度,聚类系数,平均路径长度程序
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复杂网络聚类系数和平均路径长度计算的MATLAB源代码复杂网络的聚类系数和平均路径长度是度量网络结构特征的重要指标。
下面是MATLAB源代码,用于计算复杂网络的聚类系数和平均路径长度。
首先,我们需要定义一个函数,用于计算节点的聚集系数。
这个函数的输入参数是邻接矩阵和节点的索引,输出参数是节点的聚类系数。
```matlabfunction cc = clustering_coefficient(adj_matrix, node_index) neighbors = find(adj_matrix(node_index, :));k = length(neighbors);if k < 2cc = 0;elseconnected_count = 0;for i = 1:k-1for j = i+1:kif adj_matrix(neighbors(i), neighbors(j))connected_count = connected_count + 1;endendendcc = 2 * connected_count / (k * (k - 1));endend```接下来,我们定义一个函数,用于计算整个网络的平均聚合系数。
```matlabfunction avg_cc = average_clustering_coefficient(adj_matrix) n = size(adj_matrix, 1);cc = zeros(n, 1);for i = 1:ncc(i) = clustering_coefficient(adj_matrix, i);endavg_cc = sum(cc) / n;end```然后,我们需要计算网络的平均最短路径长度。
这里我们使用了Floyd算法来计算每对节点之间的最短路径。
```matlabfunction avg_path_length =average_shortest_path_length(adj_matrix)n = size(adj_matrix, 1);dist_matrix =graphallshortestpaths(sparse(double(adj_matrix)));avg_path_length = sum(dist_matrix(:)) / (n^2 - n);end```最后,我们可以使用这些函数来计算一个复杂网络的聚类系数和平均路径长度。
加权聚类系数和加权平均路径长度matlab代码(实用版)目录1.引言2.加权聚类系数和加权平均路径长度的定义和意义3.Matlab 代码实现4.结论正文一、引言在网络科学中,聚类系数和平均路径长度是两个重要的参数,用于描述网络的结构特性。
加权聚类系数和加权平均路径长度是在此基础上,对这两个参数进行加权处理,使得分析结果更加精确。
本文将介绍如何使用Matlab 代码实现加权聚类系数和加权平均路径长度的计算。
二、加权聚类系数和加权平均路径长度的定义和意义1.加权聚类系数加权聚类系数是用来衡量网络中节点之间联系紧密程度的参数。
其计算公式为:加权聚类系数 = (∑(权重^2)) / (∑(权重))其中,权重代表连接两个节点的边的权重。
2.加权平均路径长度加权平均路径长度是用来衡量网络中节点之间平均距离的参数。
其计算公式为:加权平均路径长度 = ∑(路径长度 * 权重) / ∑(权重)其中,路径长度代表从源节点到目标节点经过的边的权重之和,权重代表连接两个节点的边的权重。
三、Matlab 代码实现假设我们有一个邻接矩阵表示的网络,邻接矩阵如下:```A = [0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0];```我们可以使用以下 Matlab 代码实现加权聚类系数和加权平均路径长度的计算:```matlab% 邻接矩阵A = [0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0];% 计算加权聚类系数weight = A; % 假设权重与邻接矩阵相同clustering_coefficient = sum(weight.^2) / sum(weight);% 计算加权平均路径长度path_length = sum(sum(weight, 2) * weight) / sum(weight);```四、结论通过 Matlab 代码,我们可以方便地实现加权聚类系数和加权平均路径长度的计算。
复杂网络中的拓扑学与结构分析复杂网络进入我们的生活已经很长时间了,我们在平日里上网、聊天、购物、搜索等活动都是在复杂网络上进行的。
除此之外,复杂网络还应用在了医学、社会学等领域中,帮助我们更好地理解和分析复杂的数据关系,进而做出更好的决策和预测。
其中,拓扑学和结构分析是复杂网络中的重要组成部分。
拓扑学是研究几何学形状不变性质的数学分支,而在复杂网络中,拓扑学则是研究网络的形态和关系的学科,其主要研究的是节点之间连接的拓扑模式、度分布以及路径长度等。
在网络拓扑结构分析中,主要考虑的指标有度、度分布、平均路径长度、聚类系数、介数中心性和接近中心性等。
首先,节点的度是指连接该节点的边数,度可以体现节点的重要性和相对地位。
在复杂网络中,大部分节点度数相对较小,而只有少数节点度数较大,这就形成了度分布的特征,度分布的特征可以说明网络的规模、密度和结构特征等。
例如,社交网络中用户的朋友圈往往是以少部分用户连接大量节点的方式构成,而绝大部分用户则是连接较少节点的小数节点。
这种小世界现象可以大大提高信息分享效率和节点间的紧密程度。
其次,平均路径长度是指网络中任意两个节点之间的最短距离,计算平均路径长度可以评估网络的紧密程度和信息传输效率。
在互联网中,通过DNS服务器的域名解析可以实现跨域名的访问,这就是利用了互联网中大量的中继节点来快速传输信息。
DNS服务器相当于一个分布式的信息寻址系统,将域名转化为IP地址,起到了重要的作用。
第三,聚类系数是指网络中某个节点及其相邻节点之间实际连接的边数与理论最多连接边数之比,可以衡量节点周围的互连程度。
例如,社交网络中朋友间彼此认识的概率比较大,也就是说网络中的社群现象很常见,聚类系数也反映了网络中社群的形成程度。
在生物学中,聚类系数可以用来衡量某个蛋白质分子在整个蛋白质网络中的作用和分布情况。
第四,介数中心性是指网络中某个节点对其他节点之间传递信息的控制程度,介数中心性高的节点会极大影响信息传递过程的效率和稳定性。
复杂网络聚类系数和平均路径长度计算的MA TLAB源代码申明:文章来自百度用户carrot_hy复杂网络的代码总共是三个m文件,复制如下:第一个文件,CCM_ClusteringCoef.mfunction [Cp_Global, Cp_Nodal] = CCM_ClusteringCoef(gMatrix, Types)% CCM_ClusteringCoef calculates clustering coefficients.% Input:% gMatrix adjacency matrix% Types type of graph:'binary','weighted','directed','all'(default). % Usage:% [Cp_Global, Cp_Nodal] = CCM_ClusteringCoef(gMatrix, Types)returns% clustering coefficients for all nodes "Cp_Nodal" and average clustering% coefficient of network "Cp_Global".% Example:% G = CCM_testGraph1('nograph');% [Cp_Global, Cp_Nodal] = CCM_ClusteringCoef(G);% Note:% 1) one node have vaule 0, while which only has a neighbour or none.% 2) The dircted network termed triplets that fulfill the follow condition % as non-vacuous: j->i->k and k->i-j,if don't satisfy with that as% vacuous, just like: j->i,k->i and i->j,i->k. and the closed triplets% only j->i->k == j->k and k->i->j == k->j.% 3) 'ALL' type network code from Mika Rubinov's BCT toolkit.% Refer:% [1] Barrat et al. (2004) The architecture of the complex weighted networks. % [2] Wasserman,S.,Faust,K.(1994) Social Network Analysis: Methods and% Applications.% [3] Tore Opsahl and Pietro Panzarasa (2009). "Clustering in Weighted% Networks". Social Networks31(2).% See also CCM_Transitivity% Written by Yong Liu, Oct,2007% Center for Computational Medicine (CCM),% National Laboratory of Pattern Recognition (NLPR),% Institute of Automation,Chinese Academy of Sciences (IACAS), China.% Revise by Hu Yong, Nov, 2010% E-mail:% based on Matlab 2006a% $Revision: 1.0, Copywrite (c) 2007error(nargchk(1,2,nargin,'struct'));if(nargin < 2), Types = 'all'; endN = length(gMatrix);gMatrix(1:(N+1):end) = 0;%Clear self-edgesCp_Nodal = zeros(N,1); %Preallocateswitch(upper(Types))case 'BINARY'%Binary networkgMatrix = double(gMatrix > 0);%Ensure binary networkfor i = 1:Nneighbor = (gMatrix(i,:) > 0);Num = sum(neighbor);%number of neighbor nodestemp = gMatrix(neighbor, neighbor);if(Num > 1), Cp_Nodal(i) = sum(temp(:))/Num/(Num-1); end endcase 'WEIGHTED'% Weighted network -- arithmetic meanfor i = 1:Nneighbor = (gMatrix(i,:) > 0);n_weight = gMatrix(i,neighbor);Si = sum(n_weight);Num = sum(neighbor);if(Num > 1),n_weight = ones(Num,1)*n_weight;n_weight = n_weight + n_weight';n_weight = n_weight.*(gMatrix(neighbor, neighbor) > 0); Cp_Nodal(i) = sum(n_weight(:))/(2*Si*(Num-1));endend%case 'WEIGHTED'% Weighted network -- geometric mean% A = (gMatrix~= 0);% G3 = diag((gMatrix.^(1/3) )^3);)% A(A == 0) = inf; %close-triplet no exist,let CpNode=0 (A=inf)% CpNode = G3./(A.*(A-1));case 'DIRECTED', % Directed networkfor i = 1:Ninset = (gMatrix(:,i) > 0); %in-nodes setoutset = (gMatrix(i,:) > 0)'; %out-nodes setif(any(inset & outset))allset = and(inset, outset);% Ensure aji*aik > 0,j belongs to inset,and k belongs to outset total = sum(inset)*sum(outset) - sum(allset);tri = sum(sum(gMatrix(inset, outset)));Cp_Nodal(i) = tri./total;endend%case 'DIRECTED', % Directed network -- clarity format (from Mika Rubinov, UNSW) % G = gMatrix + gMatrix'; %symmetrized% D = sum(G,2); %total degree% g3 = diag(G^3)/2; %number of triplet% D(g3 == 0) = inf; %3-cycles no exist,let Cp=0% c3 = D.*(D-1) - 2*diag(gMatrix^2); %number of all possible 3-cycles% Cp_Nodal = g3./c3;%Note: Directed & weighted network (from Mika Rubinov)case 'ALL',%All typeA = (gMatrix~= 0); %adjacency matrixG = gMatrix.^(1/3) + (gMatrix.').^(1/3);D = sum(A + A.',2); %total degreeg3 = diag(G^3)/2; %number of tripletD(g3 == 0) = inf; %3-cycles no exist,let Cp=0c3 = D.*(D-1) - 2*diag(A^2);Cp_Nodal = g3./c3;otherwise,%Eorr Msgerror('Type only four: "Binary","Weighted","Directed",and "All"');endCp_Global =sum(Cp_Nodal)/N;%%第二个文件:CCM_AvgShortestPath.mfunction [D_Global, D_Nodal] = CCM_AvgShortestPath(gMatrix, s, t)% CCM_AvgShortestPath generates the shortest distance matrix of source nodes % indice s to the target nodes indice t.% Input:% gMatrix symmetry binary connect matrix or weighted connect matrix % s source nodes, default is 1:N% t target nodes, default is 1:N% Usage:% [D_Global, D_Nodal] = CCM_AvgShortestPath(gMatrix) returns the mean% shortest-path length of whole network D_Global,and the mean shortest-path % length of each node in the network% Example:% G = CCM_TestGraph1('nograph');% [D_Global, D_Nodal] = CCM_AvgShortestPath(G);% See also dijk, MEAN, SUM% Written by Yong Liu, Oct,2007% Modified by Hu Yong, Nov 2010% Center for Computational Medicine (CCM),% Based on Matlab 2008a% $Revision: 1.0, Copywrite (c) 2007% ###### Input check #########error(nargchk(1,3,nargin,'struct'));N = length(gMatrix);if(nargin < 2 | isempty(s)), s = (1:N)';else s = s(:); endif(nargin < 3 | isempty(t)), t = (1:N)';else t = t(:); end% Calculate the shortest-path from s to all nodeD = dijk(gMatrix,s);%D(isinf(D)) = 0;D = D(:,t); %To target nodesD_Nodal = (sum(D,2)./sum(D>0,2));% D_Nodal(isnan(D_Nodal)) = [];D_Global = mean(D_Nodal);第三个文件: dijk.mfunction D = dijk(A,s,t)%DIJK Shortest paths from nodes 's' to nodes 't' using Dijkstra algorithm.% D = dijk(A,s,t)% A = n x n node-node weighted adjacency matrix of arc lengths% (Note: A(i,j) = 0 => Arc (i,j) does not exist;% A(i,j) = NaN => Arc (i,j) exists with 0 weight)% s = FROM node indices% = [] (default), paths from all nodes% t = TO node indices% = [] (default), paths to all nodes% D = |s| x |t| matrix of shortest path distances from 's' to 't' % = [D(i,j)], where D(i,j) = distance from node 'i' to node 'j'%% (If A is a triangular matrix, then computationally intensive node% selection step not needed since graph is acyclic (triangularityis a% sufficient, but not a necessary, condition for a graph to be acyclic)% and A can have non-negative elements)%% (If |s| >> |t|, then DIJK is faster if DIJK(A',t,s) used, where D is now% transposed and P now represents successor indices)%% (Based on Fig. 4.6 in Ahuja, Magnanti, and Orlin, Network Flows,% Prentice-Hall, 1993, p. 109.)% Copyright (c) 1998-2000 by Michael G. Kay% Matlog Version 1.3 29-Aug-2000%% Modified by JBT, Dec 2000, to delete paths% Input Error Checking******************************************************error(nargchk(1,3,nargin,'struct'));[n,cA] = size(A);if nargin < 2 | isempty(s), s = (1:n)'; else s = s(:); end if nargin < 3 | isempty(t), t = (1:n)'; else t = t(:); end if ~any(any(tril(A) ~= 0)) % A is upper triangularisAcyclic = 1;elseif ~any(any(triu(A) ~= 0)) % A is lower triangularisAcyclic = 2;else % Graph may not be acyclicisAcyclic = 0;endif n ~= cAerror('A must be a square matrix');elseif ~isAcyclic & any(any(A < 0))error('A must be non-negative');elseif any(s < 1 | s > n)error(['''s'' must be an integer between 1 and ',num2str(n)]);elseif any(t < 1 | t > n)error(['''t'' must be an integer between 1 and ',num2str(n)]);end% End (Input Error Checking)************************************************ A = A'; % Use transpose to speed-up FIND for sparse AD = zeros(length(s),length(t));P = zeros(length(s),n);for i = 1:length(s)j = s(i);Di = Inf*ones(n,1); Di(j) = 0;isLab = logical(zeros(length(t),1)); if isAcyclic == 1nLab = j - 1;elseif isAcyclic == 2nLab = n - j;elsenLab = 0;UnLab = 1:n;isUnLab = logical(ones(n,1));endwhile nLab < n & ~all(isLab)if isAcyclicDj = Di(j);else % Node selection[Dj,jj] = min(Di(isUnLab));j = UnLab(jj);UnLab(jj) = [];isUnLab(j) = 0;endnLab = nLab + 1;if length(t) < n, isLab = isLab | (j == t); end[jA,kA,Aj] = find(A(:,j));Aj(isnan(Aj)) = 0;if isempty(Aj), Dk = Inf; else Dk = Dj + Aj; endP(i,jA(Dk < Di(jA))) = j;Di(jA) = min(Di(jA),Dk);if isAcyclic == 1 % Increment node index for upper triangular Aj = j + 1;elseif isAcyclic == 2 % Decrement node index for lower triangular A j = j - 1;end%disp( num2str( nLab ));endD(i,:) = Di(t)';end。
复杂网络课程设计一、课程目标知识目标:1. 理解复杂网络的定义、特点及基本概念,掌握网络科学的基本原理;2. 学习复杂网络中的度、聚类系数、路径长度等基本统计量,并了解其现实意义;3. 了解复杂网络的分类,如规则网络、随机网络、小世界网络和无标度网络等,并分析其特点。
技能目标:1. 能够运用复杂网络的建模方法,构建简单的网络模型;2. 学会运用网络分析软件,对实际网络数据进行处理和分析;3. 能够运用所学知识解释现实生活中的网络现象,提高解决问题的能力。
情感态度价值观目标:1. 培养学生对复杂网络科学的学习兴趣,激发探索精神;2. 培养学生具备合作、分享的团队精神,增强人际交往能力;3. 引导学生关注复杂网络在生活中的应用,提高对科学技术的认识,培养创新意识。
课程性质:本课程属于选修课,旨在帮助学生拓展知识面,提高解决实际问题的能力。
学生特点:高中生,具有一定的数学基础和逻辑思维能力,对新鲜事物充满好奇心。
教学要求:结合实际案例,注重理论与实践相结合,提高学生的动手操作能力和创新能力。
通过本课程的学习,使学生能够掌握复杂网络的基本知识,具备网络分析的基本技能,并在情感态度价值观方面得到提升。
二、教学内容1. 复杂网络基本概念- 网络的定义与构成要素- 网络科学的发展历程与现状2. 复杂网络的统计量- 度、度分布、平均度- 聚类系数、路径长度、连通度3. 复杂网络的分类与特点- 规则网络、随机网络、小世界网络- 无标度网络、层次网络、动态网络4. 复杂网络建模方法- ER随机网络模型- WS小世界网络模型- BA无标度网络模型5. 复杂网络分析软件与应用- Gephi、Cytoscape等软件的使用方法- 实际网络数据的处理与分析6. 复杂网络在现实生活中的应用- 社交网络、交通网络、生物网络等- 网络科学在疫情防控、城市规划等领域的应用教学内容安排与进度:第1-2周:复杂网络基本概念与统计量第3-4周:复杂网络的分类与特点第5-6周:复杂网络建模方法第7-8周:复杂网络分析软件与应用第9-10周:复杂网络在现实生活中的应用本教学内容参考教材相关章节,结合课程目标,注重理论与实践相结合,旨在帮助学生系统地掌握复杂网络的基本知识,培养学生的网络分析与创新能力。
加权聚类系数和加权平均路径长度matlab代码加权聚类系数和加权平均路径长度是图论中一对重要的指标,用于评价网络图中节点之间的连接密度和通信效率。
在本文中,我将重点介绍加权聚类系数和加权平均路径长度的概念,并提供相应的Matlab代码来计算这些指标。
1. 加权聚类系数加权聚类系数是一种度量网络图中节点局部连接密度的指标。
对于一个节点而言,它的聚类系数定义为该节点的邻居节点之间实际存在的边数与可能存在的边数的比值。
在加权网络图中,我们需要考虑边的权重。
对于给定的节点i,其邻居节点集合定义为Ni,该节点的聚类系数Ci可以通过以下步骤计算得到:1. 对于节点i的每对邻居节点j和k,计算其边的权重wij和wik。
2. 对于每对邻居节点j和k,计算其边的权重的乘积相加,即sum =Σ(wij * wik)。
3. 计算节点i的邻居节点之间可能的边数,即possible_edges = (|Ni| * (|Ni| - 1)) / 2。
4. 计算节点i的加权聚类系数Ci = 2 * sum / possible_edges。
下面是使用Matlab实现计算加权聚类系数的代码:```matlabfunction weighted_clustering_coefficient =compute_weighted_clustering_coefficient(adjacency_matrix) num_nodes = size(adjacency_matrix, 1);weighted_clustering_coefficient = zeros(num_nodes, 1);for i = 1:num_nodesneighbors = find(adjacency_matrix(i, :) > 0);num_neighbors = length(neighbors);if num_neighbors >= 2weights = adjacency_matrix(i, neighbors);weighted_sum = 0;for j = 1:num_neighbors-1for k = j+1:num_neighborsweighted_sum = weighted_sum + (weights(j) * weights(k));endendpossible_edges = (num_neighbors * (num_neighbors - 1)) / 2;weighted_clustering_coefficient(i) = 2 * weighted_sum / possible_edges;endendend```在上述代码中,我们首先根据给定的邻接矩阵的大小确定节点数量。
复杂网络的拓扑结构研究及其应用中文快速迭代的背后,是复杂网络的支持和优化。
而学术界研究复杂网络已经有了几十年的历史,复杂网络研究的拓扑结构成为推动信息社会最重要的理论基础之一。
一、复杂网络的拓扑结构研究复杂网络的拓扑结构是复杂网络理论研究的核心,其主要研究内容包括网络的度分布、聚类系数、平均路径长度等等。
在网络上,节点与节点之间存在不同的连接方式,这些连接就构成了网络的拓扑结构。
1.1 度分布网络中节点度数与其连接数的分布称为度分布。
度分布满足的重要规律是幂律分布。
就是指网络中绝大多数的节点度数很小,而少数节点可拥有极大的度数。
例如:在社交网络里,绝大多数用户的朋友在50人左右,但是一些名人可有数百万位粉丝。
1.2 聚类系数网络上任意两个节点连接方向是没有高低之分的,但不是每个节点的朋友都对其他朋友有影响。
对于一些大网络来说,同城的朋友很可能也是朋友,而这种情况在社交网络中尤其明显。
聚类系数就是为了评估这种情况而提出的概念。
聚类系数量化了节点的相邻节点之间的相互链接程度。
如果一个节点的两个邻居之间也有连接,那么它们之间就形成一个三角形。
聚类系数是指邻居之间三角形的数量与所有可能形成三角形的数量之比。
1.3 平均路径长度平均路径长度是指网络上所有节点对之间的平均距离。
从一点到另一点的距离,可以理解为在两点之间移动的步数。
想象一下人类的社交圈,从恩人到某一位陌生人,需要连接多少个"朋友",这就是这个社交网络的平均路径长度。
而现实中的大型复杂网络,如社交网络或者互联网,所包含的节点数已经超过了10个亿,标准程序和算法不再适用。
因此,我们需要进行大规模的负载均衡、优化算法,从而爆炸式提高计算速度。
二、复杂网络的应用复杂网络拓扑结构的研究和分析不仅在理论研究方面有着重要的价值,而且其在实际应用中也有着广泛的用途。
比如,复杂网络的应用包括社交网络、物联网、电子商务、系统生物学等等多个领域。
节点度(degree)、度分布(degree distribution). 度是对节点互相连接统计特性最重要的描述, 也反映重要的网络演化特性. 度k 定义为与节点直接相连的边数. 节点的度越大则该节点的连接就越多, 节点在网络中的地位也就越重要. 度分布P(k)是网络最基本的一个拓扑性质, 它表示在网络中等概率随机选取的节点度值正好为k 的概率, 实际分析中一般用网络中度值为k 的节点占总节点数的比例近似表示. 拥有不同度分布形式的网络在面对网络攻击时会表现出截然不同的网络行为.集群系数(clustering coefficient).或称聚类系数.集群系数衡量的是网络的集团化程度, 是度量网络的另一个重要参数, 表示某一节点i 的邻居间互为邻居的可能. 节点i 的集群系数C i 的值等于该节点邻居间实际连接的边的数目(e i)与可能的最大连接边数(k i(k i–1)/2)的比值(图1(a)), 即网络中所有节点集群系数的平均值为网络的集群系数, 即易知0≤C≤1. 由于集群系数只考虑了邻居节点间的直接连接, 后来有人提出局部效率(local efficiency) E loc 的概念. 任意节点i 的局部效率为其中, G i 指节点i 的邻居所构成的子图, l jk 表示节点j,k 之间的最短路径长度(即边数最少的一条通路). 网络的局部效率为所有节点的局部效率的平均, 即集群系数和局部效率度量了网络的局部信息传输能力, 也在一定程度上反映了网络防御随机攻击的能力.最短路径长度(shortest path length).最短路径对网络的信息传输起着重要的作用, 是描述网络内部结构非常重要的一个参数. 最短路径刻画了网络中某一节点的信息到达另一节点的最优路径,通过最短路径可以更快地传输信息, 从而节省系统资源. 两个节点i,j 之间边数最少的一条通路称为此两点之间的最短路径, 该通路所经过的边的数目即为节点i,j 之间的最短路径长度, l ij (图1(b)). 网络最短路径长度L 描述了网络中任意两个节点间的最短路径长度的平均值.通常最短路径长度要在某一个连通图中进行运算, 因为如果网络中存在不连通的节点会导致这两个节点间的最短路径长度值为无穷. 因此有人提出了全局效率(global efficiency)E glob的概念.最短路径长度和全局效率度量了网络的全局传输能力. 最短路径长度越短, 网络全局效率越高, 则网络节点间传递信息的速率就越快.中心度(centrality). 中心度是一个用来刻画网络中节点作用和地位的统计指标, 中心度最大的节点被认为是网络中的核心节点(hub). 最常用的度中心度(degree centrality)以节点度刻画其在网络中的中心程度, 而介数中心度(betweenness centrality)则从信息流的角度出发定义节点的中心程度. 对于网络G 中的任意一点i, 其介数中心度的计算公式如下:其中σjk 是从节点j 到节点k 的所有最短路径的数量,σjk(i)是这些最短路径中通过节点i 的数量.“小世界”网络. 研究表明, 规则网络具有较高的集群系数和较长的最短路径长度, 与此相反,随机网络拥有较低的集群系数和较短的最短路径长度. 兼具高集群系数和最短路径长度的网络称为“小世界”网络. 将随机网络作为基准,如果所研究网络相对于随机网络具有较大的集群系数和近似的最短路径长度, 即γ = C real/C random>> 1, λ= L real/L random ~ 1 (其中脚标random 表示随机网络,real 表示真实网络), 则该网络属于“小世界”网络范畴.σ =γ /λ来衡量“小世界”特性, 当σ>1 时网络具有“小世界”属性, 且σ越大网络的“小世界”属性越强.概念:小世界网络( small-world network)无标度网络( scale-free network)随机网络( random network)规则网络( regular network)无向网络( undirected network)加权网络( weighted network)图论( Graph theory)邻接矩阵( adjacency matrix)结构性脑网络( structural brain networks 或anatomical brain networks) 功能性脑网络( functional brain networks)因效性脑网络( effective brain networks)感兴趣脑区( region of interest,ROI)血氧水平依赖( BOLD,blood oxygenation level depended)体素( voxel)自发低频震荡( spontaneous low-frequency fluctuations,LFF)默认功能网络( default mode network,DMN)大范围皮层网络( Large-scale cortical network)效应连接(effective connectivity)网络分析工具箱(Graph Analysis Toolbox,GAT)自动解剖模板(automatic anatomical template,AAL)技术:脑电图(electroencephalogram, EEG)脑磁图(magnetoencephalogram, MEG)功能磁共振成像(Functional magnetic resonance imaging, fMRI)弥散张量成像(Diffusion Tensor Imaging, DTI)弥散谱成像( diffusion spectrum imaging ,DSI)细胞结构量化映射( quantitative cytoarchitecture mapping)正电子发射断层扫描(PET, positron emisson tomography)精神疾病:老年痴呆症( Alzheimer’ s disease,AD)癫痫( epilepsy)精神分裂症( Schizophrenia)抑郁症( major depression)单侧注意缺失( Unilateral Neglect)轻度认知障碍(mild cognitive impairment, MCI)正常对照组(normal control, NC)指标:边( link,edge)节点(vertex 或node)节点度(degree)区域核心节点(provincial hub)度分布(degree distribution)节点强度( node strength)最短路径长度(shortest path length)特征路径长度( characteristic path length)聚类系数( clustering coefficient)中心度(centrality)度中心度(degree centrality)介数中心度( betweenness centrality)连接中枢点( connector hub)局部效率(local efficiency)全局效率( global efficiency)相位同步( phase synchronization)连接密度(connection density/cost)方法:互相关分析( cross-correlation analysis)因果关系分析( Causality analysis)直接传递函数分析( Directed Transfer Function,DTF)部分定向相干分析( Partial Directed Coherence,PDC)多变量自回归建模( multivariate autoregressive model,MV AR) 独立成分分析( independent component analysis,ICA)同步似然性(synchronization likelihood, SL)结构方程建模(structural equation modeling, SEM)动态因果建模(dynamic causal modeling, DCM)心理生理交互作用模型(Psychophysiological interaction model) 非度量多维定标(non-metric multidimensional scaling)体素形态学(voxel-based morphometry, VBM)统计参数映射(statistical parametric mapping,SPM)皮尔逊相关系数(Pearson correlation)偏相关系数(Partial correlation)脑区:楔前叶( precuneus)后扣带回( posterior cingulated cortex,PCC)腹侧前扣带回( ventral anterior cingulated cortex,vACC)前额中分( medial prefrontal cortex,MPFC)额叶眼动区( the frontal eye field,FEF)副视区( the supplementary eye field,SEF)顶上小叶( the superior parietal lobule,SPL)顶内沟( the intraparietal sulcus,IPS)。
子群网络结构指标常用的子群网络结构指标包括:密度(Density)、直径(Diameter)、平均路径长度(Average Path Length)、聚类系数(Clustering Coefficient)、模块度(Modularity)等。
2. 直径(Diameter):直径是指网络中任意两个节点之间的最短路径长度的最大值。
直径反映了网络中信息传播或节点互动的最远距离,是描述网络中节点之间距离的指标。
直径的计算需要通过广度优先算法等方法,在网络中找到任意两个节点之间的最短路径。
直径的取值范围为正整数,直径越小表示网络中节点之间的距离越近。
3. 平均路径长度(Average Path Length):平均路径长度是指网络中任意两个节点之间的平均最短路径长度。
它反映了网络中节点之间的平均距离,是描述网络中信息传播或节点互动效率的指标。
平均路径长度的计算公式为:L = Σd(i,j) / (N(N-1)),其中d(i,j)表示节点i和节点j之间的最短路径长度。
平均路径长度的取值范围为正实数,平均路径长度越小表示网络中节点之间的距离越近。
5. 模块度(Modularity):模块度是用来评估网络中子群结构的一个指标,用来衡量网络中实际连接数量与随机连接数量之差。
模块度可以用来揭示网络中的社团结构和功能模式,是描述网络组织的重要指标。
模块度的计算公式为:Q = (1/2E) * Σ(A(i,j) - k(i)k(j) / 2E) *δ(c(i), c(j)),其中E是网络中实际存在的连接数量,A(i,j)表示节点i和节点j之间是否存在连接,k(i)和k(j)表示节点i和节点j的度数,c(i)和c(j)表示节点i和节点j所属的社团。
模块度的取值范围为[-1, 1],模块度越大表示网络中具有明显的社团结构。
一.复杂网络简介结构决定功能是系统科学的基本观点,如果我们将系统内部的各个元素作为节点,元素之间的关系视为连接,那么系统就构成了一个网络。
例如神经系统可以看作大量神经细胞通过神经纤维相互连接形成的网络,计算机网络可以看作是计算机通过通信介质如光缆、双绞线、同轴电缆等相互连接形成的网络,类似的还有电力网络、社会关系网络、交通网络等等.强调系统的结构并从结构角度分析系统的功能正是复杂网络的研究思路,所不同的是这些抽象出来的真实网络的拓扑结构性质不同于以前研究的网络,且节点众多/故称其为复杂网络。
复杂网络的研究可以简单概括为三方面密切相关却又依次深入的内容,通过实证方法度量网络的统计性质,构建相应的网络模型来理解这些统计性质何以如此,在已知网络结构特征及其形成规则的基础上,预测网络系统的行为。
二.复杂网络的统计性质用网络的观点描述客观世界起源于德国数学家Eular 解决哥尼斯堡七桥问题。
复杂网络研究的不同之处在于首先从统计角度考察网络中大规模节点及其连接之间的性质,这些性质的不同意味着不同的网络内部结构,而网络内部结构的不同导致系统功能有所差异。
所以对这些统计性质的描述和理解是我们进行复杂网络相关研究的第一步。
一般来说,按照是否考虑节点中的相互作用的方向性,可以把网络分为无向网络和有向网络;按照是否考虑节点间的作用强度可以分为无权网络和加权网络。
本文介绍的由脑电信号构造的复杂网络的基本概念主要是针对无向无权网路的。
1. 节点的度和度分布一个节点的度就是与相连的边的条数,用邻接矩阵来表示即为i ij j Nk a ∈=∑2. 对于有向网络。
节点的度还细分为入读和出度,节点的总度为入读和出度之和。
3. 在网络中,刻画一个节点的特征的最简单同时也是最重要的概念就是度,一个节点i 的度i k 定义为与它连接的边数目。
在网络中,节点的度越大,表明它在网络中的重要性越高,反之亦然。
数学上,网络节点的度分布可以用一个分布函数 ()P k 来描述:()k P k =∀度等于的节点数(正整数k )节点总数设节点总数为N ,边总数为W ,则由于每个节点的度最少为l 、最多为1N -,易知度分布存在下列关系11()1N k P k -==∑对于在全局耦合的网络中,所有节点都和其他节点连接,每个节点所连接的边数都相等,因此节点的度分布比较简单,就是一个Delta 函数。
复杂网络结构及其动力学特征研究随着互联网的普及和信息技术的发展,复杂网络已成为研究的热点领域之一。
复杂网络是由大量节点和边组成的网络结构,它可以用来描述社交网络、生物网络、交通网络等各种复杂系统,是人们对自然和人类社会现象的表征方式之一。
复杂网络的结构特征复杂网络的结构特征很多,但是最常见的是度分布、聚类系数、平均路径长度和模块度。
- 度分布:度是指一个节点有多少个邻居。
度分布描述了每个度值出现的频率,它是网络中重要的统计量之一。
在社交网络中,节点的度代表了该节点的影响力。
- 聚类系数:聚类系数描述了节点周围的邻居之间相互连接的强度。
在社交网络中,聚类系数越高,意味着一个人的朋友圈子更为紧密。
- 平均路径长度:平均路径长度是指网络中任意两个节点之间最短路径的平均长度。
在社交网络中,平均路径长度越短,表示人与人之间更为紧密联系。
- 模块度:模块度指网络中节点分布的不均匀性。
在社交网络中,模块度代表了社群结构的分布情况。
以上这些结构特征可以量化地表征复杂网络的结构,它们是研究网络动力学特征的重要前提。
复杂网络的动力学特征复杂网络的动力学特征包括同步、吸引子、震荡等。
- 同步:同步指网络中节点之间输出的数据达到一致,是复杂网络中最为重要的动力学特征之一。
同步现象在生物学、物理学以及社会科学等领域都有应用。
- 吸引子:吸引子指网络中的节点在演化过程中的稳定状态,是研究网络演化过程的重要方法。
吸引子一般是一组满足某些条件的节点状态。
- 震荡:震荡指网络中节点的输出数据在时间上存在周期性变化。
年轻人之间的交友网络常常表现出周期性的震荡,比如流行单曲的口碑传播现象。
复杂网络的应用复杂网络的研究涉及到生物学、物理学、数学、社会学等多个领域,应用广泛。
例如在生物学领域,研究神经元组成的复杂网络结构,可以模拟出人脑的信息传输过程,从而帮助研究人类智力的产生和发挥。
在物理学领域,研究微小颗粒之间的网络结构,可以模拟出粒子之间的碰撞过程,从而帮助人们更好地了解物理学中的基本粒子。
基于复杂网络的物流网络优化研究随着物质生产和社会经济的发展,物流系统变得越来越复杂,物流网络的优化问题也变得越来越重要。
复杂网络理论可以作为一种有效的工具来研究物流网络的管理和优化。
本文将介绍基于复杂网络的物流网络优化研究的相关理论、方法和应用。
一、复杂网络的基本概念和理论复杂网络是由许多个体(节点)互相交换信息和资源而形成的复杂系统,这些节点之间的关系是复杂多样的,包括直接联系和间接联系。
复杂网络分为很多类型,比如小世界网络、无标度网络、随机网络等。
在复杂网络理论中,有一些基本的概念和指标。
1. 节点度数:指与节点直接相连的节点数。
节点度数反映了一个节点在网络中的连接紧密度,如果一个节点的度数很高,说明它在网络中具有广泛的联系。
2. 平均路径长度:指网络中任意两个节点之间的最短距离的平均值。
平均路径长度反映了网络中信息传递的效率和速度。
当平均路径长度较短时,信息可以更快地传递。
3. 聚类系数:指节点的邻居之间互相连通的程度。
聚类系数反映了网络中节点之间交互的密切程度。
聚类系数高的节点说明这个节点周围节点互相之间联系比较紧密。
二、基于复杂网络的物流网络优化研究1. 物流网络模型的构建在复杂网络研究中,物流网络可以看作是由节点和边组成的图形结构,节点表示物流节点,边表示物流流向。
实际物流网络是非常复杂的,包括多个单元、不同的运输方式以及供应链与销售渠道上的多个节点等等,对于这种网络,我们可以使用一些模型来简化它,比如随机网络模型、小世界网络模型、无标度网络模型等等。
2. 物流网络的优化策略基于复杂网络理论,我们可以制定一些优化策略来提高物流网络的效率和稳定性。
例如:(1)改变节点度数分布:通过增加节点的度数,增加与其他节点的直接连接,改善物流网络中信息传递的效率。
(2)优化路径选择:通过寻找最短路径或最优路径,达到物流网络中信息传递的速度最大化,物流成本最小化的优化目标。
(3)加强节点之间的联系:通过增强节点之间的联系,提高物流网络的密度和聚类系数,从而加强物流节点之间的协同和互操作性,降低物流成本和失误率。
一、实验目的1. 熟悉复杂网络的拓扑结构及其特点。
2. 掌握复杂网络的基本分析方法。
3. 理解复杂网络在现实世界中的应用。
4. 提高网络实验操作技能。
二、实验原理复杂网络是由大量节点和连接组成的网络,具有高度的非线性、自组织、无标度等特性。
本实验以复杂网络的基本理论为基础,通过构建和模拟复杂网络,分析其拓扑结构、演化规律和功能特性。
三、实验内容1. 复杂网络的构建(1)选择合适的网络模型,如无标度网络、小世界网络等。
(2)根据实验需求,设置网络参数,如节点数量、连接概率等。
(3)利用网络构建工具,如NetLogo、Gephi等,生成复杂网络。
2. 复杂网络的拓扑分析(1)计算网络的基本拓扑参数,如度分布、聚类系数、平均路径长度等。
(2)分析网络的拓扑结构,如网络连通性、模块化等。
(3)比较不同网络模型的特点和差异。
3. 复杂网络的演化分析(1)研究网络节点的加入和删除过程,分析网络演化规律。
(2)研究网络连接的动态变化,分析网络演化过程中的特征。
(3)研究网络功能的演化,如网络社区的演化、网络拓扑结构的演化等。
4. 复杂网络的功能分析(1)分析网络节点的功能,如中心节点、边缘节点等。
(2)分析网络的传输性能,如信息传播速度、路由选择等。
(3)研究网络的安全性能,如攻击者入侵、病毒传播等。
四、实验步骤1. 安装实验软件,如NetLogo、Gephi等。
2. 构建复杂网络,选择合适的网络模型和参数。
3. 利用实验软件进行网络拓扑分析和演化分析。
4. 分析网络的功能特性,如节点功能、传输性能、安全性能等。
5. 撰写实验报告,总结实验结果和心得体会。
五、实验结果与分析1. 复杂网络的拓扑结构通过实验,我们得到了不同网络模型的拓扑结构,如无标度网络、小世界网络等。
结果表明,无标度网络具有高度的非线性、自组织特性,而小世界网络则具有较小的平均路径长度和较高的聚类系数。
2. 复杂网络的演化规律实验结果显示,网络节点的加入和删除过程对网络拓扑结构有显著影响。
网络拓扑结构分析方法总结大全引言网络拓扑结构分析是一种重要的方法,用于研究网络结构特征、识别关键节点和探寻网络的演化规律。
本文旨在总结常用的网络拓扑结构分析方法,帮助读者了解不同的方法及其应用。
1. 结构统计法结构统计法是最常见的网络拓扑结构分析方法之一。
它通过计算网络中节点的度数、聚类系数、路径长度等指标,来揭示网络的整体特征。
常用的结构统计法包括度分布分析、聚类系数分析和平均路径长度分析。
2. 社区检测法社区检测法用于发现网络中的社区结构,即具有紧密内部联系但相对疏离外部节点的节点群。
社区结构的发现对于理解复杂网络的功能和演化具有重要意义。
常用的社区检测方法包括基于模块性优化的方法、基于图划分的方法和基于谱分析的方法。
3. 中心性指标法中心性指标法用于确定网络中的关键节点,即对整个网络的结构和功能具有重要影响的节点。
中心性指标可以衡量节点的重要性程度,常用的指标包括度中心性、介数中心性和紧密度中心性。
4. 动力学模型法动力学模型法用于模拟网络的演化过程和信息传播过程。
通过构建适当的模型,可以从微观角度理解网络的动态行为和宏观性质。
常用的动力学模型包括随机游走模型、传染病模型和动态优化模型。
5. 复杂网络理论复杂网络理论是研究复杂系统的一种理论框架,可用于揭示网络结构和行为的规律。
复杂网络理论包括小世界网络、无标度网络和随机网络等,这些网络模型能够描述现实世界中的各种网络。
结论网络拓扑结构分析方法为我们深入理解网络的特性、发现重要节点和预测网络演化提供了有力工具。
以上是常用的网络拓扑结构分析方法的总结,读者可以根据具体需求选择合适的方法进行研究和应用。
【注意:本文只是对网络拓扑结构分析方法的简要总结,具体的方法细节和应用场景需要进一步深入研究和探讨。
】。
cooccurence network参数摘要:1.概述2.核心概念3.参数分类4.常见参数5.参数选择与优化6.结论正文:一、概述共现网络(co-occurrence network)是一种用于研究不同词汇之间共现关系的方法。
在共现网络中,节点表示词汇,边表示词汇之间的共现关系。
通过分析共现网络的结构和参数,可以挖掘词汇之间的语义关联,从而为自然语言处理、信息检索等领域提供有益的信息。
本文将对共现网络的参数进行详细介绍。
二、核心概念共现网络的主要参数包括节点度(degree)、聚类系数(clustering coefficient)、平均路径长度(average path length)、最短路径长度(shortest path length)等。
这些参数反映了共现网络的结构特征,对于理解词汇之间的共现关系具有重要意义。
三、参数分类共现网络的参数可以分为节点参数和网络参数两类。
节点参数主要描述单个节点的性质,如度、聚类系数等;网络参数则描述整个网络的性质,如平均路径长度、最短路径长度等。
四、常见参数1.节点度:节点度是指一个节点的度数,即与该节点相连的边的数量。
节点度可以反映节点的重要性,度数较大的节点往往表示核心词汇。
2.聚类系数:聚类系数是指网络中节点划分为多个簇时,簇内节点间的边数与总边数的比值。
聚类系数越大,表示网络的聚类结构越明显。
3.平均路径长度:平均路径长度是指网络中任意两个节点之间的平均最短路径长度。
平均路径长度越小,表示网络的连接越紧密。
4.最短路径长度:最短路径长度是指网络中任意两个节点之间的最短路径长度。
最短路径长度越小,表示网络的连接越紧密。
五、参数选择与优化在实际应用中,如何选择合适的参数以及如何优化参数是提高共现网络分析效果的关键。
一般来说,可以根据具体任务的需求,结合数据特点,选择合适的参数。
同时,可以通过调整参数大小、优化算法等方式,提高共现网络的性能。
六、结论共现网络是一种有效的研究词汇共现关系的方法,其参数对于理解词汇之间的语义关联具有重要意义。
平均路径长度和聚合系数
平均路径长度和聚合系数是图论和网络分析中常用的两个概念,它们在分析网络结构和特性时非常有用。
以下是这两个概念的简要解释:
1. 平均路径长度(Average Path Length):
①定义:在一个网络中,平均路径长度是所有节点对之间最短路径长度的平均值。
最短路径是两个节点之间边数最少的路径。
②计算公式:平均路径长度= 所有节点对之间最短路径长度之和/ 节点对的数量。
③意义:平均路径长度可以反映网络中节点之间的紧密程度或分离程度。
较短的平均路径长度通常意味着网络中的节点更加紧密地连接在一起,信息或资源在网络中的传播可能更加迅速和高效。
2. 聚合系数(Clustering Coefficient):
①定义:聚合系数用于衡量一个节点与其邻居节点之间的连接紧密程度。
具体来说,一个节点的聚合系数是该节点的实际邻居间存在的边数与可能存在的最大边数之间的比率。
②计算公式:对于单个节点,聚合系数= (该节点的邻居间实际存在的边数)/ (该节点的邻居间可能存在的最大边数)。
网络的聚合系数通常是所有节点聚合系数的平均值。
③意义:聚合系数可以揭示网络的局部结构特性,特别是节点间的聚集或团簇现象。
高聚合系数意味着节点的邻居之间也相互连接,形成了紧密的团簇或社区结构。
在网络分析中,平均路径长度和聚合系数通常一起考虑,以全面描述网络的全局和局部特性。
例如,小世界网络(Small-World Network)就是一种具有较短
平均路径长度和较高聚合系数的网络类型,它在社交网络、神经网络和蛋白质相互作用网络等多种领域中都有应用。
function [DeD,aver_DeD]=Degree_Distribution(A)
%% 求网络图中各节点的度及度的分布曲线
%% 求解算法:求解每个节点的度,再按发生频率即为概率,求P(k)
%A————————网络图的邻接矩阵
%DeD————————网络图各节点的度分布
%aver_DeD———————网络图的平均度
N=size(A,2);
DeD=zeros(1,N);
for i=1:N
% DeD(i)=length(find((A(i,:)==1)));
DeD(i)=sum(A(i,:));
end
aver_DeD=mean(DeD);
if sum(DeD)==0
disp('该网络图只是由一些孤立点组成');
return;
else
figure;
bar([1:N],DeD);
xlabel('节点编号n');
ylabel('各节点的度数K');
title('网络图中各节点的度的大小分布图');
end
figure;
M=max(DeD);
for i=1:M+1; %网络图中节点的度数最大为M,但要同时考虑到度为0的节点的存在性N_DeD(i)=length(find(DeD==i-1));
end
P_DeD=zeros(1,M+1);
P_DeD(:)=N_DeD(:)./sum(N_DeD);
bar([0:M],P_DeD,'r');
xlabel('节点的度K');
ylabel('节点度为K的概率P(K)');
title('网络图中节点度的概率分布图');
function [C,aver_C]=Clustering_Coefficient(A)
%% 求网络图中各节点的聚类系数及整个网络的聚类系数
%% 求解算法:求解每个节点的聚类系数,找某节点的所有邻居,这些邻居节点构成一个子图
%% 从A中抽出该子图的邻接矩阵,计算子图的边数,再根据聚类系数的定义,即可算出该节点的聚类系数
%A————————网络图的邻接矩阵
%C————————网络图各节点的聚类系数
%aver———————整个网络图的聚类系数
N=size(A,2);
C=zeros(1,N);
for i=1:N
aa=find(A(i,:)==1); %寻找子图的邻居节点
if isempty(aa)
disp(['节点',int2str(i),'为孤立节点,其聚类系数赋值为0']);
C(i)=0;
else
m=length(aa);
if m==1
disp(['节点',int2str(i),'只有一个邻居节点,其聚类系数赋值为0']);
C(i)=0;
else
B=A(aa,aa); % 抽取子图的邻接矩阵
C(i)=length(find(B==1))/(m*(m-1));
end
end
end
aver_C=mean(C);
function [D,aver_D]=Aver_Path_Length(A)
%% 求复杂网络中两节点的距离以及平均路径长度
%% 求解算法:首先利用Floyd算法求解出任意两节点的距离,再求距离的平均值得平均路径长度
% A————————网络图的邻接矩阵
% D————————返回值:网络图的距离矩阵
% aver_D———————返回值:网络图的平均路径长度
N=size(A,2);
D=A;
D(find(D==0))=inf; %将邻接矩阵变为邻接距离矩阵,两点无边相连时赋值为inf,自身到自身的距离为0.
for i=1:N
D(i,i)=0;
end
for k=1:N %Floyd算法求解任意两点的最短距离
for i=1:N
for j=1:N
if D(i,j)>D(i,k)+D(k,j)
D(i,j)=D(i,k)+D(k,j);
end
end
end
end
aver_D=sum(sum(D))/(N*(N-1)); %平均路径长度
if aver_D==inf
disp('该网络图不是连通图');
end
%% 算法2:用时间量级O(MN)的广度优先算法求解一个含N个节点和M条边的网络图的平均路径长度。