最新Scifinder检索方法
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在相似结构的检索中, SciFinder会用Tanimoto程序来进行检索与查询物质相似的结构,并给予相似评分。
相似结构评分相似结构检索能找出与查询结构最为相似的结构,其2-D小分子的相似度会以Tanimoto程序来计算。
以下是Tanimoto的计算公式,评分是以CAS的结构描述子为基本:100 x CTanimoto Score =(QS + FS) – CC = 代表检索结构和结果结构相同的描述子数目QS = 代表在检索结构中的描述子数目FS =代表在结果结构中的描述子数目结构描述子的介绍y原子数y环数y原子排列y键排列y周边原子y相连原子数y元素成份y环类型相似性的计算中并不考虑以下因素y氢原子的数目y离子y同位素标识y立体结构多元物质的处理y每一个多元物质的成份,都会被给予相似评分 (Tanimoto score)。
最高评分的成份物质,将会在分析相似的结果中显示。
y用户检索单一物质时,点击Get Substance后,按下Filter中的Structure components 即可。
注意事项y相似检索并不适用于R 基团、可变的原子、重复单元和可变的取代位置工具。
y分析不适用于相似结构检索。
y在限定结果时,相似评分将不会显示。
y相似评分不能保存(只适用于SciFinder) 。
相似评分的显示y以整数显示,不设小数点。
系统限制y只会显示60分以上的相似结构结果。
y最多只能显示20,000 个相似结构。
例子:检索以下的相似结构有关绘制结构图的详情,请参阅第三章。
绘制工具的使用及解释也可在第三章找到。
当你完成绘图,便会像下图所示一样。
在绘制结构后,选择Similarity Search ,然后点击确定,将结构导入检索界面。
若绘制的结构含有R 基团或可变原子 (X, Ak), 按下确定后,便会出现以下的结构绘图错误窗口。
续修改后才能导入,导入成功后如下图所示:可通过若要缩小检索范围至特定类型,可通过Characteristic(s),Classes,Studies等过滤选项设定,限制检索结果至指定类型,点击Search,Tanimoto的相似评分会以统计图表来显示。
scifinder scholar的检索方式
Scifinder Scholar 中有多种检索方式,如下:
1. 基于关键词的检索:输入关键词或短语,检索与其相关的文献
2. 化学结构检索:通过输入分子的结构式或名称,检索与该分子相关的文献
3. 反应式检索:根据反应条件,输入反应物和产物,检索与该反应相关的文献
4. 序列检索:输入蛋白质、核酸或多肽的氨基酸或核苷酸序列,检索与其相关的文献
5. 表格检索:通过输入化合物属性、反应条件等相关信息,检索符合条件的文献
6. 作者、期刊、机构检索:根据作者、期刊或机构的名称,检索相关文献
7. 快速检索:在主页输入关键词,快速检索相关文献。
SciFinder Scholar 使用简介一、SciFinder® Scholar™ ContentSciFinder Scholar 收集由 CAS 出版的数据库的内容以及 MEDLINE®数据库 (by the National Library of Medicine ,NLM),所有的记录都为英文(但如果 MEDLINE 没有英文标题的则 以出版的文字显示)。
数据库 内容① Reference Databases (文献数据库)CAplusSM 包含来自 150 多个国家、9000 多种期刊的文献,覆盖 1907 年到现在 的所有文献以及部分 1907 年以前的文献, 包括有期刊、 专利、 会议录、 论文、技术报告、书等,涵盖化学、生化、化学工程以及相关学科, 还有尚未完全编目收录的最新文献。
(目前>2,430 万条参考书目记 录,每天更新 3000 条以上) 包含来自 70 多个国家、3900 多种期刊的生物医学文献,覆盖 1951 到 现在的所有文献, 以及尚未完全编目收录的最新文献。
目前>1300 万 ( 参考书目记录,每周更新 4 次)MEDLINE®② Structure Database (结构数据库)REGISTRYSM 涵盖从 1957 年到现在的特定的化学物质, 包括有机化合物、 生物序列、 配位化合物、聚合物、合金、片状无机物。
REGISTRY 包括了在 CASM 中引用的物质以及特定的注册。
例如:管制化学品列表如 TSCA 和 EINECS 中的注册。
(目前>7400 万条物质记录, 每天更新约 7 万条, 每种化学物质有唯一对应的 CAS 注册号)③ Reaction Database (反应数据库)CASREACT ® 包括从 1907 年到现在的单步或多步反应信息。
CASREACT 中的反应 包括 CAS 编目的反应以及下列来源: ZIC/VINITI 数据库 (1974—1991 , by InfoChem GmbH),INPI(Institut National de la Propriete Insutrielle, 法国)1986 年以前的数据,以及由教授 Klaus Kieslich 博士指导编辑 的生物转化数据库。
检索例子检索左面结构的相关反应•产物•有一个卤原子连接苯环•没有环取代请参考第一章的说明,有关怎样绘制结构和绘制结构工具的功能。
用户可从文件菜单中的按下开启旧档,开启之前保存的结构文件。
绘图方法:•用苯环工具绘制苯环。
•点击环戊烷环工具,将鼠标移至已绘制的苯环的左边并加以点击,将苯环和环戊烷连合。
•点击X菜单工具(选择X: Any halogen任何卤原子),在环结构以外的地方点击。
•点击可变的取代位置工具。
•点击及拖曳X取代基至取代位置。
取代基将和其位置将显示为红色。
在取代基和取代位置之间会出现一条虚线。
•最后,点击锁定环取代工具。
在绘制结构之后,点击反应角色工具和要设定的结构,反应角色对话框将会出现,请设定物质在反应式中的角色。
产物 反应物 试剂反应物或试剂 任何角色选取产物,点击OK,然后在绘制板中点击Get Reaction 。
反应检索窗口会出现如下。
Reaction Steps 反应步骤 限制反应步骤Reaction classification 反应分类 限制反应类型• Biotransformation 生物转化 • Catalyzed 催化 • Chemoselective 化学选择 • Combinatorial 组合• Electrochemical 电气化学 • Gas-phase 气相 • Non-catalyzed 无催化 • Photochemical 光化学 • Radiochemical 放射化学 • Regioselective 区域选择性 • Stereoselective 立体选择性Patents 专利 限制专利交件Publication year 出版年份 限制出版年份(1)... (2) (3)请选择任何一个检索方法:(1) 变化只适用于指定的结构的位置 (2) 为复杂结构中的亚结构在这个例子中选择 (2) substructures of more complex structures ,点击OK 。
水杨酸SciFinder Scholar检索报告水杨酸是医药、香料、染料、橡胶助剂等精细化学品的重要原料。
下面是利用美国化学文摘社(CAS)开发的SciFinder Scholar软件检索关于水杨酸的基本信息(包括物理性质、化学反应、制备分离和提纯相关文献等)的检索步骤和检索结果。
1、启动SciFinder Scholar程序,可以看到如下图所示的检索界面。
在中间的主检索界面上我们可以看到,检索方式共分为三种,即Explore、Locate 和Browse。
Explore 一般用于对不确定信息的检索,而对于确定的信息,我们则用Locate 检索。
Browse,即浏览,可以让科研工作者,浏览核心期刊的内容。
在已知检索物质为水杨酸的情况下,我们选择Locate 检索。
2、点击Locate检索图标,进入下图所示的检索界面。
可以看到Locate检索分为两种:LocateLiterature和Locate Substances。
Locate Literature,即查找特定参考文献,可以根据书目信息或文献标识符查找。
Locate Substances,即查找物质,使用物质标识符及化学名称或CAS登记号查找特定物质。
3、点击Locate Substances检索图标,进入下图所示的检索界面。
在所提示的Enter Substance Identifier(输入物质标识符)下面的文本框内输入水杨酸的英文名称salicylic acid后,点“OK”键。
出现下图所示检索结果:检索结果中只给出了水杨酸的分子结构式,但其周围还有五个图标,我们可以通过这五个图标来获得与水杨酸相关的其他信息。
4.1、点击显微镜样式的图标,弹出右图所示窗口。
窗口中显示的内容从上往下依次为:登记号分子结构图示分子式:C7H6O3CA索引名称别名实验物性数据预测性质其中,点击Experimental Properties和Predicted Properties两个链接,可分别查看水杨酸的实验物性数据和预测性质数据。