布鲁菌多位点可变数目串联重复序列分析的分型研究论文

DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究阚晓宏;唐婧;万康林;金玉莲;刘敬华;杨建安;刘志广;丁虹;赵秀琴;王庆【期刊名称】《中国防痨杂志》【年(卷),期】2005(027)002【摘要】目的采用数目可变串联重复序列(VNTR)分型方法对安徽省的52株结核分枝杆菌进行分子分型研究,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用.方法设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌13个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 3.0软件进行DNA指纹图谱多态性分析.结果 52株结核分枝杆菌可分4个类别,其中88.5%菌株属于一个型,其他3个型所占比例很小,分别为5.8%、3.8%和1.9%.结论来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型,VNTR分型技术简便、快速,是较好的结核分枝杆菌分型方法.【总页数】5页(P77-81)【作者】阚晓宏;唐婧;万康林;金玉莲;刘敬华;杨建安;刘志广;丁虹;赵秀琴;王庆【作者单位】安徽省结核病防治研究所,合肥,230022;安徽省结核病防治研究所,合肥,230022;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,北京,102206;安徽省结核病防治研究所,合肥,230022;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,北京,102206;安徽省结核病防治研究所,合肥,230022;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,北京,102206;安徽省结核病防治研究所,合肥,230022;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,北京,102206;安徽省结核病防治研究所,合肥,230022【正文语种】中文【中图分类】R378.911【相关文献】1.不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评价研究 [J], 陈海霞;李卫民;蔡超;刘静仪;张治国;原梅;贾俊楠;孙照刚;黄海荣;高基民2.可变数目串联重复序列在上海崇明岛地区结核分枝杆菌北京基因型菌株微进化研究中的应用 [J], 乔可;王辉;杨崇广;罗涛;梅建;高谦3.不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评价研究 [J], 陈海霞;蔡超;刘静仪;张治国;原梅;贾俊楠;孙照刚;黄海荣;高基民;李卫民;;;;;;;;;;;;;;4.数目可变串联重复序列分子指纹分型法鉴定北京基因型结核分枝杆菌 [J], 金嘉琳;姜昕;翁心华;胡忠义;张文宏5.数目可变串联重复序列用于江苏省168株结核分枝杆菌菌株的基因分型研究 [J], 许卫国;虞浩;杨丹丹;吕华坤;周扬因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

利用多重聚合酶链反应和多色毛细管电泳分析布氏菌多位点可变数目串联重复序列姜海;荣蓉;田国忠;赵娜;赵鸿雁;朴东日;赵赤鸿;崔步云【摘要】目的传统的布鲁氏菌多点可变数目串联重复序列分析方法涉及16个位点(MLVA-16),包括单重聚合酶链反应和琼脂糖凝胶电泳,一直以来都作为标准的基因分型方法,用于布病的病原监测和流行病学调查.然而,目前这种传统方法工作量较大,实验室间结果不宜比较;尤其是对大规模菌株进行基因分型或面临突发疫情时,急需一种高通量且快速的方法.方法用多重PCR和多色毛细管电泳方法建立一种可靠的,高通量的且自动化程度较高的MLVA-16改良分型系统,用82株菌进行测试.结果这种改良的MLVA-16分型系统具有很高的准确性,且具有快速和高通量的特点.结论改良的MLVA-16分型系统可用于基层布病实验室,为布病的病原监测提供高效的工具.【期刊名称】《中国人兽共患病学报》【年(卷),期】2015(031)004【总页数】8页(P303-310)【关键词】多重PCR;多色毛细管电泳;布鲁氏菌;基因分型【作者】姜海;荣蓉;田国忠;赵娜;赵鸿雁;朴东日;赵赤鸿;崔步云【作者单位】中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制围家重点实验室,感染性疾病协同诊治协同创新中心,北京102206;中国疾病预防控制中心,北京 102206;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制围家重点实验室,感染性疾病协同诊治协同创新中心,北京102206;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制围家重点实验室,感染性疾病协同诊治协同创新中心,北京102206;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制围家重点实验室,感染性疾病协同诊治协同创新中心,北京102206;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制围家重点实验室,感染性疾病协同诊治协同创新中心,北京102206;中国疾病预防控制中心,北京 102206;中国疾病预防控制中心传染病预防控制所,传染病预防控制围家重点实验室,感染性疾病协同诊治协同创新中心,北京102206【正文语种】中文【中图分类】R378.5布氏菌病(布病)是由布氏菌属细菌侵人机体后引起传染—变态反应性人兽共患的传染病[1-2]。

多位点VNTR分析多位点VNTR分析（MLVA）是一种基于串联重复序列可变拷贝数（VNTR）对微生物分离株进行亚型分型的分子分型方法。

即使在高度相关的细菌菌株中，VNTR通常表现出大拷贝数目的不同。

对于一组选定的串联重复序列，拷贝数分析揭示了微观进化关系。

在实践中，选择的VNTR位点对于所研究的生物具有足够的互补性，并且在每个VNTR的串联重复序列外设计保守引物。

因此，每个PCR-扩增子的碱基对的大小是串联重复序列的大小加上两端的偏移的总和。

出于经济原因，有时会合并多个VNTR，即用相同的染料标记它们并以混合物的形式装入毛细管测序仪的同一列中。

条件是混合的VNTR PCR产物的大小范围不重叠。

例如，使用4种染料和2种不重叠的VNTR，每个毛细管电泳可以确定6种VNTR（一种染料包含用于大小计算的参考marker）。

Bionumerics中MLVA分析BioNumerics软件提供了用于多位点VNTR分析的全自动工作流程，该流程从原始毛细测序仪图谱文件或预处理峰表（Applied Biosystems和Beckman）开始。

最初必须在数据库中输入MLVA设置。

这涉及进入样品池的规则：样品池是在同一毛细管中一起加载的VNTR扩增产物的混合物。

这包括使用的不同染料以及（可选）具有不重叠大小范围的兼容VNTR。

因此，每个VNTR由池、染料和（可选）大小范围定义。

大小范围由重复长度、偏移量和复制范围定义。

因此，该软件确切知道应在哪个大小范围内查找特定的VNTR。

请注意，复制范围仅在不同的VNTR与同一染料合并的情况下才是必需的。

如果是原始色谱图文件（AB，Beckman），则该软件可以使用用户定义的解析字符串从文件名自动解析池、染料和菌株信息。

对于GeneMapper或Beckman峰表文件，将从制表符分隔的峰表中自动解析此信息（请参见下面的示例）。

稳健而可靠的方法，与仪器类型无关由于仪器、染料和毛细管柱的不同，根据拷贝数测得的VNTR扩增子大小通常与理论大小有所不同。

布鲁氏菌感染的分子诊断技术研究布鲁氏菌感染是一种由布鲁氏菌引起的人畜共患传染病，其临床表现多样化，包括发热、关节炎、淋巴结肿大等症状。

为了准确快速诊断布鲁氏菌感染，研究人员们不断努力探索新的分子诊断技术。

本文将介绍目前在布鲁氏菌感染的分子诊断技术研究方面所取得的进展。

一、PCR技术在布鲁氏菌感染的诊断中的应用PCR技术（聚合酶链式反应）是一种基于DNA复制的技术，能够快速、敏感地检测布鲁氏菌的DNA。

研究人员使用PCR技术可以在患者的血液、尿液、关节液等样本中检测到布鲁氏菌的存在。

此外，研究人员还通过PCR技术鉴定了布鲁氏菌不同菌株之间的遗传变异，从而为疫情监测和菌株溯源提供了重要依据。

二、基因芯片技术在布鲁氏菌感染的诊断中的应用基因芯片技术是一种高通量并行检测方法，可以同时检测成千上万个靶基因。

研究人员通过设计布鲁氏菌相关基因的探针，运用基因芯片技术可以快速、高效地筛选出布鲁氏菌感染的标志性基因。

利用这些标志性基因，检测人员可以快速鉴定布鲁氏菌感染患者，并区分其感染类型和菌株特征。

三、下一代测序技术在布鲁氏菌感染的诊断中的应用下一代测序技术是一种高通量测序技术，可以在较短的时间内获取大量的DNA或RNA序列。

研究人员利用下一代测序技术对布鲁氏菌的基因组进行测序和分析，从中鉴定出与布鲁氏菌感染相关的基因和代谢途径。

这些信息将有助于理解布鲁氏菌的致病机制，并为研制新的靶向治疗和预防措施提供理论依据。

四、蛋白质芯片技术在布鲁氏菌感染的诊断中的应用蛋白质芯片技术是一种快速筛选和定量大规模蛋白质的方法，能够帮助研究人员发现与布鲁氏菌感染相关的蛋白质标志物。

这些标志物可以作为诊断试剂盒中的生物标记物，用于布鲁氏菌感染的快速诊断。

此外，蛋白质芯片技术还可用于研究感染机制、药物筛选和疫苗研发等方面。

总结：布鲁氏菌感染的分子诊断技术研究已经取得了显著进展。

PCR技术、基因芯片技术、下一代测序技术和蛋白质芯片技术的应用为布鲁氏菌感染的准确快速诊断提供了有力支持。

摘要为了解北方某地区牛群中布鲁菌病的疫情，采取更为有效的防控措施，本文利用虎红平板凝集试验（RBT）、试管凝集试验（SA T）和间接酶联免疫吸附试验（I-ELISA）随机对该地区牧场及散养牛群进行了布鲁菌病流行病学调查，同时对以上三种方法的检测水平进行了比较；根据GenBank已发表的布鲁菌基因序列计合成三对特异性引物，建立了同时检测布鲁菌属及牛、羊种布鲁菌的诊断鉴别性多重PCR方法，并对其进行了初步应用。

用上述三种方法随机对北方某地区牧场和散养牛的950份血清进行布鲁菌病血清抗体检测，表明该地区布鲁菌病流行情况较为严重，但不同群体阳性率差异较大，牧场阳性率最高达50%，最低阳性率仅为4.6%，种牛场未检出阳性血清，散养奶牛阳性率为39.3%；RBT检出阳性血清105份，阳性率为15.8%，SA T检出阳性血清128份，阳性率为19.2%，I-ELISA检出阳性血清262份，阳性率为27.6%，结果表明I-ELISA阳性率最高，SA T次之，RBT最低。

所建立多重PCR方法的敏感性可达100pg左右，且具有很好的特异性与重复性，对7株参考株葡萄球菌26001等的PCR扩增均为阴性，初步临床样品应用表明该方法可用于乳样、阴道及粪便棉拭的检测。

关键词：布鲁菌病；流行病学调查；多重PCR；应用Bovine Brucellosis Serological Investigation in a Region of North China and Formation of Multi-PCR Detecting for BrucellosisAbstactTo understand the situation of brucellosis in a region of north China and apply the more effective precautions, this study applied epidemiological survey stochastically in the grazing farms and distributive cattle groups in this region, using Rose Bengal Precipitation Test(RBT),Serum Agglutination Test(SA T) and Indirect Enzyme Linked Immunosorbent Assay(I-ELISA), and compared the three experiments, respectively. Based on the brucellosis gene sequence published on GenBank, specialized primer was synthesized, multi-PCR identification and diagnosis of Brucella and brucellosis on cows and sheep were established and primary application test was already conducted.Stochastically using the three methods above, 950 serum samples from the grazing farms and distributive cattle groups in a region of north China were inspected. Results showed that the epidemic situation of brucellosis is relatively serious. However, positive rates greatly vary among groups with the highest 50% and the lowest 4.6% in the grazing farms and no brucellosis were found in the breeding bull farms and the positive rate in distributive cattle groups was 39.3%; RBT tested 105 serum samples and the positive rate is 15.8%; SA T tested 128 serum samples and the positive rate was 19.2%; I-ELISA tested 262 serum samples and the positive rate was 27.6%. Results show the I-ELISA enjoys the greatest positive rate, higher than SA T and RBT. RBT ranks as the last.The sensitivity of multi-PCR could reach approximately 100pg, possessing excellent specificity and repeatability. PCR amplification of 7 staphylococcus samples appeared negative. Primary clinical sample applications indicate this method could be used for dairy samples, vagina and excrement cotton swab test.Key Words: Brucellosis; Epidemiological survey; Multi-PCR; ApplicationDirected by: Prof. XininigenApplicant for Master degree：Yun Tao(preventive veterinary science)(College of Veterinary Medicine.Inner Mongolia Agricultural University. Huhhot 010018. China)目录1 引言 (1)1.1 布鲁菌病概述 (1)1.2 病原学 (1)1.2.1 形态特征 (1)1.2.2 生长及培养特性 (1)1.2.3 种属分型 (2)1.2.4 分子生物学特征 (2)1.2.5 抗原结构 (2)1.2.6 变异性 (2)1.2.7 抵抗力 (3)1.2.8 致病性与感染机制 (3)1.3 流行病学 (4)1.4 临床症状 (5)1.5 诊断方法 (5)1.5.1 病原学诊断 (5)1.5.2 免疫学诊断 (6)1.5.3 分子生物学诊断 (8)1.6 布鲁菌病疫苗 (10)1.6.1 弱毒苗 (10)1.6.2 灭活疫苗 (11)1.6.3 新型疫苗 (12)1.7 本研究的目的意义 (12)2 实验一：北方某地区牛布鲁菌病血清学调查 (13)2.1 材料 (13)2.1.1 被检血清 (13)2.1.2 主要试剂 (13)2.1.3 主要设备 (13)2.2 血清学检测 (13)2.2.1 被检血清分离及保存 (13)2.2.2 虎红平板凝集试验（RBT） (13)2.2.3 试管凝集试验（SAT） (14)2.2.4 间接酶联免疫吸附试验（I-ELISA） (14)2.3 结果 (15)2.4 讨论 (16)3 实验二：多重PCR方法的建立 (17)3.1 材料 (17)3.1.1 菌株 (17)3.1.2 临床样品 (17)3.1.3 主要实验仪器 (18)3.1.4 主要试剂 (18)3.2 多重PCR方法的建立 (18)3.2.1 引物的设计与合成 (18)3.2.2 核酸提取 (18)3.2.3 引物特异性验证 (19)3.2.4 引物交叉特异性鉴定 (20)3.2.5 PCR产物纯化测序鉴定 (20)3.2.6 多重PCR反应条件优化 (20)3.2.7 多重PCR方法验证 (21)3.2.8 临床样本初步应用 (21)3.3 结果 (21)3.3.1 引物特异性结果 (21)3.3.2 引物交叉特异性结果 (22)3.3.3 PCR产物测序鉴定结果 (23)3.3.4 多重PCR反应条件优化结果 (25)3.3.5 多重PCR验证结果 (25)3.3.6 临床样本初步应用结果 (29)3.4 讨论 (31)4 结论 (32)致谢 (33)参考文献 (34)作者简介 (40)缩略词表OIE(Office International Des Epizooties) 世界动物卫生组织(原国际兽疫局) WHO(World Health Organization) 世界卫生组织pH(hydrogen ion concentration) 氢离子浓度指数LPS(lipopolysaccharide complex) 脂多糖复物OMP(outer membrane protein) 外膜蛋白RBT(rose—bengal plate agglutination test) 虎红平板凝集试验SAT(serum agglutination test) 试管凝集试验i-ELISA(indirect enzyme-linked immunosorbent assay) 间接酶联免疫吸附试验c-ELISA(competitive enzyme-linked immunosorbent assay) 竞争酶联免疫吸附试验PCR(polymerase chain reaction) 聚合酶链式反应RT-PCR(real-time fluorescence pcr) 实时荧光PCR bp(base pair) 碱基对Tm(melting temperature ) 解链温度内蒙古农业大学硕士学位论文 1 1 引言1.1 布鲁菌病概述布鲁菌病(Brucellosis）是由布鲁菌（Brucella）属细菌引起的一种人畜共患传染病，简称布病，也称波浪热、马耳他热等[1]。

布鲁氏菌分离株MLVA分子分型鉴定马晓菁;叶锋;姚刚;易新萍;刘帅;谷文喜;吐尔洪·努尔;马俊杰;钟旗【摘要】目的对牛奶、羊奶以及羊流产胎儿中分离布鲁氏菌进行分型鉴定.方法采集新疆4个地区牛奶20份,羊奶20份,羊流产胎儿10份,分离培养后,运用VirB8-PCR和布鲁氏菌分子分型PCR(AMOS-PCR)方法对分离株进行布鲁氏菌属、种的鉴定,同时采用MLVA方法对分离株进一步鉴定,并将测定结果与http://mlva.u-psud.fr/数据库提供的布鲁氏菌数据进行比较,结合软件BioNumerics 6.6进行聚类分析.结果 6株分离株均为羊种3型布鲁氏菌,与辽宁省分离羊种3型布鲁氏菌在聚类分析中关系较近.结论 MLVA作为布鲁氏菌基因分型鉴定的一种快速、可靠的方法,为今后布鲁氏菌传染源的追溯及防控措施的制定提供依据.【期刊名称】《中国人兽共患病学报》【年(卷),期】2016(032)008【总页数】6页(P722-727)【关键词】MLVA;牛乳;布鲁氏菌;鉴定【作者】马晓菁;叶锋;姚刚;易新萍;刘帅;谷文喜;吐尔洪·努尔;马俊杰;钟旗【作者单位】新疆畜牧科学院兽医研究所,乌鲁木齐 830011;新疆畜牧科学院兽医研究所,乌鲁木齐 830011;新疆农业大学动物科学院,乌鲁木齐 830052;新疆畜牧科学院兽医研究所,乌鲁木齐 830011;新疆农业大学动物科学院,乌鲁木齐 830052;新疆畜牧科学院兽医研究所,乌鲁木齐 830011;新疆畜牧科学院兽医研究所,乌鲁木齐830011;新疆畜牧科学院兽医研究所,乌鲁木齐 830011;新疆畜牧科学院兽医研究所,乌鲁木齐 830011【正文语种】中文布鲁氏菌病是由布鲁氏菌引起的世界范围内严重危害畜牧业和人类健康的人畜共患病。

布鲁氏菌属分为9个种[1]，其中牛种和羊种布鲁氏菌传染性较强，也是我国主要流行的布鲁氏菌菌种。

新疆地区早在20世纪50～80年代初就是我国主要的布病疫区，90年代初新疆布病疫情得到了有效的控制，但此后布病疫情不断回升[2]。

使用多位点变异重复序列(MLVA)法分析临床样本中猪肺炎支
原体的分子类型
V Neira-Ramirez;M Torremorell;P Rabinowitz;B Paccha;S Gibbs;毛慧
【期刊名称】《国外畜牧学-猪与禽》
【年(卷),期】2014(034)002
【摘要】1 绪论猪肺炎支原体（H．hyopneumoniae）是猪地方性肺炎的病原体，也是造成全球养猪生产损失的病因之一。

多项研究报道，猪群中流行的猪肺炎支原体有多种毒株。

因而急需要一种定型方法，以评估猪肺炎支原体的暴发、【总页数】1页(P7)
【作者】V Neira-Ramirez;M Torremorell;P Rabinowitz;B Paccha;S Gibbs;毛慧
【作者单位】
【正文语种】中文
【中图分类】S855
【相关文献】
1.猪EGR2基因外显子2变异位点分析 [J], 许尧;冯力;李金玲;刘娣
2.限制性片段长度多态性分析法在CXCL10G-201A位点变异检测中的应用 [J], 刘立明;许智慧;刘妍;谢红;王海滨;毛远丽;徐东平
3.多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选 [J], 郑晓静;郑素华;杜博平;贾红彦;李卫民;丁北川;王甦民;张宗德
4.老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析 [J], 张媛媛;徐雅萍;杜鹏程;强裕俊;张雯;陈晨;于季红;郭军
5.野猪和家猪MC4R基因的分子扫描及两个变异位点的PCR-RFLP分析 [J], 杨秀芹;关庆芝;王文涛;刘娣
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