脱氧核酶的研究进展
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脱氧核酶化学本质脱氧核酶是一类具有催化DNA分子酶解反应能力的酶,它在细胞内起着至关重要的作用。
脱氧核酶可以通过降解、修复和重组等方式,对DNA分子进行加工和改变。
本文将从化学角度探讨脱氧核酶的本质。
脱氧核酶主要由蛋白质组成,其中包含着催化酶解反应的活性位点。
这些活性位点能够与DNA分子特定的结构进行识别和结合,从而引发酶解反应的发生。
脱氧核酶的本质在于其能够识别和切割DNA 分子中特定的碱基序列,从而实现对DNA分子的修复和改变。
脱氧核酶的酶解反应主要包括两个步骤:识别和切割。
在识别阶段,脱氧核酶通过与DNA分子中的碱基序列进行配对,确定特定的切割位点。
脱氧核酶能够识别并结合单链或双链DNA分子中的特定序列,如限制酶能够识别并切割双链DNA分子中的限制性内切酶位点。
在切割阶段,脱氧核酶通过催化酶解反应,将DNA分子切割成两个或多个片段。
切割的方式可以是剪切、切除或切断,具体取决于特定的脱氧核酶。
例如,核酸内切酶能够在特定的碱基序列上切割DNA分子的磷酸二酯键,从而形成两个断裂的DNA链。
脱氧核酶的酶解反应通常需要在适宜的环境条件下进行。
pH值、温度和离子浓度等因素都会对酶解反应的进行产生一定的影响。
此外,脱氧核酶的活性也受到其他分子的调控,如辅因子和抑制剂等。
脱氧核酶的化学本质是通过催化酶解反应来实现对DNA分子的修复和改变。
脱氧核酶能够识别和结合特定的碱基序列,并在特定的条件下,通过催化酶解反应将DNA分子切割成片段。
这些片段可以进一步用于DNA修复、重组或其他生物学过程中。
脱氧核酶是细胞内重要的分子工具,它在DNA修复、基因重组和基因表达调控等过程中发挥着重要的作用。
对脱氧核酶化学本质的深入研究,有助于我们更好地理解DNA分子的结构和功能,也为基因工程和生物技术的发展提供了理论基础。
通过进一步的研究和探索,相信脱氧核酶的化学本质将为我们揭示更多关于DNA分子的奥秘。
脱氧核酶的研究进展脱氧核酶(deoxyribozyme,DNAzyme/ Dz)是利用体外分子进化技术合成的一种具有催化功能的单链DNA片段,具有高效的催化活性和结构识别能力。
实质上, Dz也是一种反义寡聚核苷酸,它完善和补充了反义寡聚核苷酸药物的范围。
自Breaker和Cuenoud等首先报道Dz功能以来, Dz的结构和催化活性已扩展到多样化,而研究的热点及应用最多的还是Dz10~ 23和Dz8~ 17两种。
关于Dz的优点在这里就不一一介绍了,简单说明下即可。
Dz为DNA片段, 非蛋白质,仅能由人工合成,非生物体组成成分,分子量小, 易于合成,稳定性高, 不仅与RNA底物配对的精确性高,RNA分解酶活性强,而且不需要胞内酶类的参与。
此外, Dz具有与一般药物相似的动力学特点,对靶RNA水平的抑制程度及时间容易控制, 这就决定了Dz在医药和生物学上的不可取代性和开发的必要性。
下面我着重来介绍下Dz在几大领域的研究进展:1 生物学方面Dz作为一种工具酶, 应用它可以在细胞水平从事基因敲除实验, 即特异性地失活某一基因, 借以观察该基因在细胞生理、生化中的作用,探测基因功能。
由于Dz对DNA 和RNA具有多重作用,它将在基因工程和DNA的直接修饰中作为一种有力的分子生物学工具。
在生物进化上,Dz和核酶催化功能的发现, 改变了核酸是一种被动分子,仅适合于编码和携带遗传信息这一观念。
由于RNA具有催化反应和储存信息双重功能, 故当前生命起源理论强调RNA 的原始作用。
然而, 现在很清楚, DNA、可能还有其他的多聚核苷酸, 也能完成此两项功能, 由于DNA的相对稳定性, 所以了解脱氧核苷酸的生物前合成途径在生物进化上显得较为重要,即使非高效的途径,经过一定时间, 也可引起高浓度的寡聚脱氧核苷酸聚集。
2 医药方面由于Dz的众多优点, 其已成为分子生物医学和新药开发的热门话题。
在已知靶基因序列, 且了解该基因在致病过程中的作用的前提下,设计出相应的Dz,可以对疾病进行基因治疗。
8-17脱氧核酶序列脱氧核酶(Deoxyribozyme)是一种具有催化活性的RNA分子,它可以识别并切割特定的DNA序列。
脱氧核酶在生物体内具有多种生物学功能,如基因表达调控、DNA修复和RNA干扰等。
了解脱氧核酶的序列对于研究其结构和功能至关重要。
脱氧核酶的序列通常由多个核苷酸组成,包括RNA链和DNA链。
RNA链由四种核苷酸(A、U、G、C)组成,而DNA链由四种核苷酸(A、T、G、C)组成。
脱氧核酶的序列通常包含一段双链DNA区域,这段区域可以与特定的DNA序列结合并进行切割。
脱氧核酶的序列设计需要考虑多种因素,如底物特异性、催化效率和稳定性等。
为了实现这些目标,研究人员通常会使用计算机辅助设计(CAD)软件来优化脱氧核酶的序列。
这些软件可以帮助研究人员在大量可能的序列中找到最佳的候选者,从而提高实验的成功率。
在设计脱氧核酶序列时,研究人员通常会遵循以下原则:1. 底物特异性:脱氧核酶需要能够特异性地识别并切割目标DNA序列。
因此,在设计序列时,需要确保脱氧核酶能够与目标DNA 序列形成稳定的氢键和碱基配对。
2. 催化效率:脱氧核酶需要具有较高的催化效率,以便在短时间内完成目标DNA的切割。
为了提高催化效率,研究人员通常会选择具有较高亲和力的底物和较长的催化核心区域。
3. 稳定性:脱氧核酶需要具有一定的稳定性,以便在实验过程中保持活性。
为了提高稳定性,研究人员通常会选择具有较高抗核酸酶降解能力的底物和结构稳定的催化核心区域。
4. 适应性:脱氧核酶需要具有一定的适应性,以便在不同的实验条件下保持活性。
为了提高适应性,研究人员通常会选择具有较低突变率的底物和结构灵活的催化核心区域。
总之,脱氧核酶序列的设计是一个复杂的过程,需要考虑多种因素以实现其生物学功能。
通过计算机辅助设计和实验验证,研究人员可以优化脱氧核酶的序列,从而提高其在生物医学领域的应用价值。
收稿日期:2014-03-12基金项目:内蒙古自治区高等学校科学技术研究项目(NJZY12119);内蒙古自然科学基金项目(2013MS0403)作者简介:刘燕(1979-),女,内蒙古化德人,讲师,硕士,研究方向:分子细菌学。
经典酶学说,一直认为“酶都是蛋白质”,直到1987年,Cech 等首次发现了具有酶催化活性的RNA ,并提出“核酶(ribozymes )”这一概念,才推翻了原有的认识。
脱氧核酶则是1994年由Breaker 等发现并提出,1995年Cuenoud 等进一步在Nature 报道了具有连接酶活性的DNA 分子。
随着体外分子进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)的发展,第一个通用的具有多种酶活性的脱氧核酶于1997年由Santoro 等从大量DNA 文库中筛选出来的,命名为10-23型脱氧核酶。
由于脱氧核酶相比核酶更容易合成与操作,与RNA 干扰技术一样可以使目的基因“沉默”,因此,近年来越来越受到研究者的关注,并在多个领域显示出了独特的作用,成为核酸研究史上的重大发现。
1DNAzyme 抗病原微生物作用机理DNAzyme 具有多种催化功能,它对RNA 和DNA 既有切割活性,也有连接活性,还具有一定激酶活力,N-糖基化酶活性,可催化卟啉环金属螯合反应等。
但DNAzyme 的抗疾病作用主要在于它的切割活性。
1.1DNAzyme 的分子结构DNAzyme 由三部分组成,左右两端各有几个脱氧核苷酸构成与底物的结合区,这种结合是按照Waston-Crick 碱基配对原则与靶分子作用的,且不同的碱基序列可结合不同的底物分子,这构成了DNAzyme 的高度特异性;在两个结合区域中间是催化核心,一般是环状或发夹结构,由数个脱氧核苷酸组成。
两个结合区与底物分子特异的结合后,再由催化中心的脱氧核苷酸进行切割。
脱氧核酶的研究进展
脱氧核酶(deoxyribozyme,DNAzyme/ Dz)是利用体外分子进化技术合成的一种具有催化功能的单链DNA片段,具有高效的催化活性和结构识别能力。
实质上, Dz也是一种反义寡聚核苷酸,它完善和补充了反义寡聚核苷酸药物的范围。
自Breaker和Cuenoud等首先报道Dz功能以来, Dz的结构和催化活性已扩展到多样化,而研究的热点及应用最多的还是Dz10~ 23和Dz8~ 17两种。
关于Dz的优点在这里就不一一介绍了,简单说明下即可。
Dz为DNA片段, 非蛋白质,仅能由人工合成,非生物体组成成分,分子量小, 易于合成,稳定性高, 不仅与RNA底物配对的精确性高,RNA分解酶活性强,而且不需要胞内酶类的参与。
此外, Dz具有与一般药物相似的动力学特点,对靶RNA水平的抑制程度及时间容易控制, 这就决定了Dz在医药和生物学上的不可取代性和开发的必要性。
下面我着重来介绍下Dz在几大领域的研究进展:
1 生物学方面
Dz作为一种工具酶, 应用它可以在细胞水平从事基因敲除实验, 即特异性地失活某一基因, 借以观察该基因在细胞生理、生化中的作用,探测基因功能。
由于Dz对DNA 和RNA具有多重作用,它将在基因工程和DNA的直接修饰中作为一种有力的分子生物学工具。
在生物进化上,Dz和核酶催化功能的发现, 改变了核酸是一种被动分子,仅适合于编码和携带遗传信息这一观念。
由于RNA具有催化反应和储存信息双重功能, 故当前生命起源理论强调RNA 的原始作用。
然而, 现在很清楚, DNA、可能还有其他的多聚核苷酸, 也能完成此两项功能, 由于DNA的相对稳定性, 所以了解脱氧核苷酸的生物前合成途径在生物进化上显得较为重要,即使非高效的途径,经过一定时间, 也可引起高浓度的寡聚脱氧核苷酸聚集。
2 医药方面
由于Dz的众多优点, 其已成为分子生物医学和新药开发的热门话题。
在已知靶基因序列, 且了解该基因在致病过程中的作用的前提下,设计出相应的Dz,可以对疾病进行基因治疗。
现Dz已用于病毒性疾病、肿瘤、遗传性疾病和血管疾病的研究中。
以HIV21V3环区为靶位点的Dz能在体外转录系统中有效切割靶RNA保守序列, 抑制病毒在细胞内的复制; Toyoda等用Dz在培养细胞中有效地抑制流感病毒的复制,其作用明显优于反义寡聚核苷酸且毒性较小; Cai rns等合成的Dz在体外实验中有效抑制人乳头瘤病毒的基因表达; 以原癌基因c2mycRNA翻译起始区为靶序列的Dz在体外能有效切割其全长底物, 下调
c2myc在平滑肌细胞内的基因表达, 抑制细胞的增殖; Yen等设计的Dz在细胞内以序列特异性的方式切割亨延顿舞蹈病基因,降低蛋白的表达; 针对一种早期生长反应因子(EGR21)mRN A的特定序列设计的Dz, 在猪模型中能选择性抑制EGR 21的表达和猪冠状动脉平滑肌细胞的增殖,有效地抑制了冠脉血管成型术后的再狭窄。
这些体外实验及动物实验, 为Dz进一步到达临床实验奠定了基础。
Science评论Dz有可能在不久的将来走向临床,被制成多种特异性极强的核酸药物, 控制与疾病相关的RNA表达水平,为众多疾病的治疗提供崭新的手段。
下面举两个例子:
2.1病毒感染的基因治疗
Cairns等于1999年首先将10~23 DRz用于抗人乳头状瘤病毒(HPV)的研究,设计了80多条针对HPVl6的E6、E7 mRNA的脱氧核酶,应用多重分析方法,发现针对HPVl6致瘤基因E6/E7的80种脱氧核酶中有8种脱氧核酶具有很强的切割效率,这种在无细胞体系中筛选出的脱氧核酶在细胞中同样有效。
研究发现脱氧核酶是肝炎病毒治疗中的一种良好的基因治疗方法。
研究发现,脱氧核酶在靶基因调控性荧光素酶表达HepG2细胞中对丙型肝炎病毒(HCV)5,-非编码区(5'-NCR)同时具有反义抑制和剪切作用;应用脂质体转染将药物导入细胞内显著优于直接加药的效果。
针对HBVs基因和C基因设计的特异性lO~23 DRz.作用于2.2.15细胞后,可显著抑制HBVs基因、C基因的表达,该抑制效应呈剂量依赖性,24h内可使上皮细胞内的丙型肝炎病毒RNA减少48%。
研究还发现,针对呼吸道合胞病毒(RSV)NS2基因的脱氧核酶(DZ604),能明显改善RSV导致9HTE细胞的病理改变,5mmol/I。
的DZ604能够抑制减少85.56%的RSV。
Takahashi设计针对流感病毒A PB2mRNA翻译起始AUG的脱氧核酶,两端经过氨基磷酸化修饰后,能明显增加抵抗核酸酶降解能力,能减少99%的病毒复制,并有很高的特异性,对流感病毒B无明显抑制能力。
3.2肿瘤的基因治疗
血管生成在肿瘤的发生发展中具有重要作用,抗血管生成是目前肿瘤治疗的热点之一。
科学家设计了针对肿瘤血管生成相关的人血小板型12-脂加氧酶的脱氧核酶,导人人红白血病细胞中,能显著抑制12-脂加氧酶的表达,这有可能成为12-脂加氧酶基因敲除的特异性工具和抑制肿瘤生长的新策略。
同时发现脱氧核酶能够有效抑制血管内皮生长因子受体2(VEGFR2)mRNA,并有时间和剂量依赖性。
通过抑制肿瘤血管的生成,经过4次注射,可将活体肿瘤大小减少70%。
后来Khachigian等也发现脱氧核酶通过抑制早期生长应答子1(Egr-1)mRNA,从而抑制癌细胞的血管生成,抑制癌细胞增殖、转移及裸鼠移植瘤的生长。
增殖凋亡失调在肿瘤的发生发展中具有重要作用。
科学家又设计了针对bcl/abl融合基
因的脱氧核酶,能特异地切割bcl/abl mRNA,抑制慢性髓性白血病或急性淋巴细胞性白血病细胞的生长,促进癌细胞的凋亡。
尽管Dz在生物医药方面已显示出强大的生命力,但是, Dz要发挥催化作用,底物与Dz的相互接近,Dz对细胞的转染,Dz在细胞内的稳定性等, 这些课题还需进一步研究, 目前已有一些进展:
Dz10~ 23能在嘌呤和嘧啶连接处高效水解RNA,但其切割位点往往被RNA 二级结构所保护,以抵抗Dz的活性。
Cairns等发展了一种切割系统,用于筛选靶RNA分子的整个长度,而其切割位点在动力学及可接近性方面都是高效的。
此系统为杂交试剂的位点选择提供了有用数据。
运用Dz10~ 23已对HIV21基因组的许多区域进行过研究,都是用脂质介导Dz进入哺乳动物细胞,此严重地限制了Dz在体内的实际应用。
重庆医科大学附属儿童医院免疫研究室用胆固醇连接转染Dz入靶细胞,效率提高了3~ 4倍。
由于G残基能直接与巨噬细胞上清道夫受体相互作用,Unwalla等合成了一种3c末端含10 个G残基的Dz5970,其在缺乏脂质转染的情况下, 能直接特异地被人类巨噬细胞提取, 也能在瞬时表达系统和病毒感染时抑制HIV 21基因表达,而切割效率轻微受影响。
这些亲巨噬细胞的新型Dz具有潜在的应用价值。
为了提高Dz5970在细胞内的稳定性, Unwalla等在Dz5970两端各添加了长12个碱基的茎2环结构, 但切割效率显著降低。
科学家也报道, Dz的磷酸硫酯修饰在体外显著的提高了Dz的胞内稳定性,但其动力学效率下降。
总之, Dz 和核酶都催化一套相似的自我修饰反应。
如果此功能上的相似性可以延伸, 那么, 还有很多目前尚未发现的Dz。
目前已知Dz的变异体可用来产生自我标记DNA 探针,别构Dz将有可能用作构建高级生物传感器的精确分子开关, 甚至DNA计算器件。
但是,简单的Dz能与细胞内的靶蛋白共价融合吗? 能够获得更多的改变细胞遗传组成的高级结构域的Dz吗? 这些任务对生物体中不存在的Dz来说,很具有挑战性, 还需要进一步探讨。
脱氧核酶作为一种崭新的分子生物学酶切工具,作为一种新型RNA水平强效基因灭活因子,为病毒感染性疾病、肿瘤和其他相关疾病提供了一条全新的基因治疗途径。
但是如何将脱氧核酶发展成为新型基因治疗药物以及基因分析和诊断的工具,还需要进一步深入研究。
相信在未来,脱氧核酶会扮演相当重要的角色。