Blast软件及常用数据库介绍

NCBI在线BLAST使用方法与结果详解BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。

BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。

BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。

Blast中常用的程序介绍：1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。

先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。

3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。

库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。

4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。

与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。

5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。

此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。

下面是具体操作方法1，进入在线BLAST界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。

不同的blast程序上面已经有了介绍。

这里以常用的核酸库作为例子。

2，粘贴fasta格式的序列。

选择一个要比对的数据库。

关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。

一般的话参数默认。

3，blast参数的设置。

注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。

筛选的标准。

最后会说明一下。

4，注意一下你输入的序列长度。

注意一下比对的数据库的说明。

5，blast结果的图形显示。

没啥好说的。

6，blast结果的描述区域。

BLAST使用方法BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于比较生物学序列的工具，可以在数据库中查找类似序列，并计算它们之间的相似度。

BLAST可用于寻找相似的基因、蛋白质序列、DNA序列等，以及用于确定序列的功能和进化关系。

本文将介绍BLAST的使用方法。

2. 准备序列：在使用BLAST之前，你需要准备你想要比较的序列。

可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物学序列。

可以从公共数据库如NCBI的GenBank中获取序列，也可以使用你自己的实验数据。

3.选择数据库：BLAST使用数据库来存储和检索序列。

常见的数据库包括NCBI的NT数据库（核苷酸数据库），NR数据库（非冗余蛋白质数据库）等。

根据你的研究需要，选择适合你的数据库。

你也可以建立自己的数据库，将实验室内部的数据添加到其中。

4.运行BLAST：使用BLAST的命令行接口或网页界面，输入你的序列和数据库信息，运行BLAST。

下面是使用命令行接口运行BLAST的示例：`$ blastn -query sequence.fasta -db nt -out result.txt`在这个命令中，`blastn`是BLAST程序的名称，`sequence.fasta`是包含你的序列的FASTA文件，`nt`是数据库的名称，`result.txt`是结果输出的文件。

如果使用网页版BLAST，你只需将序列和数据库信息输入网页表单，点击运行即可。

5.解析结果：BLAST运行完成后，会生成一个结果文件，其中包含比对结果和相似度分数。

你可以使用BLAST提供的工具来解析和可视化这些结果，以便进一步分析。

结果中通常包括比对的相似度分数、比对的位点、比对的长度、匹配的碱基或氨基酸序列等。

通过分析结果，你可以确定序列的功能和进化关系，或者寻找可能的同源序列。

6.参数调整：BLAST提供了许多参数用于调整比对过程和结果的特性。

NCBI中Blast种类及使用简介NCBI中Blast种类简介1． Blast Assembled Genomes在一个选择的物种基因组序列中去搜索。

2．Basic Blast2.1 nucleotide blast--- 用核酸序列到核酸数据库中进行搜索，包括3个程序2.1.1 Blastn----核酸序列（n）到核酸序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。

2.1.2 megablast----该程序使用“模糊算法”加快了比较速度,可以用于快速比较两大系列序列。

可以用来搜索一匹ESTs序列和大的cDNA或基因组序列, 适用于由于测序或者其他原因形成的轻微的差别的序列之间的比较2.1.3 discontiguous megablast----与megablast不同的是主要用来比较来自不同物种之间的相似性较低的分歧序列。

2.2 Protein Blast2.2.1 Blastp ---蛋白质序列到蛋白质序列数据库中搜索，是一种标准的搜索。

2.2.2 psi-blast---位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。

所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。

这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。

2.2.3 PHI-BLAST---以常规的表达模型为特别位置进行PSI - BLAST检索,找出和待查询序列具有一样的表达模型且具有同源性的蛋白质序列。

2.3 Translating BLAST2.3.1 blastx----先将待查询的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将翻译出的蛋白质序列与NCBI 蛋白质序列数据库比较。

2.3.2 tblastn-----先将核酸序列数据库中的核酸序列按6 种读框翻译成蛋白质序列,然后将待查询的蛋白质序列与翻译结果进行比较。

NCBI的BLast最好生物核酸的数据库NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。

NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。

NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。

BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。

BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。

NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。

所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。

NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。

NCBI的BLast种类介绍? Gapped BLAST （2.0）—一种BLAST版本，允许在它产生的对齐（alignments）中存在缺口。

统计有效性的评估是基於使用随机序列的优先模拟。

在不久的将来，所有对Gapped BLAST的访问都要通过QBLAST。

? QBLAST —一种新的系统，允许用户以他们方便的方式检索Gapped BLAST结果，并且可以用各种格式选项多次格式化他们的结果。

这个系统也使NCBI更有效的使用计算资源，更好的为大家服务。

到1999年秋季，QBLAST系统用於所有的BLAST搜索。

? PSI-BLAST —位点特异迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。

所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐，从这个对齐，一个位置特异的分值矩阵建立起来。

这个矩阵被用来搜索资料库，以找到额外的显著对齐，这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。

? PHI-BLAST —模式发现迭代BLAST —用蛋白查询来搜索蛋白资料库的一个程式。

生命科学中常用的软件及其应用生命科学是一个涉及多个学科交叉的领域，其中运用到的软件非常丰富。

这些软件可以帮助生命科学研究人员完成从基因组测序到蛋白质结构分析的各种复杂任务。

在这篇文章中，我们将介绍一些生命科学中常用的软件及其应用，帮助读者更好地了解这个领域。

1. BLASTBLAST（基本局部序列比对工具）是基因组测序领域中最常用的软件之一。

它可以在数据库中进行序列比对，并根据相似性评分进行排序和过滤。

BLAST的应用非常广泛，包括在基因组测序和蛋白质结构分析中用于序列比对，DNA和蛋白质序列注释，以及进化分析等。

2. CLC Genomics WorkbenchCLC Genomics Workbench是一个功能强大的基因组分析软件，可以用于基因组测序和生物信息学分析。

它可以处理各种不同类型的数据，包括RNA测序数据、DNA测序数据和蛋白质序列数据。

使用该软件，科学家可以进行基因组组装、基因表达分析、SNP检测、CNV分析等多种复杂的分析任务。

3. PyMOLPyMOL是一个用于分子可视化和分析的软件。

它可以用于可视化蛋白质、DNA和RNA结构，以及与其他分子的相互作用。

在生物学研究中，PyMOL被广泛用于研究蛋白质结构和功能。

化学公式、分子等多种形式，都能够被轻松制作出来。

4. RR是一个免费的数据分析软件，主要用于统计分析、数据可视化和预测模型的建立。

在生命科学中，R被广泛用于基因表达分析、蛋白质结构预测、生存分析等多个领域。

它是生命科学研究者进行大规模数据分析的首选工具之一。

5. CytoscapeCytoscape是一款网络分析软件，用于研究生物分子间的相互作用，例如蛋白质-蛋白质相互作用，基因调控网络等。

Cytoscape具有丰富的图形界面，可以使用各种插件来进行网络建模、可视化和分析。

6. HMMERHMMER是用于进行隐马尔可夫模型（HMM）建模和分析的工具软件。

在生命科学领域，HMMER被用于进行蛋白质序列比对和蛋白质家族分类。

轻松学用生物软件(1)学用BLAST程序进行数据分析主要内容1.基本概念2.常用BLAST程序介绍3. BLAST算法简介4. BLAST常用参数设置5.本地BLAST的安装步骤6.本地BLAST的使用1、基本概念相似性(Similarity)是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同或相似碱基或氨基酸残基占全部比对碱基或氨基酸残基的比例的高低，属于量的判断。

同源性(Homology)是指从某一共同祖先经趋异进化而形成的不同序列。

只有当两个蛋白质在进化关系上具有共同的祖先时，才可称它们为同源的，属于质的判断。

相似性和同源性的关系当相似程度高于50%时，比较容易推测检测序列和目标序列可能是同源序列；而当相似性程度低于20%时，就难以确定或者根本无法确定其是否具有同源性。

总之不能把相似性和同源性混为一谈。

所谓“具有50%同源性”，或“这些序列高度同源”等说法，都是不确切的，应避免使用。

序列相似性比较和同源性分析序列相似性分析：就是用来计算待研究序列与某序列之间的相似性程度，常用的软件包有BLAST、FASTA等；序列同源性分析：是将待研究与来自不同物种的序列中进行进化分析，以确定该序列与其它序列间的亲源关系。

常用的程序包有Phylip 及Mega等进化分析软件；全局比对与局部比对全局比对寻找序列在全长范围内最佳比对。

常用算法如：Needleman-Wunsch algorithm(Needle)在线程序如： Needle局部比对寻找序列在局部区域的最高比对打分。

常用算法如：Smith-Waterman algorithm， blast,fasta等在线程序如： WaterNeedle及Water的在线程序http://bioweb2.pasteur.fr/alignment/intro-en.html也可以本地安装Emboss执行以上程序局部相似性比对的生物学基础蛋白质功能位点往往是由较短的序列片段组成的，尽管在序列的其它部位可能有插入、删除等突变，但这些关键的功能部位的序列往往具有相当大的保守性。

BLAST分析BLAST是一种常用的生物信息学工具，用于比对和比较生物序列。

它可以在数据库中查找相似的序列，并根据序列的相似性和匹配程度得出比对结果。

BLAST分析广泛应用于基因组学、蛋白质组学和普通生物学研究中。

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）基本本地序列比对工具，是目前最流行的序列比对算法之一、BLAST有几个不同的变体，包括BLASTp（对蛋白质序列进行比对）、BLASTn（对核酸序列进行比对）、BLASTx（对核酸序列进行翻译比对）和tBLASTn（对蛋白质序列进行翻译比对）。

BLAST由两个主要步骤构成：查询和数据库比对。

首先，用户输入一个查询序列，这个序列可以是DNA序列、蛋白质序列或其他生物序列。

然后，该查询序列与数据库中的序列进行比对。

数据库可以是全局数据库（如GenBank）或局部数据库（用户自定义的数据库或者特定物种的数据库）。

BLAST算法的核心是利用k-mer（k个连续核苷酸或氨基酸）来识别相似性区域，然后计算两个序列的匹配分数。

BLAST将查询序列分成更小的片段，称为word，然后在数据库中具有相同或相似word的序列。

通过计算匹配的word间的得分，并找到分数最高的匹配，BLAST可以确定最可能的候选序列。

最后，BLAST评估比对的置信度，并提供相关的统计数据。

BLAST分析是生物信息学和基因组学研究中常用的工具之一、它可以帮助研究人员找到与他们感兴趣的序列相似的其他序列，并用于寻找同源基因、确定蛋白质功能和预测基因家族等应用。

BLAST还可以用于比较两个物种之间的基因组，并帮助研究人员了解物种之间的进化关系和功能差异。

BLAST的应用领域非常广泛。

在基因组学研究中，BLAST可以用于基因预测、基因组注释和跨物种比较。

在蛋白质组学研究中，BLAST可以用于确定蛋白质序列的同源性、预测蛋白质的结构和功能。

此外，BLAST还可以用于病原菌鉴定、药物设计、分子进化研究和分子标记分析等方面。

生物信息学软件的基本使用方法介绍生物信息学是研究生物学中大规模数据的获取、存储、管理、分析和解释的学科。

为了能够有效地处理这些复杂的生物数据，生物信息学研究者使用了许多专门设计的软件工具。

本文将介绍几种常见的生物信息学软件，并提供基本的使用方法。

1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：BLAST是一种用于基因序列比对和相似性搜索的软件工具。

它能够找到在数据库中与输入序列相似的序列，并计算它们之间的相似度分数。

使用BLAST时，首先需要选择要比对的数据库，如NCBI的nr数据库。

然后，将待比对的序列输入到BLAST中，并选择合适的算法和参数，最后点击运行按钮即可得到比对结果。

2. ClustalW：ClustalW是一种常用的多序列比对软件。

它能够将多个序列对齐，并生成比对结果。

使用ClustalW 时，首先需要输入要比对的序列。

可以通过手动输入、从文件中导入或从数据库中获取序列。

然后，选择合适的比对算法和参数，并点击运行按钮。

在比对结果中，会显示相似性分数矩阵和序列的对齐信息。

3. FASTA：FASTA是一种用于快速比对和搜索序列相似性的工具。

它使用一种快速的搜索算法，能够在大型数据库中快速找到与输入序列相似的序列。

使用FASTA时，需要将待比对的序列输入到软件中，并选择匹配的算法和搜索参数。

运行后，软件会生成相似序列的列表和相似性评分。

4. R：R是一种统计分析软件，也被广泛用于生物信息学领域。

它提供了丰富的函数和库供生物信息学研究者使用，用于数据处理、统计分析和可视化。

使用R时，可以通过命令行或脚本编写代码来执行各种操作。

例如，可以使用R中的Bioconductor库进行基因表达数据的分析和可视化。

5. IGV（Integrative Genomics Viewer）：IGV是一种用于基因组数据可视化的软件工具。

它能够显示基因组位置上的测序深度、SNP、CNV等信息，并支持交互式操作和注释查看。