当前位置：文档之家 › pubmed检索教程(课堂PPT)

pubmed检索教程(课堂PPT)

  • 格式：ppt
  • 大小：13.15 MB
  • 文档页数：97

下载文档原格式

  / 97

合集下载

pubmed ppt课件

pubmed ppt课件

nitrendipine AND (hypertension OR high blood pressure)
检索方法：1.直接输入综合检索式； 2.在检索史中进行组配。
nitrendipine AND (hypertension OR high blood pressure)
【例题】检索安徽医科大学的张学军教授发 表的有关银屑病研究方面的文献
1.基本检索
➢ 进入PubMed的主界面 ➢ 在检索框中输入任何具有实质性意义的词。 ➢ 点击检索输入框旁边的按钮Search，系统即自动
匹配进行检索。
【例题】 检索尼群地平治疗高血压方面的文 献
分析：
自由词检索
检索词：nitrendipine； hypertension / high blood pressure
检索肝炎的治疗方面的文献 hepatitis AND (treatment OR therapy)
检索式—逻辑符号必须大写，执行运算顺序从左 到右，可以用括号来改变运算顺序。
PubMed中可用到的检索技巧
cell, cells, cellular, celliferous
❖ 通配符
Cell*
截词检索—Pubmed中的截词符是*，用于检索具有 相同词根的词。
Cancer Sci 2010
101 1
289
5.期刊检索
➢ 在期刊检索界面可输入主题、刊名、刊名缩写、 ISSN、刊名中单个或若干个词来查找的特定期刊 以及在期刊中发表的文献。
➢ 刊名缩写和全称之间的转换 ➢ 提供PubMed全文期刊目录
如：输入 Int J Clin Pharm 全称 International journal of clinical pharmacy
pubmed文献检索PPT课件

pubmed文献检索PPT课件


编辑版
77
2. PubMed的主题词检索是其最具特色的 功能之一，能保证较好的查准率及查准 率。主题词组配副主题词使检索结果更 为专指，限定在主要主题词检索能使结 果更准确。
编辑版
78
3.但是主题词检索也有一些固有的缺陷， 比如很多专指的概念没有相应的主题词， 一些新出现的概念要几年后才收录为主 题词这种情况下，不宜采用主题词检索， 采用字段限定检索等方法也能得到较好 的查准率。此外，主题词检索还可能会 漏掉一些最新的文献（in process citations），这也是需要注意的。
编辑版
69
Clinical Queries临床咨询
研究范畴:一般疾病的病因学、预后、
诊断、预防以及治疗 Finding Systematic Reviews：提供系统 评价、meta分析、临床试验综述临床指 南等循证医学文献信息的查找
Medical Genetics Searches
编辑版
70
编辑版
编辑版
59
4）应用MeSH主题词的Major Topic（主 要主题词）检索：
可以使检索结果更加准确。
点选Restrictions Search to Major Topic headings only，
限定检索结果为主要主题词。
编辑版
60
建立检索式
如果有多个主题词， 可以先分别对每个主题词进行检索， 再在高级检索的Search History中用检索 序号进行布尔逻辑运算； 也可以通过主题词检索页面的PubMed search 直接建立检索式
形变异词。 ▪ 截词功能只限于单词，对词组无效
编辑版
30
布尔检索
布尔运算符AND，OR，NOT必须大 写 从左至右进行布尔运算 以通过加圆括符改变运算顺序
《pubmed文献检索》课件

《pubmed文献检索》课件


我的图书馆和个人账户
1 个人账户
在PubMed上，您可以创建个人账户并保存 有用的文献，以便以后查看和组织。
2 我的图书馆
通过我的图书馆功能，您可以将文献保存到 您的个人图书馆中，并与其他人分享和合作。
最佳检索实践
1研究的目标和问题有清晰的了解。
2
步骤二：构建关键词
根据研究目标，构建与之相关的一组关键词和同义词。
3
步骤三：搜索和筛选
使用合适的检索策略，搜索PubMed数据库，并根据相关性和质量对文献进行筛 选和排序。
常见检索错误和解决方案
错误：关键词选择不当
解决方案：仔细选择与研究主题密切相关的关键 词，避免广泛或模糊的词汇。
错误：忽略相关的过滤选项
解决方案：利用高级搜索功能，使用文献类型和 语言等过滤选项来缩小结果范围。
错误：搜索结果太少或太多
解决方案：调整搜索策略，添加或删除一些筛选 条件，以匹配您的需求。
错误：不使用布尔运算符
解决方案：使用AND、OR、NOT等布尔运算符 来优化您的检索策略。
如何评估PubMed文献的可靠性
同行评审
确保您选择的文献已通过同行评 审，这意味着它已经被其他专家 认可为具有高质量和可靠性。
如何进行PubMed文献检索
关键词搜索
通过输入相关的关键词，我们 可以快速找到与我们研究主题 相关的文献。
高级搜索
高级搜索功能允许我们使用更 多的筛选条件，如作者、期刊、 日期范围等，精确地缩小搜索 结果的范围。
文献类型和语言筛选
通过选择文献类型和语言参数， 我们可以进一步细化我们的搜 索结果，以便找到具体类型和 语言的文献。
引用数量
检查文献的引用数量，高引用数 量通常表示该文献在学术界有一 定的影响力。
新版PubMed文献检索ppt课件

新版PubMed文献检索ppt课件

NCBI成立的主要任务为： 提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色 发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程， 包 括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促 进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递 与 管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生 物重要分子的结构与功能。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别 基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整 个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有： 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工 具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从 HTTP或FTP来获得。
与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提 高实验研究质量。
NCBI组织架构
Information Engineering Branch（IEB）
进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗 传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。
设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包 括核酸、蛋白质与结构信息。
Entrez可以检索的数据库
Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of
Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、 临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词数据库 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、 RefSeq和PDB等三大序列数据库）
pubmed数据库检索ppt课件

pubmed数据库检索ppt课件


Web of Science
学科覆盖面较广，不仅限于医学 领域，还涵盖了工程技术、物理 、化学、社会科学等众多领域， 提供引文追踪和分析功能；
Google Scholar
搜索引擎性质，可以搜索到各种 类型的文献，包括学术论文、专 利、会议论文等，覆盖面广泛。
06
PubMed数据库检索应用案 例
临床疾病研究检索案例
总结词
临床疾病研究检索案例
详细描述
PubMed数据库在临床疾病研究方面具有广泛的应用，例如检索关于糖尿病、心 血管疾病、癌症等领域的最新研究成果。通过关键词、主题词、作者等检索条件 ，研究人员可以快速获取相关文献，为临床实践和研究提供科学依据。
药物研发检索案例
总结词
药物研发检索案例
详细描述
在药物研发过程中，PubMed数据库也发挥了重要作用。研究人员可以利用PubMed数据库检索新药 研发相关的文献，了解药物的作用机制、药效学和药代动力学等方面的信息。这有助于加速药物研发 进程，提高新药的成功率和效益。
基础医学研究检索案例
总结词
基础医学研究检索案例
详细描述
基础医学研究是医学领域的重要组成部分，而PubMed数据库在基础医学研究检索方面 也有广泛应用。例如，研究人员可以利用PubMed数据库检索基因、蛋白质、细胞等方 面的最新研究成果，了解生命科学领域的最新进展，为进一步的基础医学研究提供思路
和方向。
提供多种检索方式，支持 关键词、作者、标题等字 段的检索，同时支持高级 检索和模糊检索。
数据库发展历程
01
02
03
04
1996年
美国国家医学图书馆（NLM） 建立PubMed数据库，最初只 收录MEDLINE数据库中的文献。
PubMed检索攻略PPT精选课件

PubMed检索攻略PPT精选课件

PubMed每条记录均有惟一的识别号PMID(PubMed Unique Identifier) 。
MEDLINE: PubMed主体部分，记录均标有[PubMedindexed for MEDLINE]
In Process Citation: 又称PreMEDLINE,记录均标有 [PubMed-in process]
4
47
输入检索信息
点击“Search”
例：检索《病毒杂志》（archives of virology）2009年发表的《基因稳定性与连 续性分析》（genetic stability and linkage analysis）这篇文献
PubMed
1
主要内容
一、PubMed概述 二、PubMed检索途径与使用方法 三、 循证医学文献检索
2
一、PubMed概述
简介
PubMed是由美国国立医学图书馆(National Library of Medicine , NLM)下属美国生物技术 信息中心(National Center for Biotechnology Information ,NCBI)研制的基于Web的文献数据库
40
确定主题词
41
选择副主题词
添加到检 索框检索
主题词加权 检索选项
42
检索结果
43
例：通过主题词途径，检索有关心肌梗塞 （myocardial infarction）预防 （prevention and control)方面的文献。 要求主题词加权、不扩展检索
添加到检 索框检索
勾选加权检索、 不扩展检索选项
1971年正式建立了该系统的联机系统，称为“MEDLARS 联机检索系统”(MEDLARS online)，即MEDLINE系统
第五章pubmed使用指南1PPT课件

第五章pubmed使用指南1PPT课件

PubMed使用指南
1
整体 概述
一 请在这里输入您的主要叙述内容
二
请在这里输入您的主要 叙述内容
三 请在这里输入您的主要叙述内容
2
主要内容
一、PubMed概况 二、 PubMed数据来源 三、 PubMed主页介绍 四、 PubMed检索方法 五、 PubMed的检索结果处理
3
PubMed 概况
➢ MeSH表 期刊刊名表 短语表 作者索引
➢ 如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed 将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的 过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍 找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找， 各个词之间也是AND逻辑关系。
11
逻辑运算符
①逻辑“与”运算AND： 检索式写成A AND B，表示文献中同时包含检索
⑵ 带有双引号” ”作为短语检索：”cancer therapy”；
⑶ 带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。
(4) 一 个 或 多 个 检 索 词 ( 系 统 默 认 空 格 为 AND 检 索 ）
如：placenta growth oxygen genbacev o
➢ 限制检索字段：如liver cancer[ti] ➢ 通配符( ? ) ，如: “en?oblast
6
PubMed数据来源
➢ Record Suppled by Publisher - 出版商直接向PubMed提供电子记录。包括 MEDLINE未收录的部分记录。记录中用 [PubMed-as supplied by publisher]标记表示。 另外这些记录每天都向PREMEDLINE中传送， 则改为[PubMed-in process]。
【医学PPT课件】PubMed检索指南

【医学PPT课件】PubMed检索指南

龄（Ages ）、文献子集限定（Subsets ） 自由词可以结合以上各种限定进行。
限 定 检 索 窗 口 全 貌
添加作者检索
添加期刊检索
限定记录有全文、免费全文或 摘要
文献发表时间限定
记录添加到PubMed时间限定
限定记录有全文、免费全文或 摘要
人类与动物限定 性别限定
文献语种限定
文献子集限定
Terms, MeSH Subheadings, Chemical Substance Names, Personal Name as Subject 等 字段
Title/Abstract [TIAB]
四、PubMed检索功能
检索
1、自由词智能检索
在检索框中键入一到多个单词，如键入： vitamin c AND common cold hepatitis b AND (diagnosis OR therapy)
SubHeadings 副主题词
对一个主题词的多个方面进行修饰限定 的词，又称限定词。
特征栏功能介绍-Clipboard
（四） Clipboard功能介绍
将每次满意的检索结果暂时保存至此 最后集中处理（下载存盘或发E-mail） 最多500条记录，断开连接后保存8小时
（五） Details功能介绍
Details：显示计算机响应的本次检索式。
点击“URL”
/entrez/query.fcgi?cmd=Pu reSearch&db=pubmed&details_term=effect%5BAll%2 0Fields%5D%20AND%20%28%28%22magnetic%20r esonance%20imaging%22%5BTIAB%5D%20NOT%2 0Medline%5BSB%5D%29%20OR%20%22magnetic% 20resonance%20imaging%22%5BMeSH%20Terms% 5D%20OR%20MRI%5BText%20Word%5D%29%20A ND%20Review%5Bptyp%5D%20AND%20%222005/0 2/13%2000.01%22%5BEDAT%5D%20%3A%20%222
pubmed检索方法ppt课件

pubmed检索方法ppt课件

医学文献数据库成质立信的息原，因同是时为 亦已可故连的结参到议生院物议分员类C数la据u库de查P询ep生pe物r发分现类 全文电子期刊库计信算息信。息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在 人基类因孟 图德 谱尔遗传1部目下9门前：88之，年N一11C。月BI4提日供成的立公N开CB（I。OpNeCnBAI是ccNesIHs）底数下据的库NL包M括的如 DNA与蛋白质序列 3D蛋白质结构 NCBI分类学
匹配器
• Journal Database-期刊库
• Batch Citation Matcher-多篇引文 • Clinical trails-对公众提供临床科研
匹配器
的当前信息
• Clinities-Entrez程序设计公用程序 ，诊断，病因，预后
7
（三）PubMed与MEDLINE
+ Not MEDLINE 出版商提供的电子文献中MEDLINE不收录的数 据。出版商一般提供的是整本期刊的信息，一 部分数据每日将被添加到PreMedline中去,若有 部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存。每 条记录标有[PubMed-as supplied by publisher]。
- 累积了2200多万篇文献，年收录文献约40万篇，涉 及37个语种，回溯至1950年的数据涉及60个语种。数据库 47%为美国本土出版的文献，90%为英文文献，79%的文献有 著者撰写的英文摘要。
4
- 是一个免费的生物医学文摘数据库，约10%论文提 供全文（PMC），大部分论文提供指向全文提供者（付费 或免费）的链接。 + 学科范围：
1
一、 数据库概况 二、 检索体系 三、 结果处理 四、 PMC
2
/pubmed/
pubmed检索教程PPT课件

pubmed检索教程PPT课件


文献相关注释
基金编号
基因符号
期编号
资助调研者
资助调研单位
国际标准期刊号
美国立医学图书馆识别号
美国医学文献数据库
1
.
2013.4
2020/5/19
一、数据库概况
（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM)
（二）收录学科内容：
主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文 献。
包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺 学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政 策发展或相关教育活动的内容。
三、PubMed 基本检索规则
刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, [so] 如：Journal of investigative dermatology[so] J invest dermatol[so]
输入刊名检索发表在该刊上 的文献（限定出处字段SO）
18 .
2020/5/19
PubMed记录字段说明
MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。
Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一
直标注[PubMed-as supplied by publisher]或[PubMed]
13 .
2020/5/19
二、PubMed的检索功能
高级检索 检索指南
stroke[ti] thrombolysis[ti]
16 .
2020/5/19
三、PubMed 基本检索规则
著者检索：姓全称在前，名首字母在后，[au]。 如: smith ab[au] “paulsen e”[au]
思考题：中国学者的名字该如何转换呢？ 如： 闻玉梅 卢正宏
PUBMED使用指南 PPT课件

PUBMED使用指南 PPT课件

比较一下分别输入 zhang yun ;yun zhang,zhang y; zhang y [au]； "zhang y" [au] 检索结果的区别。
3、刊名检索：可用刊名全称或缩写、ISSN号， 再加上刊名子段限定符，如：输入 J Tradit Chin Med [ta] ，然后敲回车或点击Go，系统
#20 Search #1 OR #3 OR #4 OR #5 OR #6 AND #1811:14:5416
#19 Search "sun bl"[AU]11:13:15
43
#18 Search sun bl[AU]11:12:59
43
#17 Search #6 NOT #111:07:4011
("Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p16"[Mesh] OR "Genes, p16"[Mesh]) AND "Ovarian Neoplasms"[Mesh]
CDKN2蛋白质：细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子2
#1 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p16 [Mesh]
网上查询PUBMED数据库
1、PUBMED 词汇自动转换功能：例如：在键入 “Vitamin c",点击"Go",再点击"Details"显示 ("ascorbic acid"[MeSH Terms] OR vitamin c[Text Word])，看一下主题词是什么？所用词汇是否合适？ 然后点击“Preview/Index”显示你所用的检索词、检 中的篇数、所用时间。也可点击“limit"进行检索。 检索时可以使用通配符"*"进行截词检索或用双引号 进行强制检索词检索。 2、著者强制检索：作者用双引号括起来 "zhang y" [au]；
  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。

stroke[ti] thrombolysis[ti]
16
2020/8/8
三、PubMed 基本检索规则
著者检索：姓全称在前，名首字母在后，[au]。 如: smith ab[au] “paulsen e”[au]
思考题：中国学者的名字该如何转换呢？ 如： 闻玉梅 卢正宏
17
2020/8/8
三、PubMed 基本检索规则
国际标准期刊号
美国立医学图书馆识别号
20
期刊全称
2020/8/8
最后修订日期
规范词表词
规范词确立日期
系统组织的文摘
版权拥有者
题录提供机构的识别号
病史相关与原始记录
据库检索。
PubMed等文献数据。
10
2020/8/8
（二） PubMed的特点
广域网免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词智能转换匹配 界面简洁，操作简便(须IE7.0以上版本)
11
2020/8/8
（三） PubMed收录数据
MEDLINE Indexed
促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。
8
2020/8/8
NCBI网站
9
2020/8/8
NCBI提供的数据库
检索大分子生物学数据
获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列；
获 取 Swiss-port,PIR,PRF,PDB 等 蛋 白 质 序 列 ， 从核酸序列翻译到蛋白质的序列；
获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据 及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数
7
2020/8/8
一、 PubMed简介
开发机构：
NCBI（美国国立生物技术信息中心）

任务:
利用计算机信息处理技术，建立分子生物学、生物化 学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关 先进方法的研究。
促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件 的使用。
1966 to prensent 的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和 摘要，每条记录标有：
[PubMed-indexed for MEDLINE]
OldMEDLINE
1949-1965年间的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，每 条记录标有：
[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966]
美国医学文献数据库
2013.4
1
2020/8/8
一、数据库概况
（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM)
（二）收录学科内容：
主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文 献。
包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺
学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政 策发展或相关教育活动的内容。
2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物
NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。
近年数据涉及37种语种，回溯至1949年的数据涉 及60种语种。47%为美国本土出版文献，90%为 英文文献，79%的文献有文摘。
（以上由2009年7月数据库提供）
3
2020/8/8
二、 MEDLINE的检索平台
广域网免费平台：NCBI-PubMed（含非 MEDLINE数据）
基本检索输入框
检索工具： 特定文献检索
临床查询 专题查询
个人空间
其他资源： 规范词数据库
期刊数据库 临床试验等
14
2020/8/8
三、PubMed 基本检索规则
检索栏可输入一个或多个检索词（系统默认空格 为AND检索） 如：stroke thrombolysis（中风与溶栓）
15
2020/8/8
和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方
面的研究内容。
2
2020/8/8
一、数据库概况
（三）文献来源：
70多个国家和地区；近5000种生物医学期刊
美国卫生研究院文献选择技术评估委员会 Literature Selection Technical Review
Committee(LSTRC)评估挑选
MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。
Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一
直标注[PubMed-as supplied by publisher]或[PubMed]
13ed的检索功能
高级检索 检索指南
4
2020/8/8
二、 MEDLINE的检索平台
校园网内可用平台（IP控制） Ovid SP Web of Knowledge EBSCO OCLC First Search
5
2020/8/8
校园网内可用平台的Medline
6
2020/8/8
PubMed数据库

出版商提供文献识别号
著者群
版权说明
参考评论文献
合著者
文献参考评论
定稿版
校样版
输入日期
19
输入完成日期 2020/8/8
电子出版日期
电子出版日期
文献出版日期
数据加入PubMed日期
文献勘误
参考文献勘误
全部著者姓名
全部调研者姓名
作为文章主题的著者全称
文献相关注释
基金编号
基因符号
期编号
资助调研者
资助调研单位
刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, [so] 如：Journal of investigative dermatology[so] J invest dermatol[so]
输入刊名检索发表在该刊上 的文献（限定出处字段SO）
18
2020/8/8
PubMed记录字段说明
文摘
第一著者单位地址
三、PubMed 基本检索规则
检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如： asthma AND (therapy OR treatment)
字段限定符：[ ]，空格按词组匹配
试比较：
stroke AND thrombolysis[ti]
stroke thrombolysis[ti]
stroke[ti] AND thrombolysis[ti]
12
2020/8/8
（三） PubMed收录数据
MEDLINE Inprocess
最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无MeSH字段。每 条记录标有：
[PubMed-in process]。
Publisher-Supplied
出版商提供的电子文献题录，每条记录标有:
[PubMed-as supplied by publisher]，分为两类：