拓扑距离（两原子之间连接的键的个数）
（3）键矩阵：矩阵元素为相连接的两个原子之间的键级。
双键：2，三键：3。
（4）关联矩阵：是一个n×m的矩阵。
顶点（原子）作为列（n），边（化学键）作为行（m），
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如果边在顶点内，则相应的元素置为1。
3、连接表
20世纪80年代开始，成为化合物在计算机中表示的最主要方法。 首先对每个原子进行编号并列表 然后在另一表格中列出键的信息， 键级用整数表示，1表示单键，2表示双键。
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➢基本存储 分子的元素组成、原子坐标、原子连接关系 ➢其他存储 分子子结构信息，适用于生物大分子 原子电荷信息，调用时不必再计算 确定特定原子化学环境的原子类型信息
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二、化合物数据库的生产和管理
➢ 目前有很多商业化合物数据库可以利用 ➢ MDL药物数据报告（MDDR）含有115000个类药性
一个简单的图由顶点（V）和边（E）组成，因此图被定义为一个三元组<V,E,φ>, φ为映射 函数。在下面一个简单的无向图中， V={1，2，3，4}， E={e1，e2，e3，e4， e5， e6}。
e2
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e1
1
4
e3
e4 e6
2
e5
3
图也可用矩阵表示：设G=<V,E>为无向图，令mij等于顶点vi与边ej的关联 次数，则称（mij）n*m为G的关联矩阵，记为M(G)。
化合物。 ➢ 美国国家癌症研究所（NCI）数据库含有250000个
化合物。
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MDL ISIS化学数据库管理系统
ISIS系统提供了基于Oracle 数据库系统的各类化学信息系统的管理和开发工 具，可以同时管理化学结构、化学反应、生物活性及谱图等多种化学信息。
