ImageJ 技能之长度和面积测量

如何利用ImageJ测量显微图像的长度？
ImageJ是一款小巧开放的图像分析软件，可以从其官方网站上免费下载。

下面就对如何利用ImageJ进行图像测量作一简单介绍：
1、从文件菜单打开你要测量的图像。

2、从工具菜单选择，如果测量的是直接则选择直线工具（line tool），要不然则选择分段线
工具（segemented line）或手写工具(freehand)。

3、 选择线形工具时，移动鼠标至需要测量长度的位置1，按下左键不放，拖动至测量位置
2松开鼠标。

Line
Segemented line
freehand
位置1
位置2
4、如果选择的是分段线工具时，在位置1按下鼠标没轨迹移动至要改变方向的位置2，点
击鼠标，再移至位置3，点击鼠标，……，至终点位置X，双击鼠标。

位置3
位置2
位置1
位置x
5、如果选择的是手写工具则，在位置1点鼠标不松开，然后按希望的轨迹移动，到目标位
置2松开即可。

位置1
位置2
6、在分析（analyze）菜单下，选择测量命令（measure）或按ctrl+M完成测量，长度单位
是像素。

7、测量结果以文本形式显示一个名为results的窗口中，可以选择保存为文本文件备用，图
中结果为1348像素，利用原有的比例尺信息可计算出实际距离，关于比例尺的设置将另外撰文介绍。

ImageJ实用技巧——面积测量综述面积测量，是ImageJ中最常用的功能之一，之前的教程中没有对这一功能进行过多的说明。

而越来越多的同学在使用ImageJ测量面积时，出现了各式各样的问题。

这一篇稳重会对怎样利用ImageJ进行面积测量作更的全面叙述，包括手动、半自动和自动框选等类型，旨在让大家对面积测量有更深入的理解，掌握更多面积检测的方法，同时根据所举出的例子，找到适合自己的测量方法。

面积测量的Workflow很简单，只需要两步：1、选出感兴趣的区域（ROI）——即图像分割2、Measure面积测量的本质其实就是图像的分割，图像分割的好坏直接决定了结果的好坏。

区域的框选又可以分为三种类型：1、自动框选（Threshold、Analyze Particles、Color Threshold）2、半自动框选（魔法棒工具、Trainable Weka Segmentation）3、手动框选（矩形、圆形、Free hand工具等）下面会对这三种类型逐一说明并举例：第一步：告诉ImageJ你要测面积这一参数（Analyze -> Set Measurements）在Set Measurements界面勾选Area。

情景一：自动框选（Threshold、Analyze Particles、Color Threshold）1、整体面积（Image -> Adjust -> Threshold）图像转为8-bit后，通过调整阈值，框选出细胞，然后Measure 得到整体的面积。

要求所选区域的灰度值，与周围区域有明显的差别。

2、单个细胞面积（Analyze -> Analyze Particles）图像转为8-bit后，通过调整阈值，框选出细胞。

如果细胞之间有重叠，还需要进行细胞分割。

然后Analyze Particles，得到单个细胞的面积。

可参考这篇文章：Treasure琛：ImageJ实用技巧——单个细胞平均荧光强度自动检测(定量分析篇)3、RGB彩色图像面积（Image -> Adjust -> Color Threshold）对于RGB图像，通过颜色、饱和度、亮度等参数的调节，可以选取到颜色统一的区域。

imagej的使用方法
ImageJ是一款功能强大的图像处理软件，可以帮助用户轻松地进行图像的测量、分析、编辑等操作。

本文将指导用户如何使用ImageJ来处理图像。

首先，用户需要下载ImageJ软件，然后将图像导入ImageJ中。

用户可以选择从本地文件夹中导入图像，也可以从网络中导入图像，比如URL、FTP等。

接下来，用户可以通过ImageJ的图像处理功能对图像进行处理。

用户可以根据自己的需要调整图像的亮度、对比度、饱和度等参数。

此外，ImageJ还支持用户对图像进行滤镜处理、裁剪、旋转和缩放等操作。

同时，ImageJ还支持用户对图像进行测量和分析。

用户可以通过ImageJ的测量工具来测量图像中的面积、长度和角度等信息。

此外，ImageJ还拥有强大的图像分析功能，可以帮助用户分析图像中的细节信息，提取出图像中的特征和目标。

最后，用户可以通过ImageJ对图像进行编辑。

ImageJ提供了大量的编辑工具，可以帮助用户轻松添加文字、图标、标签等内容，以增加图像的可读性。

总之，ImageJ是一款强大的图像处理软件，可以帮助用户轻松地
进行图像的测量、分析、编辑等操作。

通过本文的指导，用户可以轻松地使用ImageJ来处理图像。

【软件使⽤】利⽤imageJ测定叶⾯积叶⾯积，是计算⽐叶⾯积的必要数据，也是⾮常重要的植物功能性状。

是⼀款开源的图像分析软件，⼴泛应该在⽣命科学的各领域。

1、⽂件准备。

⾸先把⽂件备份到新的路径下，利⽤脚本或者⼿动以样本编号重命名。

2、软件准备。

⾃⾏下载Image J安装（绿⾊版软件，下载后解压缩即可运⾏）下载地址参考⼿册3、导⼊图⽚。

打开Image J，导⼊图⽚序列，依次从菜单选择File – Import—Image Sequence，参数Scale设置为50% （避免内存占⽤过多，如果⼀次处理的图⽚⽐较少就不⽤），我们本次使⽤⽂件扫描后的原始图⽚dpi为300。

4、改为灰度图。

设置图⽚格式为8-bit，依次选择Image-Type-8bit。

5、调整阈值。

依次选择Image – Adjust –Threshold，点击Apply到如图。

6、设置空间⽐例。

依次点击Analyze – Set Scale 。

分辨率单位dpi指的是每英⼨所打印的点数，因为1英⼨(in)=25.4毫⽶(mm)，同时我们的分辨率300dpi = 300 pix per in，则300 pix / 25.4mm = 11.811 pix/mm，因为我们之前缩放了50%，所以 5.9055 pix/mm。

7、计算⼤⼩。

依次点击Analyze -> Analyze particles，导出保存结果。

Size可以设置100或者更⼤起始，以过滤⾮⽬标的⼩杂质；因为我们的叶⼦不是圆形，Circularity 的最⼤值可以设置的⼩⼀些；Exclude on edges可以去除边界的⾮⽬标，但扫描时需要注意叶⽚不能接触边界；show可以选择Outlines看⼀下计算是否正确。

由于我们的扫描叶⽚数（count）是⾮常明确的，所以可以依次来检查匹配是否正确。

附imagej的多种实用技巧
以下是一些使用ImageJ的多种实用技巧：
1. 像素测量：使用ImageJ的测量工具可以准确测量图像中的像素长度、角度和面积。

2. 对比度调整：使用ImageJ的对比度/亮度调整工具可以增强图像的对比度，使细节更加清晰。

3. 图像校正：使用ImageJ的图像校正工具可以对图像进行旋转、翻转和裁剪，以使其对齐和修复。

4. 图像滤波：使用ImageJ的滤波器可以应用各种滤波器，如高斯滤波器、中值滤波器等，以去除图像中的噪声。

5. 图像分割：使用ImageJ的图像分割工具可以将图像分割为不同的区域，以便进行进一步的分析和处理。

6. 图像拼接：使用ImageJ的图像拼接工具可以将多个图像合并为一个大的图像，以获得更广阔的视野。

7. 图像配准：使用ImageJ的图像配准工具可以将多个图像对齐，以消除图像间的位移和变形。

8. 图像分析：使用ImageJ的图像分析工具可以进行各种图像分析，如粒子计数、形状分析、颜色分析等。

9. 批处理：使用ImageJ的批处理功能可以自动处理多个图像，以提高工作效率。

10. 插件和脚本：ImageJ具有丰富的插件和脚本库，可以通过安装和使用这些插件和脚本来扩展ImageJ的功能。

ImageJ技能之细胞长度和面积测量
上两篇小编给大家分享了细胞计数和荧光定量分析的方法。

为响应广大忠粉的需要，今天小编给大家分享一下细胞长度和面积测量方法，最简单的方法就是可以直接在我们Revolve正倒置一体显微镜上做长度和面积测量。

Revolve正倒置一体显微镜
下图就是在显微镜上直接测量长度和面积
如果大家还是觉得不过瘾，小编再给大家分享另外一种办法-ImageJ技能之长度和面积测量。

这是一张我们Revolve正倒置一体显微镜镜头下的微滴图片（与上图为同一倍数图片）。

接下来我们就通过ImageJ来测量长度和面积吧。

Step1:ImageJ打开一张需要测量的图片。

File→Open
Step2:选择直线工具，在标尺上画出单位长度的直线,想要数值更精确可放大图片；
Step3:选择Analyze->Set Scale。

Known distance输入所画直线长度数值（此图为200），Unit of length输入单位（此图为um），Global复选框打钩（将此标准用于全部图片），点击OK
Step4:在需要测量的图片上用直线选择需要测量的长度或者用区域选择工具选择需要测量的面积；
Step5:Ctrl+M（Measurement），结果会显示并记录在Results窗口中。

其中Length显示的即为换算后的长度数值。

与显微镜测量结果基本一致。

imagej使用教程ImageJ是一款免费开源的图像处理软件，被广泛应用于生物医学图像的分析和处理中。

本教程将向您介绍如何使用ImageJ进行基本的图像处理。

1. 安装ImageJ首先，您需要从ImageJ的官方网站（https:///ij/）下载并安装ImageJ软件。

根据您的操作系统，选择适合的安装程序进行安装。

2. 打开图像在ImageJ的菜单栏上，选择"File"（文件），然后点击"Open"（打开）。

浏览您的计算机，选择要处理的图像文件并点击"Open"（打开）按钮。

3. 调整图像大小如果您需要调整图像的大小，可以在菜单栏上选择"Image"（图像），然后点击"Adjust Size"（调整尺寸）。

在弹出的对话框中，输入所需的宽度和高度，并选择插值算法。

点击"OK"（确定）按钮应用更改。

4. 调整亮度和对比度您可以在菜单栏上选择"Image"（图像），然后点击"Adjust"（调整）来调整图像的亮度和对比度。

在弹出的对话框中，拖动亮度和对比度滑块，直到您满意为止。

点击"OK"（确定）按钮应用更改。

5. 进行滤镜处理ImageJ提供了多种滤镜工具，以改变图像的外观。

在菜单栏上选择"Process"（处理），然后点击"Filters"（滤镜）来选择所需的滤镜效果。

在弹出的对话框中，您可以调整滤镜的参数，然后点击"OK"（确定）按钮应用更改。

6. 测量图像特征ImageJ允许您测量图像中的各种特征，如面积、长度、角度等。

在菜单栏上选择"Analyze"（分析），然后点击"Measure"（测量）来测量图像的特征。

在弹出的结果窗口中，您可以查看测量结果。

步骤 3 打开后的效果
步骤 4 选中直线测量工具"Straight"，此步骤主要为后面设定比例尺。

步骤 5 打开"Analyze"菜单中的"Set Scale"命令。

(1)"Distance in pixels"：距离用像素表示是多少，在上一步骤中已经显示为距离为114.53像素；(2)"Known distance"：表明这个距离相当于实际距离多少，在上一步骤中测量的线段长度实际值为1cm，因此此处填1；(3)Pixel aspect ratio:这个是像素的宽高比，默认的是1，我用的数码相机照的，默认的是1，具体比值可以通过"ImageJ->Properties"来查看；(4)Unit of length ：单位长度的像素是多少，此处写cm，不写也行，下面的scale显示为114.53 pixels/cm，表示114.53个像素代表1cm。

步骤 6选择"Freehand selections"键，在需要测量的创面上进行勾画。

步骤 7勾画完毕，选择Meansure进行测量
结果如下，面积为2.698
同理，可以测量一下坐标纸的一块面积，小方格100格，就是1cm2，结果显示为0.942cm2，看来有误，其实这个是手动画的，误差肯定存在，并且创面的边缘有时候也确实不太容易判断，最好多测几次。

ImageJ测量实际尺⼨：设置和添加标尺01设置像素与实际长度的⽐例关系很多时候，我们获得的图⽚尤其是⾮原始图⽚或者没有写⼊像素与实际长度关系，这个时候如果要对图⽚中的形状进⾏实际测量，⽐如实际长度、⾯积之类的测量，就需要知道图⽚像素与实际长度的⽐例关系。

1、打开⼀张图⽚，左上⾓会告诉我们这张图⽚的长宽像素乘积；2、先将图⽚适当放⼤（以便秒描绘直线），使⽤直线⼯具沿着图⽚标尺两端进⾏描绘；描绘的时候可以按住shift键，保证直线⽔平；下图为了展⽰⽅便，把描绘的红⾊直线稍微偏离了⽐例尺⽩线。

3、Analyze-Set Scale，设置⽐例关系：Distance in pixels：刚刚描绘的直线长度为91.5 pixels，这个值不⽤设置，⾃动测量得到；Known distance：描绘的直线所代表的实际长度，10；Unit of length：设置单位为µm，按照⽐例尺下⾯的单位来设置；这样就得到了图⽚上⾯每⼀个像素所代表的实际长度，所以下⾯有Scale：9.15pixels/µm。

有了这样的关系之后，我们利⽤Image J对位图以像素为单位进⾏测量或者计算的时候，就与实际长度联系起来了。

Global：对于所有打开的照⽚应⽤该⽐例关系。

如果有同批次同镜头视野的多张照⽚，可以勾选此选项，⼀次性将所有照⽚中像素所对应的实际距离进⾏设置。

4、点击OK之后，照⽚的⼤⼩将以实际长度55.64×40.87µm来表⽰，在后⾯括号内保留像素为单位的⼤⼩（500×374）。

5、这时每个像素将代表⼀个实际距离。

因此可以进⾏⼀些测量，⽐如利⽤魔棒⼯具配合容差（Tolerance）选择并测量右下⾓细胞的⾯积；⾯积测量具体见《选区和选区管理⼯具》、《⾓度测量、粒径测量和其他基础测量》两篇⽂章。

这个细胞的⾯积就是157.915µm2；02添加⽐例尺如果只有⼀张图⽚有⽐例尺，⽽其他同⽐例关系的图⽚没有⽐例尺，⼀般是同⼀拍照设备+同样视野倍数，那么可以为其他图⽚添加⽐例尺。

imagej使用方法ImageJ是一款用于数字图像处理和分析的开源软件。

它提供了广泛的功能，如图像增强、测量、分割、滤波、校准、图像重建等。

以下是ImageJ的使用方法：1. 安装ImageJ：从ImageJ官方网站下载适合您操作系统的版本，然后安装。

2. 打开图像：在ImageJ的菜单栏中选择File-->Open，选择您要处理的图像。

3. 图像增强：ImageJ提供了许多图像增强工具，如对比度增强、亮度增强、直方图均衡化、中值滤波等。

在菜单栏中选择Process-->Enhance，选择适当的工具进行增强。

4. 图像测量：ImageJ可以快速准确地测量图像中的长度、面积、角度等。

在菜单栏中选择Analyze-->Measure，将光标移动到需要测量的对象上单击即可。

5. 图像分割：ImageJ可以将图像分成不同的区域，从而进行进一步的分析。

在菜单栏中选择Process-->Binary，选择适当的工具进行分割。

6. 图像重建：ImageJ可以通过各种算法来重建图像，例如反卷积、投影重建等。

在菜单栏中选择Process-->Reconstruct，选择适当的工具进行重建。

7. 图像校准：ImageJ可以校准图像以纠正图像畸变，例如通过标定棋盘校准相机等。

在菜单栏中选择Analyze-->Calibrate，选择适当的工具进行校准。

8. 插件：ImageJ提供了丰富的插件，可以扩展其功能。

在菜单栏中选择Plugins-->Install插件，选择适当的插件进行安装。

以上是ImageJ的基本使用方法，您可以通过阅读ImageJ的帮助文档来进一步了解其更高级的功能。