两种杂交石斑鱼子一代及其亲本的线粒体COⅠ基因遗传变异分析

鱼类杂交育种技术及其在石斑鱼类中的应用引言鱼类杂交育种技术是一种通过人工控制鱼类繁殖达到改良和优化种质的方法。

本文将介绍鱼类杂交育种技术的基本原理及其在石斑鱼类中的应用。

一、鱼类杂交的基本原理鱼类杂交是指通过人工选择不同品系或种类的鱼进行交配，产生具有亲本双方优良性状的杂交后代。

其基本原理如下：1.杂交优势：杂交后代往往具有比亲本更高的适应性、生长速度和抗病能力，这是因为杂交带来的基因重组和基因交换产生了新的基因组合。

2.亲本选择：选择合适的亲本是鱼类杂交育种成功的关键。

亲本的选择应考虑种质的多样性、品系的优良性状以及亲本之间的亲缘关系。

3.控制交配：人工控制鱼类的交配过程是鱼类杂交育种的核心步骤。

通过控制交配时间、温度和激素处理等方式，调节亲本间的生殖行为以实现杂交目的。

二、鱼类杂交育种技术在石斑鱼类中的应用石斑鱼类是一种重要的经济鱼类，在餐桌上备受青睐。

通过鱼类杂交育种技术，可以改善石斑鱼类的生长速度、耐寒性以及肉质口感等关键性状，提高其市场竞争力。

2.1 石斑鱼种质资源的选择在石斑鱼类杂交育种中，首先需要选择适合的种质资源作为亲本。

根据亲本的遗传背景和性状表现，选择具有生长快、体型大、耐高温等优良性状的种质。

2.2 人工控制交配为了实现石斑鱼的杂交育种目标，需要对亲本进行人工控制交配。

主要包括以下几个方面：1.交配时间：选择合适的交配时间可以提高杂交的成功率。

石斑鱼一般在春季进行繁殖，因此在春季选择合适的时间进行交配。

2.交配地点：为了保证交配的成功，可以提前准备好适当的交配场所，提供良好的水质和适宜的环境条件。

3.激素处理：通过给予亲本适当的激素处理，可以促进繁殖行为和增加交配的成功率。

2.3 杂交后代的筛选与培育杂交后代的筛选与培育是石斑鱼类杂交育种的重要环节，主要包括以下几个步骤：1.筛选优良个体：通过对杂交后代进行生长性状、体型、肉质等方面的观察和评估，筛选出具有优良性状的个体作为选育对象。

两种杂交石斑鱼及其亲本的形态差异分析王燕;张勇;张海发;黄文;肖玲;李水生;杨宇晴;林浩然【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2014(038)006【摘要】为研究两种杂交石斑鱼及其亲本的形态差异,实验采用传统形态学测定与现代框架测定结合的方法,测定了青龙斑(斜带石斑鱼♀×鞍带石斑鱼♂)和虎龙斑(棕点石斑鱼♀×鞍带石斑鱼♂)及其亲本的可数性状和可量性状,并进行相关统计分析.结果显示,在外观方面,青龙斑与亲本相比,其斜带边缘清晰连贯,而虎龙斑体侧分布有不同于亲本的大型环状斑;在外部形态框架方面,青龙斑背鳍前端及躯干形态都偏向于母本,呈现出背腹部压缩的细长型,而虎龙斑背鳍前端的框架形态偏向于母本、躯干的框架形态却偏向于父本,呈现出两种框架形态组合的特点.综合传统可量数据和框架数据聚类分析、判别分析和主成分分析的结果表明:两种杂交石斑鱼在外部形态方面更偏向于母本.【总页数】8页(P778-785)【作者】王燕;张勇;张海发;黄文;肖玲;李水生;杨宇晴;林浩然【作者单位】中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室,广东广州510275;广东省海洋渔业试验中心,广东惠州516081;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室,广东广州510275;广东省海洋渔业试验中心,广东惠州516081;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室,广东广州510275;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室,广东广州510275;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室,广东广州510275;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室,广东广州510275;广东省海洋渔业试验中心,广东惠州516081;中山大学水生经济动物研究所暨广东省水生经济动物良种繁育重点实验室,广东广州510275【正文语种】中文【中图分类】Q348;S965【相关文献】1.杂交石斑鱼(斜带石斑鱼♀×赤点石斑鱼♂)与其亲本形态性状比较研究 [J], 吴水清;郑乐云;罗辉玉;黄种持;林克冰;邱峰岩;吴精灵;林金波2.杂交石斑鱼（斜带石斑鱼♀×赤点石斑鱼♂）与其亲本形态性状比较研究 [J], 吴水清;郑乐云;罗辉玉;黄种持;林克冰;邱峰岩;吴精灵;林金波;3.云纹石斑鱼(♀)×鞍带石斑鱼(♂)杂交F1与亲本的形态学比较 [J], 李炎璐;陈超;陈建国;赵亭亭;张清雯;翟介明4.杂交种“云龙石斑鱼”与亲本的形态差异分析 [J], 李振通;成美玲;田永胜;唐江;马文辉;侯云霞;王晓梅;翟介明5.棕点石斑鱼(♀)×蓝身大斑石斑鱼(♂)杂交后代与亲本的形态差异 [J], 吴玉萍; 翟介明; 田永胜; 李振通; 张晶晶; 李子奇; 成美玲; 王林娜; 马文辉; 庞尊方因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

两种石斑鱼及其杂种子代的分子鉴定杜佳莹;丁少雄;王军;王世锋;庄轩;尤颖哲【期刊名称】《海洋学报（中文版）》【年(卷),期】2006(028)006【摘要】针对在分类上存在混淆的点带石斑鱼和斜带石斑鱼,在形态学基础上,运用mtDNA Cyt b基因扩增序列分析、RAPD、AFLP等分子标记技术对两种石斑鱼的遗传关系进行了研究.研究结果表明:(1)点带石斑鱼与斜带石斑鱼的分化已达到种间水平,mtDNA Cyt b基因序列相似度为94.4%,AFLP扩增片段的遗传相似率为0.753 9;(2)两种石斑鱼存在杂交现象,RAPD、AFLP的扩增谱图中均获得亲本与子代的特异性条带,父本对杂交子代的遗传影响略大于母本;(3)AFLP标记在点带和斜带石斑鱼及其杂交子代中的遗传符合孟德尔遗传规律,可用于构建两种石斑鱼的遗传连锁图谱.研究结果将对两种石斑鱼种质资源的保护及人工繁育的可续性提供重要参考.【总页数】6页(P94-99)【作者】杜佳莹;丁少雄;王军;王世锋;庄轩;尤颖哲【作者单位】厦门大学,海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学,海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学,海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学,海洋与环境学院,福建,厦门,361005;厦门大学,海洋与环境学院,福建,厦门,361005;漳州市水产技术推广站,福建漳州,363000【正文语种】中文【中图分类】S965.334【相关文献】1.美洲黑杨与胡杨杂交及其杂种子代亲子鉴定 [J], 彭儒胜;赵鑫闻;王胜东;杨志岩;纪纯阳2.两种杂交石斑鱼子一代杂种优势的微卫星标记分析 [J], 周翰林;张勇;齐鑫;张海发;张磊;王乐;蒙子宁;刘晓春;林浩然3.斜带石斑鱼3种致病性弧菌的分子生物学鉴定 [J], 李宁求;白俊杰;吴淑勤;劳海华;石存斌;潘厚军;叶星;简清4.甘蔗斑茅的杂交利用及其杂种后代鉴定系列研究(二):甘蔗斑茅远缘真实杂种的分子鉴定 [J], 郑雪芳;张木清;李奇伟;劳方业;邓祖湖;陈如凯;杨业后5.白、青杨派间杂交幼胚培养及杂种子代的分子鉴定 [J], 卫尊征;张金凤;张德强;李旦;王璐;郭丽琴因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

两种杂交石斑鱼子一代及其亲本的线粒体COⅠ基因遗传变异分析周翰林;杨森;高川;张磊;张海发;李水生;张勇;蒙子宁;刘晓春;林浩然【摘要】对两种杂交石斑鱼子一代（青龙斑和虎龙斑）及其亲本（斜带石斑鱼、棕点石斑鱼和鞍带石斑鱼）的线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ（COⅠ）基因序列进行了测序分析。

在15个样本中，同源序列片段（1551bp）中共检测到9个单倍型和249个核苷酸多态位点。

序列差异分析和遗传距离比较结果显示，核苷酸序列同源性在88．1％-100％之间，无明显遗传分化。

虎龙斑的2个COⅠ基因单倍型与母本棕点石斑鱼单倍型的同源性为99％和100％，而与父本鞍带石斑鱼的同源性均为88．1％。

青龙斑的2个单倍型与母本斜带石斑鱼的3个单倍型的同源性在99．7％-100％之间，而与父本鞍带石斑鱼的同源性分别为89．3％和89．4％，结果表明两种杂交子一代在线粒体DNACOⅠ基因上严格遵循母性遗传规律。

%In order to identify the phylogenetic relationship among two grouper hybrids （ Qinglong grouper and Hulong grouper） and their parents （ Epinephelus coioides 9, Epinephelus coioides ♀ and E. lanceolatus ♂）, their mitochondrial cytochrome oxidase subunit I （CO I ）gene fragments were amplified by PCR, and the 1551 base-pair nucleotide sequences of CO I were examined. The results show that all 15 sequences are grouped into 9 haplotypes and 249 nucleotide polymorphic loci in CO I gene fragments. Sequence divergences and genetic distance analysis showed all the groupers shared 88.1% to 100% similarities in nucleotide sequence, indicating there is no significant genetic difference among these groupers. The two CO I haplotypes of Hulong grouper showed 99% and100% similarities with the haplotype of the female parent E. fuscoguttatus, respectively, but only 88.1% similarity with the male parent E. lanceolatus. The two CO I haplotypes in Qinglong grouper had similarities of 99.7% to 100% with the three haplotypes of the female parent E. coioides, and only of 89.3% and 89.4% with the male parent E. lanceolatus. The results indicated that the two grouper hybrids were inherited from their maternal parent in mitochondrial CO I genes.【期刊名称】《热带生物学报》【年(卷),期】2012(003)001【总页数】10页(P1-10)【关键词】斜带石斑鱼;鞍带石斑鱼;棕点石斑鱼;杂交子代;COⅠ;遗传变异【作者】周翰林;杨森;高川;张磊;张海发;李水生;张勇;蒙子宁;刘晓春;林浩然【作者单位】中山大学生命科学学院,广东广州510275;中山大学生命科学学院,广东广州510275;中山大学生命科学学院,广东广州510275;广东省大亚湾水产试验中心,广东惠州516081;广东省大亚湾水产试验中心,广东惠州516081;中山大学生命科学学院,广东广州510275;中山大学生命科学学院,广东广州510275;中山大学生命科学学院,广东广州510275;中山大学生命科学学院,广东广州510275;中山大学生命科学学院,广东广州510275／海南大学海洋学院,海南海口570228【正文语种】中文【中图分类】Q321斜带石斑鱼(Epinepheluscoioides)、鞍带石斑鱼(Epinepheluslanceolatus)和棕点石斑鱼(Epinephelusfuscoguttatus)都隶属于鲈形目(Perciformes)、鮨科(Serranidae)、石斑鱼属(Epinephelus)，在我国主要分布于台湾海峡及南海海域［1－5］。

上 海 海 洋 大 学 硕士学位论文题 目：云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及杂交子代表型和遗传性状及亲缘关系分析英文题目： Phenotypic and genetic traits and geneticrelationship analysis in Epinephelusmoara (♀), E . lanceolatus (♂) and Yunlonggrouper专 业：动物遗传育种与繁殖 研究方向：石斑鱼杂交育种 姓 名：唐江 指导教师：田永胜 研究员二O 一八年 五月二十一日学校代码：研究生学号： M15010714910264上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。

所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。

除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。

论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。

学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。

本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。

保密□，在年解密后适用本版权书。

本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及杂交子代表型和遗传性状及亲缘关系分析Phenotypic and genetic traits and genetic relationship analysis in Epinephelus moara(♀), E. lanceolatus (♂) and Yunlong grouper学位论文完成时间：指导老师签字：答辩委员会成员签字：云纹石斑鱼、鞍带石斑鱼及杂交子代表型和遗传性状及亲缘关系分析摘要石斑鱼是世界重要海水名贵鱼类，养殖范围从我国的南方沿海城市逐渐发展到北方山东、天津等地，其具有重要的经济价值，市场需求大，受到人们的广泛的关注，20世纪末，研究学者们相继开展了石斑鱼人工繁殖与杂交育种技术，突破了石斑鱼在人工繁育上的瓶颈，使得石斑鱼产业取得了巨大的发展。

2种带鱼科鱼类线粒体COI基因片段的比较分析斯舒谨;褚梦洁;袁帆;王忠明;杨天燕;朱文斌【期刊名称】《浙江海洋大学学报:自然科学版》【年(卷),期】2022(41)1【摘要】为探究2种带鱼科鱼类的遗传差异,对带鱼和沙带鱼线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因进行扩增。

通过测定得到长度为550 bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T平均含量(52.93%)高于G+C含量(47.07%)。

碱基转换明显大于颠换,转换与颠换比(R)平均为2.72,且密码子第1位点碱基突变数目明显高于其它位点。

28尾沙带鱼样品中检测到12种单倍型,24尾带鱼样品中检测到13种单倍型,前者平均单倍型多样度(H_(d))及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.7169和0.0050,后者分别为0.8841和0.0046。

采用Kimura双参数法计算种间平均遗传距离为0.1655,远大于种内个体间平均遗传距离。

基于单倍型构建的邻接系统发育树显示2种鱼类得到很好的区分,从进化关系上来看,沙带鱼分化时间较带鱼更早。

【总页数】8页(P7-14)【关键词】带鱼;沙带鱼;线粒体COI基因;序列比较【作者】斯舒谨;褚梦洁;袁帆;王忠明;杨天燕;朱文斌【作者单位】浙江海洋大学水产学院;浙江海洋大学海洋与渔业研究所【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.6种帘蛤科贝类及4个地理种群文蛤线粒体COI基因片段序列分析2.三种壳口颜色脉红螺（Rapanavenosa）形态学和线粒体16SrRNA与COI基因片段差异比较分析3.基于线粒体COI基因的马(鱼友)科鱼类DNA条形码研究4.3种鲻科鱼类线粒体COⅠ基因片段序列的比较分析5.两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较张凤英;马凌波;施兆鸿;夏连军;马春艳【期刊名称】《上海水产大学学报》【年(卷),期】2006(15)4【摘要】利用通用引物成功扩增了黄鳍鲷和黑鲷的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基（COI）基因序列。

通过序列测定，得到581bp的基因片段，碱基A、T、G、C 平均含量分别为25．8％、32．6％、18．0％和23．6％，序列中的A＋T含量明显高于G＋C含量，与其他鱼类的C01基因片段研究结果相一致。

通过序列分析发现黄鳍鲷和黑鲷两序列共存在14处碱基变异，其中在第19～139bp之间检测到13个变异位点，是变异频率较高的区段，可以考虑作为鲷属或者种群鉴别的分子标记。

与黄鲷、真鲷、三长棘真鲷等鱼类比较，无插入和缺失位点，转换明显高于颠换。

序列差异比较结果显示，真鲷与黄鳍鲷的序列差异在这5种鱼类中最大，达到了18．2％，黄鳍鲷和黑鲷的筹异最小（2．4％）。

两个序列已提交到GenBank数据库中．序列臀录号为DQ185608和DQ185609.【总页数】6页(P403-408)【关键词】鲷属;线粒体DNA;细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因;序列分析【作者】张凤英;马凌波;施兆鸿;夏连军;马春艳【作者单位】中国水产科学研究院东海水产研究所农业部海洋与河口渔业重点开放实验室【正文语种】中文【中图分类】S965.199【相关文献】1.6种笛鲷属鱼类Cyt b基因片段序列的比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖2.笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析 [J], 刘楚吾;徐田军;刘丽;郭昱嵩;董秋芬3.6种笛鲷属鱼类线粒体16SrRNA基因片段的序列比较 [J], 周发林;江世贵;苏天凤;吕俊霖4.刺鳅属(Mastacembelus)鱼类和中华刺鳅的线粒体COI基因序列比较 [J], 吴斌;王海华;曾庆祥;徐先栋;马本贺5.鰶亚科两种鱼类的线粒体16S rRNA基因片段序列的比较研究 [J], 宋林;韩志强;高天翔因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

海水养殖石斑鱼的线粒体基因组测序与分析石斑鱼（Epinephelus coioides）作为一种重要的经济鱼类，在海水养殖业中具有广泛的应用前景。

了解石斑鱼的遗传特征对于改良品种、提高养殖效益以及保护自然资源都具有重要意义。

线粒体基因组是研究鱼类遗传变异和进化关系的重要工具。

本文将重点介绍海水养殖石斑鱼的线粒体基因组测序与分析，为石斑鱼遗传研究提供参考。

线粒体基因组是细胞中的一个独立进化的遗传系统，具有高度保守性和多样性。

它由几个蛋白编码基因、转运RNA基因和核酸RNA基因组成。

线粒体基因组的测序与分析可以提供关于个体间的亲缘关系、物种起源和进化关系的重要信息。

在进行石斑鱼线粒体基因组测序前，需要提取石斑鱼的线粒体DNA样品。

可以选择鳃、肌肉、鳍、眼球等组织进行提取。

提取的DNA样品可以通过PCR扩增获得所需长度的线粒体基因组。

然后，使用高通量测序技术对扩增的线粒体基因组进行测序。

线粒体基因组数据的测序分析包括序列的拼接、基因注释、遗传多样性和进化分析等。

首先，将测序得到的片段序列拼接成完整的线粒体基因组。

接下来，使用基因注释软件对拼接序列进行注释，识别编码基因和非编码区域。

然后，可以计算线粒体基因组的总碱基对数、GC含量等测序相关信息，评估测序质量。

此外，还可以进行基因组间的比较分析，研究不同个体之间的遗传差异和多样性。

通过构建系统进化树，可以探究石斑鱼的亲缘关系和物种起源。

石斑鱼线粒体基因组测序与分析可以揭示石斑鱼的遗传特征、进化关系以及与其他物种的亲缘关系。

基于线粒体基因组的研究结果，可以为石斑鱼的遗传育种提供依据。

通过遗传多样性分析，可以评估不同种源个体的遗传差异，为养殖策略的优化提供参考。

此外，通过比较不同物种的线粒体基因组，可以进一步揭示鱼类的进化历程和系统分类学。

尽管线粒体基因组测序和分析在石斑鱼遗传研究中发挥着巨大的作用，但还有一些需要注意的问题。

首先，测序时需要选择适当的测序策略和测序深度，以确保获得具有高质量的线粒体基因组数据。

棕点石斑鱼(♀)×清水石斑鱼(♂)杂交子代与亲本表型比较及遗传特征分析王同;方明宇;杨扬;宋乐玲;蔡春有;蒙子宁;刘晓春【期刊名称】《水生生物学报》【年(卷),期】2024(48)3【摘要】以棕点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)为母本、清水石斑鱼(E.polyphekadion)为父本,开展了杂交育种试验,成功获得杂交子一代。

由于棕点石斑鱼与清水石斑鱼外型相似,其杂交子代也与亲本难以区分,为探究双亲本与杂交子代表型差异和遗传差异,研究利用外部形态数据及外型框架参数进行比较分析,同时使用微卫星标记对双亲本及杂交子代的遗传特征进行分析。

在外部形态结构的探究中,杂交子代可量性状及外形框架更偏向于母本棕点石斑鱼。

在遗传特征的分析中,采用ddRAD-seq技术在棕点石斑鱼上获得6266个微卫星标记,筛选出7对可以在双亲本及杂交子代中稳定扩增且遗传多样性较高的微卫星引物,其中,6对引物可以在部分群体中扩增出特异性条带以区分3个群体。

通过分析,7个微卫星标记位点在杂交子代群体中的平均观测杂合度(H_(o))为0.891,平均期望杂合度(H_(e))为0.768,平均多态信息含量(PIC)为0.717,三者均高于双亲本,表明杂交子代在遗传信息的多样性方面有一定的提高。

研究结果可为棕点石斑鱼、清水石斑鱼及两者杂交子代的鉴别提供方法,并为杂交石斑鱼的培育提供一定的理论基础。

【总页数】10页(P444-453)【作者】王同;方明宇;杨扬;宋乐玲;蔡春有;蒙子宁;刘晓春【作者单位】中山大学生命科学学院;海南晨海水产有限公司;南方海洋科学与工程广东省实验室(珠海)【正文语种】中文【中图分类】S961.2【相关文献】1.杂交石斑鱼（斜带石斑鱼♀×赤点石斑鱼♂）与其亲本形态性状比较研究2.棕点石斑鱼(♀)×蓝身大斑石斑鱼(♂)杂交后代与亲本的形态差异3.蓝身大斑石斑鱼冷冻精子(♂)与棕点石斑鱼(♀)杂交后代发育及生长特征分析4.棕点石斑鱼(♀)与蓝身大斑石斑鱼(♂)及其杂交子代遗传多样性分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

千岛湖细鳞鲴种群线粒体COⅠ基因变异及遗传分化研究曲宪成;张勇;刘其根;张开岳;蒋骄云;冯龙【期刊名称】《湖南农业科学》【年(卷),期】2011(000)015【摘要】首先利用鱼类线粒体CO Ⅰ基因两端的保守序列设计简并引物,扩增测序获得了细鳞鲴CO Ⅰ基因1 551 bp序列全长.然后利用CO Ⅰ基因部分序列标记对千岛湖汾口(FK)、姜家镇(JJZ)、富文(FW)以及临岐(LQ)4个细鳞鲴群体84个样本的遗传多样性和遗传结构进行了分析,结果表明:在4个群体中共检测到4种不同单倍型.四群体的单倍型多样性(h)分别为0.500 0、0、0.142 5和0.128 7,核苷酸多样性(π)分别为0.001 9、0、0.000 2和0.000 2,其中FK群体的单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)水平最高,另外3个群体单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)水平都较低.AMOVA分析显示,群体间遗传变异占总变异的23.56％,群体内的遗传变异占总变异的76.44％,表明群体内变异是总变异的主要来源.研究结果表明千岛湖4个群体间没有明显的遗传分化.【总页数】4页(P150-153)【作者】曲宪成;张勇;刘其根;张开岳;蒋骄云;冯龙【作者单位】上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306【正文语种】中文【中图分类】S965.124【相关文献】1.银鲴自然群体线粒体DNA的遗传分化 [J], 肖武汉;张亚平2.细鳞鲴和黄尾密鲴的共同特点与区别 [J], 彭良宇;谢芝明3.千岛湖细鳞鲴和黄尾鲴COI种群遗传结构比较的初步研究 [J], 张峻德;赵良杰;刘其根4.秦岭细鳞鲑黑河种群和湑水河种群的遗传多样性分析 [J], 原居林;朱俊杰;王高学5.千岛湖细鳞鲴种群线粒体COI基因变异及遗传分化研究 [J], 曲宪成; 张勇; 刘其根; 张开岳; 蒋骄云; 冯龙因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

基于线粒体COI基因和D-Loop区序列的7个鲤群体遗传差异分析作者：邹辉韦玲静黄杰甘宝江莫洁琳杨著山滕忠作刘康叶香尘来源：《南方农业学报》2020年第05期摘要：【目的】从分子水平探究不同鲤群体的遗传进化差异，明确金边鲤线粒体基因的遗传进化多样性，为深入开展其遗传资源保护及综合利用提供理论依据。

【方法】采用PCR直接测序分析金边鲤、晒江鲤、太湖鲤、福瑞鲤、建鲤、兴国红鲤和黑龙江野鲤等7个鲤群体的线粒体CO I基因和D-Loop区序列，通过MegAlign 7.0和DnaSP 5.0对多态位点数（S）、单倍型数（H）、核苷酸多样度（Pi）、单倍型多样度（Hd）、平均核苷酸差异（K）及群体内和群体间的遗传距离等遗传信息进行分析，运用Arlequin 3.5进行基因AMOVA分析，并以MEGA 7.0的邻接法（NJ）构建遗传进化树。

【结果】获得7个鲤群体的CO I基因序列长787 bp和D-Loop区序列长878 bp。

7个鲤群体间的CO I基因平均遗传距离为0.0035，其中金边鲤与晒江鲤的群体遗传距离最大（0.0011），与建鲤的群体遗传距离最小（0.0004）;D-Loop区序列平均遗传距离为0.0292，其中金边鲤与黑龙江野鲤的群体遗传距离最大（0.0269），与福瑞鲤和建鲤的群体遗传距离最小，均为0.0102。

在161份样品中，CO I基因共检测到12种单倍型，以单倍型HAP2最多;D-Loop区序列共检测到41种单倍型，其中HAP1、HAP2、HAP3、HAP4、HAP6、HAP7、HAP13和HAP15为金边鲤的特有单倍型。

CO I基因的群体间变异贡献率为19.27%，群体内变异贡献率为80.73%;D-Loop区序列的群体间变异贡献率为20.29%，群体内变异贡献率为79.71%。

从基于K2P遗传距离构建的遗传进化树可看出，建鲤、福瑞鲤和太湖鲤3个群体的亲缘关系最近，且同时与金边鲤聚为一小支。

基于线粒体COI基因序列的5种鲤养殖品种遗传多样性研究单云晶;鲁翠云;李超;张明昭;顾颖;孙效文【摘要】本研究通过对5个鲤养殖品种即高寒鲤(Cyprinus carpio Frigid carp)、松浦鲤(Cyprinus carpio Songpu carp)、蓝鳞鲤(Cyprinus carpio blue var)、松浦镜鲤(Cyprinus carpio Songpu mirror carp)和红镜鲤(Cyprinus carpio Red mirror carp)的线粒体COI基因部分序列的测定,比较并分析了其遗传多样性和系统进化关系。

在5个鲤品种共100个样本的线粒体COI序列中检测到8种单倍型,其中5个单倍型(H1、H2、H4、H5、H6)涵盖样本较多,占总样本数的94.06%。

蓝鳞鲤的单倍型数最少,仅有1个,红镜鲤单倍型数为2个,其余3个品种的单倍型数均为5个。

5个品种单倍型多样性(Hd)在0.160±0.070~0.811±0.055,其中,遗传多样性最高的为高寒鲤。

AMOVA 结果表明,品种间变异(50.28%)略高于品种内变异(49.72%),各品种间的FST值在0.7114~0.8312,其中蓝鳞鲤与其他群体之间差异最大。

用 MEGA4.0软件构建的基于遗传距离的进化树表明,5个养殖品种中,高寒鲤和红镜鲤的遗传距离最近(D=0.31),聚为一支；松浦镜鲤和松浦鲤的遗传距离较近(D=0.33),聚为一支；蓝鳞鲤与其他品种存在较大遗传差异,单独形成一个分支。

除蓝鳞鲤外,其余4个养殖品种间均存在共享的单倍型(H2、H4、H5、H6),可能是由于其在选育过程中亲本的遗传背景存在交叉,同时也证明 DNA 条码在分析种内品种间遗传关系时具有可行性但具有一定的局限性。

%The mitochondrial COI gene of five cyprinoid aquaculture varieties were sequenced and their genetic diversity and cluster analysis were compared. Eight haplotypes were detected from 100 individuals, of which 94.06%belonged to five haplotypes (H1, H2, H4, H5, H6). Cyprinus carpio blue var has only one haplotype, C. c. Red mirror carp has two haplotypes, and the othervarieties including Cyprinus carpio Frigid carp, C. c. Songpu carp and C. c. Songpu mirror carp had five. Haplotype diversity (Hd) was0.160±0.070~0.811±0.055, the highest Hd frequency was observed in Frigid carp. The AMOVA and cluster analysis revealed that genetic distance be-tween varieties (50.28%) was a little higher than that within varieties (49.72%), and the FST ranged from 0.711 4?0.831 2. Compared with the others varieties, Cyprinus carpio blue var exhibited the biggest differences. Ac-cording to the evolutionary tree based on genetic distance, five varieties could be divided into three groups, the first group included Frigid carp and Red mirror carp, the second included Songpu mirror carp and Songpu carp, and the last included Cyprinus carpio blue var. With the exception of Cyprinus carpio blue var, all varieties shared the same haplotypes (H2, H4, H5, H6), which may be due to cross breeding. This study also indicated that DNA barcoding is a practical tool for analyzing the hereditary of different varieties. However, some limitations still ex-ist.【期刊名称】《中国水产科学》【年(卷),期】2013(000)005【总页数】8页(P931-938)【关键词】鲤养殖品种;遗传多样性;DNA条形码;COI基因【作者】单云晶;鲁翠云;李超;张明昭;顾颖;孙效文【作者单位】中国水产科学研究院黑龙江水产研究所，黑龙江哈尔滨 150070; 大连海洋大学水产与生命学院，辽宁大连 116023;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨,150070【正文语种】中文【中图分类】S917鲤(Cyprinus carpio)是目前世界上养殖范围最广、历史最悠久的淡水鱼类, 广泛分布于欧亚大陆, 在长期的养殖和驯化过程中, 形成了多个品种或品系[1], 仅中国就育成鲤的养殖品种10余种。

中国水产科学 2018年7月, 25(4): 772-782 Journal of Fishery Sciences of China研究论文收稿日期: 2018-01-27; 修订日期: 2018-05-11.基金项目: 科技部科技基础性工作专项(2013FY110700); 中国水产科学研究院基本科研业务费专项(2014A11); 国家水产种质资源共享服务平台(2018DKA30470).作者简介: 梁宏伟(1978–), 男, 博士, 副研究员, 从事水产种质资源与遗传育种研究. E-mail: lianghw@ 通信作者: 邹桂伟, 研究员, 从事水产动物遗传育种研究. E-mail: zougw@DOI: 10.3724/SP.J.1118.2018.18036线粒体COI 基因条形码在鲿科鱼类物种鉴定中的应用梁宏伟1, 2, 孟彦1, 罗相忠1, 李忠1, 邹桂伟11. 中国水产科学研究院长江水产研究所, 湖北 武汉 430223;2. 农业农村部水生动物基因组学重点实验室, 湖北 武汉 430223摘要: 为了探讨线粒体COI 基因作为DNA 条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性, 以及系统发育中的适用性, 本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR 扩增, 获得48条线粒体COI 基因序列, 同时从GenBank 筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI 基因序列进行分析。

19种鲿科鱼类的COI 基因序列特征显示: 长度为674 bp 的COI 序列片段平均碱基组成为24.82% A, 30.44% T, 27.10% C 和17.64% G, 碱基组成呈现明显的AT 偏倚性(55.26%), 具有硬骨鱼类的线粒体COI 基因的碱基组成的典型特征。

核苷酸位点中有变异位点226个, 简约信息位点195个, 单一信息位点31个, 转换颠换比为3.35。

19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268, 种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。

安徽农学通报2023年16期动物科学基于线粒体COI基因的DNA条形码在光唇鱼属鱼类系统分类中的应用李强1黄文炜1彭苏汉1周江伟1詹华伟1张钰莹1蓝昭军2李文俊1桂林1*（1广州大学生命科学学院，广东广州510006；2韶关市水产研究所，广东韶关512006）摘要本文基于COI基因序列对光唇鱼属13种鱼类进行分子鉴定及系统进化研究。

结果表明，光唇鱼属各物种间遗传距离，除了北江光唇鱼（A.beijiangensis）与窄条光唇鱼（A.stenotaeniatus）之间的遗传距离（0.0157）外，其余物种间遗传距离都大于0.0200。

在分子系统发育树上，北江光唇鱼与窄条光唇鱼形成一个分支，且因其种间遗传距离达不到种的划分水平，结合已有的资料判断两者可能为同一物种；吉首光唇鱼（A.jishouensis）在分子系统发育树上与侧条光唇鱼（A.parallens）和半刺光唇鱼（A.hemispinus）聚为姐妹分支，且与两者的种间遗传距离都明显大于0.020 0，吉首光唇鱼应为一个有效种；半刺光唇鱼和带半刺光唇鱼（A.cinctus）在系统树上各自分布在2个独立的分支上，且两者间遗传距离比各自与同分支上的物种间遗传距离大，故判断它们的差异已达到种的水平。

本研究结果表明线粒体COI基因序列能有效地对光唇鱼属鱼类进行物种鉴定，并可用于探讨光唇鱼属的系统发育研究。

关键词DNA条形码；COI基因；光唇鱼属；系统发育中图分类号Q953文献标识码A文章编号1007-7731（2023）16-0051-05Application of DNA barcoding based on mitochondrial COI gene in the phylogeneticclassification of AcrossocheilusLI Qiang1HUANG Wenwei1PENG Suhan1ZHOU Jiangwei1ZHAN Huawei1ZHANG Yuying1LAN Zhaojun2LI Wenjun1GUI Lin1*（1College of Life Science,Guangzhou University,Guangzhou510006,China;2Shaoguan Fisheries Research Institute,Shaoguan512006,China）Abstract Based on the COI gene sequence,13species of Acrossocheilus were analysed.The results showed that the genetic distance between species of Acrossocheilus is more than0.0200except for the genetic distance between A. beijiangensis and A.stenotaeniatus(0.0157).In the phylogenetic tree,A.beijiangensis and A.stenotaeniatus formed as the same clade,which genetic distance less than the level of species classification.The two species may be the same species with two different names.The genetic distance from A.jishouensis,A.parallens and A.hemispinus protrudated into sister branches in phylogenetic tree,and the genetic distance from both was obviously greater than0.0200,which showed that A.jishouensis is an effective specie.A.hemispinus and A.cinctus were distributed in two independent branches of the phylogenetic tree,and the genetic distance between them is larger than that between the species on the same branch,so they should be regarded as two separate species.The results of this study indicate that mitochondrial COI gene sequences are effective for species identification and can be used to explore the phylogeny of Acrossocheilus.Keywords DNA barcode;CO I gene;Acrossocheilus;phylogenetic基金项目广州市科技计划项目（201804010486）；广东省教育科学规划课题（2021GXJK097）。

基于线粒体COⅠ基因的9个青鱼群体遗传变异分析鲍生成;包天杰;王沈同;徐晓雁;代雅凡;张家华;李家乐;沈玉帮【期刊名称】《水生生物学报》【年(卷),期】2022(46)7【摘要】为掌握中国青鱼(Mylopharyngodon piceus)种质资源分布特征,揭示青鱼种质资源的遗传变异情况,研究通过对9个青鱼群体271个样本线粒体COⅠ区设计引物并进行PCR扩增,运用软件分析了群体内部遗传多样性和各群体之间的进化关系。

分析结果表明:长度为1003 bp的9个群体COⅠ基因区域序列GC含量低于AT含量,共检测到6个突变位点,7种单倍型,其中Hap4单倍型在9个群体中都有分布。

AMOVA分子方差分析显示271个青鱼样本的变异90.33%来自群体内部,9.67%来自群体间。

青鱼总体核苷酸多样性(π)偏低,在0.00109—0.00244。

单倍型多样(H_(d))性较高,在0.403—0.847。

遗传分化系数(F_(st))在–0.0033—0.23445,保持在低度至高度分化,主要集中在低度和中度分化。

分析得到广东佛山群体可能经历过瓶颈效应,其余8个群体可能经历过快速的种群扩张事件。

研究结果揭示了中国目前青鱼种质资源的遗传背景,可以为中国青鱼种质资源的保护和创新利用提供重要的参考依据。

【总页数】6页(P933-938)【作者】鲍生成;包天杰;王沈同;徐晓雁;代雅凡;张家华;李家乐;沈玉帮【作者单位】上海海洋大学农业农村部淡水水产种质资源重点实验室;上海海洋大学上海水产养殖工程技术研究中心【正文语种】中文【中图分类】Q346.5【相关文献】1.基于线粒体DNA标记的阿根廷滑柔鱼2个产卵群体遗传变异分析2.基于线粒体控制区的粤闽三线矶鲈地理群体的遗传变异分析3.基于线粒体DNA COII基因序列团头鲂3个选育群体的遗传变异分析4.基于线粒体DNA控制区序列的团头鲂3个选育群体遗传变异分析5.基于线粒体DNA控制区序列的珠江和长江水系光倒刺鲃群体遗传变异分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

两种海洋鱼类的遗传多样性及基于线粒体基因组的石首鱼科系统发育研究石首鱼科(Sciaenidae)隶属于鲈形目(Perci formes)、鲈亚目(Percoidei)，广泛分布于世界各沿岸海域,中国沿海是其主要分布区之一,约有17属30种。

黑鲷(A canthopagrus schlegelii)广泛分布于北太平洋西部,在岩礁或沙泥底质的清水环境中生活,不作长距离洄游。

叫姑鱼(Johnius grypotus)为近岸中下层鱼类,喜栖息于泥沙底及岩礁附近海区,是我国重要的海洋经济鱼类。

本研究首先对3种石首鱼科鱼类的线粒体基因组结构和组成进行了分析和比较,并在线粒体基因组水平上探讨了石首鱼科鱼类系统发育关系；其次综合利用形态学和线粒体DNA两种标记,系统开展了黑鲷和叫姑鱼两种海洋鱼类的遗传多样性、群体遗传结构及系统地理格局研究。

主要结果如下：一、石首鱼类线粒体基因组结构特征及其系统发育分析(1)本研究测得黄唇鱼、浅色黄姑鱼以及叫姑鱼三种石首鱼科鱼类的线粒体基因组全序列,长度分别为：黄唇鱼(16,500 bp)、浅色黄姑鱼(16,509 bp)、叫姑鱼(18,523 bp)。

通过比较分析,黄唇鱼和浅色黄姑鱼线粒体基因组特征一致,且与大多硬骨鱼类线粒体基因组结构特征相同,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因及2个非编码区。

叫姑鱼线粒体基因组存在重排现象,具有三个非编码区长片段的插入以及一个tRNA编码基因的替换,这与已报道的皮氏叫姑鱼的线粒体基因组结构相似。

根据已报道的线粒体基因组重排机制分析,非编码区的插入可能是基因组连续复制之后不完全剪切造成的,tRNA的转化主要是由控制区复制起点前后tRNA基因的错误复制引起的。

(2)以线粒体基因组为分子标记构建的16种石首鱼类的系统发育显示支持石首鱼科的单系起源；叫姑鱼亚科和石首鱼亚科位于系统发育树最外端,与形态分类观点一致；白姑鱼亚科并非单系起源,其属分布在不同分支,其分类地位有待深入研究；支持将日本黄姑鱼和娩状黄姑鱼归入白姑鱼属(Argyrosoinae)的观点,但不支持将尖头黄姑鱼归入牙鳡属(Chrysochir);鮸鱼属未与黄鱼属-梅童鱼属聚为一支,与黄鱼亚科传统分类观点不同,鮸鱼属的分类地位有待商榷。