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环境微生物群落结构的分析及环境评价随着社会的不断发展和环境污染的逐渐严重，人们对环境问题的关注也达到了空前的高度。
环境微生物学作为一个新兴的学科，其研究对象和手段的新颖性和创新性，为人们提供了一种新的思路和方法，用以掌握环境微生物的群落结构和变化规律，评价自然环境的污染程度和生态健康状况。
一、环境微生物群落结构的分析方法1.1 基于16S rRNA基因测序技术的微生物群落分析16S rRNA基因是微生物的保守序列，很适合作为微生物群落结构分析的指标。
借助PCR技术，可以从环境样品中扩增出16S rRNA基因，再直接进行纯化和测序。
通过建立微生物分类系统的非常强的分子学根据，可以将所分析的微生物分为不同的菌种、属、门等，用以研究群落的结构和变化规律。
1.2 基于群体和单细胞到单分子水平的微生物学方法通过观测微生物的功能基因表达、代谢物产生和代谢途径，可以分析微生物的菌种和群落结构，例如分子探针技术、单细胞测序技术、荧光原位杂交技术等。
此类技术可以更全面地反映微生物菌种的多样性和群落结构的动态变化。
1.3 基于PCR-DGGE技术的微生物群落分析PCR-DGGE技术将PCR产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，通过电泳图谱的条带形状和强度大小，可以反映微生物菌种的多样性和数量变化。
初步的PCR-DGGE图谱分析可以给出一个群落结构的初步认识，并为后续更加精细的分析奠定基础。
二、环境微生物群落结构的影响因素和变化规律2.1 水质及其它环境指标水质和其他环境指标的变化，如pH、溶解氧、温度、光照等，都会在一定程度上影响微生物群落结构的组成和变化。
例如水温的变化可能导致某些菌种的扩增和优势，而光照的变化可以有效地消灭一些微生物的生长和繁殖。
2.2 自然环境特征不同的自然环境特征，如水域的深度、流速、植被分布等等，都可能导致不同水体微生物群落的组成和变化，这些变化反映在群落的多样性和稳定性等方面。
例如，在缺氧的环境中，细菌可能会处于无氧呼吸代谢状态，并放出甲烷等有机物质，大量增加甲烷氧化菌等群落。
PCR-DGGE的原理及在动物肠道菌群分析中的应用吴高锋1,李文刚2,高卫科1,魏娟1,杨慧敏1,王鑫1(1.河南农业大学,郑州450002; 2.郑州牧专,郑州450011)摘要:肠道菌群是机体常在菌群的重要组成部分,机体的健康和疾病的发生和发展与其多样性及种群的变化有着密切关系。
因此,对肠道菌群进行研究具有重要意义。
变性梯度凝胶电泳(DG GE)主要是基于突变型和野生型核酸序列的不同而导致其变性浓度的差异,利用变性梯度胶进行分离。
它是一种分析微生物群落的有效工具,可以用于研究肠道菌群结构多样性和种群结构的变化。
作者对PCR-D GGE的原理、优缺点及在动物肠道菌群分析中的应用和前景作一简要综述。
关键词:P CR-DGG E;肠道菌群;原理;应用中图分类号:Q503文献标识码:A文章编号:1671-7236(2008)06-0037-03动物肠道中寄生着种类繁多和数量巨大的微生物,它可以促进营养的消化吸收,诱导黏膜免疫保护,甚至调节宿主脂肪的储存等功能,要了解这些过程均需要解析相关的微生物学信息,并且这些微生物主要是由大量细菌组成的。
因此,对肠道菌群结构多样性及种群动态变化进行研究具有至关重要的意义。
在DNA分子技术出现之前,人们对肠道微生物的认识大多数是靠纯培养或靠直接形态观察来获得部分信息。
但是由于微生物形态过于简单,并不能提供太多的信息,而且肠道内微生物很多都是厌氧菌,目前只有少部分微生物能够被分离培养,若以这部分的微生物来代表肠道中复杂的微生物菌群将导致极大的偏差。
Pace等(1986)首先用核酸测序技术研究微生物生态和进化,将分子生物学技术应用于微生态学的研究,开辟了认识微生物的新途径。
分子生物学技术的应用克服了传统方法的限制,使得微生物学者可以从基因水平上估计种的丰度、均度,查明种的变异情况等,从而可以客观上认识微生物的天然的生态状况。
目前用于肠道菌群研究的分子技术有rRNA/rDNA序列分析、RAPD(随机扩增多态性分析)、ERIC-PCR、TGGE(温度梯度凝胶电泳)、PCR-DGGE(denaturing gradient g el e-lectr ophoresis,变性梯度凝胶电泳)等。
PCR-DGGE技术及其在环境微生物领域中的应用于洁;冯炘;解玉红;刘淑琮【摘要】变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术目前已被广泛应用于环境微生物领域.介绍了DGGE的基本原理和技术步骤,分析了该方法的主要影响因素及其优点和存在的问题;概述了PCR-DGGE技术在环境微生物领域,包括在微生物处理技术、微生物生态多样性研究和功能菌种优化筛选中的应用现状,并展望了其应用前景.【期刊名称】《西北农林科技大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】2010(038)006【总页数】8页(P227-234)【关键词】变性梯度凝胶电泳;微生物处理;微生物多样性;菌种筛选【作者】于洁;冯炘;解玉红;刘淑琮【作者单位】天津理工大学,环境科学与安全工程学院,天津,300384;天津理工大学,环境科学与安全工程学院,天津,300384;天津理工大学,环境科学与安全工程学院,天津,300384;天津理工大学,环境科学与安全工程学院,天津,300384【正文语种】中文【中图分类】Q93-33变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术,是由Fischer和Lerman于1979年最先提出的用于检测DNA突变的一种电泳技术[1]。
此后，DGGE技术一直被较多地应用于基因突变的检测[2-3]，以及癌症和遗传病的筛查及诊断中。
1993年，Muyzer等[4]首次将DGGE技术应用于研究微生物菌苔和生物膜系统的群落多样性，证实了这种技术在研究自然界微生物群落的遗传多样性和种群差异方面具有明显的优越性。
在此之后，DGGE技术开始在环境微生物研究中应用并得到发展[5-6]。
该法在应用中除其自身具有的明显优势外，也出现了一些不足之处。
本文对DGGE技术原理和技术步骤进行了分析，并对该技术在环境微生物领域中的应用情况进行了整体评述，以期为DGGE技术更好地应用于环境微生物研究提供更多的理论依据。
PCR-DGGE技术一、实验原理变性梯度凝胶电泳（denatured gradient gel electrophoresis，DGGE）最早是Lerman 等人于20 世纪80 年代初期发明的，起初主要用来检测DNA 片段中的点突变 .Muyzer 等人在1993 年首次将其应用于微生物群落结构研究。
后来又发展出其衍生技术,温度梯度凝胶电泳(TGGE）。
该技术被广泛用于微生物分子生态学研究的各个领域，目前已经发展成为研究微生物群落结构的主要分子生物学方法之一。
双链DNA分子在一般的聚丙烯酰胺凝胶电泳时，其迁移行为取决于其分子大小和电荷.不同长度的DNA片段能够被区分开，但同样长度的DNA片段在胶中的迁移行为一样,因此不能被区分.DGGE技术在一般的聚丙烯酰胺凝胶基础上，加入了变性剂（尿素和甲酰胺）梯度，从而能够把同样长度但序列不同的DNA片段区分开来。
一个特定的DNA片段有其特有的序列组成，其序列组成决定了其解链区域和解链行为。
一个几百个碱基对的DNA片段一般有几个解链区域，每个解链区域有一段连续的碱基组成。
当变性剂浓度逐渐增加达到其最低的解链区浓度时，该区域这一段连续的碱基对发生解链.当变性剂那浓度再升高依次达到其他解链区域浓度后，最高的解链区域也发生解链，从而双链DNA完全解链。
不同的双链DNA片段因为其序列组成不一样，所以其解链区域和解链区域的解链浓度也是不一样的。
当进行DGGE电泳时，一开始变性剂浓度比较小，不能使双链DNA片段最低的解链区域解链，此时DNA片段的迁移行为和在一般的聚丙烯酰胺凝胶中一样.然而一旦DNA片段迁移到一特定位置,其变性剂浓度刚好能使双链DNA片段最低的解链区域解链时，双链DNA片段最低的解链区域立即发生解链。
部分解链的DNA片段在胶中的迁移速率会急剧下降。
因此同样长度但序列不同的DNA片段会在胶中不同位置处达到各自最低解链区域的解链变性剂浓度,因此它们会在胶中不同的位置分开.然而，一旦变性剂浓度达到DNA片段最高的解链区域变性剂浓度时，DNA片段会完全解链，成为单链DNA分子,此时他们又能在胶中继续迁移.因此如果不同DNA片段的序列差异发生在最高的解链区域时，这些片段就不能被区分开来。
PCR-DGGE技术一、实验原理变性梯度凝胶电泳（denatured gradient gel electrophoresis，DGGE）最早是Lerman 等人于20 世纪80 年代初期发明的，起初主要用来检测DNA 片段中的点突变。
Muyzer 等人在1993 年首次将其应用于微生物群落结构研究。
后来又发展出其衍生技术，温度梯度凝胶电泳（TGGE）。
该技术被广泛用于微生物分子生态学研究的各个领域，目前已经发展成为研究微生物群落结构的主要分子生物学方法之一。
双链DNA分子在一般的聚丙烯酰胺凝胶电泳时，其迁移行为取决于其分子大小和电荷。
不同长度的DNA片段能够被区分开，但同样长度的DNA片段在胶中的迁移行为一样，因此不能被区分。
DGGE技术在一般的聚丙烯酰胺凝胶基础上，加入了变性剂（尿素和甲酰胺）梯度，从而能够把同样长度但序列不同的DNA片段区分开来。
一个特定的DNA片段有其特有的序列组成，其序列组成决定了其解链区域和解链行为。
一个几百个碱基对的DNA片段一般有几个解链区域，每个解链区域有一段连续的碱基组成。
当变性剂浓度逐渐增加达到其最低的解链区浓度时，该区域这一段连续的碱基对发生解链。
当变性剂那浓度再升高依次达到其他解链区域浓度后，最高的解链区域也发生解链，从而双链DNA完全解链。
不同的双链DNA片段因为其序列组成不一样，所以其解链区域和解链区域的解链浓度也是不一样的。
当进行DGGE电泳时，一开始变性剂浓度比较小，不能使双链DNA片段最低的解链区域解链，此时DNA片段的迁移行为和在一般的聚丙烯酰胺凝胶中一样。
然而一旦DNA片段迁移到一特定位置，其变性剂浓度刚好能使双链DNA片段最低的解链区域解链时，双链DNA片段最低的解链区域立即发生解链。
部分解链的DNA片段在胶中的迁移速率会急剧下降。
因此同样长度但序列不同的DNA片段会在胶中不同位置处达到各自最低解链区域的解链变性剂浓度，因此它们会在胶中不同的位置分开。
PCR-DGGE技术在环境微生物研究中的应用摘要：PCR-DGGE技术目前已被广泛应用于环境微生物领域。
介绍了PCR-DGGE技术的原理及其优点，概述了PCR-DGGE技术在环境工程废水微生物处理中的应用，分析了PCR-DGGE技术用于生物处理系统中微生物群落多样性和动态性研究的现状，并展望了其应用前景。
关键词：PCR-DGGE技术；微生物；应用变性梯度凝胶电泳（denatured gradient gel electrophoresis，DGGE）技术是目前研究微生物群落结构主要分子生物学方法之一[1]。
该技术系由Fischer和Lerman于1979年最先提出一种用于检测DNA突变电泳技术，该技术使传统琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分辨精确度提高至一个核苷酸残基差异水平。
Muyzer等在1993年首次将DGGE电泳检测技术应用于微生物群落结构研究，并指出该技术在揭示自然界微生物群落遗传多样性和种群差异方面具有明显优势。
DGGE技术能快速、准确鉴定自然环境或人工环境中微生物种群，并能揭示复杂微生物群落结构演替规律、微生物种群动态、基因定位和表达调控的评价分析，已被广泛应用于微生物分子生态学研究各领域。
1 PCR-DGGE技术原理DGGE技术是使用具有化学变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶对DNA进行电泳，该凝胶电泳时能够有区别地解链PCR扩增产物。
在进行变性梯度凝胶电泳时，长度相同而在碱基序列上存在差异的DNA双链的解链需要不同的变性剂浓度。
序列不同的DNA片段就会在各自想用的变性剂浓度下变性，发生空间构型的变化。
起初双链DNA以现状向正极移动，随着变性剂浓度的增加，DNA中具有低G+C含量的序列的部分被打开，而高G+C含量的部分仍保持双链。
DNA双链一旦解链，DNA分子形成端部的叉状或中间的环节（即DNA部分熔化）。
其在聚丙烯酰胺凝胶中的电泳速度将会急剧下降，以至停留在其相应的不同变性剂梯度位置，染色后可以在凝胶上呈现为分开的条带。
PCR-DGGE 技术及其在微生物群落结构研究中的应用罗佳捷１，２，李丽立１，张彬２（１．中国科学院亚热带农业生态研究所，湖南长沙４１０１２５；２．湖南农业大学经济动物研究所，湖南长沙４１０１２８）收稿日期：2009-04-07变性梯度凝胶电泳（ＰＣＲ－ＤＧＧＥ）分析技术最初是由Ｌｅｒｍａｎ等于２０世纪８０年代初期发明的，起初主要用来检测ＤＮＡ片段中的点突变。
Ｍｕｙｚｅｒ等在１９９３年首次将其应用于微生物群落结构研究，后又发展出其衍生技术温度梯度凝胶电泳［１］。
此后十几年间，该技术被广泛用于土壤、活性污泥、生物膜、人体、动物肠道、湖泊等各个领域，目前，它与单链构象多态性（ＳＳＣＰ）和末端限制性片段长度多态性（Ｔ－ＲＦＬＰ）等方法一起，已经发展成为研究微生物群落结构的主要分子生物学方法［２］。
1DGGE 技术的基本原理与流程1.1DGGE 技术的基本原理ＰＣＲ－ＤＧＧＥ是利用尿素及甲酰胺两种变性物质制成一种由低至高浓度的变性梯度电泳胶，由于变性物质的作用，胶体上进行电泳的双股ＤＮＡ序列会产生部分变性，形成部分单链（ｐａｒｔｉａｌｓｉｎｇｌｅｓｔｒａｎｄ）。
随着每一个ＤＮＡ样品核酸序列的不同，部分变性解离的程度也不相同，因此其在电泳胶中的移动速度也有所不同（双股快、单股慢），使得部分变性的ＤＮＡ会在相同时间内，在胶体上跑出不同的距离。
而ＤＮＡ变性的程度则与其解链温度（ｍｅｌｔｉｎｇｐｏｉｎｔ，Ｔｍ）有关，不同序列的ＤＮＡ会有不同的Ｔｍ，低Ｔｍ的ＤＮＡ会在低浓度的变性物质作用下产生变性形成部分单链，而高Ｔｍ的ＤＮＡ则必须在高浓度的变性物质作用下才会产生变性。
因此，利用ＤＧＧＥ可以将大小相同、序列组成不同的ＤＮＡ鉴别开来。
ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术具有不依赖微生物培养、检测率高、结果准确可靠、分辨率高、重复性好、加样量小以及可与多种方法相结合等优点［３］。
1.2PCR-DGGE 技术的基本流程ＰＣＲ－ＤＧＧＥ的基本流程是：首先从环境中取得样本（如地下水、活性污泥、生物膜、动物的肠道内容物等）进行微生物总ＤＮＡ的提取；然后通过聚合酶连反应（ＰＣＲ）将提取的总ＤＮＡ中的特定序列进行扩增，其扩增产物利用ＤＧＧＥ进行分离；最后，对ＤＧＧＥ带进行测序并鉴定分析或者被印渍在尼龙膜上与标记的寡核苷酸专一性探针进行杂交，以鉴定群落成员。
其中，样品总ＤＮＡ的提取和纯化是前提，引物设计及其ＰＣＲ是关键［４］。
2PCR-DGGE 技术的应用目前绝大多数关于ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术的资料都是用它来进行微生物群落结构及功能的分析以及不同群落结构的比较。
其中尤其以调查生态环境中以及动物和人体内细菌群落的构成及其影响为主。
2.1对生态环境中微生物群落结构及功能的研究在生态环境的应用方面，Ｃｈｒｉａｔｉａｎ等［５］运用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术对多瑙河上的７３个点及其主要支流上的２５个点（覆盖长度达到２５８１ｋｍ）的水样中的微生物群落结构进行了分析，他们发现微生物群落结构的变化与物理化学因素以及叶绿素α的浓度差异紧密相关。
Ｒｉｅｍａｎｎ等［６］在一年时间内不间断的对波罗的海中心一个点的表面水样（３ｍ深）进行ＰＣＲ－ＤＧＧＥ分析，以确定其微生物群落结构。
他们发现这个点水样的微生物群落结构在整年中都在不断地变化，虽然拟杆菌这种咸水菌种在群落中占据了主导地位，但是却明显的受到放线菌、疣微菌以及变形菌等典型的淡水菌种的影响。
对长期使用有机氮肥、无机氮肥、氮缺摘要：PC R -变性梯度凝胶电泳（PC R -D G G E ）技术具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点,是一种被广泛应用于环境生态学中微生物群落多样性、动态性分析和功能细菌跟踪的指纹识别技术。
本文介绍了PC R -DG G E 分析技术的基本原理和方法，并就该方法在对生态环境中、动物和人体内微生物群落结构的研究应用情况做了综述，并对该技术自身存在的局限性和应用前景进行了评价。
关键词：PC R -变性梯度凝胶电泳；微生物群落；指纹识别技术中图分类号：Ｓ８５２．２文献标识码：Ａ文章编号：１００５－８５６７（２００９）０４－００１７－０３广东畜牧兽医科技2009年(第34卷)第5期专题综述17··乏以及对照组的砂壤土中的氨氧化细菌进行ＰＣＲ－ＤＧＧＥ分析，Ｃｈｕ等［７］的结果表明，在使用了氮肥的砂壤土中，氨氧化细菌的多样性显著高于氮缺乏组和对照组，说明长期使用氮肥可以增加土壤中潜在的硝化作用，并显著的增加氨氧化细菌向土壤中的转移。
另外，Ｈｉｌｙａｒｄ等［８］对伊丽莎白河流沉积物中的多芳烃降解细菌进行了分离、系统发生鉴定以及Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ等［９］对加拿大北极圈内寒冷的含盐活泉中的原核生物多样性进行分析的过程中都曾使用到ＰＣＲ－ＤＧＧＥ分析技术。
目前，ＰＣＲ－ＤＧＧＥ分析技术已经越来越多的运用到了生态环境中微生物群落结构和功能的研究中，这对于人们更多更深入的了解生态环境，更加有效的保护和利用它们起到了巨大的作用。
2.2对动物微生物群落结构及功能的研究在动物的应用方面，Ｋａｒｎａｔｉ等［１０］曾运用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术对饲料中添加不同蛋氨酸源的奶牛瘤胃液及重瓣胃内容物样品进行分析，发现瘤胃中主要的细菌种群有乳酸菌、新月形单胞菌属、链球菌、颤螺菌属和梭菌属，而重瓣胃样品中除了这些菌种以外，还有丁酸弧菌属和巨型球菌属等菌种。
他们分析造成这种差异的原因是瘤胃样品比重瓣胃样品含有更多的与固体相关的菌种。
Ｌｏｖａｎｈ等［１１］运用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术对鸡舍中不同位置的４４个鸡粪样品进行了分析，结果表明革兰氏阳性菌乳杆菌目、芽孢杆菌目和放线菌类在鸡粪微生物群落结构中占主导地位，但是由于鸡舍中不同位置的物理化学因素存在差异，造成了同一批鸡粪中微生物群落结构也存在着一定的差异性。
据报道［１２］，通过对９６只鸡的回肠内容物及粪便进行ＰＣＲ－ＤＧＧＥ分析，结果表明日粮中抗生素对鸡肠道微生物群落结构的影响呈剂量和年龄依赖，这些发现为阐述抗生素对鸡肠道微生物群落结构的影响及更新抗生素的使用方法提供了依据。
此外，Ｍａｎｎｉｎｅｎ等［１３］在对５只摄入了潜在益生素的猎犬小肠中乳酸菌组成的改变进行测定时也运用了ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术。
现在，ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术越来越多的运用到动物（特别是经济动物）体内尤其是胃肠道内的微生物群落结构分析，这对于人们了解动物胃肠道微生物环境，合理饲喂动物，取得更好的经济效益很有帮助。
2.3对人体微生物群落结构及功能的研究在人体的应用方面，Ｒｕｔｈ等［１４］运用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术对４７名牙龈健康及有疾病的志愿者的牙龈下样品进行了分析，他们发现放线嗜血菌的存在与牙龈疾病明显相关，统计分析的结果则表明索氏密螺旋体和假单胞菌的存在是牙龈疾病的重要征兆，另外他们还发现牙龈健康者与患病者在真细菌种类多样性方面没有显著差异。
Ｂｅａｔｒｉｃｅ等［１５］运用了ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术对健康妇女及患有阴道细菌感染和念珠菌病妇女的阴道内液体微生物群落结构进行分析，结果表明，健康妇女的阴道液体中乳酸菌占据着主导地位，而患有阴道细菌感染的妇女则有几种潜在的致病细菌，患念珠菌病的妇女阴道液体中乳酸菌也占主导地位，但乳酸菌种类之间的比例有所改变。
患阴道细菌感染的妇女阴道液体中的乳酸菌比健康妇女及患念珠菌病妇女在统计学上有显著的下降。
Ｓｈａｋｉｌ等［１６］对２６名病人的回肠末端（ｎ＝６）、回肠上升段（ｎ＝８）、回肠横向段（ｎ＝８）、结肠下降段（ｎ＝４）的健康粘膜组织进行了ＤＧＧＥ与ＰＣＲ分析，结果表明，回肠末端的细菌种群密度最大，结肠各部分的细菌数量没有显著差异。
大肠部分的双歧杆菌的数量要明显多于回肠末端，而乳酸菌在大肠末端占据了主导地位。
他们推断，致病菌在肠道内的点特异性定殖可能是造成一些大肠疾病的原因。
此外，Ｎａｄａｌ等［１７］也曾运用ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术对乳糜泻患儿十二指肠微生物群落结构组成的不平衡性进行测定。
随着ＰＣＲ－ＤＧＧＥ分析技术在人类身上利用的增加，人们会对自身特别是胃肠道内微生物群落结构有更深入的了解，这对于我们更好的利用有益微生物，抑制有害种类以及合理的预防和治疗相关疾病大有裨益。
3PCR-DGGE技术存在的缺陷ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术是一种快速可靠的比较细菌群落的方法，在具有许多独特优越性的同时也存在着一些缺陷。
比如：由于不能确切了解样品中大量细菌的系统发育关系和群落的多样性，其敏感度相对较低。
采样和样品处理可能会使ＤＮＡ提取产生误差［１８］，模板和扩增引物的选择、处理片段大小的限制（不超过１Ｋｂ）、电泳条件以及微生物不同序列１６ＳｒＤＮＡ基因多拷贝的存在，都会对ＰＣＲ－ＤＧＧＥ分析结果产生影响。
只有占整个群落细菌数量约ｌ％或以上的类群能够通过ＤＧＧＥ检测到。
同时有些细菌具有多操纵子，ＤＧＧＥ能将其在ＰＣＲ时形成的不同序列分离开，可能过高的估计环境中的微生物多样性［１９］。
Ｂｕｃｈｈｏｌ－ｅｌｅｖｅｎ等［２０］发现ＤＧＧＥ很难分离只有２～３个核苷酸不同的ｒＤ－ＮＡ片段。
此外，在总ＤＮＡ提取过程中，如何评价细胞裂解和ＤＮＡ的回收效率、提取的ＤＮＡ能否代表微生物菌群中的优势菌群等都是研究的难点。
4PCR-DGGE技术的应用前景尽管还存在着一些缺陷，但不可否认的是ＰＣＲ－ＤＧＧＥ技术在目前仍然是最好的分析微生物群落结构的工具之一。
随着核酸测序技术的不断发展、数据库中核酸序列的不断丰富，用分子手段进行微生物群落结构分析以成为传统方法不可缺少的补充，而且必将得到更加广泛的应用。
另外，随着ＤＧＧＥ技术不断的改进，比如：Ｃｌｏｎｉｎｇ／ＤＧＧＥ、ＧＣ－ＤＧＧＥ、ＮｅｓｔｅｄＰＣＲ－ＤＧＧＥ、ＤＧ－ＤＧＧＥ四种改进的ＰＣＲ－ＤＧＧＥ分析方法的出现和应用［２］，它必然会在微生物群落结构调查，分析微生物与环境、宿主之间的关系方面发挥更大的作用。
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