蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
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蛋白质组学在肿瘤研究中的应用
□赵桂华 尹淑霞 郝万东 仲维霞
【摘 要】蛋白质组学是在后基因组时代出现的一个新的研究领域,是对机体、组织或细胞的全部蛋白质的表达和功能模式进
行的研究。生命的表现形式最终由蛋白质决定的,从蛋白质组学的角度进行肿瘤诊断与治疗具有积极的现实意义。
近年来蛋白质组学发展十分迅速,蛋白质学在肿瘤研究中得到了广泛的应用。
【关键词】蛋白质组学;肿瘤研究;应用
【作者单位】赵桂华,山东省寄生虫病防治研究所;尹淑霞,济宁供水集团水质检测中心
郝万东,济宁市金乡县第一中学;仲维霞,山东省寄生虫病防治研究所
随着人类基因组计划的完成,生命科学研究已进入了后
基因组时代。在这个时代,生命科学的主要研究对象是功能
基因组学,包括结构基因组研究和蛋白质组研究等。[1]1994年澳大利亚Macquarie大学的Wilkins和Williams提出了蛋白
质组(Proteome)的概念。[2]2001年2月,《Nature》和《Science》杂志对蛋白质组学研究进行了述评与展望。[3~4]蛋白质组学
有别于传统的单个基因或单个蛋白的研究模式,从机体或细
胞的整体水平上来阐明生物体全部蛋白质的表达、修饰、结构
功能和相互作用,以及蛋白质和核酸之间的相互作用,对生命
的复杂活动有全面和本质的认识,在整体、动态和网络水平上
对蛋白质进行研究。肿瘤是由环境和遗传因素相互作用的多
基因、多蛋白质参与的疾病。蛋白质组学(Proteomics)可全
面、动态、定量地分析比较正常与癌变标本中蛋白质种类和数
量的改变,不仅有助于肿瘤发病机制的阐明,还能筛选和鉴定
蛋白质特异性标记和特异性抗原,在肿瘤的早期诊断、治疗和
新药研制方面,具有广阔的应用前景。[5]
一、蛋白质组学在肿瘤研究中的方法
随着后基因组时代的到来,蛋白质组研究为尽早发现肿瘤
标志物提供了可能,各种技术方法的发展为其运用于肿瘤临床
诊断创造了条件,目前蛋白质组学技术在实验诊断与临床医学
中已经得到越来越多的应用,在蛋白质组学研究中,蛋白质分
离技术、生物质谱技术、生物信息学这三项技术对实验诊断与
临床医学发展有决定性的影响,尤其对肿瘤的早期诊断至关重
要。[6]蛋白质组学在肿瘤研究中的主要方法和技术如下。
(一)双向凝胶电泳技术(two-dimensionalgelelectropho2
resis,2DE)。该技术主要用于分离细胞或组织蛋白质抽提
物,构建特定组织或细胞蛋白质的“二维电泳图谱”,分析特
定条件下蛋白质的表达状况,进行蛋白质组差异比较。2DE技术凭借其高通量、高灵敏度、高分辨率和重复性好,便于计
算机进行图像分析处理,可以很好地与质谱分析等鉴定方法
匹配的优点,已成为目前蛋白质组学研究中最常用的蛋白质
分离技术。其他的蛋白质分离技术有液相色谱和毛细管电泳
技术。尤其是新近发展的液相色谱技术可与质谱联用,具有高分辨率,可直接用于高复杂性蛋白质混合物的分析,对低丰
度蛋白的检测能力超过了2D-PAGE。[7]
(二)质谱技术。蛋白质组学研究中常用的质谱技术有:(1)基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-
MS)技术;(2)电喷雾串联质谱(ESI2MS/MS)技术;(3)表面
增强激光解析离子化-飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技
术等。其中SELDI-TOF-MS应用基因芯片的设计理念,把
层析、质谱等技术合理应用于蛋白芯片的检测,不需进行蛋白
质的双向电泳,能快速、简便地从各种体液和组织中找出疾病
相关蛋白质。其最大特点是快速、简便、易行、样品用量少和
高通量分析,[8]有潜在的临床应用前景。近来质谱技术与液
相色谱联用(liquidchromatography/tandemmassspectrometry.
LC2MS/MS),具有在高复杂性样本中鉴定低丰度蛋白质的
强大功能。有高敏感性和分辨率,具有较大的动态检测范围,且所需时间较短,每次操作时间不超过11h,可用于大规模临
床蛋白质组分析。[9]
(三)蛋白质组的生物信息学。生物信息学其在蛋白质
组中的研究有两个重要应用:(1)构建和分析双向凝胶电泳
图谱;(2)数据库的搜索与构建。在后基因组时代,生物信息
学的研究内容已经从对基因组和蛋白质组数据的高效分析,转移到比较基因组学、代谢网络分析、基因表达谱网络分析、
蛋白质结构与功能分析以及药物靶点筛选等,分别与功能基
因组、蛋白质组、结构基因组等研究领域互相配合、紧密相关,成为目前极其热门的系统生物学研究的重要基石。[10]蛋白质
组数据库是蛋白质组研究水平的标志和基础。生物信息学的
发展已给蛋白质组研究提供了更方便有效的计算机分析软
件,特别值得注意的是蛋白质质谱鉴定软件和算法发展迅速。
最近发展的质谱数据直接搜寻基因数据库使得质谱数据可直
接进行基因注释,判断复杂的拼接方式。
二、蛋白质组学在肿瘤诊断中的应用
蛋白质组学技术通过比较正常细胞与疾病细胞等各类细
胞间的多种差异蛋白的表达,寻找与疾病发生发展相关的关键
蛋白可深入探讨疾病的产生机制,通过质谱分析等技术确认差
・021・异蛋白,为疾病提供早期诊断依据。贾继辉[11]等运用固相PH
梯度双向凝胶电泳等技术,筛选出猴病毒40转化的人胃黏膜
上皮GES-1,与人胃癌细胞MGC-803间若干与肿瘤发生密
切相关的差异表达蛋白质。这种差异蛋白分析有助于深入研
究胃癌的发生发展机制,进而为胃癌的早期诊断和防治提供依
据。龙云铸[12]应用双向凝胶电泳和质谱技术,分析乙型肝炎
病毒相关性肝细胞癌HCC癌组织与癌周肝硬化组织之间的蛋
白质组差异,鉴定其中的差异蛋白质点,发现有表达水平存在
显著差异的蛋白质点35个,14个差异蛋白质点得到了初步鉴
定,其中癌组织凝胶中表达明显的蛋白质有8个:在癌组织中
表达明显降低而在肝硬化组织中增强的蛋白质有6个。这为
进一步阐明肝癌的发病机制和早期诊断,奠定了良好的实验基
础,可能有助于癌变机制、肿瘤标记和治疗靶标的进一步研究。
三、蛋白质组学在肿瘤药物研发上的应用
(一)发现药物作用新靶点定向合成有效药物。疾病相
关蛋白质组学可以提供一种发现和鉴定在疾病作用下表达异
常蛋白质的方法。这种蛋白质可以作为药物筛选的靶点。疾
病特异性蛋白的不断发现为药物设计提供了丰富的靶点:如
Chen等应用蛋白质组学对MCF27乳腺癌细胞在加0.1μmol/
L抗肿瘤药阿霉素2d后的蛋白质表达变化进行了研究,结果
发现热休克蛋白27(HSP27)变化最为显著;以HSP27作为药
物靶点有可能开发出新的抗乳腺癌药物。Oda等采用蛋白质
组学技术对有生物活性但未知靶点的化合物进行探测靶点研
究,成功发现了E7070类抗肿瘤药物特异结合蛋白靶点,以此
靶点为研究对象可进一步合成有效药物,并应用于临床治疗。
(二)药物作用机制的研究。通过运用蛋白质组学高通
量地对比分析药物作用前后蛋白质表达谱或蛋白质表达丰
度的改变有助于药物的作用机制的研究。如Steiner等通过
分析抑制素类降胆固醇化合物对小鼠肝脏蛋白质组的影响
从药物治疗前后表达变化的蛋白质中鉴定出合成酶,从而
阐明了该类降胆固醇药物的作用机制。此外,药物蛋白质
组学的应用可使药物的子药理机制研究更快速和准确。
Bruneau等应用蛋白质组学对白色念珠菌在给予吡啶类药氟
康唑和伊曲康唑以及mulundcadin类药物后的基因表达的变
化,发现mulundcadin类药物作用机制为抑制3D葡聚糖合
成酶的表达,而吡啶类药的作用机制为抑制麦角固醇合成
酶的表达。上述研究提示通过蛋白组学研究明确分子药理
机制,可使药物作用的关键靶点更加清晰,为药物研制带来
新的思路和途径。
(三)药物毒理机制的研究。蛋白质组学在药物研究上
的应用使人们对药物毒理机制的认识达到了一个新高度。通
过这方面的研究,可以使许多药物的毒副作用得到准确而快
速的揭示。尽管一些药物的毒性在临床上早已为人所知,但
对其机制并不完全清楚。如庆大霉素明显的毒副作用是肾毒
性,Kennedy等运用蛋白质组学研究了庆大霉素治疗后的大
鼠血清标本,发现了评价庆大霉素毒性的非侵入性标志物。
此外,蛋白质组学与传统方法的有机结合在鉴定药物毒理机
制上具有重要意义。如Heijne等将蛋白质组学和基因组学
结合起来研究溴苯的毒性发现了溴苯诱导多个基因的表达的特性,表明了二者相结合的重要性。
四、蛋白质组学在肿瘤治疗中的应用
蛋白质组学研究现已在多种人类肿瘤组织或细胞系如卵
巢癌、子宫癌、肾癌、胃癌中开展,并取得了一些成果。
(一)胃癌。胃癌是危害人类健康的常见恶性肿瘤,在高
病死率的恶性肿瘤中胃癌居首位。提高胃癌患者生存率、降
低病死率关键在于早发现、早诊断及早治疗,而积极寻找敏感
性和特异性较高的胃癌标记物为胃癌早诊断提供了强有力的
手段。Ebert等[14]利用SELDI-TOF-MS技术对胃癌和健康
人血清进行研究建立了一个包含50个决策树的分类模型,在
诊断胃癌的特异性和敏感性都达到100%。而Landuyt等[15]
对胃肠道间质瘤(GIST)的研究发现,C-kit基因中外显子9和外显子11突变的2组肿瘤,应用SELDI-TOF-MS检测蛋
白质质谱发现有154个不同的蛋白质表达,提示C-kit基因
不同外显子突变的GIST可能具有完全不同的表现。
(二)肺癌。肺癌已成为本世纪发病率和死亡率最高的
恶性肿瘤之一,严重危害人类健康和生命。Ying等[20]利用蛋
白质技术探讨肺组织癌变过程。对原代细胞R15H和经
238Pu高能量α粒子照射HPV218永生化人支气管上皮细胞
BEP20得到早期传代细胞R15H20,用蛋白质技术分析,发现
两系细胞中有43个蛋白质点强度改变,R15H20与R15H相
比,21种蛋白表达增加,22种蛋白表达减少;3种蛋白质仅在
R15H细胞表达,其中2种被确定为高移动蛋白组1;在
R15H20细胞中减少的2种蛋白被确定为maspin前体。
(三)乳腺癌。乳腺癌是最常见的女性恶性肿瘤,Luftner等[16]应用蛋白质组学发现了分子量为2813KD的血清蛋白
NMP66,其对乳腺癌早期诊断(无腋窝淋巴结转移)的特异性
达到100%,且对导管内癌的诊断敏感性高达80%,可作为预
测导管内癌术后复发及治疗效果的重要指标。Wright等[17]
也发现NMP66在健康人和乳腺纤维瘤患者以及乳腺良性疾
病中均不存在。Alaiya等[18]研究发现,在不同临床病理类型
中蛋白质表达形式也有所不同,侵袭性癌中核增殖抗原和某
些膜蛋白质如HSP90、PHSP60等存在高度表达,而在乳腺纤
维腺瘤和侵袭性癌之间共有24个已知蛋白的差异表达。
(四)宫颈癌。宫颈癌是最常见的妇科恶性肿瘤,近年来
发病率有明显增高及年轻化的趋势,严重威胁了广大妇女健
康。Matsui等使用22DE和MALDI2TOF~MS技术在ME2180
宫颈癌细胞中鉴定出IFNγ、TNF调节蛋白和三种细胞因子调
节蛋白(丙糖酸磷酸化异构酶、蛋白酶体亚单位C3及GTP连
接蛋白RAN)。Sahota等[19]使用WSQ4蛋白芯(0220000Da),
在50例患者(包含宫颈癌和非癌患者)中检测到32个蛋白
峰,它们全部出现在阳性组或对照而在另一组缺如,说明宫颈
癌组细胞的蛋白与非癌组有明显差异。
(五)卵巢癌。由于卵巢位于盆腔深部,不易扪及或查
出,80%的患者就医时卵巢的恶性肿瘤都不是早期,医学上对