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甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）第一部分基因组DNA的提取。
这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。
DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。
此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。
因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者。
使用两者的细节：1：蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20mg/ml；2：RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶，即在购买市售RNA酶后进行再处理，配制成10mg/ml。
否则可能的后果是不仅没有RNA，连DNA也被消化了。
两者均于-20度保存。
验证提取DNA的纯度的方法有二：1：紫外分光光度计计算OD比值；2：1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳。
我倾向于第二种方法，这种方法完全可以明确所提基因组DNA的纯度，并根据Marker的上样量估计其浓度，以用于下一步的修饰。
第二部分亚硫酸氢钠修饰基因组DNA如不特别指出，所用双蒸水（DDW）均经高压蒸汽灭菌。
1：将约2ugDNA于1.5mlEP管中使用DDW稀释至50ul；2：加5.5ul新鲜配制的3M NaOH；3：42℃水浴30min；水浴期间配制：4：10mM对苯二酚（氢醌），加30ul至上述水浴后混合液中；（溶液变成淡黄色）5：3.6M亚硫酸氢钠（Sigma，S9000），配制方法：1.88g亚硫酸氢钠使用DDW稀释，并以3M NaOH滴定溶液至PH 5.0，最终体积为5ml。
这么大浓度的亚硫酸氢钠很难溶，但加入NaOH后会慢慢溶解，需要有耐心。
PH一定要准确为5.0。
加520ul至上述水浴后溶液中。
6：EP管外裹以铝箔纸，避光，轻柔颠倒混匀溶液。
7：加200 ul 石蜡油，防止水分蒸发，限制氧化。
8：50℃避光水浴16h。
一般此步在4pm开始做，熟练的话不到5pm即可完成，水浴16h正好至次日8am 以后收，时间上很合适。
DNA甲基化检测方法引言DNA甲基化是一种常见的基因表达调控方式，可以影响基因的转录和表达，以及细胞分化和发育等生物学过程。
因此，对DNA甲基化状态的准确检测和分析对于理解疾病发生发展机制以及预防和治疗疾病具有重要意义。
本文将介绍几种常用的DNA甲基化检测方法，并对它们的原理和应用进行详细描述。
1. 甲基化特异性PCR（MSP）甲基化特异性PCR（Methylation Specific PCR，MSP）是一种经典的DNA甲基化检测方法。
该方法通过特殊的PCR反应体系和引物设计，可以区分甲基化和非甲基化的DNA序列。
具体步骤如下：•DNA提取：从待测样品中提取DNA。
•甲基化处理：对DNA进行化学甲基化处理，使甲基化的嵌合基对应DNA序列得以保留，非甲基化的嵌合基对应DNA序列则被转化为不同的碱基。
•PCR反应：使用特异性引物对甲基化和非甲基化的DNA片段进行扩增。
•电泳分析：将PCR产物进行凝胶电泳分析，根据PCR产物的大小和形态进行甲基化状态的判断。
MSP方法具有操作简便、快速、经济等优点，已广泛应用于DNA甲基化的研究和临床诊断中。
2. 甲基化敏感限制性内切酶PCR（MSRE-PCR）甲基化敏感限制性内切酶PCR（Methylation Sensitive Restriction Enzyme-PCR，MSRE-PCR）是一种基于限制性内切酶的DNA甲基化检测方法。
该方法利用甲基化敏感的限制性内切酶和非甲基化敏感的限制性内切酶对DNA进行切割，然后通过PCR扩增来检测DNA甲基化状态。
步骤如下：•DNA提取：从待测样品中提取DNA。
•限制性内切酶切割：使用甲基化敏感和非甲基化敏感的限制性内切酶对DNA进行切割，甲基化酶切割后产生线性DNA片段，非甲基化酶切割后产生环状DNA片段。
•PCR反应：对内切酶切割后的DNA片段进行PCR扩增。
•电泳分析：将PCR产物进行凝胶电泳分析，根据不同大小的PCR产物来判断DNA的甲基化状态。
dna甲基化检测方法
DNA甲基化检测是研究基因组表观遗传调控的重要方法之一，常用于癌症、神经系统疾病、发育障碍等研究。
常见的DNA甲基化检测方法包括：
1. 甲基化特异性限制酶消化（Methylation-Specific Restriction Enzyme Digestion）：通过使用甲基化特异性限制酶，可以选择性地切割未甲基化或甲基化的DNA片段，从而区分甲基化和未甲基化的DNA区域。
2. 亲和富集（Methyl-CpG binding domn-based Pull-down Assay）：通过亲和层析方法，利用DNA结合域能够结合甲基化的CpG位点的蛋白质，将甲基化的DNA片段富集出来，再通过测序或PCR等方法进行分析。
3. 甲基化特异性PCR（Methylation-Specific PCR，MSP）：通过使用甲基化特异性引物，在Bisulfite处理后的DNA上进行PCR，从而区分甲基化和未甲基化的DNA 片段。
4. 甲基化敏感限制酶消化和PCR（Methylation-Sensitive Restriction Enzyme Digestion and PCR）：通过使用甲基化敏感限制酶和甲基化特异性引物，在Bisulfite处理后的DNA上进行PCR，可以区分不同的甲基化状态。
5. 甲基化芯片技术（Methylation Array）：采用芯片技术，可以同时检测大量的DNA甲基化位点，进行全基因组水平的甲基化分析。
以上方法各有优缺点，研究人员可以根据具体实验目的和
需求选择合适的方法进行DNA甲基化检测。
DNA甲基化检测方法DNA甲基化是一种常见的表观遗传修饰方式，通过甲基化在DNA分子上的加合，可以调节基因表达和遗传信息传递。
因此，DNA甲基化检测在遗传学研究、疾病诊断和治疗中具有重要意义。
本文将介绍几种常用的DNA甲基化检测方法，并对其原理、优缺点进行详细讨论。
1.甲基化特异性PCR法（MSP）甲基化特异性PCR法是一种利用特异性甲基化酶、限制性内切酶或碱性处理剂以及增强法进行检测的方法。
该方法的原理是通过甲基化特异性的酶对DNA进行酶切，使得未甲基化的DNA片段与经PCR增强的片段长度不同，从而通过凝胶电泳进行检测和分析。
优点是简单、快速且成本低廉，但缺点是需要设计和合成特异性甲基化酶。
2.基于测序的甲基化特异性分析基于测序的甲基化特异性分析方法主要有甲基化抑制PCR法（MIP）和甲基化敏感限制性内切酶测序法（MSRE-Seq）等。
甲基化抑制PCR法是通过特殊的多聚合酶在特定温度下对未甲基化的DNA完成增长，而甲基化DNA则无法进行扩增，从而区分甲基化和未甲基化的位点。
甲基化敏感限制性内切酶测序法则是首先使用甲基敏感限制性内切酶对DNA进行切割，然后进行测序分析。
这两种方法具有较高的精确性和灵敏性，但测序成本较高。
3. 甲基化特异性酶切测序法（MRE-Seq）甲基化特异性酶切测序法是一种通过甲基化特异性酶切和测序进行检测的方法。
该方法首先使用甲基敏感限制性内切酶将DNA切割成小片段，并在切割位点的两端加入特异性的测序引物，然后进行PCR增强和高通量测序。
通过测序得到的序列和甲基化位点的分布情况可以对DNA甲基化进行精确的定量和定位分析。
甲基化特异性酶切测序法具有高通量、高灵敏度和高分辨率等优点，但仍存在PCR偏差等问题。
4.甲基化微阵列甲基化微阵列是一种通过DNA的甲基化特异性杂交来检测和定量DNA 甲基化水平的方法。
该方法利用DNA片段与微阵列芯片上的探针发生特异性杂交，然后通过荧光信号检测和分析。
DNA甲基化检测方法DNA甲基化检测方法主要包括基于测序的方法和基于非测序的方法。
基于测序的方法包括甲基化指纹测序 (Methylome Sequencing) 和全基因组甲基化分析 (Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)。
基于非测序的方法包括限制性片段长度多态性 (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP) 和甲基化特异性PCR (Methylation-Specific PCR, MSP)。
下面分别介绍这些方法的原理和应用。
全基因组甲基化分析是一种基于测序的DNA甲基化检测方法。
它通过对全基因组进行测序，得到每个碱基的甲基化状态。
首先，将DNA进行亚硫酸盐处理，将未甲基化的胞嘧啶转化为脱氧尿嘧啶，再进行测序。
然后，通过比对测序结果和参考基因组，可以得到每个位置的甲基化状态。
限制性片段长度多态性是一种基于非测序的DNA甲基化检测方法。
它通过酶切DNA后，观察酶切位点是否发生改变来判断甲基化的差异。
该方法利用了限制酶对于未甲基化的CpG位点酶切敏感，而对于甲基化的CpG位点酶切不敏感的特性。
首先，将DNA进行酶切，然后使用凝胶电泳等方法，观察DNA片段的长度差异。
甲基化特异性PCR是一种基于非测序的DNA甲基化检测方法。
它通过PCR扩增甲基化和未甲基化的DNA片段来检测甲基化的差异。
首先，将DNA进行亚硫酸盐处理，将未甲基化的胞嘧啶转化为脱氧尿嘧啶。
然后，设计特异性引物，选择甲基化和未甲基化的DNA片段进行PCR扩增。
最后，通过凝胶电泳等方法观察PCR产物，确定甲基化的差异。
DNA甲基化检测方法在许多领域广泛应用。
在癌症研究中，可以通过甲基化指纹测序和全基因组甲基化分析来鉴定癌细胞和正常细胞之间的甲基化差异，进一步了解癌症发生发展的机制。
在遗传学研究中，可以通过DNA甲基化检测来鉴定父母遗传给子代的甲基化模式，进一步研究甲基化在遗传变异中的作用。
（完整版）甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）甲基化检测方法（亚硫酸氢盐修饰后测序法）第一部分基因组DNA的提取。
这一步没有悬念，完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒，如果实验室条件成熟，自己配试剂提取完全可以。
DNA比较稳定，只要在操作中不要使用暴力，提出的基因组DNA应该是完整的。
此步重点在于DNA的纯度，即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要。
因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者。
使用两者的细节：1：蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20mg/ml；2：RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶，即在购买市售RNA酶后进行再处理，配制成10mg/ml。
否则可能的后果是不仅没有RNA，连DNA也被消化了。
两者均于-20度保存。
验证提取DNA的纯度的方法有二：1：紫外分光光度计计算OD比值；2：1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳。
我倾向于第二种方法，这种方法完全可以明确所提基因组DNA的纯度，并根据Marker的上样量估计其浓度，以用于下一步的修饰。
第二部分亚硫酸氢钠修饰基因组DNA如不特别指出，所用双蒸水（DDW）均经高压蒸汽灭菌。
1：将约2ugDNA于1.5mlEP管中使用DDW稀释至50ul；2：加5.5ul新鲜配制的3M NaOH；3：42℃水浴30min；水浴期间配制：4：10mM对苯二酚（氢醌），加30ul至上述水浴后混合液中；（溶液变成淡黄色）5：3.6M亚硫酸氢钠（Sigma，S9000），配制方法：1.88g亚硫酸氢钠使用DDW稀释，并以3M NaOH滴定溶液至PH 5.0，最终体积为5ml。
这么大浓度的亚硫酸氢钠很难溶，但加入NaOH后会慢慢溶解，需要有耐心。
PH一定要准确为5.0。
加520ul至上述水浴后溶液中。
6：EP管外裹以铝箔纸，避光，轻柔颠倒混匀溶液。
7：加200 ul 石蜡油，防止水分蒸发，限制氧化。
8：50℃避光水浴16h。
一般此步在4pm开始做，熟练的话不到5pm即可完成，水浴16h 正好至次日8am 以后收，时间上很合适。
单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法1. 内容简述单细胞DNA甲基化测序是一种高分辨率的基因表达和表观遗传学研究方法，它允许研究者检测单个细胞的DNA甲基化状态。
这种技术为理解细胞异质性、基因调控机制以及疾病发展中的表观遗传变化提供了有力工具。
样本制备：首先，从生物体中提取单细胞，然后利用亚硫酸盐转化技术将DNA中的甲基化修饰转换为羟基化修饰，以供后续测序。
文库构建：转化后的DNA被随机打断成小片段，并加上特定的接头序列，以便进行PCR扩增和测序。
测序：构建好的文库被加载到测序芯片上，通过高通量测序技术进行测序。
数据分析：获得的原始数据需要经过一系列清洗、比对、标准化等处理步骤，以获得高质量的甲基化数据集。
甲基化状态分析：识别每个细胞中的甲基化位点，并比较不同细胞之间的甲基化差异。
差异甲基化分析：识别在不同实验条件下（如疾病状态、环境压力等）甲基化模式的差异。
生物信息学分析：使用统计软件和算法对数据进行深度挖掘，发现与特定生物学过程或疾病相关的甲基化模式。
通过对这些数据的综合分析，研究者可以揭示细胞功能的动态变化、基因表达的调控机制以及表观遗传学在疾病发生中的作用。
1.1 单细胞DNA甲基化测序技术简介简称SCDBS)是一种高通量、高分辨率的分析方法，用于研究单个细胞中基因组水平的DNA甲基化状态。
该技术通过测序和分析单细胞中的甲基化位点序列，揭示了基因表达差异、发育过程、疾病发生机制等方面的信息。
随着高通量测序技术的快速发展，SCDBS已经成为生物学研究的重要工具之一。
SCDBS的主要流程包括：样品准备、文库构建、测序、数据处理和分析等步骤。
需要将单细胞样本进行处理，如去除血浆等杂质，保证测序结果的准确性。
通过构建文库来存储待测的DNA片段，通常采用Illumina测序平台进行高通量测序。
对测序数据进行质量控制和过滤，以去除低质量序列和伪迹。
利用生物信息学工具对数据进行处理和分析，包括聚类分析、差异基因表达分析、甲基化模式比较等。
全基因组甲基化测序的具体方法及步骤全基因组甲基化测序（whole-genome bisulfite sequencing）是一种高通量的测序技术，可以用来检测DNA上的甲基化状态。
甲基化是一种常见的DNA化学修饰形式，对基因表达和细胞分化等过程具有重要影响。
全基因组甲基化测序可以精确地测定基因组DNA的甲基化位点和水平，为研究基因组表观遗传变异和疾病发生机制提供了有力的工具。
以下是全基因组甲基化测序的具体方法和步骤：1.DNA提取：从研究对象的细胞或组织中提取总DNA。
常用的DNA提取方法有酚-氯仿法、磁珠法等。
2. DNA酶切：使用专门的酶（如MspI）对DNA进行切割，得到平衡的DNA片段。
3. 甲基化处理：将DNA暴露于亚硫酸盐（sodium bisulfite）的甲基硫湿气中。
亚硫酸盐可以将未甲基化的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（T），而甲基化的胞嘧啶不受影响。
这样，通过对比未经处理和经过处理的DNA序列，就可以确定甲基化位点的位置。
4.DNA纯化：使用一系列的纯化步骤，包括酚酸萃取、氯仿萃取和乙醇沉淀等，来去除杂质，使DNA适合进一步的测序分析。
5. 碱基浏览：将经过甲基化处理的DNA片段扩增，并进行高通量测序。
最常用的测序方法是Illumina测序技术。
6. 数据分析：对测序产生的原始数据进行质量控制、序列比对和甲基化位点检测等分析。
这些分析可以使用专门的软件包，如Bismark、Bisulfite-Seq等进行。
7.数据解释：统计和分析甲基化的结果，包括甲基化位点的数量、分布和甲基化水平等信息。
可以使用一系列统计方法和可视化工具，如R语言和基因组浏览器等，进行数据解释和结果展示。
以上就是全基因组甲基化测序的主要方法和步骤。
这种技术的主要优点是可以全面、高通量地测定整个基因组的甲基化状态，为基因组表观遗传变异和疾病发生机制的研究提供了重要的信息。
但是，全基因组甲基化测序也存在一些技术难题，比如DNA片段的扩增偏差和测序误差等，需要在实验设计和数据分析过程中加以考虑和解决。
DNA甲基化检测技术全攻略DNA甲基化是指DNA分子中的碱基Cytosine（胞嘧啶）在其C5位点上与甲基基团结合形成5-甲基胞嘧啶的化学反应。
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰方式，被认为在基因组的稳定性和调控中起着关键的作用。
DNA甲基化异常与多种疾病的发生和发展密切相关，包括癌症、心血管疾病、神经系统疾病等。
因此，开发DNA甲基化检测技术，对于深入研究疾病的发生机制、早期诊断、疾病分型和治疗方案的制定具有重要意义。
一、DNA甲基化检测方法1.甲基特异性PCR(MSP)甲基特异性PCR是一种将DNA甲基化水平转化为PCR信号的方法。
该方法针对DNA甲基化位点进行甲基化特异性的酶切反应，然后利用PCR扩增技术对甲基化和非甲基化的DNA片段进行分离和测定。
2.甲基化特异性限制酶切(MSRE)甲基化特异性限制酶切方法依赖于特定甲基化位点上的酶切敏感性。
该方法先通过限制酶切鉴定DNA甲基化位点的状态，然后通过聚合酶链反应(PCR)或更高通量的测序技术进行测定。
3.甲基化特异性测序甲基特异性测序技术是一种通过测序方法直接确定DNA甲基化位点的状态。
这种方法依赖于高通量测序技术，可以同时测定数百万个甲基化位点。
4.甲基化敏感扩增多态性(MS-AFLP)甲基化敏感扩增多态性方法是一种将甲基化位点转化为特定扩增片段的方法。
该方法利用比较性PCR和限制酶切结合的方法，挑选与DNA甲基化状态相关的扩增产物，从而实现对DNA甲基化状态的测定。
二、DNA甲基化检测技术的应用1.疾病早期诊断2.疾病分型不同疾病的DNA甲基化模式存在差异，通过检测DNA甲基化状态可以将疾病进行分型，从而有针对性地制定治疗方案。
3.肿瘤治疗效果评估针对肿瘤治疗过程中的DNA甲基化变化，可以通过检测DNA甲基化状态来评估治疗效果。
如果治疗有效，DNA甲基化状态会发生改变。
4.基因组稳定性分析三、DNA甲基化检测技术的优势和挑战优势：1.高灵敏度和特异性：DNA甲基化检测技术具有高灵敏度和特异性，可以测量DNA甲基化的水平和位点。
甲基化检测方法甲基化是一种通过在DNA分子中结合甲基基团来添加化学修饰的过程。
这种化学修饰可以影响基因表达模式，从而对细胞功能和发育过程产生深远影响。
因此，甲基化检测方法在研究生物学、遗传学以及疾病发生机制等方面具有重要意义。
亚硫酸氢盐修饰后测序法是一种被广泛应用于甲基化检测的方法之一，本文将对其原理、步骤和应用进行详细介绍。
亚硫酸氢盐修饰后测序法的原理基于DNA中的甲基化位点与亚硫酸氢盐发生化学反应的特性。
亚硫酸氢盐可以与未甲基化的胞嘧啶碱基形成二硫键结合，而与甲基化的胞嘧啶碱基则不能发生此反应。
利用这个原理，可以将未甲基化的胞嘧啶通过亚硫酸氢盐修饰转化为胞嘧啶-4-亚硫酸酯（CMPS），而甲基化的胞嘧啶则保持不变。
然后，通过测序技术对DNA进行测序，可以得知胞嘧啶碱基是否甲基化。
该方法的具体步骤如下：1.DNA提取：从待测样品中提取DNA，可以使用常规的DNA提取方法来纯化DNA。
2.亚硫酸氢盐修饰：将DNA与亚硫酸氢盐（如亚硫酸氢钠）反应，使未甲基化的胞嘧啶碱基发生亚硫酸化修饰。
通过调整反应条件，可以使甲基化的胞嘧啶碱基保持原样。
3.水解：在亚硫酸氢盐修饰后，将DNA进行水解反应，以将DNA降解成较小的核苷酸片段。
4. 测序：将水解后的DNA片段进行测序，可以使用传统的Sanger测序技术或者高通量测序技术（如二代测序）来完成。
通过测序结果的比对分析，可以确定甲基化位点。
总结起来，亚硫酸氢盐修饰后测序法是一种常用的甲基化检测方法。
通过将DNA中的未甲基化胞嘧啶进行化学修饰，然后通过测序技术分析甲基化位点，可以揭示基因组中的甲基化特征以及其在生物学和疾病中的作用。
在未来，随着测序技术的不断发展和改进，亚硫酸氢盐修饰后测序法还将为我们提供更多深入的甲基化信息。
DNA甲基化谱图分析的步骤与技巧DNA甲基化是指DNA分子上的甲基基团（CH3）与DNA碱基之间的化学修饰。
甲基化是真核生物中一种重要的表观遗传修饰方式，对基因的表达和细胞分化具有关键的调控作用。
通过进行DNA甲基化谱图分析，我们可以深入了解DNA甲基化模式及其在疾病发展中的关联。
本文将介绍DNA甲基化谱图分析的步骤与一些技巧。
DNA甲基化谱图分析步骤如下：1. DNA提取：首先从样本（例如血液、组织）中提取DNA。
目前常用的DNA 提取方法有酚-氯仿法、盐法和商用DNA提取试剂盒等。
提取的DNA应具有足够的纯度和质量。
2. 甲基化酶处理：将提取的DNA与DNA甲基化酶一起反应，使DNA上的未甲基化位点与酶反应形成的底物结合。
DNA甲基化酶有多种选择，如DNMT3A、DNMT1和M.SssI等。
反应的时间和温度需要根据实验需求进行调整。
3. 甲基化位点富集：使用合适的方法富集DNA上的甲基化位点。
常用的方法包括甲基化特异性抗体富集、甲基化诱导剂富集和化学法富集等。
这些方法都可有效提高甲基化位点的富集效率。
4. DNA测序：将富集后的甲基化DNA样本进行测序，生成原始的测序数据。
目前，常用的测序技术有二代测序技术如Illumina HiSeq和三代测序技术如PacBio SMRT。
5. 数据分析：利用生物信息学工具和软件分析原始测序数据，得到甲基化谱图。
数据分析过程包括原始数据的质控、序列比对、甲基化位点识别和甲基化水平计算等。
常用的数据分析工具包括Bismark、MethylKit和MethylC-seq等。
DNA甲基化谱图分析的技巧如下：1. 样品选择与准备：选择与研究目标相关的样本，如疾病患者组织或动物实验模型。
确保样本的质量和纯度对于得到准确的结果至关重要。
2. 实验条件优化：基于实验目的和样本特点，优化DNA甲基化过程中的反应条件，如甲基化酶的浓度、反应时间和温度等。
这一步骤需要进行一系列实验和优化以确保实验结果的可靠性。
dna甲基化检测流程
DNA甲基化检测流程一般分为以下几个步骤：
1. 样本采集：从人体组织、血液、唾液等不同来源采集样本。
如血液，采用相关试剂盒提取DNA并进行纯化处理。
2. 甲基化处理：将DNA样本进行甲基化处理。
方法包括化学处理或特定酶切技术切除未甲基化位点。
3. 扩增：利用PCR扩增目标DNA片段，甲基化位点将在PCR扩增的过程中得到保存。
4. 电泳：将PCR产物进行电泳分离，可根据其大小和电荷性质分类。
5. 分析：利用基因芯片技术或测序技术对PCR产物进行分析，以获取目标DNA序列中的甲基化位点信息。
6. 数据分析：根据分析结果，通过统计学分析、生物信息分析等方法分析数据，从而获得目标DNA序列中的甲基化位点的数量和分布情况信息。
经过以上步骤，就可以完成DNA甲基化检测流程。
此检测流程主要用于基因组、表观遗传学等领域的研究和疾病诊断等方面的应用。
甲基化检测原理及步骤DNA实验技术方法汇总DNA亚硫酸氢盐修饰和纯化操作步骤修饰设计：使用CpGenome TM kit使胞嘧啶转化为尿嘧啶的步骤如下。
中等温度碱性pH下使DNA变性成为单链形式暴露出碱基。
试剂一，一种包含亚硫酸氢根的钠盐，可使未甲基化的胞嘧啶磺化和水解脱氨，产生一种尿嘧啶磺酸盐中间产物。
然后DNA在另一种盐﹙试剂二﹚存在的条件下与一种微粒载体﹙试剂三﹚结合，并通过重复离心和在70%的乙醇中重悬浮脱盐。
向尿嘧啶的转化是通过在90%的乙醇中反复碱性脱磺酸基作用和脱盐完成的。
DNA最终在TE缓冲液中通过加热从载体上洗脱下来。
第一步：试剂准备（1）3 M NaOH原料（用前现配）把1g干NaOH片剂溶解在8.3mL水中。
使用此类腐蚀性碱，注意小心谨慎和实验操作。
（2）20 mM NaOH/90% EtOH（用前现配）配制1mL该溶液需：900μl 100%的乙醇，93.4μl水，6.6μl 3M 的氢氧化钠。
（3）溶解试剂Ⅰ（用前现配）打开前将试剂瓶加温至室温。
对每份待修饰的样本，称取0.227g DNA修饰试剂Ⅰ加入0.571mL水中。
充分涡旋振荡混合。
使用该试剂时要小心谨慎，因为它对呼吸系统和皮肤有刺激性。
用大约20μl 3M NaOH调整pH至5.0，用pH试纸检测pH值。
试剂Ⅰ避光保存以免分解。
为了最佳效果，试剂应在配置后立即使用。
（4）溶解试剂Ⅱ打开前将试剂瓶加温至室温。
将1μl β-巯基乙醇加入20mL去离子水中。
每份待修饰的DNA样本需将750μl该溶液加入到1.35g DNA 修饰Ⅱ。
充分混合确保完全溶解。
过量的试剂可用箔纸包裹的容器、2℃-8℃、避光保存长达6周。
第二步：DNA修饰程序1、在带有螺旋形瓶盖的1.5-2.0mL的微量离心管中：将7.0μl 3M NaOH加入到含有1.0 μg DNA的100μl水中（10ng/μl），混匀。
注意：如果样本含有的DNA量不到1.0μg，就向样本DNA中加入2 μl DNA修饰试剂Ⅳ并加水至总体积100μl。
dna甲基化检测流程
DNA甲基化检测是一种常用的分子生物学技术，用于研究基因的表达、细胞分化和发育等过程中对基因组的调控作用。
其基本流程如下：
1. DNA提取：从待检测样本(如血液、组织等)中提取DNA。
2. 反应体系制备：根据实验设计，制备PCR反应体系，包括DNA 模板、引物、酶和缓冲液等。
3. PCR扩增：利用PCR技术进行DNA扩增，扩增出目标基因片段。
4. 限制性酶切：将扩增出的基因片段利用限制性酶切割，得到
特定的DNA片段。
5. 电泳分离：将切割后的DNA片段进行电泳分离，根据片段大
小进行分离。
6. 聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析：根据DNA片段长度进行鉴定和分类，得到甲基化和未甲基化的DNA片段。
7. 数据分析：将分离得到的DNA片段进行分析和比较，得出目
标基因的甲基化状态。
以上是DNA甲基化检测的基本流程，不同实验设计和研究目的下，可能会有所差异。
近年来，随着高通量测序技术的发展，也出现了更高效、更准确的DNA甲基化检测方法。
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DNA甲基化检测技术全攻略DNA甲基化是指DNA分子上的甲基基团与DNA碱基结合，从而调节基因的转录活性。
甲基化的变化在许多疾病和发育过程中起着重要作用。
因此，DNA甲基化检测技术成为了研究和诊断领域中的关键工具之一、本文将介绍DNA甲基化检测技术的全攻略，包括常用的方法和关键步骤。
一、DNA甲基化检测技术的基本原理全基因组的甲基化检测通常使用甲基化敏感的限制酶来区分甲基化和非甲基化的DNA。
通过将DNA与限制酶一起处理，只有非甲基化的DNA会被酶切割。
然后可以使用聚合酶链反应（PCR）或基因芯片等方法来扩增和检测特定的DNA片段。
位点特异性的甲基化检测主要通过甲基化特异性的PCR或测序方法来实现。
首先需要设计特异性的引物，这些引物能够在甲基化和非甲基化的DNA片段上扩增。
接着，通过PCR扩增或测序分析来确定甲基化位点的状态。
二、DNA甲基化检测技术的常用方法1.甲基化敏感的限制酶消化法：通过将DNA与甲基化敏感的限制酶一起处理，只有非甲基化的DNA会被酶切割。
然后可以使用PCR或基因芯片等方法来扩增和检测特定的DNA片段。
2.甲基化特异性的PCR：通过设计甲基化特异性的引物，来扩增甲基化和非甲基化的DNA片段。
这种方法可以用于位点特异性的甲基化检测。
3.甲基化特异性的测序方法：通过测序分析来确定DNA片段上的甲基化状态。
这种方法可以用于全基因组的甲基化检测。
三、DNA甲基化检测技术的关键步骤1.样本的准备：样本可以是基因组DNA或特定的DNA片段。
对于全基因组的甲基化检测，需要提取和纯化高质量的基因组DNA。
对于位点特异性的甲基化检测，可能需要对DNA进行限制酶切割或甲基化特异性的PCR 前处理。
2.甲基化敏感的限制酶消化或甲基化特异性的PCR：根据实验设计，选择合适的方法来检测甲基化状态。
对于甲基化敏感的限制酶消化法，将DNA和甲基化敏感的限制酶一起处理，然后使用PCR或基因芯片等检测方法来扩增和检测特定的DNA片段。
DNA甲基化检测技术全攻略近年来涌现出不少DNA甲基化的检测技术，少说也有十几种。
大致可以分为两类：特异位点的甲基化检测和全基因组的甲基化分析，后者也称为甲基化图谱分析(methylation profiling)。
下面大家介绍一些常用的方法。
特异位点的甲基化检测甲基化特异性PCR(MS-PCR)这种方法经济实用，无需特殊仪器，因此是目前应用最为广泛的方法。
在亚硫酸氢盐处理后，即可开展MS-PCR。
在传统的MSP方法中，通常设计两对引物，一对MSP引物扩增经亚硫酸氢盐处理后的DNA模板，而另一对扩增未甲基化片段。
若第一对引物能扩增出片段，则说明该检测位点存在甲基化，若第二对引物能扩增出片段，则说明该检测位点不存在甲基化。
这种方法灵敏度高，可用于石蜡包埋样本，且不受内切酶的限制。
不过也存在一定的缺陷，你要预先知道待测片段的DNA序列，并设计出好的引物，这至关重要。
另外，若存在亚硫酸氢盐处理不完全的情况，那可能导致假阳性。
亚硫酸氢盐处理+测序这种方法一度被认为是DNA甲基化分析的金标准。
它的过程如下：经过亚硫酸氢盐处理后，用PCR扩增目的片段，并对PCR产物进行测序，将序列与未经处理的序列进行比较，判断CpG位点是否发生甲基化。
这种方法可靠，且精确度高，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态，但需要大量的克隆测序，过程较为繁琐、昂贵。
联合亚硫酸氢钠的限制性内切酶分析法(COBRA)DNA样本经亚硫酸氢盐处理后，利用PCR扩增。
扩增产物纯化后用限制性内切酶(BstUI)消化。
若其识别序列中的C发生完全甲基化(5mCG5mCG)，则PCR扩增后保留为CGCG，BstU I能够识别并进行切割;若待测序列中，C未发生甲基化，则PCR后转变为TGTG，BstUI识别位点丢失，不能进行切割。
这样酶切产物再经电泳分离、探针杂交、扫描定量后即可得出原样本中甲基化的比例。
这种方法相对简单，可快速定量几个已知CpG位点的甲基化，且需要的样本量少。
然而，它只能获得特殊酶切位点的甲基化情况，因此检测阴性不能排除样品DNA中存在甲基化的可能。
荧光定量法(Methylight)此种方法利用TaqMan® 探针和PCR引物来区分甲基化和未甲基化的DNA。
首先用亚硫酸氢盐处理DNA片段，并设计一个能与待测位点互补的探针，随后开展实时定量PCR。
这种方法最大的优势在于其高通量和高敏感性，且无需在PCR后电泳、杂交等操作，减少了污染和操作误差。
Qiagen就提供了多种预制的MethyLight分析。
EpiTect MethyLight PCR Kit包括了两条甲基化敏感的TaqMan探针和2条甲基化不敏感的PCR引物。
随着目标序列甲基化状态的不同，只有FAM标记的亚硫酸氢盐转化的甲基化DNA特异的TaqMan探针，或只有VIC标记的亚硫酸氢盐转化的未甲化的DNA特异的TaqMan探针能与目标序列杂交。
如果探针与DNA杂交则释放出荧光信号。
信号强度与PCR产物的量成正比，据此可计算出样品的甲基化程度。
甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析亚硫酸氢盐处理后，甲基化与未甲基化DNA会存在序列差异，这种差异可通过熔解曲线分析来发现，因为甲基化DNA含有更多的GC，相对更难熔解。
根据熔解温度及峰型的变化，可轻易区分完全甲基化、完全非甲基化或杂合甲基化。
高分辨率熔解(HRM)技术可检出极微小的差别。
使用这种方法进行甲基化分析仅需一对引物，相比以往的方法更加快捷、简便和精确。
不过对仪器的要求颇高，需要带HRM模块的荧光定量PCR仪。
目前市场上有多款PCR仪可满足要求，包括Illumina的Eco、QIAGEN的Rotor-Gene Q、罗氏LightCycler 480等。
焦磷酸测序焦磷酸测序技术(Pyrosequencing)作为一种新的序列分析技术，能够快速地检测甲基化的频率，对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测，为甲基化研究提供了新的途径。
通过准确定量单个连续的CpG 位点上的甲基化频率，焦磷酸测序本身能检测并定量甲基化水平上的细微改变。
在序列延伸过程中，根据C和T的掺入量来定量确定单个位点的C-T 比例。
因此，不同位点的甲基化变异就能被准确检测。
由于焦磷酸测序提供了真实的序列数据，甲基化状态也就以序列形式呈现。
QIAGEN目前提供三种焦磷酸测序仪器，通量由低到高，适合不同的应用。
PyroMark Q24 的强项在于可对多达24个样品进行焦磷酸测序。
需要大样品量的应用更适合在PyroMark Q96 ID 上进行。
在考虑到处理成百上千个样品所需的大量试剂时，运行通量最大化可能会使实验成本变得很高。
而PyroMark Q96 MD 装有一台高度灵敏的光检测摄像头，可以在减少试剂量的情况下对少量的DNA模板进行准确测序。
为配合焦磷酸测序，QIAGEN还推出了PyroMark CpG Assays。
这些预设计的甲基化分析使用特别定制的算法来设计出焦磷酸分析所用的PCR和测序引物，从而实现了基因组内特异靶点的甲基化分析。
基于芯片的甲基化图谱分析就甲基化图谱分析而言，目前流行的分析方法是芯片。
多个公司都提供了这种工具，包括安捷伦的Human CpG Island Microarray Kit，Illumina的HumanMethylation27 DNA analysis BeadChip，Roche NimbleGen的Human DNA Meth 2.1M Deluxe Promoter Array 和Affymetrix的seven-array GeneChip® Human Tiling 2.0R Array Set。
平台不同，过程也各异。
安捷伦和NimbleGen的分析过程中，基因组DNA分成两份，一份用来做MeDIP，另一份作为对照。
两个样品都标记荧光(富集的样品用Cy5标记，对照用Cy3标记)，然后与芯片杂交。
芯片上每个探针的Cy5/Cy3强度比例显示出该区域的甲基化程度。
安捷伦的244,000-element array覆盖了27000多个人CpG岛和甲基化不足区域(UMR)。
NimbleGen的Human 2.1M Deluxe Promoter array也覆盖了27000多个CpG岛，还包括了27000多个启动子区域，所有这些都是以100 bp的分辨率。
然而这两个平台都不能以单核苷酸的分辨率报告甲基化状态，但是Illumina的Infinium和GoldenGate分析做得到。
Illumina的Infinium HumanMethylation27 BeadChip芯片覆盖27,578个CpG位点。
分析利用两个位点特异的探针拷问这些化学上差异的位点，一个探针是为甲基化位点(M磁珠类型)设计的，而另一个是为未甲基化位点(U磁珠类型)设计的。
探针的单碱基延伸掺入了一个标记的ddNTP，它随后被荧光试剂染色。
通过计算甲基化与未甲基化位点的荧光信号比例，可确定拷问位点的甲基化水平。
此产品虽评价颇高，可惜目前已停产，取而代之的是Infinium HumanMethylation450 BeadChip芯片。
它以单碱基分辨率覆盖了每个样品中超过45万个甲基化位点，实现了基因区域和CpG岛的全面覆盖。
此外，还附加了甲基化专家所精选的高价值内容，包括CpG 岛之外的CpG位点，在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点，以及肿瘤和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。
它的高覆盖度、高通量以及低价格，让它成为筛选GWAS 群体的理想选择。
索取HumanMethylation450 BeadChip芯片的更多资料相比之下，VeraCode GoldenGate甲基化分析更适合高通量的验证研究，它以溶液的形式分析48至384个用户指定的CpG位点。
首先，将亚硫酸氢盐处理的基因组DNA与分析oligo混合，oligo与未甲基化位点的U互补，或者与甲基化位点的C互补。
杂交之后，引物延伸，并连接上位点特异的oligo来产生通用PCR的模板。
最后，用标记的PCR引物生成可检测的产物。
据Illumina的产品专家介绍，其产品的最大优势在于单个CpG位点的分辨率。
其它分析将甲基化定位在一段区域，而通过Illumina分析，你能精确测定某个CpG 位点的甲基化水平。
索取GoldenGate甲基化分析的更多资料高通量测序新一代测序仪的飞速发展，使得测序成本大幅度下降，也使得甲基化组(methylome)的研究成为可能。
近两年，多个研究小组将传统的甲基化工具(如DNA的亚硫酸氢盐转化)与目标基因组捕获技术和高通量测序相结合，绘制出了多张甲基化图谱。
而第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。
一年前，美国Pacific Bio science s公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。
这项成果发表在《Nature Methods》杂志上。
SMRT技术采用的是对DNA聚合酶的工作状态进行实时监测的方法。
DNA聚合酶催化荧光标记的核苷酸掺入到互补的核酸链中。
核苷酸的掺入被检测成荧光脉冲，依据其颜色鉴定出核苷酸。
当聚合酶切断连接在核苷酸末端的荧光基团时，脉冲终止。
荧光脉冲的到达时间和持续时间产生了关于聚合酶动力学的信息，从而允许直接检测DNA模板链中的修饰核苷酸，包括N6-甲基腺嘌呤、5-甲基胞嘧啶和5-羟甲基胞嘧啶。
研究人员使用这些动力学特征，鉴定出基因组样品中的腺嘌呤甲基化，并发现再结合circular consensus sequencing，他们能够在单碱基分辨率上鉴定出表观遗传学修饰(mA、mC和hmC)。
飞行质谱美国Sequenom公司的MassARRAY® 平台也可用于DNA甲基化分析。
MassARRAY® EpiTYPER™ DNA 甲基化分析技术结合了碱基特异性酶切反应和MALDI-TOF 检测原理，可实现多重CpG的分析检测。
碱基特异性酶切(MassCLEAVE)实验由亚硫酸氢盐处理待测DNA 开始。
经过亚硫酸氢盐处理，DNA中未甲基化的胞嘧啶(C) 转变为尿嘧啶(U)，由此在DNA模板中产生甲基化特异的序列变化。
利用5' 末端带有T7-启动子的引物进行PCR 扩增，产物经SAP (虾碱性磷酸酶)处理后用于碱基特异性的酶切反应。
酶切后DNA片段的大小和分子量取决于亚硫酸盐处理后的碱基变化，飞行质谱能测出每个片段的分子量，配套软件 EpiTYPER 则能自动报告每个相应片段的甲基化程度。
MassARRAY甲基化检测无需任何荧光标记，每个反应覆盖长达500 bp的多个CpG 位点，且灵敏度高，可检测低至5%的甲基化水平。
