第三节各大类微生物的分类系统纲要1714

2.《伯杰氏系统细菌学手册》
（Bergey’s Manual of systematic Bocteriology, 1984）
放线菌： 1. 中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表。 2. 克拉西里尼可夫（前苏联）“细菌放线菌分类手册”。 3. 瓦克斯曼（美）“放线菌分类”
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二、真菌的分类系统
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菌株（strain)或品系，从自然界分离得到的任何一种
微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用 实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型， 也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。
模式菌株：一个被指定为能代表一个种群的菌株，是
活体标本
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第二节 微生物在自然界的地位
科学家估计有分类纪录的各类物种大约 有150万，其中微生物超过10万种，而且其数 目还在不断增加。微生物学工作者要认识、 研究和利用微生物或控制有害微生物，必须 对它们进行分类（classification）。
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较；
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型； 与氧的关系；
对温度的适应性；
对渗透压的适应性；对pH的适应性； 代谢产物等
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28
微型、简便、快速或自动化鉴定技术
样， 具有既不同其他细菌也不同于其核生物的序列特征，
而它们之间则具有许多共同的序列特征。
三界(域)为：
Bacteria(细菌)、Archaea(古生菌)和Eukarya(真核生物)。
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第三节 各大类微生物的分类系统纲要

第三节
各大类微生物的分类系统纲要
放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表
第三节
各大类微生物的分类系统纲要
放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表
真菌界分类系统很多，各国采用不同的系统，比较混乱。
近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要。
第三页，共3页。
❖ 放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索
表
❖ 真菌：Smith、 Alexopoulos 、 Ainsworth的分类系统
第二页，共3页。
细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八、第九版）、细菌系统学手册（第一版）
第三节
各大类微生物的分类系统纲要
第三节
各大类微生物的分类系统纲要
第三节
各大类微生物的分类系统纲要
近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要。
原核生物分类系统纲要——伯杰氏系统细菌学手册
请多提宝贵意见 近年来为较多人接受的是Ainsworth的纲要。
放线菌：中类系统很多，各国采用不同的系统，比较混乱。
细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八、第九版）、细菌系统学手册（第一版）
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
❖ 原核生物分类系统纲要——伯杰氏系统细菌 学手册
❖ 真菌界分类系统很多，各国采用不同的系统， 比较混乱。近年来为较多人接受的是 Ainsworth的纲要。
第一页，共3页。
微生物的常用分类系统
❖ 细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八、第九版）、细菌系统学
手册（第一版）

是在认识发展过程
中存在的对生物分类的不同阶段的不同观 点。 • 二界→ 三界→四界→五界→六界→三原界
（1753） （1860） （1956） （1969） （1949） （1978）
•五界系统包括动物界、植物界、原生生物
界（原生动物、单细胞藻类、粘菌）、真 菌界以及原核生物界。 •六界系统在五界系统的基础上增加一个病 毒界。
• 亚种（Subspecies,subsp.,ssp.）
– 种的进一步细分亚种与变种是近义词，两者经常混用 – 常在种名、署名的加词后写上subsp.然后再写具体亚 种的加词； – – – – – 生物变型——表示特殊的生化或生理特征 血清变型——表示抗原结构不同 致病变型——表示某些寄主的专一致病性 噬菌变型——表示对噬菌体的特异性反应 形态变型——表示特殊的形态特征
– 其他
形态特征
• 形态特征包括个体特征和群体特征。 • 个体特征：
– 细胞形态，染色反应，各种特殊构造等
• 群体特征：菌株在一定的培养基中的菌
落特征
– 菌落形态，在半固体或液体培养基中的生长 状态
• 1.学名=属名+种的加词+（首次定名人）+现名
定名人和鲜明定名年份
– 大肠埃希氏菌 – 两歧双歧杆菌
Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919 Bifidobacterium bifidum （Tissier）Orla-Jensen 1924
第十章
微生物的分类和鉴定
Microbial taxonomy and Identification
第一节 通用分类单元
• 一、种以上的系统分类单元 • 二、学名 • 三、几个概念

体）
例如：Bacillus thuringiensis subsp. galleria
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说 发展史：
二界→三界→四界→五界→六界→三域
（一）两界系统
动物、植物
（二）三界系统
动物、植物、原生生物
（三）四界系统
动物界、植物界、真菌界、原核生物界
（四）五界系统
动物界、植物 界、真菌界、原 生生物界和原核 生物界。
植物界
真菌界
动物界
真菌界
原核生物真核单细胞生物真核多细胞生物
真菌界Fungi ：酵母菌、 霉菌和担子菌等。
原生生物界Protista ：原 生动物、单细胞藻类、 粘细菌等。
原核生物界Monera (prokaryotes) ：细菌、放 线菌和蓝细菌等。
➢学名（Scientific name）
按照“国际命名法规”进行命名并且得到国际 学术界公认的通用正式名称。
➢学名的表示方法
双名法 三名法
（一）双名法（binominal nomenclature）
1735年，林奈(Carolus Linnaeus)建立
一个种的学名由两个拉丁或希腊词或拉丁化的文字组 成。
微生物分类与鉴定
12.04.2021
生产计划部
第一节 通用的分类单元
一、种以上的系统分类单元 （一）7级分类单元（taxon category）
分类单元：又称分类单位、分类阶元或分类群 种以上的系统分类单元自上而下分为7级：
界（kingdom）（拉：Regnum） 门（Phylum）（拉：Phylum）或 Division（拉：Divisio） 纲（class）（拉：classis） 目（order）（拉：order） 科（Family）（拉：Family） 属（Genus）（拉：Genus） 种（Species）（拉：Species）

（二）学名
一个菌种的科学名称，用拉丁词或拉丁化
的词组成。在出版物中应排成斜体字，在 书写或打字时，应在学名之下划一横线， 以表示它应是斜体字母。
（三）学名的表示方法
林奈的双名法——通常由一个属名加一个种
名加词构成。属名词首需大写，种名加词字 首需小写。 出现在分类学文献中的学名，在此两者之后 往往还加上首次定名人（用括号括住）、现 名定名人和现名定名年份，但在一般使用时， 这几个部分总是省略的。即：
3、学名的发音
按规定，学名均应按拉丁字母发音规则发
音。事实上，英、美等国学者经常按自己 的文种来对学名发音，且影响颇大。
2、种名加词（种加词）
代表一个种的次要特征，由拉丁词、希腊词或拉丁化的外来
词所组成。 字首一律小写（即使它是由某一人名衍化而来，首字母也不 应大写）。 可以是一个形容词或名词。如果是形容词，其性必须与其形 容的属名的性相一致，例如在Staphylococcu saureus （金黄色葡萄球菌）中的属名与种名均为阳性词。 在实际工作中，有时筛选到一个有用的菌种，其属名很易确 定，但种名还未确定。在这种情况下，当发表论文或进行学 术交流时，其种的加词暂时可以用“sp．”（正体字）代 替。例如： “Racillus sp．”即表示一个尚未定出种名的芽孢杆菌， 可译为“一种芽孢杆菌”； “Bacillus spp．”（spp．为species复数的简写）表示 一批尚未定种名的芽孢杆菌，故可译为“若干芽孢杆菌”。
鉴定工作步骤：
1、获得该微生物的纯种培养物； 2、测定一系列必要的鉴定指标； 3、查找权威性的鉴定手册。
一、微生物分类鉴定中的经典方法
指长期以来在微生物常规鉴定中普遍采用 的一些形态、生理、生化、生态、生活史、 血清学反应等指标。

②基因序列
《伯杰氏细菌鉴定手册》（Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology），第九版的伯杰氏手册基于细 胞壁的特性将原核生物分成四大类群，其中薄壁菌和厚壁菌两 个类群物种数量最多。
类群I：薄壁菌（革兰氏阴性菌） 组1：暗细菌纲（不进行光合作用） 组2：不产氧光合细菌纲（光合细菌，不产氧） 组3：产氧光合细菌纲（光合细菌，产氧）
草鱼肠道中弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与PCR-SSCP分析
郑璐1，吕爱军1*，胡秀彩2，曹成亮1，蒋继宏2 (1.徐州师范大学生命科学学院，江苏 徐州 221116； 2.江苏省药用植物生物技术重点实验室，江苏 徐州 221116)
摘要：从草鱼（Ctenopharyngodon idellus）肠道中分离到3株细菌，暂时编
亚种(subspecies, subsp) 亚种是进一步细分种时所用的单元，一般指除 某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征与模 式种相同的种，是变种的同义词。
例2：酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var．ellipsoideus
（五）菌株(strain) 又称品系（在非细胞型的病毒中则称毒株或株），表示 任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖而 成的纯遗传型群体及其一切后代。 模式菌株（Type strain)：是一个种的具体活标本，必须是 该菌种的活培养物，是由一个被指定为命名的模式菌株 传代而来。
（2）细胞组分水平 （3）蛋白质水平 分类依据：
（4）核酸水平
• 微生物形态 • 生理特性 • 抗原特性 • 分子生物学方法
一、微生物分类鉴定中的经典方法
二、微生物分类鉴定中的现代方法
（一）通过核酸分析鉴定微生物遗传型

2、DNA:DNA hybridization（DNA:DNA杂交）
3、Ribotyping （16S rRNA寡核苷酸编目分析）
RFLP of 16S rRNA gene Restriction fragment length polymophism
Molecular fingerprinting PCR amplification of 16S rRNA Restriction digestion Probing (Southern blotting) Data analysis
四界系统: 动物,植物,原生生物界,细菌界（1956） 五界系统: 动物,植物,原生生物界,真菌界，细菌界 （1969） 六界系统: 动物,植物,原生生物界,真菌界,真细菌界, 古细菌界（1996）。
Whittaker的五界系统示意图
二、三域学说（Tree Domains Theory)
上世纪70年代后期，美国人Woese 等发现了地球上的第三生命形式－古 菌，并导致了生命三域学说的诞生。
菌
菌属，8 种消化链球菌属，8 种Lactobacilli
肠杆菌/非 发酵菌
包含38个菌属，104种 细菌
5 种黄杆菌，8 种假单胞菌，9 种弧菌，5 种沙门氏菌，3 种志贺氏菌，E. Coli O157 & O111，鼠疫耶尔森氏菌，还包括：气单 胞菌属、邻单胞菌属、黄杆菌属、小肠 结
1、Conventional taxonomy
形态特征
群体：菌落形态，在半固体或液体培养基中的 生长状态等；
个体：细胞形态，染色反应，各种特殊构造等。
生理生化反应
营养要求：能源，碳源，氮源，生长因子 等；
酶：产酶种类和反应特性等； 代谢产物：种类，产量，显色反应等。

是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系 统发育的分类系统。 从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则
b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标
第一节 通用分类单元
系统分类单元、种的概念、学名、亚种
第二节 微生物在生物界的地位
生物界级分类学说、五界系统、三域学说及其发展、※微生物的进化
（二）伯杰氏系统细菌学手册 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
《伯杰氏系统细菌学手册》第二版
分古细菌和真细菌2个界，下设18门、27纲、73目、186科，包括870余属和4900多个种。
界Ⅰ：古细菌(Archaeota)
部1：热变形菌、硫化叶菌、嗜压菌(Thermoprotei、Sulfolobi、Barophiles，21属36种)
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
两界系统
三界系统
四界系统
五界系统
六界系统
Carl Woese
02
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
01
二、三域学说及其发展
rRNA的顺序和进化
rRNA序列测定
分析比较
微生物之间的系统发育关系
培养微生物 提取并纯化rRNA
三、rRNA和系统发育树
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
原核微生物分类系统纲要、真菌的分类系统纲要
第四节 微生物的鉴定
经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。
章节内容
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。
01
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：

蜡状芽孢杆菌荧光变种：
把Bacillus cereus var. fluorescens Laubach
variety
有关学名的其他知识： 1）属名 2）种加词 3）学名的发音 — 拉丁文
拉丁语
拉丁语是公元前八世纪时居住在地中海阿平宁半岛上的拉丁 民族的语言。
拉丁民族在建成罗马城之后，将其版图扩展至几乎整个欧洲， 印度，非洲。这就是历史上的罗马帝国。
3.酶：产酶的种类何反应特性等。
4.对药物的敏感性。
（三）血清学反应
有时确定微生物的种，尤其是亚种，仅依据形态、生理生化 等特征很难区别开。因此，常借助于血清学反应。
在微生物分类鉴定中，应用血清学反应的基本原理，是用已 知菌种、型或菌株制成抗血清，然后根据它们与待鉴定微 生物是否发生特异性的血清学反应，来确定未知菌种、型 或菌株。
名称 发音
[a] [a] [be] [b] [tse] [k] [ts] [de] [d] [e] [e] [ef] [f] [ge] [g] [ha] [h] [i] [i] [jota] [j] [ka] [k] [el] [l] [em] [m] [en] [n]
O o [o] [o] P p [pe] [p] Q q [ku] [k] [kv] R r [er] [r] S s [es] [s] [z] T t [te] [t] U u [u] [u] V v [ve] [v] X x [iks] [ks] Y y [ipsilon] [i] Z z [zeta] [z]
分类依据：形态特征、培养特征、生理生化特征以及血清学反 应和噬菌体敏感性等。
新分类方法：核酸分析法、数值分类法和DNA体外杂交法等。 一、原核微生物分类系统纲要 1、《伯杰氏鉴定细菌学手册》1923（主编Bergey）

可称为菌株。
群：有些微生物的特征介于两种微生物之间，我们把
这两种微生物及其中间类型统称为一个群
二、微生物的命名
命名的方法：
国际法规命名，即林奈所创立的双名法。
学名=属名+种名+(最初定名人)+后来定名人+命名时间
主要部分
例：
次要部分（一般可省略）
Bacillus subtilis（Ehrenberg）Cohn．1872 缩写：B. subtilis Bacillus sp.
属名的第一个字母要大写，斜体 属名是拉丁词或希腊词或拉丁化了的其它文字
所构成。它是一个名词，用以表示该属的主要 特征。
例如芽孢杆菌（Bacillus）表示能形成芽孢的杆状菌。
属名有时可用人名或地名来表示。
例如Pasteurella pestis (鼠疫巴斯德氏菌), 志贺氏杆菌属（Shigella）。
科、分属检索表
真菌：Smith、 Alexopoulos 、 Ainsworth的分类系统
机进行菌株的相互比较，并得出总的相似值。一般认
为同种微生物菌株之间的相似值≧80%。
遗传分类法：DNA杂交（液相复性速率法原理与方
法）、G+C含量的测定（热变性法、浮力密度法等）
微生物的常用分类系统
细菌：伯杰氏鉴定细菌学手册（第八、第九版）、细
菌系统学手册（第一版）
放线菌：中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分
微生物分类
第一节 微生物分类的单位与命名
第二节 微生物分类的依据与方法
第三节 微生物的分类系统
第一节 微生物的分类单位与命名
一、微生物的分类单位
二、微生物的命名
一、微生物的分类单位