长链非编码RNAlongnoncodingRNAslncRNAs-南京医科大学学报
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长链非编码RNA在卵泡与早期胚胎发育中的研究进展孔月【摘要】长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是长度大于200 nt 并且缺乏蛋白质编码能力的一类RNA分子.卵泡及早期胚胎发育与女性生殖健康密切相关,lncRNA在其中发挥重要作用.目前的研究认为lncRNA可能通过影响女性生殖干细胞的增殖和体外存活能力以及调节卵丘扩张和卵母细胞成熟参与卵泡发育.lncRNA也可通过影响颗粒细胞增殖、分化与凋亡在排卵、黄体形成和早期胚胎发育等阶段发挥重要作用.对lncRNA的深入研究有助于进一步了解卵泡及早期胚胎发育的分子机制,为评价女性卵巢储备及移植前胚胎质量提供新的诊断标准,同时为不孕症的治疗提供新思路.现就lncRNA在卵泡与早期胚胎发育中的研究进行综述.【期刊名称】《国际生殖健康/计划生育杂志》【年(卷),期】2018(037)006【总页数】5页(P504-507,512)【关键词】RNA;卵泡;胚胎发育;粒层细胞;黄体形成【作者】孔月【作者单位】450052 郑州大学第一附属医院生殖中心【正文语种】中文长链非编码RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的具有一定功能但缺乏蛋白质编码能力的RNA分子,位于细胞质或细胞核内[1]。
不同于微小RNA(microRNA,miRNA)的作用模式,lncRNA发挥作用的方式多样。
lncRNA在多个水平调控基因表达和蛋白质的功能,进而发挥其独特的生物学功能:与转录因子结合调控下游靶基因的表达;通过结合miRNA效应复合物上的靶位点,使其调节基因表达的功能丧失;可以特异性地与调节蛋白结合形成核酸蛋白质复合体,进而影响目标蛋白的功能;招募DNA靶标染色质修饰复合物影响DNA转录;通过参与mRNA的调节和加工,实现翻译抑制、剪切拼接以及降解等功能[2]。
综合目前的研究,已确定大量与生殖相关的lncRNA,但有关lncRNA在卵泡与早期胚胎发育中的具体功能以及发挥功能的作用机制仍不清楚。
《长链非编码RNA的亚细胞定位预测》篇一一、引言随着生物信息学和基因组学的快速发展,长链非编码RNA (Long Non-Coding RNAs, lncRNAs)在生命活动中的重要性逐渐被揭示。
亚细胞定位作为lncRNAs的重要特征之一,对其功能的研究具有深远意义。
本文旨在探讨长链非编码RNA的亚细胞定位预测方法,为进一步研究其功能提供理论依据。
二、长链非编码RNA概述长链非编码RNA是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子,不具有编码蛋白质的功能。
尽管如此,它们在基因表达调控、细胞功能调节等生物学过程中扮演着关键角色。
了解lncRNAs的亚细胞定位信息有助于进一步研究其在不同生物学环境中的作用。
三、亚细胞定位的重要性lncRNAs的亚细胞定位决定其在细胞中的活动与作用方式。
对于其在核内或核外、细胞质或线粒体等不同部位的定位,将直接影响其与靶基因的相互作用、转录调控等生物学过程。
因此,对lncRNAs的亚细胞定位预测具有重要意义。
四、亚细胞定位预测方法目前,对于长链非编码RNA的亚细胞定位预测,主要采用以下几种方法:1. 生物信息学方法:基于lncRNAs的序列特征、结构特征等,利用机器学习算法进行预测。
如通过分析lncRNAs的序列保守性、二级结构等特征,构建分类器进行预测。
2. 实验验证法:通过荧光标记等技术手段,对lncRNAs在细胞中的实际位置进行观察和记录。
这种方法虽然准确,但耗时耗力,且无法大规模应用。
3. 融合方法:结合生物信息学方法和实验验证法,首先通过生物信息学方法进行初步预测,再结合实验验证法进行验证和修正。
这种方法既提高了预测的准确性,又降低了实验成本。
五、预测流程长链非编码RNA的亚细胞定位预测流程主要包括以下几个步骤:1. 数据收集:收集lncRNAs的序列信息、结构信息等。
2. 特征提取:从收集的数据中提取出用于预测的特征,如序列特征、结构特征等。
3. 模型构建:利用机器学习算法构建分类器,对提取的特征进行训练和优化。
长链⾮编码RNALncRNA研究,读这篇⽂章就⾜够了!1.认识⼀下长⾮编码RNA定义⾮编码RNA (non-coding RNA,ncRNA)指不翻译成多肽的RNA。
按照长度不同,短于200nt的归为⼩⾮编码RNA (small ncRNAs,sncRNAs),长于200nt的归为长⾮编码RNA (longncRNAs,lncRNAs)。
分类根据染⾊体上与编码基因的相对位置将lncRNA分为反义型(antisense lncRNAs)、内含⼦型(intronic lncRNAs)、反向型(divergent lncRNAs)、基因间型(intergenic lncRNAs)、启动⼦上游型(promoter upstream lncRNAs)、启动⼦型(promoter-associated lncRNAs)、转录起始位点型(transc ription start site-associated lncRNAs) [1, 2] (图1)。
图1. 根据染⾊体上与编码基因的相对位置对ncRNA进⾏分类。
lncRNAs作⽤范围⼴泛,机制⾮常复杂,这⾥从基因调控的⾓度重点讲⼀讲。
为了⽅便⼤家的理解,咱们来看看lncRNA的特点。
简单讲,lncRNA的本质是RNA,是由核苷酸组成的长链,有以下⼏个优势:(1) 可以轻松的与同源DNA序列(转录lncRNA的基因以及序列相似的基因)结合;(2) 可以轻松的与同源RNA序列结合;(3) 其丝带般的特点可以折叠成复杂的⼆级结构,轻松与多种蛋⽩质结合。
也就是说,lncRNA情商极⾼,与上层领导(DNA)关系暧昧,与同事(RNA)关系很铁,与下属(蛋⽩质)关系紧密。
这样⼋⾯玲珑的lncRNA那肯定是相当吃得开啊。
2.lncRNA参与转录前调控顾名思义,转录前调控就是对转录事件发⽣之前的准备阶段进⾏调控,主要指染⾊质开放或关闭状态的调控——想要使原来不转录的基因开启转录,就需要染⾊质从关闭状态转换为开放状态;想要使原来转录的基因不再转录,就需要染⾊质从开放状态转换为关闭状态。
长链非编码RNA MEG3对胃癌细胞增殖的影响研究[摘要] 目的:探讨长链非编码RNA MEG3在胃癌组织及细胞系中的表达水平,以及过表达MEG3对胃癌细胞增殖能力的影响,并探索其可能的作用机制。
方法:用定量PCR(qRT-PCR)技术检测胃癌组织及细胞系中MEG3的表达水平;通过转染pCDNA-MEG3上调MEG3的表达水平,并通过qRT-PCR检测转染效率。
用MTT和克隆形成实验检测上调MEG3的水平对BGC-823细胞和MGC-803细胞的增殖能力的影响,用Western blot实验检测这两种细胞中上调MEG3的水平对p53蛋白的表达水平的影响。
结果:相比正常胃组织及细胞,在胃癌组织和细胞中MEG3的表达出现显著下调,SGC7901、MGC-803和BGC-823细胞中MEG3的表达水平分别是正常胃上皮细胞GES-1中的73.6 %、42.0 %和27.1 % (p<0.05)。
BGC-823细胞和MGC-803细胞中转染pCDNA-MEG3能显著上调MEG3的表达,MEG3的表达水平分别为对照组的252倍和311倍(p<0.05);MTT和克隆形成实验显示,上调MEG3的表达能降低BGC-823细胞和MGC-803细胞的增殖能力。
Western blot实验显示,转染了pCDNA-MEG3的MGC-803和BGC-823细胞中p53的表达相较对照组中显著增加。
结论:胃癌组织及细胞中MEG3的表达下调,且这可能通过抑制p53蛋白的激活从而促进胃癌细胞增殖,影响胃癌的发生和发展。
[关键字]胃癌;长链非编码RNA;MEG3;细胞增殖;p53Down-regulated long noncoding RNA MEG3 promotes cell proliferation in gastric cancer[Abstract]Objective: To investigate the expression level of long noncoding RNA MEG3 in gastric cancer tissues and cell lines, and to study the effect of up-regulation of MEG3 expression on gastric cancer cells proliferation and its possible mechanism. Methods: Quantitative reverse-transcription PCR was performed to detect the relative expression of MEG3 in gastric cancer cell lines and tissues. pCDNA-MEG3 was transfected into BGC-823 cells and MGC-803 cells to down-regulate MEG3 expression, and quantitative reverse-transcription PCR was used to test the transfection efficiency. MTT and colony formation assays were performed to detect the effect of MEG3 on gastric cancer cells proliferation. Western blot assay was used to test the expression level of p53 protein in MGC-803 cells and BGC-823 cells transfected with pCDNA-MEG3 respectively, compared to those with empty vector. Results: This study showed that MEG3 was lowly expressed both in gastric cancer samples and cell lines compared with their corresponding normal tissues and cell lines. The expression level of MEG3 in SGC7901, MGC-803 and BGC-823 cells were 73.6 %, 42.0 % and 27.1 % of that in normal gastric epithelium cell GES-1, respectively (p<0.05). Transfection of pCDNA-MEG3 could significantly increase its’ expression in BGC-823 cells and MGC-803 cells respectively, 252 and 311 folds compared with control cells (p<0.05). MTT and colony formation assays indicated that up-regulated MEG3 could inhibit BGC-823 and MGC-803 cells proliferation. Western blot assay showed that the expression level of p53 protein was significantly increased in MGC-803 cells and BGC-823 cells transfected with pCDNA-MEG3 compared with those with empty vector, respectively. Conclusion: Down-regulated MEG3 could promote gastric cells proliferation, probably by inhibiting the activation of p53, and thus affect the development and progression of gastric cancer.[Keywords] gastric cancer; long noncoding RNA; MEG3; cell proliferation; p53胃癌是导致全球癌症相关死亡的第二大恶性肿瘤, 近年来其发病率呈上升趋势,每年约有一百万新发病例,其中50%的病例发生在东亚地区(主要在中国)[1]。
长链非编码RNA在胃癌中的作用研究进展
王骥;杨芬
【期刊名称】《基础医学与临床》
【年(卷),期】2018(38)12
【摘要】长链非编码RNAs(lncRNAs)是长度大于200 nt的非编码RNAs,与胃癌
的发生发展密切相关.lncRNAs异常表达可影响胃癌细胞的生物学过程,如HOTAIR、GHET1、DANCR、HULC和MEG3等可在表观遗传学、转录和转录后水平以多
种机制调节胃癌的发生、发展、侵袭和转移.因此,lncRNAs有望成为胃癌诊断和治疗的新型生物标志物,对制定诊疗计划和预后判断具有潜在指导意义.
【总页数】5页(P1781-1785)
【作者】王骥;杨芬
【作者单位】南京医科大学基础医学院临床医学 (5+3 一体化), 江苏南京211166;南京医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系, 江苏南京 211166【正文语种】中文
【中图分类】R735.2
【相关文献】
1.长链非编码RNA在胃癌中作用机制的研究进展 [J], 赵青芳;关露露;陈小兵
2.长链非编码RNA在胃癌转移过程中作用机制的研究进展 [J], 朱中林;黄陈
3.长链非编码RNA在胃癌中作用的研究进展 [J], 高敏;刘文博
4.长链非编码RNA在胃癌耐药中研究进展 [J], 向万平;谭望;姚林;王川林;肖江卫
5.长链非编码RNA与胃癌作用机制及诊断预后研究进展 [J], 向志强;郭萍;杨长青;魏子白
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《长链非编码RNA的亚细胞定位预测》篇一一、引言随着生物信息学和生物技术的快速发展,非编码RNA (ncRNA)的深入研究已经成为生命科学领域的一个重要方向。
长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是近年来在各种细胞类型中发现的一种关键调节型ncRNA。
这类RNA对许多重要的生物过程具有影响,而对其在细胞中的确切位置了解仍然不完整。
长链非编RNA的亚细胞定位对其功能的解释有着重要意义,它可能直接关联着其在特定生物学过程或细胞结构中的功能发挥。
本文将深入探讨长链非编码RNA的亚细胞定位预测的相关方法和技术。
二、长链非编码RNA简介长链非编码RNA是一种没有明确编码功能的RNA分子,其长度通常超过200个核苷酸。
尽管它们没有明确的蛋白质编码功能,但它们在基因表达调控、细胞信号传导、细胞周期调控等过程中起着关键作用。
由于其在细胞中的分布和定位尚未完全明确,因此,研究其亚细胞定位成为当前研究的重要方向。
三、亚细胞定位预测的重要性长链非编码RNA的亚细胞定位是理解其功能的重要环节。
它们在细胞核或细胞质中的定位决定了它们能否参与转录或转录后过程的调控。
不同的亚细胞定位可能与其在细胞中的功能密切相关,例如在细胞核内调控基因的表达或在细胞质内参与mRNA 的稳定性和翻译等过程。
因此,长链非编码RNA的亚细胞定位预测不仅对理解其功能至关重要,也有助于我们更全面地理解其在生命活动中的作用。
四、亚细胞定位预测的方法目前,对于长链非编码RNA的亚细胞定位预测主要有两种方法:基于序列分析的方法和基于生物信息学的方法。
1. 基于序列分析的方法:该方法主要通过分析长链非编码RNA的序列特征来预测其可能的亚细胞定位。
例如,一些特定的序列模式可能与特定的亚细胞结构相关联,从而通过这些模式来推测其可能的定位。
然而,由于序列分析方法需要大量的实验数据和复杂的统计分析,因此其实用性有待进一步提高。
2. 基于生物信息学的方法:该方法主要通过利用现有的生物信息学工具和数据库来预测长链非编码RNA的亚细胞定位。
长链非编码RNA在免疫系统调节中的作用AbstractLong non-coding RNAs (lncRNAs) have recently emerged as key players in the regulation of immune response and are involved in diverse cellular processes. This review aims to provide an overview of the functions of lncRNAs in immunoregulation, including their roles in inflammatory response, immune cell differentiation and proliferation, and immune checkpoint regulation. Additionally, we discuss how lncRNAs may be involved in the development of immune-related diseases, such as autoimmune disorders and cancer. Improved understanding of the roles of lncRNAs in immune regulation will provide new opportunities to develop targeted therapies for a range of immune-related diseases.Keywords: Long non-coding RNA, Immunoregulation, Inflammatory response, Immune cell differentiation and proliferation, Immune checkpoint regulation, Autoimmune disorders, Cancer.摘要近年来,长链非编码RNA(lncRNA) 在免疫反应调节中已被证明是重要的调节因子,涉及多种细胞过程。
长链非编码RNA与胃癌诊断预后及耐药性研究进展徐天蔚;王朝霞【期刊名称】《中国肿瘤临床》【年(卷),期】2015(42)1【摘要】长链非编码RNA(long non-codingRNA,lncRNA)是一组长度超过200bp的非编码RNA。
其缺少完整蛋白编码功能,具有调控基因表达作用。
近年来研究发现,lncRNA与胃癌的诊断、预后及耐药性密切相关。
本文结合国内外最新报道,对ln⁃cRNA在胃癌的诊断,预后及耐药性方面的研究进展做一综述。
%Long non-coding RNAs (lncRNAs) are noncoding RNAs with lengths exceeding 200 bp. These lncRNAs cannot code complete proteins but control gene expression. Recent studies have shown that lncRNAs are closely related to the diagnosis, prognosis, and drug resistance of gastric cancer. This article summarizes the recent progress of studies in China and abroad on lncRNAs relative to the diagnosis, prognosis, and drug resistance of gastric cancer.【总页数】6页(P71-76)【作者】徐天蔚;王朝霞【作者单位】南京医科大学第一临床医学院临床医学系南京市210029;南京医科大学第二附属医院肿瘤科【正文语种】中文【相关文献】1.长链非编码 RNA 与肿瘤耐药性的研究进展 [J], 池淑琦(综述);汪宏波(审校)2.长链非编码RNA\r对泌尿系统肿瘤耐药性的影响研究进展 [J], 刘春丽3.长链非编码RNA与宫颈癌预后关系研究进展 [J], 张科; 杜国波; 谭榜宪4.长链非编码RNA非协调性分子5同源蛋白B-反义RNA1在结直肠癌中的表达及其与预后的关系 [J], 丁丁;李瑞;汪贯龙;杜敏5.长链非编码RNA与胃癌作用机制及诊断预后研究进展 [J], 向志强;郭萍;杨长青;魏子白因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
《长链非编码RNA的亚细胞定位预测》篇一一、引言随着生物信息学和基因组学的快速发展,长链非编码RNA (Long Non-Coding RNAs, lncRNAs)的研究逐渐成为生物学和医学领域的研究热点。
长链非编码RNA是基因组中一类重要的转录本,其具有多种生物学功能,如调控基因表达、参与信号转导等。
然而,由于lncRNA的序列和结构多样,其亚细胞定位和功能机制仍需进一步研究。
本文旨在探讨长链非编码RNA的亚细胞定位预测方法,以期为深入研究lncRNA的功能和作用机制提供新的思路。
二、长链非编码RNA的亚细胞定位长链非编码RNA的亚细胞定位是指其在细胞内的具体位置,包括细胞核、细胞质和细胞膜等。
不同的lncRNA具有不同的亚细胞定位,这与其生物学功能密切相关。
因此,准确预测lncRNA的亚细胞定位对于研究其功能和作用机制具有重要意义。
三、亚细胞定位预测方法目前,长链非编码RNA的亚细胞定位预测主要基于生物信息学和计算生物学的方法。
以下介绍几种常用的预测方法:1. 序列特征分析:通过分析lncRNA的序列特征,如长度、GC含量、二级结构等,来预测其亚细胞定位。
这种方法简单易行,但准确性有待提高。
2. 机器学习方法:利用已知的lncRNA亚细胞定位数据,通过机器学习算法(如支持向量机、神经网络等)来建立预测模型。
该方法可以充分考虑多种因素,提高预测准确性。
3. 结构预测方法:基于lncRNA的三维结构预测其亚细胞定位。
该方法需要先获得lncRNA的三维结构信息,再利用相关算法进行预测。
该方法具有较高的准确性,但计算复杂度较高。
四、应用实例及结果分析以某基因数据库中的长链非编码RNA数据为例,采用上述机器学习方法进行亚细胞定位预测。
首先,收集该数据库中已知亚细胞定位的lncRNA数据作为训练集;然后,利用机器学习算法建立预测模型;最后,对未知亚细胞定位的lncRNA进行预测。
结果表明,该方法可以有效预测长链非编码RNA的亚细胞定位,且具有较高的准确性。
长链非编码RNA在系统性红斑狼疮中的研究进展【摘要】本文综述了长链非编码RNA在系统性红斑狼疮中的研究进展。
首先介绍了长链非编码RNA的概念及作用机制,然后详细阐述了系统性红斑狼疮的病因和表现。
接着探讨了长链非编码RNA在系统性红斑狼疮发病机制中的作用,总结了相关研究进展及发现。
最后展望了长链非编码RNA在系统性红斑狼疮治疗中的应用前景。
本文认为长链非编码RNA在系统性红斑狼疮研究中具有重要意义,提出了未来研究方向,并结合现有研究成果进行了总结,为这一领域的进一步发展提供了参考。
【关键词】长链非编码RNA、系统性红斑狼疮、研究进展、发病机制、治疗、意义、未来方向、总结1. 引言1.1 长链非编码RNA在系统性红斑狼疮中的研究进展引言长链非编码RNA在SLE中的研究进展为我们更深入地理解该疾病的发病机制提供了新的视角。
通过研究长链非编码RNA与SLE发病机制的关系,不仅有助于揭示SLE的发病机理,还为SLE的治疗提供了新的思路和方法。
本文将探讨长链非编码RNA的概念与作用机制、SLE的病因和表现、长链非编码RNA在SLE发病机制中的作用、相关研究进展及发现,以及长链非编码RNA在SLE治疗中的应用前景,为读者全面介绍长链非编码RNA在SLE研究中的重要进展和意义。
2. 正文2.1 长链非编码RNA的概念与作用机制长链非编码RNA (Long non-coding RNA,lncRNA) 是一类长度超过200个碱基的RNA分子,与传统编码蛋白的mRNA相比,lncRNA并不编码蛋白质,而在细胞内发挥着多种重要的调控功能。
lncRNA可以通过多种机制参与基因表达的调控,包括转录后调控、转录水平的调控、转录前调控等。
在细胞内,lncRNA可以通过搭桥衔接不同DNA区域,促进染色质的空间转录调控。
lncRNA还可以与染色质重塑相关蛋白质相互作用,调节染色质的三维结构和转录的靶基因。
一些lncRNA还可以调节转录后的mRNA的稳定性和剪接过程,影响基因的表达水平。
《长链非编码RNA的亚细胞定位预测》篇一一、引言随着生物信息学和基因组学的快速发展,长链非编码RNA (Long Non-Coding RNAs, lncRNAs)的研究逐渐成为生物学和医学领域的热点话题。
由于lncRNAs在各种生物学过程中发挥着重要的功能,对其的定位预测工作也变得日益重要。
本篇论文主要讨论了长链非编码RNA的亚细胞定位预测的必要性,相关技术和方法的现状,以及未来的发展趋势。
二、长链非编码RNA简介长链非编码RNA是基因组中一类长度超过200个核苷酸,但无编码蛋白质能力的RNA分子。
它们在多种生物学过程中发挥着重要的调控作用,包括转录调控、转录后调控、基因表达调控等。
然而,由于缺乏有效的实验手段,其亚细胞定位一直是研究的难点之一。
三、亚细胞定位预测的重要性对长链非编码RNA的亚细胞定位预测的重要性在于其可以揭示其功能及在细胞中的活动范围。
通过对其定位的预测,我们可以更深入地理解其在细胞内的生理和病理过程,从而为疾病的治疗和预防提供新的思路和方向。
四、当前亚细胞定位预测技术与方法目前,对于长链非编码RNA的亚细胞定位预测主要依赖于生物信息学方法和计算机算法。
这些方法主要基于RNA序列特征、结构特征以及与其他分子的相互作用等信息进行预测。
然而,由于lncRNAs的序列多样性和结构复杂性,现有的预测方法仍存在许多挑战和限制。
五、新的亚细胞定位预测策略针对现有方法的不足,我们提出了一种新的长链非编码RNA 亚细胞定位预测策略。
该策略结合了多种生物信息学方法,包括机器学习、深度学习等先进技术,对lncRNAs的序列、结构以及与其他分子的相互作用等信息进行综合分析。
我们通过对大量已知的lncRNAs进行学习和训练,建立了可靠的预测模型,能够更准确地预测lncRNAs的亚细胞定位。
六、实验结果与讨论我们利用新策略对一系列已知长链非编码RNA进行了亚细胞定位预测,并与其他已知方法进行了比较。
结果显示,我们的新策略在准确性和可靠性上均有所提高。
长链非编码RNA研究进展一、本文概述长链非编码RNA(Long Non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子,它们并不编码蛋白质,却在多种生物过程中发挥着重要的调控作用。
近年来,随着高通量测序技术和生物信息学分析的飞速发展,lncRNA的研究取得了显著进展,成为生物医学领域的研究热点。
本文将对长链非编码RNA的研究进展进行全面的综述,包括其定义、特点、功能及其在各种生物过程中的作用,并探讨其未来的研究方向和应用前景。
在概述部分,我们将首先介绍lncRNA的基本概念和特点,包括其长度、结构、表达方式等。
接着,我们将概述lncRNA在基因组中的分布和表达方式,以及它们与编码基因的关系。
我们还将简要介绍lncRNA的调控机制和功能,包括它们如何通过与DNA、RNA和蛋白质相互作用来调控基因表达。
随着研究的深入,lncRNA在多种生物过程中的作用逐渐被发现。
在本文中,我们将重点介绍lncRNA在细胞分化、发育、增殖、凋亡以及疾病发生发展过程中的作用。
我们还将探讨lncRNA作为疾病标志物的潜力以及在临床诊断和治疗中的应用前景。
在概述部分,我们将总结当前lncRNA研究的主要成果和挑战,并展望未来的研究方向。
我们相信,随着研究的深入和技术的发展,lncRNA 将为我们揭示更多生物过程的奥秘,为生物医学领域的发展带来新的机遇和挑战。
二、lncRNA的分类与功能长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200个核苷酸的RNA 分子,它们并不编码蛋白质,但在多种生物过程中发挥着重要的调控作用。
随着研究的深入,lncRNA的分类与功能逐渐被人们所揭示。
根据lncRNA的生成机制、基因组位置以及与邻近基因的关系,可以将其大致分为以下几类:基因间lncRNA:这类lncRNA位于两个编码基因之间,不重叠任何已知的编码区。
内含子lncRNA:由编码基因的内含子转录而来,它们与宿主基因共享相同的剪接模式。
长链非编码RNA NEAT1在肿瘤中的研究进展靳倩倩【期刊名称】《疑难病杂志》【年(卷),期】2016(015)003【摘要】Long non-coding RNAs ( lncRNAs) is a kind of RNA molecule more than 200 nucleotides in length, can not encoding a protein.Studies show that it can regulate gene expression at multiple levels to participate in a wide range of complex biological processes within the cell.lncRNAs closely related with a variety of malignant tumors, play an oncogenic or tumor suppressor role in the development of different tumors.With the development of molecular biology techniques, more and more lncRNAs perceived by people.NEAT1 is a long non-coding RNA, which was found in recent years, in addition to the formation and maintenance of the process, it plays an important role in the body paraspeckles subnuclear structure, the re-searchers also found that it can play important role in different signaling pathways in multiple tumors.%长链非编码RNAs(lncRNAs)是一类长度超过200个核苷酸,不能编码蛋白质的RNA分子,研究表明其能在多个水平调控基因表达,从而广泛参与细胞内复杂的生物学过程.lncRNAs与多种恶性肿瘤关系密切,在不同肿瘤的发生发展中发挥致癌或抑癌作用.随着分子生物学技术的不断发展,越来越多的lncRNAs被人们所认知.NEAT1是近些年被发现的一个长链非编码RNA,除了在亚核体paraspeckles的结构形成及维持过程中有着重要作用外,研究人员还发现其可通过不同的信号通路在多个肿瘤中扮演重要角色.【总页数】4页(P326-329)【作者】靳倩倩【作者单位】150000 哈尔滨医科大学附属第二医院耳鼻咽喉头颈外科【正文语种】中文【相关文献】1.长链非编码RNA作为一种非侵入性标志物在肝细胞癌中应用的研究进展 [J], 吕欣然;曹莉莉2.肿瘤相关巨噬细胞与长链非编码RNA在肿瘤发展中的研究进展 [J], 葛将;李文坤;李倩;王芸;王亚丹3.长链非编码RNA NEAT1在肿瘤中的作用及机制研究进展 [J], 王昀;刀钰洋;李浩宇;侯飞;刘超4.长链非编码RNA-UCA1与miRNAs在泌尿系统肿瘤中的研究进展 [J], 宋莉平;王宇5.五种长链非编码RNA在常见女性恶性肿瘤中的分子机制研究进展 [J], 李娜因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
长链非编码RNA MEG3对胃癌细胞增殖的影响研究[摘要] 目的:探讨长链非编码RNA MEG3在胃癌组织及细胞系中的表达水平,以及过表达MEG3对胃癌细胞增殖能力的影响,并探索其可能的作用机制。
方法:用定量PCR(qRT-PCR)技术检测胃癌组织及细胞系中MEG3的表达水平;通过转染pCDNA-MEG3上调MEG3的表达水平,并通过qRT-PCR检测转染效率。
用MTT和克隆形成实验检测上调MEG3的水平对BGC-823细胞和MGC-803细胞的增殖能力的影响,用Western blot实验检测这两种细胞中上调MEG3的水平对p53蛋白的表达水平的影响。
结果:相比正常胃组织及细胞,在胃癌组织和细胞中MEG3的表达出现显著下调,SGC7901、MGC-803和BGC-823细胞中MEG3的表达水平分别是正常胃上皮细胞GES-1中的73.6 %、42.0 %和27.1 % (p<0.05)。
BGC-823细胞和MGC-803细胞中转染pCDNA-MEG3能显著上调MEG3的表达,MEG3的表达水平分别为对照组的252倍和311倍(p<0.05);MTT和克隆形成实验显示,上调MEG3的表达能降低BGC-823细胞和MGC-803细胞的增殖能力。
Western blot实验显示,转染了pCDNA-MEG3的MGC-803和BGC-823细胞中p53的表达相较对照组中显著增加。
结论:胃癌组织及细胞中MEG3的表达下调,且这可能通过抑制p53蛋白的激活从而促进胃癌细胞增殖,影响胃癌的发生和发展。
[关键字]胃癌;长链非编码RNA;MEG3;细胞增殖;p53Down-regulated long noncoding RNA MEG3 promotes cell proliferation in gastric cancer[Abstract]Objective: To investigate the expression level of long noncoding RNA MEG3 in gastric cancer tissues and cell lines, and to study the effect of up-regulation of MEG3 expression on gastric cancer cells proliferation and its possible mechanism. Methods: Quantitative reverse-transcription PCR was performed to detect the relative expression of MEG3 in gastric cancer cell lines and tissues. pCDNA-MEG3 was transfected into BGC-823 cells and MGC-803 cells to down-regulate MEG3 expression, and quantitative reverse-transcription PCR was used to test the transfection efficiency. MTT and colony formation assays were performed to detect the effect of MEG3 on gastric cancer cells proliferation. Western blot assay was used to test the expression level of p53 protein in MGC-803 cells and BGC-823 cells transfected with pCDNA-MEG3 respectively, compared to those with empty vector. Results: This study showed that MEG3 was lowly expressed both in gastric cancer samples and cell lines compared with their corresponding normal tissues and cell lines. The expression level of MEG3 in SGC7901, MGC-803 and BGC-823 cells were 73.6 %, 42.0 % and 27.1 % of that in normal gastric epithelium cell GES-1, respectively (p<0.05). Transfection of pCDNA-MEG3 could significantly increase its’ expression in BGC-823 cells and MGC-803 cells respectively, 252 and 311 folds compared with control cells (p<0.05). MTT and colony formation assays indicated that up-regulated MEG3 could inhibit BGC-823 and MGC-803 cells proliferation. Western blot assay showed that the expression level of p53 protein was significantly increased in MGC-803 cells and BGC-823 cells transfected with pCDNA-MEG3 compared with those with empty vector, respectively. Conclusion: Down-regulated MEG3 could promote gastric cells proliferation, probably by inhibiting the activation of p53, and thus affect the development and progression of gastric cancer.[Keywords] gastric cancer; long noncoding RNA; MEG3; cell proliferation; p53胃癌是导致全球癌症相关死亡的第二大恶性肿瘤, 近年来其发病率呈上升趋势,每年约有一百万新发病例,其中50%的病例发生在东亚地区(主要在中国)[1]。
胃癌早期临床症状不典型,确诊的患者多以进展期胃癌为主,常伴有淋巴结转移和腹腔内侵袭、转移,因此胃癌患者治疗效果不佳、预后差,5年生存率低于10%[2-4]。
因此,更好地理解胃癌的发病机制以及分子水平的变化对发展生物诊断标志物至关重要,这些标志物能帮助提供新的有效的胃癌治疗手段。
长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一类在基因组转录中不参与编码蛋白、长度超过200nt的转录产物。
它具备多种生物学功能,并在染色质修饰、转录、翻译、剪接、表观遗传学调控等[5]多种生物进程中发挥重要作用。
研究证实,lncRNA的变异和调节异常能够导致包括肿瘤在内的多种疾病[6]。
因此确定癌症相关的lncRNA并研究其分子和生物学功能对理解肿瘤分子生物学及其进展十分重要。
母系表达基因3(Maternally expressed gene 3, MEG3)是位于染色体14q32的肿瘤抑制基因,其编码产物——非编码RNA(noncoding RNA, ncRNA)与肿瘤发生有关[7,8]。
MEG3 RNA在许多正常组织中表达,但其在许多人类原发性肿瘤中表达缺失,包括神经胶质瘤、肝细胞肝癌、脑膜瘤和膀胱癌[9-12]。
在人神经胶质瘤细胞系中,MEG3过表达能够诱导细胞生长停滞并促进细胞凋亡[9]。
但是,目前对MEG3在胃癌中的表达水平和在胃癌致病机制中的生物学作用知之甚少。
本研究旨在阐明lncRNA MEG3在胃癌中的表达情况,探索MEG3水平变化对体外胃癌细胞表型的影响。
本研究进一步希望为胃癌预后提供的新标志物,为胃癌干预治疗提供新的靶标。
1 材料与方法1.1组织收集36例样本来自于江苏省人民医院2006-2008年间被诊断为胃癌并接受手术的患者,这些样本经过病理科严格鉴定(分期II, III, IV; 美国癌症联合会癌症分期指南第七版)。
在手术前所有患者均未接受过局部或全身治疗。
所有样本取下后立即液氮冷冻,在提取RNA之前,一直置于-80 °C环境中冻存。
本研究由南京医科大学伦理委员会通过,并取得所有患者的知情同意书。
1.2 细胞系和培养条件三种胃癌细胞系(SGC7901,MGC-803和BGC-823)以及胃粘膜上皮正常细胞系GES-1购自中国科学院生物化学与细胞生物学研究所。
细胞用高糖DMEM、含有10% FBS、100 U/mL青霉素以及100 mg/mL链霉素的培养基于37 ℃,含5% CO2的潮湿恒温培养箱中常规培养。
每1-2天更换新鲜培养基,当细胞融合度达到80%-90%时进行传代培养。
1.3 RNA提取和定量反转录PCR(qRT-PCR)使用TRIzol试剂(购自美国的Invitrogen公司)提取组织或培养的细胞中的总RNA。
使用反转录盒(购自大连的Takara公司)将RNA反转录为cDNA。
使用Power SYBR Green (购自大连的Takara公司)做实时PCR分析。
结果用GAPDH的表达量标准化。
MEG3的PCR引物:上游引物:5’-CTGCCCATCTACACCTCACG-3’,下游引物:5’-CTCTCCGCCGTCTGCGCTAGGGGCT-3’;GAPDH 上游引物:5’-GTCAACGGATTTGGTCTGTA TT-3’,下游引物:5’-AGTCTTCTGGGTGGCAGTGAT-3’。
qRT-PCR和数据收集基于ABI 7500平台。
MEG3相对于GAPDH的表达使用2−ΔΔCt法计算和标准化。
1.4 质粒的构建MEG3序列被合成和亚克隆至pCDNA3.1载体(购自上海的Invitrogen公司)。
通过使用pCDNA-MEG3转染实现MEG3的异常表达,使用空的pCDNA载体作为对照。
使用qPCR 检测MEG3的表达水平。