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3500基因测序仪操作流程一、启动仪器1．按下仪器的电源键，当仪器指示灯为绿色时表明仪器正常开启。
2．打开与仪器连接的计算机，点击Ctrl+Alt+Delete界面，点击Administrator，输入密码：Administrator。
等待Daemon（隐藏图标），Server Monitor程序完全启动，Server Monitor图标上出现绿色对号时表示连接成功。
3．打开3500 Data Collection 软件，出现3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，本机用户名为：Administrator，密码为：Administrator1，点击“OK”，打开软件。
检查所有耗材的剩余用量、仪器的信息、耗材的使用信息以及仪器维护提示灯信息。
4. 确认检测阴性、阳极缓冲液在刻度线以上，以及确认所有耗材已恢复至室温。
注：3500测序所用到的阳极缓冲液、阴极缓冲液在仪器上可存放一周，POP 胶在仪器上存放一周后需置于2-8℃保存，洗液为一次性消耗品，不可重复使用。
5. 将阴性缓冲液、阳极缓冲液、洗液等耗材安装至仪器上后，点击refresh，确认所有耗材均为有效状态。
二、仪器维护1. 于软件主界面点击Dashbord，于菜单栏中选择Maintenance Wizards选项。
2. 将装有阳极缓冲液的耗材从仪器中取下，安装没有阳极缓冲液的容器，选择WASH pumper chamber and chanels选项，按照仪器指示，开始清洗管路并重新给毛细管灌胶直至完成全部操作。
3. 从Maintenance进入Spatial界面，按图示指示进行空间定位。
结果应满足如下要求：①峰高大致相同（大于6000）；②峰型尖锐，左右堆成；③橙色十字在峰顶端；④峰间距为13-16。
当结果满足要求时，选择“Accept Results”，否则，选择“Reject Results”，重新进行空间定位。
4. 从Maintenance进入Spectral界面，按图示指示进行光谱校准。
基因测序仪器使用说明书一、前言基因测序仪器是一种用于测定DNA或RNA序列的设备，它在生物科学研究、医学诊断等领域具有重要应用价值。
本使用说明书将详细介绍基因测序仪器的组成、使用方法以及注意事项，以帮助用户正确、安全地操作仪器，获得准确的测序结果。
二、仪器组成1. 主机：基因测序仪器的主要组成部分，包括光学系统、电子系统、激光系统等。
2. 数据分析软件：用于对测序结果进行分析和解读的计算机软件。
3. 数据存储设备：用于存储测序原始数据和分析结果的设备，如硬盘、U盘等。
三、操作步骤1. 准备工作a. 确保基因测序仪器处于水平放置的稳定表面上，有足够的工作空间和通风条件。
b. 检查仪器的供电情况，确保电源线连接牢固且通电正常。
c. 检查仪器内部的耗材和试剂，确保有足够的库存，并检查其有效期。
2. 样本处理a. 根据实验设计，准备待测样本。
b. 提取DNA或RNA，并进行纯化和浓缩处理。
c. 根据实验要求，进行必要的片段扩增、连接和修复。
3. 测序准备a. 根据测序类型选择合适的芯片或测序流程。
b. 准备所需的引物和试剂，并按照说明书中的要求进行稀释和配置。
c. 将样本与引物和试剂按照比例混合，并尽快投入仪器进行测序。
4. 仪器操作a. 打开仪器主机电源，待仪器启动完成后，进入操作界面。
b. 将样本混合液注入仪器芯片中，并按照仪器界面指引进行操作。
c. 在测序过程中，注意仪器显示的实时数据，并根据需要调整相关参数。
5. 数据分析与结果解读a. 测序完成后，将测序结果数据导出到计算机上。
b. 打开数据分析软件，导入测序结果数据。
c. 根据实验目的，选择相应的分析方法，对数据进行处理和解读。
d. 结果解读时，结合实验设计和相关文献，对数据进行合理的解释。
四、注意事项1. 安全操作：在操作过程中，务必佩戴手套和口罩，避免接触样本和试剂。
2. 仪器维护：定期检查仪器的光学系统和电子系统，保持清洁，并按照维护手册进行维护和保养。
大规模测序1.RNA测序〔RNA Sequencing〕—高速序列比对2.转录组测序〔Transcriptome sequencing〕1.转录组是指某个物种的特定组织或细胞在某一生理功能状态下所有转录的mRNA产物的集合，是基因组遗传信息传递和表达的重要步骤和过程。
高通量转录组测序可以获得大量转录本序列信息，定量基因转录表达水平，获得基因组转录区域与其位点信息等，在基因组序列拼接注释、样品间基因转录差异表达〔差异表达分析为考点〕与其功能研究等方面有重要作用。
1. 有参考基因组的转录组分析技术路线推荐平台：Illumina HiSeq 2000、Illumina MiSeq 2. 无参考基因组的转录组分析推荐平台： Roche 454 FLX+二、生物信息学分析1) 有参考基因组的转录组1. 原始数据整理、过滤与质量评估2. 转录组测序分析与参考基因组比对蛋白编码基因的表达量分析蛋白编码基因的表达量差异分析差异表达的蛋白编码基因的聚类分析〔热图〕差异表达基因富集分析〔GO、KEGG〕SNPs的分析〔SNPs鉴定、同义/非同义突变、与已有SNPs数据库比对〕可变剪切分析UTR 区域鉴定新基因/新转录本分析 3. 根据客户需求进展个性化分析2) 无参考基因组的转录组1. 原始数据整理、过滤与质量评估2. 转录组测序分析：序列拼装与拼装统计 Unigene功能注释Unigene的功能聚类分析〔KOG、GO〕 Unigene的代谢途径分析〔KEGGpathway〕 Unigene的表达量分析 Unigene的表达量差异分析差异表达的Unigene的聚类分析〔热图〕差异表达的Unigene的富集分析〔KOG、GO、KEGG〕 SNPs的鉴定3. 根据客户需求进展个性化分析四、经典案例案例1：人前列腺癌融合基因鉴定背景：人前列腺癌发病率位于男性恶性肿瘤的首位，并且发病率近年呈上升趋势。
目的：对人前列腺癌与癌旁组织基因转录组进展检测分析。
3500基因测序仪操作流程一、启动仪器1．按下仪器的电源键，当仪器指示灯为绿色时表明仪器正常开启。
2．打开与仪器连接的计算机，点击Ctrl+Alt+Delete界面，点击Administrator，输入密码：Administrator。
等待Daemon（隐藏图标），Server Monitor程序完全启动，Server Monitor图标上出现绿色对号时表示连接成功。
3．打开3500 Data Collection 软件，出现3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，本机用户名为：Administrator，密码为：Administrator1，点击“OK”，打开软件。
检查所有耗材的剩余用量、仪器的信息、耗材的使用信息以及仪器维护提示灯信息。
4. 确认检测阴性、阳极缓冲液在刻度线以上，以及确认所有耗材已恢复至室温。
注：3500测序所用到的阳极缓冲液、阴极缓冲液在仪器上可存放一周，POP 胶在仪器上存放一周后需置于2-8℃保存，洗液为一次性消耗品，不可重复使用。
5. 将阴性缓冲液、阳极缓冲液、洗液等耗材安装至仪器上后，点击refresh，确认所有耗材均为有效状态。
二、仪器维护1. 于软件主界面点击Dashbord，于菜单栏中选择Maintenance Wizards选项。
2. 将装有阳极缓冲液的耗材从仪器中取下，安装没有阳极缓冲液的容器，选择WASH pumper chamber and chanels选项，按照仪器指示，开始清洗管路并重新给毛细管灌胶直至完成全部操作。
3. 从Maintenance进入Spatial界面，按图示指示进行空间定位。
结果应满足如下要求：①峰高大致相同（大于6000）；②峰型尖锐，左右堆成；③橙色十字在峰顶端；④峰间距为13-16。
当结果满足要求时，选择“Accept Results”，否则，选择“Reject Results”，重新进行空间定位。
4. 从Maintenance进入Spectral界面，按图示指示进行光谱校准。
3500/3500XL简易操作手册1. 空间定位和光谱校正1.1 设置Dye Set进入library界面，选择Dye Sets菜单，点击Create，在Dye Set Name中输入“AGCU_E5”作为我公司Dye Set名称，从Chemistry 下拉菜单中选择“Matrix Standard”，从Dye Set Template下拉菜单中选择“E5 Template”，设置完成后点击Save保存设置。
1.2 空间定位进入3500 Data Collection Software主界面，选择Maintenance 菜单，在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮，选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。
3500系列遗传分析仪空间定位与3100、3130系列类似。
1.2 光谱校正 a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer，按10ul甲酰胺：0.5ul 5 Dye Matrix Standard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡混匀后短暂离心。
准备一块新的96孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。
3500/3500xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run，即前三列中加入了光谱校正混合物。
95℃加热3 min ，立即冰浴3 min，变性完成后装载96孔板并置于仪器托盘中。
b、点击Calibrate下拉菜单中的Spectral按钮，按照图示选择各种参数点击Start Run即可进行光谱校正。
注意在Dye Set中应选则在1.1中设置好的与AGCU试剂盒相匹配的Dye Ste。
如果光谱校正未达到仪器默认质量要求，仪器会自动重复跑样三次，并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后结果。
光谱校正时应观察实时原始数据，以便及时做出相应调整，确保最终结果。
C、3500系列遗传分析仪与3100、3130系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。
Applied Biosystems 3500/3500 XL遗传分析仪简易操作指南美国应用生物系统公司3500/3500 XL遗传分析仪简易操作指南1 电脑和仪器启动后，待 Daemon，Server Monitor 程序完全启动后，打开 3500 Data Collection 软件，出现 3500 Log In 登录界面，输入用户名和密码，点击“OK”，打开软件。
2 软件主界面如图所示。
耗材的剩余用量耗材的有效日期运行样品1建立新的反应板：登陆3500 Data Collection 软件，进入主界面后，通过 Main workflow（）键进入Set up视窗，选择Define Plate Properties 界面建立新的样品反应板，在Name栏输入样品板的名称，如test，其余选项按图示进行设定。
2 输入样本名称，选择相应的Assays，File Name Conventions，Results Groups：样品名称：切换到Assign Plate Contents界面输入样品名称，如在A1栏输入样品名称为1，选中其余目的栏，使用Fill Series功能添加所需样品名称。
设定Assays：根据需要选择Add from Library，或Create New Assay。
对于AB公司试剂而言，所有程序均已经设定好并存放于Library中，因此可以直接点击Add from Library，然后选择相应的Assays。
设定File Name Conventions：根据需要选择Add from Library，或Create New File Name Convention。
设定Results Groups：根据需要选择Add from Library，或Create New File Name Convention。
设定样品的类型：点击Customize Sample Info进行样品类型的设定。
3500/3500XL简易操作手册1. 空间定位和光谱校正1.1 设置Dye Set进入library界面，选择Dye Sets菜单，点击Create，在Dye Set Name中输入“AGCU_E5”作为我公司Dye Set名称，从Chemistry 下拉菜单中选择“Matrix Standard”，从Dye Set Template下拉菜单中选择“E5 Template”，设置完成后点击Save保存设置。
1.2 空间定位进入3500 Data Collection Software主界面，选择Maintenance菜单，在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮，选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。
3500系列遗传分析仪空间定位与3100、3130系列类似。
1.2 光谱校正 a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer，按10ul甲酰胺：0.5ul 5 Dye Matrix Standard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡混匀后短暂离心。
准备一块新的96孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。
3500/3500xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run，即前三列中加入了光谱校正混合物。
95℃加热3 min ，立即冰浴 3 min，变性完成后装载96孔板并置于仪器托盘中。
b、点击Calibrate下拉菜单中的Spectral按钮，按照图示选择各种参数点击Start Run即可进行光谱校正。
注意在Dye Set中应选则在1.1中设置好的与AGCU试剂盒相匹配的Dye Ste。
如果光谱校正未达到仪器默认质量要求，仪器会自动重复跑样三次，并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后结果。
光谱校正时应观察实时原始数据，以便及时做出相应调整，确保最终结果。
C、3500系列遗传分析仪与3100、3130系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。
测序仪遗传分析仪安全操作及保养规程随着遗传分析技术的不断发展，测序仪遗传分析仪在科学研究和生物医学领域中的应用越来越广泛。
随之而来的问题是如何正确地进行操作和保养，以确保设备的安全性和可靠性。
本文将简要介绍测序仪遗传分析仪的安全操作和保养规程。
安全操作规程1.遵守操作手册。
首先，用户应当认真阅读测序仪遗传分析仪的操作手册，并按照步骤进行操作。
操作手册中包括重要的安全说明和维护建议，用户必须遵守这些说明，以免发生安全事故或设备故障。
2.熟悉设备结构。
在操作测序仪遗传分析仪之前，用户应该熟悉设备的结构、部件和参数。
掌握这些信息有助于正确地进行操作，并避免不必要的损坏。
3.使用合适的工具和材料。
用户在进行维护和维修时，必须使用合适的工具和材料，以防止对设备造成不必要的损坏。
4.避免使用损坏的设备。
用户必须确认设备在运输和使用过程中没有受到损坏，如果发现损坏，应该立即停止使用。
5.使用防静电手环。
测序仪遗传分析仪灵敏的电子元件对静电电荷非常敏感。
在操作前，用户应戴上防静电手环，并将设备放在防静电工作台上。
6.定期清洁和维护设备。
设备在使用的过程中会积累灰尘和污垢，影响设备的运行。
用户应该定期清洁和维护设备，以确保设备的可靠性和使用寿命。
7.警惕设备的异常情况。
用户在使用设备时应始终保持警惕，及时发现设备的异常情况，并做出相应的处理。
保养规程1.定期清洁设备。
设备使用一段时间后会积累灰尘和污垢，影响设备的性能和寿命。
用户应该定期清洁设备，以确保设备的可靠性和使用寿命。
2.定期更换耗材。
测序仪遗传分析仪需要一些耗材，如电极、滤芯、滤网等。
这些耗材使用一段时间后需要更换，用户应该按照操作手册中的说明更换这些耗材。
3.注意存放和运输。
设备在存放和运输过程中需要注意防震、防水和防静电。
存放时应该放在干燥、洁净和防尘的环境中，运输时应该采取防震和防静电措施。
4.定期进行保养。
用户应该定期对设备进行保养，清洁设备和更换耗材。
Applied Biosystems™ 3500系列基因分析仪简明中文手册第二部分：维护指南英潍捷基（上海）贸易有限公司赛默飞世尔科技公司Applied Biosystems™ 3500系列基因分析仪1. 仪器启动1.1 打开电脑，进入操作系统的登录界面，暂时不登录。
1.2 确认仪器前门和炉门关闭。
打开仪器电源开关，待绿灯长亮提示仪器自检完成。
1.3 输入用户名和密码，登录操作系统。
观察电脑右下角 3500 Server Monitor，待所有任务激活。
1.4 双击3500 Data collection 软件快捷方式，或通过 Start>Programs>AppliedBiosystems>，打开DC软件。
出现3500 Log In登录界面后，输入用户名和密码，点击OK。
2. 仪器常规维护2.1 进入3500 Data Collection Software，观察Dashboard界面中的 Consumablesinformation区域，确认所有试剂耗材均在保质期内，剩余量足够并满足仪器运行要求。
点击Start Pre-heat 预热炉温： 60度（POP-7，POP-4 Polymer），50度（POP-6 polymer）。
2.2 选择Maintain Instrument 选项，进入仪器维护向导界面；2.3 维护向导说明：在Maintenance Wizard中选择不同的操作向导。
2.4 查看维护日志：在Schedule界面，有系统默认设置好的维护事项。
可以按照月份或天查看需要做的维护事项。
2.5 查看维护报告：选择View Planned Maintenance Report查看维护报告：2.6 维护记录：对于操作过的维护事项，需要在Dashboard界面进行标记。
2.7 维护记录查看：在Notification Log中查看维护记录。
COMPLETED表示已执行，DISMISSED表示未执行。
ABI 3500xL基因分析仪操作流程一、标准测序反应（一）质粒测序标准实验流程1．对质粒DNA的质量和浓度要求纯度：OD 260/OD 280= 1.6~2.0，用量：每反应150~300 ng。
2．测序 PCR 反应标准反应体系：3．测序产物纯化：使用Edge Bio收集柱进行纯化。
（1）离心850g，3min柱子，弃掉收集管，换新的EP管。
（2）将待纯化样品加到柱子中间，注意不要加到离心柱侧壁上。
（3）离心850g，3min，弃掉柱子，即得纯化产物。
（4）取10 µL Hi-Di Formamide加入96孔板中，再加入10 µL待测样品，振荡混匀离心。
（二）PCR 产物测序标准实验流程1．对PCR 产物的要求纯度：OD 260/ OD280=1.6~2.0，用量：每反应10~100 ng。
强烈建议在测序前，先纯化PCR产物。
2．PCR产物的测序 PCR 反应标准反应体系：3．测序产物纯化：方法同上。
二、上机测序（一）启动系统1.打开电脑，检查电脑右下角处3500监控状态是否正常启动。
2.打开3500 xL仪器电源，等待仪器自检，指示灯由黄色变为绿色即为自检完成。
3.启动电脑桌面Data collection software。
4.检查维护提醒：浏览维护提醒，若已完成点击。
5.检查耗材状态：点击“Refresh”，更新后检查仪表盘上各种耗材的状态（POP7、ABC、CBC和毛细管），若指示针在可用围则可继续，若在指示针在红色区域中，则需更换耗材后再继续。
6.仪器预热：点击仪表盘上的“Start Pre-heat”按钮预热炉子和泳道。
（二）放置待测样品1. 检查确保橡胶隔板均通透后，将其小心盖在加有待测样品的96孔板上，注意孔对孔盖好。
2. 将板子放入板架中，盖好固定盖，确保所有孔都一一对齐，即组装好测序板子。
3. 按仪器的TRAY按钮，使托盘出仓，之后将组装好的板子放入自动采样器中，注意有标记的一侧面对操作者。
