SNP检测技术

特点：由于该方法简单快速，因而被广泛运用于未知基因 突变的检测。这种方法的弊端在于不能确定突变类型和具 体位置。
变性梯度凝胶电泳（DGGE）
原理：是利用长度相同的双链DNA片段解链温度不同 的原理，通过梯度变性胶将DNA片段分开的电泳技术。 电泳开始时，DNA在胶中的迁移速率仅与分子大小 有关，而一旦DNA泳动到某一点时，即到达该DNA变 性浓度位置时，使得DNA双链开始分开，从而大大降 低了迁移速率。当迁移阻力与电场力平衡时，DNA片 段在凝胶中基本停止迁移。由于不同的DNA片段的碱 基组成有差异，使得其变性条件产生差异，从而在凝胶 上形成不同的条带。
特点：使用高效液相色谱检测SNPs具有检测效率高，便于自 动 化 的 优 点 ， 对 未 知 SNPs 的 准 确 率 可 达 95% 以 上 。 但 DHPLC检测对所用试剂和环境要求较高，容易产生误差， 不能检测出纯合突变。
阅微基因提供的SNP检测方法
基于荧光定量PCR平台的TaqMan探针法； 基于ABI遗传分析仪平台的SnapShot法； 基于Sequenom质谱仪平台的MassArray法
它包括单碱基的转换，颠换、 插入及缺失等形式。
SNP在基因组内的形式:
一是遍布于基因组的大量单碱基变异； 二是分布在基因编码区(coding region) ，称其 为cSNP，属功能性突变。
SNP在单个基因或整个基因组的分布是不均匀的： （1）非转录序列要多于转录序列； （2）在转录区非同义突变的频率，比其他方式突变的频率
SnapShot法
该技术由美国应用生物公司(ABI)开发，基于荧光标记 单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，主要针对中等 通量的SNP分型项目。
在一个含有测序酶，四种荧光标记的ddNTP，紧挨多 态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体 系中，引物延伸一个碱基即终止，经ABI测序仪电泳后， 根据峰的颜色可知掺入的碱基种类，从而确定该样本的基 因型，根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位 点。

SNP检测原理和应用SNP（单核苷酸多态性）是指在基因组中存在的单个核苷酸变异，也是造成个体之间遗传差异的主要形式之一、SNP检测原理是通过不同的技术手段检测基因组的SNP位点，并将不同个体之间的SNP变异与疾病、药物反应等进行关联分析，从而用于研究和预测人类复杂疾病的发生机制和个体化治疗。

SNP检测的主要技术包括基于凝胶电泳的限制片段长度多态性（RFLP）、聚合酶链反应（PCR）扩增测序、DNA芯片技术和基因测序等。

其中，RFLP是早期应用最广的技术，主要通过特定限制酶酶切目标DNA片段，然后通过凝胶电泳分离DNA片段，根据不同基因型的片段长度差异进行分型和分析。

PCR扩增测序技术则通过特定引物扩增目标DNA片段，再通过测序技术获得具体的SNP位点信息。

DNA芯片技术则通过固相杂交将DNA片段与特定的SNP探针结合，然后通过荧光标记的信号检测技术获得SNP位点信息。

而基因测序技术则是目前应用最广泛和高通量的SNP检测技术，通过测序获得整个基因组的SNP信息。

SNP检测的应用非常广泛。

首先，SNP检测可用于研究人类复杂疾病的发病机制。

复杂疾病的发生不仅受到环境因素的影响，还与多个基因的相互作用有关。

通过SNP检测，可以发现与复杂疾病相关的SNP位点，并进一步研究这些位点与疾病的关联关系以及其在疾病发生发展过程中的作用。

这为疾病预防、治疗和个体化医疗提供了重要的依据。

其次，SNP检测可用于预测个体对药物的反应和副作用。

由于个体对药物的反应存在巨大的差异，因此通过SNP检测可以发现与药物代谢、药物作用靶点相关的SNP位点，并据此预测个体对药物的反应。

这样可以实现个体化的用药方案，提高药物疗效，减少副作用。

此外，SNP检测还可以用于亲子鉴定、法医学鉴定、种群遗传学研究、植物和动物遗传改良等领域。

例如，通过SNP检测可以判断是否为亲生子女，鉴定遗传疾病的患者或罪犯，追溯人类的遗传演化历程，以及选择适应环境的作物和动物品种。

SNP分析原理方法及其应用SNP（Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性）是指在基因组中的一些位置上，不同个体之间存在的碱基差异，是常见的遗传变异形式之一、SNP分析是研究SNP在基因与表型之间关联性的方法，用于揭示SNP与遗传疾病、药物反应性等的关系。

本文将介绍SNP分析的原理、方法以及其应用。

一、SNP分析原理1.SNP检测技术：SNP检测技术包括基于DNA芯片的方法、测序技术、实时荧光PCR等。

其中，高通量测序技术是最常用的SNP检测方法，可以同时检测数千个SNP位点。

2.数据分析与统计学方法：通过SNP检测技术获得的数据可以分为基因型数据（AA、AB、BB等）和等位基因频率数据（A频率、B频率等）。

统计学方法常用的有卡方检验、线性回归、逻辑回归等，用于研究SNP与表型之间的关联性。

二、SNP分析方法1.关联分析：关联分析是研究SNP与表型之间关联性的基本方法。

常用的关联分析方法包括单基因型分析、单SNP分析、基因组关联分析（GWAS）等。

单基因型分析主要是比较单个SNP的基因型在表型不同组之间的差异；单SNP分析是研究单个SNP是否与表型相关；GWAS是通过分析数万个SNP与表型之间的关系来找到与表型相关的SNP。

2. 基因型预测：基因型预测是根据已有的SNP数据，通过统计模型来预测个体的基因型。

常用的基因型预测方法有HapMap、PLINK等。

3. 功能注释：功能注释是研究SNP位点的生物学功能，揭示SNP与基因功能、表达水平之间的关系。

常用的功能注释工具有Ensembl、RegulomeDB等。

三、SNP分析应用1.遗传疾病研究：SNP与遗传疾病之间存在着密切的关系。

通过SNP分析可以发现与遗传疾病相关的SNP位点，进一步揭示疾病发生的机制，为疾病的诊断、治疗提供依据。

2.药物反应性研究：个体对药物的反应性往往存在较大差异，这与个体的遗传背景密切相关。

1定义：单核苷酸多态性（ single nucleotide polymorphism，SNP），主若是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所惹起的 DNA 序列多态性。

它是人类可遗传的变异中最常有的一种。

占全部已知多态性的 90%以上。

SNP 在人类基因组中宽泛存在，平均每 500～1000 个碱基对中就有1 个，预计其总数可达 300 万个甚至更多。

SNP 所表现的多态性只波及到单个碱基的变异，这类变异可由单个碱基的变换（transition）或颠换（transversion）所惹起，也可由碱基的插入或缺失所致。

但平时所说的 SNP 其实不包括后两种情况。

单核苷酸多态性（ SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。

所谓变换是指同型碱基之间的变换 ,如嘌呤与嘌呤 ( G2A) 、嘧啶与嘧啶( T2C) 间的取代 ;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶 (A2T 、A2C 、C2G、G2T) 之间的取代。

从理论上来看每一个 SNP 位点都能够有 4 种不同的变异形式，但实质上发生的只有两种，即变换和颠换，两者之比为 2：1。

SNP 在 CG 序列上出现最为频频，而且多是C 变换为 T ，原因是 CG 中的 C 常为甲基化的，自觉地脱氨后即成为胸腺嘧啶。

一般而言， SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异。

在人类基因组中大体每 1000 个碱基就有一个 SNP ，人类基因组上的 SNP 总量大体是 3 ×106个。

依照排列组合原理 ,SNP 一共能够有 6 种取代情况,即 A/ G、 A/ T 、A/ C 、C/ G、C/ T 和 G/ T ,但事实上 ,变换的发生频率占多数 ,而且是 C2T 变换为主 ,其原因是 Cp G 的 C 是甲基化的 ,简单自觉脱氨基形成胸腺嘧啶T , Cp G 也所以变为突变热点。

理论上讲，SNP 既可能是二等位多态性，也可能是3 个或4 个等位多态性，但实质上，后两者特别少见，几乎能够忽略。

SNP检测技术
阅微基因
内容简介
1 2 3
SNP 概 念
SNP 研究应用 SNP 检测技术
SNP 检测方法选择
4
SNP 的概念
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，指由于单个核苷酸碱基的 改变而导致的核酸序列的多态性。在不同个体的同一 条染色体或同一位点的核苷酸序列中，绝大多数核苷 酸序列一致而只有一个碱基不同的现象，即SNP。
பைடு நூலகம்
药物基因组学研究中的应用


SNPs 可以反映个体的遗传差异,SNPs 位点与个体的药物 反应进行相关分析，从而确定基因在药物作用中的功能和 意义。这样既可以根据患者的遗传特性设计治疗方案，实 现“个性化治疗”，提高药效，降低药物的毒副作用，又 可以在临床试验阶段为特定的药物选择合适的受试者，提 高效率，减少费用。 Paulussen 等分析了CYP3A5基因的5′区，鉴定了两个连 锁的多态位点:T2369G、A245G，从而把表型与基因型 联系起来。这两个多态位点位于转录调控区，与基因的表 达和活性的提高有关。CYP3A5在个体间可有可无，但能 明显影响药物的代谢动力学，进而影响个体对药物的反应 及疾病易感性。Macphee等研究发现，不到10%的白人 有CYP3A5，而60%以上的非洲黑人有CYP3AP1 G244 等位基因，该基因型是表达CYP3A5所必需的，导致非洲 人对药物的需要量比其他人群高。
SNP 的特点
遗传稳定性 与微卫星等重复序列多态性标记相比，SNP 具有更高的遗传稳定性。 易实现分析的自动化 SNP标记在人群中只有两种等位型 (allele) 。这样在检测时只需一个“+\-”或“全\无”的 方式，而无须象检测限制性片段长度多态性，微卫星那样 对片段的长度作出测量，这使得基于SNP的检测分析方法 易实现自动化。

S N P检测方法汇总-CAL-FENGHAI-(2020YEAR-YICAI)_JINGBIAN现在SNP的常用检测方法主要有：Taqman法、质谱法、芯片法、测序法。

Taqman法：准确性高，适合于大样本、少位点，价格比较贵；质谱法：准确性高，适合于大样本、多位点（能检测25个位点）；芯片法：准确性较低，适合于超多位点分析；测序法：非常准确，但是价格也非常的高，但是对于少样本、超多位点还是非常好的选择。

SNP检测方法汇总分析SNP的方法有许多种，本文收集目前还在用的方法，按通量从高到低排列：全基因组测序这是最贵的方法，但也是看SNP最全的方法大概一个人样本，花2万元外显子组测序外显子组测序，也可以得到较全面的SNP信息大概一个人样本，花1.5万元随着人全基因组测序的价格降到2万元左右，外显子组测序会很快退出市场全基因组SNP芯片原理，核酸杂交，荧光扫描Illumina和Affymetrix都有很着名的全基因组SNP芯片，例如：Affymetrix: CytoScan，SNP 6.0，Illumina:?660，中华，450K等SNP芯片，在2000~5000元每样本，还是比全基因组测序的2万元一个样本的价格要低质谱法原理，精确测量PCR产物的分子量，就可以知道SNP位点上是A/C/G/T中的哪一个Sequenome MassArray法测中等通量的SNP位点是十分准确的单个位点、单个样本的费用约2元人民币无需预制芯片、预订荧光探针,只要合成常规的PCR引物就可以做实验了如果测几十个点，到上百个点，是很方便的方法SNPseq法此方法为天昊公司所创，一次测几百个位点原理：用Goldgate法做出针对某些位点的多重PCR片段高通量测序，数据分析得到SNP位点结果SNPlex中等偏高通量的方法，一次几十个位点原理：用末端特异的引物做多重PCR，把模板进行扩增基于毛细管电泳，把片段分离开，读颜色SNaPshot中等通量的方法设计3'位挨着目标位点的探针用双脱氧的荧光标记ddNTP做一个碱基的延伸毛细管电泳，看延伸的这个碱基是什么颜色Taqman法Taqman原理，如果要找原理，请回复“荧光”两字Taqman方法，一次一管测一个位点通量最低，但是结果可靠原理：设计与SNP位点互补的荧光探针，其中一个标VIC（红色荧光基团）,另一个标FAM（绿色荧光基团），同时分别有淬来基团吸光Taq酶有5'-->3'的外切酶活性，如果探针粘有模板上，就被切碎探针被切碎后，荧光基团与淬灭基团分离，发出荧光。

SNP检测方法汇总SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是存在于基因组中的最小的遗传变异单位，是指基因组中单个核苷酸发生变化的现象。

SNP检测方法是针对这些变异进行分析和检测的工具或技术。

本文将对目前常用的SNP检测方法进行汇总和介绍。

1.基于PCR的SNP检测方法PCR是一种常用的DNA复制技术，在SNP检测中有多种变体，包括追踪标记PCR（TaqMan PCR）、Allele-Specific PCR（AS-PCR）、限制性片段长度多态性（RFLP）PCR等。

这些方法都利用PCR扩增目标DNA片段，并通过引入特定的引物或酶切位点来区分不同等位基因的差异。

2.基于测序的SNP检测方法测序是一种直接测定DNA序列的方法，可以通过测序检测SNP。

在基于测序的SNP检测中，有两种主要的方法：Sanger测序和大规模并行测序（Next-Generation Sequencing，NGS）。

Sanger测序是一种经典的测序方法，能够准确地确定单个核苷酸的序列，但是对于大规模SNP检测来说成本较高。

而NGS技术则可以同时测定多个样本的DNA序列，且速度和成本都更高效。

3.基于芯片的SNP检测方法芯片技术是通过固相法在芯片上固定已知的DNA片段，再与样本中的DNA进行杂交来实现SNP检测。

常用的芯片技术包括基于碱基延伸法（Primer Extension Assay）的Oligonucleotide Ligation Assay （OLA）、基于碱基延伸法的SNPstream和基于液相杂交法的GeneChip等。

这些方法在检测过程中通常采用荧光探针标记样本的SNP位点，通过荧光检测的方式进行分析和鉴定。

4.基于质谱的SNP检测方法质谱技术是通过检测质量-电荷比（m/z）来对样本中的DNA片段进行分析和检测的方法。

基于质谱的SNP检测主要采用基因分型质谱法（genotyping mass spectrometry），其中常用的方法有MALDI-TOF质谱（Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry）和Sequenom质谱。

SNP检测方法范文SNP（Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性）是一种常见的遗传变异类型，它指的是基因组中单个核苷酸的变异，这种变异可能会导致个体间的差异，包括对疾病易感性、药物反应以及其他特征的影响。

因此，对SNP进行快速、准确的检测成为了当今遗传研究的重要任务之一、本文将介绍几种常用的SNP检测方法。

1. PCR-RFLP（Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism）：这是一种最早被使用的SNP检测方法。

它基于PCR扩增SNP位点周围的DNA序列，然后用限制性内切酶进行酶切。

由于SNP位点的突变可能导致酶切位点的消失或生成，通过分析产生的DNA片段的长度差异，可以确定该位点上的SNP类型。

2. Sanger测序法（Sanger sequencing）：这是一种经典的DNA测序方法，也可以用于SNP的检测。

方法是通过PCR扩增SNP位点附近的DNA序列，并使用荧光标记的末端引物进行测序。

通过分析测序结果，可以确认SNP位点上的碱基变异。

3. TaqMan探针法：这是一种基于荧光信号的SNP检测方法。

方法利用了TaqMan探针在荧光信号上的变化，从而实现对SNP的检测。

基本原理是引入两个探针，一个与正常碱基互补，另一个与变异碱基互补，进而实现对SNP类型的区分。

4. MassARRAY系统（Sequenom）：这是一种基于质谱分析的SNP检测方法。

该系统使用基质辅助激光解吸离子化时间飞行质谱（MALDI-TOF MS）技术，通过测量SNP位点的质荷比（m/z），可以区分不同的SNP类型。

5. SNP芯片（SNP Array）：这是一种高通量的SNP检测技术。

SNP 芯片基于DNA杂交原理，将待测DNA样本与芯片上的大量探针进行杂交。

通过信号的检测和分析，可以获得待测样本的SNP信息。

一大类是以单链构象多态性(SSCP) 、变性梯度凝胶电泳(DDGE) 、酶切扩增多态性序列(CAPS) 、等位基因特异性PCR (allele-specific PCR,AS-PCR)等为代表的以凝胶电泳为基础的传统经典的检测方法另一大类是以直接测序DNA芯片变性、高效液相色谱(DHPLC)、质谱检测技术高分辨率溶解曲线(HRM)等为代表的高通量自动化程度较高的检测方法。

1.单链构象多态性(SSCP)方法的原理是PCR扩增的DNA片段在变性剂条件下，通过高温处理使双链DNA扩增片段解旋并且维持单链状态，进一步进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。

由于DNA单链的空间构象决定着其迁移率，相同长度的DNA单链，若某单个碱基存在差异，则形成迥然不同的空间构象，就会显示出带型的差异(多态型) 。

优点：该方法简便灵敏快速成本低缺点：PCR-SSCP适用于小的DNA片段，长度小于500 bp，如果DNA片段太长，DNA单链很难形成稳定发夹结构。

但是该方法只能对突变进行较为粗略地检测，不能确定突变的具体位置和类型；而且对电泳条件的要求非常严格。

2.变性梯度凝胶电泳(DDGE)在DNA序列中，4种碱基的组成和排列存在差异，致使不同序列的DNA双链有着不同的解旋温度当DNA分子在含浓度梯度变性剂的聚丙烯酰胺凝胶中进行电泳时，由于解旋的状况与其序列高度相关，使得不同DNA片段形成相互分开的条带。

DGGE利用双链DNA分子在含有一定浓度梯度变性剂的凝胶中进行电泳时，由于存在突变的双链DNA分子和不存在突变的双链DNA分子在不同的部位解旋而区分即使只有一个碱基对的不同，两个双链DNA分子在不同的时间发生部分解旋，随之形成有差异的电泳条带。

由于存在突变DNA片段和正常DNA 片段的Tm值有差异，从而发生迥然不同的解旋行为，TGGE通过设置温度梯度在聚丙烯酰胺凝胶电泳中分离DNA差异片段。

优点：DGGE能够检测长达1 kb的DNA片段，若SNP恰好出现在发生部分解旋的DNA区域内，其检出率可以高达100%，特别是100~500 bp长度的片段。

SNP的检测方法（直接测序法与PCR-SSCP）人类基因组中存在着广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。

S NP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，SNP的数量大、分布广，在组成人类基因组的30亿个碱基中，平均每1000个就有一个SNP。

SNP作为第三代遗传标记，在复杂疾病的基因定位、关联分析、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发挥着愈来愈重要的作用。

1.直接测序法进行SNP分析在所有SNP的检测方法中，对欲检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法。

通常情况下，纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型，而杂合型SNP位点的测序峰为套峰，因而很容易将其区分开来。

通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。

2. PCR-SSCP方法单链构象多态性分析（single-strand conformation polymorphism，SSCP）是一种简单、高效地检测DNA或RNA序列中点突变的技术，由于实验成本较低，也是一种目前较为常用的方法。

检测原理：单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同。

因此，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开。

需要注意的问题：A．PCR-SSCP只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步测序。

B．由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检。

TaqMan SNP基因分型技术方法：此技术是由美国Life technologies公司研发的SNP分型技术，其技术原理如下简介。

PCR 反应时，加入一对两端有不同荧光标记的特异探针来识别不同的等位基因（allele1和allele2），5’端为报告荧光基团（reporter），3’端为淬灭荧光基团(quencher)。

PCR过程中，两个探针能与正向引物和反向引物之间的互补序列特异退火结合。

当探针以完整形式存在时，由于能量共振转移，荧光基团只发出微弱荧光。

特异的探针与相应的等位基因杂合后，DNA聚合酶发挥5’到3’外切酶活性，把报告荧光基团切割下来，脱离了3’端淬灭荧光基团的淬灭作用(quench)，从而发出荧光。

两个探针的5’端标有不同的荧光(FAM或VIC)，3’端标有MGB 淬灭基团结合体。

根据检测到的不同荧光，可以判断相应的样本的SNP 等位基因型。

整个技术的示意图如下：应用领域：本方法适用于多个涉及到SNP分型的遗传研究领域。

尤其适合针对全基因组SNP 关联研究获得的初步阳性位点，以及全基因组测序得到的大量初筛突变位点进行进一步的大样品验证研究。

RFLP (多重荧光)SNP分型技术已知的很多SNP位点正好位于限制性内切酶的识别区域，针对这些SNP位点我们就可以使用此方法进行SNP分型。

尤其是对于大样品量的多个SNP分型来说，此方法的优势较为明显。

技术方法：RFLP技术于1980年由人类遗传学家Bostein提出。

它是第一代DNA分子标记技术。

Donis—Keller利用此技术于1987年构建成第一张人的遗传图谱。

DNA分子水平上的多态性检测技术是进行基因组研究的基础。

已被广泛用于基因组遗传图谱构建、基因定位以及生物进化和分类的研究。

RFLP是根据不同品种（个体）基因组的限制性内切酶的酶切位点碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失，导致酶切片段大小发生了变化，通过电泳将其区分。

SNP检测方法—SNapShot SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)，即单核苷酸多态性，是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，它是人类中可遗传的变异最常见的一种，并作为第三代遗传标志。

人体许多表型差异、对药物或疾病的易感性等等都可能与SNP有关，因此被广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因研究。

目前，SNP检测技术已经很成熟，主要有以下几种检测方法：TaqMan 探针法、HRM法、SNapShot法、dHPLC、illumina BeadXpress法等，本文主要针对SNapShot法进行阐述。

SNapShot法是一种新兴的SNP检测技术，该技术有美国应用生物公司（ABI）开发的，是基于荧光标记单碱基延伸原理的分型技术，也称小测序，其原理是先根据基因序列，设计特异性的扩增引物及延伸引物，在一个含有测序酶、四种荧光标记ddNTP、紧邻多态位点5’端的不同长度的延伸引物和PCR产物模板的反应体系中，引物延伸一个碱基即终止，经过测序仪检测后，根据峰的移动位置确定该延伸产物对应的SNP位点，根据峰的颜色可得知渗入的碱基种类，从而确定该样本的基因型。

SNapShot法操作简单、经济，可以在多种遗传分析仪上进行快速、准确地基因分型，实现了SNP分析的自动化，可以方便高效地用于高通量的SNP 验证及中通量的SNP筛选。

目前SNapShot技术广受科研人员的认可，国内耳聋基因SNP筛查、结合易感基因SNP位点筛查等用到的检测技术均为SNapShot技术，此外在nature、SCI等多个顶级杂志中也发表了多篇SNapShot技术相关的文献。

由此说明SNapShot技术在SNP研究领域中的地位在不断的提升，已成为SNP 研究中不可或缺的一部分。

北京阅微基因技术有限公司现拥有成熟的SNapShot技术平台，配备ABI3730xl测序仪及国内的杰出人才，实验结果准确、质量高，实验数据符合发表顶级杂志的要求，并提供相应的技术指导及疑难问题解答。

要酶切， 一 次PCR就可以得到GENOTYPING的信息。

缺点： PCR对于3'端的特异性在不同退火温度时 有出入， 所以退火温度的摸索很关键，否则假阳 性扩增是很容易的。

另外， 内参照的设置也很重要，这个东西还是很 有意思的。 而且，所使用的引物位置无法人为调 整，只能放在SNP的5'段。


模版浓度、质量
100-200ng/100ul 偏向性扩增的解决 所谓偏向性扩增是因为SNP位点上会往往存在嘌吟和嘧啶 的替换，在PCR过程中，聚合反应对嘧啶(C或T)比较敏感，使
得嘌吟(A或T)的扩增非常少，而出现偏向性扩增，这在SNP位
点附近嘌吟含量较高时特别明显。 解决方案：（1）PCR扩增循环保持一个绝对低的水平；（2） 在样本中加入 0.1N NaOH使DNA变性为单链，经中和后加入全 基因组扩增试剂。（3）巢式PCR-RFLP”基因分型技术
AAAAGGAAGATCCCAA TTTTCCTTCTAGGGTT AAAAGTAAGATCCCAA TTTTCATTCTAGGGTT

QIAGEN REPLI-g试剂盒
PCR反应出现的问题与对策 1、假阳性
出现的 PCR 扩增条带与目的靶序列条带一致，有时其条带更 整齐，亮度更高。
引物设计不合适：选择的扩增序列与非目的扩增序列有同源
拉开而使荧光分子和荧光猝灭基团在空间上分开从而发射出
荧光,其信号可提高900倍。特异性很高,相差一个碱基的目 的片段都能够区分,因此用于SNP位点的检测,同时我们可以 对分子信标标记以不同的荧光信号,从而能够对多个样品的 同时检测。由于分子信标是在样品PCR 过程中的退火时期和
目的片段特异性杂交,释放荧光,某一循环或循环后的荧光量

SNP(single nucleotide polymophism) ，即单核苷酸多态，是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。

一般来说，一个SNP 位点只有两种等位基因，因此又叫双等位基因。

SNP研究包括SNP发现（discovery）、SNP验证（validation）以及SNP筛选（Screening or Scoring）。

广泛用于群体遗传学研究（如生物的起源、进化及迁移等方面，将逐渐取代微卫星而成为新一代的分子生物学标记），和疾病相关基因的研究，在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。

1.直接测序法
在所有SNP的检测方法中，对待检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法，也是SNP 分析的金标准。

通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。

服务内容
（1）样品基因组DNA提取
（2）根据不同的区域进行引物设计、合成
（3）对所有样品进行基因扩增并纯化
（4）测序
（5）统计与分析
客户提供
血液样品：样品为EDTA抗凝或柠檬酸钠抗凝，样品量大于1ml，样品采集后于-20℃或-80℃保存；组织样品：样品可以为新鲜组织（最好-80℃保存）、石蜡包埋组织或95%乙醇中固定的组织，组织量大于50μg 细胞、菌液等。

我们提供
详细的实验流程；
电泳图；
测序谱图；
SNP基因型统计结果。

SNP检测方法综述SNP（Single Nucleotide Polymorphism）是人类基因组中最常见的遗传变异形式，它指的是在基因组中单一核苷酸的碱基发生变化所引起的遗传多态性。

SNP检测是一种用于研究个体间基因差异的重要技术，对于理解人类遗传多样性、疾病发生机制和药物反应等方面具有重要意义。

本文将综述常见的SNP检测方法，包括PCR-RFLP、TaqMan、MALDI-TOF、SNP芯片和基因测序方法。

PCR-RFLP（Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism）是最早也是最简单的SNP检测方法之一、它基于PCR技术扩增SNP位点的DNA片段，然后使用限制性内切酶切割扩增产物，并通过凝胶电泳的方法分离不同的限制性片段。

由于SNP会改变限制性内切酶切割位点，因此产生的限制性片段长度会有差别。

通过观察不同长度的片段，可以确定个体是否携带了该SNP。

TaqMan是一种基于荧光探针的SNP检测方法。

在TaqMan检测中，使用两个引物与单个碱基变异位点周围的DNA序列部分匹配。

其中一个引物带有FAM荧光标记，另一个带有VIC荧光标记。

当引物与模板DNA序列匹配时，TaqMan酶切的过程会释放出FAM标记的荧光信号。

然而，如果碱基变异导致引物无法与模板DNA匹配，则没有释放荧光信号。

通过荧光信号的检测，可以判断个体是否携带该SNP。

MALDI-TOF（Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight）是一种基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱技术，也可以用于SNP检测。

在SNP检测中，使用基于质谱分析的技术，先将PCR扩增的SNP位点DNA片段与一个特定的质量标准DNA片段混合。

通过质谱仪的离子化和飞行时间分析，可以确定SNP片段和质谱分析标准片段的质量和相对含量。

由于不同的DNA 片段的碱基组成有差异, 使得其
变性条件产生差异, 从而在凝胶上形成不同的条
带。
变性梯度凝胶电泳（DGGE）
等位基因特异 PCR ( AS-PCR)
原理：根据 SNP位点设计特异引物,其中一条链(特
异链)的3′末端与 SNP位点的碱基互补(或相同) ,
另一条链(普通链)按常规方法进行设计,因此,AS-
MassARRAY技术流程：
定基因多态性和疾病的关系
1
释个体间的表型差异对疾病的易感程度
2
未来疾病做出诊断
3
究不同基因型个体对药物反应的差异，指导药P检测等技术进行法医鉴定及个体识别
5
应用：
优势
（1）质谱仪检测的是分子最本质的特征之一——分子量，不涉及荧光标记、凝胶电泳等，就能检测一个碱基的差异，准确性高，机器本身出错的概率非常低； （2）质谱仪的灵敏度非常高，检测窗口内，任何pmol级别的物质都能被检测出来； （3）通量高：几秒就能检测完一个反应孔； （4）操作简单，仪器要求简单，除质谱仪外，都是常规PCR仪器； （5）灵活：每天可以完成几个反应至上万个反应； （6）便宜：引物不带荧光标记，普通长度（3条引物总长80bp左右），此外在一个反应孔内能完成4个或更多的反应，即通常所说的4重反应； （7）兼容性强：质谱仪还能在核酸的其它方向，以及蛋白质组学、微生物鉴定等领域也能应用。 （8）质谱技术是“一管式操作”，即反应体系在生化学实验过程中始终在一个试管内反应，没有多次转移，这样就减少被污染的概率。
在遗传学分析中, SNP 作为一类遗传标记得以广泛 应用, 主要源于这几个特点: （1）密度高 SNP在人类基因组的平均密度估计 为 1\1000 bp , 在整个基因组的分布达 3×106个, 遗传距离为 2～3cM , 密度比微卫星标记更高, 可以 在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标 记。 （2）富有代表性 某些位于基因内部的SNP 有可 能直接影响蛋白质结构或表达水平, 因此, 它们可能代 表疾病遗传机理中的某些作用因素。