第四章 SciFinder 相似结构检索 (Similarity Search)
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scifinder化学结构式检索Scifinder化学结构式检索引言:Scifinder是一种常用于化学领域的专业检索工具,它能够帮助化学研究人员快速准确地获取所需的化学结构式信息。
本文将介绍Scifinder化学结构式检索的基本原理和使用方法,以帮助读者更好地利用该工具开展化学研究。
一、Scifinder的基本原理Scifinder是一种基于化学结构式的检索工具,它通过分析和识别化合物的结构式,从庞大的化学数据库中提取与其相关的文献、专利和实验数据等信息。
其基本原理是通过化学结构式的比对和匹配,寻找具有相似结构和性质的化合物,并提供相关的文献和数据资源。
二、Scifinder的使用方法1. 登录与注册用户需要注册一个Scifinder账号并登录。
用户可以通过所在机构或组织的许可获取登录凭证,并按照要求填写个人信息完成注册。
2. 结构式检索在登录后,用户可以利用Scifinder进行化学结构式的检索。
用户可以输入化合物的结构式或者关键词等信息进行查询。
在输入结构式时,可以使用分子编辑器绘制化合物的结构式,或者直接复制粘贴已有的结构式。
3. 结果筛选与分析Scifinder将根据用户的查询条件,在数据库中检索相关的文献和数据信息,并将结果以列表的形式呈现给用户。
用户可以根据需求对结果进行筛选和排序,以获取最相关的信息。
4. 文献获取与下载在获取到相关的文献信息后,用户可以通过Scifinder提供的链接或DOI获取全文文献。
用户还可以将相关文献保存到个人文件夹或导出到其他文献管理工具进行管理和引用。
5. 数据分析与比较Scifinder不仅提供了文献资源,还包括了大量的实验数据和化学信息。
用户可以通过Scifinder进行数据的分析和比较,以支持其研究工作。
三、Scifinder的优势和应用1. 广泛的数据库资源Scifinder拥有庞大的化学数据库资源,包括了全球范围内的文献、专利和实验数据等。
CA(美化学文摘)网络版数据库使用说明一、数据库简介CA(Chemical Abstracts)由美国化学文摘社(CAS--Chemical Abstracts Service)编辑出版,是涉及学科领域最广、收集文献类型最全、提供检索途径最多、部卷也最为庞大的一部著名的世界性检索工具。
CA报道了世界上150多个国家、56种文字出版的9500多种科技期刊、科技报告、会议论文、学位论文、资料汇编、技术报告、新书及视听资料,摘录了世界范围约98%的化学化工文献,所报道的内容几乎涉及化学家感兴趣的所有领域。
SciFinder Scholar数据库为CA(化学文摘)的网络版数据库,收录内容比CA更广泛,功能更强大。
利用现代机检技术,进一步提高了化学化工文献的可检性和速检性,更整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50几家专利机构的全文专利资料、以及化学文摘1907年至今的所有内容。
它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。
它可以透过网络直接查看“化学文摘”1907年以来的所有期刊文献和专利摘要;以及八千多万的化学物质记录和CAS注册号。
SciFinder Scholar可检索数据库包括:CAplusSM:包含来自150 多个国家、9000 多种期刊的文献,覆盖1907 年到现在的所有文献以及部分1907 年以前的文献,包括有期刊、专利、会议录、论文、技术报告、书等,涵盖化学、生化、化学工程以及相关学科,还有尚未完全编目收录的最新文献。
(目前>2,430 万条参考书目记录,每天更新3000 条以上)MEDLINE®:包含来自70 多个国家、3900 多种期刊的生物医学文献,覆盖1951 到现在的所有文献,以及尚未完全编目收录的最新文献。
(目前>1300 万参考书目记录,每周更新4 次)REGISTRYSM: 涵盖从1957 年到现在的特定的化学物质,包括有机化合物、生物序列、配位化合物、聚合物、合金、片状无机物。
SciFinder 检索方法简单介绍SciFinder Scholar简单介绍:SciFinder Scholar是美国化学学会(ACS)旗下的化学文摘服务社CAS (Chemical Abstract Service)所出版的化学资料电子数据库学术版。
其中的CAPLUS是CA的网络版,它是全世界最大、最全面的化学和科学信息数据库。
作为化学和生命科学研究领域中不可或缺的参考和研究工具的“化学文摘”的网络版,SciFinder 在线数据库每天更新数千条记录,更整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50家专利机构的全文专利资料、它可以透过网络直接查看“化学文摘”1907年以来的所有期刊文献和专利摘要;以及四千多万的化学物质记录和CAS注册号。
可访问的蛋白质和核酸信息远多于任何可公开获得的资源。
它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。
到目前为止, SciFinder已收文献量占全世界化工化学总文献量的98%。
另外,它还有分子式、反应式和结构式(包括亚结构)检索、核酸和蛋白质序列检索等多种功能。
它超越了一般检索工具的范畴,而成为研发人员不可或缺的研发工具。
SciFinder Scholar可检索数据库包括:① CAPLUSSM(>2150万条参考书目记录,每天更新3000条以上,始自1907年)②CAS REGISTRYSM(>2000万条物质记录,每天更新约4000条,每种化学物质有唯一对应的CAS注册号,始自1957年)③CASREACT?(>570万条反应记录,每周更新约600-1300条,始自1974年)④CHEMCATS?(>390万条商业化学物质记录,来自655家供应商的766种目录)⑤ CHMLIST?(>22.7万种化合物的详细清单,来自13个国家和国际性组织)⑥ MEDLINE(National Library of Medicine数据库,>1200万参考书目记录,来自3900多种期刊,始自1958年)安装注意事项:①、安装前退出所有程序,网页浏览器除外。
在相似结构的检索中, SciFinder会用Tanimoto程序来进行检索与查询物质相似的结构,并给予相似评分。
相似结构评分相似结构检索能找出与查询结构最为相似的结构,其2-D小分子的相似度会以Tanimoto程序来计算。
以下是Tanimoto的计算公式,评分是以CAS的结构描述子为基本:100 x CTanimoto Score =(QS + FS) – CC = 代表检索结构和结果结构相同的描述子数目QS = 代表在检索结构中的描述子数目FS =代表在结果结构中的描述子数目结构描述子的介绍y原子数y环数y原子排列y键排列y周边原子y相连原子数y元素成份y环类型相似性的计算中并不考虑以下因素y氢原子的数目y离子y同位素标识y立体结构多元物质的处理y每一个多元物质的成份,都会被给予相似评分 (Tanimoto score)。
最高评分的成份物质,将会在分析相似的结果中显示。
y用户检索单一物质时,点击Get Substance后,按下Filter中的Structure components 即可。
注意事项y相似检索并不适用于R 基团、可变的原子、重复单元和可变的取代位置工具。
y分析不适用于相似结构检索。
y在限定结果时,相似评分将不会显示。
y相似评分不能保存(只适用于SciFinder) 。
相似评分的显示y以整数显示,不设小数点。
系统限制y只会显示60分以上的相似结构结果。
y最多只能显示20,000 个相似结构。
例子:检索以下的相似结构有关绘制结构图的详情,请参阅第三章。
绘制工具的使用及解释也可在第三章找到。
当你完成绘图,便会像下图所示一样。
在绘制结构后,选择Similarity Search ,然后点击确定,将结构导入检索界面。
若绘制的结构含有R 基团或可变原子 (X, Ak), 按下确定后,便会出现以下的结构绘图错误窗口。
续修改后才能导入,导入成功后如下图所示:可通过若要缩小检索范围至特定类型,可通过Characteristic(s),Classes,Studies等过滤选项设定,限制检索结果至指定类型,点击Search,Tanimoto的相似评分会以统计图表来显示。
CA(美化学文摘)网络版数据库使用说明一、数据库简介CA(Chemical Abstracts)由美国化学文摘社(CAS--Chemical Abstracts Service)编辑出版,是涉及学科领域最广、收集文献类型最全、提供检索途径最多、部卷也最为庞大的一部著名的世界性检索工具。
CA报道了世界上150多个国家、56种文字出版的9500多种科技期刊、科技报告、会议论文、学位论文、资料汇编、技术报告、新书及视听资料,摘录了世界范围约98%的化学化工文献,所报道的内容几乎涉及化学家感兴趣的所有领域。
SciFinder Scholar数据库为CA(化学文摘)的网络版数据库,收录内容比CA更广泛,功能更强大。
利用现代机检技术,进一步提高了化学化工文献的可检性和速检性,更整合了Medline医学数据库、欧洲和美国等50几家专利机构的全文专利资料、以及化学文摘1907年至今的所有内容。
它涵盖的学科包括应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多领域。
它可以透过网络直接查看“化学文摘”1907年以来的所有期刊文献和专利摘要;以及八千多万的化学物质记录和CAS注册号。
SciFinder Scholar可检索数据库包括:CAplusSM:包含来自 150 多个国家、9000 多种期刊的文献,覆盖1907 年到现在的所有文献以及部分1907 年以前的文献,包括有期刊、专利、会议录、论文、技术报告、书等,涵盖化学、生化、化学工程以及相关学科,还有尚未完全编目收录的最新文献。
(目前>2,430 万条参考书目记录,每天更新3000 条以上)MEDLINE®:包含来自 70 多个国家、3900 多种期刊的生物医学文献,覆盖1951 到现在的所有文献,以及尚未完全编目收录的最新文献。
(目前>1300 万参考书目记录,每周更新4 次)REGISTRYSM: 涵盖从 1957 年到现在的特定的化学物质,包括有机化合物、生物序列、配位化合物、聚合物、合金、片状无机物。