秦川牛、南阳牛双肌基因的PCR- SSCP 检测

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《2024年秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析》范文

《秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析》篇一一、引言随着现代生物技术的快速发展，基因多态性研究在畜牧业中得到了广泛应用。

秦川牛作为我国重要的肉牛品种，其生长性能的遗传机制研究对于提高其生产效率和肉质品质具有重要意义。

CDC10基因作为细胞周期调控的重要基因，在动物生长过程中发挥着重要作用。

本文旨在分析秦川牛CDC10基因的多态性及其与生长性状的关联性，以期为秦川牛的遗传育种和改良提供理论依据。

二、材料与方法1. 材料本研究选取了不同地区、不同品种的秦川牛为研究对象，采集其血液样本，提取基因组DNA。

2. 方法（1）PCR-RFLP技术：采用PCR-RFLP技术对CDC10基因进行扩增，并对其多态性进行分析。

（2）统计学分析：运用SPSS软件对基因型与生长性状进行相关性分析，探讨CDC10基因多态性与秦川牛生长性状的关系。

三、结果与分析1. CDC10基因多态性分析通过对秦川牛CDC10基因进行PCR-RFLP扩增，我们发现该基因存在多种基因型。

不同基因型在秦川牛群体中的分布具有一定的差异性，表明该基因存在多态性。

2. CDC10基因多态性与生长性状的相关性分析将秦川牛的CDC10基因型与其生长性状进行相关性分析，我们发现某些基因型与秦川牛的生长性状存在显著相关性。

例如，某一种基因型的秦川牛具有较高的日增重和饲料转化率。

这表明CDC10基因多态性对秦川牛的生长性状具有一定的影响。

四、讨论本研究发现秦川牛CDC10基因存在多态性，且与生长性状具有显著相关性。

这表明CDC10基因可能是影响秦川牛生长性能的重要遗传因素之一。

在动物育种过程中，可以通过对CDC10基因的多态性进行分析，选育出具有优良生长性状的秦川牛品种，提高其生产效率和肉质品质。

此外，本研究仅对CDC10基因与秦川牛生长性状的关系进行了初步探讨，未来还需要进一步研究其他基因与环境因素、营养因素等对秦川牛生长性能的影响，以全面了解其遗传机制。

《2024年秦川牛生长和胴体性状与相关候选基因SNPs的关联性分析》范文

《秦川牛生长和胴体性状与相关候选基因SNPs的关联性分析》篇一一、引言秦川牛作为中国优秀的黄牛品种之一，其生长性能和胴体性状的研究对于提高牛只品质、推动畜牧业发展具有重要意义。

近年来，随着分子生物学技术的不断发展，研究秦川牛生长和胴体性状与相关候选基因SNPs（单核苷酸多态性）之间的关联性，成为了育种科学和技术研究的热点。

本文将分析秦川牛生长与胴体性状的关键基因SNPs及其关系，旨在为进一步改善秦川牛的品质和生长特性提供科学依据。

二、研究背景秦川牛生长和胴体性状受多种基因和环境因素共同影响。

随着分子生物学技术的进步，SNPs作为一种重要的遗传标记，在动物育种和遗传改良中发挥着重要作用。

通过对秦川牛相关候选基因SNPs的研究，可以了解其生长和胴体性状的遗传基础，为提高秦川牛的选育效率提供科学依据。

三、研究方法本研究采用分子生物学技术，对秦川牛的候选基因SNPs进行检测和分析。

首先，选取一定数量的秦川牛作为研究对象，采集其血液样本。

然后，提取DNA并进行PCR扩增和SNP分型。

最后，结合秦川牛的生长和胴体性状数据，进行统计分析，探究候选基因SNPs与秦川牛生长和胴体性状之间的关系。

四、候选基因SNPs的选取与检测本研究选取了与秦川牛生长和胴体性状相关的多个候选基因SNPs进行检测。

这些候选基因包括与肌肉生长、脂肪沉积、骨骼发育等相关的基因。

通过PCR扩增和SNP分型技术，对每个样本的基因型进行检测，并记录相关数据。

五、秦川牛生长与胴体性状分析通过对秦川牛的生长和胴体性状数据进行统计分析，发现秦川牛的生长速度、体重、胴体瘦肉率等性状具有明显的遗传差异。

这些性状不仅受环境因素的影响，还受到遗传因素的影响。

因此，研究秦川牛的候选基因SNPs与其生长和胴体性状之间的关系具有重要意义。

六、候选基因SNPs与秦川牛生长和胴体性状的关联性分析通过对秦川牛候选基因SNPs与生长和胴体性状数据的关联性分析，发现某些SNPs与秦川牛的生长速度、体重、胴体瘦肉率等性状具有显著相关性。

牛亲子鉴定技术研究进展

牛亲子鉴定技术研究进展牛亲子鉴定技术是现代畜牧业的一项重要技术，可用于确定牛群的亲权关系、遗传倾向性、种类纯度等。

随着分子生物学技术、生物信息学技术的发展，牛亲子鉴定技术也得到了快速发展。

本文将对牛亲子鉴定技术的研究进展进行简要介绍。

一、PCR-RFLP技术PCR-RFLP技术是通过PCR扩增特定基因区域后，使用限制性内切酶对扩增产物进行酶切，得到DNA片段长度不同的多个特异性条带，从而实现对基因型的鉴定和亲权关系的确认。

该技术特点是简单易行、成本低廉，但比较耗时，需要对特定的基因位点进行PCR扩增和酶切操作。

二、DNA指纹图谱技术DNA指纹图谱技术是通过对牛基因组DNA进行多态性分析，得到每个个体独特的DNA指纹图谱，再通过比较不同个体之间DNA指纹图谱的相似性程度，确定它们之间的亲权关系。

该技术特点是高分辨率，可同时分析多个基因座，但需要较高的仪器设备和技术条件，并且比较难以应用到大规模鉴定中。

三、基因芯片技术基因芯片技术是通过将数千个核酸探针固定在芯片上，对基因组DNA进行高通量检测，可实现对数百个基因座进行检测和鉴定。

该技术特点是高效、高通量，能够快速鉴定大规模牛群，但是设备成本较高。

四、基于PCR和DNA测序技术的SNP分型单核苷酸多态性（SNP）是生物体中最为广泛的遗传多态性，与牛的生物学特性和育种有密切关系。

基于PCR和DNA测序技术的SNP分型技术利用高通量测序技术得到基因SNP信息，再通过PCR扩增和测序分析，可对SNP进行检测和鉴定，从而实现对牛的基因型鉴定和亲权关系的确认。

该技术特点是快速、准确、高效，能够同时分析数千个基因座，适用于大规模鉴定和育种。

总之，牛亲子鉴定技术得到了长足的发展，其中PCR-RFLP技术已经相对成熟，DNA指纹图谱技术、基因芯片技术以及基于PCR和DNA测序技术的SNP分型等新技术也正在不断完善和应用中。

随着技术的不断进步和完善，牛亲子鉴定技术将在畜牧业和生物学研究领域发挥越来越重要的作用。

秦川牛PYGM基因的表达及其遗传变异对胴体和体尺性状的影响

秦川牛PYGM基因的表达及其遗传变异对胴体和体尺性状的影响牛富彪;王丽君;杨菁;陈玲;王洪亮;贺花;刘小林【摘要】[目的]以秦川牛糖原磷酸化酶基因PYGM为候选基因,研究其在秦川牛生长和胴体性状形成中的作用.[方法]以300头(24±2)月龄纯种秦川牛为试验材料,通过DNA测序和PCR-RFLP技术,研究PYGM基因的多态性对秦川牛个体宰前活体质量、胴体质量、体高、体斜长和屠宰率共5个性状的影响；运用RT-PCR技术分析P YGM基因在秦川牛成体和4～5月龄胎牛2个阶段的肺脏、心脏、肝脏、舌、背最长肌及脾脏6种组织中的表达情况.[结果]半定量RT-PCR检测结果显示,PYGM基因在秦川牛胎儿和成年时期的心脏、舌及背最长肌组织中的表达量均显著高于其他组织.并在该基因中筛查到了2个新的单核苷酸变异(SNP)位点,分别为PYGM内含子1上的C→T突变和内含子6中的C→G突变.群体多态性分析结果表明,秦川牛群体在这2个位点处于Hardy-Weinberg 平衡状态,并且处于中度多态.2个SNP位点中A和C等位基因为优势等位基因,SNP 1位点上AA和AB 基因型个体的宰前活体质量和胴体质量显著高于纯合的BB基因型个体；SNP 2位点上CC基因型个体的体高显著高于DD基因型个体.[结论]PYGM基因可以作为秦川牛品种改良中与肌肉生长相关的候选基因.【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2013(041)009【总页数】7页(P1-7)【关键词】秦川牛;PYGM;多态性;生长性状;组织表达【作者】牛富彪;王丽君;杨菁;陈玲;王洪亮;贺花;刘小林【作者单位】西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100【正文语种】中文【中图分类】S823.12秦川牛是中国著名的大型役肉兼用牛品种，是中国五大优良黄牛品种之一，具有耐粗饲、抗逆性强、肉质鲜美、性情温顺等优良特性。

牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析的开题报告

牦牛GH基因多态性的PCR-SSCP分析的开题报告一、研究背景和目的牦牛是中国青藏高原地区的特有家畜，其适应极端高寒气候的能力极强，这与其生物学特性以及遗传基因密切相关。

GH基因是对牲畜体型、生长发育、生殖能力等方面具有重要影响力的遗传基因之一，因此对GH基因多态性的研究能够为牦牛遗传基因改良提供理论依据和参考。

本研究旨在采用PCR-SSCP技术分析牦牛GH基因多态性，比较不同牦牛品种之间GH基因多态性的差异，为寻找优良牦牛基因提供数据支持和参考。

二、研究内容和方法1. 样本采集和DNA提取：从中国青藏高原地区采集不同品种的牦牛肌肉组织样本，使用基因提取试剂盒从中提取DNA。

2. PCR扩增：以牦牛GH基因编码区域为靶标，设计特异性引物，进行PCR扩增，反应体系5μL，包括DNA模板1μL，引物0.5μL，GoTaq DNA聚合酶（2.5U/μL）0.2μL，10X PCR缓冲液0.5μL、dNTPs 0.2μL，甘油 0.1μL，PCR纯水2μL。

PCR反应条件：预变性95℃5min，变性95℃30s，退火60℃30s，延伸72℃30s，共35个循环。

扩增产物通过0.8％琼脂糖凝胶电泳检测，PCR产物的大小和质量均符合预期。

3. SSCP分析：将PCR扩增产物分别加入含有20％甘油的PCR样品盐溶液混合，然后加热变性，冷却后送入垂直电泳仪，电泳电压为80 V，温度为10℃，电泳时间为16 h。

取出凝胶，采用银染法进行染色，观察各牦牛品种GH基因多态性的差异。

三、预期结果和意义通过PCR-SSCP技术，我们将得到牦牛GH基因的多态性信息，并且比较不同牦牛品种GH基因多态性的异同，将有助于我们理解GH基因在发育、生长和繁殖等方面的调控作用，为未来的牦牛遗传改良提供科学依据和参考。

此外，该研究也为动物遗传学的研究提供了一种新的技术方法。

PCR-SSCP原理及应用

PCR-SSCP原理及应用随着分子生物学技术的发展，检测基因结构和突变的方法不断涌现.尤其是PCR技术问世以后，各种与PCR相结合的基因检测技术进一步推动了基因研究的发展.如不对称PCR产物的直接测序、核糖核酸酶酶切法(Ribonuclease cleavage，RNAase)、限制性片段长度多态性分析(Restriction Fragment Length PolymorPhism，RFLP)等等已成为基因分析的有力工具.但这些方法操作比较繁琐，局限性较大，或要求实验条件高，不适合一般临床实验室使用.1989年问世的PCR-SSCP(下文称SSCP)作为检测基因突变的方法，经不断地改进和完善，更为简便、快速、灵敏，不但用于检测基因点突变和短序列的缺失和插入，而且还被用于DNA定量分析，监测PCR诊断实验中的交*污染情况，以及传染源的调查等.由于SSCP的突出的优点，近几年被大量地应用.一、SSCP的原理及特点日本Orita等研究发现，单链DNA片段呈复杂的空间折叠构象，这种立体结构主要是由其内部碱基配对等分子内相互作用力来维持的，当有一个碱基发生改变时，会或多或少地影响其空间构象，使构象发生改变，空间构象有差异的单链DNA分子在聚丙烯酰胺凝胶中受排阻大小不同.因此，通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)，可以非常敏锐地将构象上有差异的分子分离开.作者称该方法为单链构象多态性(Single-Strand Conformation PolymorPhism，SSCP)分析.在随后的研究中，作者又将SSCP 用于检查PCR扩增产物的基因突变，从而建立了PCR-SSCP技术，进一步提高了检测突变方法的简便性和灵敏性.其基本过程是:①PCR扩增靶DNA;②将特异的PCR扩增产物变性，而后快速复性，使之成为具有一定空间结构的单链DNA分子;③将适量的单链DNA进行非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳;④最后通过放射性自显影、银染或溴化乙锭显色分析结果.若发现单链DNA带迁移率与正常对照的相比发生改变，就可以判定该链构象发生改变，进而推断该DNA片段中有碱基突变.该方法简便、快速、灵敏，不需要特殊的仪器，适合临床实验的需要.但它也有不足之处.例如，只能作为一种突变检测方法，要最后确定突变的位置和类型，还需进一步测序;电泳条件要求较严格;另外，由于SSCP是依据点突变引起单链DNA分子立体构象的改变来实现电泳分离的，这样就可能会出现当某些位置的点突变对单链DNA分子立体构象的改变不起作用或作用很小时，再加上其他条件的影响，使聚丙烯酰胺凝胶电泳无法分辨造成漏检.尽管如此该方法和其他方法相比仍有较高的检测率.首先，它可以发现靶DNA片段中未知位置的碱基突变.Takao，经实验证明小于300bP的DNA片段中的单碱基突变，90%可被SSCP发现，他认为现在知道的所有单碱基改变绝大多数可用该方法检测出来.另外，SSCP方法可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳将不同迁移率的突变单链DNA分离，并且还可以进一步提纯.用这种方法可以最终从DNA 序列水平上鉴别突变DNA片段.二、SSCP的不断改进SSCP技术自创立以来，经历了自身发展和完善的过程，刚建立时是将同位素掺入PCR 扩增物中，通过放射自显影来显示结果.这给该技术的推广造成一定的困难，随着DNA 银染方法与PCR-SSCP结合，尤其是直接溴乙锭染色方法的应用，使得该方法大大简化. 最近，SSCP值得注意的改进是将DNA-SSCP分析，改为RNA-SSCP分析，其基本原理是: RNA有着更多精细的二级和三级构象，这些构象对单个碱基的突变很敏感，从而提高了检出率，其突变检出率可达90%以上.另外，RNA不易结合成双链，因此可以较大量的进行电泳，有利于用溴化乙锭染色.但该方法增加了一个反转录过程;还需要一个较长的引物，内含有启动RNA聚合酶的启动序列，从而相对地增加了该方法的难度.为了进一步提高SSCP的检出率，可将SSCP分析与其它突变检测方法相结合.其中与杂交双链分析(HeterocluPlex analysis，Het)法结合可以大大提高检出率.Het法是用探针与要检测的单链DNA或RNA进行杂交，含有一对碱基对错配的杂交链可以和完全互补的杂交链在非变性PAG凝胶上通过电泳被分离开.对同一靶序列分别进行SSCP和Het 分析可以使点突变的检出率接近100%，而且实验简便.三、PCR-SSCP的实验操作在小于1Kb长度的情况下，DNA片段长度与丙烯酰胺的浓度选择如下:DNA片段长度(核苷酸数) (%)1Kb～700b 3.5700b～500b 5500b～200b 8200b 12在进行SSCP前首先要通过PCR扩增出特异性好的产物(琼脂糖电泳不能有过强的拖尾).1)制备聚丙烯酰胺凝胶(PAG)按上表制所需的胶液，将梳子插入模子，从梳子一端加入胶，当胶液快到梳齿时，使模子向加胶端倾斜，继续慢慢加胶，边加边放端模子以防止气泡形成，室温放置1h使之凝固.然后拔掉梳子，顶部加入1×TbE封闭，备用.2)电泳取10μlPCR产物，加入10μl变性剂(95%甲酰胺，10mmol/LEDTA0.02%溴酚蓝)、30μl 石蜡油，煮沸5min，取出立刻放入冰浴中2min以上，然后将水相全部上样，10-15℃下电泳.开始在300V电压下电泳5min，然后在120V电泳8h，取下凝胶，将其浸在含0.5ug/ml溴化锭的1×TbE缓冲液中染色30--45min，在紫外灯下观察，或进行银染.3)银染法将PAG板用去离子水洗二次，浸入10%乙醇和0.5%冰醋酸溶液固定6min.用去离子水洗二次，再浸入0.2%AgNO3溶液中10min.用去离子水洗3--5次，然后浸入 1.5%NaOH和0.4%甲醛溶液中显色7min.最后，用0.75%NaCO3终止显色.四、SSCP的应用自从Orita等用SSCP进行人类DNA多态性分析以来，该方法大量地用于检测和肿瘤发生有关的基因突变，例如检测星形细胞瘤、脑瘤、小细胞肺癌、胃癌、肠癌等肿瘤中的P53基因的突变、肺癌的ras基因突变等.最近Sugano等用银染色SSCP法，成功地检测了c-Ki-ras2基因第12位的突变，电泳和银染色过程在2.5小时内完成.SSCP还用于检测引起人类遗传性疾病的研究上，如在囊性纤维化中起作用的CFTR基因、神经纤维瘤1型基因、家族性结肠息肉基因的研究中.最近，Sharkar等用RNA-SSCP法检测了28名b 型血友病患者的凝血因子IX的基因序列，并与DNA-SSCP和直接基因测序法进行了比较，发现在全长2.6kbP的凝血因子IX基因组中，有20处碱基点突变，RNA-SSCP可检测出其中的70%，而DNA-SSCP只能检测出35%，显示了RNA-SSCP比DNA-SSCP有更高的灵敏性.#P#分页标题#e#SSCP法除大量地用于基因突变的检测外，还用于病毒的分型、监测PCR 实验中的污染情况、以及病原体传播途径的研究中.YaP用巢式PCR对来自不同国家和地区的HbV标品进行了检测，并对扩增产物进行了SSCP分析，发现每个标本的SSCP图谱完全不同，不仅证明了HbVDNA具有地区性变异，而且排除了交*性污染的可能性，为保证PCR诊断结果的可靠性找到了好方法.另外，YaP等还将SSCP用于DNA定量分析上，他们将SSCP 与竞争性PCR法相结合进行乳腺癌细胞突变P53基因的定量分析，并取得了初步成功. 该方法的优点在于，内标和待测DNA只有一个碱基不同，这样使内标和待测DNA有相同的扩增条件，从而更准确地测出DNA的量.从以上可以看出，SSCP正在分子生物学领域发挥着巨大的作用.五、SSCP注意的事项SSCP是一种快速、简便、灵敏的检测基因突变的方法，为了使SSCP 达到最佳效果，应注意下列事项.①重复性.影响SSCP重复性的主要因素为电泳的电压和温度.这两个条件保持不变，SSCP图谱可保持良好的重复性.一般SSCP图谱是二条单链DNA带，但有时有的DNA片段可能只呈现一条SSDNA带，或者三条以上，这主要是由于两条单链DNA之间存在相似的立体构象.有时三条以上的SSCP图谱是由于野型DNA片段和突变型DNA片段共同存在的结果.②靶DNA序列长度的影响在实验中发现SSCP对短链DNA或RNA的点突变检出率要比长链的高，这可能是由于长链DNA和RNA分子中单个碱基的改变在维持立体构象中起的作用较小的缘故.而有人认为在DNA链较短的(400bP以下)情况下，DNA的长度不会影响SSCP 的效果.他们仔细选择了实验条件，发现354bP的DNA中点突变的检出率仍可达到90%以上.③电泳电压和温度的影响:为了使单链DNA保持一定的稳定立体构象，SSCP应在较低温度下进行(一般4℃-15℃之间).在电泳过程中除环境温度外，电压过高也是引起温度升高的主要原因，因此，在没有冷却装置的电泳槽上进行SSCP时，开始的5min应用较高的电压(250V)，以后用100V 左右电压进行电泳.这主要是由于开始的高电压可以使不同立体构象的单链DNA初步分离，而凝胶的温度不会升高.随后的低电压电泳可以使之进一步分离.在实验中应根据具体实验条件确定电泳电压.④DNA片段中点突变的位置对SSCP的影响点突变在DNA和RNA中的位置对SSCP检测率的影响，取决于该位置对维持立体构象作用的大小，而不是仅仅取决于点突变在DNA链上的位置(有人认为点突变在DNA链中部要比在近端部容易被SSCP检测出来).White曾设计了一组样品DNA 片段，并将其中的点突变设在DNA链的中部，而且该点又正处在发夹结构顶端的环上，结果发现SSCP只能检测出9个样品中的2个(检出率为22%)，说明DNA链中任何部位的突变，只要对其单链立体构象没有影响，都有可能被漏检.⑤SSCP的结果断定:由于在SSCP分析中非变性PAG电泳不是根据单链DNA分子和带电量的大小来分离的，而是以单链DNA片段空间构象的立体位阻大小来实现分离的，因此，这种分离不能反映出分子量的大小.有时正常链与突变链的迁移率很接近，很难看出两者之间的差别.因此一般要求电泳长度在16--18cm以上，以检测限为指标来判定结果.检测限是指突变DNA片段与正常DNA片段可分辨的电泳距离差的最小值.大于检测限则判定链的迁移率有改变，说明该DNA序列有变化，小于检测限则说明链之间无变化.例如，一般检测限定为3mm，那么当两带间距离在3mm以上，则说明两链之间有改变.另外检测限不能定的太低，否则主观因素太大，易造成假阳性结果.另外，SSCP 分析中其它条件，如PCR产物的上样量，PAG的交联度、以及胶的浓度等，都应根据具体实验进行选择确定.总之，SSCP分析法是一种快速、简便、灵敏的突变检测方法，适合临床实验室的要求.它可以检测各种点突变，短核苷酸序列的缺失或插入.随着SSCP分析不断完善，它将成为基因诊断研究的一个有力工具PCR-SSCP技术－哈尔滨医科大学实验原理聚合酶链式反应-单链构象多态（Polymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism，PCR-SSCP）技术是在PCR技术基础上发展起来的，它是一种简单、快速、经济的用来显示在PCR反应产物中单碱基突变（点突变）的手段。

牛肉质候选基因查询

1题名Polymorphism of Adipocyte Fatty Acid-binding Protein Gene(A-FABP) in Yak(Bos grunniens)作者曹健;罗玉柱;胡江;成述儒;杨果;刘秀;中文关键词牦牛;;脂肪型脂肪酸结合蛋白基因;;PCR-SSCP;;SNPs单位甘肃农业大学动物科学技术学院,甘肃省草食动物生物技术重点实验室(甘肃农业大学);Gene-Marker Laboratory,Faculty of Agriculture and Life Sciences,Lincoln University;中文摘要脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)属脂肪酸结合蛋白家族(FABPs)成员,参与调节哺乳动物细胞内脂肪浓度,进而影响肌肉内脂肪含量(IMF),因此A-FABP可作为影响IMF的候选基因。

本研究采用PCR-SSCP技术检测甘南牦牛、青海牦牛、天祝白牦牛(Bos grunniens)A-FABP基因部分第3内含子、第4外显子及部分3'-UTR区单核苷酸多态性(SNPs),分析检测区域分子遗传特征。

结果表明,3类群牦牛引物扩增区域发现5种等位基因A-E;同普通牛A-FABP基因序列比对发现6处SNPs,其中第4外显子区存在c.4222A>G的同义突变;3'-UTR区c.*94T>A只存在于牦牛群体,是其区别于普通牛的遗传特征之一。

各等位基因在群体间分布差异较大,其中天祝白牦牛只发现3种等位基因,而青海牦牛发现4种等位基因,这可能与牦牛类群的地域分布及选育程度有关。

3类群牦牛A-FABP基因检测位点表现为中度多态(PIC为0.29～0.36),有效等位基因数较高,可作为潜在的牦牛肉质性状分子标记位点。

基金国家自然科学基金项目(No.31160451);; 甘肃省农业生物技术研究与应用开发项目(No.GNSW-2010-02);; 国家科技支撑计划课题(No.2009BAC53B06)刊名华北农学报ISSN1000-7091年2012期04第一责任人曹健;2题名Screening and Identification of Differential Expressed Genes in Different Development Stages ofBovine Skeletal Muscles作者唐荣莉;王峰;张焱如;周欢敏;中文关键词蒙古牛;;mRNA差异显示;;肌肉组织单位内蒙古农业大学生命科学学院;中文摘要应用mRNA差异显示技术,对两个发育阶段(16月龄和5岁龄)蒙古牛臀肌组织差异表达的基因进行研究,从分子水平分析影响不同发育阶段蒙古牛肉品质的遗传机制。

秦川牛肉用性状功能基因确定及核心群分子育种遗传进展分析

发育性状、繁殖性状和胴体性状。
１１生长发育性状．
新技术以及计算机科学技术相结合，用现代分子利
生物学技术手段，深入挖掘影响秦川牛肉用性状的
候选基因，将其应用于现有秦川肉牛新品系的选并
申国牛业科学
２１，６６：－００３（）１５
ＣｎｈｉａＣａｔｌｉｎｅｔｅＳｃｅｃ
秦川牛肉用性状功能基因确定及核心群分子育种遗传进展分析
任建存，林森，洪宝昝王
（．北农林凌７２０；．凌职业技术学院动物工程系，西杨凌７２０）１西陕１１０２杨陕１１０
作者简介：任建存（９２）男，西城固人，师，１７一，陕讲主要从事动物遗传育种繁殖的研究。＊通讯作者：林森（９３）男，西扶风人，授，士生导师，要从事肉牛、牛遗传改良及产业化工程研究。昝１６一，陕教博主奶
育种目标性状是指希望改进的性状。秦川牛育
种的方向就是要培育产肉力强的个体，因此，确定在育种目标性状时，须以产肉性状为主，顾其他性必兼状＿。在实际育种中应该考虑那些有代表性的、２］可测量的性状作为选择的性状，时考虑选择性状与同目标性状间的遗传相关，及选择性状内部之间的以相关。在秦川牛育种中涉及三个方面的性状：长生

PCR-SSCP检测微卫星基因型方法的研究

PCR-SSCP检测微卫星基因型方法的研究王哲鹏;刘瑞芳;闵育娜;滑鹏欢【期刊名称】《东北农业大学学报》【年(卷),期】2012(043)006【摘要】非变性丙烯酰胺凝胶电泳(Native-PAGE)在检测片段差异较小的微卫星等位基因时误差较大.针对Native-PAGE的不足,以鸡1号染色体上的7个微卫星位点为例,对PCR-SSCP(单链构陷多态)检测此类等位基因的效果进行了分析.结果表明,对MS202和MS502,通过检测单链DNA,PCR-SSCP能准确分离PAGE无法区分的片段差异较小的等位基因；对MS1404,单链和双链DNA分离效果相同；对MS1805、MS1803、wxt_MS_3,双链DNA得到了很好分离,但单链DNA分离效果不佳.结果表明,对某些微卫星位点,PCR-SSCP能弥补Native-PAGE不足.【总页数】4页(P88-91)【作者】王哲鹏;刘瑞芳;闵育娜;滑鹏欢【作者单位】西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100【正文语种】中文【中图分类】Q503;Q7【相关文献】1.猪微卫星多态性两种检测方法的比较研究 [J], 霍金龙;罗古月;张娟;潘伟荣;张美;曾养志2.卵巢癌p53抑癌基因非同位素PCR-SSCP检测方法的研究 [J], 王宝成3.微卫星DNA检测方法的研究 [J], 杜爽;仇雪梅4.棉花微卫星DNA扩增产物检测方法的优化研究 [J], 孙志栋;王学德;倪西源;赵佩欧;黄坚5.丙型肝炎基因型定量检测及分型检测方法的研究进展 [J], 王静;王露楠因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

Overlap-PCR克隆秦川牛HCRTR1基因及其在大肠杆菌中的表达分析

Overlap-PCR克隆秦川⽜HCRTR1基因及其在⼤肠杆菌中的表达分析农业⽣物技术学报 Journal of Agricultural Biotechnology 2008,16(4):568~572* 基⾦项⽬：国家⾼技术研究与发展计划（863）项⽬（No.2006AA10Z197）、国家⾃然科学基⾦（No.30771544）、国家⽀撑计划（No. 2006BAD01A10-5）和西北农林科技⼤学拔尖⼈⽀持计划（No.01140101）基⾦资助。

**通讯作者。

Author for correspondence.教授，博⼠⽣导师，主要从事⽣物技术与家畜育种研究。

Email ：〈chenhong1212@/doc/93669af8fab069dc5022010f.html 〉 . 收稿⽇期：2007-09-20 接受⽇期： 2007-11-09 ·研究论⽂· Overlap-PCR 克隆秦川⽜基因及其在⼤肠杆菌中的表达 *张丽 1， 2 ，张良志 1 ，张爱玲 1， 4 ，陈宏 1， 3 **，张春雷 1， 3，张琴 1（1.西北农林科技⼤学动物科技学院，陕西省农业分⼦⽣物学重点实验室，杨凌 712100； 2.⼴东海洋⼤学农学院，湛江524025； 3.徐州师范⼤学细胞与分⼦⽣物学研究所，徐州221116； 4.贵州⼤学⽣命科学学院，贵阳550025）摘要：通过 Overlap-PCR ⽅法克隆了秦川⽜（）的增⾷欲素受体 1 （）基因编码区全长，获得 1278bp 编码区全长序列(GenBank 登录号:DQ874350)，将其克隆⾄ pMD-18T 载体上，经测序表明获得的cDNA 序列与GenBank 公布的序列同源性均为98%。

阳性质粒经 H ⽟和d 芋双酶切后，将⽬的⽚段定向克隆到pET32a （+）表达载体上，转化 Bl21(DE3) 感受态⼤肠杆菌（），经鉴定正确后，⽤ IPTG 诱导⽬的蛋⽩的表达。

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秦川牛、南阳牛双肌基因的PCR-SSCP检测Ξ昝林森1,史明艳1,王勇强2(1西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;2郑州牧业工程高等专科学校实验研究中心,河南郑州450008)摘　要:通过运用一对特异性引物对秦川牛、南阳牛my ostatin基因的第三外显子进行扩增,应用PCR-SSCP方法鉴定上述两种牛是否携带双肌基因,发现南阳牛中存在有双肌个体,同时提出了牛双肌基因的检测方法。

关键词:黄牛;双肌性状;肌肉生长抑制基因;单链构象多态性Myostatin Detection of China C attle by PCR-SSCPZ an LinSen1,Shi MingY an1,Wang Y ongQiang2(1College o f Animal Science and Veterinary Medicine,Northwest Science and Technology Univer sity o fAgriculture and Forestry,Y ang Ling Shaan X i712100;2Zheng Zhou College o f Animal Husbandry Engineering,Zheng Zhou Henan450008)Abstract:Using a pair of special primers to am plify the ex on3of my ostatin gene of Qinchuan and Nanyang Beef to detect if there was double muscled beef.A double muscled beef was find in Nan yang beef.A sim ple PCR-SSCP based my ostation detection system has been developed.K ey w ords:Cattle;double-muscular characteristics;my ostatin;Single strand conformationl polym orphism 瘦肉率和优质肉块比例是牛育种性状的重要目标之一,这些性状与骨骼肌的量密切相关。

1997年McPherron等发现的肌肉生长抑制素基因(my o2 statin),因其功能丧失导致小鼠骨骼肌的量极显著增加[1]。

之后McPherron和Lee通过对比利时蓝白花、皮埃蒙特牛MST N基因的3个外显子测序研究后认为:MST N3′保守的生物活性区11bp的缺失和保守碱基的点突变造成了双肌现象,其遗传效应就是瘦肉率的增加[2]。

中国地方良种黄牛秦川牛、南阳牛以产肉量高、肉脂风味独特而闻名,是中国黄牛的代表性品种。

因此对这两种肉牛品种进行双肌基因的鉴定与分析,对于中国肉牛品种的早期选择及利用双肌基因育种,进一步提高中国肉牛品种的产肉量均具有重要意义。

1　材料与方法111　材料　选择具有表型“双肌”性状的纯种秦川牛35头、南阳牛45头,每头采血2ml。

秦川牛来自陕西省秦川肉牛良种繁育中心,南阳牛来自河南省南阳牛科技示范园。

T aq酶、dNTPs、引物合成来自大连宝生物工程有限公司,甲醛、异戊醇、乙醇等化药试剂购自北京化学试剂公司。

112　方法　血样DNA的提取,按照Sambrook[3]方法进行。

引物设计参照文献[4]进行,加以修改。

其中:上游引物为:5′-AAGG CC AATT ACTG CT CTGG AG-3′;下游引物为:5′-GGGG CCCGG CTG AACCT CT-3′PCR反应体系见表1。

PCR反应程序:94℃变性4min→94℃1min30 sec→65℃1min30sec→72℃1min30sec→72℃延伸10min。

PCR-SSCP分析[5]:取PCR产物3μL于1灭菌的离心管中,加入9μL上样缓冲液(95%甲酰胺,・7・畜牧兽医科学中国农学通报　第19卷　第5期　2003年10月 http:ΠΠzntb1chinajournal1net1cn Ξ基金项目:国家农业科技成果转化项目(02EFN216100595)及陕西省攻关计划项目(2001K04—G4)。

第一作者简介:昝林森,男, 1963年出生,西北农林科技大学动物科技学院教授,主要研究方向为现代动物生长发育调控。

　收稿日期:2003-04-21,修回日期:2003 -05-2810mm oL ΠL E DT A ,0105%二甲苯青),用Palafilm 封好离心管。

在PCR 仪中95℃变性8min ,然后立即冰浴5min 。

上样于已制备好的聚丙烯酰胺凝胶中,在4℃冰箱中5V Πcm ,电泳8～10h 。

银染显带:银染每一步操作都必须带洁净的手套,避免在胶上印上指纹。

银染之前必须先准备好塑料盘、双蒸水、固定液(10%的乙醇、1%的硝酸)、染色液(012%硝酸银)、显色液(3%碳酸钠、500ml 加750μl 甲醛)、停显液(3%乙酸)。

表1　PCR 反应体系组　分用　量ΠμL备　注DNA 模板1100ng ΠμL dNTPs20.01m M ΠμL 引物(上游)11μm ΠμL 引物(下游)11μm ΠμL T aq 酶0.10.5u ΠμL超纯H 2O 4.9反应总体积10 (1)电泳结束后切断电源,从电泳槽中倒出缓冲液,然后取下胶板,将凝胶从玻板中取出放入装有双蒸水的塑料盘中,用双蒸水漂洗2～3次,倒去双蒸水。

(2)固定凝胶:向盘中加入固定液(10%的乙醇)浸没凝胶,放在摇床上轻轻摇5min ,倒去液体,然后加入1%的硝酸轻轻摇3min 倒出液体。

(3)洗涤凝胶:用双蒸水摇荡洗涤凝胶3次(每次2min ),最后将水尽量倒干。

(4)银染凝胶:向塑料盘中加入染色液(012%的硝酸银)浸没凝胶,放在摇床闭光轻轻摇15～20min 。

(5)洗涤凝胶:用双蒸水摇荡洗涤凝胶1～2次(每次2min ),最后将水尽量倒干。

(6)凝胶显影:向盘中加入显色液(3%的碳酸钠,每500ml 溶液加750μl 甲醛)浸没凝胶,边摇边观察,直到凝胶上显现电泳带。

(7)终止显影:倒出显色液,尽快加入终止液(3%的冰乙酸)浸没凝胶,停止显影反应并固定影相。

(8)烘干凝胶:将停显的凝胶用塑料膜贴好,放在干胶仪上80℃烘45～60min 。

(9)凝胶摄影:将停显的或烘干的凝胶放在摄像平台上,用计算机成像系统拍照,保存胶片并作好记录。

2　结果与分析图1为秦川牛、南阳牛血样中提取的DNA 电泳检测结果。

1、2为秦川牛基因组DNA ,3、4为南阳牛基因组DNA ,从图中可以看出所提DNA 既无降解,也无RNA ,符合实验要求。

根据参考文献,在68℃上下共设置6个温度梯度,摸索PCR 扩增的退火温最优化反应条件,经对比度以65℃为最佳,扩增条带最清晰。

扩增结果见图2。

该基因序列从913到1015位点。

可以看出扩增片段位于100bp 附近,与实验设计相符。

图中1、2、3为秦川牛PCR 扩增片段,4、5为南阳牛PCR 扩增片段,M 为D LMarker 2000。

PCR -SSCP 结果见图3、4:图3为南阳牛单链构象多态性,其中1、3、4为正常南阳牛MST N ,2为突变南阳牛单链构象多态性,在45头南阳牛中存在两种基因型,44头AA 型和1头AT 型。

图4为秦川牛单链构象多态性,在35头纯种秦川牛中,只存在一种基因型AA 型。

查询AT 型牛的生产记录,18月龄生产记录为332kg ,比同等饲养条件下饲养的牛平均体重高出62kg 。

可初步判定该牛的的MST N 基因发生了突变,有关具体突变位点测序结果另文报道。

这一实验结果说明了中国南阳牛中存在有双肌突变个体,但突变频率低。

在秦川牛中尚未发现有双肌突变个・8・ Chinese Agricultural Science Bulletin V ol 119　N o 15　2003　October 畜牧兽医科学体,其原因有待进一步研究分析。

3　讨论肌肉生长抑制素基因属于转移生长因子β超家族,在成长以及成熟的骨骼肌中表达,是一种肌肉生长量的负调控因子。

从生物学上讲,MST N 基因的作用在进化过程中比较保守,失活的该基因导致骨骼肌的过度发育、肌肉膨大。

在比利时蓝白花双肌牛中,该基因的第三外显子处有11bp 的缺失,而在皮埃蒙特牛双肌牛检测中发现第三外显子出有一错义突变,G 突变为A ,使酪氨酸替代了胱氨酸,导致MST N 基因失活。

而在小鼠的研究中也发现突变位于第三外显子区。

因此对动物肌肉发达程度的研究一般都集中在该功能区[6～7]。

单核苷酸多态性是第三代分子遗传标记,它能更准确地研究基因组或基因片断中的碱基替换、插入、缺失[8]。

单链构象多态性,简称SSCP ,是单核苷酸多态性检测分析技术的一种。

这种检测手段的最大优点是能检测出DNA 片段长度相同但碱基序列组成发生变化的所有突变位点。

赵兴波等认为300bp 以下的DNA 片段的突变检测灵敏度可达100%[9]。

应用PCR -SSCP 方法对秦川牛、南阳牛MST N 基因的第三外显子进行了检测,发现有一例突变南阳牛,同时建立了牛双肌个体检测的PCR -SSCP 方法,这对重新认识和定位中国地方黄牛品种,培育中国特色的肉牛品种具有一定的指导意义。

参考文献1　M cPhers on A C ,Am Lawler ,S J Lee.Regulation of skeletal musclemass in m ice by a new TG F -βSuperfam ily member.Nature (Lond ),1997,387:83～902　M cPherron A C ,Lee S J.D ouble muscling in cattle due to mutations inthe my ostatin gene.Proc.NatL.Acad.Sci ,US A ,1979,94(23):12457～124613　Sambrook J.Fritsch E F ,M aniatis T.M olecular cloning a laboratorymanual.2nd el.C old S pring Herbor Lab.Press C old S pring Herbor.New Y ork ,19894　S. C.Fahrenkrug ,sas ,J.W.keele ,and TP L.Sm ith.Animal.Sci.1999,77:2028～20305　姜运良,李宁,等1猪雌激素受体基因(ESR )点突变的PCR -SSCP 检测1遗传,2000,22(4):214～2166　G robet.L ,M artin L J ,P oncecet D ,et al.A deletion in the bovine my o 2statin gene cause the double -muscled phenotyge in cattle.Nature G enet 2ics ,1997,17(1):71～747　K ambadur R ,Sharma M ,Sm ith T P ,etal.Mutations in my ostatin (G DF-8)in double -muscled Belgian Blue and Piedm ontese cattle.G enome Research ,1997,17(1):71～748　杨昭庆,洪坤学.单核苷酸多态性的研究进展.国外医学遗传分册,2000,23(1):4～89　赵兴波,楚明星,李宁.绵羊线粒体DNA 控制区5′端序列PCR-SSCP 与序列分析.遗传学报,2001,28(3):225～228(上接第6页)4　总　结利用MOET 育种技术可快速选育出良种肉牛,从而解决中国现已引进的良种肉牛品种的培育问题,不仅可以节约大量外汇,还可减少疫病的传入。