与股权转让相关的税收问题根据我国《公司法》和《公司登记管理条例》的规定，纳税不是股权转让合同生效及办理股权转让变更登记的必要条件，但根据我国《税收征收管理法》及其《实施细则》、《企业所得税法》及其《实施条例》、以及《个人所得税法》等法律法规及部门行政规章的规定，股权转让所得是应当纳税的。
根据规定，股权转让的税收问题可分为三种情况，即个人（包括个人独资企业和合伙企业）、居民企业、非居民企业三种情形，现分别予以论述。
一、个人（包括外国自然人）股权转让时的所得税缴纳问题除《税收征收管理法》及其《实施细则》、《个人所得税法》等规定外，目前涉及股权转让收入个人所得税征收问题的规定主要有：《国家税务总局关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》（国税发[2000]60号）、《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函[2005]130号）、《国家税务总局关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[2006]866号）规定、《国家税务总局关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[2007]244号）、《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号，以下简称“285号文”）、《关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010年第27号，以下简称“27号文”）等。
《国家税务总局关于联想集团改制员工取得的用于购买企业国有股权的劳动分红征收个人所得税问题的批复》（国税函[2001]832号）中有关国税发[2000]60号。
根据这些规定，当个人有转让股权（不包括上市公司股份转让）时，应当缴纳的是个人所得税，税率为20%，由纳税人向发生股权变更企业所在地的国税机关缴纳。
当股权交易各方签订股权转让协议并完成股权转让交易后，向企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报，并持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权转让变更登记手续。
股权交易各方已签订股权转让协议但未完成股权转让交易的，企业在向工商行政管理部门申请股权变更登记时，应填写《个人股东变动情况报告表》并向主管税务机关申报。
个人转让股权的应纳税所得额为转让股权的收入额减除股权原值和合理费用后的余额，应纳税所得额乘以20%的税率即为个人应当缴纳的个人所得税数额，其计算公式为：股权转让应缴纳的个人所得税＝（股权转让收入－取得股权所支付的金额－转让过程中所支付的相关合理费用）×20%。
个人转让股权所得税按照公平交易价格计算并确定计税依据。
如有下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：1.申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；2.申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的；3.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的；4.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的；5.经主管税务机关认定的其他情形。
在这种情况下，主管税务机关可采用以下方法核定：（1）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实；（2）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入；（3）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入；（4）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。
可以低价转让股权的正当理由是指：1.所投资企业连续三年以上（含三年）亏损；2.因国家政策调整的原因而低价转让股权；3.将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；4.经主管税务机关认定的其他合理情形。
对于原股东取得转让收入后，根据持股比例先清收债权、归还债务后，再对每个股东进行分配的，应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额＝（原股东股权转让总收入－原股东承担的债务总额＋原股东所收回的债权总额－注册资本额－股权转让过程中的有关税费）×原股东持股比例。
其中，原股东承担的债务不包括应付未付股东的利润（下同）。
对于原股东取得转让收入后，根据持股比例对股权转让收入、债权债务进行分配的，应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额＝原股东分配取得股权转让收入＋原股东清收公司债权收入－原股东承担公司债务支出－原股东向公司投资成本。
纳税人再次转让所受让的股权的，股权转让的成本为前次转让的交易价格及买方负担的相关税费。
全体股东以转让公司全部资产方式将股权转让给新股东，原股东取得股权转让所得，按“财产转让所得”项目征收个人所得税。
原股东根据持股比例先清收债权、归还债务后，再对每个股东进行分配：应纳税所得额＝（原股东股权转让总收入－原股东承担的债务总额＋原股东所收回的债权总额－注册资本额－股权转让过程中的有关税费）×原股东持股比例。
原股东根据持股比例对股权转让收入、债权债务进行分配：应纳税所得额＝原股东分配取得股权转让收入＋原股东清收公司债权收入－原股东承担公司债务支出－原股东向公司投资成本。
原股东承担的债务不包括应付未付股东的利润。
股权成功转让后，因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。
如果股权没有转让成功，取得的违约金收入不用缴纳个人所得税。
股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现，转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权，是另一次股权转让行为。
即按两次股权转让行为缴纳个人所得税；股权转让合同未履行完毕，因执行法院判决或者仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权，不用缴纳个人所得税。
职工个人以股份形式取得的拥有所有权的企业量化资产，暂缓征收个人所得税，但个人将股权转让时，应就其转让收入额减除个人取得该股份时实际支付的费用支出和合理转让费用后的余额，按“财产转让所得”项目计征个人所得税。
暂缓征税的前提是集体所有制企业改制为股份合作制企业，暂缓征税的分配方式，是在企业改制时将企业的所有资产一次量化给职工个人。
二、股权转让人是居民企业（包括内资和外资企业，但不包括个人独资企业和合伙企业））时的企业所得税问题。
除《税收征收管理法》及其《实施细则》、《企业所得税法》及其实施条例等规定外，目前涉及居民企业股权转让收入征收企业所得税问题的规定主要有：《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号、《国家税务总局关于企业股权投资业务若干所得税问题的通知》（国税发［２０００］１１８号，简称１１８号文件）、《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）、《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》(国税发〔2002〕119号)、《国家税务总局关于执行〈企业会计制度〉需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发［２００３］４５号）、《关于企业股权转让有关所得税问题的补充通知》(国税函〔2004〕390号) 、《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）、《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）等规定。
根据这些规定，居民企业转让股权收入应当缴纳企业所得税。
其应税所得为企业股权转让收入扣除为取得该股权所发生的成本的余额。
企业所得税的税率可分为三种情况：1、税法规定法定税率为25%，不分内资企业和外资企业；2、国家需要重点扶持的高新技术企业税率为15%；3、小型微利企业税率为20%；均应向股权变更企业所在地的国税部门交纳。
企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
在一般的股权买卖（包括转让股票或股份）中，股权转让人应分享的被投资方累计未分配利润或累计盈余公积应确认为股权转让所得，不得确认为股息性质所得。
企业进行清算或转让全资子公司以及持股95%以上的企业时，投资方应分享的被投资方累计未分配利润和累计盈余公积应确认为投资方股息性质的所得。
企业持股比例未超过95%，应按一般的股权买卖确认股权转让所得并缴纳企业所得税。
企业进行清算或转让全资子公司以及持股９５％以上的企业时，股权转让收益或损失＝股权转让价－股权成本价。
其中，股权转让价，是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额；如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等股东留存收益的，股权转让人随转让股权一并转让该股东留存收益权的金额（以不超过被持股企业账面分属为股权转让人的实有金额为限）属于该股权转让人的投资收益额，不计为股权转让价。
股权成本价，是指股东（投资者）投资入股时向企业实际交付的出资金额，或收购该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让价金额。
企业股权投资转让所得或损失是指企业因收回、转让或清算处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额。
企业股权投资转让所得应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。
股权投资所得涉及按税率差补税问题，即投资方企业适用的所得税税率高于被投资企业适用的所得税税率的，除国家税收法规规定的定期减税、免税优惠以外，其取得的投资所得应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额，依法补缴企业所得税；而企业股权投资转让所得或损失涉及按适用税率缴税问题，即应并入企业的应纳税所得，依法缴纳企业所得税。
被投资企业对投资方的分配支付额，如果超过被投资企业的累计未分配利润和累计盈余公积金而低于投资方的投资成本，视为投资回收，应冲减投资成本；超过投资成本的部分，视为投资方企业的股权转让所得，应缴纳企业所得税。
三、股权转让人是非居民企业时的企业所得税问题除《税收征收管理法》及其《实施细则》、《企业所得税法》及其实施条例等规定外，目前涉及非居民企业股权转让收入征收企业所得税的规定主要有：《国家税务总局关于股权转让收入征收个人所得税问题的批复》（国税函[2007]244号）、《国家税务总局关于印发〈非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2009〕3号）、《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号）、《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函[2009]698号）。
