人MIF基因-794CATT_(5-8)微卫星多态性与结核病易感性关系的研究
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全基因组范围内的微卫星多态性分析技术微卫星多态性分析技术是在全基因组范围内进行的一种重要的分子生物学技术。
该技术主要利用微卫星序列的高度可变性,通过PCR扩增等方法,建立微卫星多态性分析体系,并通过对分析结果的比对,对物种、个体间的遗传关系、多样性、进化历史等问题进行研究。
本文将介绍全基因组范围内的微卫星多态性分析技术的研究现状和应用的前景。
一、微卫星多态性分析技术的发展历程微卫星是一种由重复的2-6个碱基序列组成的短片段DNA,长度在10-50个碱基对之间。
由于微卫星序列的高度可变性,其在全基因组中具有广泛的存在性,且不受编码区限制。
微卫星重复次数的改变可以观察到PCR扩增产物电泳分析图谱上的不同等位基因,进而对个体间的遗传关系、多样性、进化历史等问题进行研究。
微卫星多态性分析技术在20世纪80年代初期就开始被应用于分子生物学领域内的遗传分析和种群学研究中。
20世纪90年代以来,读长技术的进步和计算机处理能力的提高,使得微卫星多态性分析技术得以应用于全基因组水平的遗传多样性和基因组进化的研究中。
近年来,随着第二代和第三代测序技术的不断发展,微卫星多态性分析技术的应用也得到了新的拓展。
二、微卫星多态性分析技术的原理和方法微卫星多态性分析技术的原理和方法主要包括:1)PCR扩增和电泳检测;2)全基因组微卫星扫描;3)比对和分析。
1)PCR扩增和电泳检测PCR扩增是微卫星多态性分析技术的核心步骤。
PCR扩增过程中,需要设计合适的引物和PCR反应条件。
PCR产物通过电泳分析,可以将不同等位基因分离出来,从而对个体间遗传关系进行研究。
PCR扩增和电泳检测的方法对于单个微卫星标记的分型具有高度的灵敏性和可靠性。
2)全基因组微卫星扫描随着第二代测序技术的发展和成本的降低,全基因组微卫星扫描技术开始逐渐被应用。
该技术通过对全基因组内微卫星序列的筛选和扩增,得到大量微卫星标记,再利用高通量测序技术进行分型,以便快速得到个体间的遗传关系、多样性和进化历史等信息。
免疫基因多态性与结核病易感相关性的研究进展綦辉;申阿东【摘要】结核病是一种高感染率、高致死率的传染病,严重威胁人类健康.近年来,随着对结核病发病机理的研究进展,研究人员发现免疫基因多态性与结核病易感性之间紧密关联.宿主针对结核分支杆菌感染的免疫应答主要包括固有免疫应答和适应性免疫应答两个部分.本文主要就以上两个部分的免疫基因多态性与结核病易感的相关性进行综述.【期刊名称】《标记免疫分析与临床》【年(卷),期】2013(020)005【总页数】7页(P329-335)【关键词】固有免疫应答;适应性免疫应答;基因;结核病;易感性【作者】綦辉;申阿东【作者单位】首都医科大学附属北京儿童医院,北京市儿科研究所,儿科学国家重点学科,教育部儿科重大疾病研究重点实验室,北京100045;首都医科大学附属北京儿童医院,北京市儿科研究所,儿科学国家重点学科,教育部儿科重大疾病研究重点实验室,北京100045【正文语种】中文【中图分类】R392.11结核病(tuberculosis,TB)是由结核分支杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)感染引起的全世界范围内的高感染率、高致死率的传染病。
虽然结核病的诊断和治疗在不断发展,但是结核病仍然严重威胁着人类的健康并给全球带来沉重的经济负担。
结核病的发病是一个多因素综合作用的结果,它的发生、发展和临床结局,不仅受病原体的毒力和环境因素的控制,而且受到机体遗传基因及其多态性的影响。
既往结核病的研究主要集中在致病菌及环境因素对发病的影响,随着人类基因组流行病学的发展以及对于结核病相关免疫反应研究的不断深入,宿主免疫应答相关的免疫基因在疾病的发生发展中的作用越来越受到人们的重视。
宿主针对MTB感染的免疫应答比较复杂,主要包括固有免疫应答和适应性免疫应答两个部分[1]。
本文主要就以上两个部分的免疫基因多态性与结核病易感的相关性进行综述。
1 结核病相关免疫应答简介宿主针对MTB感染的免疫应答主要包括固有免疫应答和适应性免疫应答两个方面。
微卫星不稳定性的检测和意义秦皇岛第四医院病理科康文喜岳秀杰杨崔航1981年Miesfeld从人类基因文库中发现一段长约2-10个核苷酸片段,他将这一小段核苷酸片段命名为“微卫星”(microsatellite,MS)。
人体在正常状态下,微卫星的长度和排序保持不变,并且稳定遗传。
但在某些因素作用下,微卫星的 DNA在复制过程中由于滑动等因素,导致双链分子的碱基发生错配、插入或缺失,引起微卫星的结构发生改变,这种结构上发生改变的微卫星就叫做微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)。
近年来的研究表明,微卫星不稳定性尤其是高度微卫星不稳定性与许多肿瘤的发生和发展关系密切。
研究认为微卫星不稳定性在肿瘤的发生、发展中发挥重要作用,是肿瘤形成又一机制。
在正常人体细胞内,微卫星的分子结构保持稳定不变,其原因是在人体细胞内有一种能够修复微卫星的安全保障体系,这种安全保障体系是由一系列特异性修复微卫星碱基错配的酶分子组成,叫做微卫星错配修复系统(mismatch repair system,MMR)。
人体细胞中由于错配修复系统系统的存在,才能避免遗传物质发生改变,保证DNA复制的高保真度。
微卫星突变后会使正常细胞向恶性肿瘤细胞转化,最终发生恶性肿瘤。
进一步的研究表明,很多肿瘤的发生如肺癌、食道癌、膀胱癌、胃癌、甲状腺癌……等均与微卫星不稳定性密切相关。
在对多种癌组织进行微卫星不稳定性检测后发现,其微卫星不稳定性的突变率明显增高。
在遗传性非息肉性结直肠癌(HNPCC)中微卫星不稳定性的突变率可高达70-90%,散发性大肠癌微卫星不稳定性的突变率也高达28.85%。
因此,微卫星不稳定性的检测已经成为筛选恶性肿瘤的重要诊断指标。
目前临床上微卫星不稳定性的检测主要利用免疫组化或多聚酶链反应方法,检测项目有MLH1、MSH2、MSH6和PMS2。
微卫星不稳定性检测的意义:1、判断预后:目前大量证据表明,错配修复基因缺失/高度微卫星不稳定性是Ⅰ期结直肠癌患者预后良好的一个标志物。
基因多态性与肺结核易感性的关系
肖科;钟利
【期刊名称】《国外医药(抗生素分册)》
【年(卷),期】2015(036)006
【摘要】肺结核易感基因可分为非LA与HLA基因两大类,目前对于非HLA基因的研究多集中于VDR、MBP、NRAMP1、IFN-γ、 SP 110等几种主要基因,本文就近年来基因多态性与肺结核易感性的关系作一综述.
【总页数】5页(P256-260)
【作者】肖科;钟利
【作者单位】泸州医学院附属医院感染科,泸州646000;泸州医学院附属医院感染科,泸州646000
【正文语种】中文
【中图分类】R521
【相关文献】
1.趋化因子5和趋化因子受体5基因多态性与肺结核易感性的关系 [J], 王慧琳;王伟;刘京铭;李传友;高孟秋
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4.CXCL10与CXCL12基因多态性与肺结核易感性的关系 [J], 邢志伟;高艳军;张建
武;张珣;孙红梅
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细胞因子基因多态性与肺结核并发糖尿病易感性的相关性研究董斯佳;袁立;陈诚;蒋伟利;赵琦【期刊名称】《中国防痨杂志》【年(卷),期】2018(040)010【摘要】目的探索细胞因子γ-干扰素(IFN-γ)+874A/T位点、白细胞介素(IL)-10-1082G/A位点和-592A/C位点基因多态性与肺结核并发糖尿病(pulmonary tuberculosis and diabetic mellitus,PTB-DM)易感性的关系,以及遗传危险因素在PTB-DM发病机制中的作用,为PTB-DM高危人群基因多态性筛查提供理论依据.方法采用病例对照研究方法,纳入江苏省2013年4月1日至2014年3月31日3个市(县)142例PTB-DM患者(PTB-DM组),同期选取诊断为结核病的患者147例(TB组)和糖尿病患者141例(DM组)作为对照.通过结构式问卷调查获取研究对象社会人口学信息,采集患者血样并提取DNA,采用聚合酶链式反应并限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLF)方法检测IFN-γ+ 874A/T位点、IL-10-1082G/A位点和-592A/C位点基因多态性.采用EpiData和SPSS 16.0统计软件录入与分析数据,运用单因素方差分析和多因素logistic回归分析IFN-γ+874A/T位点、IL-10-1082G/A位点和-592A/C位点基因多态性与PTB-DM易感性的相关性.结果 IFN-γ+874A/T、II-10-592A/C、IL-10-1082G/A位点经PCR扩增和基因多态性位点分型鉴定,分别获得等位基因A和T、A和C、G和A,以及基因型AA、AT、TT;AA、AC、CC;GA、AA.基因多态性检测结果显示,仅PTB-DM组I1-10-1082G/A位点A等位基因频率(92.61%,263/284)高于DM组(87.59%,247/282)(x2=3.995,P=0.046)、AA基因型频率(85.21%,121/142)高于DM组(75.18%,106/141)[校正OR(aOR)=1.970;95 %CI:1.066~3.643;P=0.030].IL-10-592和-1082两位点间存在连锁不平衡(D’=0.959,r2=0.181,P<0.001),PTB-DM患者的IL-10 C-A单倍型频率(25.90%)明显高于DM组患者(17.60%)(OR=1.590,95%CI=1.056~2.396,P=0.026).结论 IL-10-1082位点的AA基因型可能与PTB-DM易感性有关,为疾病共患的危险因素;IL-10单倍型与PTB-DM易感性存在相关性,其C-A单倍型可能使DM患者共患TB的风险上升.而IL-10-592A/C位点和IFN-γ +874A/T位点可能与DM患者对TB的易感性、或者TB患者对DM的易感性无关.【总页数】9页(P1051-1059)【作者】董斯佳;袁立;陈诚;蒋伟利;赵琦【作者单位】200032上海,复旦大学公共卫生学院流行病学教研室公共卫生安全教育部重点实验室;200032上海,复旦大学公共卫生学院流行病学教研室公共卫生安全教育部重点实验室;江苏省疾病预防控制中心慢性传染病防治所;200032上海,复旦大学公共卫生学院流行病学教研室公共卫生安全教育部重点实验室;200032上海,复旦大学公共卫生学院流行病学教研室公共卫生安全教育部重点实验室【正文语种】中文【相关文献】1.IL-22基因多态性与中国人群肺结核易感性的相关性研究 [J], 熊坤龙;张文宏;王菲菲;程训佳2.ASAP1和GSTM3基因多态性与肺结核易感性的相关性研究 [J], 张国栋; 宋刚; 李明辉3.HLA-DRB1基因多态性与糖尿病并发肺结核易感性的研究① [J],4.HLA-DRB1基因多态性与糖尿病并发肺结核易感性的研究 [J], 王育华; 王玉浔;安雅臣; 纪春梅; 刘国荣; 赵晓晶; 高素玲; 张江; 王艳; 冯福民5.中国东北地区人群TLR4基因多态性与2型糖尿病并发肺结核易感性无关 [J],因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。