怎样使用MEGA建立进化树

如何使用建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列,而我们要做蛋白质的进化树的话,就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入,点击左边那个红箭头,则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字,如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列,然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始,直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存,方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口; 接下来打开
出现下面这个窗口
接下来就可以建立各种样式的进化树
嗯,只是把过程写出来,方便大家建立进化树,不足的地方,大家补充好。

1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。

如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。

3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。

4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。

根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。

最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。

5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。

生物学利用MEGA5.0和Clustalx1.83软件构建进化树MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。

功能比以前多有改进。

现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。

供大家参考。

用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。

2、NCBI上做Blast找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA 格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如>XXXXAGGCTTAACACA TGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCG GACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGA ATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAA TAGATGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGG>gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGG ACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC CAAGGCGACGA TCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA………………………….参考序列选择注意事项：1、不选非培养(unclutured)微生物为参比；2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。

干货师兄，我想用MEGA建个树，咋整？作者：解螺旋.冬至转载需授权并注明来源：解螺旋，医生科研助手师妹：师兄，我想建个树。

师兄：啥树啊！你家的family tree啊？师妹：师兄，你不要调戏我，我就建一个简单的进化树！这个怎么做啊？简单呀，你可以用MEGA，先去MEGA官网（/）下载这个软件，免费的啊。

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis ）是一个功能非常强大的分子进化遗传分析软件，可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

下面师兄给你详细介绍如何利用Mega软件构建进化树。

1.首先将需要进行建树的序列保存为fasta格式，并将文件扩展名改为.fasta。

.fasta序列格式以“>”开头。

“>”后面这一行写名称，回车，下一行写序列，氨基酸序列类似，所有序列保存在一个txt文件中。

例如：>gene1/speciesname NCBI accession numberATCGGCGTAGCTAGATGCTAGTATCGTA>gene1/speciesname NCBI accession numberAGTAGCTAGTGATGTA2. 点击Align－－Edit／built Alignment，选择创建一个新的比对，点OK根据要求选择DNA或者蛋白质序列3.打开需要比对的.fasta文件4. 点击Alignment－Align by Clustal W，选择所有序列，出现下图，所有参数为默认，点击OK。

5. 我们看到在未对齐之前，由于序列长度不一样，有些序列长出来很多，而有的序列在这些位点全是gap，为了排除gap位点的干扰。

我们需要将序列两端对齐。

两端以比对上最短的序列为准，删除其他序列5’和3’多余的部分，可以看到在序列比对上的部分，最上面一行软件标记为“*”，我们需要将没有标记“*”的位点删除，可以用shift一起选择没有标记“*”开始和末端的位点，选好后点击鼠标右键，单击delete删除。

利用MEGA 来构建进化树（molecular evolutionary genetics analysis 分子进化遗传分析）打开mega5，选择Align----edit/built alignment----create a new alignment—OK选择DNA/protein出现新的对话框Open------选择已经保存好的用clustalx 经过比对保存的以.aln格式的文件打开之后，出现下面的页面双击文件名可以进行修改的。

我的就是从这里开始修改把A,B,C 都去掉，只留号码就好右键菜单点击delete 删除带※的那一行。

得到下面的图示，点击保存，重新起名字。

之后点击此图内的Alignment 选择Align by clustalW即可。

默认设置即可，点击OK就进行比对了，此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程之后回到初始页面，就是这个页面之后点File---点开，把刚才保留的文件点开然后出现下面的页面多了几个内容，点击TA的那个框框。

之后出现这样的框框图片然后在主程序中选择phylogeny---construct/test neighbor-joining tree,然后出现下面的页面黄色框框处的的参数是可以改变的，该图为我已经改变好的，把Bootstrap 的值改为1000 Methods根据文献上的参考改为了Kimura2-parameter model.之后点击compute,就出现了，而且还带有必需的支持率即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。

简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions 次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。

重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。

如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。

功能比以前多有改进。

现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。

供大家参考。

用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。

2、NCBI上做Blast/blast/Blast.cgi找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSA TA 格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如>XXXXAGGCTTAACACA TGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCG GACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGA A TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGGACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGG>gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequenceACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGGA TGCTAA TACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGA TCTTCGG ACCTTGCGCTAA TAGA TGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC CAAGGCGACGA TCTGTAGCGGGTCTGAGAGGA TGA………………………….参考序列选择注意事项：1、不选非培养(unclutured)微生物为参比；2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。

使用mega构建进化树的流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。

文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. I hope that after you download them,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified after downloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types ofpractical materials,such as educational essays, diaryappreciation,sentence excerpts,ancient poems,classic articles,topic composition,work summary,word parsing,copy excerpts,other materials and so on,want to know different data formats andwriting methods,please pay attention!使用 MEGA 构建进化树的流程如下：1. 数据准备：收集需要构建进化树的序列数据，可以是 DNA 序列或蛋白质序列。

将clustal 排好的序列转成MEGA 格式
MEGA4.0.1
eDataDistanceEPhylogenyPatternSelectionAlignmentWindowsHelp
We 20:45:42
2.打开MEGA 格式的文件，点PHYLOGENY 要建BOOTSTRA 脸验的树，如下图。

有四种建树方法，NJ,MP,ME,andUPGMA。

后面以NJ 为例。

DataFile
Got 。

the 、正GA 橇，ebpa3 Tutorial&nHowto 匚第ME tickni3toacika*adaiafi
3。

点击NJ后如下图。

点击绿色方格可以改变BOOTSTRA呻重复的次数（＞100）, GAP是pairwise还是completedeletion（一般选PAIRWISE）,适合你数据的替换
模型（有MODELTEST可以检验）。

（一定要根据自己的数据来设这些值）
4。

一切就绪后，点击COMPUTE结果如下，红圈中的数字就是bootstrap值，一般大于70%的枝认为比较有意义.
5。

如果有外类群，你可以直接点击你的外类群，得到有根树
网M4:Tre&Explcrer(C:\Use
FileImageSubtreeVie
口昌电配e t
AOriginaltreeIBootstrapc
RootonBranch
6。

基本过程就是这样，MEGA还有其他一些功能，希望大家继续补充。

怎样使用MEGAt 立进化树如何使用MEGA4.0#立进化树 1、首先是双击软件打开如下图所示|M| ijaKMr3 valj 141 Mrhr ArgrwricQt iVvta“qplii ：护 忏冲 i 二客H - I 号筍需.廿星"LIF M ■ H 、-| II ■ DKi -Mjrsrze: H r« r-r r ^c>az^ LCS2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作M4. Aligmr>&nl Explof頁H L lQnmt*Ftji Editm e祁3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，贝U出现下面的窗口刚M4： Alfgnment Explorer匚;日屯EJrt S«ar di Aflgmnenl Wfrb $e<)□ d| D ◎日「蹇輻酋1 41象Protein S^quer匚弊1|主曲色"匕色丄4、然后右击sequenee 1,修改名字，如改成DPVFrotejn Sequence?5、然后从Word里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴G 辱CopfPTCtfiT X CU,書 f sterna6则可出现如下图的序列了□ QCW1C3 iRWfl Wq^ri[ V^i>n irequ^Ki 幷册枷・1話皿讥曲佰i"—喇・ct Mgeirc 惟■ sy7、然后点击窗口上的保存图标保存 8、重复从3开始，直到你的序列输入完9、序列输入元后进行最后的保存，方法如下垂邑trit 5|讨之斗和"1 of op«r * dow亠 P TOUMT 1 <io-jrr<n接下来打开册b M 罗哥 H*lpi t X t tt b要输入ul7两次保存名字一然后关闭这个窗口出现下面这个窗口■■■MM Jfc接下来就可以建立各种样式的进化树〜乜 MdngHie-r jein^ IMJL* &? Wrigym 佔抽杓也山-« UW3ML ■> ■小h,鼻 陆01申*貝Trfl 和 Hi^Tgrn^ ，HnNkk T ivn HnM "d i-Oi^4*cflArs R 协 FriWrt '^l^diCNHE軒I 匚 fkrti tiiitanr-ri : hy A 护产就 匸沁”-嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好〜。