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小RNA(Small RNA)可以分为下列三类:1、微RNA即MicroRNA（miRNA）它是一类内生的、长度约20-24个核苷酸的小RNA,是发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成。
其在细胞内具有多种重要的调节作用。
每个miRNA可以有多个靶基因，而几个miRNAs也可以调节同一个基因。
2、小干扰RNA即small interfering RNA (siRNA)有时称为短干扰RNA（short interfering RNA）或沉默RNA（silencing RNA），是一个长20到25个核苷酸的双股RNAsiRNA主要参与RNA干扰（RNAi）现象，以带有专一性的方式调节基因的表达3、与piwi相互作用的RNA 即Piwi-interacting RNA (piRNA)它是一类小型RNA分子，长度大约是29到30个核苷酸。
piRNA主要存在于哺乳动物的生殖细胞和干细胞中，通过与Piwi亚家族蛋白结合形成piRNA复合物（piRC）来调控基因沉默途径。
作用可以下列三方面：A、调节翻译和mRNA的稳定性B、维持生殖系和干细胞功能C、沉默转录基因过程4、较长的非编码RNA较长的非编码RNA大小约为几十到上千个核苷酸，它们广泛地参与不同的细胞生化过程。
它包括已发现的核内小RNA、对snRNA或rRNA具有修饰作用的核仁小RNA、参与蛋白质合成和运输的胞质小RNA、参与RNA剪辑的催化性小RNA及其他类型的非编码RNA（tmRNA、端粒酶RNA、反义RNA）。
一、微RNA又可以分为：1.pre-miRNA 是最早采用的microRNA约70bp含microRNA茎环结构的pre-miRNAmiRNA基因在细胞核内转录成前体转录本（pri-miRNA），并被加工成前体pre-miRNA,然后转运到细胞质被加工成成熟的miRNA。
制备方式：化学合成、生物转录合成、pre-miRNA质粒表达载体、pre-miRNA病毒。
分子生物学知识：基因静默、小RNA和RNA 干扰在生物学中的应用综述基因静默、小RNA和RNA干扰在生物学中的应用综述基因静默是指基因在转录或翻译过程中被沉默的状态，该过程的控制被认为是一种影响因子的特异性和组蛋白修饰的结果。
小RNA （siRNA和miRNA）是由生物体产生的短链RNA，它们可通过RNA干扰途径在转录和转录后水平上调节基因表达。
自小RNA发现以来，研究者们已经在包括动物、植物和真菌等几乎所有生物物种中研究了小RNA 作为新兴的基因表达调节机制。
本综述将介绍基因静默、小RNA和RNA 干扰在生物学中的应用。
一、基因静默的细节1.基因静默导致的废气胞体现象当某一基因被抑制时，废气胞的现象就会出现，这可能导致生物体特定细胞内的基因表达不同。
2.基因静默机制人类基因静默机制被证明是通过特定的DNA序列（甲基化和组蛋白修饰）和RNA复合物的作用来发挥作用的。
3.基因静默的类型基因静默分为两种类型，一种是转录静默，即基因被抑制在转录过程中，另一种是转录后静默，即基因被抑制在转录后水平上。
二、小RNA1. siRNA短干扰RNA片段（siRNA）是由一个约22个核苷酸的双链RNA分子组成的。
2. miRNA微小RNA（miRNA）是由约21到23个核苷酸的非编码RNA组成的。
3.小RNA的发现siRNA和miRNA最初是在线虫中鉴定出来的，随后在其它生物物种中也发现了这些分子。
4.小RNA的作用小RNA可通过RNA干扰途径以两种方式发挥作用：一是通过与特定mRNA配对直接抑制翻译过程；另一种是与转录相关的RNA复合物一起工作，抑制转录作用。
三、RNA干扰1. RNA干扰的发现RNA干扰最初是由竹子Wakana和Andrew Fire在研究线虫基因静默时发现的。
2. RNA干扰的作用RNA干扰作用于一些生物过程中，如细胞间传递、基因静默、基因表达调控和抵抗外源性RNA病菌等。
3. RNA干扰的应用自RNA干扰的发现以来，它已经成为许多基因组表达和生物处理研究的有用工具，例如，通过RNA干扰抑制特定基因的表达。
基因沉默的原理及应用一、基因沉默的原理基因沉默是指通过RNA干扰（RNA interference，简称RNAi）技术，特异性地抑制特定基因的表达。
基因沉默在生物学研究中具有重要的应用价值，其原理主要包括以下几个方面：1. siRNA的合成与靶向短干扰RNA（short interfering RNA，简称siRNA）是基因沉默的关键分子。
在细胞内，siRNA会与RNA诱导靶向耗竭（RNA-induced silencing complex，简称RISC）结合，形成RNA-蛋白复合体，然后通过匹配特定序列，将复合体定位到目标mRNA上，最终导致mRNA降解、剪接或抑制翻译。
2. miRNA的生成和功能微小RNA（microRNA，简称miRNA）是一类长度约为21-23个核苷酸的非编码RNA分子。
miRNA产生于细胞内，通过与RNA诱导靶向耗竭结合，实现对mRNA的调控。
miRNA主要通过与mRNA的3’非翻译区域互补配对，诱导mRNA的降解或抑制翻译，从而实现目标基因的沉默。
3. RISC的功能和调控RISC是RNA干扰过程中的一个重要复合体，其主要成员包括siRNA或miRNA，以及相关的蛋白质。
RISC在基因沉默中起到关键的作用，通过与靶向RNA结合，实现对mRNA的调控。
RISC中的蛋白质能够辅助siRNA或miRNA与靶向RNA的杂交，并促进靶向RNA的降解或抑制翻译。
二、基因沉默的应用基因沉默技术已经在许多领域展现出广阔的应用前景，一些典型的应用包括：1. 研究基因功能基因沉默可以通过抑制特定基因的表达，来研究该基因在生物体中的功能。
通过沉默特定基因后，研究人员可以观察到沉默基因对生物体的影响，从而揭示出特定基因在生物体发育、代谢、免疫等方面的作用，为相关研究提供有力的证据。
2. 治疗基因相关疾病基因沉默技术在治疗基因相关疾病方面具有巨大的潜力。
通过针对病因基因进行沉默，可以有效地抑制病因表达，从而达到治疗目的。
RNA介导基因沉默的原理与应用近年来，随着生命科学的快速发展，RNA介导基因沉默（RNAi）逐渐成为了研究基因表达和基因功能的重要工具。
RNAi 是一种基因调控机制，通过特定的RNA分子来沉默目标基因的表达，从而影响细胞功能和生理过程。
本文将介绍RNAi的原理、应用和前景，探讨RNAi对生命科学研究和药物研发的推动作用。
一、RNAi的原理RNAi是由两类RNA参与的过程：小RNA和大RNA。
小RNA长度约为20-30个核苷酸，可分为三类：小干扰RNA （siRNA）、微RNA（miRNA）和piwi互作RNA（piRNA）。
大RNA是双链RNA（dsRNA），长约为100个核苷酸以上。
RNAi的原理可以简单地描述为：dsRNA分子在细胞内被酶切成小RNA，其中siRNA包括主导链和亚主导链两个分子，主导链与RISC（RNA-诱导沉默复合体）结合形成RNAi诱导复合物（RISC-siRNA），该复合物寻找并结合到与siRNA序列互补的mRNA上，使得该mRNA被RISC产生的核酸酶切割从而被降解。
而miRNA与piRNA则主要参与调控基因表达和细胞发育。
同时，RNAi还可以通过RNA诱导DNA甲基化（RdDM）来抑制转座子的活性。
转座子是在基因组中活跃的遗传元件，可导致基因的突变和不稳定。
RNAi激活的DNA甲基转移酶和非编码RNA直接识别和甲基化特定的DNA序列，从而抑制转座子的活性。
二、RNAi的应用1. 基因沉默与基因功能研究RNAi可以通过靶向不同基因的siRNA进行基因沉默，从而研究该基因在细胞功能和生理过程中的作用。
在功能研究中，RNAi可以帮助鉴定新基因、解析基因网络、揭示细胞信号通路等。
2. 疾病治疗和药物研发RNAi在针对特定基因的治疗和药物研发中也发挥着重要作用。
例如，通过RNAi技术靶向癌症相关基因的siRNA可以选择性地抑制癌细胞的增殖和生存，从而实现治疗的目的。
此外，RNAi还可以加强药物的靶向性和安全性，成为新型药物研发的重要方向。
RNA介导的基因沉默与调控基因调控是细胞分化和发育的重要组成部分，而RNA介导的基因沉默是这一过程中的重要机制之一。
RNA介导的基因沉默指的是在转录后的RNA中引入特异性的RNA分子，从而通过序列互补形成二级结构，破坏mRNA的稳定性和翻译，从而达到沉默目标基因的效果。
RNA介导的基因沉默最早被观察到是由于双链RNA分子产生的干扰作用。
这些染色质转录的非编码RNA介导的基因沉默只是其中的一种形式。
目前，已经发现了很多种不同的RNA介导的基因沉默机制，它们包括小核RNA介导的RNA干扰和小核RNA介导的DNA甲基化等。
荧光原位杂交技术是RNA介导的基因沉默的实验检测工具之一。
这种技术可以用来研究RNA分子和基因表达之间的关系。
具体方法是用荧光标记的探针杂交到特定的RNA上，然后可以利用显微镜来观察。
除此之外，还有RNA干扰和微RNA介导的基因沉默等机制。
RNA干扰指的是通过通过双链RNA介导RNA酶介导的RNA分子的降解，破坏靶标RNA的分子机制。
微RNA介导的基因沉默起到重要的调控作用，主要基于微RNA对靶标RNA的辨识，细胞通过调节微RNA的表达，从而实现对目标基因的调控。
RNA介导的基因沉默对于生物体的运行和功能起到了至关重要的作用。
在细胞活动中，细胞可能需要沉默特定的基因表达，以实现生物体的生长和发育。
例如，一些关键的细胞分化和发育过程需要特定的基因组，这些基因组可能在发育过程中需要被沉默和启动，以调节细胞的生长和发育。
总之，RNA介导的基因沉默与调控是生物体活动的重要机制之一。
不同的机制起到不同的调控作用，通过对RNA的精细调控，细胞可以实现对特定基因表达的高效调控，从而达到生物体的理想状态。
未来，随着对RNA介导的基因沉默和调控机制的研究逐步深入，相信也会有更多的领域可以探索，让我们拭目以待吧！。
RNA干扰技术在基因沉默中的应用基因沉默是一种生物调控机制，它通过抑制基因表达来对特定基因进行控制。
近年来，RNA干扰技术作为一种强大的工具，被广泛应用于基因沉默研究中。
本文将介绍RNA干扰技术的原理、应用和前景。
一、RNA干扰技术的原理RNA干扰技术是一种通过RNA分子介导的基因沉默机制。
它主要通过两种形式实现：小干扰RNA (small interfering RNA, siRNA) 和microRNA (miRNA)。
这两种RNA分子都能选择性地与靶标mRNA结合，从而降低或抑制其表达。
1. 小干扰RNA (siRNA)小干扰RNA是由外源的双链RNA分子通过酶切或化学合成得到的。
siRNA能够与特定mRNA序列互补结合，并通过RNA诱导的靶向降解机制将其降解。
这种特异性降解的能力使得siRNA成为一种有效的基因沉默工具。
2. microRNA (miRNA)miRNA是一类内源性的非编码小RNA分子，它们通过与mRNA靶标的3'非翻译区域结合，调控基因表达。
miRNA主要通过两种机制实现基因沉默：一种是通过RNA诱导的靶向降解，另一种是通过抑制翻译过程。
二、RNA干扰技术的应用1. 基因功能研究RNA干扰技术被广泛应用于基因功能研究。
通过设计合适的siRNA或miRNA，研究人员可以选择性地抑制目标基因的表达，进而观察目标基因沉默对生物体的影响。
这为我们揭示基因在细胞或整个生物体中的功能和调控机制提供了有力工具。
2. 潜在药物靶点筛选RNA干扰技术在药物研发中具有重要意义。
通过使用siRNA或miRNA，我们可以模拟潜在药物分子对基因的作用，从而筛选出具有治疗潜力的药物靶点。
这种筛选方法能够高效且准确地寻找到与疾病相关的关键基因，为药物研发提供了新的思路和方向。
3. 基因治疗RNA干扰技术也被广泛用于基因治疗领域。
通过合适的siRNA或miRNA，我们可以直接干扰病理基因的表达，从而达到治疗疾病的目的。
小RNA的信号转导与调节随着分子生物学和基因工程技术的不断发展，人类对于基因调控的研究也在逐渐深入。
在这个过程中，短链RNA（small RNA）逐渐成为了研究的热点之一。
这类RNA分子因为其长度短，结构简单，作用多样，成为了现代分子生物学中备受关注的一个领域。
小RNA被发现能够通过小RNA-靶基因互作来调节基因表达，从而影响细胞的生理和病理进程。
本文将基于小RNA的信号传导和调节机制，对小RNA与基因表达调节的关系进行探讨。
小RNA的基本分类小RNA是一类长度在20-30nt左右的单链RNA分子，其中包括了多种类型，如small interfering RNA（siRNA）、microRNA （miRNA）、piwi-interacting RNA（piRNA）和small nucleolar RNA（snoRNA）等。
这类小RNA的产生和功能都与RNA干扰（RNAi）和RNA修饰有关。
siRNA是一类exogenous RNA，通常在细胞内外被Dicer加工成长度为20-25nt的双链RNA。
而miRNA则是一类endogenous RNA，在细胞内被Drosha和Dicer加工成长度为20-22nt的单链RNA。
它们都能够与欧洲固氮根瘤菌（Agronaute）相结合，从而诱导RNA干扰的启动。
piRNA则是在静态组织中由piRNA酶系产生而来的一类小RNA，主要针对转座子。
snoRNA则是存在于核糖体RNA（rRNA）和小核RNA（snRNA）中的一类小分子RNA。
由于这些小RNA都在RNA过程中起重要作用，因此小RNA的发现和研究对于RNA生物学的进一步发展具有重要意义。
小RNA的信号传导与调节机制小RNA能够与mRNA或DNA相互作用，在信号传导和调节机制中发挥着重要作用。
它能够通过下述机制来实现基因调节。
miRNA的作用miRNA是小RNA中最常见的一类。
miRNA通常在基因转录和RNA加工过程中产生，成熟后被载体转运到细胞质，与哺乳动物靶基因3'UTR区域结合，从而导致mRNA的下降。
RNA介导基因沉默的机制和功能研究DNA，作为生命体内重要的遗传信息载体，一直被认为是决定性的，但随着基因组学研究的不断深入，科学家逐渐发现，细胞中还存在着许多对于DNA的加工和修饰机制，这些机制都能够通过改变基因的表达水平来影响细胞的生理和生化过程。
而这其中的一个特别的机制，就是RNA介导的基因沉默。
RNA介导的基因沉默在细胞内发挥着重要的作用，它参与着细胞周期调控、发育、免疫和代谢等多个生物学过程，并在这些过程中发挥着不同的功能。
本文主要讨论RNA介导的基因沉默的机制和功能研究。
一、RNA介导的基因沉默的机制在RNA介导的基因沉默机制中，RNA分子与某些蛋白质组成复合物，形成RNA识别复合物(RISC)，通过对靶基因mRNA的特异性靶向与结合，从而实现对于基因的调控。
研究显示，RNA介导的基因沉默主要是通过siRNA和miRNA来实现的。
siRNA(small interfering RNA)是由外源的双链RNA引发的一种高度特异性的RNA干扰(mRNAi)。
siRNA主要由外源RNA病毒或宿主昆虫细胞中产生，引起RNA干扰后，Dicer软件的RNA酶切割能够有效地分解siRNA的双链结构，分解后siRNA将形成RISC复合物，与mRNA靶标物进行互补配对并最终沉默。
siRNA可用于体内和体外基因功能的研究，以及引发基因沉默的治疗策略。
miRNA(micro RNA)则是内源生物合成的单链RNA，其长度通常为22个核苷酸。
与siRNA类似，miRNA也可以与RISC复合物结合，识别靶标mRNA，并在靶标mRNA上调节其翻译或降解。
miRNA广泛存在于生命体内，与细胞周期、细胞分化、细胞凋亡；乃至免疫反应等多个生物学过程密切相关，是一种重要的基因沉默机制。
二、RNA介导的基因沉默的功能RNA介导的基因沉默，在细胞生理、生化过程中发挥着重要的作用，参与调节着基因表达，影响了多种生物学过程的发生和发展。
RNA基因沉默的原理及应用1. 概述RNA基因沉默是一种常见的基因表达调控机制，它通过特定的RNA分子干扰来抑制基因的表达。
这一机制在生物学研究和疾病治疗等领域具有重要的应用价值。
本文将重点介绍RNA基因沉默的原理及其在基础研究和生物医学领域的应用。
2. RNA基因沉默的原理RNA基因沉默主要包括两种机制：小干扰RNA（small interfering RNA，siRNA）和microRNA（miRNA）。
2.1 小干扰RNA(siRNA)siRNA是由双链RNA或先导RNA（precursor RNA，pre-RNA）在细胞内被特定核酸酶剪切而产生的小分子RNA。
siRNA通过结合到特定的mRNA上，形成RNA诱导沉默复合物（RNA-induced silencing complex，RISC），RISC可以帮助降解mRNA，从而阻止其转录和翻译过程。
siRNA可以通过人工合成和转染等方式引入细胞内，用于研究基因功能和疾病治疗等领域。
2.2 微小RNA(miRNA)miRNA是一类由内源性基因转录产生的短小非编码RNA分子。
miRNA作为一种调控因子，可以与目标mRNA结合并抑制其翻译过程，从而影响基因表达。
miRNA在细胞分化、发育和疾病进程中发挥重要作用。
研究发现，miRNA与多种疾病的发生和发展密切相关，如癌症、心血管疾病等。
因此，miRNA具有潜在的临床应用价值。
3. RNA基因沉默的应用RNA基因沉默技术在基础研究和生物医学领域有广泛应用，下面将介绍其主要的应用方面。
3.1 基因功能研究通过沉默特定基因的表达，可以研究该基因在生物体内的功能。
siRNA或miRNA可以通过转染或基因敲除等方式引入细胞中，从而实现对目标基因的沉默。
这种方法广泛应用于生物学研究领域，帮助科学家了解基因的功能和调控机制。
3.2 疾病治疗RNA基因沉默技术在疾病治疗中有着巨大的潜力。
通过沉默特定基因的表达，可以干扰疾病相关基因的功能，从而达到治疗的目的。
生命科学Chinese Bulletin of Life Sciences第22卷 第4期2010年4月Vol. 22, No. 4Apr., 2010文章编号 ：1004-0374(2010)04-0331-07收稿日期：2009-10-13；修回日期：2009-11-11基金项目：山东省自然科学基金项目(Y2008D36)通讯作者：Email: xiezhh6823@小RNAs 在沉默转座因子中的作用谢兆辉(德州学院生物系，德州253023)摘 要：在很多生物基因组中都存在D N A 成分的转座序列，它们能够转座到基因组的很多位点，对基因组造成很大的危害，如破坏编码基因、改变基因表达的调节网络、使染色体断裂或造成大范围基因重排等。
真核生物已经进化出了多种机制来控制这些寄生核酸序列造成的损伤，以维持基因组完整性。
虽然这些机制在不同生物中有些差异，但其中一种主要的机制是通过小R N A s 介导的，这些小R N A s 包括小干扰R N A s 、p i w i 相互作用的小R N A s 、微小R N A s 、扫描R N A s 和21U -R N A s 等。
这些小R N A s 可以通过D N A 水平剪切转座序列，或在转录和(或)转录后水平沉默转座成分。
该文就这些小R N A s 沉默转座成分的机制和功能做一论述。
关键词：转座成分；小干扰R N A s ；p i w i 相互作用的小R N A s ；微小R N A s ；扫描R N A s ；21U -R N A s 中图分类号：Q 522.2；Q 78 文献标识码：AThe role of small RNAs in silencing transposable elementsXIE Zhao-hui(Department of Biology, Dezhou University, Dezhou 253023, China)Abstract: Transposable elements (TEs) are DNA elements found in the genomes of various organisms. However,due to their ability to transpose into virtually any locus, TEs have the ability to generate deleterious damages in the host genome, such as disrupting protein-coding genes, altering transcriptional regulatory networks and causing chromosomal breakage or large-scale genomic rearrangement. Eukaryotes has evolved multiple silenc-ing mechanisms as a defense strategy against these parasitic nucleic acids to protect genomic integrity. Al-though the strategies used in different organisms vary in their details, a major system that controls the activity of TEs, is mediated by small RNAs, including siRNAs, piRNAs, miRNAs, scanRNAs and 21U-RNAs. These small RNAs can tame TEs through eliminating TE sequences or silencing them in transcriptional and/or post-transcriptional level. The functions and the mechanisms of these small RNAs in the ongoing struggle against TEs, were discussed in the following review.Key words: transposable element; siRNA; piRNA; miRNA; scanRNAs; 21U-RNAs基因组可以产生多种小R N A s ，如微小R N A s (miRNAs)、与Piwi 蛋白相互作用的RNAs (piRNAs)和小干扰RNAs (siRNAs)。
其中siRNAs 又可分为反式作用siRNAs (ta-siRNAs)、天然反义转录siRNAs (nat-siRNA)、异染色质siRNAs (hc-siRNAs)、长小片段干扰RNAs (lsiRNAs)等很多亚类。
除此之外，其他生物中还发现了一些独特的小RN As ，如线虫的21U-RNAs 和纤毛虫类的扫描RNAs (scanRNAs，scnRNAs)。
这些小RNAs 的产生和作用机制通常包括三个过程：(1)形成小RNAs 前体。
这些前体可以是单链RNAs、双链RNAs (dsRNAs)或发夹结构RNAs(hpRNAs)。
(2)小RNAs 前体剪切成小RNAs。
这个过程一类依赖Dicer，另一类不依赖Dicer。
(3)小RNAs招募Argonaute (Ago)类蛋白形成复合体，发332生命科学第22卷挥调节基因表达作用。
这些小RNAs的功能几乎涉及所有的生命活动过程：如细胞的分化和死亡、生物的发育和代谢调节、胁迫反应、沉默转座因子(transposable elements, TEs)和抗病毒等。
而蛇或蜂中小RNAs还可以作为攻击或捕食的武器[1]。
TEs几乎存在于所有生物，但其丰度差异很大，酿酒酵母基因组中TEs只有3%，人类和玉米的TEs则分别占到基因组的50%和80%。
很多基因组还可以容许少量TEs的表达，像一些长散布重复元件-1 (LINE-1)和短散布元件序列(SINE)，但大多数TEs的活性受到严格的调控。
小RNAs在沉默TEs方面具有重要的作用，它们可以在多个水平沉默TEs，如DNA水平指导TEs序列的切除，转录水平抑制其转录，转录后水平剪切其转录物或抑制其翻译等。
本文就小RNAs沉默TEs的作用和机制做一概述。
1 siRNAs沉默TEs的作用1.1 酵母siRNAs沉默TEs作用酵母主要通过siRNAs指导染色质组蛋白甲基化，并引发异染色质形成沉默TEs，这个过程需要RNA诱导的转录沉默复合体(RNA-induced transcrip-tional silencing, RITS)和RNA聚合酶 (RDRP)复合体(RDRC)。
在细胞分裂的S期，RNA聚合酶II (PolII)的原始转录物被R I T S剪切后，由R D R C复制成dsRNAs，并被Dicer-1剪切成siRNAs。
siRNAs和相关蛋白质组装新的RITS，剪切PolII转录物并招募甲基转移酶Clr4等，使组蛋白H3的9位赖氨酸甲基化(H3K9me)，后RDRC掺入进入下一轮循环[2, 3]。
H3K9me是染色质异染色质化的一个重要特点，在真菌、植物和动物中非常保守。
除此之外，酵母siRNAs也可能由双向转录形成的dsRNAs或hpRNAs 剪切而来。
1.2 植物siRNAs沉默TEs作用植物siRNAs不仅指导组蛋白甲基化，而且也指导DNA甲基化，从而引发异染色质形成沉默TEs。
拟南芥siRNAs可能引发了其大约30%的胞嘧啶甲基化，尤其在TEs序列[4]。
siRNAs指导甲基化的过程需要植物特有的一种RNA聚合酶——RNA聚合酶IV (Pol IV)，Pol IV有两种活性形式：PolIVa和PolIVb (有时称为Pol IV或Pol V)，主要区别在它们的最大亚基NRPD1a和NRPD1b。
编码Pol IVa和Pol IVb 部分亚基的基因与PolII的部分亚基基因是旁系同源基因或相同，说明这三种酶属同一类。
而前者在进化过程中获得了特殊的功能，可以形成siRNAs沉默TEs或沉默其他重复序列[5]。
NRPD1a和NRPD1b与PolI、PolII和PolIII在活性中心附近的结构差异很大，使它们可以利用异常的模版，如d s R N A s。
PolIVa 和PolIVb结合镁离子的结构域没有变化，因为这个结构域对siRNAs合成、siRNAs指导DNA甲基化和沉默转座子都具有重要作用[6]。
植物中与TEs、5S rDNA和着丝粒重复序列有关的siRNAs，常被称为hc-siRNAs，或重复相关的小干扰RNAs (ra-siRNAs)，其作用机制是： PolII 或PolIVa转录的异常RNAs被AGO4剪切，其中一个片段由RDR2或者PolIVa复制成dsRNAs，异常的RNAs有时也可以不经剪切直接被转录成dsRNAs。
以后dsRNAs被DCL3剪切成24nt-siRNAs，并和A G O4及N R P D1b形成复合物进入核质，再结合NRPD2a、DRM2 和DRD1，对靶位点的胞嘧啶进行甲基化。
这个过程中Pol IVa 还可以利用dsRNAs为模板，合成新RNAs，使siRNAs 的产生形成一个回路并放大[7, 8]。
另外，Pol IVa的转录模板可以是甲基化的DNA，也可以是靶位点正在转录的RNA[9, 10]。
s i R N A s还可以由双向转录形成的d s R N A s，或hpRNAs剪切形成[4]，如玉米MuDR TIR类转座子的沉默，就是hpRNAs产生的siRNAs导致[11]。
有些siRNAs积累并不需要PolIVb，但它们在沉默TEs中相互合作[12]。
植物siRNAs不仅指导甲基化，而且也可以指导脱甲基化，需要两种Pol IV的异构体，揭示Pol IVb产生siRNAs的作用与染色质修饰的作用相比是次要的[13]。
最近，在拟南芥中又发现了一种新组分——R DM2，它可以与N RP D1a和N R P D1b 组成复合体，引发植物染色体甲基化，推测这是植物siRNAs指导DNA甲基化的一种新机制[14]。
1.3 果蝇和哺乳动物内源siRNAs (endo-siRNAs)沉默TEs的作用由于siRNAs合成往往需要RDRP，而RDRP只存在于植物、真菌和少数动物，大部分动物缺乏这种酶，所以siRNAs在动物中发现较晚，只是近来才发现。
