ntsys软件使用方法集锦

Linux2 使用ntsysv 命令配置服务
ntsysv 命令是一个在文本模式中，用来管理Linux 所有服务的工具。

执行ntsysv 时会透过选单让用户进行组态。

启动ntsysv 的语法如下：
其中的RUNLEVEL 代表要组态位在哪个Runlevel 的服务。

如果没有指定RUNLEVEL ，默认只会编辑目前的Runlevel 。

打开终端，执行“ntsysv ”命令，会进行配置服务界面，如图27所示。

在配置服务界面程序中，可以使用下面的按键进行操作，如表8所示：
图27 执行ntsysv 命令
如果用户想要启用某一个服务，只需要在ntsysv 里，使用箭头键移动画面上的光标到要启用的服务上，若显示[*]，那表示这个服务已经启用；如果显示的是[ ]，
那就表示这个服务被设定为停用。

此时用户可以按下空格键来切换服务启用的状态。

NTSYS软件进行聚类分析——UPGMA实例第一部分说明文档Cluster analysis 聚合分析NTSYSpc最常见的使用是对某些相似或相异矩阵进行各种聚类分析。

以下是一个批处理例子；首先，标准化数据矩阵，其次，计算各列之间的距离系数，第三，采用单链路聚类方法，第四，计算表面值（超度量）矩阵和相关系数，第五，以散点图形式显示结果并同时输出距离矩阵。

" Standardize the variables*stand o=data.nts r=sdata.nts" Compute a distance matrix*simint o=sdata.nts r=dist.nts c=dist" Do a single-link cluster analysis of the distance matrix*sahn o=dist.nts r=tree.nts cm=single" Compute cophenetic values*coph o=tree.nts r=coph.nts" Compute the cophenetic correlation*mxcomp x=coph.nts y=dist.nts" Display phenogram*tree o=tree.nts" Display distance matrix*output o=dist.nts第二部分实例解析如果你的数据集包含量纲不一致的变量，则必须要先经过标准化处理，可以用STAND 组件完成。

如下图指明了标准化窗口。

Test.nts文件将被按行(意味着行为变量)标准化，并输出标准化文件名为teststand.nts。

如果你的变量量纲一致(如，基因序列)或者是定性数据则不需要标准化处理。

输出结果如下（5个变量的简单统计）下一步，相似或非相似矩阵数据集必须要在标准化后的数据集上构建，用来衡量各OTUS（列）两两之间的相似/非相似程度。

前言做分子标记的同学都知道，数据分析基本全靠软件。

目前网上有很多软件可以用，POPGENE、NTSYS、AMOV A是最常用的，几乎所有文献中都有用到这三种，另外如果要计算异交率、自交率还要用到MLTR软件，但是这个软件我在网上找了好久都没有中文的使用说明，自己摸索了一段时间，虽然数据格式算是弄懂了，但数据分析时参数的设置还是搞不懂，所以索性没用这个软件分析了。

我的课题是用ISSR检测遗传多样性的，当时在网上搜罗软件的时候就发现，各种软件都有热心网友进行了总结，也写了使用攻略，只是一般都是单个软件写的，找起来挺麻烦，当时找了好几个论坛才找齐，所以我当时对自己说，等我写好论文，我要把这些软件的使用方法全总结在一起，方便大家使用，现在论文撰写总算告一段落了，也该实践这个承诺了。

下面我就依次把POPGENE、NTSYS、AMOV A的使用方法通过图文的方式展现给大家，数据用我自己论文的数据。

不过我的水平有限，也只会对有限的几个参数进行检测，这篇文章也只能作抛砖引玉了，希望有更多的朋友把自己的心得发上来，如果有会用MLTR的也希望能把使用方法拿出来共享一下啦！生物秀ID：bobolove第一部分POPGENE 1.32POPGENE这个软件可以用来测很多遗传多样性参数，包括等位基因数（Na，Ne）、Nei’s 遗传多样性指数（He）、shannon’s多样性信息指数（I）、多态位点百分率（PPB）、遗传分化值（Gst）、基因流（Nm）、遗传距离等等，是用来检测遗传多样性最普遍的软件，使用起来也不难，只要把数据格式弄好就可以了。

1.1 数据格式数据格式在所有软件使用里都是最重要的，把我们检测到的条带在EXCLE里转换成01矩阵后，要再输入TXT里才能在POPGENE中使用。

图1-1是在TXT文档里的数据格式。

图1-1 POPGENE数据格式1.2 打开软件，载入数据依次执行：file→load data→dominate marker data(对ISSR来说是显性标记)→目标TXT 文档，打开后如图1-2所示。

NTSYS-PC使用说明NTSYS是一个聚类分析的软件，可以用来分析AFLP，RAPD等电泳带型，也可用于微生物群落多样性的相似性分析。

下面简单介绍一下其用法：1.先建立一个0，1构成的矩阵：在excel中，按如下规则输入数据，A1=1表示有带记为1，B1=535表示AFLP样本数， C1=19表示有19个带型，D1=0表示无带记为0。

第二行表示的是样本名称。

从第三行开始的A列表示带型名称。

见下图：2.选择另存为，在其中的保存类型中选择“文本文件(制表符分隔)”然后点保存，确认。

3.打开NTSYS软件点“Similarity”下拉选择”“Qualitative date”在“input file”中选择刚才保存的.txt文件，在“output file”中输入保存文件名。

“Byrows”一项不选×，“coefficient”中选择J，点compute进行运算。

4．点软件左边第二项选择“SAHN”在“input file”中选择上一步运算出来的文件在“output tree file”中输入保存文件名。

点compute进行运算。

5.选择左边第二项中的“Cophenetic Values”在“input tree file”中选择刚才计算的tree文件，输入output的文件名，点compute进行计算。

6.作Mat检测：点击左面第三项，选择“Matrix comparison plot”在“input file(1)”中选择“Qualitative date”计算出的结果，在“input file(2)”中选择“Cophenetic Valuess”计算出的结果。

点击compute进行计算，r值在0.7以上为可信。

NTSYS软件使用说明NTSYS软件使用说明1、软件简介NTSYS软件是一款专为生物学研究设计的统计分析工具。

它能处理大规模数据集，提供多种数据分析方法和可视化功能，帮助研究人员快速准确地分析数据。

2、安装与启动2.1 安装NTSYS软件在官方网站上NTSYS软件的安装包，然后按照安装向导的指示进行安装。

安装完成后，将在电脑桌面上NTSYS软件的快捷方式。

2.2 启动NTSYS软件双击NTSYS软件的快捷方式图标，即可启动NTSYS软件。

在启动过程中可能需要输入许可证信息，根据实际情况填写。

3、数据导入3.1 导入文本数据在NTSYS软件中，可以导入以文本格式保存的数据。

首先菜单栏的“文件”，然后选择“导入”-“文本文件”。

接下来，选择需要导入的文本文件，并按照指示完成导入过程。

3.2 导入Excel数据NTSYS软件也支持导入Excel数据。

在菜单栏的“文件”中选择“导入”-“Excel文件”，然后选择需要导入的Excel文件，并按照指示完成导入过程。

4、数据预处理4.1 数据过滤在NTSYS软件中，可以根据特定的条件对数据进行过滤。

菜单栏的“数据”-“过滤”，选择需要过滤的数据集和条件，并按照指示完成过滤设置。

4.2 数据清洗NTSYS软件提供了数据清洗的功能，可以删除重复数据、空值数据等。

菜单栏的“数据”-“清洗”，选择需要清洗的数据集，并按照指示完成清洗过程。

5、数据分析5.1 描述性统计NTSYS软件可以对数据进行描述性统计分析，包括均值、标准差、最大值、最小值等。

菜单栏的“统计”-“描述性统计”，选择需要分析的数据集，并按照指示完成分析过程。

5.2 方差分析NTSYS软件支持方差分析，可以分析一组或多组数据之间的差异。

菜单栏的“统计”-“方差分析”，选择需要分析的数据集和方差分析方法，并按照指示完成分析过程。

5.3 相关分析通过NTSYS软件进行相关分析，可以研究两个或多个变量之间的相关性。

结果都是相同的。

下面用图示来说明一下这个过程。

回车后出现下列菜单：光标定位System services ,再按“Tab”键选“Run Tool”，也可以直接回车。

用空白键（最长的那个）选中或取消服务。

选中时，服务的前面的方括号里是“*”，反之则表示取消。

设置完毕后，按“配置。

如果直接执行命令ntsysv,步骤就比setup少。

当我们使用ntsysv管理服务时，究竟后面进行的实质是什么？进入当前运行目录/etc/rc3.d(我的系统当前运行级别是lrwxrwxrwx 1 root root 20 Oct 18 12:17 K87irqbalance -> ../init.d/irqbalancelrwxrwxrwx 1 root root 17 Oct 18 12:17 K87portmap -> ../init.d/portmaplrwxrwxrwx 1 root root 18 Oct 18 12:17 K89netplugd -> ../init.d/netplugdlrwxrwxrwx 1 root root 19 Oct 18 12:17 K90bluetooth -> ../init.d/bluetoothlrwxrwxrwx 1 root root 14 Oct 18 12:17 K91isdn -> ../init.d/isdnlrwxrwxrwx 1 root root 22 Oct 18 12:17 K92arptables_jf -> ../init.d/arptables_jflrwxrwxrwx 1 root root 18 Oct 18 12:17 K92iptables -> ../init.d/iptableslrwxrwxrwx 1 root root 18 Oct 18 12:17 K94diskdump -> ../init.d/diskdumplrwxrwxrwx 1 root root 15 Oct 18 12:17 K95kudzu -> ../init.d/kudzulrwxrwxrwx 1 root root 17 Oct 18 12:17 K95openibd -> ../init.d/openibdlrwxrwxrwx 1 root root 14 Oct 18 12:17 K96ipmi -> ../init.d/ipmilrwxrwxrwx 1 root root 16 Oct 18 12:17 K96pcmcia -> ../init.d/pcmcialrwxrwxrwx 1 root root 18 Oct 18 12:17 K99cpuspeed -> ../init.d/cpuspeedlrwxrwxrwx 1 root root 23 Oct 18 12:17 K99microcode_ctl ->../init.d/microcode_ctllrwxrwxrwx 1 root root 19 Oct 18 12:17 K99readahead -> ../init.d/readaheadlrwxrwxrwx 1 root root 25 Oct 18 12:17 K99readahead_early ->../init.d/readahead_earlylrwxrwxrwx 1 root root 17 Oct 18 12:17 S10network -> ../init.d/networklrwxrwxrwx 1 root root 16 Oct 18 12:17 S12syslog -> ../init.d/sysloglrwxrwxrwx 1 root root 14 Oct 18 12:17 S55sshd -> ../init.d/sshdlrwxrwxrwx 1 root root 15 Oct 18 12:17 S90crond -> ../init.d/crondlrwxrwxrwx 1 root root 13 Oct 18 12:17 S95atd -> ../init.d/atdlrwxrwxrwx 1 root root 11 Jul 30 13:23 S99local -> ../rc.local全是链接文件，真实的文件在目录/etc/init.d呢。

ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明一、软件简介ntsys-pc遗传多样性分析软件是一款专门用于遗传多样性研究的软件。

它提供了丰富的功能和工具，可以对遗传数据进行分析、计算和可视化展示。

本文档将详细介绍ntsys-pc软件的安装、配置和使用方法，帮助用户快速上手并充分发挥软件的优势。

二、安装和配置2.1 安装步骤a) ntsys-pc安装程序。

b) 运行安装程序，按照向导提示完成安装。

2.2 软件配置a) 运行ntsys-pc软件。

b) 确认软件配置，如存储路径、默认数据格式等。

c) 根据需要，进行个性化配置，如语言选择、主题设置等。

三、数据导入和格式转换3.1 数据导入a) 支持导入多种格式的遗传数据，如GENEPOP、FASTA、PHYLIP等。

b) 在软件界面中选择导入数据，选择相应的文件格式并加载数据。

3.2 数据格式转换a) 支持将导入的数据格式转换成其他格式，以满足不同分析需求。

b) 在软件界面中选择数据格式转换工具，设置输入和输出的数据格式以及其他参数。

四、遗传多样性分析4.1 群体遗传结构分析a) 使用多样性指数计算工具，计算群体遗传多样性指数，如He、Ho、FST等。

b) 使用主坐标分析（PCoA）工具，将群体间的遗传关系可视化。

4.2 种群遗传结构分析a) 使用聚类分析工具，根据遗传相关性将样本进行分类。

b) 使用结构分析工具，根据模型和参数对种群进行分群和成分分析。

五、结果展示和导出5.1 结果展示a) 结果以图表和表格形式展示，便于直观理解和分析。

b) 可对结果进行自定义排版和格式设置，以满足个性化需求。

5.2 结果导出a) 支持将结果导出为多种格式，如图像（PNG、JPEG）、表格（Excel、CSV）等。

b) 在软件界面中选择导出功能，设置输出格式和目标路径。

六、附件附件1：ntsys-pc安装程序附件2：样例数据文件注：本文所涉及的法律名词及注释1、版权（Copyright）：指作品的创作权，即著作权。

我当时看到的说明是英文的，本文不是那个英文说明的汉语版。

我只是把我掌握的简单介绍一下。

这个软件可以分析的东西很多，我只会这么多。

将所用的数据转换为Microsoft Excel 5.0/95的版本。

数据的输入格式如下图，表格中第一行从左到右就表示的为：有带、位点总数、材料数、无带和缺带。

打开Ntedit，读取数据，方法如下图。

数据读取后将Missing改为表示缺带的值。

如下图将数据转化为.nts的格式打开ntsys界面如下选择similarity选项下的Qualitative data。

打开刚才保存的nts格式的文件，在input file 处只需双击就可以打开如下图所示的窗口，另为output file处也是一样的。

需要注意的是操作过程中生成的新文件很多，需要命名的文件很多，因此一定要守记每一步操作生成了什么文件，给了它什么样的名字。

请大家认真看图中我给新文件的命名。

各界面中会出现不同的可选项，请大家按图中所示进行操作。

细节问题我就不再提醒了。

这上一步可以选择所要计算的相似系数种类。

一般常用的为SM系数和J系数。

选择好了以后点compute就可以了，下面的操作也是一样的。

计算过相似系数后可以如下图的操作对相似系数进行编辑打开后的界面如下图计算过相似系数就可能对各材料进行聚类分析了，先选择clusting，然后再点Shan按钮。

出现如下图的界面，在下面这个界面中可以选择聚类的种类。

一般常用的为图中所选择的，也就是默认的。

输入刚才计算的相似系数文件，会得到一个新文件（在这里我给它命名为shan J.nts）。

上一步完了之后就可以做出聚类图了，选择Graphics下面的Tree plot就可以出现下面的界面，然后把刚才得到的shan J.nts 文件输入，就可以得到聚类图了。

会出现下面两图。

输入相应的文件，并保存新生成的文件。

下面的操作为，选择Ordination栏，并选择Eigen。

同样按图中所示输入相应的文件，并保存好生成的文件。

NTSYS-PC使用说明1 数据的录入方法：1.1 利用Ntedit直接录入数据0、1二元数据中的数据缺失记为2。

其中列标可以写为样品编号，在No.rows 栏中写入0、1数据总数，No.cols 栏中写入样品总数。

文件另存为*.nts格式。

1.2 从excel表中直接读入数据Excel表中输入数据格式如下图。

A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。

打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。

文件另存为*.Nts格式1.3 Ntsys-pc可以直接运行*.phy格式的文件（由phylip和phytool产生）1.4 DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。

建议大家使用phylip或者其他的软件。

DNA序列数据在Excel 中输入格式如下：1.5 其他数据的Excel输入如下：2 聚类分析Ntsys-pc2.02界面如下：以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1 首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。

Coefficient通常选用SM 或DICE，结果输出到另一文件2.2 以上步的结果作为input file利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximum no. tied trees至少大于样品数。

Njoin程序组界面如下，rooting method可以选用Outgroup，但需输入外元。

2.3 将SHAN或NJoin方法得到的tree file文件输入到Graphics程序组中的tree plot程序中计算得到树图如下利用options可以对树图进行描述与处理.在此略去.2.4 一致性分析：可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到input tree1 file即可。