香蕉枯萎病镰刀菌ITS序列的PCR扩增及其分子检测

香蕉枯萎和细菌性软腐病菌的多重PCR检测蒲小明;张景欣;沈会芳;孙大元;刘平平;林壁润;杨祁云【期刊名称】《植物保护》【年(卷),期】2024(50)1【摘要】香蕉枯萎病菌Fusarium oxysporum f.sp.cubense和细菌性软腐病菌Dickeya zeae的复合侵染为害给香蕉产业发展带来严重挑战,有必要建立相关病害的多重聚合酶链式反应(multiplex polymerase chain reaction, multiplex PCR)检测技术。

本文基于尖孢镰刀菌古巴专化型1号生理小种(F.oxysporumf.sp.cubense race 1,FOC1)基因组contig 438区间(35 631-37 693bp)(GenBank:AMGP01000438.1)和4号生理小种(F.oxysporum f.sp.cubense race 4,FOC4)基因组contig 195区间(4 028-6 126bp)(GenBank:AMGQ01000195.1)存在160 bp插入序列差异设计特异扩增引物FOC-F/-R,同时以香蕉细菌性软腐病菌D.zeae的促旋酶B亚单位基因(the subunit B of gyrase gene)(GenBank:JQ284039)序列设计特异扩增引物gyrB-F/-R。

多重PCR检测结果显示:本技术可在一次PCR扩增反应内同时检测香蕉枯萎病菌1号、4号生理小种和细菌性软腐病菌;多重PCR的灵敏度结果表明:检测香蕉枯萎病菌的DNA浓度最低限为0.1 ng/μL,细菌性软腐病菌的灵敏度为103cfu/mL;检测结果稳定可靠。

因此,本研究建立的多重PCR检测方法可有效应用于检测香蕉发病组织中的香蕉枯萎病菌和细菌性软腐病菌,也可用于香蕉种苗和田间土壤带病菌的监测,为香蕉种植保驾护航。

【总页数】9页(P211-218)【作者】蒲小明;张景欣;沈会芳;孙大元;刘平平;林壁润;杨祁云【作者单位】广东省农业科学院植物保护研究所【正文语种】中文【中图分类】S436.681【相关文献】1.香蕉细菌性枯萎病菌实时荧光PCR检测方法的建立2.水稻细菌性条斑病菌和白叶枯病菌的多重PCR检测体系开发3.二氧化氯对香蕉枯萎病菌和细菌性软腐病菌的消毒效果研究4.香蕉细菌性枯萎病菌荧光LAMP检测体系的建立5.香蕉细菌性枯萎病菌可视化检测体系的建立与探索因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

54卷收稿日期：2023-06-12基金项目：广东省基础与应用基础研究基金项目（2022A1515140114）；广东省现代农业产业技术体系创新团队项目（2022KJ109）；东莞市2021年度省乡村振兴战略专项（20211800400052）；东莞市科技特派员项目（20221800500062）通讯作者：赖永超（1970-），https:///0009-0009-4245-9278，正高级农艺师，主要从事园艺作物育种及栽培技术研究工作，E-mail ：135****************第一作者：曾莉莎（1985-），https:///0000-0003-4187-1104，研究员，主要从事果树病害防控技术研究工作，E-mail ：****************大蕉枯萎病菌二重PCR 分子快速检测技术的建立曾莉莎1，王芳1，周海琪1，伍泽星2，赖永超1*，傅长根2，吕顺1，梁少丽1，刘丽琴1（1东莞市农业科学研究中心，广东东莞523000；2东莞讯禾园艺科技有限公司，广东东莞523000）摘要：【目的】基于大蕉枯萎病菌2个不同分化谱系特有的基因序列，建立大蕉枯萎病菌的二重PCR 分子快速检测技术，为该病害预测及有效防控提供理论依据。

【方法】基于大蕉枯萎病菌特有的rDNA 基因间隔区（IGS ）序列设计得到多对PCR 引物，分别以广东3个粉蕉枯萎病菌株和8个大蕉枯萎病菌株、2个广西和海南的粉蕉枯萎病菌株、5个其他尖孢镰孢菌菌株和5个外围菌株的基因组DNA 为模板进行PCR 扩增，基于扩增结果从中筛选出大蕉枯萎病菌特异性引物，对其特异性和灵敏度进行检测，并确定二重PCR 检测体系的含菌量检测下限。

【结果】基于大蕉枯萎病菌特有的基因序列设计得到多对PCR 引物，经筛选验证获得2对可用于检测大蕉枯萎病菌2个不同谱系（Lineage Ⅰ和Ⅱ）的特异性引物，可直接应用于大蕉种植土壤和植株中的大蕉枯萎病菌检测，扩增片段分别为755和590bp 。

香蕉枯萎病镰刀菌ITS序列的PCR扩增及其分子检测王国芬;彭军;代鹏;邓国平;黄俊生【期刊名称】《热带生物学报》【年(卷),期】2007(013)003【摘要】根据香蕉枯萎病菌(Fusarium oxysporum f.sp.cubense)ITS序列设计合成的三条引物:FusF1(5'AACCC CTGTGAACATACCACTTG3')、FusR1(5'GAGGAACGCGAATTAACGCGAC3')和FusR2(5'GACGATTACCAGTAGCGAGGGT3')构成引物对A(FusF1/R1)和B(Fus F1/R2),对尖廉孢菌古巴专化型病菌进行PCR特异扩增试验,结果表明,两对引物对引起香蕉枯萎病的镰刀菌全基因组DNA分别有338 bp和408 bp的特异扩增产物;在镰刀菌种以上的阶元有较好的分辨力;对目标菌株的检测下限分别是A(100 fg)、B(10 pg);而且B对香蕉感染枯萎病的病组织有相应的扩增产物,表明该引物对可用于香蕉枯萎病的早期鉴定和病原菌的检测.【总页数】5页(P1-5)【作者】王国芬;彭军;代鹏;邓国平;黄俊生【作者单位】中国热带农业科学院环境与植物保护研究所,海南儋州,571737;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所,海南儋州,571737;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所,海南儋州,571737;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所,海南儋州,571737;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所,海南儋州,571737【正文语种】中文【中图分类】S436.67【相关文献】1.广西香蕉枯萎病病原菌4号生理小种的分子检测与鉴定 [J], 莫贱友;秦碧霞;郭堂勋;黄穗萍;李其利;李焜华;2.广西香蕉枯萎病病原菌4号生理小种的分子检测与鉴定 [J], 莫贱友;秦碧霞;郭堂勋;黄穗萍;李其利;李焜华3.一种快速、有效的香蕉枯萎病病原菌FOC4的分子检测方法 [J], 叶建军;朱军;黄惠琴;方哲;鲍时翔;4.硝/铵营养对香蕉枯萎病尖孢镰刀菌生长的影响 [J], 张茂星;陈鹏;张明超;阮云泽;李荣;朱毅勇;沈其荣5.香蕉枯萎病致病菌尖孢镰刀菌4号生理小种micro-like RNA及其靶标基因的鉴定 [J], 李静宇;许林兵;应帆;肖维强;陈谷因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

香蕉种苗中枯萎病菌和细菌性软腐病菌实时荧光PCR 检测梁基校2，陈 东3，利齐欣2，林鸿生5，张景欣1，杨祁云1，王飞钊4*，蒲小明1*（1广东省农业科学院植物保护研究所/农业农村部华南果蔬绿色防控重点实验室/广东省植物保护新技术重点实验室，广东广州 510640；2阳江市阳东区农业科学研究所，广东阳江 529900；3博罗县供销合作联社，广东博罗 516100；4广东天禾农资股份有限公司，广东广州 510080；5汕尾供销中禾农业科技服务有限公司，广东海丰 516400）摘要：香蕉枯萎病菌和细菌性软腐病菌复合侵染且潜伏期较长，建立香蕉种苗病害早期监测的分子检测方法非常重要。

本文基于尖孢镰刀菌古巴专化型1号生理小种（Fusarium oxy ‐sporum f. sp. cubense race 1，FOC1）基因组Contig 438区间（35631~37693 bp ）（GenBank ： AMGP01000438.1）设计特异扩增引物qFOC1-F/-R 、4号生理小种（Fusarium oxysporum f. sp. cubense race 4，FOC4）基因组Contig 195区间（4028~6126 bp ）（GenBank ： AMGQ01000195.1）设计特异扩增引物qFOC4-F/-R ，同时以香蕉细菌性软腐病菌Dickeya zeae 的促旋酶B 亚单位基因（Subunit B of gyrase gene ）（GenBank ： JQ284039）序列设计特异扩增引物q gyrB -F/-R 。

qPCR 检测结果显示：实时荧光检测引物扩增特异性强。

通过拟合曲线方程分析得到：检测香蕉枯萎病菌的DNA 浓度最低限为3 pg·μL -1，细菌性软腐病菌的菌液浓度最低限灵敏度为70 cfu·mL -1，检测灵敏度较高，结果稳定可靠。

因此，本研究建立的实时荧光PCR 检测方法可有效应用于检测香蕉种苗中的香蕉枯萎病菌和细菌性软腐病菌，确保种苗的安全生产。

香蕉枯萎病致病菌尖孢镰刀菌4号生理小种micro-like RNA及其靶标基因的鉴定李静宇1，许林兵2，应帆1，肖维强2，陈谷1（1.华南理工大学食品科学与工程学院，广东广州 510640）（2.广东省农业科学院果树研究所，广东广州 510640）摘要：香蕉枯萎病已严重威胁香蕉产业的发展，为了分析香蕉枯萎病菌尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种（Fusarium oxysporum F. sp. cubense race 4，Foc4）中miRNA-like（milRNA）及其调控功能，本研究构建了3个Foc4菌丝小RNA测序文库，测序得到原始数据11783990条，其中可用于后续milRNA鉴定的有效数据3351578条，通过与miRbase中植物miRNA和已报道的真菌milRNA 进行比对，共预测出7个保守的和3个新型的milRNA。

进而利用降解组测序预测milRNA靶基因，共预测出53对milRNA-mRNA。

通过对靶基因进行GO和KEGG富集分析，发现milRNA与多个代谢通路有关，包括嘌呤代谢，甘油磷脂代谢，硫胺素代谢和三羧酸循环通路等，对真菌生长发育有重要影响；同时发现milRNA靶向ABC转运器CDR4和孢子壁成熟蛋白DIT1，可能对Foc4致病过程具有重要影响。

本研究在高通量测序获得milRNA的基础上，首次在香蕉枯萎病致病菌Foc4中利用降解组测序分析了milRNA 靶基因，对研究真菌milRNA调控提供了重要参考，也为香蕉枯萎病的防治提供了新的思路。

关键词：香蕉枯萎病菌4号生理小种；milRNA；降解组测序文章篇号：1673-9078(2021)02-56-63 DOI: 10.13982/j.mfst.1673-9078.2021.2.0300 Identification of Micro RNA-like RNAs and Their Target Genes fromFusarium oxysporum F. sp. cubense Race 4LI Jing-yu1, XU Lin-bing2, YING Fan1, XIAO Wei-qiang2, CHEN Gu1(1.School of Food Sciences and Engineering, South China University of Technology, Guangzhou 510640, China)(2.Institute of Fruit Tree Research, Guangdong Academy of Agriculture Sciences, Guangzhou 510640, China)Abstract: Fusarium wilt has seriously threatened the development of the banana industry. In order to analyze the miRNA-like (milRNA) and its regulatory function in the Fusarium oxysporum F. sp. cubense race 4 (Foc4), three Foc4 mycelia small RNA sequencing libraries were constructed. Totally 11,783,990 raw reads were obtained by sequencing, of which 3,351,578 valid reads can be used for subsequent milRNA identification. Through the comparison with the plant miRNAs in miRbase and the reported fungal milRNAs, seven conservative milRNAs and three novel milRNAs were identified. A total of 53 pairs of milRNA-mRNAs were identified through degradome sequencing to predict milRNA target genes. Through GO and KEGG enrichment analysis of target genes, milRNA was found in association with multiple metabolic pathways, including purine metabolism, glycerophospholipid metabolism, thiamine metabolism, and tricarboxylic acid cycle pathways, and would have an important impact on fungal growth and development. In the meantime, milRNA targeted the ABC transporter CDR4 and spore wall mature protein DIT1, thereby probably influencing the pathogenic process of Foc4. This study is the first to analyze milRNA-targeted genes in the pathogen Foc4 via degradome sequencing after milRNA was obtained by high-throughput sequencing, which provides an important reference 引文格式：李静宇,许林兵,应帆,等.香蕉枯萎病致病菌尖孢镰刀菌4号生理小种micro-like RNA及其靶标基因的鉴定[J].现代食品科技,2020, 37(2):56-63LI Jing-yu, XU Lin-bing, YING Fan, et al. Identification of micro RNA-like RNAs and their target genes from Fusarium oxysporum F. sp. cubense race 4 [J]. Modern Food Science and Technology, 2020, 37(2): 56-63收稿日期：2020-04-01基金项目：广东省公益研究与能力建设专项资金项目（2015B020202005）；广州市科技计划项目基础与应用基础研究项目(202002030051)作者简介：李静宇（1995-），女，硕士研究生，研究方向：功能基因组学通讯作者：陈谷（1973-），女，博士，教授，研究方向：功能基因组学56for studying the regulatory functions of fungal milRNA and new ideas for the prevention and treatment of Fusarium wilt.Key words:Fusarium oxysporum F. sp. cubense race 4; milRNA; degradome sequencing香蕉枯萎病（也称为巴拿马病）是由真菌尖孢镰刀菌古巴专化型（Fusarium oxysporum F. sp. cubense，Foc）引起的土传性真菌流行病害，可造成香蕉枯萎黄化甚至死亡，严重威胁香蕉产业的发展[1,2]。

专利名称：香蕉枯萎病菌分子检测基因及其检测方法专利类型：发明专利
发明人：陈庆河,翁启勇,赵健,李本金,兰成忠,邱荣洲,吕新申请号：CN200610135361.2
申请日：20061222
公开号：CN101205558A
公开日：
20080625
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明公开了一种香蕉枯萎病菌分子检测基因及其检测方法，专用于香蕉枯萎病高灵敏度快速分子检测。

检测基因为香蕉枯萎病菌特异的404bp序列，在Genbank数据库未发现同源序列。

设计了一对引物FOC－F/FOC－R，其在香蕉枯萎病菌纯DNA、带菌的发病组织及土壤上特异性地扩增出364bp的特异扩增产物。

所发明的检测基因及引物可被用于生产实践中香蕉发病组织和土壤中香蕉枯萎病菌的快速、灵敏、特异的检测，同时可用于田间香蕉枯萎病的早期诊断和病菌的监测和鉴定。

申请人：福建省农业科学院植物保护研究所
地址：350013 福建省福州市晋安区新店镇埔党村
国籍：CN
代理机构：福州智理专利代理有限公司
代理人：王义星
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香蕉种植中的果实病害检测与分子诊断方法香蕉是热带水果之一，具有丰富的营养价值和口感，备受消费者喜爱。

然而，在香蕉种植过程中，果实病害给种植者带来了很大的损失。

因此，果实病害的检测与诊断方法至关重要，可以帮助种植者及时采取措施，保护蕉果的质量和产量。

本文将介绍香蕉种植中常见的果实病害以及目前采用的分子诊断方法。

首先，香蕉种植中常见的果实病害有炭疽病、萎缩病和渗液病等。

炭疽病是由真菌Colletotrichum musae引起的，主要通过果实伤口侵入。

感染后，果实表面出现大的黑色块状病斑，严重时会导致腐烂。

萎缩病是由土壤传播的真菌Fusarium oxysporum引起的，引起香蕉植株叶片褪绿、黄化、死亡，影响植株健康和产量。

渗液病则是由细菌Pseudomonas sp.引起的，病果表面出现水渍状病斑，有不同程度的渗液和腐烂。

为了准确快速地检测和诊断香蕉果实病害，研究人员采用了分子诊断方法。

这些方法基于对潜在病原体的特定基因或DNA序列的检测，可以提供高度的准确性和可靠性。

首先，研究人员可以使用PCR（聚合酶链反应）技术来检测香蕉果实病害。

PCR是一种能够扩增特定DNA序列的技术，可以从香蕉果实中检测到目标病原体的DNA片段。

通过PCR反应，病原体的DNA被扩增成可见的带状物，并且可以通过电泳等方法进行检测和分析。

这种方法具有高度的敏感性和特异性，能够准确地诊断香蕉果实病害，并且可以用于大规模的病原体筛选。

其次，研究人员也可以利用实时荧光定量PCR技术来进行香蕉果实病害的诊断。

实时荧光定量PCR是一种基于PCR技术的变体，可以实时监测PCR反应中特定基因的扩增过程。

通过引入特定的荧光探针，可以在PCR反应中实时检测和定量目标DNA序列的扩增情况。

这种方法具有高度的准确性和灵敏度，能够快速检测和诊断香蕉果实病害，并且可以在病害潜伏期进行监测，及早采取措施。

此外，研究人员还可以利用下一代测序技术来进行香蕉果实病害的诊断。

香蕉枯萎病菌快速检测与病害监控技术的研究与应用佚名【摘要】@@ 香蕉枯萎病是香蕉生产的毁灭性病害,有"不治之症"、"第一杀手"之称.在目前没有有效防治方法情况下,对病原进行快速检测与病害监控,是有效遏制病害扩散蔓延的主要手段.但是.该病原作为土传病害,专化型多,生理小种复杂,如何快速鉴别病原发生和监控病害蔓延是一个困扰多年的国际性难题.项目组经过多年努力,取得了以下几个方而成果.【期刊名称】《植物保护》【年(卷),期】2011(037)001【总页数】1页(P173)【正文语种】中文【中图分类】S436.67香蕉枯萎病是香蕉生产的毁灭性病害,有“不治之症”、“第一杀手”之称。

在目前没有有效防治方法情况下,对病原进行快速检测与病害监控,是有效遏制病害扩散蔓延的主要手段。

但是,该病原作为土传病害,专化型多,生理小种复杂,如何快速鉴别病原发生和监控病害蔓延是一个困扰多年的国际性难题。

项目组经过多年努力,取得了以下几个方面成果。

1 主要内容与创新点(1)系统研究了香蕉枯萎病菌的生物学和生态学,比较分析了该病原生理小种对香蕉品种初入侵致病性的差异;(2)首次分析尖孢镰刀菌25个种间和24个种内的发育相关基因,揭示了种间和种内的差异性规律;(3)应用比较基因组学方法原理,在国际上首次提出以进化发育和致病相关基因差异为基础鉴别种下专化型和生理小种的新思路,突破病原微生物种下分子检测瓶颈,建立国际领先的分子检测技术;(4)率先提出病原监测指标和病害监控方案;(5)针对土传病害,筛选了选择性培养基作为田间病害简易快速监测的辅助手段;(6)建立先进的袋装育苗和安全无土育苗新技术。

项目成果推广应用：(1)对大型香蕉苗圃进行病害监测,每年为生产提供安全健康的种苗3500万株;(2)对香蕉重点种植区进行病害监测,监控面积2.13万hm2,建议改种其他作物1.21万hm2,有效遏制香蕉枯萎病扩散蔓延,避免重大经济损失约4.5亿元。

香蕉枯萎镰刀菌的核糖体DNA-ITS区段序列分析王文华;曾会才【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2007(035)027【摘要】寻找香蕉枯萎镰刀菌1号生理小种(Focr 1)和4号生理小种(Focr 4)在rDNA-ITS区段序列上的差异,为香蕉枯萎镰刀菌小种的快速检测提供依据.对来自海南省和广东省的3个Focr 1和5个Focr 4菌株进行rDNA-ITS测序,并与GenBank中的4个尖孢镰刀茼的rD-NA-ITS序列进行比对分析.8个菌株中ITS1和ITS2分别为147和152 bp,与GenBank中的尖孢镰刀菌有97.0%～99.0%的同源性.香蕉枯萎镰刀菌4号生理小种和1号生理小种与GenBank中尖镰孢菌菊花专化型、尖孢镰刀菌黄瓜专化型和一品冠萎凋病菌在rDNA-ITS序列的367与386 bp位点存在两处共性差异:4号生理小种的碱基均为T(胸腺嘧啶),而1号生理小种和GenBank中3个菌株的碱基均为C(胞嘧啶).尖孢镰刀菌rDNA-ITS区段序列不适于区分种内不同专化型及生理小种.【总页数】3页(P8440-8442)【作者】王文华;曾会才【作者单位】中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海南海口,571101;中国热带农业科学院热带生物技术研究所,海南海口,571101【正文语种】中文【中图分类】Q936【相关文献】1.马铃薯及番茄晚疫病菌的核糖体DNA-ITS区段序列分析 [J], 杨雅云;罗文富;杨艳丽2.中草药提取物对香蕉镰刀菌枯萎病病原菌的抑制作用 [J], 王树桐;黄惠琴;方哲;鲍时翔3.香蕉镰刀菌枯萎病拮抗放线菌的筛选及菌株Da03047的鉴定 [J], 张桂兴;王树桐;方哲;孙前光;鲍时翔;黄惠琴4.香蕉枯萎病致病菌尖孢镰刀菌4号生理小种micro-like RNA及其靶标基因的鉴定 [J], 李静宇;许林兵;应帆;肖维强;陈谷5.一株拮抗香蕉枯萎镰刀菌稀有放线菌的分离及鉴定 [J], 李载渊;廖东奇;陈汉清;曾会才因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

香蕉细菌性枯萎病菌超分支滚环扩增快速检测技术
王念武;陈劲松;沈建国;黄振;翁瑞泉
【期刊名称】《亚热带农业研究》
【年(卷),期】2015(011)001
【摘要】根据香蕉细菌性枯萎病菌(Ralstonia solanacearum race 2)的特异插入序列ISRso19设计滚环扩增的锁式探针,并对超分支滚环扩增的反应条件进行优化,建立了香蕉细菌性枯萎病菌超分支滚环扩增技术.结果表明,该检测技术能够从供试的9种病原菌中特异性地检测出香蕉细菌性枯萎病菌,检测的DNA最低浓度为500 fg·μL-1,高于常规PCR的灵敏度.
【总页数】5页(P1-5)
【作者】王念武;陈劲松;沈建国;黄振;翁瑞泉
【作者单位】福清出入境检验检疫局,福建福清350300;泉州出入境检验检疫局,福建泉州362000;福建出入境检验检疫局,福建福州350002;福州机场出入境检验检疫局,福建福州350002;泉州出入境检验检疫局,福建泉州362000
【正文语种】中文
【中图分类】S41-30
【相关文献】
1.超分支滚环扩增法检测小麦矮腥黑穗菌 [J], 蔡俊;殷幼平;葛建军;陈洪俊;黄冠军;张雯迪;王中康
2.超分支滚环扩增技术快速检测结核分枝杆菌感染的临床应用价值 [J], 郭艳玲;刘
洋;姜广路;时广利;宋长兴;傅瑜
3.超分支滚环扩增技术快速检测结核分枝杆菌感染的临床应用价值 [J], 郭艳玲;刘洋;姜广路;时广利;宋长兴;傅瑜
4.番茄细菌性叶斑病菌超分支滚环扩增快速检测技术 [J], 王念武;王婷;沈建国;胡方平
5.超分支滚环扩增法检测美洲鳗鲡嗜水气单胞菌 [J], 张世佳;冯建军;郭松林;王艺磊;林鹏
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