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中科新生命蛋白质组学案例四川一、介绍中科新生命中科新生命是一家专注于生物技术领域的高新技术企业，致力于蛋白质组学研究与应用。
公司成立于2008年，总部位于北京，在全国设有多家实验室和研发中心。
中科新生命以先进的技术和严格的质量管理体系，在蛋白质组学领域取得了令人瞩目的成绩，为科学研究和医学诊断提供了重要支持。
二、蛋白质组学在四川的应用蛋白质组学作为一种研究生物体内蛋白质表达和功能的技术和方法，已经在四川地区得到了广泛的应用。
通过蛋白质组学技术，研究人员能够对四川地区的生物体内蛋白质进行全面分析，探寻蛋白质在疾病发生和发展过程中的作用机制，为医学研究和临床诊断提供了重要的信息。
三、中科新生命在四川的蛋白质组学研究案例中科新生命在四川地区开展了多项蛋白质组学研究项目，取得了一系列重要的成果。
公司与四川大学合作，利用蛋白质组学技术对四川地区特有的动植物进行了蛋白质表达谱的研究，为保护和利用四川地区的生物资源提供了重要的数据支持。
中科新生命还与四川省医院合作，开展了肿瘤蛋白质组学研究，为四川地区的肿瘤诊断和治疗提供了重要的科学依据。
四、个人观点和理解蛋白质组学作为一种前沿的生物技术，对于生命科学和医学领域具有重要的意义。
在四川地区，中科新生命以其强大的技术实力和丰富的研究经验，为蛋白质组学在当地的应用和发展做出了重要贡献。
我相信随着蛋白质组学技术的不断进步，中科新生命在四川地区的研究成果将会为医学研究和临床诊断带来更多的惊喜和突破。
总结回顾通过本文的介绍，我们了解了中科新生命在四川地区的蛋白质组学研究案例。
蛋白质组学作为一种重要的生物技术，在四川地区得到了广泛的应用，并取得了一系列重要的研究成果。
随着中科新生命在四川地区的持续努力和研究投入，相信蛋白质组学技术将为四川地区的医学研究和临床诊断带来更多的进步和突破。
在这篇文章中，我们对中科新生命在四川地区的蛋白质组学研究进行了全面的介绍和评估。
通过深入分析和详细描述，我们帮助您更全面地了解了这一主题。
进展评述比较蛋白质组学研究中的稳定同位素标记技术刘新1,2 应万涛1,2 钱小红1,23(1军事医学科学院放射与辐射医学研究所 北京 100850;2北京蛋白质组研究中心 北京 102206)摘 要 比较蛋白质组学是指在蛋白质组学水平上研究正常和病理情况下细胞或组织中蛋白质表达变化,以期发现具有重要功能的生物标识物,为疾病的早期诊断提供依据。
近年来它正成为蛋白质组学研究的热点和发展趋势。
比较蛋白质组学的研究方法和策略有多种,本文就最近几年来稳定同位素标记技术(体内代谢标记技术和体外化学标记技术)在比较蛋白质组学研究中的进展进行综述。
关键词 比较蛋白质组学 稳定同位素标记 体内代谢标记 体外化学标记Application of Stable Isotope Labeling in Comparative ProteomicsLiu X in1,2,Y ing Wantao1,2,Qian X iaohong1,23(1Beijing Institute of Radiation Medicine,Beijing100850;2Beijing Proteome Research Center,Beijing102206)Abstract C omparative proteomics is the research of protein expression changing between normal and pathological cell or tissue on the proteome level.P otential biomarkers w ould be discovered from the research by comparative proteomics, which will be helpful to the diagnosis and therapy of diseases.In the recent years,it has been becoming the hot spot of the proteomics research and many strategies used in comparative proteomics have been developed.During those approaches,the strategies based on stable is otopic labeling coupled with mass spectrometry have been extensively used and lots of success ful applications have been reported.In contrast to the traditional radioactive is otope labeling method,stable is otope labeling technique was not radioactive and the operation is simple.Metabolic labeling in viv o and chemical labeling in vitro are tw o parts of stable is otope labeling technique,which both have various advantages and disadvantages.This paper reviewed the progress of stable is otope labeling technique in comparative proteomics.K ey w ords C omparative proteomics,S table is otope labeling,Metabolic labeling in viv o,Chemical labeling in vitro随着人类基因组精确图谱的公布,基因组功能的阐明已经成为生命科学研究中一项极重要的任务[1]。
跨平台的质谱蛋白回归定量和质量控制的参数方法魏来;刘万霖;丁琛;秦钧【摘要】各质谱厂商通常使用不同的软件进行蛋白鉴定和定量,导致获得的数据和结果的通用性不佳.另外,目前蛋白质定量的准确性仍有提升空间.因此,开发一个标准化、自动化且定量更准确的蛋白质定量流程具有现实意义.采用肽段保留时间对齐和回归技术,可有效地减少中低丰度肽段鉴定信息缺失带来的影响,提高中低丰度蛋白的定量能力.一个综合考虑信号峰宽分布、保留时间分布以及肽段同位素模式分布等因素的肽段筛选器,可以有效地过滤掉不适宜定量的肽段信号,使肽段离子流色谱(XIC)峰定量面积的计算更为准确.该流程由数据开源转换、保留时间对齐与回归定量、肽段筛选器等模块构成,可准确定量不同平台产出的质谱数据,并明显改善低丰度蛋白的无标定量.经对比,该流程对蛋白质组学动态范围标准蛋白集(UPS2)的定量比MaxQuant和Proteome Discoverer的定量更准确.%Quantitative analysis based on high-resolution mass spectrometry data ,as an increasingly popular high-throughput method in the past decade ,is a fundamental work in proteomic research .Different MS manufactures typically use different suite of soft-ware for protein identification and quantification .It is inconvenient to compare results from different MS platforms . Furthermore , the accuracy of protein quantification is improvable .Hence ,the development of a standardized and automated protein quantifi-cation process is urgent for proteomics researches .A parametric approach was estab-lished for quantitative research based on mass spectrum .First ,basic information of can-didate peptides was extracted from mainstream spectra search program ,mainly includem/z ,retention times (tR ) ,and corresponding proteinIDs ,peptides ,modifications , charge states ,as well as scan numbers .Then the intensities of peptides in first level in tandem mass spectrometry (MS1 ) were retrieved from the decoded raw file basing on m/z and tR in a proper threshold .The extracted intensity values around the retention time for a certain peptide can be constructed into extracted ion chromatograms (XIC) peak .After smoothed by Savitzky-Golay smoothing filter ,the XIC peak area was calcu-lated by trapezoidal rule .For the peptides produced MS1 signals but not MS2 signals due to random sampling in MS , regression was used to improve parallelism of pairwise experiments .Polynomial curve fitting of degree 2 was used to retrieve regression func-tion of retention time by common identified peptides between different runs .With the retention time alignment and regression approach ,quantification for low abundance pro-teins can be improved greatly .A parametric model based on the peak width ,retention time and other parameters were combined by joint likelihood ratio and constructed by Bayesian model .This approach can effectively filter out poor peptide for quantification . By evaluated the relationship of m/z and the ratio of nth/1st isotope pattern intensities based on theory isotope pattern models , the function relationships were determined between m/z and the ratio of nth/1st isotope pattern intensities ,and the functions for every charge state were built .Then their theory intensities of isotope patterns can be calculated simply .And discarding the poor peptides that out of the theory isotope pat-tern range based on isotope pattern is an effective way to improve the accuracy ofquanti-fication .A comprehensive filter with all these factors can adjust the quantification of XIC .This standardized and automated process contains modules for data format conver-sion ,retention time alignment and regression ,and a multi-parametric peptide filter .It works on the majority of mainstream high resolution tandem mass spectrum and derived more precise quantification results ,especially for low abundance proteins .A comparison among this process ,MaxQuant and Proteome Discoverer proved the accuracy of this parametric method for protein quantification .The method provides a more accurate and intuitive method for MS data utilization ,a more convenient method for protein quantifi-cation researches .【期刊名称】《质谱学报》【年(卷),期】2017(038)006【总页数】9页(P611-619)【关键词】质谱;蛋白定量;离子流色谱(XIC);保留时间【作者】魏来;刘万霖;丁琛;秦钧【作者单位】蛋白质组学国家重点实验室,北京蛋白质组研究中心,军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京 102206;蛋白质组学国家重点实验室,北京蛋白质组研究中心,军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京 102206;蛋白质组学国家重点实验室,北京蛋白质组研究中心,军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京102206;复旦大学生命科学学院,上海 200032;蛋白质组学国家重点实验室,北京蛋白质组研究中心,军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京 102206【正文语种】中文【中图分类】O657.63蛋白质组(proteome)是指某一生物体、组织、器官或者细胞，在特定条件下表达的全套蛋白质[1]。
国家蛋白质科学中心所标
国家蛋白质科学中心（北京基地）是依托国家重大科技基础设施组建的，旨在成为具有国际竞争力的蛋白质科研设施中心。
它由军事医学科学院、清华大学、北京大学、中科院生物物理研究所等单位共同建设，位于中关村生命科学园内。
该中心的重点建设内容包括蛋白质组分析系统和功能蛋白质组研究系统，同时建设以生物信息学、蛋白质/抗体制备、生物资源库、模式动物等为核心的支撑系统。
此外，该中心还承担了国家科技部“中国人类蛋白质组计划（CNHPP）”研究工作。
落成后的国家蛋白质科学中心（北京基地）毗邻北京生命科学研究所、北京蛋白质组研究中心、生物芯片国家工程研究中心、蛋白质药物国家工程研究中心、北京大学国际医院等多家高水平的科研机构和产业化基地。
中心的研究团队由三位“千人计划”的PI领导，致力于遗传信息的解码与维护，跨膜生物学，非编码RNA，及超大分子复合体前沿技术开发等研究领域。
如需更多关于“国家蛋白质科学中心”的信息，建议登陆其官网进行查询。
全柱成像毛细管等电聚焦电泳分析蛋白质药物电荷异质性孟晓光;甄里;刘悦玫;侯利平;刘丹;李斌;欧阳伟民;魏开华【摘要】The application effect of isoelectric points(pI) of peptide and protein drugs containing different molecular weights and complex charge heterogeneity was evaluated by capillary isoelectric focusing electrophoresis-whole column imaging detection(cIEF-WCID).The pI of standard polypeptide was mensured repeatedly to verify that cIEF-WCID had a high accuracy and a good repeatability (RSD ＜ 0.50％).Four serum protein isomers had achieved baseline separation.Gan Lai insulin was detected only a single characteristic peaks(pI 5.95 ±0.01) when repeating the test.The proportion differences of the characteristic peak'PI were siguificant,when comparing the recombinant human growth hormone bulk and final,and the final appeared new characteristic paring the imported and domestic Avastin,manufacturer 1 and 3 were found to be consistent with the innovator drug,and the migration behavior of main component in manufacturer 1 was highly consistent with the innovator drug,however,the charge heterogeneity of manufacturer 2 was influenced because of lose K,N-term pyro-Glu.The optimized pI detecting conditions of the recombinant human follicle stimulating hormone were obtained by studying co-solvent concentration,electrolyte and focusing time,namely Co-solvent:2 mol/L urea,ampholytes at pH 2.5-5.0 and pH 3.0-10.0 mixing by 1 ∶ 1,and focus voltage:1 000 V(1 min) to 1 800 V(4 min) and to 2 200 V(1 min).cIEF-WCID was fast and accurate,and it owned excellentresolution and reproducibility,especially,it could trace the focusing process of the analytes.Therefore,it was fit for analysing complex charge heterogeneity of protein drugs.%评价了cIEF-WCID检测多肽与蛋白质药物等电点的应用效果.测定标准多肽的等电点,验证了cIEF-WCID具有高的准确度和良好的重复性(相对标准偏差＜0.50％).人血红蛋白的4种主要异构体实现了基线分离;甘赖胰岛素的重复测试均只检出单一特征峰(pI 5.95 ±0.01);比较重组人生长激素原液和成品,等电点特征峰比例差异明显,且成品有新特征峰出现;对比进口及国产贝伐单抗,发现厂家1、3与原研药基本一致,厂家1的主成分迁移规律与原研药高度一致,厂家2的重链C末端K缺失、N末端焦谷氨酸环化或脱酰胺修饰影响了电荷异质性;通过考察尿素浓度、电解质范围和聚焦时间,优化了检测重组人促卵泡素等电点条件:2 mol/L尿素,两性电解质pH2.5～5.0与pH 3.0～10.0按1∶1混合,聚焦电压1000V(l min)～1 800 V(4 min)～2 200 V(1 min).cIEF-WCID可快速、准确测定具有电荷异质性的蛋白类药物等电点,分辨率和重复性好,尤其是可以跟踪聚焦过程中样本的迁移特征,特别适合蛋白类药物复杂电荷异质性的检测.【期刊名称】《分析测试学报》【年(卷),期】2017(036)003【总页数】6页(P343-348)【关键词】全柱成像毛细管等电聚焦电泳;电荷异质性;重组蛋白质药物;抗体;药学研究【作者】孟晓光;甄里;刘悦玫;侯利平;刘丹;李斌;欧阳伟民;魏开华【作者单位】北京正旦国际科技有限责任公司,北京102206;北京蛋白质组研究中心,蛋白质组学国家重点实验室,国家蛋白质科学中心(北京),北京102206;江汉大学护理与医学技术学院,湖北武汉430056;北京正旦国际科技有限责任公司,北京102206;北京蛋白质组研究中心,蛋白质组学国家重点实验室,国家蛋白质科学中心(北京),北京102206;北京正旦国际科技有限责任公司,北京102206;北京蛋白质组研究中心,蛋白质组学国家重点实验室,国家蛋白质科学中心(北京),北京102206;北京正旦国际科技有限责任公司,北京102206;北京蛋白质组研究中心,蛋白质组学国家重点实验室,国家蛋白质科学中心(北京),北京102206;北京绿绵科技有限公司,北京100080;北京绿绵科技有限公司,北京100080;北京正旦国际科技有限责任公司,北京102206;北京蛋白质组研究中心,蛋白质组学国家重点实验室,国家蛋白质科学中心(北京),北京102206;军事医学科学院放射与辐射医学研究所,北京100850【正文语种】中文【中图分类】O657.8;O629.73等电点(Isoelectric point，pI)反映了蛋白质药物电荷与空间构象的均一性，是蛋白质药物质量控制的必不可少的项目。
基础医学与临床Basic & Clinical MedicinvApdi 2021VoV41 NeD2221年 4月 第41卷第4期文章编号：144)-6325(2421)44-4528氟5研究论文从健康人尿液筛选年龄相关蛋白质郑舒心、，赵敏迪4,邵 晨2孙海丹、，刘晓燕、，郭正光、，孙 伟、**收稿日期：2424W 、W4 修回日期：242、氟、表3基金项目：中国医学科学院医学科学创新基金(2417D2M-)909)* 通信作者(ccrresponding authoe ) : sunwei@ iSms.4111110.1X44/(1.中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院药理系，北京140045；2.北京医院国家老年医学中心检验医学科，北京144732； 8.国家蛋白质科学中心(北京)北京蛋白质组研究中心北京生命组学研究所，北京142202)扌商要：目的筛选健康成人尿液中与年龄相关的差异表达蛋白质，探讨成人因年龄增长而发生的蛋白质改变。
方法选取2名健康男性及2名健康女性,按年龄各分为3组(24~ 34、44~ 53和M 64周岁)，用非标记定量蛋白质组学 技术进行尿液蛋白质组分析，筛选年龄相关尿液蛋白。
结果从男性尿液中共获得14个与年龄增长相关的尿蛋白，其中上调66个，下调34个。
从女性尿液中共获得94个与年龄增长相关尿蛋白，其中上调77个，下调15个。
获得男女共有的年龄增长相关尿蛋白1个。
蛋白功能分析显示,这些蛋白与凝血系统、蛋白泛素化.LXR/RXR 激活、糖酵解等通路相关。
结论尿液中存在与年龄增长相关的蛋白质，有可能成为衰老相关的尿液标志物，并为后续疾病生物标志物发现提供基础。
关键词：尿液蛋白质组学;个体差异;年龄中图分类号:R32文献标志码:AScreening aying related protein) in udnc from hea/hy adult)ZHENG SSuwin 1, ZHAO Mis-dO, SHAO Chen 7, SUN HaOdan 、，LIU XOe-ysn 、，GUO Zhepg-auang 1, SUN Wei 1 *(1. DepaPmeo) of Pharmacologp , Institute of Basic Medical Sciences CAMS , School of Basic Medicixc PUMC , BeijOg 120005 ；4. Depadmeo) of Lakoratop McdRixc , National Center of Gerontologp , BeijOg Hospital ,BeijOg 120736 ；3. Beijmg Institute of Lifeomics, National Centos for Protein Sciences (Beijmg),BeijOg Proteomc Research Ceotes, BeijOg 122226, Chixa)Abstrach : Objective To screen the diOerextial proteins related W aping in human udne and W find out the func-tioxal changes of proteins related te aping. M ethods Fondeen healthy men and 15 healthy women woo oplUdand divided them inte three gAups accorVing W their ages (22-36, 40-54 and over 66 years olU) . The diOerential proteins were screened Sy laXel-Zrev quanti/cahox and 2DLC-MS/MS. R csu IS s In male gAVp , there were 120 pre Wins di/erentially expres/d in three gAups ； 66 wca over-axpres/d and 34 wca under-axpres/d. In female gAnp , there were 94 proteins UPoo/XU expressed in three gAups, 77 were overexpressed and 15 were undo a x -pressed. Thera were 1 diPerextial expressed proteins related W aping in Soth male and female gAups. Thou protein pathways mainly fochsed on coagulation system , protein uUiqui/na/ox pathway , LXR RXR vhWxWn and lactoso UepraSatiox III, etc. Conclusions Proteins related te aping can Sv found in udne , which may Sv used as SiomarVers of aping and previding Seis far suUsepuext discaveA of iisoso SiomarVers.郑舒心从健康人尿液筛选年龄相关蛋白质529 Key words:uh/c proteomics;individual vaha/on;aging近年来，尿液逐渐成为寻找疾病标志物的重要来源⑴。
蛋白质组学研究成果
蛋白质组学是对生物体内的全部蛋白质进行系统、全面的研究，
以期实现对生命现象的深入揭示和理解。
近年来，蛋白质组学研究取
得了许多重要成果，以下是其中的一些例子：
- 肝癌治疗：科研人员根据101例早期肝细胞癌及配对癌旁组织样本的蛋白质组数据，将目前临床上认为的早期肝细胞癌患者，分成
三种蛋白质组亚型，而不同亚型的患者具有不同的预后特征，术后需
要对应不同的治疗方案。
- 银屑病诊断：广东省中医院卢传坚教授和国家蛋白质科学中心（北京）于晓波研究员联合牵头的研究团队，在中医药治疗银屑病的
蛋白质组学研究领域取得突破，找到与银屑病严重程度指数和瘙痒指
数密切相关的5个血清蛋白标志物分子，其中PI3蛋白标志物分子经
过独立临床血清队列的验证，有望用于银屑病的早期检测、严重程度
评估及复发评估。
这些研究成果为深入了解疾病的发生和发展机制提供了新的视角，也为发展新的治疗方法和策略提供了重要的科学依据。
