2008年6月第34卷第6期北京航空航天大学学报J o u r n a l o fB e i j i n g U n i v e r s i t y ofA e r o n a u t i c s a n dA s t r o n a u t i c s J u n e 2008V o l .34 N o .6收稿日期:2007-06-14作者简介:樊尚春(1962-),男,内蒙古包头人,教授,s h a n gc f a n @b u a a .ed u .c n .基于D S P 和F P G A 技术的细胞图像采集系统设计樊尚春 周 游(北京航空航天大学仪器科学与光电工程学院,北京100191) 刘长庭 王俊峰(北京解放军总医院呼吸科,北京100853) 摘 要:细胞学研究领域中需要对大量细胞的生长情况进行长期的在线跟踪㊁记录和分析,针对细胞图像采集和处理中的数据量大㊁采样频率高㊁运算复杂等问题,设计了一种新颖的细胞图像采集系统,讨论了D S P (D i g i t a l S i g n a l P r o c e s s o r )处理系统和F P G A (F i e l dP r o -g r a mm a b l eG a t eA r r a y s )逻辑控制系统设计中的关键技术问题,以及J P E G 图像压缩算法的实现问题.系统主要由视频解码芯片㊁F P G A 以及D S P 等组成,具有功能集成㊁结构简单㊁编程灵活的特点,能够实现对大量细胞进行长期观测记录的图像采集,以及后期图像数据处理的功能.关 键 词:图像处理;数字信号处理;现场可编程门阵列中图分类号:T P391.41文献标识码:A 文章编号:1001-5965(2008)06-0707-04D e s i g no f c e l l i m a g ea c q u i s i t i o n s ys t e mb a s e do n D S Pa n dF P G A t e c h n o l o g yF a nS h a n gc h u n Z h o uY o u (S c h o o l o f I n s t r u m e n t S c i e n c e a n dO p t o -e l e c t r o n i c sE n g i n e e r i n g ,B e i j i n g U n i v e r s i t y o fA e r o n a u t i c s a n dA s t r o n a u t i c s ,B e i j i n g 100191,C h i n a )L i uC h a n g t i n g W a n g J u n f e n g(T h eG e n e r a lH o s p i t a l o f P L A ,B e i j i n g 100853,C h i n a )A b s t r a c t :I t i s a p r o b l e mt o t r a c e a n d r e c o r d t h e g r o w t ho f t h e l a r g e n u m b e r o f c e l l sm a n u a l l yf o r a l o ng t i m e .A i m i n g a t th em a s s d a t a ,hi g hs a m p l i n g f r e q u e n c y ,c o m p l e xc a c u l a t i o na n do t h e r p r o b -l e m s i n c e l l i m a g e t r a n s m i s s i o n ,a n o v e lm e t h o d o f v i d e o i m a g e a c q u i s i t i o n i s d e s c r i b e d .T h e k e y p r o b -l e m s i n t h e d e s i g no fD S P (d i g i t a l s i g n a l p r o c e s s o r s )s y s t e ma n dF P G A (f i e l d p r o g r a mm a b l e g a t e a r -r a y s )l o g i c c o n t r o l s y s t e ma n d t h e i m p l e m e n t a t i o no f J P E G i m a g e c o m p r e s s i o n a l g o r i t h ma r e a l s o d i s -c u s s e d .T h es y s t e m b a s i c a l l y c o n s i s t e do fe n h a n c e dv i d e oi n pu t p r o c e s s o r ,F P G A ,D S Pa n do t h e r c o m p o n e n t s .I t i s f a v o r a b l e f o r i t s i n t e g r a t e df u n c t i o n s ,s i m p l es t r u c t u r e sa n df l e x i b l ec o m p l i e r .I t p r o v i d e s a s o l u t i o n f o r t h e i m a g e a c q u i s i t i o no f l o n g t i m e t r a c i n g a n d r e c o r d i n g l a gr e n u m b e r o f c e l l s ,a n d a l s oh a s t h e f u n c t i o no f a f t e r i m a g e p r o c e s s i n g.K e y wo r d s :i m a g e p r o c e s s i n g ;d i g i t a l s i g n a l p r o c e s s i n g ;f i e l d p r o g r a mm a b l e g a t e a r r a y s 现代生命科学的许多研究都是在细胞和分子水平上进行的.其中大量的工作需要以活细胞作为研究对象,对它们进行长期的观察和高精度的定量测量与分析.研究人员长时间在显微镜下观测会产生自适应现象,即会忽视异常现象,造成判断错误[1].细胞显微图像分析系统的研制解决了这一问题,而其中图像数据的采集速度㊁图像数据的处理速度以及图像数据的存储容量等都是关键技术,D S P (D i g i t a l S i g n a lP r o c e s s o r )的特殊结构和性能很好地满足了系统实现的需要,而F P G A(F i e l dP r o g r a mm a b l eG a t eA r r a ys )的高速性和灵活性也满足了系统实时性和稳定性的需要.本文针对细胞图像采集和处理中的数据量大㊁采样频率高㊁运算复杂等问题,设计了一种新颖的细胞图像采集系统,以标准的N T S C/P A L 制式的彩色/黑白复合视频信号为输入,以视频解码芯片㊁D S P和F P G A为系统的硬件平台,视频解码芯片将模拟视频信号转换成数字信号;D S P 实现算法㊁管理系统运行,并实现系统的自启动;F PG A实现一些接口㊁时序控制等,可以简化外围电路,提高系统的可靠性.1系统介绍系统采用集成的视频解码芯片以及D S P+ F P G A的混合结构,具有功能集成㊁结构简单㊁编程灵活的特点[2].D S P是图像处理运算的核心,而F P G A是系统逻辑控制的核心,F P G A在线可编程的特性可大大简化系统设计的复杂度.系统总体结构见图1.图1系统总体结构图系统各部分的功能以及芯片选型如下: 1)视频解码芯片选用P h i l i p s公司的S A A7111A,将C C D摄像头输出的N T S C/P A L 制式的复合模拟视频信号转换为Y U V422格式的数字图像信号,同时输出从模拟视频信号中分离出的同步信号和由芯片内部的时钟发生器产生的像素时钟;2)F P G A选用A l t e r a公司的A C E X1K系列器件E P1K50Q C208-3,采用V H D L语言设计并实现视频输入处理的逻辑控制和图像数据缓冲的控制,同时也可在其中实现图像的预处理,从而减少D S P的工作量;3)数据缓冲部分选用I S S I公司的S R AM芯片I S61L V51216实现,此款S R AM的存储空间为8M b i t,存取速度最慢为12n s,满足系统的要求;4)D S P选用T I公司的T M S320C6713B G D P225,外扩一片AM D公司的F L A S H R OM 程序存储器AM29L V160D B-70E C及一片M i-c r o n公司的S D R AM数据存储器MT48L C8M32B2T G-6,负责数字图像数据的处理,并选用M a x i m公司的MA X3111E实现U A R T接口负责处理结果的输出.2系统设计2.1系统硬件设计硬件设计是整个数字视频图像处理系统设计的基础,对充分发挥D S P软件的特长㊁使系统的性能达到最优至关重要.对于本系统的设计而言,其硬件系统设计的重要性主要体现在,系统应能快速㊁大数据量地采集和处理视频图像数据,因此在硬件设计过程中需结构设计合理,还得考虑高速电路设计问题[3].2.1.1视频解码电路模拟视频摄像头采集的信号是模拟信号,并且视频信号中不仅包含图像信号,还包括了行同步信号㊁行消隐信号㊁场同步信号㊁场消隐信号以及槽脉冲信号㊁前均衡脉冲㊁后均衡脉冲等.本系统采用P h i l i p s公司的可编程视频输入处理芯片S A A7111A H Z完成由C C D摄像机输出的模拟视频信号的数字化和向系统采集模块提供像素时钟及同步信号.S A A7111A H Z在上电后,并不是立即采集模拟视频信号进行A/D转换处理,它必须由D S P通过I2C总线对其内部寄存器进行初始化设置后,才能正常工作.为简化系统硬件电路设计,本系统采用了C6713自带的I2C总线模块,而不是采用I2C总线控制器.2.1.2 F P G A逻辑控制电路本系统中F P G A的逻辑设计主要包括:图像采集控制模块(A D D RWR)㊁中断管理模块(S T A R T T E M P)㊁分频电路模块(D I V F R E)㊁数据地址总线切换模块(S W I T C H).这几个模块间相互联系共同完成整个系统的逻辑控制.当D S P 发出采样指令时,采集控制模块在此后第一个奇数场同步信号到来时启动采样.首先在奇数场的行有效信号时对像素时钟进行计数,每行计数范围可根据图像大小确定.当一行有效信号计数完毕之后等待下一行有效信号,直到一场采集完毕.整个逻辑控制模块仿真结果如图2所示. 2.1.3 D S P及其控制电路本系统共有1.2V,2.5V和3.3V3套电源,分别作为D S P核电源㊁F P G A核电源㊁D S P和F P G A的I/O电源及系统中其他芯片的供电电源.基于线性电源使用方便㊁芯片所需外围电路少㊁输出电流大㊁价格便宜等特点,本系统选用807北京航空航天大学学报2008年L i n e a r 公司的L D O 线性电源芯片L T 1585A C T -3.3,L T 1963A E Q -2.5和L T 1764A E Q 来实现系统的电源需求,并通过M a x i m 公司的电源监控芯图2 逻辑控制模块仿真结果片MA X 6719U T T G D 3对3套电源同时进行监控.本系统采用25MH z 的晶振作为时钟输入源,通过P L L 的倍频和分频,为D S P 系统时钟提供200MH z 的频率,为E M I F 提供100MH z 的频率.D S P 通过其内部的E M I F 与S R AM ,S D R AM 和F L A S H 存储器进行接口,S R AM ,S D R AM 和F L A S H 存储器共享E M I F 的数据线和地址线(根据存储空间大小的不同使用不同数目的地址线),通过片选信号线#C E [3:0]决定访问哪个器件的存储空间.其中,F L A S H 存储器作为D S P 程序引导使用,必须位于E M I F 的#C E 1空间;S R AM 和S D R AM 分别位于E M I F 的#C E 0和#C E 2空间.2.2 系统软件设计完善的软件设计是发挥硬件资源潜能,最终达到系统指标不可或缺的必要条件.C 6000系列D S P 的开发环境C C S 6000所带的C /C++编译器较之其他系列D S P 的相应编译器无论是在编译效率㊁代码优化方面都有很大提高[4].同时C 6000系列D S P 高速处理能力及其出色的对外接口能力,使其在大运算量㊁复杂软件处理情况下还能保持良好的实时性.基于上述特点,本系统的初始化程序㊁软件处理算法㊁中断程序㊁D S P 引导程序等均可以采用C 语言实现.系统工作流程图如图3所示.整个系统软件按功能模块可分为系统初始化程序㊁中断服务程序㊁图像处理算法㊁D S P 程序引导加载等模块.系统上电后先进行初始化,D S P 通过16位并行引导方式从外部F L A S H 中将程序引导入片内程序存储器,并开始运行程序.利用D S P 的I 2C 总线接口模块,将控制字写入视频解码芯片的寄存器,设置其工作模式.D S P 发送开始采样指令,F P G A利用视频解码芯片的相关信号对行㊁列进行计数,送出符合要求分辨率的图像信号,并分配地址存储在S R AM 中,当一帧图像采集完毕后,F P G A产生外部中断信号触发E D MA 操作,将存储于S R AM 中的图像数据拷贝至S D R AM 等待D S P处理,写完一帧图像后发中断信号通知D S P 读取,D S P 执行中断服务程序从S D R AM 中将一帧图像读入,根据图像处理算法进行相应的处理,处理结果通过主机接口输出到主机.图3 系统工作流程图细胞学研究需要很长时间的连续观测,相应图像数据量极大,为降低对数据传输带宽及存储器容量的要求,可对图像数据进行适当压缩.由于细胞生长过程较缓慢,问题可简化为静态图像的压缩,系统采用J P E G 压缩算法[5].J P E G 算法是一种有损压缩算法,处理的彩色图像是单独的彩色分量图像.因此,系统采用分量编码,即以Y U V 信号作为编码对象,其中Y 为亮度,而U 和V 是2个色差信号.J P E G 压缩编码算法框图907 第6期 樊尚春等:基于D S P 和F P G A 技术的细胞图像采集系统设计如图4所示.图中的输入端为源图像数据,分成8ˑ8像素方块数据后才能输入正向离散余弦变换(F D C T).量化器所需要的专用数据表由下方输入,熵编码器所需要的专用数据表也由下方输入.量化器所需要输出的压缩图像数据可以寄存,也可以直接送到解码器中.图4J P E G压缩编码算法框图3实验结果为了验证该细胞图像采集系统的功能,将其连接到奥林巴斯C K X-41倒置相差显微镜,在400倍放大倍数下,采集到的正常大鼠脾组织切片原始图像和压缩图像,如图5,压缩比为26.2,峰值信噪比为35.7.一般来说,峰值信噪比值大于30表明与原始图像的失真在可接受的范围内[6].不同质量系数下的实验结果见表1,实验结果表明,该系统可以实现对细胞图像的采集和压缩.a 原始图像b压缩图像图5大鼠脾组织切片图像表1不同质量系数下的实验结果质量系数峰值信噪比压缩比6534.231.27535.726.28536.618.39537.99.04结论本文所设计的细胞图像采集系统功能集成,结构简单,编程灵活,能够实现对大量细胞进行长期观测记录的图像采集,以及后期图像数据处理的功能.系统的特点可以概括如下:1)标准的N T S C/P A L制式的彩色/黑白复合视频信号输入,可编程调节视频信号的色度㊁亮度㊁饱和度和对比度等参数;2)采用D S P作为主要处理器,F P G A作为采集控制器,在实现复杂的系统功能的同时又使板级调试与系统功能升级变得方便;3)图像采集独立进行,D S P除了对采集模式进行设定外,不参与采集过程,节省了D S P的宝贵时间,实时性好;4)采用J P E G压缩算法,可以降低对数据传输带宽和存储器容量的要求,提高传输速率.参考文献(R e f e r e n c e s)[1]B r a n s k y A,K o r i n N,N e m i r o v s k iY,e t a l.A na u t o m a t e dc e l l a n a l y s i s s e n s i n g s y s t e mb a s ed o n am i c r o f a b r i c a te d r h e o-s c o p e f o r t h e s t u d y o f r e db l o o d c e l l s p h y s i o l o g y[J].B i o s e n-s o r s a n dB i o e l e c t o r n i c s,2006,22(2):165-169[2]S c h a e f e rA W,R e y n o l d s J J,M a r k sD L,e t a l.R e a l-t i m ed i g i t a l s i g n a l p r o ce s s i n g-b a s e do p t i c a l c o h e r e n c e t o m o g r a p h ya n dD o p p l e r o p t i c a l c o h e r e n c e t o m o g r a p h y[J].I E E E T r a n sB i o m e d i c a l E n g i n e e r i n g,2004,51(1):186-190[3]T i m a rG,R e k e c z k y C.Ar e a l-t i m em u l t i t a r g e t t r a c k i n g s y s-t e m w i t h r o b u s t m u l t i c h a n n e l C N N-UM a l g o r i t h m s[J].I E E ET r a n s C i r c u i t s a n d S y s t 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