mega操作过程-多序列比对、进化树、

如何使用MEGA4.0建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字，如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始，直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存，方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口。

接下来打开
出现下面这个窗口！
接下来就可以建立各种样式的进化树！
嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好！。

用MEGA2做进化树的步骤(图示)1、打开程序如下图所示：2、MEGA2只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。

点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框如下图所示：3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK如下图所示：4、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录如下图所示：5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg 文件如下图所示：6、选择meg文件，点“打开”如下图所示：7、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。

然后点OK就行了如下图所示：8、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型如下图所示：9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。

各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致，我们在此以UPGMA方法为例进行演示。

点下图所示的菜单项。

如下图所示：10、...会弹出如下的对话框，在此你可以选择计算参数。

如下图所示：11、Distance Options标签页中的Models可以下拉，其中有若干个计算距离的方法可以选择，在此默认泊松校验(Poisson Correction)作为计算距离的方法。

如下图所示：12、Include sites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法，在此也用默认方法如下图所示：13、系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。

重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。

如何使用建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列,而我们要做蛋白质的进化树的话,就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入,点击左边那个红箭头,则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字,如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列,然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始,直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存,方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口; 接下来打开
出现下面这个窗口
接下来就可以建立各种样式的进化树
嗯,只是把过程写出来,方便大家建立进化树,不足的地方,大家补充好。

1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。

如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。

3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。

4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。

根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。

最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。

5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。

利用MEGA 来构建进化树（molecular evolutionary genetics analysis 分子进化遗传分析）打开mega5，选择Align----edit/built alignment----create a new alignment—OK选择DNA/protein出现新的对话框Open------选择已经保存好的用clustalx 经过比对保存的以.aln格式的文件打开之后，出现下面的页面双击文件名可以进行修改的。

我的就是从这里开始修改把A,B,C 都去掉，只留号码就好右键菜单点击delete 删除带※的那一行。

得到下面的图示，点击保存，重新起名字。

之后点击此图内的Alignment 选择Align by clustalW即可。

默认设置即可，点击OK就进行比对了，此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程之后回到初始页面，就是这个页面之后点File---点开，把刚才保留的文件点开然后出现下面的页面多了几个内容，点击TA的那个框框。

之后出现这样的框框图片然后在主程序中选择phylogeny---construct/test neighbor-joining tree,然后出现下面的页面黄色框框处的的参数是可以改变的，该图为我已经改变好的，把Bootstrap 的值改为1000 Methods根据文献上的参考改为了Kimura2-parameter model.之后点击compute,就出现了，而且还带有必需的支持率即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。

简单地讲就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上一分，如果没出现就给0分，这样经过你给定的repetitions 次（至少1000次）重排构树打分后，每个分枝就都得出分值，计算机会给你换算成bootstrap值。

重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。

用MEGA2做进化树的步骤(图示)1、打开程序如下图所示：2、MEGA2只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。

点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框如下图所示：3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK如下图所示：4、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录如下图所示：5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg 文件如下图所示：6、选择meg文件，点“打开”如下图所示：7、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。

然后点OK就行了如下图所示：8、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型如下图所示：9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。

各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致，我们在此以UPGMA方法为例进行演示。

点下图所示的菜单项。

如下图所示：10、...会弹出如下的对话框，在此你可以选择计算参数。

如下图所示：11、Distance Options标签页中的Models可以下拉，其中有若干个计算距离的方法可以选择，在此默认泊松校验(Poisson Correction)作为计算距离的方法。

如下图所示：12、Include sites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法，在此也用默认方法如下图所示：13、系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。

重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。

MEGA蛋⽩序列⽐对-保守序列分析-进化树
蛋⽩质序列进化（protein sequence phylogenetic}，⼀种⽤于测定各种⽣物之间遗传关系的技术。

#百度百科#⼀般通过蛋⽩质的氨基酸序列进⾏⽐对后建树，⽅法过程如下：
⾸先由NCBI或其他查询基因途径获取要⽐对的⽬的蛋⽩氨基酸序列（⽹站上有很多此类说明）我的由于序列较多，就先把氨基酸序列复制到⽂本⽂件中
之后将序列⽂本⽂件扩展名改为.fas
之后打开MEGA软件进⾏序列⽐对，选择Align---Edit/Build/Alignment---Retrieve sequence from a file---选择⽂件---确定，输出结果默认以最右端蛋氨酸对齐，如图
在建树之前序列应该以保守序列⽐对模式进⾏，选择Alignment---Align by ClustalW，以输出以保守序列⽐对结果，如图
保存序列⽐对⽂件，默认格式为*.mas格式，并选择phylogeny---construct/Test UPGMA Tree进⾏建树，步骤如图
选择蛋⽩序列
之后就会输出树，如下
之后可以根据不同要求更改树形，选择下图按钮进⾏输出设置并输出环形树
之后可以保存到指定⽂件，同时也可以将树以pdf格式导出，选择image---Save as pdf file或者png file。

怎样使用MEGA建立进化树在进行生物信息学研究中，建立进化树是一项非常重要的任务。

MEGA （分子进化遗传学分析）是一款常用的软件，专门用于进行进化树和多序列分析。

下面将详细介绍如何使用MEGA建立进化树。

安装完成后，打开MEGA软件。

在MEGA的主界面上，有几个常用的功能选项，包括「File」、「Edit」、「View」、「Tools」、「Align」、「Phylogeny」和「Help」。

我们主要关注「Phylogeny」（进化树）选项。

在新窗口中，我们需要选择构建进化树的方法。

MEGA支持多种构建进化树的方法，包括Neighbor Joining、Maximum Parsimony、Maximum Likelihood和Bayesian等。

在这里，我们以Neighbor Joining方法为例进行演示。

在Neighbor Joining方法中，我们需要先选择计算进化距离的方法。

MEGA支持许多计算进化距离的方法，如P-distance、Kimura 2-parameter、Tamura 3-parameter等。

在这里，我们选择P-distance方法。

在选择了计算进化距离的方法后，我们还需要选择树的标准。

MEGA支持Bootstrap（Bootstrap方法是统计学中一种用于评估统计性信号和树的可靠性的方法）和Nearest-Neighbor Interchange等标准。

在这里，我们选择Bootstrap标准。

在选择了进化距离的方法和树的标准后，我们需要选择输入序列数据的文件格式。

MEGA支持多种格式的序列文件，如FASTA、PHYLIP和MEGA 等。

选择相应的格式后，我们需要导入序列数据。

可以通过从文件中导入或从剪贴板中粘贴来导入序列数据。

MEGA是一款非常强大的进化树分析软件，但对于初学者来说，可能需要一些时间去了解其中的各种选项和功能。

因此，建议在使用MEGA之前，先阅读相关文档和教程，以便更好地使用MEGA进行进化树的构建和分析。

如何使用MEGA4、0建立进化树1、首先就是双击软件打开如下图所示
2、现在就是处于DNA序列,而我们要做蛋白质的进化树的话,就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入,点击左边那个红箭头,则出现下面的窗口;
4、然后右击sequence 1,修改名字,如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列,然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始,直到您的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存,方法如下:
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口。

接下来打开
出现下面这个窗口！
接下来就可以建立各种样式的进化树！
嗯,只就是把过程写出来,方便大家建立进化树,不足的地方,大家补充好！。

如何使用MEGA4.0建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字，如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始，直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存，方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口。

接下来打开
出现下面这个窗口！
接下来就可以建立各种样式的进化树！
嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好！
（注：可编辑下载，若有不当之处，请指正，谢谢!）。

如何使用MEGA4.0建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入,点击左边那个红箭头，则出现下面的窗口;
4、然后右击sequence 1,修改名字，如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列,然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始，直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存,方法如下:
要输入ul7两次保存名字-然后关闭这个窗口。

接下来打开
出现下面这个窗口！
接下来就可以建立各种样式的进化树！
嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好!。