蛋白质组学研究方法选择及比较
目前研究蛋白组学的主要方法有蛋白质芯片及质谱法，本文将从多方面对两种研究方法进行了解与比较；
蛋白质芯片（Protein Array）
将大量不同的蛋白质有序地排列、固定于固相载体表面，形成微阵列。利用蛋白质分子间特异性结合的原理，实现对生物蛋白质分子精准、快速、高通量的检测。
主要类型：
夹心法芯片(Sandwich-based Array)
标记法芯片(Label-based Array)
定量芯片(Quantitative Array)
半定量芯片(Semi-Quantitative Array)
质谱（Mass Spectrometry）
用电场和磁场将运动的离子按它们的质荷比分离后进行检测，测出离子准确质量并确定离子的化合物组成，即通过对样品离子质荷比的分析而实现对样品进行定性和定量的一种方法。
主要类型： 二维电泳+质谱(2D/Mass Spectrometry, MS)
表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(Surface-enhanced laser desorption/ionization-time of flight, SELDI)
同位素标记相对和绝对定量(Isobaric tags for relative and absolute quantitation,
iTRAQ)
Protein Array or Mass Spectrometry？
如何选择合适的研究方法？以下将从六个方面进行比较与推荐：
1. 筛查蛋白组学表达差异
建议选择： RayBiotech（1000个因子的芯片）+质谱
a) 不同的方法学有不同的特点：对于质谱，可以筛查到未知的蛋白，但是对于分子量大、低丰度的蛋白质，质 谱的灵敏度和准确性有一定的限制。
b) 不同的方法能筛查到的目标不同：根据Proteome Analysis of Human Aqueous Humor
安徽农业科学，Ｊｏｕｒｎａｌ ０ｆＡｎｈｕｉ Ａｇｒｉ、Ｓｃｉ．２００７，３５（３１）：９８１０—９８１２，９８１８ 责任编辑庆珞责任校对俞洁
蛋白质组学及其研究进展
刘小林（宜春学院生命科学与资源环境分院，江西宜春３３６ｏｏｏ）
摘要综述蛋白质组学的定义、研究策略、研究内容、主要研究技术及其在基础研究、农业、疾病研究、药物开发等方面的应用。 关键词蛋白质；蛋白质组；后基因组时代；双向电泳
中图分类号Ｑ５１ 文献标识码Ａ 文章编号０５１７—６６１１（２００ｒ７）３ｌ一０９８１０—０３
Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｉｔｓ Ｒｅｓｅａｒｄｌ Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ＬＩＵ ＸＬ￣－Ｉｍ（Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ，Ｙｉｃｈｕｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｙｉｃｈｕｎ，Ｊｉａｎｇｘｉ ３３６０００）
Ａｂｓｔｒａｃｔ Ｔｈｅ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｓｔｒａｔｅｇｙ ａｎｄ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｃｏｎｔｅｎｔ ａｎｄ ｍａｉｎ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ｏｆｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ａｓｐｅｃｔｓ ｓｕｃｈ ａｓ
ｂａｓｉｃ ｒｅｓｅａｒｃｈ，ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｗｅｒｅ ｓｕｍｌｔ￣ｕｐ．
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ Ｐｒｏｔｅｉｎ；Ｐｒｏｔｅｏｍｅ；Ｐｏｓｔ－ｇｅｎｏｍｅ ｅｒａ；２－ｄｉｒｅｃｔｉｏｎ ｅｌｅｃｔｍｐｈｏｒｅｓｉｓ
２１世纪将是生命科学的世纪。随着人类基因组测序计
划的完成，生命科学的重心开始转移到对基因的表达产物
——蛋白质的研究上来，蛋白质组学遂成为后基因组时代的
研究前沿和热点领域。后基因组时代中，生命科学的中心任
务是阐明基因组所表达的真正执行生命活动的全部蛋白质
外泌体及其蛋白质组学研究文献解读
外泌体是什么鬼？连这都不知道，就真的out啦
外泌体（Exosome），是一种能被大多数细胞分泌的微小膜泡，具有脂质双层膜结构，直径大约40-200 nm。外泌体存在于体液中，包括血液、唾液、尿液和母乳等，不同组织来源的外泌体在内容物组成和功能方面存在差异，这种差异受到细胞外基质和微环境的动态调控。越来越多的证据表明，宿主细胞或肿瘤细胞分泌的外泌体参与了肿瘤发生、生长、侵袭和转移。对外泌体的分析和检测可以辅助疾病的早期诊断、疗效评价和预后分析。
外泌体都有哪些分离提取方法，喏，都给你打包整理好啦
对于外泌体研究，分离和收集外泌体是非常关键的一步。目前对于外泌体收集有：超高速离心、密度梯度离心、磁珠免疫、超滤法、聚合物沉淀等几种主要方法，各种方法均存在不同优缺点。
表1 各种分离方法优缺点比较
外泌体分离方法 操作 耗时 产量 纯度 完整性
超速离心法 简便 长 低 高 较差
密度梯度离心法 复杂 长 低 高 好
磁珠免疫分离法 简便 短 低 低 好
超滤法 简便 短 低 低 好
PEG沉淀法 简便 短 高 低 好
但是嘞，大牛们的 CNS文章大多用的都是超速离心的方法，不信你看：
表2 CNS文章外泌体提取方法之——惊鸿一瞥
怎么知道提取的外泌体合不合格？
鉴定外泌体提取合格与否有三大法宝：电镜、NTA粒径、Western blot检测
目前外泌体的分离提取还没有到达炉火纯青的地步，几乎没有任何一个单一实验可以确定外泌体的存在。所以提取的外泌体需要通过三大法宝来相互佐证：形态学鉴定杂志 文献 年份 作者 外泌体提取方法
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蛋白质组学研究
赵旭东综述 王铸钢审阅 国外医学分于生物学分册２∞２年第２４卷第２拐
上海第＝ 科大学 ｃ上 摘要 目前，蛋白质组学已从早期用双向电泳和凝肢蛋白鉴定进行蛋白质表达谱研究扩展到蛋白质研究的几 乎所有方面．如蛋白质相互作用、翻译后修饰、蛋白质结构和蛋白质胞内移位等，可以理解为大规模研究蛋白质相 关问题的学科。 关键词蛋白质组；基因组
人类基因组计划的顺利实施及向功能基因组学 的过渡．很快改变了整个生物学研究的面貌．生命科 学研究进人了规模化、工厂化的新时代。然而．蛋白 质才是生命活动的直接体现者，ＤＮＡ和ＲＮＡ并不 能准确反应蛋白质的表达、修饰及相互作用等生命 科学的重要问题．因此要真正阐释生命的奥秘，需 要对蛋白质进行大规模的全面研究，这就是蛋白质 组学的目标和任务。蛋白质组虽早是指细胞（或单细 胞生物）或组织内全部蛋白质．现在也把某些细胞器 （如线粒体、核孔等）内的所有蛋白质称为蛋白质组。 早期对蛋白质组学的经典定义是以双向凝胶电泳分 离蛋白质并对胶上的蛋白质进行鉴定．获得蛋白质 表达的大量信息＿１＿ 此后＋蛋白质组学研究逐步扩展 到翻译后修饰、蛋白质相互作用及蛋白质在胞内的 移位等所有与蛋白质有关的研究，在生命科学中的 应用Ｅｔ益广泛 １蛋白质组学的主要研究内容 １．１蛋白质细胞（或组织）表达谱 这是蛋白质组学研究的最基本的内容．也是目 前蛋白质组学研究最多的领域。尽管１ ９７５年就发明 了双向凝胶电泳，在一块胶上可以分辨出成百上千 种蛋白质。然而，一是缺乏高技的蛋白质识别技术， 二是由于稳定性不够高．使得不同时间、不同实验室 得到的结果难以相互比较。阻碍了它的应用。直到近 １０年来，随着方法上的改进及与质谱技术联用 才 获得了空前广泛的应用，促进了蛋白质组学的产生 及发展，成为蛋白质组学研究虽重要的核心技术。 双向凝胶电泳（２－Ｄ ＰＡＧＥ）是首先用等电聚焦 电泳（ＩＥＦ）根据蛋白质电荷进行分离，然后在垂直 方向进行ｓＤｓ—ＰＡＧＥ，根据蛋白质大小进行分离． 一般可在胶上显示１０００￣３０００种蛋白质。如果用较 大的胶，甚至可达一万个点 等电聚焦电泳可以用 传统的两性电解质成胶．但近年来发展的一种ＩＰＧ （ｉｍｍｏｂｉｌｚｅｄ ｐＨ ｇｒａｄｉｅｎｔ）技术，大大提高了上样 量．增加了一块胶上可分辨的蛋白质数目；用来溶解 蛋白质的非离子去垢剂一般选用ＯＢＧ（Ｂ—Ｄ ｇｌｕ— ｃｏｐｙｒａｎｏａｉｄｅ）。ＯＢＧ分子量较小，易于与ＳＤＳ交 换，而且在溶解难溶蛋白质如膜蛋白中有独到效果。 在蛋白质组的早期研究中，一般用Ｗｅｓｔｅｒｎ印 迹等方法鉴定２ Ｄ胶上的蛋白质。２Ｏ世纪８Ｏ年代． Ｅｄｍａｎ测序的微量化和自动化得到了迅速发展， Ｅｄｍａｎ测序成了２０世纪９Ｏ年代初蛋白质鉴定的 常规方法，并开始建立不同组织、细胞内蛋白质的 ２一Ｄ数据库。Ｅｄｍａｎ测序法结果准确，灵敏度在５× １０”ｍｏｌ／Ｉ一般仅能检测２一Ｄ胶上约１／４的蛋白 质点，而且过程耗时长，手工操作多，限制了它在高 通量研究中的应用。电喷雾质谱（ｅｌｅｃｔｒｏｓｐｒａｙ ｉｏｎ— ｉｚａｔｉｏｎ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ，ＥＳＩ ＭＳ）和ＭＡＩ ＤＩ ＴＯＦ ＭＳ（ｍａｔｒｉｘ ａｓｓｉｓｔｅｄ ｌａｓｅｒ ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ ａｎｄ ｉｎｎ— ｉｚａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｉｍｅｓ ｏｆ ｆｌｉｇｈｔ ＭＳ）技术的应用．使蛋白质 鉴定取得了革命性的突破，速度大大提高．灵敏度可 达１０－１，ｍｏｌ／Ｉ 。用质谱技术鉴定蛋白质主要有两种 方法。一种是肽指纹图谱（ｐｅｐｔｉｄｅ—ｍａｓｓ ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ— ｉｎｇ），首先用蛋白酶部分消化凝胶上的蛋白质，获得 多肽．用ＭＡＩ ＤＩ ＴＯＦ ＭＳ技术根据多肽飞行时间 的分布得到一套多肽分子量谱 由于不同的蛋白质 消化后获得的肽段长度及数目、肽段的氨基酸组成 是不一样的．因此各蛋白质的多肽分子量谱是特异 的，称之为Ｍａｓｓ Ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ。根据多肽分子量谱可 在已有的蛋白质数据库及ＤＮＡ数据库中查找相应 的蛋白质： ｌ３Ｊ。随着数据库中的全长基因和蛋白质序 列的增加，这一方法的成功率会不断提高。另一种方
