA10006)作者简介:熊本海(19632),男,湖北红安人,博士,副研究员,主要从事畜牧信息技术研究。
据世界粮农组织近10多年来对170个国家记录在案的6379个家养畜禽品种的调查结果,在近100年里已有740多个品种绝灭,1335个品种处于高度濒危状态,据专家预测,如不采取措施,还将失去2000个畜禽品种[1]。
我国在“六五”-“七五”期间,在20世纪70-80年代以郑丕留教授为首的中国畜禽品种调研组组织全国同行历时7年对全国畜禽品种进行了全面系统的调查,并已出版了《中国猪品种志》、《中国牛品种志》、《中国羊品种志》、《中国马驴品种志》、《中国家禽品种志》。
根据该品种志载,截至1986年有194个地方品种、45个培育品种、43个引进品种[2～6]。
从“八五”至今,中国农业科学院畜牧研究所“畜禽遗传资源研究室”一直承担和坚持我国畜禽种质资源动态信息调查工作,共调查了全国28个省区的459个畜禽种质资源信息,基本掌握了各个品种的濒危程度和群体数量变化趋势。
一个值得注意的问题是这批品种资源正在“洋种”即“良种”的指导思想下,不断被杂交“改良”、淘汰。
目前国内规模化养殖业中所用畜禽品种基本上是从国外引进品种或品系及其杂交后代。
“有钱引种”,无钱育种、保种的现象仍然普遍存在。
依据我国畜禽种质资源状况的动态变化特征,及早建立中国家养动物品种资源数据库,可以盘活、再现、分析和充分利用已经收集到的资源信息,及时为国家或区域性制定保种、引种方案提供科学依据,对提高政府部门决策能力、业内人员对资源状况的全面掌握和社会公众对资源的认识,将会起到积极的作用。
特别是,如果能够通过现代信息技术,建立完善的数据采集、远程维护更新体系,则能及时对我国畜禽资源品种的濒危程度作出由量变到质变的预警分析,以避免“亡羊补牢,为时晚也”的尴尬局面。
1 中国畜禽品种资源网络数据库系统平台构建原理与方法111 数据网络操作系统服务器的操作系统选定为Windows 2000Ad 2vanced Server ,即Windows N T 的升级版本,含有信息服务器ⅡS510系统,负责Web 站点的管理与信息发布。
客户端可为Windows 2000Professional ,Windows 95,Windows 98,Windows M E ,Windows XP 中的任意一种。
112 数据库管理系统由于畜禽品种资源信息特点是以描述性文本为主,并含有图片、影像等多媒体信息,也包括部分数值型数据,因此本系统选用了TBF 全文信息库[7]。
该类数据库通过采用多种压缩算法,将结构化数据库与非结构化全文信息库完美地结合在一起,数据可变长储存,最大限度节省空间,为实现包含图片及多媒体信息的数据库毫秒级查询提供技术支撑。
本系统的所有数据资源全都存放在如图1所示“全文信息服务器”中,可通过“库管理(TBS Client )”和“文件管理(F TS Client )”终端进行远程数据库和文件维护。
网络用户通过ODBC 接口,实现对不同格式数据的统一处理与访问。
畜牧兽医学报,2005,36(1),43247A cta V eteri naria et Zootechnica S i nica图1 中国畜禽品种资源网络数据库系统软、硬件结构Fig.1 Softw are and hardw are frame of netw ork d atab ase on Chinese Anim al B reed R esources113 系统结构与动态网页技术如图1所示,客户浏览器与Web 服务器之间为Browser/Server 结构,Web 服务器与全文数据库服务器之间为Client/Server 结构,这种三层结构(C/S )可实现分布式动态负载均衡、多机并行检索、超大容量、多语种、多媒体、高可靠性的信息全文检索系统。
页面编程语言采用C BScript 脚本语言。
它的使用方法与语法风格类似于ASP 中的JA V AScript 。
114 数据源11411 国家确认的品种资源信息 主要依据《中国猪品种志》、《中国牛品种志》、《中国羊品种志》、《中国马驴品种志》、《中国家禽品种志》。
根据该品种志载,截至1986年我国有282个畜禽品种。
家畜品种(含类群)共207个,其中猪66个,山羊23个,绵羊30个,马33个,牛37个,牦牛5个,水牛1个,驴10个。
而家禽品种(含类群)共75个。
其中鸡47个,火鸡1个,鸭14个,鹅13个。
除国家品种志提供的数据外,还有相当一部分品种资源信息来自各省市公开发表的地方畜禽品种志[8～20]。
按品种分有猪18个,山羊12个,绵羊3个,马4个,牛10个,牦牛1个,水牛8个,大额牛1个,驴1个,骆驼6个,兔4个,总共68类或类群的畜种信息;同时还收集了鸡品种24个,火鸡1个,鸭12个,总共37类或类群的地方禽品种资源信息。
对已发表的资源信息的处理重在内容的标准化处理,便于信息的标识、入库和索引。
11412 尚未确认的品种资源信息 结合中国农业科学院畜牧研究所自1999年承担的科技部科技基础性项目“畜禽种质资源收集、整理、保存、评价”以来的动态调查信息,进一步扩充和更新了我国畜禽种质资源数据库。
共调查了全国28个省区的459个畜禽种质资源信息,其中猪105个,牛78个,马驴53个,绵山羊104个,家禽119个;并发现已经灭绝的种质资源有9个。
其数量变化趋势为:177个品种的群体数量上升,219个品种数量下降,3个品种数量不变,51个品种没有以前的群体数量记录而无可比性。
受严重威胁的品种有44个,受较大威胁的品种36个,受威胁品种14个,受潜在威胁品种58个,相对安全的品种298个[21,22]。
这些信息是对《中国畜禽品种志》最新、最全面的补充。
115 信息检索系统的概念信息检索是畜禽遗传资源网络数据库构建的重要内容。
本系统在“资源数据库”基础上,通过全文信息服务器整合各种数据资源。
本系统涉及的主要检索方法的定义及其特性如下:全文检索:用户随时输入一个或若干个字、词,就可从全文库中检索出包含此字、词的全部记录。
通过下拉按钮,用户可以选择显示的浏览字段和控制显示检索结果在每屏出现的记录条数。
对检索结果还可进行二次检索,以缩小检索范围,提高检索效率[7]。
字段检索:用户可针对某个字段检索,凡是字段建立“字段检索”的,都可以进行字段检索。
在输入44畜 牧 兽 医 学 报36卷 检索词的同时,可限定检索字段(此字段需建立字段索引)。
检索方式可以是包含和相等的关系,对检索出的结果同样可进行二次检索。
组合检索:组合检索是全文检索和字段检索的结合,是在限定多个字段的基础上实行的全文检索。
可通过指定字段条件来对某个字段或多个字段的条件下进行全文检索。
多库检索:多库检索是一种综合检索方式,可以进行跨库检索。
用户可以选择几个或全部数据库,从中检索一个或几个字、词、句。
对检索出的记录按库名分开显示。
如果一个全文库中的字段之间有一种树形层次关系,可建立多级索引,通过多级索引可逐级缩小检索范围,实现快速检索。
依据以上对检索系统中各功能模块内涵的界定及其具体程序的实现,从而构成《中国畜禽品种资源网络数据库》的检索查询系统,为在网络前端快速有效地响应客户的各种需求提供了可能。
2 结 果211 系统网站的建立与检索结果分析按照第1部分采用的网络平台、数据库系统、页面语言和数据源,我们构建了“畜禽品种资源网络数据库”,并通过Internet 以http ://www.cdad /网址发布。
进入主页后,系统直接提供不同的查询或浏览入口,以满足不同的检索要求。
21111 按畜禽类别进入查询或检索 在主页左边从“中国家畜品种志”栏目下,选定“牛(cattle )”进入后,首先可以看到来自《中国畜禽品种志》中所有品种的牛共67个,每页显示10个,共分7页显示完(图2)。
若查看某个品种的具体资源数据,只要点击显示出的图片即可。
在左边显示可进一步进行检索的字段名称,或从该窗口进入“全文检索”或“组合检索”。
图2 来自国家家畜品种志牛品种查询的初步结果Fig.2 The f irst searching results from the C attle B reed R ecords of China54 1期熊本海等:中国畜禽品种资源网络数据库系统的构建 如果按“畜种名称”进入查询,则实质上是按畜种名称进行归类查询,查询结果为:大额牛(1)、牛(47)、水牛(12)和牦牛(7)。
括号中表示品种数。
若按“品种来源”查询,其结果为:地方(56)、培育(4)和引进(7)。
由此可见,如果一个全文库中的字段之间有一种树形层次关系,在建立多级索引后,通过多级索引可逐级缩小检索范围,实现快速检索。
21112 按数据库进入查询或检索如主页中间所示,系统提供了按指定数据库(下拉弹出菜单)进入查询。
这里指示的数据库可包含数量不等的数据表组成,而对输入的关键词的检索,则是在指定的数据库所包含的数据表中进行的与关键词的匹配检索。
例如,图3显示了“中国家禽品种志”数据库所含数据表。
限于篇幅,对检索效果不作具体说明。
图3 中国家禽品种志数据库所含数据表Fig.3 The included d ata tables in the Poultry B reed R ecords of China21113 按“中心产区”进入查询或检索 如主页中间所示,系统提供了2种途径进入按“中心产区”的查询或检索:一是按主页中间中国地图指示的省份所处位置,点击后,系统直接将畜禽品种“中心产区”在本省市的所有品种(或类群)搜索出来。
所以检索出的品种不仅包括国家或地方品种志的,而且也包括不同的家畜和家禽品种,然后再进行全文检索、组合检索、字段检索和二次检索等,了解宏观与微观的资源信息;二是按主页右上角指示的省市名称进入查询。
