水稻OsLecRK基因的亚细胞定位分析
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水稻原生质体亚细胞定位
水稻原生质体的亚细胞定位可以分为以下几个方面:
1.细胞壁:水稻原生质体中的细胞壁是由纤维素、半纤维素和鞣质等
多种复杂化合物组成的,其主要功能是提供细胞形态的支持和维持细胞的
稳定性。
2.细胞膜:水稻原生质体的细胞膜是由磷脂双分子层和膜蛋白组成的,其主要功能是控制细胞内外物质的运输和细胞对外界环境的响应。
3.叶绿体:水稻原生质体中的叶绿体是光合作用的主要场所,其内部
含有类囊体、色素分子和酶等多种结构和物质。
4.线粒体:水稻原生质体中的线粒体是细胞内能量合成的主要场所,
其内部含有呼吸链复合物、ATP合成酶和核酸等多种结构和物质。
5.内质网:水稻原生质体中的内质网主要参与细胞对外界物质的吸收、存储和分泌等生物化学反应,在原生质体中主要定位于细胞质中。
6.高尔基体:水稻原生质体中的高尔基体是负责蛋白质和脂类物质的
修饰和运输的主要细胞器,其主要定位于细胞质中的区域。
转录因子OsEIL2正调控水稻对纹枯病的抗性作者:石彦龙徐国娟王旭丽王国梁来源:《植物保护》2017年第01期摘要纹枯病(sheath blight)是水稻三大病害之一,对水稻产量和品质造成严重影响。
基因芯片数据分析发现,水稻受到纹枯病菌侵染时,与拟南芥EIN3同源的基因OsEIL2表达量显著升高,预示OsEIL2与水稻对纹枯病的抗性反应相关。
利用农杆菌介导的方法,构建了OsEIL2RNAi植株,实时荧光定量RTPCR分析表明,该基因被特异性沉默,接种结果显示,OsEIL2沉默后,水稻对纹枯病菌感病性增强。
通过水稻原生质体和烟草亚细胞定位分析,发现该基因定位于细胞核,酵母单杂交结果表明,该基因具有转录激活活性。
在OsEIL2RNAi植株中,乙烯合成关键酶的编码基因OsACO1表达量下降。
综上,OsEIL2是一个与拟南芥EIN3蛋白同源的转录因子,能正调控水稻对纹枯病的抗性。
关键词水稻;纹枯病;抗病;OsEIL2;转录因子中图分类号:S435.111文献标识码:ADOI:10.3969/j.issn.05291542.2017.01.008AbstractSheath blight, caused by Rhizoctonia solani, is one of the three most destructive diseases in rice (Oryza sativa), which causes severe yield losses and bad quality under favorable disease conditions. Genechip data showed that the expression of OsEIL2, a homolog of the Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) ETHYLENE INSENSITIVE 3 (EIN3), was significantly induced in rice by R.solani infection, suggesting a possible involvement of OsEIL2 in the defense againstR.solani. In this study, we generated OsEIL2RNAi transgenic events through agrobacteriamediated transformation. Quantitative RTPCR assays showed that the transcription of OsEIL2 was specifically silenced in these transgenic events. Inoculation results showed that the OsEIL2 RNAi plants displayed more susceptibility to R.solani. Further, subcellular localization analyses revealed that OsEIL2 waslocalized in the nucleus of rice protoplasts and tobacco leaves. Yeast onehybrid assays showed that OsEIL2 exhibited transcriptional activity. In addition, the transcripts of OsACO1, a key gene for ethylene biosynthesis, was downregulated in the OsEIL2RNAi plants. Taken together, we conclude that OsEIL2, an ortholog of Arabidopsis EIN3, is a transcription factor and positive regulator of rice resistance to R.solani.Key wordsOryza sativa;rice sheath blight;disease resistance;OsEIL2;transcription factor水稻是全球种植最普遍的农作物之一,超过半数的人口以稻米为主食[1]。
摘要富含甘氨酸和脯氨酸的蛋白(glycine and proline-rich protein,GPRP)基因广泛分布于植物界中,且已被证实在植物的生长发育和逆境适应过程中扮演着非常重要的角色。
然而,目前仅在少数几种植物中对其基因结构特征、表达特性和功能预测等进行了初步报道,水稻中有关这类家族基因的研究鲜有报道。
本研究克隆了3个候选的水稻OsGPRP基因,结合生物信息学分析手段,对这3个OsGPRP基因的结构特征进行了分析;基于荧光定量PCR等方法对正常和逆境下OsGPRP家族基因在水稻不同组织部位的表达模式进行了分析;利用烟草叶片瞬时表达法对预测的OsGPRP蛋白进行了初步的亚细胞定位分析。
此外,还对OsGPRP1和OsGPRP3蛋白进行了原核表达分析;利用pCXUN质粒构建了OsGPRP1和OsGPRP2基因的过量表达载体,以农杆菌介导法转化水稻,获得了转基因T2代植株。
为进一步研究水稻OsGPRP家族基因的生物学功能奠定了基础。
主要研究结果如下:1. 水稻OsGPRP家族基因结构特征分析借助生物信息学分析手段,成功筛选并克隆了3个水稻OsGPRP家族基因;3个水稻OsGPRP基因含有2-3个外显子和1-2个内含子,编码170-197个氨基酸,蛋白大小为16.8-19.7kDa,等电点为7.53-9.82;启动子中含有多种逆境响应元件;蛋白序列结构特征分析表明,3个OsGPRP含有典型的植物GPRP蛋白保守结构域(N端XYPP重复序列、中部富含A的疏水区和C端HGK重复区),符合植物GPRP蛋白家族的结构特征。
系统进化树分析结果显示,OsGPRP1和OsGPRP3属于同一分枝,OsGPRP2属于另一分枝。
2. 正常和逆境下OsGPRP基因在水稻不同组织部位中的表达模式荧光定量PCR结果显示,正常情况下3个OsGPRP基因在水稻幼苗的根、茎、叶和抽穗期的幼穗中存在差异表达,均在叶中表达量最高;在低温、干旱和高盐逆境下,3个OsGPRP基因在水稻不同组织部位中的表达模式存在明显差异,OsGPRP2和OsGPRP3在根和茎中均显著上调表达,OsGPRP1和OsGPRP2在叶中下调表达;在干旱胁迫下,OsGPRP1基因在水稻根中显著上调表达;在盐胁迫下,OsGPRP3在叶中显著上调表达。
不同水稻品种OsVDAC8的表达模式比较与亚细胞定位分析蒋晓涵,覃永华,刘学群,李开,王春台∗(中南民族大学生命科学学院生物技术国家民委重点实验室/武陵山区特色资源植物种质保护与利用湖北省重点实验室,湖北武汉430074)摘要㊀[目的]研究OsVDAC8的理化性质和表达模式,为探究OsVDAC8的功能提供基础㊂[方法]用生物信息学分析OsVDAC8的结构特征及表达谱,然后通过定量PCR对3个不同水稻品种日本晴(NIP)㊁粤泰A(YTA)㊁粤泰B(YTB)不同发育时期的不同组织中OsV⁃DAC8的表达模式进行分析,并通过BiFC对亚细胞定位进行验证㊂[结果]OsVDAC8编码区全长1014bp,编码337aa,生物信息学分析结果显示,OsVDAC8是具有1个结构域的稳定的定位于线粒体的亲水蛋白,通过11次跨膜形成特异的桶状结构㊂在ATG上游含有13个与水稻生长发育及胁迫应答相关的顺式作用元件㊂RiceXPro和MSURiceGenomeAnnotationProject水稻基因表达数据库分析结果表明,NIP中OsVDAC8在生殖生长期的茎和花序出现前后幼穗中表达水平最高,在胚乳和根中的表达量较低㊂对NIP㊁YTA㊁YTB3个水稻品种中OsVDAC8的表达谱分析结果显示,OsVDAC8在3个水稻品种四叶期的叶鞘表达水平都非常高,在花粉内容物充实期都很低,但幼穗发育的不同时期3个品种中表达水平差异很大,NIP中幼穗发育的整个时期表达量比较稳定,YTB中表达量较低,而在YTA幼穗发育的中后期表达水平逐渐下降㊂亚细胞定位结果显示,OsVDAC8定位于线粒体,与预测结果一致㊂[结论]OsVDAC8在3个水稻品种中表达模式不同,YTB中整个幼穗发育过程中表达量较低,YTA幼穗发育的中后期表达水平逐渐下降,而NIP中幼穗发育的整个时期表达量都比较稳定㊂OsVDAC8定位于线粒体㊂关键词㊀水稻;OsVDAC8;表达模式;亚细胞定位中图分类号㊀S511㊀㊀文献标识码㊀A㊀㊀文章编号㊀0517-6611(2024)04-0081-06doi:10.3969/j.issn.0517-6611.2024.04.017㊀㊀㊀㊀㊀开放科学(资源服务)标识码(OSID):ComparisonofExpressionPatternsinDifferentRiceVarietiesandSubcellularLocalizationAnalysisofOsVDAC8JIANGXiao⁃han,QINYong⁃hua,LIUXue⁃qunetal㊀(HubeiProvincialKeyLaboratoryforProtectionandApplicationofSpecialPlantsinWulingAreaofChina,KeyLabforBiotechnologyofStateEthnicAffairsCommission,CollegeofLifeScience,South⁃CentralUniversityforNationalities,Wuhan,Hubei430074)Abstract㊀[Objective]TostudythephysicalandchemicalpropertiesandexpressionpatternsofOsVDAC8forprovidingabasisforfurtherin⁃vestigationofthefunctionofOsVDAC8.[Method]ThestructuralcharacteristicsandexpressionprofileofOsVDAC8wereanalyzedbybioinforma⁃tics.TheexpressionpatternsofOsVDAC8indifferenttissuesofthreericevarieties,Nipponbare(NIP),YuetaiA(YTA)andYuetaiB(YTB)atdifferentdevelopmentalstageswereanalyzedbyquantitativePCR,andthesubcellularlocalizationwasverifiedthroughBiFC.[Result]Therewere1014bpandencodes337aaintheOsVDAC8codingregion.TheresultsofbioinformaticsanalysisshowedthatOsVDAC8isastablehy⁃drophilicproteinwithonedomainlocalizedtomitochondria,andformsaspecificbarrel⁃likestructurethrough11transmembrane.Thereare13cis⁃actingelementsrelatedtoricegrowthanddevelopmentandstressresponseintheupstreamofATG.AnalysisviariceXProandMSURiceGenomeAnnotationProjectricegeneexpressiondatabaseshowedthatOsVDAC8wasexpressedinthestemandpaniclebeforeandaftertheap⁃pearanceofinflorescencesduringthereproductivegrowthperiod,andtheexpressionwaslowintheendospermandrootinNIP.TheexpressionprofileanalysisofOsVDAC8inthreericevarietiesNIP,YTAandYTBshowedthattheleafsheathexpressionlevelofOsVDAC8wasveryhighinthefour⁃leafstageofthethreericevarietiesandverylowinthepollencontentenrichmentstage,butverydifferentinthethreericevarietiesatdifferentstagesofyoungpanicledevelopment.InNIP,theexpressionlevelwasrelativelystableduringthewholestageofyoungpaniclede⁃velopment,whileinYTB,theexpressionlevelwaslow,andinYTA,theexpressionleveldecreasedgraduallyduringthemiddleandlatestageofyoungpanicledevelopment.ThesubcellularlocalizationresultsshowedthatOsVDAC8waslocalizedtomitochondria,whichwasconsistentwiththepredictionresults.[Conclution]TheexpressionpatternsofOsVDAC8weredifferentindifferentricevarieties.OsVDAC8waslocalizedtomito⁃chondria.Keywords㊀Rice;OsVDAC8;Expressionpattern;Subcellularlocalization基金项目㊀国家自然科学基金项目(31170226)㊂作者简介㊀蒋晓涵(1999 ),女,湖北荆门人,硕士研究生,研究方向:分子遗传学㊂∗通信作者,教授,博士,硕士生导师,从事分子遗传学研究㊂收稿日期㊀2023-03-19㊀㊀电压依赖性阴离子通道(VDAC)是定位于线粒体外膜的主要转运蛋白,最初从酵母中分离出来,存在于从真菌到动物和植物的所有生物体中[1]㊂哺乳动物和昆虫VDAC是一个由19条反向平行反向链组成的桶状结构,其中N端螺旋折叠到孔中[2]㊂所有生物体的VDAC具有相似的基本电生理特性(电导㊁选择性和电压依赖性)[3]㊂线粒体和细胞质之间的无机离子和代谢物的交换对于许多线粒体功能是必不可少的㊂多种转运蛋白(离子通道㊁载体和ABC转运蛋白)介导通过线粒体内膜(MIM)的选择性转运[4]㊂相比之下,VDAC是线粒体外膜(MOM)中多种化合物的主要转运途径,如无机离子(如K+㊁Na+和Cl-)㊁代谢物(如ATP和AMP)和大分子(如tRNA)等[5]㊂VDAC的开放状态对多价阴离子代谢物(如ATP)具有阴离子选择性和渗透性㊂而VDAC的关闭状态使通道有阳离子选择性㊂然而,通道仍然具有足够的电导性,可以传输小离子[6]㊂VDAC的开放/关闭对机体的细胞器代谢具有重要的调节作用㊂除了调节代谢物转运的功能外,VDACs还参与了细胞的程序性死亡[7]㊂植物VDAC不仅参与植物发育过程,还参与环境应激反应[8]㊂拟南芥AtVDAC2和AtVDAC4中的T-DNA插入敲除突变导致成熟叶片的生长严重迟缓㊂除atvdac3外,所有敲除突变体的花粉粒数㊁花粉发芽率和发芽花粉管长度均显著降低[9]㊂AtVDAC1能调节拟南芥对农杆菌感染的能力[10],AtVDAC2参与盐胁迫反应途径[11]㊂小麦TaVDAC1的过表达(OE)增强了转基因拟南芥对盐胁迫的耐受性并降低了对安徽农业科学,J.AnhuiAgric.Sci.2024,52(4):81-86㊀㊀㊀干旱的抗性[12]㊂AtVDAC3和硫氧还蛋白m2(AtTrxm2)之间存在相互作用均调节ROS的积累,且AtVDAC3的过表达增加了H2O2的积累,而AtTrxm2的过表达减少了NaCl处理中H2O2的积累[13]㊂因此,植物VDACs在调节植物生长及应对压力方面发挥关键作用[14]㊂通过水稻全基因组扫描鉴定出了8个OsVDAC基因[15],并利用生物信息学网站分析了OsVDAC1-8基因精细结构[16]㊂OsVDAC3在生殖生长期的茎㊁花序出现前后幼穗及雄蕊成熟花粉中表达水平最高,OsVDAC3的表达可能与雄性的育性相关[17]㊂OsVDAC5在水稻各个部位不同时期均有高表达[18],OsVDAC6可能与水稻耐盐和耐旱有关[19];osvdac4纯合突变体幼苗对ABA胁迫具有更好的抗性[20]㊂OsVDAC家族中OsVDAC8鲜见报道㊂笔者通过生物信息学方法分析其表达谱㊁预测其顺式作用元件,并以3个水稻品种(日本晴㊁红莲型不育系粤泰A和保持系粤泰B)不同发育时期幼穗以及四叶期幼苗根㊁鞘和叶为材料,对OsVDAC8基因表达模式进行分析,旨在为研究OsVDAC8的功能提供参考㊂1㊀材料与方法1.1㊀材料㊀水稻品种日本晴(NIP)㊁红莲型不育系粤泰A(YTA)及保持系粤泰B(YTB)种子,HBT-GFP质粒㊁DH5α菌株均来源于中南民族大学生物技术国家民委重点实验室㊂1.2㊀生物信息学分析1.2.1㊀OsVDAC8蛋白的理化性质㊂使用线上工具ExPASy-Protparam(https://web.expasy.org/protparam/)进行理化性质分析,Protscale线上软件(https://web.expasy.org/protscale/)进行亲水性㊁疏水性分析,CDD软件(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)进行蛋白保守功能区分析,SOPMA(https://npsa⁃prabi.ibcp.fr/cgi⁃bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)进行蛋白二级结构分析,Swissmodel(https://www.expasy.org/resources/swiss-model)进行蛋白三级结构预测,Cell-PLoc2.0(http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/)行蛋白亚细胞定位分析㊂1.2.2㊀顺式作用元件预测㊂在NCBI数据库下载OsVDAC8(Chr3LOC_Os03g20750)起始ATG前5000bp的DNA序列,利用PlantCARE(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)在线分析预测顺式作用元件㊂1.2.3㊀表达模式分析预测㊂从水稻4-44K基因表达芯片RAPDB中提取NIPOsVDAC8(Chr3LOC_Os03g20750)在不同生长发育阶段不同组织中的表达谱(RiceXPro,http://ricexpro.dna.affrc.go.jp/)[21],通过Hierarchicalcluster分析[22]使用MeV(MultiExperimentViewer)表示基因的表达模式㊂在MSURiceGenomeAnnotationProject水稻基因表达数据库中(http://rice.plantbiology.msu.edu/expression.shtml)下载基因的表达数据,用omega作图软件绘图分析基因的表达模式㊂1.3㊀不同水稻品种表达模式分析1.3.1㊀RNA提取与反转录㊂水稻种子按常规方法萌发及种植㊂分别取NIP㊁YTA和YTB四叶期根㊁叶鞘和叶,5个不同发育时期的幼穗[23](穗生长期I:小穗长度小于0.4cm;穗生长期Ⅱ:小穗长度0.5 1.0cm;穗生长期Ⅲ:小穗长度1.5 4.0cm;穗生长期IV:小穗长度5.0 <10.0cm;穗生长期V:小穗长度大于10.0cm),加液氮磨碎成粉末状,用TriZOL法提取总RNA并反转㊂利用CorYeabio公司反转试剂盒反转得到cDNA(体系:All-in-OneFirst-StrandSynthesisMaster⁃Mix4μL,dsDNase1μL,TotalRNA3μg,加Nuclease-FreeWaterupto20μL),将反应体系放置于PCR仪,50ħ,15min;85ħ,5s;处理完后立即置于冰上㊂将cDNA原液稀释5倍,混匀,吸取1μL作为模板,用actin引物检测cDNA质量(15μL体系:ddH2O5.7μL,FastMix1.5μL,引物各0.4μL,cDNA1.3μL),PCR反应程序:96ħ预变性4min,96ħ变性30s,59ħ退火30s,72ħ延伸30s,34个循环,72ħ延伸6min㊂反应结束后,取6μL产物进行电泳检测㊂引物序列见表1㊂表1㊀试验涉及的引物及序列Table1㊀Sequencesofprimersinvolvedinthisexperiment序号No.引物名称Primername引物序列Primersequence(5ᶄ 3ᶄ)1Osactin-FCTCAACCCCAAGGCTAACAG2Osactin-RACCTCAGGGCATCGGAAC3RTactin-FGGAGCTGCTGCTGTTCTAGG4RTactin-RTTCAGACACCATCAAACCAGA5RTVDAC8-FGCCACAGTGTTTTTATGGGTTCC6RTVDAC8-RCACACGAGCATTCAGTCTTC7HBT-VDAC8-FCTCCCCTTGCTCCGTCGGGATCCCGATGGGTTCGGCCGCCT8HBT-VDAC8-RGCCCTTGCTCACCATCGGGATCCCGCTCTCCTACGGTCATTCC1.3.2㊀荧光定量PCR㊂用水稻actin为内参基因,每个样品3个重复,15μL反应体系:水4.7μL,2ˑqPCRSYBRGreenMasterMix7.5μL,引物各0.4μL,cDNA2.0μL㊂反应程序:95ħ30s,95ħ10s,60ħ30s,40个循环;95ħ15s,60ħ60s,95ħ15s;0ħ保存㊂根据仪器生成的数据计算该基因在3种水稻材料不同组织中的表达量㊂1.4㊀OsVDAC8的亚细胞定位1.4.1㊀HBT-GFP-OsVDAC8载体构建㊂以NIPcDNA为模板,用设计好的HBT-VDAC8-F和HBT-VDAC8-R进行扩增,PCR体系同cDNA检测,反应程序:97ħ预变性5min,97ħ变性30s,68ħ退火30s,72ħ延伸1min,35个循环,72ħ延伸8min㊂用Axygen切胶回收试剂盒回收后得到目28㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀安徽农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀2024年的片段,用BamHI酶切HBT-GFP载体和目的片段,将酶切产物进行回收,用CorYeabio公司同源重组试剂盒重组后再转化至DH5α感受态细胞中,涂布含有氨苄青霉素(100μg/mL)的LB固体培养基,并挑取饱满的单克隆,扩大培养后提取质粒DNA进行PCR及酶切鉴定,将阳性克隆测序㊂1.4.2㊀水稻原生质体的转化和亚细胞定位分析㊂通过聚乙二醇介导法将质粒导入水稻原生质体㊂使用暗培养10 13dNIP的黄化苗浸泡于0.6mol/LMannitol溶液中,在培养皿中用新刀片将黄化苗快速切割成2mm左右的小片段,静置8min后过滤,加入酶解液(10mL酶解液含7.5mL0.8mol/LMannitol,1.0mL0.1mol/LMES,0.150gCellulose和0.075gMacerozyme),置于28ħ摇床50r/min振荡酶解6h,加入10mLW5(50mLW5溶液含5.00mL1.54mol/LNaCl,6.25mL1mol/LCaCl2,1.25mL0.2mol/LKCl和1.00mL0.1mol/LMES,加入ddH2O定容至50mL)后放置10min,用W5溶液将裁剪好的6层纱布润湿,通过纱布将酶解液过滤到新的洁净离心管中,1000r/min加减速度均为1,室温离心5min,弃上清㊂加入1mLW5溶液轻摇重悬原生质体,冰上静置30min,取20μL悬液镜检观察原生质体质量㊂1000r/min加减速度均为1,离心5min,弃上清,加入预冷的400μLMMG溶液(10.0mLMMG溶液含7.5mL0.8mol/LMannitol,0.3mL0.5mol/LMgCl2和0.4mL0.1mol/LMES,加ddH2O至10mL),重悬原生质体后置于冰上㊂将质粒加入2mLEP管底,吸取200μL原生质体悬液加入离心管中,将质粒和原生质体混匀,加入等体积的PEG-CaCl2溶液(1mLPEG-CaCl2含0.55mL0.8mol/LMannitol,0.4gPEG4000,置于55ħ孵育3h,加入100μLCaCl2和50μLddH2O),混匀后避光静置20min进行转化㊂加入4倍体积W5溶液,轻摇混匀以停止转化,1000r/min加减速度均为1,离心5min㊂弃上清,加入3倍体积的W5溶液清洗原生质体去除残留的PEG-CaCl2,1000r/min加减速度均为1,室温离心5min㊂重复该步骤1次㊂弃上清,加入500μLW1溶液重悬原生质体,25ħ避光过夜培养,制片及染色处理后置于CLSM下观察荧光情况㊂2㊀结果与分析2.1㊀OsVDAC8蛋白生物信息学分析㊀ExPASy-Protparam线上软件的分析结果表明,OsVDAC8是1个由337aa构成,分子式为C1617H2577N443O497S16,相对分子量为37337.47,理论等电点为6.46的蛋白质(图1)㊂该蛋白的不稳定指数为36.40,表现出稳定性,其脂肪系数为72.64,总平均亲水系数为-0.316㊂用Protscale线上网站对OsVDAC8蛋白的亲水性进行预测,结果显示,信号图中峰值散布于负值的信号明显大于正值部分(图1a),OsVDAC8蛋白是一个稳定的具有亲水性的蛋白㊂SOPMA结果表明,OsVDAC8蛋白的空间构象可能主要由无规则卷曲结构构成(图1b)㊂Swissmodel结果显示,OsVDAC8蛋白含有1个Porin3_Tom40结构域,11次跨膜(图1c),且折叠形成特异的桶状结构(图1d和图1e)㊂CDD结果表明,该蛋白属于Porin3超家族(图1f)㊂Cell-PLoc2.0结果显示其定位于线粒体㊂注:a.OsVDAC8的亲/疏水性分析;b.OsVDAC8蛋白的二级结构;c.OsVDAC8跨膜结构预测;d.OsVDAC8的三维结构顶视图[结构用以下颜色显示:β-链(黄色),α-螺旋(红色),转角(蓝色)和环(白色)];e.OsVDAC8的三维结构侧视图;f.OsVDAC8蛋白的保守结构域分析㊂Note:a.Hydrophilic/hydrophobicanalysisofOsVDAC8;b.SecondarystructureofOsVDAC8protein;c.PredictionoftransmembranestructureforOsV⁃DAC8;d.Atopviewofthe3DstructureofOsVDAC8[Structureisdisplayedwiththefollowingcolors:β⁃strands(yellow),α⁃helix(red),turns(blue),andloops(white)];e.Asideviewofthe3DstructureofOsVDAC8;f.ConserveddomainanalysisofOsVDAC8protein.图1㊀OsVDAC8生物信息学分析Fig.1㊀BioinformaticsanalysisofOsVDAC83852卷4期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀蒋晓涵等㊀不同水稻品种OsVDAC8的表达模式比较与亚细胞定位分析2.2㊀顺式作用元件预测㊀用PlantCARE(http:ʊbioinformat⁃ics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)对OsVDAC8起始ATG前5000bp的序列进行生物信息学分析,发现了13种可信度较高的顺式作用元件(表2)㊂该启动子含有多种与植物发育相关顺式作用元件,推测这个基因在水稻的生长发育过程中可能具有重要作用㊂基因含有与发育相关的顺式作用元件为ABRE㊁ARE㊁CAT-box㊁CGTCA-motif㊁P-box㊁LTR㊁MBS㊁TC-richrepeats㊁GATA-motif㊁TCA-element㊁TGA-element等㊂表2㊀OsVDAC8顺式作用元件预测Table2㊀Predictionofcis⁃actingelementforOsVDAC8序号No.顺式作用元件Cisactingelement生物学功能Biologicalfunction1ABRE参与脱落酸反应2AE-box,BoxII,GA-motif,I-box,Sp1,G-Box参与光反应的顺式作用元件3ARE厌氧诱导所必需的顺式调节元件4CAT-box与分生组织表达相关的顺式调节元件5CGTCA-motif,TGACG-motif参与MeJA反应的顺式调节元件6GARE-motif,P-box赤霉素反应元件7LTR参与低温反应的顺式作用元件8MBS与干旱诱导有关的MYB结合位点9O2-site参与玉米醇溶蛋白代谢调节的顺式调节元件10TC-richrepeats参与防御和压力的顺式作用元件11TCA-element与水杨酸反应有关的顺式作用元件12TGA-element生长素反应元件13Circadian涉及昼夜节律控制的作用调节元件2.3㊀表达谱的生物信息学分析㊀利用RiceXpro(http:ʊricexpro.dna.affrc.go.jp/GGEP/sample⁃list.php)分析了OsV⁃DAC8在水稻品种NIP中48个发育阶段的表达谱㊂该基因平均信号值对数的层次聚类结果(图2)表明,其在不同生长发育阶段表达差异显著,OsVDAC8在所有组织和时期都表达,在胚乳中表达水平最低,OsVDAC8在花序出现前后及子房中表达量较高㊂㊀注:颜色条表示标准化的log2表达值:蓝色为最低表达,白色为中度表达,红色为高度表达㊂㊀Note:Thecolorbarindicatesthenormalizedlog2expressionvalue:blueisthelowestexpression,whiteismoderateexpression,andredishighlyexpres⁃sion.图2㊀NIP不同组织中OsVDAC8表达模式Fig.2㊀ExpressionpatternsofOsVDAC8inthedifferenttissuesofNIP2.4㊀OsVDAC8在3个水稻品种中表达模式比较㊀分别取NIP㊁不育系YTA和保持系YTB四叶期根㊁叶鞘和叶片,5个不同发育时期幼穗,用TriZOL法提取总RNA,反转后的cDNA用actin引物检测,结果显示,cDNA不含基因组DNA,且能扩增出特异条带(图3)㊂图4显示,OsVDAC8在这3个水稻品种的表达模式差异显著,不育系YTA中OsVDAC8在四叶期叶㊁叶鞘和幼穗发育的前期表达水平都较高,根及幼穗发育花粉内容物充实期表达水平最低;保持系YTB中在四叶期叶鞘表达水平非常高,根㊁叶及幼穗发育过程中都是低水平表达;NIP的四叶期叶鞘和枝梗原基分化期中都有非常高的表达,其他时期的表达差异不大,幼穗发育的整个时期表达量都比较稳定㊂2.5㊀OsVDAC8的亚细胞定位分析㊀用BamHI酶切HBT-GFP质粒DNA并回收,通过同源重组技术将OsVDAC8全长CDS整合到HBT-GFP线性化载体上转化大肠杆菌,涂布含有氨苄青霉素(100μg/mL)的LB固体培养基,挑取单克隆扩大培养后提取质粒DNA,进行PCR及酶切鉴定,将阳性克隆测序(图5),结果显示,HBT-OsVDAC8-GFP载体构建成功㊂HBT-OsVDAC8-GFP转化水稻黄化幼苗原生质体,培养10h后用线粒体染料染色15min,制片后在激光共聚焦显微48㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀安徽农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀2024年镜下观察荧光分布,结果显示,OsVDAC8定位于线粒体(图6)㊂注:M.DL2000;1 8.YTA;9 16.YTB;17 24.NIP;1㊁9㊁17.根;2㊁10㊁18.茎;3㊁11㊁19.叶;4㊁12㊁20.<0.4cm幼穗;5㊁13㊁21.0.5 1.0cm幼穗;6㊁14㊁22.1.5 4.0cm幼穗;7㊁15㊁23.5 10cm幼穗;8㊁16㊁24.>10cm幼穗㊂Note:M.DL2000;1-8.YTA;9-16.YTB;17-24.NIP;1,9,17.Root;2,10,18.Stem;3,11,19.Leaf;4,12,20.<0.4cmpanicle;5,13,21.0.5-1.0cmpani⁃cle;6,14,22.1.5-4.0cmpanicle;7,15,23.5-10cmpanicle;8,16,24.>10cmpanicle.图3㊀cDNA的质量检测Fig.3㊀QualitydetectionofcDNA图4㊀3个水稻品种OsVDAC8表达模式Fig.4㊀ExpressionpattersofOsVDAC8indifferenttissuesofthreericevarieties3㊀讨论与结论拟南芥中有4个VDAC基因,AtVDAC1㊁AtVDAC2和AtV⁃DAC4在植物生长㊁叶片和花粉发育及维持线粒体膜电位的稳定状态方面发挥了重要作用㊂多项证据表明,线粒体深度参与雄性配子体发育,许多线粒体基因突变影响雄性配子体发育,甚至导致细胞质雄性不育㊂AtVDAC1突变影响雌配子发育㊂AtVDAC1普遍存在于拟南芥的根㊁茎㊁叶㊁花序㊁角果㊁幼苗和种子中,且表达水平都很高[24]㊂笔者前期研究了Os⁃VDAC4和OsVDAC6的表达谱,发现OsVDAC6在幼穗早期发育时期,Nip与YTB中OsVDAC6维持较低的表达,而YTA中OsVDAC6表达水平出现高峰,OsVDAC4在Nip㊁YTB和YTA中均在花粉粒充实成熟期时OsVDAC4表达量达到最高,推测其可能参与调控水稻花粉粒的成熟过程㊂OsVDACs在调控水稻育性中的作用尚不清楚,有待深入研究其作用机理㊂㊀㊀为了研究OsVDAC8的功能,首先对其进行了生物信息注:A.HBT-OsVDAC8-GFP质粒PCR检测;B.HBT-OsVDAC8-GFP酶切鉴定;M1.DL2000;M.DL15000;1 2.不同质粒㊂Note:A.IdentificationofHBT⁃OsVDAC8⁃GFPbyPCR;B.IdentificationofHBT⁃OsVDAC8⁃GFPdigestedbyBamHⅠ;M1.DL2000;M.DL15000.1-2.Differentplasmids.图5㊀HBT-OsVDAC8-GFP重组质粒鉴定Fig.5㊀TheidentificationofrecombinantplasmidsHBT⁃OsV⁃DAC8⁃GFP学分析,OsVDAC8是一个稳定的亲水蛋白,二级结构主要由无规则卷曲构成,可能定位在线粒体上;预测的启动子序列含有与植物生长发育㊁繁殖及胁迫应答等密切相关的元件,推测其在水稻生长发育的不同时期及组织的表达模式可能有差异㊂RiceXpro结果表明,OsVDAC8在NIP不同生长发育阶段表达差异显著,在生殖生长期的叶鞘㊁花序出现前后幼穗中表达水平最高,在胚乳和根中的表达量较低㊂分析了OsVDAC8在3个不同品种NIP㊁YTA和YTB幼穗发育的不同时期和组织中的表达,结果表明,在3个水稻品种中表达模式不同㊂在NIP中OsVDAC8在根中的表达量最低,在叶鞘到枝梗分化期的表达量较高,在雌雄蕊开始分5852卷4期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀蒋晓涵等㊀不同水稻品种OsVDAC8的表达模式比较与亚细胞定位分析化到花粉充实完熟期的表达量差别不大;OsVDAC8在YTB与NIP的幼穗发育时期的表达模式大同小异,而在YTA中随着雌雄蕊的形成和颖花的发育OsVDAC8的表达量逐渐降低,YTB和NIP都是雄性可育品种,而YTA是细胞质雄性不育品种,这些结果可能说明OsVDAC8的表达可能与水稻的育性有关联㊂亚细胞定位结果显示,OsVDAC8定位于线粒体,与预测结果一致㊂该研究初步分析了OsVDAC8的特性,为深入研究OsVDAC8基因的功能提供基础㊂注:Bright.明场;MitoTracker.线粒体染色;GFP.绿色荧光;Merged.荧光整合;Bars.5μm㊂Note:Bright.Openfieldchannel;MitoTracker.Mitochondrialstaining;GFP.Greenfluorescence;Merged.Fluorescenceintegration;Bar.5μm.图6㊀OsVDAC8的亚细胞定位Fig.6㊀SubcellularlocalizationofOsVDAC8参考文献[1]LIZY,XUZS,HEGY,etal.Thevoltage⁃dependentanionchannel1(AtVDAC1)negativelyregulatesplantcoldresponsesduringgerminationandseedlingdevelopmentinArabidopsisandinteractswithcalciumsensorCBL1[J].IntJMolSci,2013,14(1):701-713.[2]ZINGHIRINOF,PAPPALARDOXG,MESSINAA,etal.VDACgenesex⁃pressionandregulationinmammals[J].FrontPhysiol,2021,12:1-14.[3]NAJBAUEREE,BECKERS,GILLERK,etal.Structure,gatingandinter⁃actionsofthevoltage⁃dependentanionchannel[J].EurBiophysJ,2021,50(2):159-172.[4]ASHRAFM,MAOQL,HONGJ,etal.HSP70⁃16andVDAC3jointlyin⁃hibitseedgerminationundercoldstressinArabidopsis[J].PlantCellEnvi⁃ron,2021,44(11):3616-3627.[5]SRIVASTAVASR,MAHALAKSHMIR.Evolutionaryselectionofa19-strandedmitochondrialβ⁃barrelscaffoldbearsstructuralandfunctionalsignificance[J].JBiolChem,2020,295(43):14653-14665.[6]TAKAHASHIY,TATEDAC.Thefunctionsofvoltage⁃dependentanionchannelsinplants[J].Apoptosis,2013,18(8):917-924.[7]RAVIB,KANWARP,SANYALSK,etal.VDACs:Anoutlookonbio⁃chemicalregulationandfunctioninanimalandplantsystems[J].FrontPhysiol,2021,12:1-15.[8]KARACHITOSA,GRABINᶄSKIW,BARANEKM,etal.Redox⁃sensitiveVDAC:Apossiblefunctionasanenvironmentalstresssensorrevealedbybioinformaticanalysis[J].FrontPhysiol,2021,12:1-10.[9]HEMONOM,UBRIGÉ,AZEREDOK,etal.Arabidopsisvoltage⁃dependentanionchannels(VDACs):Overlappingandspecificfunctionsinmitochon⁃dria[J].Cells,2020,9(4):1-14.[10]KWONT.MitochondrialporinisoformAtVDAC1regulatesthecompetenceofArabidopsisthalianatoAgrobacterium⁃mediatedgenetictransformation[J].MolCells,2016,39(9):705-713.[11]LIUZ,LUOQH,WENGQ,etal.VDAC2involvementinthestressre⁃sponsepathwayinArabidopsisthaliana[J].GenetMolRes,2015,14(4):15511-15519.[12]YUM,YUY,SONGTQ,etal.Characterizationofthevoltage-dependentanionchannel(VDAC)genefamilyinwheat(TriticumaestivumL.)anditspotentialmechanisminresponsetodroughtandsalinitystresses[J].Gene,2022,809:1-11.[13]KANWARP,SAMTANIH,SANYALSK,etal.VDACanditsinteractingpartnersinplantandanimalsystems:Anoverview[J].CritRevBiotechn⁃ol,2020,40(5):715-732.[14]KANWARP,SANYALSK,MAHIWALS,etal.CIPK9targetsVDAC3andmodulatesoxidativestressresponsesinArabidopsis[J].PlantJ,2022,109(1):241-260.[15]夏春皎,刘学群,王春台.水稻线粒体渗透性转换孔相关基因家族的系统发育研究[C]//湖北省植物生理学会第十五次学术研讨会论文集.黄冈:湖北省植物生理学会,黄冈师范学院,2007:60.[16]罗凤燕.水稻vdac㊁ant及HL-SP1基因的表达研究[D].武汉:中南民族大学,2010.[17]王亚楠.水稻OsVDAC3及其互作蛋白亚细胞定位和功能初步分析[D].武汉:中南民族大学,2019.[18]XUX,TANYP,CHENGG,etal.Genomicsurveyandgeneexpressiona⁃nalysisoftheVDACgenefamilyinrice[J].GenetMolRes,2015,14(4):15683-15696.[19]龚秋涵.水稻OsVDAC6功能及调控机制的初步研究[D].武汉:中南民族大学,2020.[20]马明月.水稻OsVDAC4与其互作蛋白功能的初步研究[D].武汉:中南民族大学,2022.[21]SATOY,TAKEHISAH,KAMATSUKIK,etal.RiceXProversion3.0:Ex⁃pandingtheinformaticsresourceforricetranscriptome[J].NucleicAcidsRes,2013,41:D1206-D1213.[22]EISENMB,SPELLMANPT,BROWNPO,etal.Clusteranalysisanddisplayofgenome⁃wideexpressionpatterns[J].ProcNatlAcadSciUSA,1998,95(25):4863-14868.[23]广东省德庆县永丰中学农科组.利用倒五叶观察水稻幼穗分化[J].农业科技通讯,1977(7):6.[24]潘晓迪.拟南芥电压依赖性阴离子通道基因AtVDACs功能分析[D].北京:中国农业大学,2014.68㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀安徽农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀2024年。
水稻Ossp1基因的亚细胞定位及其干旱条件下的表达作者:腾海艳来源:《江苏农业学报》2020年第03期摘要:sp1基因是葉绿体蛋白质输入调控的关键基因,本研究通过生物信息学分析、Real time PCR分析、瞬时表达分析等方法,对sp1在水稻中的同源基因Ossp1进行了结构和功能预测、组织表达和干旱响应性分析以及亚细胞定位分析。
生物信息学分析结果显示,水稻Ossp1基因位于7号染色体,基因登录号为Os07g0647800,序列全长1 032 bp,SP1蛋白由343个氨基酸残基组成,信号肽序列位于氮端,蛋白质分子中有2个跨膜区域。
Real time PCR分析结果显示,Ossp1在水稻叶片中表达量最高,其次为叶鞘,根中最低,此外,Ossp1在叶片中的表达具有明显的干旱响应性,受到干旱胁迫诱导后,表达量显著提高。
采用瞬时表达进行亚细胞定位结果显示,SP1蛋白定位于水稻叶绿体。
上述结果显示了Ossp1基因与水稻叶绿体及干旱胁迫响应的关系,为Ossp1基因功能的深入研究提供了基础。
关键词:水稻;Ossp1基因;亚细胞定位;干旱胁迫;基因表达中图分类号:Q786文献标识码:A文章编号:1000-4440(2020)03-0529-06Subcellular localization and expression under drought conditions of rice Ossp1 geneTENG Hai-yan(School of Chemistry and Bioengineering, Yichun University, Yichun 336000, China)Abstract:The sp1 is a key gene for the regulation of chloroplast protein import, and Ossp1 is the homologous gene of sp1 in rice. In this study, the structure and function prediction, tissue expression, drought-responsiveness analysis and subcellular localization analysis of Ossp1 were carried out by bioinformatics analysis, realtime PCR analysis and transient expression analysis. The results of bioinformatics analysis showed that Ossp1 was located on chromosome 7(gene accession number: Os07g0647800), and the sequence was 1 032 bp in length. The SP1 protein was composed of 343 amino acid residues, the signal peptide was located at the N-terminus, and there were two transmembrane regions. The results of real time PCR analysis showed that the expression level of Ossp1 was highest in rice leaves, followed by leaf sheaths, and lowest in roots. In addition, the expression of Ossp1 could be significantly induced by drought stress, showed obvious drought responsiveness. Subcellular localization analysis of SP1 protein was performed by transient expression assay, and the results indicated that the SP1 protein was localized in rice chloroplasts. The above results show the relationship between gene Ossp 1 and rice chloroplast and drought responsiveness, and provide the basis for further research on the function of gene Ossp 1.Key words:rice;Ossp1;subcellular localization; drought stress;gene expression植物叶绿体含有大约3 000种蛋白质,其中绝大部分由核基因编码,少数由叶绿体自身基因组编码。
水稻硫转运蛋白基因OsST的亚细胞定位王雪艳;潘露琪;楼依哲;葛颖慧;赵海军【摘要】[目的]构建水稻硫酸根转运基因OsST与YFP黄色荧光蛋白融合表达载体,对OsST蛋白进行亚细胞定位.[方法]从水稻叶片的cDNA中克隆OsST基因ORF全长,测序验证后连入pA7-YFP表达载体,通过基因枪将融合载体转入洋葱上表皮细胞,在激光共聚焦显微镜下观察细胞中荧光发光部位.[结果]OSST蛋白定位于细胞膜和核膜上.[结论]为进一步研究硫转运蛋白的功能及硫酸根运输的机理奠定了基础.%[ Objective ] Subcellular location of a sulfate transporter gene OsST in Oryza sativa L. was studied by constructing a fusion expression vector of YFP and OsST. [ Method]The open reading frame of OsST was cloned from rice leaf's cDNA by RT-PCR, and ligated into the vector of pA7-YFP after sequencing. Recombinant plasmid was introduced into onion epidermal cells by the particle bombardment method.Yellow fluorescence was monitored under a Laser scanning confocal microscope. [ Result] The OsST protein was located in the plasma membrane and nucleusr membrane. [ Conclusion] The result lays a foundation for studying the function of sulfate transporter and mechnism of transporting SO24- in rice.【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2011(039)017【总页数】3页(P10190-10191,10332)【关键词】硫转运蛋白;亚细胞定位;黄色荧光蛋白;水稻【作者】王雪艳;潘露琪;楼依哲;葛颖慧;赵海军【作者单位】中国计量学院生命科学学院,浙江,杭州,310018;中国计量学院生命科学学院,浙江,杭州,310018;中国计量学院生命科学学院,浙江,杭州,310018;中国计量学院生命科学学院,浙江,杭州,310018;浙江大学原子核农业科学研究所/农业部核农学重点开放实验室,浙江,杭州,310029【正文语种】中文【中图分类】S132硫是生物生长与发育过程中所必需的大量元素之一。
水稻水通道蛋白OsPIP2-6的亚细胞定位研究
姚清国;李晓芹;李小兵;韩爱云
【期刊名称】《安徽农业科学》
【年(卷),期】2011(039)017
【摘要】[目的]探讨水稻水通道蛋白OsPIP2-6的亚细胞定位.[方法]克隆了水稻中的重要通道蛋白OsPIP2-6基因,构建了瞬时表达载体,通过基因枪法在洋葱表皮中进行瞬时表达,并通过激光共聚焦显微镜进行了观察.[结果]水稻水通道蛋白OsPIP2-6主要定位在细胞质膜上,证明了OsPIP2-6是个水通道蛋白.[结论]为植物水通道蛋白的深入研究提供了理论依据.
【总页数】2页(P10108,10115)
【作者】姚清国;李晓芹;李小兵;韩爱云
【作者单位】石家庄学院化工学院,河北,石家庄,050035;石家庄学院化工学院,河北,石家庄,050035;石家庄学院化工学院,河北,石家庄,050035;石家庄学院化工学院,河北,石家庄,050035
【正文语种】中文
【中图分类】Q291
【相关文献】
1.香蕉水通道蛋白基因在成熟果实中的表达分析与亚细胞定位研究 [J], 谢学立;刘菊华;徐碧玉;金志强
2.水稻小G蛋白OsRab5b的亚细胞定位研究 [J], 邵军丽;龙跃生;徐增富
3.南方水稻黑条矮缩病毒非结构蛋白的亚细胞定位研究 [J], 章松柏;王开放;刘小娟;吴祖建
4.水稻水通道蛋白OsPIP2-6的亚细胞定位研究(摘要) [J], 姚清国;李晓芹;周二鹏;王娟;张文娜
5.水稻水通道蛋白OsPIP2-6的亚细胞定位研究 [J], 姚清国; 李晓芹; 周二鹏; 王娟; 张文娜
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水稻蛋白OsOle对叶片表皮细胞形态的影响分析姚清国;段书德;张文娜【摘要】Plant extracellular proteins play an important role in development of cell. An analysis of bio-informatics was conducted to an extracellular protein OsOle in rice. The results showed that this protein has 52% of comparability with Ole e Ⅰ in the pollen protein of olive; the morphology of leaf epidermal cells in overexpression lines of transgenic rice had changed.%植物细胞外蛋白在细胞的生长发育中起着关键的作用.对水稻中的一个胞外蛋白OsOle进行生物信息学分析,结果表明.该蛋白和橄榄树花粉蛋白Olee 1相似性为52%,转基因超表达OsOlel植株的叶表皮细胞形态发生改变.【期刊名称】《湖南农业科学》【年(卷),期】2011(000)001【总页数】4页(P7-10)【关键词】水稻;胞外蛋白;亚细胞定位;生物学功能【作者】姚清国;段书德;张文娜【作者单位】石家庄学院化工学院,河北,石家庄,050035;石家庄学院化工学院,河北,石家庄,050035;石家庄学院化工学院,河北,石家庄,050035【正文语种】中文【中图分类】S511在多细胞生物中,细胞与细胞之间的相互通讯是不可缺少的,细胞之间的相互识别对于细胞生长和分化起着决定的作用,其中植物胞外的信号分子在细胞之间的信息传递中扮演者重要的角色[1]。
在植物学研究中,小分子激素如生长素、细胞分裂素、赤霉素、乙烯、ABA和油菜素类脂等一直是公认的信号分子,人们对其比较关注而且研究比较清楚。
水稻OsLecRK基因的亚细胞定位分析作者:闸雯俊杨芳张艳茗来源:《湖北农业科学》2018年第17期摘要:凝集素类受体蛋白激酶(Lectin-like receptor kinase,LecRK)是一类植物特有并分布广泛的蛋白激酶,但水稻(Oryza sativa L.)中OsLecRK家族的亚细胞定位及其生物学功能尚未清楚。
依据NCBI公布的水稻OsLecRK的ORF序列设计引物,从水稻粳稻品种叶片cDNA中扩增得到目的片段,构建OsLecRK -GFP融合瞬时表达载体,转化水稻原生质体对其进行亚细胞定位。
激光共聚焦观察结果表明,水稻OsLecRK蛋白主要存在于细胞质,为进一步研究其功能奠定了基础。
关键词:水稻(Oryza sativa L.);OsLecRK;亚细胞定位中图分类号:S511 文献标识码:A文章编号:0439-8114(2018)17-0111-03DOI:10.14088/ki.issn0439-8114.2018.17.028 开放科学(资源服务)标识码(OSID):Abstract: Lectin-like receptor kinase(LecRK) is a family of proteins which is unique and universal in plants. However, subcellular localization and biological function of OsLecRK family in rice(Oryza sativa L.) are largely unknown. OsLecRK gene was amplified from Nipponbare leaves cDNA based on the published ORF sequence on NCBI. Subcellular localization of OsLecRK protein was conducted by construction of transient expression vector OsLecRK-GFP and transformation of rice protoplasts. The confocal microscopy results showed that OsLecRK protein was located mainly in the cytoplasm, and built a good foundation for further research on the function of OsLecRK.Key words: rice(Oryza sativa L.); OsLecRK; subcellular localization水稻(Oryza sativa L.)是世界的主要糧食作物之一,全球超过一半人口以水稻作为主食[1]。
水稻是中国最重要的口粮作物,常年种植面积约3 000万hm2,占世界水稻种植总面积的1/4。
因此,水稻的种植安全与中国农村经济发展和口粮安全密不可分。
凝集素类受体蛋白激酶(Lectin-like receptor kinase,LecRK)是一类植物特有并分布广泛的蛋白激酶。
自1996年从拟南芥中第一次分离得到该家族成员Ath.lecRK后,人们已从多种植物中克隆到多个该类蛋白基因。
研究表明,LecRK基因对植物生长发育有一定的作用。
拟南芥sgc是一种LecRK基因失活的突变体,由T-DNA插入At3g53810引起,突变体sgc由花粉时期开始,所有的花粉粒都开始变形和萎缩,从而引起雄性不育[2]。
LecRK基因还广泛参与植物与生物和非生物胁迫的互作。
LecRK胞外的凝集素受体结构域一直被认为是与根瘤菌的共生和病原体的抵抗相关。
最近的研究也证明了这个观点,新发现的水稻抗稻瘟病Pi-d2就是一种包含甘露糖特异的凝集素受体蛋白激酶[3]。
研究人员还利用T-DNA插入和RNAi方法将拟南芥中的LecRK4.1、LecRK4.2、LecRK4.3这3个基因分别敲除掉,结果显示任一基因的失活可增强拟南芥对萌发时ABA的应答[4];与之相反,另一株突变体LecRK-b2在萌发时期对ABA的敏感度会降低,同时还发现LecRK-b2基因也参与发育早期对盐压力和渗透压的应答[5]。
通过亚细胞定位可以了解蛋白质在细胞中的具体位置,而蛋白质的功能与其在细胞中的定位紧密相关,从而可以对基因的功能进行预测。
研究蛋白亚细胞定位已有多种方法,常用的主要有融合报告基因定位法、免疫组织定位法、共分离标记酶辅助定位法等[6],其中以绿色荧光标记GFP的应用最为广泛[7,8]。
绿色荧光标记蛋白质在蓝光激发下发出绿色荧光,可以作为荧光标记与目的蛋白质融合表达并转运到细胞特定的组织来发挥功能,通过检测绿色荧光在细胞中的位置来获得目的蛋白质的亚细胞定位信息。
本研究通过LecRK基因的克隆和LecRK-GFP融合蛋白质的亚细胞定位,为深入研究该基因在水稻中的功能奠定良好的基础。
1 材料与方法1.1 材料1.1.1 菌株大肠杆菌Top10,由粮食作物种质创新与遗传改良湖北省重点实验室提供。
1.1.2 水稻材料粳稻品种中花11(Oryza sativa L.ssp.Japonica cv.Zhonghua11)原种,由本实验室提供,用于提取水稻原生质体。
1.1.3 植物表达载体植物表达载体为pBWA(V)HS-gfp载体质粒。
1.2 方法1.2.1 中花 11 cDNA的制备采用Trizol法提取中花11叶片组织的总RNA。
采用TOYOBO Rerver Tra Ace-α-TM试剂盒将提取的中花11总RNA反转录为cDNA。
反应体系如表1所示,30 ℃,10 min;42 ℃,20 min;99 ℃,5 min;4 ℃,5 min。
将制备好的cDNA置于-20 ℃保存备用。
1.2.2 亚细胞定位瞬时表达载体的构建根据水稻LecRK基因在NCBI数据库中序列设计引物,以中花11的cDNA为模板,扩增带有酶切位点的LecRK的ORF全长(去除终止子)。
PCR引物为LecRK F(5′-ATGGCACCTCTCCTGTTCTTGC-3′)、LecRK R(5′-TCATGCGAGTGAACTGATATAG-3′)。
采用10 μL体系进行PCR反应,各反应物浓度如表2所示。
PCR 反应程序:94 ℃预变性5 min;94 ℃变性30 s,60 ℃退火30 s,72 ℃延伸2.0 min,重复34个循环;72 ℃延伸10 min。
扩增完成后进行1.0%琼脂糖凝胶电泳检测。
目的基因片段进行切胶回收并纯化。
将纯化的目的基因片段连接到pMD18-T克隆载体上,转化大肠杆菌Top10感受态细胞,PCR筛选阳性克隆,提取质粒后进行测序分析。
将测序结果正确的菌种进行保存并命名为pBWA(V)HS-OsLecRK-GFP。
1.2.3 水稻中花11原生质体的提取将水稻去壳后,以70%乙醇清洗2 min,再以0.5%氯化汞清洗15 min,然后种植于1/2 MS培养基,28 ℃暗培养8~14 d。
取幼苗,把根切下后浸在0.6 mol/L甘露醇中,用无菌刀片切成0.5 mm的小块,放入10 mL酶解液[2.5% cellulase R-10(Yakult)、0.75% macerozyme R-10(Yakult)、0.6 mol/L D-甘露醇、10 mmol/L MES(pH 5.7)],55 ℃加热10 min,此时颜色变为深棕色,自然冷却之后再加入0.1% BSA、10 mmol/L CaCl2,加 ddH2O至10 mL,于150 mL三角瓶中28 ℃、50 r/min避光孵育4~5 h。
孵育结束后加入等体积的W5 solution[154 mmol/L NaCl、125 mmol/L CaCl2、5 mmol/L KCl和2 mmol/L MES(pH 5.7)],轻轻摇匀使原生质体充分释放。
用150目不锈钢细胞筛将液体过滤到干净的培养皿中,再用电动移液器小心转移至50 mL圆底离心管中,4 ℃、100 g吊篮离心8 min收集原生质体。
余少量上清液将沉淀轻轻摇散,小心以4 mL W5 solution将原生质体重新冲洗悬浮,4 ℃、100 g吊篮离心4 min。
去上清液,小心地以4 mL Mmg solution[0.4 mol/L D-甘露醇、20 mmol/L MgCl2、5 mmol/L MES(pH 5.7)]将原生质体重新沖洗悬浮,4 ℃、100 g吊篮离心4 min。
去上清液,以 2 mL Mmg solution重新悬浮(此时取20 μL悬浮液进行镜检)。
1.2.4 水稻中花11原生质体的PEG转化提取的水稻原生质体冰浴30 min,23 ℃、100 g吊篮离心2 min,去上清液。
用转化数N×100 μL Mmg solution重新悬浮原生质体,以备转化。
2 mL离心管中先加入10 μL亚细胞定位载体,以及10 μL细胞核指示载体Ghd7-CFP或PXDR-OsH2A混匀,再用剪口枪头吸取100 μL悬浮原生质体轻弹混匀,最后加入120 μL 40%PEG3350[0.4 mol/L D-甘露醇、100 mmol/L CaCl2、40%(V/V)PEG3350]轻弹混匀,室温孵育20 min。
加入500 μL W5 solution混匀终止反应,23 ℃、100 g吊篮离心2 min。
去掉大部分上清液,将沉淀转移至有1.5 mL W5 solution的12孔板中,28 ℃暗培养过夜(16 h以上)。
次日将培养液转移到2 mL离心管中23 ℃、100 g吊篮离心2 min,去掉大部分上清液,用激光扫描共聚焦显微镜观察。
2 结果与分析2.1 OsLecRK基因的克隆与亚细胞定位载体的构建以中花11 cDNA为模板,扩增OsLecRK基因到终止密码子前的全长ORF序列,长2 426 bp。
将目的片段连接到pBWA(V)HS-GFP载体上,转化大肠杆菌Top10,取PCR鉴定为阳性克隆的质粒(图1)。
测序结果表明,克隆序列正确,载体构建成功(图2)。
2.2 OsLecRK蛋白质的亚细胞定位提取转染级别的质粒,在40% PEG3350的介导下转入水稻原生质体,28 ℃暗培养16 h 后,激光共聚焦显微镜观察绿色荧光信号。
结果表明,OsLecRK蛋白质分主要布于细胞质中(图3)。
3 小结与讨论对目的蛋白质进行亚细胞定位是一种较为直观的研究方法,可以通过目的蛋白质在细胞中的定位情况来预测其功能。