新版PubMed文献检索ppt课件

NCBI成立的主要任务为： 提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色 发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程， 包 括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促 进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递 与 管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生 物重要分子的结构与功能。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别 基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整 个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有： 开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工 具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从 HTTP或FTP来获得。
与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提 高实验研究质量。
NCBI组织架构
Information Engineering Branch（IEB）
进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗 传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。
设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包 括核酸、蛋白质与结构信息。
Entrez可以检索的数据库
Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of
Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、 临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词数据库 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、 RefSeq和PDB等三大序列数据库）
NCBI组织架构
Computational Biology Branch （CBB） Information Engineering Branch（IEB） Information Resources Branch（IRB）
NCBI组织架构
Computational Biology Branch（CBB）
新版PubMed检索
新版PubMed检索
PubMed及NCBI相关数据库 PubMed数据范围 认识新版PubMed PubMed检索方法 PubMed RSS学科跟踪
PubMed及相关数据库
NCBI(National Center for Biotechnology Information，美 国国立生物技术信息中心)
NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因 是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生 物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI 是National Institutes of Health（NIH）底下的National Library of Medicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医 学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。 NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。
Entrez以及BLAST
Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类， 和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色 体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信 息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列， 大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。 Entrez的一能力。PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在 MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的 出版商网络站点的全文文章。
设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程 的计算服务。
协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整 合数据库或连结至外部数据库。
建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。 提供软件与数据库设计咨询与建议。 发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。
NCBI资源
NCBI目前提供的生物信息资源主要分为
生物数据库 生物信息工具
NCBI资源
生物数据库
生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计 算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究 人员而言，数据库必须符合：容易取得信息以及只取得 回答特殊生物问题的信息两项功能。
NCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez，可用来获取单 一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质 数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分 类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开 （Open Access）数据库包括如下：
处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理 论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、 序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力 学与交互作用、结构/功能预测等。
建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界 之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家 间的计算分子生物合作研究计划。
提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。