miRNA及其inhibitor转染方法
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mirna inhibitor设计方法
设计miRNA抑制剂通常需要考虑以下几个方面的因素,这些因素涉及到miRNA的结构和功能:
1.miRNA序列和结构分析:首先,需要对目标miRNA进行详细的序列和结构分析。
这包括miRNA的碱基组成、稳定性、可能的结合位点等信息。
2.抑制剂设计:抑制miRNA的方法主要有两种,一是通过合成miRNA反义链,使其与目标miRNA发生碱基互补,形成双链结构;二是设计合成小分子化合物,通过与miRNA特定的结合位点相互作用,抑制miRNA的功能。
3.亲和力和特异性:设计的miRNA抑制剂需要具有较高的亲和力,以确保与目标miRNA 的结合强度。
同时,为了减少对非目标miRNA的影响,需要保证抑制剂的特异性。
4.化合物的稳定性:抑制剂需要在体内维持较长时间的稳定性,因此需要考虑化合物的生物稳定性和药代动力学。
5.细胞摄取和递送:要实现miRNA抑制的效果,设计的抑制剂需要能够有效地进入细胞,并在细胞内达到目标miRNA的浓度。
因此,适当的递送系统也是设计过程中需要考虑的因素之一。
6.生物学效果评估:在设计阶段后,需要进行体外和体内的生物学效果评估。
这包括在细胞水平上检测miRNA表达水平的变化,以及在动物模型中评估miRNA抑制剂的生物学效果和安全性。
总体而言,miRNA抑制剂的设计需要结合miRNA的结构和功能特点,利用合理的设计方法确保抑制剂在体内表现出良好的稳定性、特异性和生物学效果。
miRNA产品使用说明RN:R10034.5 产品简介micr ON™ miRNA mimic是miRNA模拟物,化学合成的成熟miRNA双链,即用型;micr OFF™ miRNA inhibitor是miRNA抑制物,化学修饰的成熟miRNA互补单链,即用型;micr ON™ miRNA agomir是特殊化学修饰的miRNA 激动剂,适用于细胞实验、动物实验,即用型;micr OFF™ miRNA antagomir是特殊化学修饰的miRNA 拮抗剂,适用于细胞实验、动物实验,即用型。
运输保存产品以冻干粉的形式,常温运输。
收到产品后,请于-20℃~-80℃保存,冻干粉可以稳定保存一年。
使用前瞬时离心,用RNase-free HO或灭菌ddH2O,配制成20μM储存液,分装保存,避免反复冻融(不超过5次)。
2表1 20μM储存液的配置参考0.25 0.5 1 2 5 20溶解体积(μl) 12.5 25 50 100 250 1000 注:如需进行高内涵筛选试验,可选择miRNA Library。
使用前须知为避免外界因素(包括酶,极端pH或者温度条件等)导致产品降解,所有操作请严格遵循RNA操作规则。
实验过程中,产品最好于冰上放置,使用完毕后请于-20℃~-80℃小心保存。
细胞实验方法:为了降低细胞密度、试剂用量,转染效率等因素导致的孔间差异,保证实验的可靠性和可重复性,一般建议:1)转染实验中每个转染样品至少设置3个复孔;2)接种细胞时,每孔接种的细胞数量尽量保持一致,且细胞在各孔的表面平均分布。
1. 转染浓度miRNA产品最佳工作浓度因不同的细胞类型及研究目的而异。
锐博生物推荐的miRNA mimic初始浓度为50nM,miRNA inhibitor浓度为100nM,客户可根据实验具体情况优化转染浓度,优化的范围建议为10~200nM。
注:miRNA inhibitor往往需要用到较大的用量才能观察到较好的抑制效果,相当于miRNA mimic的几倍用量,这可能与miRNA inhibitor竞争性抑制的作用机制及作用效率有关。
注:1)不同细胞的生长速度不同,接种细胞的数量需依经验而定;2)每孔接种的细胞数量尽量相同,使细胞均匀分布。
b. 悬浮细胞:接种1×105~5×105个细胞至含有500μl完全培养基的24孔板。
2)转染步骤对于每个转染样品,请按以下步骤准备:a. 稀释mimic:用50μl 1X ribo FECT TM CP Buffer(v1)稀释1.25μl 20μM miRNA mimic储存液(v2),轻轻混匀,室温孵育5min。
b. 混合液制备:加入5μl ribo FECT TM CP Reagent(v3),轻轻吹打混匀,室温孵育0~15min。
注:1)请不要振荡,溶液可能会有浑浊,但不会影响转染;2)混合液可室温放置一段时间,但不宜超过24h。
c. 将ribo FECT TM CP混合液加入到443.75μl细胞培养基(v4)中,轻轻混匀。
注:混合液加入原细胞培养基,无需移除或更换。
d. (可选)进行其他必要的特殊处理(如加药处理)。
e. 将培养板置于适当的培养条件下培养24~96h(培养时间与实验目的相关)。
表2 使用ribo FECT TM CP转染miRNA mimic用量参考v1: ribo FECT CP Buffer (1X); v2: 20μM miRNA mimic储存液; v3: ribo FECT CP Reagent; v4: 细胞培养基注: 1)*:实验示例用量参考。
2)表中数据仅供参考,对于部分细胞类型的转染试剂用量可进一步优化。
3)转染质粒时,转染试剂用量可优化至1μl (24孔板)。
3)效果检测miRNA mimic/inhibitor作用效果往往通过功能方面检测,转染完成后24~72小时均可进行检测,最佳检测时间与细胞类型及研究的miRNA有关。
以下为几种常用的miRNA效果检测方法:a. 使用qPCR,基因芯片,新一代测序等方法检测靶基因mRNA转录水平,甚至全基因表达图谱是否发生相应改变;b. 使用Western Blot,蛋白芯片等方法检测靶基因的蛋白水平是否发生相应改变;c. 检测细胞功能(细胞增殖、细胞凋亡、细胞迁移等)是否发生相应变化;d. 通过靶基因siRNA来确认miRNA mimic/inhibitor的作用;e. 通过与miRNA靶基因双荧光素酶报告载体(锐博生物可提供构建服务)共转来验证miRNA mimic/inhibitor的作用。
miRNA、miRNAmimics和miRNAinhibitor 展开全文
microRNA(miRNA)是真核细胞生物中一类内源性的具有调控功能的非编码RNA,长度约为22bp。
miRNA首先在细胞核内转录出较长的初级miRNA(primary miRNA 。
pri-miRNA),然后在在核内有Drosha加工成60-70bp的发夹状RNA,即前体miRNA(miRNA percuser,pre-miRNA),在Exprotin-5复合物的帮助下被转运出细胞核,在胞质中被Dicer剪切成为成熟miRNA,随即被整合进RNA沉默复合物(RISC)中,与mRNA完全或不完全配对结合来调节基因表达。
miRNA mimics是化学合成的成熟miRNA模拟物。
miRNA agomir是经过特殊化学修饰的miRNA激动剂,转染至细胞后模拟内源性miRNA发挥作用。
miRNA mimics进一步增强內源miRNA的调控作用,降低细胞内蛋白表达量,进行功能获得行(gain-of-function)研究。
实验表明miRNA mimics在细胞和动物实验水平,都可发挥miRNA作用。
miRNA inhibitor是化学修饰的miRNA抑制物,通过特异的靶向抑制某个miRNA分子,可以削弱內源miRNA的金银沉默效应,提高蛋白的表达量,进行功能缺失行(loss-of-function)研究,可以用来筛选miRNA靶位点,筛选调控某一基因表达的miRNA,筛选影响细胞发育过程的miRNA。
mirna inhibitor作用机制Mirna Inhibitor作用机制Mirna Inhibitor是一种新型的RNA分子,它可以通过抑制microRNA(miRNA)的表达来调节基因表达。
miRNA是一类长度约为22个核苷酸的非编码RNA分子,它们通过与靶基因的3'非翻译区(3'UTR)结合来抑制基因表达。
miRNA在许多生物学过程中发挥着重要的调节作用,包括细胞增殖、分化、凋亡、代谢和免疫反应等。
Mirna Inhibitor的作用机制是通过与miRNA结合来抑制miRNA的功能。
Mirna Inhibitor是一种单链RNA分子,它的序列与miRNA 的互补序列相同。
当Mirna Inhibitor与miRNA结合时,它会阻止miRNA与靶基因的3'UTR结合,从而抑制miRNA的功能。
这种抑制作用可以通过多种方式实现,包括竞争性结合、miRNA降解和miRNA转运等。
竞争性结合是Mirna Inhibitor最常见的作用方式。
当Mirna Inhibitor与miRNA结合时,它会与miRNA竞争性地结合到靶基因的3'UTR上,从而阻止miRNA与靶基因的结合。
这种竞争性结合可以有效地抑制miRNA的功能,从而调节基因表达。
另一种作用方式是通过miRNA降解来实现。
当Mirna Inhibitor与miRNA结合时,它可以促进miRNA的降解,从而减少miRNA的表达量。
这种降解作用可以通过RNA酶的介导来实现,例如Dicer和Argonaute等。
最后一种作用方式是通过miRNA转运来实现。
当Mirna Inhibitor 与miRNA结合时,它可以促进miRNA的转运,从而减少miRNA 的表达量。
这种转运作用可以通过RNA结合蛋白的介导来实现,例如Exportin-5和Ran-GTP等。
Mirna Inhibitor是一种新型的RNA分子,它可以通过抑制miRNA 的表达来调节基因表达。
科研(kē yán)中的miRNA研究(yánjiū)方法总结microRNA(miRNA) 是一类(yī lèi)长度在22nt左右(zuǒyòu)的内源非编码小RNA,广泛存在于动物、植物(zhíwù)、病毒等多种有机体中。
1993年,Lee等人在秀丽新小杆线虫(C.elegans)中发现了控制着线虫时序性发育的lin-4。
2000年,Reinhart等发现了另一个具有转录后调节功能的小分子RNA:let-7。
随后的几年时间里,许多研究人员相继发现了这类RNA,并将这些具有时空表达特异性的非编码小分子RNA命名为microRNA(miRNA)。
从长的初级miRNA(pri-miRNA)到形成成熟的单链miRNA到与靶标RNA结合,至少需要四步:首先是由核糖核酸酶ⅢDrosha和DGCR8组成的复合物将初始miRNA 转录本(pri-miRNA)加工成miRNA前体(pre-miRNA);接着由转运蛋白Exportin-5和Ran GTP酶将miRNA从细胞核转运到细胞质中;第三步是由另一种核糖核酸酶ⅢDrosha将miRNA前体剪切成成熟的miRNA双链,miRNA双链打开,其中一条进入到RNA诱导的沉默RISC复合体(RISC)中,该复合体还包含TarRNA结合蛋白(TRBP);最终RISC复合体根据miRNA与靶标RNA的互补配对,对靶基因进行剪切,或者翻译抑制。
图 1 miRNA生物学调控过程(摘自文献8)miRNA通过作用于相应靶mRNA,参与细胞增殖、凋亡、分化、代谢、发育、肿瘤转移等多种生物学过程。
预测超过1/3的人类基因都是保守的miRNA靶基因。
近些年,随着科学研究的进展,大量的miRNA已经被鉴定出来,截至目前发现的人的成熟的miRNA有2578条,小鼠的有1908条。
虽然miRNA的数量很多,但大多miRNA的功能并不为人所知。
MicroRNA Inhibitor产品使用手册规格:5nmol*2(对照为2.5nmol*4)纯化方式:HPLC 纯化产品形式:干粉贮存条件:在-20℃或者-80℃保存期:1 年,在-20℃或者-80℃质量控制:PAGE 检测确定产品是准确分子量大小的单链的MicroRNA Inhibitor HPLC 纯化并分析单链的MicroRNA Inhibitor 纯度>95%●注意事项RNA inhibitors 在操作过程,如果有外源的核酸酶存在,RNA inhibitors容易发生降解。
在进行相关试验中,请带手套进行操作,尽量用无RNAase污染的试剂,试管,移液枪和枪头。
收到产品后尽快贮存在–20°C 或–80°C环境中。
●MicroRNA Inhibitor的重悬在最大转速为4,000 X g 的低速条件下离心EP 管,让MicroRNA Inhibitor 聚集在试管的底部。
1.轻轻的打开管盖.2. 5nmol加入DEPC水250 ul,配成20uM的储备液3.柔和的用移液枪吹打储备液5 次4.根据具体用量情况分装,避免多次冻融5.在重新贮存的时候注意密封好EP 管6.贮存在-80°C,以备使用●转染程序转染效率对不同的细胞株和不同的转染试剂是不同的。
我们建议miRNA inhibitor 的终浓度为15-100nM最优化的转染浓度最终还是需要通过试验来确定。
我们发现典型的试验中最佳的浓度范围是15-100nM,但是优化的浓度范围我们设定在1-100nM 之间。
A:转染试剂的推荐量,根据您订购的试剂不同应做适当的调整B:所显示的添加量是miRNA inhibitor 终浓度为30nM 的量。
由于最大miRNA inhibitor 活性的量在不同的细胞类型是有差异的,所以推荐您自行优化。
C 对细胞密度只是推荐值,不同的细胞株有一定的变化,主要看细胞的大小和生长的状况,一般来说我们推荐细胞融合度在30-70%为佳。
下面以Entranster-R4000试剂为例,说一下miRNA转染步骤(24孔板)
1.提前1天细胞种植
贴壁细胞:提前一天将细胞种植在24孔板中,以转染时细胞汇合度(Confluence)在30%左右为宜,转染前全培养基总量为0.45ml。
悬浮细胞:采用对数生长期的细胞,数量为常规培养细胞数的1/3进行转染实验。
如某细胞常规培养的细胞数是6×105,那么就用2×105的细胞进行转染。
2.转染过程
⑴取0.67ug(50pmol)的miRNA,加入一定量无血清稀释液,充分混匀,制成RNA
稀释液,终体积为25μl。
注意:无血清稀释液建议采用OPTI-MEM、无血清DMEM或1640。
⑵取1ul的Entranster TM-R4000,然后加入24ul无血清稀释液体,充分混匀,制成
Entranster TM-R4000稀释液,终体积为25μl。
室温静置5分钟。
⑶将Entranster TM-R4000稀释液和RNA稀释液充分混合(可用振荡器振荡或用加样
器吹吸10次以上)混合,室温静置15分钟。
转染复合物制备完成。
⑷将50μl转染复合物滴加到有0.45ml全培养基(可含10%血清和抗生素)的细胞
上,前后移动培养皿,混合均匀。
注意:对本试剂,采用含血清的全培养基有助于提升转染效率。
⑸转染后6小时观察细胞状态,如状态良好可不必更换培养基,继续培养24-96小
时得到结果。
mirna inhibitor作用机制miRNA是一种重要的小分子RNA,它们在许多生物过程中起着调节基因表达的作用。
miRNA通过结合到靶基因mRNA的3'非翻译区域(3'-UTR)来抑制翻译或诱导降解,从而对基因表达进行负性调控。
因此,miRNA在调节细胞分化和生长,细胞周期,凋亡和肿瘤发生中起着重要作用。
miRNA的异常表达被发现在多种疾病中包括癌症,心血管疾病和神经系统疾病中。
miRNA调节的分子途径通常在疾病发生中表现出不同的表达模式,因此将miRNA作为治疗目标成为了一种备受关注的新型治疗策略。
miRNA抑制剂是一种新型的治疗手段,它可以通过抑制被过度表达的miRNA来治疗疾病。
miRNA抑制剂可以分为两种主要类型:miRNA antisense oligonucleotides(AMOs)和miRNA靶向的小分子化合物。
miRNA AMOs是由短链DNA和核苷酸模拟物构成的小分子,在靶标miRNA 5'端启动位点与miRNA互补配对并阻止其与靶mRNA的耦合。
AMO的结合还可以导致miRNA的降解。
miRNA靶向的小分子化合物也是一种重要的miRNA抑制剂。
这些小分子化合物通过与miRNA特定的结构域相互作用来具有选择性地抑制它们的生物活性。
这些小分子化合物在miRNA靶基因表达调节中的各种机制中发挥作用,包括阻止miRNA的成熟和靶mRNA的结合,以及调节miRNA生物合成途径中的信号传递。
miRNA抑制剂作用的主要机制是通过调节miRNA的生物功能。
具体来说,miRNA抑制剂可以促进miRNA的降解,阻止miRNA的成熟和抑制miRNA与靶mRNA的配对。
这些机制都会导致靶mRNA的表达增加,从而影响基因表达模式。
因此,miRNA抑制剂是一种具有潜力的新型治疗策略,可以通过干扰miRNA的调节作用来治疗多种疾病。
随着对miRNA及其抑制剂作用机理的进一步了解,在未来的治疗疾病中将有更广泛的应用潜力。
miRNA 靶基因3’UTR 质粒载体使用说明RN :R10032.3产品简介miRNA 是一类具有调控功能的非编码小RNA ,主要通过与靶基因mRNA 3’UTR 完全或不完全互补配对而调控靶基因的表达。
pmiR-RB-Report ™载体是专门用来检测miRNA 作用的检测工具,将基因的3’UTR 区克隆至载体海肾荧光素酶基因(hRluc )下游位点,以海肾荧光素酶基因作为报告基因,以萤火虫荧光素酶基因(hLuc )作为内参基因,通过检测海肾荧光素酶活性的相对变化情况来鉴定miRNA 对该基因是否有调控作用。
载体图谱hRluc :海肾荧光素酶基因,为报告基因; hLuc+:萤火虫荧光素酶基因,为内参基因; 3’UTR Region :多克隆位点,基因3’UTR 连接位点; Amp r :氨苄青霉素抗性,用于大肠杆菌筛选。
体积每管含量总含量pmiR-RB-Report™ Species-GeneName~100 ng/μl~50μl ~5μg ~10μg注:质粒可以直接用来实验,甘油菌可以进行质粒扩大提取。
运输保存产品一般以液体的形式常温运输。
收到产品后,请将载体及甘油菌于-20℃以下保存。
质粒可以直接用于实验,甘油菌可直接进行质粒扩大提取。
实验方法图2 pmiR-RB-Report TM 质粒载体使用方法图1 pmiR-RB-Report TM 载体图谱简图细胞转染为了降低由于细胞密度、转染效率、试剂用量等因素导致的孔间差异,保证实验的可靠性和可重复性,一般建议:a.转染实验中每个转染样品至少设置3个复孔;b.接种细胞时,每孔接种的细胞数量尽量保持一致,并且细胞在各孔的表面平均分布。
1. 细胞类型与转染试剂:由于实验需要同时转染小分子RNA和质粒载体两种物质,因此,细胞类型、细胞状态和转染试剂是决定实验成败的关键因素,建议选择转染效率较高的细胞系进行实验,如293T,Hela,A549,而转染效率较低的细胞系不适合进行本实验的检测。
mmu-miR-125a-5p研究策略Standard 报价Standard 报价2ng 350 RMB 5ng 600 RMBmicr ON™ mmu-miR-125a-5pmimic2ng 300 RMB 5ng 500 RMBmicr OFF™ mmu-miR-125a-5pinhibitor,转染mmu-miR-125a-5p mimic(24孔板为例)1.联系锐博公司合成mmu-miR-125a-5p mimic和mmu-miR-125a-5p inhibitor;2.合成的2ng mmu-miR-125a-5p mimic用1000ul RNase-free water配制成20uM的储存液,分装成5ul每管放-30或-80冻箱冻存(mimic的工作浓度为50nM);3.转染前一天,胰酶消化细胞并计数1X105 c-kit-,细胞铺板,使其在转染日密度为90%。
细胞铺板在0.5ml含血清,不含抗生素的正常生长的培养基中;4.对于每孔细胞,使用50μl无血清培养基(如OPTI-MEMⅠ培养基)稀释1.25ul mmu-miR-125a-5p mimic 存储液;5.对于每孔细胞,使用50μl OPTI-MEMⅠ无血清培养基稀释1μl LIPOFECTAMINE 2000试剂。
Lipofectamine 2000稀释后室温5分钟(在30分钟内同稀释的RNA混合。
室温时间过长会降低活性。
)注意:即使Lipofectamine 2000使用OPTI-MEMⅠ稀释,细胞也可以使用D-MEM培养。
如果D-MEM做为Lipofectamine 2000的稀释液,必须在5分钟内同稀释的DNA混合6.混合稀释的RNA(第4步)和稀释的Lipofectamine 2000(第5步)。
在室温保温20分钟。
注意:溶液可能会混浊,但不会影响转染。
复合物可以在室温保持6小时稳定7.直接将复合物加入到每孔中,摇动培养板,轻轻混匀,加入500ul培养基,混匀。
miRNA产品使用说明RN:R10034.5 产品简介micr ON™ miRNA mimic是miRNA模拟物,化学合成的成熟miRNA双链,即用型;micr OFF™ miRNA inhibitor是miRNA抑制物,化学修饰的成熟miRNA互补单链,即用型;micr ON™ miRNA agomir是特殊化学修饰的miRNA 激动剂,适用于细胞实验、动物实验,即用型;micr OFF™ miRNA antagomir是特殊化学修饰的miRNA 拮抗剂,适用于细胞实验、动物实验,即用型。
运输保存产品以冻干粉的形式,常温运输。
收到产品后,请于-20℃~-80℃保存,冻干粉可以稳定保存一年。
使用前瞬时离心,用RNase-free HO或灭菌ddH2O,配制成20μM储存液,分装保存,避免反复冻融(不超过5次)。
2表1 20μM储存液的配置参考0.25 0.5 1 2 5 20溶解体积(μl) 12.5 25 50 100 250 1000 注:如需进行高内涵筛选试验,可选择miRNA Library。
使用前须知为避免外界因素(包括酶,极端pH或者温度条件等)导致产品降解,所有操作请严格遵循RNA操作规则。
实验过程中,产品最好于冰上放置,使用完毕后请于-20℃~-80℃小心保存。
细胞实验方法:为了降低细胞密度、试剂用量,转染效率等因素导致的孔间差异,保证实验的可靠性和可重复性,一般建议:1)转染实验中每个转染样品至少设置3个复孔;2)接种细胞时,每孔接种的细胞数量尽量保持一致,且细胞在各孔的表面平均分布。
1. 转染浓度miRNA产品最佳工作浓度因不同的细胞类型及研究目的而异。
锐博生物推荐的miRNA mimic初始浓度为50nM,miRNA inhibitor浓度为100nM,客户可根据实验具体情况优化转染浓度,优化的范围建议为10~200nM。
注:miRNA inhibitor往往需要用到较大的用量才能观察到较好的抑制效果,相当于miRNA mimic的几倍用量,这可能与miRNA inhibitor竞争性抑制的作用机制及作用效率有关。
m i R N A及其i n h i b i t o r转染方法-CAL-FENGHAI.-(YICAI)-Company One1miRNA及其inhibitor转染方法1 对mimics、mimics control、inhibitor、inhibitor control进行稀释和分装(终浓度为100 nmol/μl)。
(1)Mimics加入250 μl DEPC处理的水;(2)Mimics control加入125 μl DEPC处理的水;(3)inhibitor加入250 μl DEPC处理的水;(4)inhibitor control加入125 μl DEPC处理的水;对以上进行分装:mimics 20 μl每管,mimics control 10 μl每管,inhibitor 20 μl每管,inhibitor control 10 μl每管。
分装后于-80 ℃保存。
2经过调整,细胞状态较好。
晚上铺细胞,4个60 mm培养皿,每皿×105细胞。
做好标记,(1)为mimics(2)为mimics control(3)为inhibitor(4)为inhibitor control。
3 上午八点对昨天晚上的细胞进行转染。
(1)a 用500 μl opti-MEM稀释20 μl mimics,作用5 minb 用500 μl opti-MEM稀释20 μl mimics control,作用5 minc 用500 μl opti-MEM稀释20 μl inhibitor,作用5 mind 用500 μl opti-MEM稀释20 μl inhibitor control,作用5 min(2)a 用500 μl opti-MEM稀释10 μl lip 2000,作用5 minb用500 μl opti-MEM稀释10 μl lip 2000,作用5 minc 用500 μl opti-MEM稀释10 μl lip 2000,作用5 mind 用500 μl opti-MEM稀释10 μl lip 2000,作用5 min(3)分别将(1)、(2)对应的a、b、c、d混合,轻轻吹打均匀后室温作用20 min。
HiPerFect转染试剂的使⽤在做miRNA的相关实验中,在验证靶基因⽅⾯,通常是向靶细胞转染miRNA mimics,或者是构建稳定过表达的miRNA的细胞株,然后做WB即可。
我的靶细胞是RAW264.7,但向这种细胞株转染miRNA mimics时,使⽤lipo2000或lipo3000的效率没那么⾼,不太容易做出结果(⽂献中有⼈使⽤的,效果很好,但我实验中总是做不出来)。
后来在QIAGEN官⽹上搜到了⼀个转染试剂,HiPerFect,看介绍这个转染试剂是专门⽤于转染miRNA的。
以下是实验流程,具体实验我还没做,只是翻译了说明书中的内容。
1. 将2.5x10e5个RAW264.7细胞铺在6孔板中,培养基体积为2.3mL,含FBS与双抗。
2. 转染时,将150ng的miRNA稀释到100uL的不含⾎清的培养基中(通常使⽤OPTI-MEN培养基),如果是miRNAinhibitor,剂量增加10倍,使miRNA的终浓度为5nM,这个浓度根据实验⽽定,⽂献中使⽤lipo2000或3000转染miRNA mimcs时的终浓度是20nM-100nM,但QIAGEN的说明书中提到,这个转染试剂的优点在于能在低浓度⽔平上进⾏miRNA的转染。
加⼊12uL的HiPerFect到OPTI-MEM中,混匀。
说明书中还提到,在正式实验前,最好根据⾃⼰实验室的条件与靶细胞,优化⼀下剂量。
miRNA mimics的储备浓度通常是20uM,如果要使终浓度为100nM,那么就要加10uL的储备液。
3. 在常温下孵育5到10minj。
4. 将上述的转染复合物逐滴加到6孔板中,轻轻混匀。
5. 将细胞培养板放到孵箱中,在24到72⼩时后检测基因表达量(我觉得等细胞长到80%密度的时候就⾏),如果细胞数⽬过少,中间记得更换新培养基。
以下是说明书中提供的参考数据(6孔板的⼀个孔):。
miRNA常用实验方法一、miRNA的检测方法miRNA的realtime-PCR检测方法1、realtime-PCR引物设计miRNA realtime-PCR引物设计方法:1)stem-loop RT引物设计:基于通用的茎环结构,只需要按照不同的miRNA序列修改最末端6个碱基即可。
通用茎环结构序列为:GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC 例如设计miR-1(UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU)的RT引物,只需在通用茎环序列后架上miRNA3’末端的6个碱基的反向互补序列,即GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC ATACAT2)realtime 上游引物设计:miRNA序列除去3’端6个碱基的剩余部分作为上游引物,如miR-1的上游引物为(注意把U改为T):TGGAATGTAAAGAAGT.检查引物的Tm值(一般参考DNAMAN),如果Tm值较低,则在5’端加GC使Tm值接近60度。
因此miR-1的上游引物可设计为:GCGCTGGAATGTAAAGAAGT,61.4度。
3)下游引物是通用的,序列为GTGCAGGGTCCGAGGT。
4)引物设计好后,需要通过预试验检测引物的特异性。
一般需要做溶解曲线来检测引物的特异性;同时最好将PCR产物进行电泳检测产物是否单一(因产物长度很小,需要3%以上的琼脂糖胶)。
2、miRNA反转录miRNA的反转录与一般基因的反转录过程基本相同。
因为其产物很短,用最普通的逆转录酶即可。
我们一般使用的是TIANGEN的MLV,逆转录体系为:RNA 500ng~2ug5xbuffer 2uldNTP 0.25ulDDT 0.25ulRRI 0.25ulMLV 0.25ulRT primer 0.5ulH2O(RNase free) 补至10ul程序为(PCR仪中通常命名为CTFRT)16度,30min;42度,60min;85度,5min;4度,hold。
miRNA常⽤实验⽅法miRNA常⽤实验⽅法⼀、miRNA的检测⽅法miRNA的realtime-PCR检测⽅法1、realtime-PCR引物设计miRNA realtime-PCR引物设计⽅法:1)stem-loop RT引物设计:基于通⽤的茎环结构,只需要按照不同的miRNA序列修改最末端6个碱基即可。
通⽤茎环结构序列为:GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC 例如设计miR-1(UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUAU)的RT引物,只需在通⽤茎环序列后架上mi RNA3’末端的6个碱基的反向互补序列,即GTCGTATCCAGTGCAGGGTCCGAGGTATTCGCACTGGATACGAC ATACAT2)realtime 上游引物设计:miRNA序列除去3’端6个碱基的剩余部分作为上游引物,如miR-1的上游引物为(注意把U改为T):TGGAATGTAAAGAAGT.检查引物的Tm值(⼀般参考DNAMAN),如果Tm值较低,则在5’端加GC使Tm值接近60度。
因此miR-1的上游引物可设计为:GCGCTGGAATGTAAAGAAGT,61.4度。
3)下游引物是通⽤的,序列为GTGCAGGGTCCGAGGT。
4)引物设计好后,需要通过预试验检测引物的特异性。
⼀般需要做溶解曲线来检测引物的特异性;同时最好将PCR产物进⾏电泳检测产物是否单⼀(因产物长度很⼩,需要3%以上的琼脂糖胶)。
2、miRNA反转录miRNA的反转录与⼀般基因的反转录过程基本相同。
因为其产物很短,⽤最普通的逆转录酶即可。
我们⼀般使⽤的是TIANGEN的MLV,逆转录体系为:RNA 500ng~2ug5xbuffer 2uldNTP 0.25ulDDT 0.25ulRRI 0.25ulMLV 0.25ulRT primer 0.5ulH2O(RNase free) 补⾄10ul程序为(PCR仪中通常命名为CTFRT)16度,30min;42度,60min;85度,5min;4度,hold。
miRNA及其inhibitor转染方法
1 对mimics、mimics control、inhibitor、inhibitor control进行稀释和分装(终浓度为100 nmol/μl)。
(1)Mimics加入250 μl DEPC处理的水;
(2)Mimics control加入125 μl DEPC处理的水;
(3)inhibitor加入250 μl DEPC处理的水;
(4)inhibitor control加入125 μl DEPC处理的水;
对以上进行分装:mimics 20 μl每管,mimics control 10 μl每管,inhibitor 20 μl每管,inhibitor control 10 μl每管。
分装后于-80 ℃保存。
2经过调整,细胞状态较好。
晚上铺细胞,4个60 mm培养皿,每皿×105细胞。
做好标记,(1)为mimics(2)为mimics control(3)为inhibitor(4)为inhibitor control。
3 上午八点对昨天晚上的细胞进行转染。
(1)a 用500 μl opti-MEM稀释20 μl mimics,作用5 min
b 用500 μl opti-MEM稀释20 μl mimics control,作用5 min
c 用500 μl opti-MEM稀释20 μl inhibitor,作用5 min
d 用500 μl opti-MEM稀释20 μl inhibitor control,作用5 min (2)a 用500 μl opti-MEM稀释10 μl lip 2000,作用5 min
b用500 μl opti-MEM稀释10 μl lip 2000,作用5 min
c 用500 μl opti-MEM稀释10 μl lip 2000,作用5 min
d 用500 μl opti-MEM稀释10 μl lip 2000,作用5 min
(3)分别将(1)、(2)对应的a、b、c、d混合,轻轻吹打均匀后室温作用20 min。
(4)用无血清的DMEM将培养皿中的细胞清晰干净,至少2次
(5)向培养皿中加入3 ml无血清DMEM
(6)向培养皿中加入a和b的混合液(成点状均匀加入)
(7)放入细胞培养箱作用6 h。
4 下午三点对转染细胞进行换液:弃去无血清DMEM后每个60 mm培养皿加入4 ml 含10%血清的DMEM,18 h后接毒。