ChemOffice02
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化学软件chemoffice安装和基本教程
➢改变元素:
双击需要改变元素符号的原子，弹出输入框，输入元素符号，按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子，执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令，可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
（1）ChemDraw结构式转换为3D模型 （2）3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
化学反应的检索
查找免费网络资源
免费资源查找链接
分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
（1）利用键工具建立模型 （2）利用文本工具建立模型
（3）利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键； 然后整理结构，执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具，双击需要改变序号的原子，弹出输入框， 输入原子序号，按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移（structure---predict 1H-NMR shifts）
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
（3）化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置，按Shift键点 击可由水平变为垂直。
双击需要改变元素符号的原子，弹出输入框，输入元素符号，按回车 键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子，执行关闭 “Tools”菜单中的“Show H’s ans Lp’s”命令，可不显示氢原子和孤对电子。
ChemDraw结构式与3D模型的转换
（1）ChemDraw结构式转换为3D模型 （2）3D模型转换为平面结构式
化学物质检索方法
“ChemFinder”对话框
图 4-40分子结构信息对话框
请按
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分子模型及仿真软件Chem3D
主界面
3D模型绘制与编辑
（1）利用键工具建立模型 （2）利用文本工具建立模型
（3）利用子结构建立3D模型
子结构模型库
使用模板建立3D模型
利用模板建立富勒烯 3D模型
改变元素序号与替换元素 ➢ 改变元素序号:
首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select All”命令或ctrl + A快捷键； 然后整理结构，执行“Tools”菜单中的“Clean Up Structure”菜单命令。 使用垂直工具栏中 的工具，双击需要改变序号的原子，弹出输入框， 输入原子序号，按回车键完成原子序号的更改。
结构式 名称
(2) 结构式名称
预测核磁共振化学位移（structure---predict 1H-NMR shifts）
Structure—predict 1H-NMR shifts
分析结构估计性质
（3）化学反应方程式绘制举例
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
➢环己烷的椅式构型直接点击为水平放置，按Shift键点 击可由水平变为垂直。
(精品)化学软件应用---ChemOffice
以心安得化合物为例：
【Analysis】窗口 【Chemical Properties】】窗口
• 1.3.9 元素周期表
ChemDraw提供了一张使用起来十分方便的元素周 期表。 【View】/【Show Periodic Table Window】即可打 开元素周期表窗口。 单击周期表上的元素符号，就可以得到该元素的物理 性质。单击表中的 按钮，可以打开或关闭周期表下 方的物理性质详细列表。
菜单栏
套索 结构透视
实线单键 多重箭
虚线键 碎线键 碎线楔键 粗键
楔形键 空楔形键 波浪键
序列工具 脂肪族链
环丙烷 环戊烷 环庚烷
椅式环己烷 环戊二烯
选取框
质谱碎片 橡皮
文本工具
笔 箭头
轨道 绘图元素
括号 化学符号
询问工具
高级工具
模板
环丁烷
环己烷 环辛烷
椅式环己烷 苯环
常用工具栏 格式工具栏
绘图窗口
【File】/【Save As】，弹出【另存为】对话框， 即可保存。【保存类型】有多种选项，可另存为Chem Draw 3.x版的格式（“chm”），或“gif”、“bmp”图形 格式，或另存为ISIS格式。
• 3.1.3.3 图形的旋转或缩放
如果不改变图形模板的话，在绘图区每单击一次鼠标， 就会出现一个选定模板的图形。单击鼠标左键后不松 手，则可以通过移动鼠标使图形旋转，待转动到希望的 位置时松手即可。
垂直工具栏上的【模板】包含了多种较复杂的分子种
类和玻璃仪器模板。分别如下：
氨基酸（Amino Acids Side Chains）
氨基酸（Amino Acids）
芳香族（Aromatics）
chemoffice20.0用法 -回复
chemoffice20.0用法-回复ChemOffice 20.0 是一款功能强大的化学绘图和化学信息管理软件，它可以帮助化学研究人员进行分子模拟、反应预测、数据分析等工作。
本文将详细介绍ChemOffice 20.0 的使用方法，帮助用户更好地使用该软件。
一、安装和启动ChemOffice 20.01. 下载ChemOffice 20.0 的安装文件，并双击运行该文件。
2. 在安装向导中选择安装类型，可以选择完整安装或自定义安装。
3. 在安装向导中选择安装位置，并点击“下一步”。
4. 设置快捷方式和额外的安装选项，然后点击“安装”按钮。
5. 安装完成后，可以在开始菜单或桌面上找到ChemOffice 20.0 快捷方式，双击启动软件。
二、界面和布局1. ChemOffice 20.0 的主界面由菜单栏、工具栏、侧边栏和绘图区组成。
2. 菜单栏提供了各种功能和操作选项，可以通过点击相应的菜单项来执行操作。
3. 工具栏上有常用的工具按钮，可以通过单击工具按钮来快速执行某些操作。
4. 侧边栏显示了一些常用选项和常用功能的快捷方式，可以方便地访问这些功能。
5. 绘图区可以用于绘制化学结构、编辑分子属性等。
三、绘制化学结构1. 在绘图区中，可以通过选择不同的绘图工具来绘制不同类型的化学结构，如原子、键、官能团等。
2. 使用选择工具可以选择已经绘制的结构，然后进行拖动、删除、复制等操作。
3. 使用文本工具可以在绘图区中添加文本，如化学式、反应方程、注释等。
4. 使用模板库可以快速插入常见的化学结构和官能团，可以通过搜索关键字来查找需要的结构。
四、编辑和修改化学结构1. 选择绘图区中的结构，可以通过右键点击来访问编辑菜单，进行修改、调整和变换结构的操作。
2. 可以选择某个原子，然后更改其化学元素、原子量、电荷、立体构型等属性。
3. 可以选择某个键，然后更改键的类型、键长、键角等属性。
4. 可以使用分子模型工具来创建和编辑分子的三维结构，通过拖动原子和键来调整分子的立体构型。
ChemOffice软件在化学教学中的作用
一、前言在现代化学教学中，大量的化学应用软件的研发为化学教育和科研工作者们应用计算机解决了具体的问题。
在我国，大部分高校已经将有关计算机化学的课程正式列入大学生课程教学中。
在应用广泛的众多化学应用软件中，由美国剑桥软件公司研究开发的ChemOffice 软件因其直观、快捷的特点得到专业教学的一线教师、学生和科研部门的化学工作者的一致好评。
这款化学应用软件可以进行化学结构绘图、分析模拟以及化学信息搜寻整合，不仅可以解决化学计算中的复杂问题，而且可以利用虚拟的程序模拟化学世界的微观结构，并可以将微观结构的光谱形态等直观地展示出来。
在本文中介绍了ChemOffice 的化学应用处理软件，以及ChemOffice 软件对现代的化学教育显示的突出作用。
二、ChemOffice 简介ChemOffice 全称CambridgeSoft ChemOffice 是由美国剑桥软件公司研究和开发的一款化学专业应用软件。
ChemOffice 软件集强大的应用功能于一身，可以让化学工作者的日常工作变得更加便捷。
化学应用处理软件ChemOffice 由ChemDraw 、ChemFinder 和Chem3D 三个模块组成。
ChemDraw 模块是化学结构绘图软件，也是现在各论文期刊指定的格式；Chem3D 模块是分子模拟分析绘图模块，通常用它来计算分子轨道的形状、分子表面积、显示分子轨道，描绘化合物的结构；ChemFinder 模块是化学信息搜寻整合系统，用来建立化学数据库、储存数据及搜索化学数据库。
ChemOffice软件是针对专业化学绘图设计，可以绘制各式各样的化学键、环、轨道等，可以与软件中的数据库链接，可以查出结构式；也可以将化合物名称直接转为结构图，省去绘图的繁琐；还可以对已知结构的化合物命名，给出正确的化合物名称。
也可以利用此软件所提供的样板功能，大幅缩短制作文件所需的时间。
三、ChemOffice 有助于化学教学（一）化学教学的主要辅助手段随着计算机多媒体技术的普及和现代化学应用软件的开发，现在化学教育的授课方式已经告别了一盒粉笔、一块黑板的传统教学，现代化的教学辅助手段使越来越多的老师都体会到了用化学工具软件来制作课件辅助教学的优越性。
化学绘图软件Chemoffice
1
第一节 Chemoffice
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1 Chem3D 是一个用于设计化学模型的应用 软件，它是一个简单易用的图形界面和界 面脚本将构建、分析、计算工具融于一体。 将二维平面的有机分子结构图形转化成三 维的空间结构，在分子和原子水平上模拟 和分析分子的立体构象是Chem3D的一大 特点。此外Chem3D还提供一些辅助的计 算工具，例如优化模型，构象搜索、分子 动力学和计算分子的单点能量等。
目 录 上一页 下一页 结 束
Chemoffice是美国CambridgeSoft公司 出的重要产品之一，ChemOffice 是世界 上最优秀的桌面化学软件，集强大的应用功 能于一身，为您提供了优秀的化学辅助系统， 使您的研究工作达到一个新的高度。 ChemOffice Ultra 包括 ChemDraw Ultra 化学 结构绘图、Chem3D Ultra 分子模型及仿真、 ChemFinder Ultra 化学信息搜寻整合系统等 一系列完整的软件。可以将化合物名称直接 转为结构图，省去绘图的麻烦。
目 录 上一页 下一页 结 束
6
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二 工作界面 1 标题栏 2 菜单栏 3 工具栏
7
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三 文件的基本操作 1 新建文件 2 打开文件 3 保存文件
8
第四节 自定义Chem3D的工作界面
1 页面参数的设置 files→Preferences 2 文档的设置 files→Model Setting 3 工具条的现实与隐藏 View → Toolbars
14
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5 使用绘图模板绘制
1 files→Sample Files→Inorganic
化学软件ChemOffice的使用说明
•文件命令对话框
图4 文件命令的对话框
（2）
主 工 具 图 标 板
图 5主工具图标板
主 工 具 图 表 板
图6 主工具图表板的子图标板
2、模板
图7 模板工具图标板示例
3、绘制与编辑典型化学物质结构式
（1）键工具： 主工具图标板上提供了九个键操作的命令，其中双
键命令板中的子菜单中还包 括12个键命令。利用键工 具进行结构绘制操作的基本操作：首先在命令面板中选 取键命令，绘制的基本操作是“点位”、 “拖动”和 “点击”。
（2）方程式的建立
•箭头的选择 •利用绘图工具选择合适的阴影框罩住方程式
（3）化学反应方程式绘制举例
乙酰水杨酸又称为阿司匹林，为常用的退热镇痛药物。制备乙酰水杨酸 最常用的方法是将水杨酸与乙酐作用，生成乙酰水杨酸。
OH
(CH3CO)2 70°C80°C 15min水浴
COOH
OOCCH3 COOH
一概述
ChemOffice软件是由剑桥化学软件公司开发的集 成化学软件桌面系统，集成了Chem3D、ChemDraw、 ChemFinder和ChemInfo，以及Chem TableEditor等软 件，具有强大的高端开发功能。
ChemDraw Ultra 8.0 化学结构绘图 Chem3D Ultra 8.0 分子模型及仿真 ChemFinder Pro8.0 化学信息搜寻整合系统
图18 复制修改得到的乙酰水杨酸结构式
图19 乙酰水杨酸合成反应方程式
图20 符号窗口
图21 字体选项
图22 “Color”菜单选项
图23 调色板
6、绘制实验装置
利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制，在模板 中选择所需的实验仪器，单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通 过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。
化学软件 ChemOffice 的使用
蓬罩 橡皮 文本 笔 箭头 轨道 绘图元素 基元 化学符号 弧形 原子反应 模板 环丁烷环 环己烷环 环辛烷环 环己烷椅式 苯环
ChemDraw——工具 键工具
模板工具
8
箭头工具
轨道工具
画图工具
基元工具符号工具Leabharlann 弧形工具原子反应工具
键及元素文本属性的设置
4. ChemDraw——主要操作
主要绘制一些结构式、反应方程式、搭建化学反应仪器等。
13CNMR预测
13CNMR预测结果
部分预测结果
四、绘制化学反应方程式：
化学反应方程式的绘制
四、搭建实验装置：
化学软件 ChemOffice 的使用
2013/09/24
主要内容
1
Chemoffice 的概述
2
ChemDraw 介绍及操作
ChemDraw 的界面
ChemDraw 的工具
ChemDraw 主要操作
1. ChemOffice 概述
ChemOffice 软件是由剑桥化学软件公司开发的集成化学软件桌面系 统，集成了Chem3D、ChemDraw、ChemFinder 和 ChemInfo，以及Chem TableEditor等软件，具有强大的高端开发功能。
➢ ChemDraw Ultra 11.0 化学结构绘图 ➢ Chem3D Ultra 11.0 分子模型及仿真 ➢ ChemFinder Pro11.0 化学信息搜寻整合系统 ➢ E2Notebook Ultra11.0 ➢ BioAssay Pro11.0 ➢ 量化软件MOPAC、Gaussian 和GAMESS 的界面 ➢ ChemSAR Server Exce ➢ ClogP，CombiChemPExcel
ChemOffice使用简介
鄙人水平有限，不足之处，请大家批评指正。
仪器1(Clipware, part 1) 仪器
EXAMPLE
2.2 特殊工具
插入表格、括号、薄层色谱图 版 、 插入表格、括号、薄层色谱图(06版)、对象加标注按钮
薄层色谱
2.3 质谱碎片
2.4 显示分子性质
2.5 显示光谱性质
2.6 保存格式
常用格式： 常用格式：cdx
2.ChemDraw简介 2.ChemDraw简介
基本功能与 chemwind相同 相同 特殊功能： 特殊功能： (1)分子结构模板众 (1)分子结构模板众 多 (2)玻璃容器与玻璃 玻璃容器与玻璃 管模板： 管模板：可制作实 验装置
质谱碎片
弧线 电子云 图形 插入表格 结构与仪器模板 配位键及手性 标注 薄层色谱图
3.7 其他计算
从头算程序： 从头算程序：Gamess Gaussian 需另外安装这两个程序。 需另外安装这两个程序。 半经验或分子力学计算 Mechanics Mopac (Am1, Mindo/3, Mndo, PM3) 计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化， 计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析
ChemOffice使用简介 使用简介
药物化学： 丁锴
1. ChemOffice简介 ChemOffice简介
Chemoffice : 每年出新版本 版本： 版本：3.5 ： 约20MB 2002: 约 80MB 2006：约 170MB ： 基本功能 ChemDraw : 结构制作与简单仪器制作 Chem3D ： 空间结构显示与量化计算 ChemFinder: 化学数据库制作
计算结果： Bond Lengths 计算结果：
C(1)-C(2) 1.397 C(1)-C(6) 1.400 C(1)-H(15)1.102 C(2)-C(3) 1.396 C(2)-H(14)1.102 C(3)-C(4) 1.396 C(3)-H(13)1.102 C(4)-C(5) 1.397 C(4)-H(12)1.102 C(5)-C(6) 1.400 C(5)-H(11)1.102 C(6)-C(7) 1.509 1.392 1.392 1.100 1.392 1.100 1.392 1.100 1.392 1.100 1.392 1.100 1.497
007=chemoffice的使用
2
ChemDraw的使用 ChemDraw的使用
化学与生命科学学院分子设计中心
乐山师范学院
主要内容
第一部分：主界面认识及模板 第二部分：绘制阿司匹林结构式 第三部分：简单预测功能 第四部分：绘制化学反应式 第五部分：蒸馏实验装置
3
ChemDraw的使用 ChemDraw的使用
化学与生命科学学院分子设计中心
2.2 修正
18
ChemDraw的使用 ChemDraw的使用
化学与生命科学学院分子设计中心
乐山师范学院
第 二 部 分
（绘 制 阿 司 匹 林 结 构 式 ）
2.3 图形存盘
19
ChemDraw的使用 ChemDraw的使用
化学与生命科学学院分子设计中心
乐山师范学院
第 二 部 分
（绘 制 阿 司 匹 林 结 构 式 ）
ChemDraw的使用 ChemDraw的使用
化学与生命科学学院分子设计中心
乐山师范学院
第七章 ChemDraw的使用 ChemDraw的使用
报告人：胡建平
2009年?月?日 年 月 日
1
ChemDraw的使用 ChemDraw的使用
化学与生命科学学院分子设计中心
乐山师范学院
Chemoffice软件简单介绍 Chemoffice软件简单介绍
(1)世界上最优秀的化学软件,化学工作者必备; (1)世界上最优秀的化学软件 化学工作者必备; 世界上最优秀的化学软件, (2) 结构绘图是国内外重要论文期刊指定格式； 结构绘图是国内外重要论文期刊指定格式； (3) 主要包括ChemDraw, Chem3D, ChemFinder 三部分。 主要包括ChemDraw, 三部分。
ChemOffice2004使用手册
ChemOffice 2004使用手册CS ChemOffice 2004是由美国剑桥软件公司开发，包括增强版和标准版。
CS ChemOffice包括三个软件：ChemDraw、Chem3D、ChemFinder。
其中Chemdraw主要用来绘制分子结构式、反应方程式；Chem3D可以显示分子的三维立体图象；ChemFinder可以建立自己的数据库。
这三部分既可以单独使用，又可以联合起来应用到教学和编辑的工作之中。
该软件可以运行于Microsoft Windows98、2000以及Windows NT下，也可以运行在多种操作系统中。
由于Windows环境下具有的友好用户界面的切换功能，使得其资料可更加方便地共享于各软件之间。
§2.1 ChemDraw的使用ChemDraw的特点ChemDraw的程序界面是标准的Windows窗口(图1)，在窗口中点击左键以激活快捷工具。
用来画分子图形的各种常用操作均用图标形式显示于左边的工具箱中，不必记忆任何操作命令，亦可采用下拉式菜单方式使用。
有的工具按钮上有“向右的小三角”图标，表明有多重选项。
如果需要对分子图形进行放大和缩小或者进行任意角度旋转等操作，可以直接用鼠标选中相应的结构，就可进行操作。
该软件提供了各种类型的化学键、化学分子轨道、电荷、球(椭球)；并且自带了12类几百个模板，从芳环、多元环、羰基化合物到糖、氨基酸等应有尽有，使用十分方便；ChemDraw还具有了分子结构的扩展，例如在写分子式时可以用Me代替甲基，Ph代表苯环，在利用展开分子式功能可以将这些缩写展开。
图1 ChemDraw的主窗口ChemDraw的一大特点是具有强大的分子图形编辑功能。
对分子图形可以进行组合与分块处理——即可以将许多分块的结构组合成为一个结构来进行处理，或者将一个结构分解成若干个小结构进行处理，这就使得使用者可以根据需要用不同的方式对化学结构进行编辑。
ChemDraw具有对化学分子式的上下标记功能，使得对于图形的各种处理，特别是局部的处理提供了很大的灵活性。
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23
ChemFinder
ChemFinder简介
ChemFinder是一个智能型的快速化搜索引擎，所提供的 Cheminfo是目前世界上最丰富的数据库之一，包括ChemACX、 ChemINDEX、ChemRXN、ChemMSDX等，并不断有新的数据 库加入。 ChemFinder可以从本机或网上搜索Word、Excel、Powerpoint、 ChemDraw、ISIS格式的分子结构文件，还可以与微软的Excel结 合。 可连接的数据库包括Oracle及Access，输入的格式包括 ChemDraw、MDL ISIS SD及RD文件
14
显示3D模型信息
鼠标移至3D模型原子上，显示原子相关信息 鼠标移至3D模型化学键上，显示该化学相关信息 按住Shift，用鼠标顺序选中连续的3个原子，鼠标 停留在任一原子上，显示3个原子的键角 Analyze →Show Measurements →Show Bond Lengths：显示全部键长数据 Analyze →Show Measurements →Show Bond Angles：显示全部键角数据 选中对象
22
三氟化磷PF 三氟化磷Байду номын сангаас3
P(1)-F(2) P(1)-F(6) P(1)-F(7) F(2)-P(1)-F(6) F(2)-P(1)-F(7) F(6)-P(1)-F(7) 1.558 1.558 1.558 95.846 95.834 95.840
Iteration 1 Heat of Formation: -188.26475 Gradient Norm: 196.455 Iteration 11 Heat of Formation: -252.17376 Gradient Norm: 0.025 Heat of Formation: -252.17376 kcal/mole Gradient Norm: 0.02534
18
1，2-二氯乙烷内旋转势能 ， 二氯乙烷内旋转势能
20.0 17.5 15.0
内旋转势能 (kcal/mol)
12.5 10.0 7.5 5.0 2.5 0.0 0 60 120 180 240
0
300
360
角度( 角度( )
19
Huckel分子轨道
建立3D模型 Analyze →Extended Huckel Surfaces
Analyze →Compute Properties，于对话框中选择相关选 项，单击Add，添加到计算列表，单击OK，开始计算 结果在消息窗口列出
17
计算内旋转势能
建立3D模型，Ctrl+A选择对象，执行Tools →Clean Up Structure整理模型 执行MM2 →Minimize Energy，优化能量至最小值 执行MM2 →Compute Properties，弹出对话框，单击Run开 始计算，信息框中给出计算结果 可以选中某个C原子，双击左上角旋转按钮，于弹出对话框 中输入10，单击Rotate，对象顺时针旋转10度 重复执行MM2，可计算新的结构下的内旋转势能 当然可重复执行上述步骤，得到旋转0~360度完整的内旋转 势能分布
Chem3D文件扩展名：c3d；模板文件：c3t
3
Chem3D主界面
菜单栏 常用工具栏 水平工具栏 模型窗口 旋转柄 （模型窗口四周）
4
建立Chem3D模型
三种方式
利用单键、双键或三键工具直接绘制3D模型 把分子是转换成3D模型 用Chem3D提供的子结构或模板建立模型
5
建立Chem3D模型
利用键工具建立模型
24
根据结构式检索
运行ChemFinder，单击Existing选项卡 单击选中CS_DEMO.CFW数据库，单击打开按钮，弹出 对话框
Structure：显示分子结构 Formula：显示分子式 MolWeight：显示分子量 Molname：显示英文文件名称 Mol_ID：显示分子的所有别名
单击Enter Query按钮，清空各窗口，双击Structure可打 开ChemDraw工具栏，可用来画出结构式 单击Find按钮，查找 单击Next Record，直到找到符合要求的结构
9
10
建立Chem3D模型
使用模板建立3D模型 File→ Templates，选择相应的模板 如：Buckminsterfullerene.C3T
C60
11
File →Templates→Zeolite.C3T
12
ChemDraw结构式与3D模型间的转换
ChemDraw结构式转换为3D模型
Enter Query
ChemDraw 工具栏
28
Next Record Find按钮 按钮
检索结果
29
根据分子式检索
使用CS_DEMO数据库 单击Enter Query，清空各窗口 在Formula窗口输入分子式（如C9H8O4（完整分 子式）、或者C5-6N2（模糊检索）），按回车，窗 口显示检索结果 按Next Record找到需要的结构 列表查看：单击Switch to Table，显示窗口变成列 表（再次单击该按钮，显示窗口恢复原样）
如：Nicotine（完整的名称） 或者 *nico*（通配符的模糊检索）
按回车，窗口显示检索结果 按Next Record找到需要的结构
35
Molname
36
共四个结果 第一个检索结果： 第一个检索结果： Nicotinic acid
Next Record
37
第二个检索结果： 第二个检索结果： Nicotine
H(Ala)12OH (多肽) （α-螺旋）
8
建立Chem3D模型
使用子结构建立3D模型
View → Substructures .TBL 菜单 弹出CS Table Editor - Substrutures窗口 单击所选基团的Model选中，单击工具栏上的复 制按钮 回到3D模型窗口，单击粘贴按钮 重复以上步骤，得到所有子结构 3D窗口中使用键按钮，连接原子，得到3D模型
View →Molecular Orbitals，弹出对话框 选项说明：
Obital：两个选项为HOMO（默认）、LUMO Surface Type：选项四个Solid （默认） 、Wire Mesk、 Dots、Translucent Set Grid… :默认值30，可在对话框中重新设置，数值 越高，计算精度越高，计算量越大
建立PF3的3D模型 MOPAC →Minimize Energy，于对话框中选择Theory 选项卡，选中PM3方法，单击Run开始运算，结果见信 息框 Analyze →Show Measurements →Show Bonds Angles（Lengths），结果见右侧窗口信息
同样可建立PCl3、PBr3、PI3模型并优化之
化学反 应方程 反应描述
44
使用化学反应数据库
单击EnterQuery，清空各窗口 双击化学反应窗口，ChemDraw自动启动并 打开绘图工具栏 由反应物检索反应：
用ChemDraw绘制反应物结构式和一个箭头，关 闭ChemDraw，结果自动进入化学反应窗口 单击Find按钮，窗口显示检索结果
45
EnterQuery
双击化学反 应窗口
启动 ChemDraw
关闭 ChemDraw 返回 ChemFinder Find按钮 按钮
46
NextRecord 查看下一结果
检索结果一
Show Surface：显示HOMO或LUMO轨道
20
乙烯HOMO=6轨道 轨道 乙烯 (成键轨道 成键轨道) 成键轨道
乙烯
乙烯LUMO=7轨道 轨道 乙烯 (反键轨道 反键轨道) 反键轨道
21
MOPAC量子力学计算
半经验量子化学计算程序MOPAC97 例：用PM3半经验式计算三卤化磷键长和键角
Object →Show Element Symbols →Show 或者Object → Show Serial Numbers →Show
15
改变元素序号与替换元素
Ctrl + A选中模型 Tools →Clean Up Structure整理模型 双击需要改变序号的碳原子，于弹出输入 框内填写原子序号，回车 双击需要改变元素的原子，于弹出输入框 内填写元素符号，回车
选中ChemDraw结构式，复制到Chem3D窗口中， 自动完成转换
直接打开ChemDraw文件
Chem3D中执行File→Open，打开ChemDraw文 件，自动完成转换
3D模型转换为ChemDraw结构式
选中3D模型，执行复制 ChemDraw窗口执行粘贴，完成转换
13
整理结构与简单优化
Edit→ Select All（或者 执行Ctrl+ A），选 中模型 Tools →Clean Up Structure，整理结构 MM2 →Minimize，弹出对话框 单击Run，对模型优化，最终给出能量最低 状态
2
Chem3D简介
Chem3D主界面 水平工具栏中显示属性设置选项
Wire Frame：线状模型 Sticks：棒状模型 Ball & Stick ：球棍模型 Cylindrical Bonds ：圆柱键模型 Space Filling ：比例模型 Ribbons ：带状模型 Cartoons ：卡通模型
检索结果
41
MolWeight：160-170 ：
检索结果 可使用Next Record 可使用 逐一查看
42
使用化学反应数据库
使用化学反应数据库ISICCRsm.CFW
43
ISICCRsm数据库 数据库 打开时的界面
数据库位于以下文件夹： 数据库位于以下文件夹： ..\CambridgeSoft\ChemOffice2 004\Chemfinder\Samples\ 反应物、溶剂、产物、 反应物、溶剂、产物、催 化剂、 化剂、反应条件等
ChemFinder
ChemFinder简介
ChemFinder是一个智能型的快速化搜索引擎，所提供的 Cheminfo是目前世界上最丰富的数据库之一，包括ChemACX、 ChemINDEX、ChemRXN、ChemMSDX等，并不断有新的数据 库加入。 ChemFinder可以从本机或网上搜索Word、Excel、Powerpoint、 ChemDraw、ISIS格式的分子结构文件，还可以与微软的Excel结 合。 可连接的数据库包括Oracle及Access，输入的格式包括 ChemDraw、MDL ISIS SD及RD文件
14
显示3D模型信息
鼠标移至3D模型原子上，显示原子相关信息 鼠标移至3D模型化学键上，显示该化学相关信息 按住Shift，用鼠标顺序选中连续的3个原子，鼠标 停留在任一原子上，显示3个原子的键角 Analyze →Show Measurements →Show Bond Lengths：显示全部键长数据 Analyze →Show Measurements →Show Bond Angles：显示全部键角数据 选中对象
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三氟化磷PF 三氟化磷Байду номын сангаас3
P(1)-F(2) P(1)-F(6) P(1)-F(7) F(2)-P(1)-F(6) F(2)-P(1)-F(7) F(6)-P(1)-F(7) 1.558 1.558 1.558 95.846 95.834 95.840
Iteration 1 Heat of Formation: -188.26475 Gradient Norm: 196.455 Iteration 11 Heat of Formation: -252.17376 Gradient Norm: 0.025 Heat of Formation: -252.17376 kcal/mole Gradient Norm: 0.02534
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1，2-二氯乙烷内旋转势能 ， 二氯乙烷内旋转势能
20.0 17.5 15.0
内旋转势能 (kcal/mol)
12.5 10.0 7.5 5.0 2.5 0.0 0 60 120 180 240
0
300
360
角度( 角度( )
19
Huckel分子轨道
建立3D模型 Analyze →Extended Huckel Surfaces
Analyze →Compute Properties，于对话框中选择相关选 项，单击Add，添加到计算列表，单击OK，开始计算 结果在消息窗口列出
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计算内旋转势能
建立3D模型，Ctrl+A选择对象，执行Tools →Clean Up Structure整理模型 执行MM2 →Minimize Energy，优化能量至最小值 执行MM2 →Compute Properties，弹出对话框，单击Run开 始计算，信息框中给出计算结果 可以选中某个C原子，双击左上角旋转按钮，于弹出对话框 中输入10，单击Rotate，对象顺时针旋转10度 重复执行MM2，可计算新的结构下的内旋转势能 当然可重复执行上述步骤，得到旋转0~360度完整的内旋转 势能分布
Chem3D文件扩展名：c3d；模板文件：c3t
3
Chem3D主界面
菜单栏 常用工具栏 水平工具栏 模型窗口 旋转柄 （模型窗口四周）
4
建立Chem3D模型
三种方式
利用单键、双键或三键工具直接绘制3D模型 把分子是转换成3D模型 用Chem3D提供的子结构或模板建立模型
5
建立Chem3D模型
利用键工具建立模型
24
根据结构式检索
运行ChemFinder，单击Existing选项卡 单击选中CS_DEMO.CFW数据库，单击打开按钮，弹出 对话框
Structure：显示分子结构 Formula：显示分子式 MolWeight：显示分子量 Molname：显示英文文件名称 Mol_ID：显示分子的所有别名
单击Enter Query按钮，清空各窗口，双击Structure可打 开ChemDraw工具栏，可用来画出结构式 单击Find按钮，查找 单击Next Record，直到找到符合要求的结构
9
10
建立Chem3D模型
使用模板建立3D模型 File→ Templates，选择相应的模板 如：Buckminsterfullerene.C3T
C60
11
File →Templates→Zeolite.C3T
12
ChemDraw结构式与3D模型间的转换
ChemDraw结构式转换为3D模型
Enter Query
ChemDraw 工具栏
28
Next Record Find按钮 按钮
检索结果
29
根据分子式检索
使用CS_DEMO数据库 单击Enter Query，清空各窗口 在Formula窗口输入分子式（如C9H8O4（完整分 子式）、或者C5-6N2（模糊检索）），按回车，窗 口显示检索结果 按Next Record找到需要的结构 列表查看：单击Switch to Table，显示窗口变成列 表（再次单击该按钮，显示窗口恢复原样）
如：Nicotine（完整的名称） 或者 *nico*（通配符的模糊检索）
按回车，窗口显示检索结果 按Next Record找到需要的结构
35
Molname
36
共四个结果 第一个检索结果： 第一个检索结果： Nicotinic acid
Next Record
37
第二个检索结果： 第二个检索结果： Nicotine
H(Ala)12OH (多肽) （α-螺旋）
8
建立Chem3D模型
使用子结构建立3D模型
View → Substructures .TBL 菜单 弹出CS Table Editor - Substrutures窗口 单击所选基团的Model选中，单击工具栏上的复 制按钮 回到3D模型窗口，单击粘贴按钮 重复以上步骤，得到所有子结构 3D窗口中使用键按钮，连接原子，得到3D模型
View →Molecular Orbitals，弹出对话框 选项说明：
Obital：两个选项为HOMO（默认）、LUMO Surface Type：选项四个Solid （默认） 、Wire Mesk、 Dots、Translucent Set Grid… :默认值30，可在对话框中重新设置，数值 越高，计算精度越高，计算量越大
建立PF3的3D模型 MOPAC →Minimize Energy，于对话框中选择Theory 选项卡，选中PM3方法，单击Run开始运算，结果见信 息框 Analyze →Show Measurements →Show Bonds Angles（Lengths），结果见右侧窗口信息
同样可建立PCl3、PBr3、PI3模型并优化之
化学反 应方程 反应描述
44
使用化学反应数据库
单击EnterQuery，清空各窗口 双击化学反应窗口，ChemDraw自动启动并 打开绘图工具栏 由反应物检索反应：
用ChemDraw绘制反应物结构式和一个箭头，关 闭ChemDraw，结果自动进入化学反应窗口 单击Find按钮，窗口显示检索结果
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EnterQuery
双击化学反 应窗口
启动 ChemDraw
关闭 ChemDraw 返回 ChemFinder Find按钮 按钮
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NextRecord 查看下一结果
检索结果一
Show Surface：显示HOMO或LUMO轨道
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乙烯HOMO=6轨道 轨道 乙烯 (成键轨道 成键轨道) 成键轨道
乙烯
乙烯LUMO=7轨道 轨道 乙烯 (反键轨道 反键轨道) 反键轨道
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MOPAC量子力学计算
半经验量子化学计算程序MOPAC97 例：用PM3半经验式计算三卤化磷键长和键角
Object →Show Element Symbols →Show 或者Object → Show Serial Numbers →Show
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改变元素序号与替换元素
Ctrl + A选中模型 Tools →Clean Up Structure整理模型 双击需要改变序号的碳原子，于弹出输入 框内填写原子序号，回车 双击需要改变元素的原子，于弹出输入框 内填写元素符号，回车
选中ChemDraw结构式，复制到Chem3D窗口中， 自动完成转换
直接打开ChemDraw文件
Chem3D中执行File→Open，打开ChemDraw文 件，自动完成转换
3D模型转换为ChemDraw结构式
选中3D模型，执行复制 ChemDraw窗口执行粘贴，完成转换
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整理结构与简单优化
Edit→ Select All（或者 执行Ctrl+ A），选 中模型 Tools →Clean Up Structure，整理结构 MM2 →Minimize，弹出对话框 单击Run，对模型优化，最终给出能量最低 状态
2
Chem3D简介
Chem3D主界面 水平工具栏中显示属性设置选项
Wire Frame：线状模型 Sticks：棒状模型 Ball & Stick ：球棍模型 Cylindrical Bonds ：圆柱键模型 Space Filling ：比例模型 Ribbons ：带状模型 Cartoons ：卡通模型
检索结果
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MolWeight：160-170 ：
检索结果 可使用Next Record 可使用 逐一查看
42
使用化学反应数据库
使用化学反应数据库ISICCRsm.CFW
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ISICCRsm数据库 数据库 打开时的界面
数据库位于以下文件夹： 数据库位于以下文件夹： ..\CambridgeSoft\ChemOffice2 004\Chemfinder\Samples\ 反应物、溶剂、产物、 反应物、溶剂、产物、催 化剂、 化剂、反应条件等