Diamond 软件的使用

Diamond TG/DTA操作指南一、开机1、打开计算机和仪器电源，启动电脑上的的Pyris Manager软件，会在屏幕上方出现Pyris任务栏，如下图所示：2、点击“Diamond TG/DTA”按钮，约10秒钟后就可启动Pyris Software 主界面。

如下图所示：控制面板功能如下：开始/结束按钮（Start/Stop）。

当所有的准备工作准备就绪后（比如加样、程序温度设定、重量稳定等），就可以点击该按钮启动数据采集过程。

再次点击则数据采集过程结束，实验数据被自动保存，程序温度自动回到加样温度（室温）。

另外，此按钮还有连线的功能。

当在TG/DTA主机电源未开的情况下，启动Pyris软件和Diamond TG/DTA启动按钮，虽然软件已经启动，但处于未连接状态，按钮图案为。

此时，如果将TG/DTA电源打开，点击该按钮就可以方便快速进行连接，按钮也恢复连接状态，而不用退出软件重新启动。

但再次点击却没有断线的功能，而是根据当前的方法文件开始数据的采集。

调温按钮（Go to Temperature）。

该按钮和其下的编辑框配合使用，目的是将程度温度走到编辑框中所指定的温度，速率是用户定义的“Go to temperature rates”速率，在“Preference”中定义。

回到加样温度（Go to Load）。

将程序温度调到加样温度。

加样温度在“Preference”中定义，一般定义为室温。

等温（Hold Temperature）。

不论仪器是在空闲状态还是数据采集状态，点击该按钮都将立即停止对程序温度的改变，也即开始在当前温度下的等温过程。

重量清零称重刷新数据观察窗口（Reset Monitor）。

该命令用于清除数据观察窗口中杂乱无章的实时监控曲线。

经常反复使用。

热流归零（Set Heat Flow to Zero）。

将热流调零。

在进行数据采集前，该命令非常有用。

当热流在其值不为0的地方平衡后，可以通过数次点击该按钮实现热流的归零。

Diamond软件安装说明安装点击“B1.1.00.50.42.10_Diamond.exe”进行软件安装。

默认安装路径可更改为自己的安装路径。

安装过程中都是默认进行下去，一般不需要修改什么。

Diamond安装成后会提示安装USB驱动。

可以取消以后再安装驱动。

驱动是在：“安装路径\ispvmsystem\Dr iver s\FTDIUSBDr iver”文件夹下。

软件环境变量位置（可以不改动）Diamond的环境变量在软件安装时，就默认建立了。

默认指向license文件夹。

环境变量名：“LM_LICENSE_FILE”。

路径(指变量值)默认为：“\安装路径\ license\license.dat”。

一般不需要改动环境变量，只需要将所给软件光盘里带的“license.dat”拷贝到“\安装路径\license\”文件夹下。

如果安装了Diamond，并设置过环境变量，再安装IspLEVER Classic就不需要再设置环境变量了，证书文件直接使用的是Diamond路径下指定的“license.dat”即可。

我的电脑→属性→高级→环境变量系统变量→LM_LICENSE_FILE\安装路径\license\license.dat建立虚拟网卡使用Lattice软件前，首先需要建立一个虚拟网卡，并使用网卡MAC地址修改软件将虚拟网卡的MAC(Physical Addr ess)值改为“license.dat”中HOSTID对应的值。

(虚拟网卡软件和网卡修改软件网上可以搜索到很多的。

)虚拟网卡MAC设置好了之后，将电脑重新启动，使设置好的MAC生效。

安装完成。

运行软件点击“「开始」菜单\程序\Lattice Diamond1.1”进入到软件界面。

梦幻晶格：E-mail：1162051686@。

晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用吴平伟中国海洋大学材料科学与工程研究院E-mail: wupingwei@晶体结构立体模型建构软件-Diamond的使用在使用Diamond软件构造晶体模型时，需要知道晶体的结构数据，即晶体的空间群、晶胞参数和原子坐标。

晶体结构数据可以手动输入，也可以直接从晶体信息文件中获得。

我们将通过几个例子来说明软件的使用方法。

一、NaCl晶体结构模型的构造下面我们以NaCl为例手动输入晶体结构数据。

NaCl晶体的结构数据为：空间群Fm-3m(225)；晶胞参数a=5.64Å；原子坐标Na:4a, Cl:4b。

我们将通过这个例子学会如下操作：1、学会手动输入晶体结构数据；2、学会晶体模型的构造；3、学会旋转晶体模型，从不同的角度观察；4、学会改变背景和原子及晶胞的颜色等参数；5、学会以一种原子为中心，另一种原子为配位原子构造配位多面体；6、学会多面体外观的设计。

打开软件，界面如下图所示：点击“File| New”，出现一对话窗口，如下图，选择第二个选项，按“OK”。

结果生成一个名字为Diamond1的空白的页面，同时弹出一个名字为New Structure的对话窗口，点“下一步”，在新弹出的窗口中确认Crystal Structure with cell and Spacegroup被选中，在Cell length中输入5.64，如下图：注意Space group（空间群）后是否我们需要的NaCl晶体的空间群Fm-3m(225)，如果不是，点击Browse钮，在弹出的对话窗口中选中Fm-3m(225)，即在Fm-3m(225)上点击使其变蓝色，如下图。

点“OK”回到前面的对话窗口。

点“下一步”（在出现的如下图的对话框中可以输入原子坐标，即在“Atomic parameters“中输入相应的元素符号和原子坐标值，但我们将在其他的地方做这个工作）点“下一步”，在出现的Completing the new structure Assistant窗口中有三个选项：Start structure picture; Launch the structure picture creation assistant;Create structure picture automaticly。

Diamond基础操作指南（大全）Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond 是一款分子和晶体结构可视化软件。

Diamond 整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。

1. 配合物分子结构的绘制(1)双击diamond 快捷方式，进入主程序。

打开数据.cif 文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。

(2)在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H ），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O 键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880 改为2.700。

(3)选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。

(4)在Build 菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。

如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。

在配合物的结构图中一般H 原子不需要显示出来，所以我们将H 原子的钩去掉。

(5)配位环境图的绘制。

选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。

由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。

对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。

如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。

注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt 文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。

如N2 的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt 文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A 。

晶体结构模型软件Ｄｉａｍｏｎｄ的使用技巧摘要通过用Diamond软件构造C60笼型分子结构模型以及对笼型分子各个面的分别封闭，介绍了从“.CIF”格式文件中获得晶体结构数据；原子间距的测量；插入“dummy”原子辅助构造多面体及利用插入“dummy”原子对五边形、六边形分别进行封闭等Diamond软件的使用方法和技巧。

关键词Diamond软件C60 晶体结构模型Diamond软件是由德国波恩大学Crystal Impact GbR公司开发研制的一个晶体结构模型专业软件，可免费从网上下载，网址为/。

由于其功能强大、界面友好、使用方便，越来越多的教师开始使用该软件进行晶体结构的教学，并介绍该软件的应用［1~3］。

然而，这些介绍过于简单，不能满足构造复杂结构模型的要求。

本文将以C60晶体结构模型和分子模型的构造为例，介绍该软件的操作。

1 从“.CIF”格式文件（晶体信息文件）中获得晶体结构数据打开软件，点“File | Open”，找到安装软件的目录，比如“C:＼Program Files ＼Diamond”，打开“Tutorial”文件夹，保证文件类型为“All Files(*.*)”或“CIF(*.CIF)”，双击名为“C60”的文件。

弹出名为“File Import Assistant”的窗口，点击“下一步”，在弹出的“File Format”窗口中确保File后面为“Crystallographic Information File(CIF)”，点击“下一步”，在弹出的“Picture Creation”窗口中“If the dataset is a crystal”后面下拉选项中选中“Create a blank picture”，点击“下一步”，在弹出的窗口中点“完成”。

出现一个“C60＞ S1252286＞picture1”空白窗口，此时观察右边的“Data brief”窗口，C60的晶体结构数据已经存在了。

Diamond基础操作手册Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。

Diamond整合了丰富的功能，可以简化处理晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也可以应用与出版和作报告。

1.配合物分子结构的绘制(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。

打开数据.cif文件，程序将出现一系列对话框，可一直点击“下一步”，知道有“完成”出现，点击“完成”，如再有对话框出现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。

(2) 在做图之前，首先点击修改键长按钮，出现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并根据已知键长范围设定原子组，如下图Cd-O键最大值约在2.7，所以将计算机默认值由2.880改为2.700。

(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上出现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。

(4) 在Build菜单中找到Filter，单击出现对话框，在该对话框中，原子前若挑钩则表示其在屏幕中会正常显示出来。

如果不挑钩则表示该原子被过滤掉，将不显示出来。

在配合物的结构图中一般H原子不需要显示出来，所以我们将H原子的钩去掉。

(5)配位环境图的绘制。

选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。

由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此使用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。

对于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方法为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。

如果对于程序直接给出的原子标号字体大小不满意，可以鼠标左键双击原子标号进入原子标号设定对话框进行设定。

注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要根据该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。

如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，则该原子在标注时为N2A。

第一章Diamond 3 界面选项的功能介绍在本章中我们首先介绍一下一个典型的diamond 3界面上所有选项的基本功能。

一个典型的diamond 3 的界面打开C:\Program Files\Diamond 3\Tutorial\文件夹中的pyrene.cif文件（上图所示）。

第一节File菜单系列1.1 File菜单简介File菜单系列，包括Windows系统常规的几种选项（如图2 所示。

）图1.2 File菜单系列1.2 常用选项1.2.1Open 选项点击该选项，可以看到diamond 3 可以打开的所有文件类型（如图3所示）。

图1.3 Diamond 3 支持的阅读格式前三项是该公司开发的Diamond 及Endeavour软件的默认格式。

其中Cif文件格式最为通用。

ICSD/Crystin及CSD-FDat是两个晶体学数据库输出的文件格式。

Protein Data Bank 格式表示支持蛋白质晶体数据库文件。

常用的格式还包括笛卡儿xyz座标格式，这在构建特殊结构模型时极为便利，比如我们会在后面章节中提到的螺旋体的构建。

1.2.2 Save 选项这里默认的保存格式是Diamond 3 Document （*.diamdoc）格式。

1.2.3 Save as选项共包括三个次级选项：图1.4 Diamond 3 Save as的三个次级选项在实际应用中，前两项功能相似，我们以Save Document As为例进行介绍：Save Document As提供14种文件格式：图1.5 Diamond 3 支持的14结构储存格式前三项为该公司开发的结构文件格式，常用的为第一项*.diamdoc。

通常在我们处理一个较为复杂的结构时，一次无法完成或者以后仍需要修改时，必须保存成该格式。

该格式详细保留了您的一切设置（分子模型的模式、原子的半径颜色、键长等），demo版不提供该格式的保存。

其它格式则通常并不实用。