简并引物列表

第27卷第4期2008年7月 食品与生物技术学报Journal of Food Science and Biotechnology Vol.27　No.4J ul.　2008　文章编号:167321689(2008)0420091206 收稿日期:2007210225. 基金项目:国家自然科学基金项目(30570142).作者简介:陈献忠(19802),男,安徽界首人,工业微生物博士研究生.3通讯作者:诸葛健(19392),男,浙江金华人,教授,博士生导师,主要从事发酵工程和工业微生物学方面的研究.Email :jianzhuge @优化简并引物PCR 克隆Can di da gl yceri nogenes32磷酸甘油脱氢酶基因片段陈献忠,　饶志明,　沈微,　诸葛斌,　方慧英,　王正祥,　诸葛健3(江南大学工业生物技术教育部重点实验室,江苏无锡214122)摘　要:为了从工业生产菌株耐高渗产甘油假丝酵母(Can di da gl yceri nogenes )克隆甘油合成的限速酶编码基因胞浆NAD +232磷酸甘油脱氢酶基因(ct GPD ),对不同酵母和其他真核生物的NAD +232磷酸甘油脱氢酶进行比对,分析氨基酸和核苷酸的保守序列,设计了4对简并引物用于扩增C.gl yceri nogenes 的NAD +232磷酸甘油脱氢酶(GPD )基因片段,经过优化PCR 反应条件,利用其中一对中等简并度的引物扩增出Cg GPD 基因中约600bp 的保守核心片段。

DNA 序列及推绎的氨基酸序列进行比对分析表明,该基因片段与其他酵母的胞浆NAD +232磷酸甘油脱氢酶基因的对应区域具有典型的保守区域,并且与安格斯毕赤酵母的GPD 基因相似性较高。

关键词:PCR ;NAD +依赖32磷酸甘油脱氢酶;产甘油假丝酵母;克隆;简并引物中图分类号:Q 785文献标识码:ACloning of NAD +2Dependent G lycerol 32Phosphate DehydrogenaseG ene Fragment from Ca ndida gl yceri nogenes withDegenerate Oligonucleoide PrimersC H EN Xian 2Zhong ,　RAO Zhi 2Ming ,　SH EN Wei ,　ZHU GE Bin ,FAN G Hui 2Y ing ,　WAN G Zheng 2Xiang ,　ZHU GE Jian 3(Key Lab of Industrial Biotechnology ,Ministry of Education ,Jiangnan University ,Wuxi 214122,China )Abstract :In S accharom yces cerevisi ae ,glycerol is synt hesized in cytosol by reduction of t he glycolytic intermediate dihydroxyacetone p ho sp hate (D HA P )to glycerol 32p hosp hate (G3P )followed by dep hosp horylation of G3P to glycerol.Furt her st udies had revealed t hat cytol NAD +2dependent glycerol 32p ho sp hate dehydrogenase (ct GPD )is t he rate 2limiting enzymes for glycerol synt hesis.However ,it is unclear whet herGPD has similar role in Candi dagl yceri nogenes WL200225,a novel o smotolerant yeast species used in glycerol p roduction.So ,itis essential to clone GPD gene from C.gl yceri nogenes ,for investigation of glycerol bio synt hesis in molecular level.After comparison of t he amino acid sequence of t he GPD H p roteins in several species ,degenerate oligonucleoide p rimers were designed for PCR based on conservative regions in t he amino acid sequence.PCR was performed on t he genomic DNA of C.gl yceri nogenes andparameters involved in amplification efficiency were optimized.U sing one moderate degeneracy pair of p rimers,a degenerate PCR p roduct of ca.0.6kb was amplified and sequenced.Which homologous to GPD1of S accharom yces cerevisi ae.This provides a t hreshold of st udying glycerol p roduction pat hway and osmotic st ress response mechanism at genetic and molecular level in t his yeast.K ey w ords:PCR;NAD+2dependent glycerol32p ho sp hate dehydrogeanse;Candi da gl yceri nogenes;clone;degenerate oligonucleoide primers 当细胞处于高渗透压环境中时,为了保持胞内的水分和小分子物质向环境中外泄,就需要通过自身合成一些生物相容性物质来提高胞内的渗透压来平衡胞内和胞外的压力差,从而起到保护和防御的作用。

常用引物序列引言引物序列是指在分子生物学实验中用来特异性引导DNA或RNA复制和扩增的短链核酸序列。

常用的引物序列在科研和实验室工作中起着重要作用。

本文将介绍几种常用引物序列及其在实验中的应用。

1. 通用引物序列通用引物序列是指适用于多种物种的引物序列。

常见的通用引物序列包括16S rRNA引物序列用于细菌和古细菌的分析，18S rRNA引物序列用于真核生物的分析，以及ITS引物序列用于真菌的分析。

这些通用引物序列具有高度保守性，可以用于不同物种的物种鉴定和进化分析。

2. 物种特异引物序列物种特异引物序列是指只在特定物种中存在的引物序列。

这些引物序列通常用于物种鉴定和种群遗传分析。

例如，人类特异引物序列可以用于人类DNA的特异扩增，从而进行人类个体的鉴定。

物种特异引物序列的选择和设计需要根据目标物种的基因组序列进行。

3. 定量引物序列定量引物序列是指用于定量PCR实验的引物序列。

这些引物序列通常与目标基因的外显子区域相结合，可以通过PCR扩增目标基因的特定片段，并通过实时荧光定量PCR技术进行定量分析。

定量引物序列的设计需要考虑引物的特异性和扩增效率，以确保准确的定量结果。

4. 荧光标记引物序列荧光标记引物序列是指在引物序列上加入荧光标记分子，用于检测和定量特定基因的表达水平。

常用的荧光标记引物序列包括荧光探针和荧光引物。

荧光标记引物序列可以通过荧光定量PCR或原位杂交等技术进行检测。

5. 反向引物序列反向引物序列是指用于反转录PCR实验的引物序列。

反转录PCR是一种将RNA转录成cDNA的技术，常用于研究基因的表达调控和mRNA的定量分析。

反向引物序列通常与反向转录酶结合，将RNA逆转录成cDNA，并通过PCR扩增特定基因的cDNA片段。

6. 基因特异引物序列基因特异引物序列是指用于特定基因扩增的引物序列。

这些引物序列通常与目标基因的外显子区域相结合，可以选择性地扩增目标基因，从而进行基因型鉴定和基因表达分析。

常用引物序列（分子生物学）序列(5'-3') GGTTACCTTGTTACGACTT AGAGTTTGATCCTGGCTCA GACGCACAATCCCACTATCC AGATGGTGCACGATGCACAG GGCAAATGGCATTCTGACAT TAAGAGTCACTTTAAAATTTGTATAC TACCACTACAATGGATGATG GACTGGTTCCAATTGACAAGC TCATCGGAAGAGAGTAG CCCTCATAGTTAGCGTAACG TACTATTGCCAGCATTGCTGC AACCATCTCGCAAATAAATA ACGCACAGAATCTAGCGCTT TAGAAGGCACAGTCGAGG TTAGGACAAGGCTGGTGG ATAACCCCGCCCCGTTGCGCAAATGGGCGGTAGGCGTG\ATGGGCGGTAGGCGT G TCGTTGGGCGGTCAGC GATTATGCGGCCGTGTACAA GATCTCGACGCTCTCCCT TTGTACACGGCCGCATAATC GTGGTTTGTCCAAACTCATC AGCACCCAGTCCGCCCTGAGC CGTCGCCGTCCAGCTC AACATTTTCGGTTTGTATTACTTC TGTATCTTATGGTACTGTAACTG CTTTATGTTTTTGGCGTCTTCCA GLP4 H1-F\H1 HSVtk-pArev IRES-R ITS4 ITS5 M13-47M13F\TrxReverse\M13-20\M13F-4 0 M13R malE MT-Profor mU6F2(mouse) NL1 NL4 NOSR-primer P1 p10-Profor P2 pBABE3' PBABE5' pBADfw pBADrv\pTrcHis-rv PBV220F pCDNA3.1F pCMV5F pCMV5R PCMV-F PCMV-R GCCCTTCTTAATGTTTTTG TCGCTATGTGTTCTGGGAAAGTCTCCTTCCGTGTTTCAG CCTCACATTGCCAAAAGACG TCCTCCGCTTATTGATATGC GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC TGTAAAACGACGGCCAGT CAGGAAACAGCTATGACC GGTCGTCAGACTGTCGATGAAGCC CATCTCAGTGCAACTAAA TAGTATCCGACGCCGCCATC GCATATCAATAAGCGGAGGAAAAG GGTCCGTGTTTCAAGACGG CGTCCAGCTCCATGTTGC CCAGGCTTTACACTTTATGC CGGACCTTTAATTCAACCC GCGATTAAGTTGGGTAACGC ACCCTAACTGACACACATTCC CTTTATCCAGCCCTCAC CCATAGCATTTTTATCCATAAG ATCTGTATCAGGCTGAAAATC AAGAAGGGCAGCATTCAAAG CTAGAGAACCCACTGCTTAC TTCCAAAATGTCGTAATAAC ATTATAGAGGACACCTAGTC TCTAAAAGCTGCGGAATTGT TCCAAACTCATCAATGTATCpcoldI-R\pCold-SUMO-R pCold-TF-F1 pDBLeu-F pDEST22-F pDEST22-R PDONR-F PDONR-R pDsRED-ex-C1-FPEF-F\EF-1aForward pEGFP-C-3' pEGFP-C-5’ pEGFP-N-3’\EGFP-Nrev pEGFP-N-5'pFastBac-fw pFastBac-R pFastBac-rev pFlag-CMV-F pFlag-CMV-R PGEX-F PGEX-R PH-Profor pIRESrv PJET1.2-F PJET1.2-R pLNCX-F pLXSN-F pLXSN-R pMAL-C2X-FpMAL-C2X-RGGCAGGGATCTTAGATTCTG CCACTTTCAACGAGCTGATGGAATAAGTGCGACATCATCATC TCGATGATGAAGATACCCCACC CTCGACGTCTTACTTACTTAGC TCGCGTTAACGCTAGCATGGATCTC GTAACATCAGAGATTTTGAGACAC TCCCACAACGAGGACTACAC TCAAGCCTCAGACAGTGGTTC TATGGCTGATTATGATCAGT CATGGTCCTGCTGGAGTTCGTG CGTCGCCGTCCAGCTCGACCAG TGGGAGGTCTATATAAGCAGAG GTCCGAAACCATGTCGTAC TGGACAAACCACAACTAGAATG CCTCTACAAATGTGGTATGG GGTAGGCGTGTACGGTGG GCACTGGAGTGGCAACTT GGCAAGCCACGTTTGGTG GAGCTGCATGTGTCAGAGG AAATGATAACCATCTCGC GCCCTAGATGCATGCTCG CGACTCACTATAGGGAGAGCGGC AAGAACATCGATTTTCCATGGCAG AGCTCGTTTAGTGAACCGTCAGATCG CTTGAACCTCCTCGTTCGAC GTTGCTGACTAATTGAGATG TGCGTACTGCGGTGATCAAC CTGCAAGGCGATTAAGTTGGpMAL-C5x-R PPC86-F\pDEST22-F2018 PPC86-R\pDBLeu-R pQE30-F pQE30-R pSHUTTLE-CMV-R pSilencer4.1-F\2.0rev PTRC99C-F PTRC99C-R\PBV220R pYes2.R\CYC1-Terminator RFP-Nrev RV-M RVP3 RVP4 S.tag SeqL-A SeqL-B SP6 SV40 SV40-pArev\pSG5rv T3 T7 T7(17base) T7terU6-promoter(human) v1.5 V5rev WPRE-R XL39\CMV-24 TGTCCTACTCAGGAGAGCGTTCAC TATAACGCGTTTGGAATCACT GTAAATTTCTGGCAAGGTAGAC TGAGCGGATAACAATTTCACGTTCTGAGGTCATTACTGG GTGGTATGGCTGATTATGATCAG AGGCGATTAAGTTGGGTA TTGCGCCGACATCATAAC CTGCGTTCTGATTTAATCTG GCGTGAATGTAAGCGTGAC GTTCACGGTGCCCTCC AGCGGATAACAATTTCACACAGGA CTAGCAAAATAGGCTGTCCC GACGATAGTCATGCCCCGCG GAACGCCAGCACATGGAC GCAGTTCCCTACTCTCGC CATCAGAGATTTTGAGACAC ATTTAGGTGACACTATAG GGAGGCTTTTTTGGAGGC GAAATTTGTGATGCTATTGC ATTAACCCTCACTAAAGGGA TAATACGACTCACTATAGG ACATCCACTTTGCCTTTCTC TGCTAGTTATTGCTCAGCGG CCGTAACTTGAAAGTATTTCG GGACTTTCCAAAATGTCG ATCGAGACCGAGGAGAGG CATAGCGTAAAAGGAGCAACA ATTAGGACAAGGCTGGTGGGITS1TCCGTAGGTGAACCTGCGG。

简并引物设计PCR（聚合酶链反应）是一种基础而重要的技术，在生物学、医学、检测等领域都有着广泛的应用。

然而，PCR技术在实际应用过程中，常常会遇到一些问题，例如引物设计不合理、多重特异性等。

简并引物设计便是为了解决这些问题而产生的技术。

本文将介绍简并引物设计的原理、方法、优缺点及应用。

一、简并引物设计的原理简并引物是一种含有多个碱基的引物，其中每个碱基的位置都可以存在多种可能性。

简并引物的设计原理是根据目标序列的多态性，将可能出现的碱基变异情况考虑在内，从而设计出能够特异性扩增目标序列的引物。

二、简并引物设计的方法简并引物设计可以通过人工设计或计算机辅助设计完成。

1. 人工设计人工设计简并引物需要根据目标序列的多态性情况，逐个考虑每个碱基的变异情况，然后选择合适的碱基组合作为简并引物的设计。

例如，对于一段序列“ATGCTAGC”，在第三个碱基位置上存在两种可能性“A”和“T”，在第七个碱基位置上存在三种可能性“A”、“C”和“G”，则可以设计出两个简并引物：ATGCTAGC和ATGCTAGN。

2. 计算机辅助设计计算机辅助设计可以通过在线工具或软件完成，例如Primer3、Primer-BLAST等。

这些工具可以根据用户输入的目标序列信息和扩增条件，自动生成合适的简并引物设计方案。

三、简并引物设计的优缺点简并引物设计相比于传统引物设计有以下优点：1. 提高特异性简并引物设计可以考虑到目标序列的多态性，从而提高扩增的特异性。

特别是对于高度变异的序列，简并引物设计可以有效地避免非特异性扩增。

2. 减少设计时间传统引物设计需要逐个考虑每个碱基的变异情况，而简并引物设计可以通过在线工具或软件自动生成设计方案，大大减少了设计时间。

3. 降低成本简并引物设计可以减少试验重复次数和材料浪费，从而降低实验成本。

简并引物设计的缺点包括：1. 扩增效率可能降低由于简并引物设计需要考虑目标序列的多态性，因此引物长度可能会增加，扩增效率可能会降低。