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在相似结构的检索中， SciFinder会用Tanimoto程序来进行检索与查询物质相似的结构，并给予相似评分。
相似结构评分相似结构检索能找出与查询结构最为相似的结构，其2-D小分子的相似度会以Tanimoto程序来计算。
以下是Tanimoto的计算公式，评分是以CAS的结构描述子为基本：100 x CTanimoto Score =(QS + FS) – CC = 代表检索结构和结果结构相同的描述子数目QS = 代表在检索结构中的描述子数目FS =代表在结果结构中的描述子数目结构描述子的介绍y原子数y环数y原子排列y键排列y周边原子y相连原子数y元素成份y环类型相似性的计算中并不考虑以下因素y氢原子的数目y离子y同位素标识y立体结构多元物质的处理y每一个多元物质的成份，都会被给予相似评分 (Tanimoto score)。
最高评分的成份物质，将会在分析相似的结果中显示。
y用户检索单一物质时，点击Get Substance后，按下Filter中的Structure components 即可。
注意事项y相似检索并不适用于R 基团、可变的原子、重复单元和可变的取代位置工具。
y分析不适用于相似结构检索。
y在限定结果时，相似评分将不会显示。
y相似评分不能保存(只适用于SciFinder) 。
相似评分的显示y以整数显示，不设小数点。
系统限制y只会显示60分以上的相似结构结果。
y最多只能显示20,000 个相似结构。
例子：检索以下的相似结构有关绘制结构图的详情，请参阅第三章。
绘制工具的使用及解释也可在第三章找到。
当你完成绘图，便会像下图所示一样。
在绘制结构后，选择Similarity Search ，然后点击确定，将结构导入检索界面。
若绘制的结构含有R 基团或可变原子 (X, Ak)， 按下确定后，便会出现以下的结构绘图错误窗口。
续修改后才能导入，导入成功后如下图所示：可通过若要缩小检索范围至特定类型，可通过Characteristic(s)，Classes，Studies等过滤选项设定，限制检索结果至指定类型，点击Search，Tanimoto的相似评分会以统计图表来显示。
scifinder scholar的检索方式
Scifinder Scholar 中有多种检索方式，如下：
1. 基于关键词的检索：输入关键词或短语，检索与其相关的文献
2. 化学结构检索：通过输入分子的结构式或名称，检索与该分子相关的文献
3. 反应式检索：根据反应条件，输入反应物和产物，检索与该反应相关的文献
4. 序列检索：输入蛋白质、核酸或多肽的氨基酸或核苷酸序列，检索与其相关的文献
5. 表格检索：通过输入化合物属性、反应条件等相关信息，检索符合条件的文献
6. 作者、期刊、机构检索：根据作者、期刊或机构的名称，检索相关文献
7. 快速检索：在主页输入关键词，快速检索相关文献。
SciFinder Scholar 使用简介一、SciFinder® Scholar™ ContentSciFinder Scholar 收集由 CAS 出版的数据库的内容以及 MEDLINE®数据库 （by the National Library of Medicine ，NLM），所有的记录都为英文（但如果 MEDLINE 没有英文标题的则 以出版的文字显示）。
数据库 内容① Reference Databases （文献数据库）CAplusSM 包含来自 150 多个国家、9000 多种期刊的文献，覆盖 1907 年到现在 的所有文献以及部分 1907 年以前的文献， 包括有期刊、 专利、 会议录、 论文、技术报告、书等，涵盖化学、生化、化学工程以及相关学科， 还有尚未完全编目收录的最新文献。
（目前＞2,430 万条参考书目记 录，每天更新 3000 条以上） 包含来自 70 多个国家、3900 多种期刊的生物医学文献，覆盖 1951 到 现在的所有文献， 以及尚未完全编目收录的最新文献。
目前＞1300 万 （ 参考书目记录，每周更新 4 次）MEDLINE®② Structure Database （结构数据库）REGISTRYSM 涵盖从 1957 年到现在的特定的化学物质， 包括有机化合物、 生物序列、 配位化合物、聚合物、合金、片状无机物。
REGISTRY 包括了在 CASM 中引用的物质以及特定的注册。
例如：管制化学品列表如 TSCA 和 EINECS 中的注册。
（目前＞7400 万条物质记录， 每天更新约 7 万条， 每种化学物质有唯一对应的 CAS 注册号）③ Reaction Database （反应数据库）CASREACT ® 包括从 1907 年到现在的单步或多步反应信息。
CASREACT 中的反应 包括 CAS 编目的反应以及下列来源： ZIC/VINITI 数据库 （1974—1991 , by InfoChem GmbH），INPI（Institut National de la Propriete Insutrielle， 法国）1986 年以前的数据，以及由教授 Klaus Kieslich 博士指导编辑 的生物转化数据库。
