苋菜AtPAL基因密码子偏好性分析

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密码子使用偏好性参数汇总

研究密码子偏好性常用的参数1、相对同义密码子使用度(Relativ e Synonymous Codon Usage, RSCU )是指对于某一特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对概率，它去除了氨基酸组成对密码子使用的影响。

如果密码子的使用没有偏好性，该密码子的RSCU值等于1，当某一密码子的RSCU值大于1时，代表该密码子为使用相对较多的密码子，反之亦然。

第i个氨基酸的第j个密码子的相对同义密码子使用度值的计算公式如下:公式中, X ij是编码第i个氨基酸的第j个密码子的出现次数, n i是编码第i个氨基酸的同义密码子的数量( 值为1~6) 。

研究中通常先利用高表达基因的RSCU值建立参考表格。

2、密码子适应指数(Codon Adaptation Index, CAI)可以根据已知高表达基因的序列来估计未知基因密码子使用的偏好性程度。

CAI的值在0~1之间, 如果越高则表明该基因的密码子使用偏好性越强。

CAI 值一般用来预测种内基因的表达水平( 但目前的研究发现对于单细胞生物比较适用, 而在哺乳动物中并不能用来表示基因表达水平), 又可以用来预测外源基因的表达水平。

w ij(The relative adaptiveness of a codon): 密码子相对适应度上式中RSCU imax、X imax分别指编码第i个氨基酸的使用频率最高的密码子的RSCU值和X值L是指基因中所使用的密码子数。

3、密码子偏好参数(Codon Preference Parameter, CPP)CPP的变化范围为0 ~ 18, 越接近18表示密码子被非随机使用的程度越高。

它对于基因编码区域总的碱基组成不敏感, 适于比较基因间或物种间密码子使用偏性的大小。

x ij是编码第i个氨基酸的第j个密码子的出现次数, n i是编码第i个氨基酸的同义密码子的数量( 值为2~6, n i= 1 的情况被排除)4、有效密码子数(Effective Number of Codon, ENC)ENC值的范围在20~ 61之间, 越靠近20偏性越强。

密码子偏好性分析

Abstract Lipopolysaccharide-binding protein(LBP) is key factor in identifying endotoxin of gram-negative bacterium and starting immune response. The aim of this study was to understand LBP gene codon use features and provide foundation for selecting appropriate receptor animals and expression systems. In this
摘要脂多糖结合蛋白(lipopolysaccharide-binding protein, LBP)是机体识别革兰氏阴性菌内毒素并启动免疫反应的关键因子。为了了解 LBP 基因的密码子使用特性，为其选择合适的受体动物以及最佳外源表达系统提供依据，本研究运用 CHIPS、CUSP 和 CodonW 在线程序分析自主电子克隆的猪(Sus scrofa) LBP 基因(GenBank 登录号: NM-001128435.1)的密码子偏好性，并与猪 8 种抗病相关基因、模式生物基因组以及其他物种 LBP 基因相比较。结果表明，猪 LBP 基因大部分偏好使用以 G/C 结尾的密码子，27 种偏好密码子(相对使用度(RSCU)＞1)中偏好性较强的有 GCC、CAC、CTG 和 TCC(RSCU≥2)，而猪 8 种抗病相关基因有 23 种偏好密码子，全部以 G/C 结尾，并且偏好性较强的密码子有 GCC、ATC、CTG 和 GTG；通过比较 14 种动物的 LBP 基因密码子偏好性，发现 14 个物种的 LBP 基因表达水平一般，并且都偏好以 G/C 结尾的密码子；聚类分析发现，偶蹄目猪与 2 种食肉目动物(猫(Felis catus)和狗(Canis))聚为一类，与系统分类关系不一致；在密码子的使用频率上，猪 LBP 基因与小鼠(Mus musculus)基因组的差异小于大肠杆菌 (Escherichia coli)和酵母菌(Saccharomyces)等 2 种模式生物基因组，故小鼠更适合作为该 LBP 基因的外源表达宿主。本研究结果为 LBP 基因在动物遗传改良中选择合适的受体动物、选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供一定的理论依据。关键词猪，脂多糖结合蛋白基因(LBP)，密码子偏好性

南欧大戟叶绿体基因组密码子偏好性分析

櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄櫄济南：山东大学，２００７．［１６］王晓东．转基因小麦抗旱性生理生化及农艺性状鉴定［Ｄ］．杨凌：西北农林科技大学，２０１６：７－４８．［１７］闫建俊，白云凤，左静静，等．转基因马铃薯外源基因插入位点分析及检测方法的建立［Ｊ］．分子植物育种，２０２０，１８（１６）：５３６１－５３６６．　［１８］游　朝，晁朝霞，姚正培，等．转ＭｖＮＨＸ１和ＭｖＰ５ＣＳ基因棉花耐盐抗旱性比较与育种价值分析［Ｊ］．棉花学报，２０１５，２７（３）：１９８－２０７．［１９］易小平，谭燕华，彭存智，等．转基因作物安全评价的检测技术［Ｊ］．热带生物学报，２０１５，６（１）：９８－１０４．［２０］康　丹，方小艳，游腾飞，等．染色体步移技术克隆已知序列侧翼启动子的研究进展［Ｊ］．农业生物技术学报，２０１３，２１（３）：３５５－３６６．　［２１］赵才美，黄兴奇，殷富有，等．水稻ＮＡＣ转录因子家族的研究进展［Ｊ］．植物科学学报，２０２０，３８（２）：２７８－２８７．［２２］段晓亮，许兰杰，刘志勇，等．转基因小麦外源基因插入位点初步分析及检测方法的建立［Ｊ］．粮油食品科技，２０１４，２２（４）：７６－８１．［２３］姜子焱．梭梭ＨａＮＡＣ３８、ＨａＮＡＣ４２启动子克隆和转录因子特性分析［Ｄ］．乌鲁木齐：新疆农业大学，２０１８：３－３７．［２４］涂松林，施爱民．我国转基因棉花研究与应用进展［Ｊ］．江西棉花，２００１，２３（１）：９－１３．［２５］陈秀兰，张玉忠，张　军．棉花分子育种研究进展［Ｊ］．棉花学报，１９９７，９（１）：５－８．［２６］王瑞芳，胡银松，高文蕊，等．植物ＮＡＣ转录因子家族在抗逆响应中的功能［Ｊ］．植物生理学报，２０１４，５０（１０）：１４９４－１５００．［２７］王志霞．转基因棉花研究进展［Ｊ］．江苏农业学报，２００３，１９（２）：７４．［２８］林　清，彭于发，吴　红，等．转基因作物及产品检测技术研究进展［Ｊ］．西南农业学报，２００９，２２（２）：５１３－５１７．［２９］王淑君，曲延英，倪志勇，等．转ＣａｒＮＡＣ１基因可提高棉花的抗旱性［Ｊ］．干旱地区农业研究，２０１８，３６（４）：２７２－２８１．余　涛，蒲　芬，管　芹，等．南欧大戟叶绿体基因组密码子偏好性分析［Ｊ］．江苏农业科学，２０２３，５１（１５）：３５－４１．ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０２３．１５．００６南欧大戟叶绿体基因组密码子偏好性分析余　涛，蒲　芬，管　芹，范　敏（大理大学药学院，云南大理６７１０００）摘要：为了揭示南欧大戟叶绿体基因组密码子使用偏性及形成原因，以南欧大戟叶绿体基因组中长度大于３００ｂｐ的非重复蛋白质编码序列为研究对象，利用ＣｏｄｏｎＷ１．４．１、ＣＵＳＰ在线程序等生物信息学分析工具对其密码子偏性及使用模式进行分析。

7种作物叶绿体基因的密码子偏好性及聚类分析

7种作物叶绿体基因的密码子偏好性及聚类分析晁岳恩;常阳;王美芳;何盛莲;赵献林;雷振生【期刊名称】《华北农学报》【年(卷),期】2012(027)004【摘要】研究作物叶绿体蛋白编码基因的编码特点,对指导农作物的叶绿体基因工程研究设计,促进外源基因在受体作物中的高效、稳定表达具有重要作用.为此,综合运用了多种分析软件,对7种大田作物的叶绿体蛋白编码基因进行分析.结果表明:叶绿体蛋白编码基因的总碱基构成在7种作物中差异不大,都是A含量最高,而G,C的含量较低；但在密码子第3位的碱基构成上却有明显差别,3种双子叶作物偏爱以C,T结尾的密码子,而禾本科的4种作物则偏爱以T,C结尾的密码子；RSCU(同义密码子的相对使用度)值显示出禾本科作物有26个密码子具有偏好性,而双子叶作物有25个密码子具有偏好性,但二者之间有22个相同的偏好性密码子.基于RSCU 值的聚类结果显示,植物的密码子偏好性具有种族特征,表明基于叶绿体蛋白编码基因的密码子使用特性的聚类结果可以作为系统发育分析的重要补充.【总页数】5页(P60-64)【作者】晁岳恩;常阳;王美芳;何盛莲;赵献林;雷振生【作者单位】河南省农业科学院小麦研究中心,河南省小麦生物学重点实验室,河南郑州450002;河南省农业科学院小麦研究中心,河南省小麦生物学重点实验室,河南郑州450002;河南省农业科学院小麦研究中心,河南省小麦生物学重点实验室,河南郑州450002;河南省农业科学院小麦研究中心,河南省小麦生物学重点实验室,河南郑州450002;河南省农业科学院小麦研究中心,河南省小麦生物学重点实验室,河南郑州450002;河南省农业科学院小麦研究中心,河南省小麦生物学重点实验室,河南郑州450002【正文语种】中文【中图分类】Q349+.55【相关文献】1.烟草叶绿体密码子的偏好性及聚类分析 [J], 杨惠娟;刘国顺;张松涛;崔红2.槲蕨属叶绿体基因组密码子偏好性分析 [J], 沈宗芳;陆添权;张志荣;蔡传涛;田波3.蒜头果叶绿体基因组密码子偏好性分析 [J], 原晓龙;刘音;康洪梅;陈中华;李云琴;王毅4.降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性分析 [J], 原晓龙;李云琴;张劲峰;王毅5.2种药用獐牙菜叶绿体基因组密码子偏好性分析 [J], 张俊焱;曾阳;李锦萍;王虹雨;张瑞峰;刘力宽因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

濒危植物坡垒的叶绿体基因组特征及系统发育分析

基金项目：本研究由国家自然科学基金 ( 3 1 7 6 0 1 1 9 ) 、岭南师范学院校级重点项目和人才专项 ( L Z 1 9 0 6 ; Z L 2 0 0 3 )和湛江市科技计划项目 ( 2 0 18 A 0 3 0 2 4 )共同资助
叶绿体是普遍存在于被子植物中的重要细胞自身生长缓慢；外在原因主要是由于过度开发利用
器，是担负着绿色植物的光合作用并具有自主遗传导致其母树数量锐减、天然林面积减少和破碎化(陈
的基因组(陈志样等，2019)。研究表明叶绿体基因组侯鑫等，2015)。
有 3 种遗传方式：父系遗传常见于裸子植物和少数
1 College of Life Sciences and Technology, Zhanjiang, 524048; 2 Ministry of Education Key Laboratory for Ecology of Tropical Islands, Key Labora tory of Tropical Animal and Plant Ecology of Hainan Province, College of Life Sciences, Hainan Normal University, Haikou, 571158 * Corresponding author, zhangyingred@ DOI: 10.13417/j.gab.040.000365
Abstract U n d e r s t a n d i n g the chloroplast g e n o m e structure o f the e n d a n g e r e d plant Hopea hainanensis is o f great significance in revealing the p h y l ogenetic relationship o f the f a mily D i p t e r o c a r p a c e a e .T h e w h o l e chloroplast g e n o m e ， the structural characteristics a n d phylogenetic relationship w i t h relative species o f H. hainanensis w e r e a n a l y z e d b a s e d o n u sing h i g h - t h r o u g h p u t s e q u e n c i n g t e c h n o l o g y . T h e results s h o w e d that the chloroplast g e n o m e o f H. hainanensis w a s d i s c o v e r e d w i t h the typical a n g i o s p e r m s a n d a tetrad structure including a total length o f 151 795 b p . A total o f 124 g e n e s w e r e a n n o t a t e d ,including 77 protein c o d i n g protein g e n e s (5 g e n e s repeat in the reverse re peat region), 39 t R N A g e n e s a n d 8 r i b o s o m a l R N A (r R N A ) g e n e s .Bioinformatics analysis s h o w e d that there w e r e

拟南芥苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因的研究进展

拟南芥苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因的研究进展孙海燕;全雪丽;付爽;吴松权【摘要】苯丙氨酸解氨酶(PAL)是催化苯丙烷代谢途径第1步反应的限速酶,广泛地参与植物生长发育过程中的各种生理活动.本文概述了拟南芥PAL基因的分子生物学和生理学研究进展,主要包括PAL基因的结构、表达特性、调控机制及其参与的植物生理学的意义,为进一步阐明PAL基因的功能提供参考依据.【期刊名称】《延边大学农学学报》【年(卷),期】2016(038)001【总页数】5页(P88-92)【关键词】拟南芥;苯丙氨酸解氨酶;表达;生理作用【作者】孙海燕;全雪丽;付爽;吴松权【作者单位】延边大学农学院,吉林延吉133002;延边大学农学院,吉林延吉133002;延边大学农学院,吉林延吉133002;延边大学农学院,吉林延吉133002【正文语种】中文【中图分类】Q943苯丙烷代谢途径是陆生植物生长和发育所必需的，是植物长期适应自然环境的结果[1-2]。

苯丙氨酸解氨酶(EC 4.3.1 5, PAL)催化L-苯丙氨酸(L-Phe)的非氧化脱氨基作用，生成肉桂酸，是生物合成苯丙烷类天然产物的第1步[3-4]，也是第1个被鉴定的植物“防御基因”[5]。

也是苯丙烷类代谢途径中研究最多的酶[6]。

肉桂酸是植物生长、发育和环境适应所必需的各种苯丙烷类物质的合成起始物[7]。

苯丙烷类化合物是植物中大量酚类化合物的前体，包括木质素、黄酮类、异黄酮类、香豆素、芪类和水杨酸等，它们在维持植物结构、抵御紫外线、形成花青素和植保素、保持花粉活力、信号转导与交流等方面发挥着重要作用 [1,5,8]。

自1961年Koukol和Conn首次描述PAL以来，苯丙氨酸解氨酶得到了广泛的研究[9]，它是控制苯丙烷途径生物合成去向的关键酶和限速酶[7,10]。

拟南芥是一种十字花科植物，广泛用于植物遗传学、发育生物学和分子生物学的研究，已成为一种典型的模式植物，该植物具有个体小、生长周期快、形态特征简单、生命力强、基因组小、遗传操作简单等优点[11-12]。

密码子偏好性分析..

手段，通过比较核基因编码的核糖体蛋白和线粒体基因编码的核糖体蛋白上密码子使用模式的差异来预测未知蛋白的基因所在基因组位置。
（二）通过密码子使用偏好性的研究，可以判定一些最优
密码子，针对这些密码子设计基因工程表达载体可以提高目的基因的表达量。（三）利用密码子使用偏好性和某种功能的关联程度对某些未知功能基因进行预测利用已知的密码子偏好知识对未知表达水平的基因进行判定初步判断该基因的表达水平高或低。（四）利用编码区和非编码区的基因组特征差异进行全基因组扫描，发现新基因。密码子使用偏性的影响因素：

其中，n表示这个密码子所代表的氨基酸的同义密码子种类数目(1<n6)，戈代表第i个密码子的出现次数。RSCU是衡量密码子偏性较直观的一个参数。
密码子适应指数( Codon adaption index , CAI ) 该指数以一组具高表达水平的基因为参考 , 测量某一个基因的密码子偏好情况和这些高表达基因密码子偏好情况的接近程度 , 如果一个基因完全使用高表达基因中所用的密码子 , 则其 C AI 值为 1 。目前这个指数已被广泛用来预测基因的表达水平。

进行查询
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如需进行图文分析，则点击Graphics
计算同义密码子相对使用度（Relative synonymous codon
usage， RSCU）在genebank中取出序列后，用codonw进行在线分析
结果如下：
利用cusp计算密码子Franction和Frequency。 Franction：各个密码子在编码该氨基酸的密码子中所占的比例。 Frequency：该密码子在编码总基因密码子中出现的频率。

10种植物psy基因密码子使用偏好性分析

八氢番茄红素合成酶（ＰＳＹ）是植物类胡萝卜素生物合成途径中的关键酶，对于番茄红素的合成具有重要作用，犘犛犢基因表达量高低显著调控着植物类胡萝卜素的合成和积累［１］，敲除番茄ＳｌＰＳＹ１基因导致番茄中类胡萝卜素缺失，［２］犘犛犢基因在烟草［３］、玉米和［４］番茄中超表达提高了胡萝卜素含量和其他次级代谢物。犘犛犢基因不仅限制了类胡萝卜素的生物合成，而且在非生物胁迫中也起到作用。比如脱落酸、茉莉酸甲酯和盐胁迫。［５７］在香菜中，茉莉酸甲酯处理后导致犘犛犢基因表达增强。［８］
1犇犻狊狋狉犻犫狌狋犻狅狀狅犳犲犳犳犲犮狋犻狏犲狀狌犿犫犲狉狅犳犮狅犱狅狀狊犈犖犆犪狀犱犌犆犮狅狀狋犲狀狋犪狋狋犺犻狉犱狊狔狀狅狀狔犿狅狌狊犮狅犱狅狀狆狅狊犻狋犻狅狀犌犆3狊犪狀犱狆犪狉犻狋狔犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳犘犛犢犵犲狀犲狊犳狅狉狋犺犲狆犾犪狀狋狊狆犲犮犻犲狊组织图上的每个长方形表示对应于物种的密码子以列显示的rscu值以行显示eachsquareonselforganizingmaprepresentstherscuvalueofacodonshownincolumnscorrespondingtothespeciesshowninrows
收稿日期：２０１９０７３０修回日期：２０１９１１２８基金项目：国家自然科学基金（３１８６０５４８）；石河子大学育种专项（ｋｘ０３０１）。第一作者：李慧姬，女，硕士研究生，从事植物逆境相关功能基因研究。Ｅｍａｉｌ：９２９２８１５５７＠ｑｑ．ｃｏｍ通信作者：吉雪花，女，博士，副教授，主要从事蔬菜抗逆及种质资源创新研究。Ｅｍａｉｌ：ｌｉｌｙｓｎｏｗｊｘｈ＠１６３．ｃｏｍ

苋菜IRT1基因克隆、序列及表达分析

苋菜IRT1基因克隆、序列及表达分析孙静文;赵世诚;范洪黎;周卫【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2012(000)002【摘要】通过对镉超积累苋菜品种天星米铁转运蛋白基因( IRT1)的克隆、序列及表达分析,旨在为植物修复镉污染土壤奠定基础.依据同源克隆原理,通过RACE技术克隆苋菜IRT1基因及生物信息学方法分析基因序列结构和功能,Northern杂交研究基因表达.苋菜IRT1基因cDNA全长1135 bp,包含完整的阅读框,编码322个氨基酸.苋菜IRT1蛋白与已知铁转运蛋白相似性在53.70％-63.04％,具有铁转运蛋白典型的功能结构特征,即N端含有1个信号肽、氨基酸序列上具有完整的ZIP家族功能结构域( Pfam:Zip)和7个跨膜结构域(TMs).苋菜IRT1蛋白还具有1个COG0428超级家族(转运二价金属离子功能)、2个蛋白激酶C磷酸化位点和2个酪蛋白Ⅱ磷酸化位点.低铁胁迫时苋菜根中IRT1基因表达量增加,加镉处理没有改变IRT1基因表达量.因此,推断苋菜IRT1基因是ZIP家族的一员,具有转运二价金属离子功能,将基因在GenBank中注册,序列号为:GU363501,命名为AmIRT1.【总页数】6页(P59-64)【作者】孙静文;赵世诚;范洪黎;周卫【作者单位】中国农业科学院农业资源与农业区划研究所农业部作物营养与施肥重点开放实验室北京100081;中国农业科学院农业资源与农业区划研究所农业部作物营养与施肥重点开放实验室北京100081;中国农业科学院农业资源与农业区划研究所农业部作物营养与施肥重点开放实验室北京100081;中国农业科学院农业资源与农业区划研究所农业部作物营养与施肥重点开放实验室北京100081【正文语种】中文【相关文献】1.苋菜AtGAI基因克隆及表达分析 [J], 赵春丽;王晓;潘君飞;彭丽云;赖钟雄;刘生财2.苋菜AtPAL基因克隆与表达分析 [J], 曾林;黄彬茹;王晓;赵春丽;赖钟雄;刘生财3.苋菜AtPAL基因克隆与表达分析 [J], 曾林; 黄彬茹; 王晓; 赵春丽; 赖钟雄; 刘生财4.缺Fe/Zn及盐胁迫下苋菜对Cd及矿质元素的吸收与IRT1表达的关系 [J], 余丹萍;李取生;王立立;徐智敏;郭世鸿;胡妮;陈惠君5.绵羊FGF10基因克隆、序列分析及其在毛囊发育中的表达分析 [J], 陈磊;袁枫;贺三刚;玛依拉;李文蓉因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

植物PAL基因及其编码蛋白的特征与功能研究进展

植物PAL基因及其编码蛋白的特征与功能研究进展作者：郝向阳孙雪丽王天池吕科良赖钟雄程春振来源：《热带作物学报》2018年第07期摘要苯丙氨酸解氨酶（phenylalanine ammonia lyase，PAL）是苯丙烷类代谢途径的关键酶和限速酶。

苯丙烷类代谢与植物生长发育密切相关，其产物如木质素、植保素、黄酮类物质等是植物抗逆防御反应所不可或缺的，因此PAL又常被用作衡量植物抗逆性强弱的重要指标。

本文就植物PAL基因和蛋白结构特征、分布情况及其在植物生长发育与抗逆性防御中的作用等方面的研究进行了综述，以期为今后植物苯丙氨酸解氨酶的研究及应用奠定理论基础。

关键词苯丙氨酸解氨酶；特征；生长发育；抗逆防御中图分类号 S184； Q71 文献标识码 AAbstract Phenylalanine ammonia lyase （PAL） catalyzes the first and committed reaction of plant growth and development indispensable phenylpropanoid pathway. The products of phenylpropanoid pathway， such as lignin， phytoalexin and flavonoids were all identified to be crucial for plant defense and resistance. Therefore， PAL activity is often used as one of the important indices for plant resistance evaluation. In the present review， we summarized the studies on the characteristics of PAL genes and the encoded proteins， and the roles in plant growth，development and resistance responses， which could provide a theoretical basis for the future researches and utilization of plant PALs.Keywords phenylalanine ammonialyase； characteristics； growth and development； defense and resistanceDOI 10.3969/j.issn.1000-2561.2018.07.028苯丙烷类代谢是植物次生代谢的一条重要途径，其直接或间接产生了植物所有的含苯丙烷骨架的物質，如木质素、植保素、黄酮类物质等[1-2]。

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coded area of different sated that AtPAL genetic expression level and
codon usage bias of amaranth were low and prefer to use A>T base and A>T ended codons. Cluster analysis
I(KFA17353A)。
，生，
。*
，赖钟雄(1966-),,
,
,
,从
；刘生财(1980-)，男，
密，
，
，
物生物与V质
2
园艺与种苗
2019 年
species with close genetic relationships tended to cluster into a small group,but the cluster result based in PAL genetic code area was closer to the traditional species category.Neutrality plot analysis,ENc and GC3s correla tion analysis and PR2 analysis results showed that mutation pressure was the major reason of influencing PAL gene codon usage bias, it was also affected by some other factors, such as natural selective pressure and so forth. The contrast results with genome codon usage bias of model organisms showed that Arabidopsis was proper to be the genetic transforming receptor of AtPAL gene, the expression system of yeast eukaryotic was more proper than that ofE.coli prokaryotes as heterology expression carrier of AtPAL gene. [Conclusion]The experimen tal results provided a theoretical basis for the selection of appropriate receptors and the expression system for the heterogenous expression of AtPAL gene, and provided a basis for the optimization of the codon of AtPAL gene.
曾林1，2,黄彬茹I，",赵春丽",王晓2,赖钟雄1,2#,刘生财1,2#
(1.福建农林大学园艺学院，福建福州350002； 2.福建农林大学园艺植物生物工程研究所，福建福州350002)
摘要：［目的］对4菜AtPAL基因密码子的偏好性进行分析。［方法］利用codonW、 MEGA、Origin、Excel、SPSS等软件及CUSP在线程序，分析了 4菜AtPAL基因密码子使用偏好性，并与菠菜、甜菜、一V红等14个不同物种PAL基因密码子偏好性
codon usage bias of amaranth AtPAL gene was analyzed by using codonW,MEGA,Origin,Excel,SPSS and CUSP online programs, and compared with the PAL genes codon usage bias of 14 different species, such as spinach, beet and poinsettia, and genome codon usage bias of five model organisms as Escherichia coli, yeast and so forth, while it maked cluster analysis on the basis of PAL gene codon usage bias and gene
园艺与种苗‘Horticulture & Seed 2019,39(04):1-9
doi：10.16530/21-1574/s.2019.04.001
A
nalysis of Codon Bias of AtPAL Gene in Amaranths tricolor
(菜AtPAL基因密码子偏好性分析
ZENG Lin et al. ( College of Horticulture, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian
350002)
Abstract ［Objective］To analyze the condon bias of AtPAL gene in Amaranthus tricolor.［Method］The
以及大肠杆菌、酵母菌等5种模式生物基因组密码子偏好性进行对比分析，同时
基于不同物种PAL基因密码子偏好性及基因编码区进行聚类分析。［结果］4菜
AtPAL基因表达水平和密码子偏好性均较弱，更偏好使用A/T碱基以及以A/T结尾的密码子；聚类分析结果显示，单双子叶植物分别聚成一类，且亲缘关系近的物
种往往聚成同一小类，但基于PAL基因编码区的聚类结果更接近传统意义上的物种分类；中性分析、ENc与GC3s关联性分析、奇偶偏好(PR2)分析的结果均显示，突变压力是影响PAL基因密码子使用偏好性的主要因素，同时也受自然选择压力等其他一些因素的影响；与模式生物基因组密码子偏好性对比的结果显示，拟南
芥比较适合作为4菜AtPAL基因的遗传转化受体，酵母真核表达系统比大肠杆菌原核表达系统更适合作为4菜PAL基因的异源表达载体。［结论］为4菜AtPAL基因进行异源表达时，选择合适受体及表达系统提供了理论基础，并为4菜AtPAL
基因密码子的优化提供了依据。
关键词：4菜;AtPAL基因；密码子偏好性;聚类分析中图分类号:S636.4 文献标识码:A 文章编号：2095-0896(2019)04-001-09
results showed that monocotyledon and dicotyledon plants clustered to one kind respectively and the
基金项目：
基
作者简介：曾林(1997-),, 物生物与
代谢研究。收稿日期:2019-02-16
丨(2018J01700);福建省省级大学生创新创业训练计划支持项目(201810389093);福建农林