第三讲：Uniprot蛋白数据库及其他蛋白质分析工具

uniprot全球蛋白资源数据库UniProt 收藏UniProt 是一个集中收录蛋白质资源并能与其它资源相互联系的数据库，也是目前为止收录蛋白质序列目录最广泛、功能注释最全面的一个数据库。

UniProt 是由欧洲生物信息学研究所（European Bioinformatics Institute）、美国蛋白质信息资源（Prontein Information Resource）以及瑞士生物信息研究所（Swiss Institute of Bioinformatics）等机构共同组成的UniProt协会（UniProt Consortium）编辑、制作的一个信息资源，旨在为从事现代生物研究的科研人员提供一个有关蛋白质序列及其相关功能方面的广泛的、高质量的并可免费使用的共享数据库。

UniProt 是一个向所有使用者免费开放的数据库，全球科研人员都可以登陆网站/doc/3d6064972.html, 浏览并下载这些资料。

借助它，科研人员可以对目的蛋白进行交互式分析或特定的分析。

1 UniProt数据库的构成UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。

1.1 UniProt知识库（UniProtKB）UniProt 知识库是一个专家级的数据库，它可以通过与其它资源进行交互查找的方式为用户提供一个有关目的蛋白质的全面的综合信息。

UniProtKB包括两个组成部分：UniProtKB/Swiss-Prot与UniProtKB/TrEMBL。

1.1.1 UniProtKB/Swiss-ProtUniProtKB/Swiss-Prot 主要收录人工注释的序列及其相关文献信息和经过计算机辅助分析的序列。

这些注释都是由专业的生物学家给出的，准确性无需置疑。

UniProt数据库一、UniProt数据库简介蛋白质组常用数据库——UniProt数据库，是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。

它由Swiss-Prot、TrEMBL 和PIR-PSD三大数据库的数据整合而成，数据主要来自于基因组测序项目完成后，后续获得的蛋白质序列，并包含了大量来自文献的蛋白质生物功能的信息。

一般蛋白质组搜库首选数据库也是UniProt，所以对于通过UniProt库搜库的组学数据，可以在此网站中进行蛋白功能查询。

UniProt数据库可以提供的信息包括蛋白功能描述、GO条目、细胞定位、组织特异性表达情况、生理病理情况描述、互作蛋白、Domain、翻译后修饰位点等信息。

蛋白的信息描述段落均会标出引用文章，并且可以跳转到PubMed界面进行浏览。

UniProt 数据库由UniProt 知识库（UniProtKB ）、UniProt 档案（UniParc ）、UniProt 参考资料库（UniRef）以及UniProt元基因组学与环境微生物序列数据库（UniMES）构成。

UniProtKB全称 UniProt Knowledgebase（UniProt知识库）它是经过专家校验的数据集，主要由两部分组成：UniProtKB/Swiss-Prot (包含检查过的、手工注释的条目) 和 UniProtKB/TrEMBL (包含未校验的、自动注释的条目)。

Swiss-Prot 数据库特点高质量的、手工注释的、非冗余的数据集；主要来自文献中的研究成果和E-value校验过计算分析结果。

有质量保证的数据才被加入该数据库！TrEMBL数据集包含高质量的计算分析结果，一般都在自动注释中富集，主要应对基因组项目获得的大量数据流以人工校验在时间上和人力上的不足。

它能注释所有可用的蛋白序列。

在三大核酸数据库（EMBL-Bank/GenBank/DDBJ）中注释的编码序列都被自动翻译并加入该数据库中。

它也有来自PDB数据库的序列，以及Ensembl、Refeq和CCDS基因预测的序列。

uniprot蛋白分区摘要：1.引言2.UniProt 简介3.蛋白分区的概念和意义4.蛋白分区的划分方法5.蛋白分区的应用6.结论正文：【引言】蛋白质是生命活动中不可或缺的重要组成部分，它们在细胞中承担着各种生物学功能。

随着生物科学研究的深入，对蛋白质的研究也愈发广泛。

在这方面，UniProt 数据库为科学家们提供了极大的帮助。

本文将介绍UniProt 蛋白分区的相关知识。

【UniProt 简介】UniProt（Universal Protein Resource）是一个蛋白质信息数据库，它旨在为科研人员提供关于蛋白质的详尽信息。

UniProt 收录了全球范围内的蛋白质序列和功能注释数据，并进行整合、分类和管理。

它由三个部分组成：Swiss-Prot、TrEMBL 和RefSeq。

【蛋白分区的概念和意义】蛋白分区是指根据蛋白质的功能、结构和序列特征，将蛋白质划分为不同的类别。

这样的分类方法有助于研究者快速了解蛋白质的基本属性，从而更有效地进行蛋白质功能研究和药物设计。

【蛋白分区的划分方法】UniProt 蛋白分区主要依据蛋白质的功能、结构和序列特征进行划分。

具体来说，这些分区包括：1.功能分类：根据蛋白质的功能进行分类，如酶、转运蛋白、结构蛋白等。

2.结构分类：根据蛋白质的三维结构进行分类，如α/β结构、β桶结构等。

3.序列分类：根据蛋白质的氨基酸序列特征进行分类，如富含脯氨酸的蛋白质、富含酸性氨基酸的蛋白质等。

【蛋白分区的应用】UniProt 蛋白分区在生物科学研究中有着广泛的应用，包括：1.蛋白质功能研究：通过分析蛋白质分区，研究者可以推测蛋白质的功能，从而进行深入研究。

2.药物设计：根据蛋白质分区，研究者可以筛选具有特定功能的蛋白质靶点，进而进行药物设计。

3.基因组学研究：蛋白质分区有助于研究者了解基因组中各基因的表达模式和功能。

【结论】UniProt 蛋白分区为研究者提供了一个高效、实用的蛋白质分类体系。

第三讲Uniprot蛋白数据库及其他蛋白质分析工具2013/03/19Uniprot数据库•Uniprot（Universal protein resource)是蛋白质序列的联合数据库。

–SIB: Swiss Institute of Bioinformatics–EBI: European Bioinformatics Institute–PIR: Protein Information Resource–2002年三家联合形成了UniprotSwiss‐Prot•1986年建立•低冗余度•功能导向•由Swiss Institute of Bioinformatics 和EBI共同建立并维护TrEMBL •TrEMBL=Translation from EMBL •EBI建立并维护•是一个自动数据库•冗余度高，可信度低UniprotKB•部分经过专家注释的数据库•具有很高的可信度•包括两部分UniprotKB/Swiss‐Prot和UniprotKB/TrEMBL•UniprotKB/Swiss‐Prot包括539,165条序列•UniprotKB/TrEMBL包括29,769,971 条序列•具有非冗余性Uniparc•非冗余性•给予序列的特异性，非同一物种的相同序列被认为是同一个蛋白质•每一条序列被給予一个特异的编号Uniparc•INSDC EMBL‐Bank/DDBJ/GenBank nucleotide sequence databases•Ensembl•European Patent Office (EPO)•FlyBase•H‐Invitational Database (H‐Inv)•International Protein Index (IPI)•Japan Patent Office (JPO)•Protein Information Resource (PIR‐PSD)•Protein Data Bank (PDB)•Protein Research Foundation (PRF) RefSeq•Saccharomyces Genome Database (SGD)•The Arabidopsis Information Resource (TAIR)•TROME•US Patent Office (USPTO)•UniProtKB/Swiss‐Prot, UniProtKB/Swiss‐Prot protein isoforms, UniProtKB/TrEMBL •Vertebrate and Genome Annotation Database (VEGA)•WormBaseUniRef•包括UniRef100，UniRef90和UniRef50•分别包括了相似度为100%，90%和50%的序列的总和UniMES•UniMES是metagenomics和环境生物学的序列数据库•其中的数据可能是未知的•UniMES提供UniRef类似的聚类功能Uniprot的应用•在质谱领域有广泛的应用–因为其序列的非冗余性–举例：质谱分析–举例：Pyruvate: ferredoxin oxidoreductasesubunit alpha from Pyrococcus furiosus蛋白质的结构域‐‐二级库• 根据序列比对的策略不同存在较多的蛋白质序 列二级库，比如ProSite,PRINT, ProDom, Pfam,  Gene3D,PANTHER, PIRSF,Tigrfams等等 • 目前诸多蛋白质序列二级库已经被整合到 Interpro数据库中 • 利用Interpro可以查找并鉴定蛋白质的结构 域，可能的功能基团以及预测其生理功能等 • 举例：查询actin‐like protein，找到其三维结构 和功能 • 举例：查询4Fe‐4S cluster binding site蛋白质序列分析‐interproscan蛋白质的保守结构域• 举例：利用interpro分析gene symbol为 MA0658的蛋白质，并预测它可能结合什么 cofactorpI和分子量的预测• /compute_pi/• 举例：预测大肠杆菌中WrbA的pI和分子量对信号肽的预测• SignalP 4.0 • http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ • 利用神经网络和HMM模型预测信号肽 • VKLIMFLLMVPLFSYLAAASLRVLSPNPASCDSPEL GYQCNSETTHTWGQYSPFFSVPSEISPSVPEGCR对膜蛋白和跨膜区域的预测• 一般来说是一个20AA长的alpha helix • TMpred • /software/TMPRED_f orm.html • TMHMM • http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ • msyntslgls enivaalcyp vgwlsglffl llerknkfvr fhamqsvllf mpialfiflv awiptigwfi adgagmtaml lilipmymaf rgskfkipii gniaynfayg eExPASy• SIB运作的一个蛋白质专业网站蛋白质结构和功能的分析与预测Blast寻找相似 蛋白功能 利用Uniprot 分析结构域 分析蛋白质 的位置 利用Interpro 分析结构域 分析蛋白质 的MW和pI 已知序列 阅读相似蛋 白的文献提出蛋白质 功能的假说已知名称寻找序列。

uniprot蛋白定位概述及解释说明1. 引言1.1 概述蛋白质是生物体中具有重要功能的分子，其定位在细胞内发挥着至关重要的作用。

Uniprot蛋白定位是一种通过收集和整理蛋白质定位相关信息的数据库，为研究者提供了丰富的数据资源和工具，帮助他们深入了解蛋白质在细胞中的位置和功能。

1.2 文章结构本文将以Uniprot蛋白定位为主题，对其概念、应用以及相关信息来源和分类方法进行介绍。

随后，将详细探讨Uniprot数据库中关于蛋白定位的解释说明内容。

最后，给出文章总结并列举参考文献。

1.3 目的本文旨在向读者介绍Uniprot蛋白定位相关知识，并阐明其在生物学研究领域中的重要性和应用价值。

通过阅读本文，读者可以了解到不同细胞器、组织及亚细胞水平上如何对蛋白质进行准确地定位，以及相应的实验技术和方法。

以上所述是“1. 引言”部分内容，请按照这个思路进行详细的撰写。

2. Uniprot蛋白定位概述2.1 Uniprot数据库简介Uniprot是一个综合性的蛋白质序列和功能信息数据库，为科学家提供了全球最大、最全面的蛋白质数据资源。

Uniprot数据库包含了大量已知和预测的蛋白质序列及其相关信息，其中就包括了蛋白质的定位信息。

Uniprot通过整合来自各种来源的实验数据和基因组学研究数据，提供了关于蛋白质定位的重要信息。

2.2 蛋白定位的重要性和应用在细胞中，不同的蛋白质定位在维持正常生理功能中发挥着至关重要的作用。

准确了解蛋白质的定位信息对于揭示其生物学功能、疾病机制以及药物研发具有重要意义。

因此，蛋白质定位是现代生物学研究领域中一个非常活跃且备受关注的方向。

2.3 Uniprot中蛋白定位信息的来源和分类方法Uniprot数据库中关于蛋白定位信息主要来源于实验研究和预测算法。

实验技术如质谱分析、免疫组织化学染色和显微镜技术等可以直接观察或间接鉴定蛋白质的定位。

预测算法可以根据蛋白质的氨基酸序列特征和机器学习方法进行推断。

uniprot蛋白分区摘要：一、前言二、UniProt蛋白数据库介绍三、UniProt蛋白分区概述1.蛋白质结构域2.功能域3.蛋白质家族域四、UniProt蛋白分区的应用1.蛋白质结构预测2.蛋白质功能预测3.蛋白质保守性分析五、结论正文：一、前言蛋白质是生命体系中功能最为多样的大分子，对于生物体的生长、发育、繁殖等过程起着至关重要的作用。

UniProt数据库作为目前最为全面的蛋白质信息资源库，提供了大量关于蛋白质的注释信息。

在这些注释信息中，蛋白分区是一个重要的组成部分，对于研究蛋白质的结构与功能有着重要的意义。

本文将对UniProt蛋白分区进行概述和分析，并探讨其在蛋白质结构预测、功能预测以及保守性分析等方面的应用。

二、UniProt蛋白数据库介绍UniProt是一个综合性的蛋白质信息数据库，它包含了来自多个物种的蛋白质序列、功能注释、保守性等信息。

UniProt数据库的建立旨在为生物学家、研究人员提供一个全面、准确、易于使用的蛋白质信息平台，以促进蛋白质科学的发展。

三、UniProt蛋白分区概述蛋白分区是根据蛋白质序列特征将蛋白质划分为不同结构域和功能域的过程。

UniProt蛋白分区主要包括以下三个方面：1.蛋白质结构域蛋白质结构域是指在蛋白质序列中具有一定功能的连续氨基酸残基。

结构域是蛋白质的三维结构中相对独立的部分，通常具有特定的功能和结构特征。

UniProt蛋白分区通过将蛋白质序列划分为结构域，有助于研究蛋白质的结构与功能关系。

2.功能域功能域是指在蛋白质序列中具有一定功能的连续氨基酸残基，通常与蛋白质的结构域不重叠。

功能域主要关注蛋白质的功能，而不关注其结构。

UniProt蛋白分区通过将蛋白质序列划分为功能域，有助于研究蛋白质的功能和结构域之间的关系。

3.蛋白质家族域蛋白质家族域是指在蛋白质序列中具有一定相似性和功能的连续氨基酸残基，通常来源于蛋白质家族成员之间的共享序列。

蛋白质家族域有助于研究蛋白质序列的保守性和进化关系，从而揭示蛋白质功能的起源和进化过程。

uniprot使用方法一、什么是UniProt？UniProt（Universal Protein Resource）是一个全球性的蛋白质数据库，致力于提供蛋白质序列、结构、功能和概述相关信息的公共资源。

UniProt 由三个组件组成：UniProtKB、UniRef和UniParc。

其中，UniProtKB是最主要的组件，它包含了三个子数据库：Swiss-Prot、TrEMBL和PROSITE。

1. Swiss-Prot：Swiss-Prot是一个经过人工注释和校正的蛋白质序列数据库，提供了详细的蛋白质功能和注释信息。

2. TrEMBL：TrEMBL是一个基于计算的蛋白质序列数据库，它包含了从未经过详细注释的Swiss-Prot数据集中的序列。

这些序列待进一步注释和校正后会被转移到Swiss-Prot数据库中。

3. PROSITE：PROSITE是一个用于识别蛋白质序列中保守结构域和模体的数据库。

它提供了一系列的蛋白质域和模体的特征模式和描述。

UniRef是一个聚类蛋白质序列数据库，用于提高蛋白质注释效率，减少重复注释。

UniParc是一个蛋白质数据库，用于记录已知和未知蛋白质序列的标识符。

二、使用UniProt的步骤使用UniProt数据库可以帮助研究者快速获取蛋白质信息，查找已知蛋白质、发现新的蛋白质序列和结构等。

以下是使用UniProt的步骤：1. 访问UniProt官方网站，地址为2. 在搜索框中输入要查询的蛋白质名称、序列或标识符等关键词，并选择搜索类型。

3. 点击“搜索”按钮进行搜索。

4. UniProt将会显示与搜索关键词相关的蛋白质信息列表。

用户可以根据需求筛选蛋白质数据库（如Swiss-Prot或TrEMBL）或其他过滤条件，以缩小搜索范围。

5. 点击感兴趣的蛋白质条目，将显示该蛋白质的详细信息页面。

用户可以阅读蛋白质的注释信息、功能描述、序列特征、结构域、文献引用等内容。

6. 若需要进一步了解蛋白质的结构、亚细胞定位等信息，用户可以点击相关链接或标签，以跳转到其他相关数据库或工具。

蛋⽩质数据库
⼀、蛋⽩质数据库
》序列数据库：Uniprot (蛋⽩质序列和具有综合功能注释⽬录的中⼼资源库)
PIR （提供蛋⽩质序列数据和分析⼯具）
》结构数据库：PDB （实验测定的⽣物⼤分⼦三维结构）
MMDB
》模体及结构域数据库：PROSITE (蛋⽩质序列功能位点数据库)
Pfom (使⽤基于隐马模型的多序列⽐对对蛋⽩质进⾏家族分类) 》蛋⽩质分类数据库：SCOP （提供已知结构蛋⽩质间的结构和进化关系信息）
CAHT
HSSP
DSSP
⼆、蛋⽩质组数据库
》SWEISS PROT 2DE PAGE / neXtProt / PaxDb / PeptideAtlas / PRIDE
涉及不同⽣物、不同器官、组织、细胞的蛋⽩质图谱数据
三、蛋⽩质互作组数据库
》HPRD / DIP / INTERACT
四、综合型数据库
》ExPASy。

uniprot数据库的主要内容UniProt数据库是目前最大的蛋白质数据库，其中收录了来自世界各地的蛋白质数据。

该数据库涵盖了细菌、植物、真核生物和其他生物的蛋白质数据，并于1985年启动，现有超过160多个国家参与数据提供和收集。

本文将详细讨论UniProt数据库的主要内容。

UniProt数据库所收录的蛋白质数据可以归类为两部分：UniProtKB和UniParc。

其中，UniProtKB是一个包含了比较强的序列验证的数据库，其中收录了来自于NCBI、EMBL、DDBJ等各种蛋白质数据。

UniParc是一个精确的蛋白质序列库，其中收录了来自于UniProtKB以外的其他蛋白质数据，这些数据来自于其他基因组学和蛋白质组学项目，以及其他相关shiye。

UniProt数据库不仅提供了蛋白质序列数据，而且还提供了其他相关的信息，如附加的描述性的概述，以及特定的功能。

这些特定的功能包括：蛋白质的位置、保守度、亚结构、亚细胞定位等等。

此外，UniProt数据库还提供了许多其他的有用的信息，如蛋白质的活动、疾病关联、反应谱等。

此外，UniProt数据库对蛋白质数据进行了分类，分为各种不同的蛋白质家族、子家族、簇和单元。

这种特殊的分类方案让用户可以更加容易地查找某个特定的蛋白质信息。

除此之外，UniProt数据库还提供了一些额外的功能，比如数据可视化、数据分析、序列比对等，这些服务对于研究蛋白质不可或缺。

UniProt数据库同时也提供了一些关于蛋白质结构的有用的信息，比如蛋白质的结构和特性，以及蛋白质分子的三维结构等。

总而言之，UniProt数据库收录了来自许多来源的蛋白质数据，并提供了大量的附加功能，如数据可视化、数据分析、序列比对等。

UniProt数据库涵盖了细菌、植物、真核生物和其他生物的蛋白质信息，可以帮助生物学家们针对各种蛋白质相关的问题进行更有效的研究。

蛋白质组学研究中常用的网站和数据库蛋白质, 数据库, 研究本帖引用网址：/thread-35586-1-1.html一、蛋白质数据库1.UniProt (The Universal Protein Resource) 网址：//uniprot/简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供详细的蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等，同时提供其他数据库，包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。

2.PIR(Protein Information Resource) 网址：/简介：致力于提供及时的、高质量、最广泛的注释，其下的数据库有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用。

3.BRENDA(enzyme database) 网址：简介：酶数据库，提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据。

4.CORUM(collection of experimentally verifiedmammalian protein complexes) 网址：http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html简介：哺乳动物蛋白复合物数据库，提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等5.CyBase(cyclic protein database) 网址：.au/cybase简介：环状蛋白数据库，提供环状蛋白的序列、结构等数据，提供环化蛋白预测服务。

6.DB-PABP 网址：/DB_PABP/简介：聚阴离子结合蛋白数据库。

Nucleic Acids Research, 2004, Vol. 32, Database issue D115-D119© 2004 Oxford University PressUniProt：蛋白质的全信息数据库摘要为了给科学界提供一个专门，集中，权威的蛋白质序列和功能的信息资源，瑞士－Prot，TrEMBL 和PIR蛋白质数据库已经合作组成了蛋白质的全信息数据库 (UniProt)。

我们的目的是用广泛的对照和询问接口来提供一个全面的，分类完全的，丰富并且准确的蛋白质序列信息。

中心数据库将有两个部分：符合熟悉的瑞士－Prot(完全手工操作入口)和TrEMBL(使用丰富的自动化的分类，注释和广泛的对照)。

为方便序列查寻，UniProt也提供几个无冗余的序列数据库。

UniProt NREF(UniRef)数据库为高效率的搜寻提供适当的蛋白质的全信息数据库的代表性的子集。

全面的UniProt 档案(UniParc)每天从很多公共来源数据库更新。

数据库那些UniProt接口可在线访问()或者以几个形式下载(ftp：///pub)。

我们鼓励科学界人士向UniProt 提供数据。

介绍近来，瑞士-Prot + TrEMBL和PIR-PSD如同蛋白质数据库不同的序列信息覆盖面和注释优势共存。

2002年，在生物信息科学(SIB)的瑞士研究所和欧洲生物信息科学研究所的瑞士-Prot + TrEMBL 组 (EBI)和蛋白质信息资源(PIR)组织在乔治敦大学医学中心和国家生物医学的研究基金会联合协作。

新联合的组织的主要任务是通过建立一个综合，详细分类，丰富并且准确注释蛋白质序列的优质的数据库和广泛序列对比和询问服务的到科学团体免费接口—knowledgebase来支持生物学的研究。

UniProt 将在组织成员多年合作的坚实基础上建立起来。

UniProt 数据库包括3 个数据库层：1、UniProt 档案(UniParc)，通过储存全部可公开得到的蛋白质序列数据供一个稳定，综合，无冗余的序列收集。

Nucleic Acids Research, 2004, Vol. 32, Database issue D115-D119© 2004 Oxford University PressUniProt：蛋白质的全信息数据库摘要为了给科学界提供一个专门，集中，权威的蛋白质序列和功能的信息资源，瑞士－Prot，TrEMBL 和PIR蛋白质数据库已经合作组成了蛋白质的全信息数据库 (UniProt)。

我们的目的是用广泛的对照和询问接口来提供一个全面的，分类完全的，丰富并且准确的蛋白质序列信息。

中心数据库将有两个部分：符合熟悉的瑞士－Prot(完全手工操作入口)和TrEMBL(使用丰富的自动化的分类，注释和广泛的对照)。

为方便序列查寻，UniProt也提供几个无冗余的序列数据库。

UniProt NREF(UniRef)数据库为高效率的搜寻提供适当的蛋白质的全信息数据库的代表性的子集。

全面的UniProt 档案(UniParc)每天从很多公共来源数据库更新。

数据库那些UniProt接口可在线访问()或者以几个形式下载(ftp：///pub)。

我们鼓励科学界人士向UniProt 提供数据。

介绍近来，瑞士-Prot + TrEMBL和PIR-PSD如同蛋白质数据库不同的序列信息覆盖面和注释优势共存。

2002年，在生物信息科学(SIB)的瑞士研究所和欧洲生物信息科学研究所的瑞士-Prot + TrEMBL 组 (EBI)和蛋白质信息资源(PIR)组织在乔治敦大学医学中心和国家生物医学的研究基金会联合协作。

新联合的组织的主要任务是通过建立一个综合，详细分类，丰富并且准确注释蛋白质序列的优质的数据库和广泛序列对比和询问服务的到科学团体免费接口—knowledgebase来支持生物学的研究。

UniProt 将在组织成员多年合作的坚实基础上建立起来。

UniProt 数据库包括3 个数据库层：1、UniProt 档案(UniParc)，通过储存全部可公开得到的蛋白质序列数据供一个稳定，综合，无冗余的序列收集。

uniprot查属种的蛋白数目方法在生物学研究中，了解特定属种的蛋白质数量是很重要的。

Uniprot是一个广泛使用的蛋白质数据库，提供了大量关于蛋白质的信息。

下面将介绍使用Uniprot查找特定属种的蛋白质数量的方法。

首先，打开Uniprot网站，并点击页面顶部的"搜索"选项卡。

在搜索框内输入你想要查找的属种名称，例如"人类"。

在下拉菜单中选择"Organism"作为搜索字段。

按下"搜索"按钮后，Uniprot将会显示与该属种相关的蛋白质信息列表。

在此列表中，你可以获得关于每种蛋白质的详细信息，包括蛋白质名称、序列、功能等。

要获取该属种的蛋白数目，可以在页面顶部的搜索结果摘要中查找包含"Reviewed (Swiss-Prot)"或"Unreviewed (TrEMBL)"标签的条目。

这些标签表示经过评审的蛋白质（Reviewed）或未经评审的蛋白质（Unreviewed）。

计算蛋白数目时，只需注意这些评审状态并统计相应标签下的条目数即可。

可以使用浏览器的查找功能（通常是按下键盘上的"Ctrl+F"键）来找到包含这些标签的条目数。

总结来说，使用Uniprot查找特定属种的蛋白数目方法为：在Uniprot网站上搜索该属种名称并选择"Organism"作为搜索字段，找到评审状态为"Reviewed"和"Unreviewed"的蛋白质条目，并统计它们的数量。

这样，你就能获取特定属种的蛋白数目信息了。

蛋白质常用数据库|一文看懂！蛋白质数据库是指专门存储蛋白质相关信息的数据库。

它们收集、整理和存储大量的蛋白质数据，包括蛋白质序列、结构、功能、互作关系、表达模式、疾病关联等信息。

蛋白质数据库提供了对这些数据的检索、查询和分析功能，为科学研究人员、生物信息学家和药物研发人员等提供了重要的资源。

蛋白质数据库的内容通常来自于实验室实际测定的蛋白质数据，如蛋白质序列测定、结晶学、核磁共振、质谱等技术获得的数据。

这些数据经过验证和标准化后，被整合到数据库中，使研究者能够方便地访问和利用这些数据进行各种研究工作。

下面是笔者总结的常用蛋白质数据库及网址，供大家参考。

⓪BioXFinder：BioXFinder是国内第一个也是唯一一个生物数据库：收录50多万条高质量的、整合多个来源数据，手工注释的非冗余的蛋白质信息，包含蛋白质的基本信息、序列、序列特征、功能、名称和谱系、亚细胞定位、疾病与变异、翻译后修饰、表达、相互作用等信息。

蛋白结构库：收录19多万条经过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质结构数据。

包括蛋白3D结构、基本信息、实验数据、参考文献等。

①UniProt：UniProt是一个综合性的蛋白质数据库，提供了大量蛋白质的序列、结构、功能、互作关系和注释信息。

它整合了多个来源的数据，包括Swiss-Prot、TrEMBL和PIR数据库。

②Protein Data Bank (PDB)：PDB是存储蛋白质和其他生物大分子结构的数据库。

它提供了实验确定的蛋白质结构的三维坐标数据，可用于结构生物学研究、药物设计和分子模拟等领域。

③NCBI Protein：NCBI Protein是美国国家生物技术信息中心（NCBI）提供的蛋白质数据库，包含了大量的蛋白质序列数据，可以进行蛋白质的基本信息查询和比对分析。

④Ensembl：Ensembl是一个综合性的基因组注释数据库，包含了多个物种的基因组序列、基因结构、转录本和蛋白质信息。

Uniprot数据库-最常⽤的蛋⽩质数据库
Uniprot 数据库是收录信息最全⾯的蛋⽩质数据库，包含swissport, uniparc, TrEMBL 3个⼦数据库；
其中swiss-prot 是⼿⼯核对过的，⾮冗余，有详细注释信息的蛋⽩数据库，也是最常⽤的数据库；
该数据库收录了不同物种的蛋⽩信息，以⼈类为例，
数据库中可以看到如下的信息：
对于研究蛋⽩质的功能⽽⾔，其对应的GO注释信息时我们最关注的，以human的 Q8NHS2 蛋⽩为例，其对应的GO注释为可以看到其对应的所有GO注释信息，包括对应的GO ID， GO的描述信息，以及分类
通过uniprot 数据库，我们可以知道编码蛋⽩的基因，对应的蛋⽩名称，序列，以及GO注释。

uniprot数据库的主要内容UniProt数据库是世界上最大的蛋白质数据库，它是由世界著名的蛋白质信息学会联合维护的，是生物信息学家和生物药学研究者在研究蛋白质活性方面的一个重要数据库。

它涵盖了基因组、转录组、蛋白质组等多方面的知识，提供了蛋白质的基本结构组成、功能活性、交互作用等方面的声明与数据库的查询服务。

UniProt数据库包括4个不同的模块：UniProtKB、UniParc、UniRef和UniMes，每个模块都具有独特的功能。

UniProtKB模块是最大的，它是一个蛋白质的全面数据库，包括蛋白质的基本结构、功能活性、交互作用以及疾病相关基因等，可以提供蛋白质的参考标准信息。

UniParc模块是数据库中蛋白质序列的记录模块，其主要功能是记录蛋白质序列，方便他人引用。

UniRef模块主要是提供蛋白质优化等功能，它可以帮助研究者进行结构性分析和比较，以提高蛋白质结构的理解能力。

最后，UniMes模块收集来自多个信息源的全球蛋白质实验数据，以及关于蛋白质的结构和功能的文献。

UniProt数据库一直在持续更新，它有助于研究者和生物学家获取最新的蛋白质知识和信息，以帮助他们开发新的药物和技术。

UniProt数据库的准确性和可靠性非常高，在很多生物学和医学领域，都被广泛使用。

此外，UniProt还与多家生物信息服务公司合作，提供深入的生物学应用支持，以帮助研究者更好地利用UniProt数据库中的信息。

总之，UniProt数据库是一个详尽且全面的蛋白质数据库，具有精准的数据查询服务，能够帮助生物学家和药学研究者更有效地研究和开发蛋白质的功能活性。

UniProt数据库也是一个交互友好的社区，可以使用户更好地了解数据库中的信息以及使用数据库中的数据进行研究。