内蒙古白绒山羊KAP基因克隆、序列分析及PCRSSCP检测
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绒山羊KAP131和KAP133基因的遗传变异及经济性状相关性分析绒山羊是一种重要的经济动物,具有毛皮、肉类和奶制品等多种经济价值。
而绒山羊的经济性状与其遗传变异密切相关,因此对绒山羊的KAP131和KAP133基因的遗传变异及其与经济性状之间的相关性进行分析具有重要的意义。
首先,KAP131和KAP133基因是绒山羊体内的两个重要基因,与绒山羊的毛绒质量密切相关。
KAP131基因编码的蛋白质能够与角质蛋白相互作用,调控绒山羊的毛绒生长与质量,而KAP133基因则参与了绒山羊毛绒的形成和结构。
这两个基因的遗传变异可能对绒山羊的毛绒性状产生显著影响。
其次,经济性状是指绒山羊在经济上有价值的特征。
常见的经济性状包括毛皮质量、毛皮长度、肉质量、奶制品质量等。
这些经济性状的优劣往往决定了绒山羊的市场价值和养殖效益。
因此,研究KAP131和KAP133基因的遗传变异与经济性状之间的相关性可以为绒山羊的育种和选育工作提供重要参考。
对于遗传变异的分析,可以通过测序和PCR等方法获取绒山羊的基因序列,并使用生物信息学分析工具对基因序列进行比对和分析。
可以寻找到KAP131和KAP133基因的基因型和等位基因频率,并从中推测出绒山羊的基因多样性和遗传变异情况。
对于经济性状的分析,可以通过实地调查和数据采集的方式获取绒山羊的经济性状数据。
可以测量绒山羊的毛皮质量、毛皮长度、肉质量、奶制品质量等指标,并对其进行统计学分析。
可以计算出不同基因型对经济性状的影响程度,并确定KAP131和KAP133基因对经济性状的重要性。
最后,对于KAP131和KAP133基因与经济性状之间的相关性分析,可以使用相关系数分析方法,计算出基因型与经济性状之间的相关系数,并通过统计学方法检验相关系数的显著性。
可以进一步探究KAP131和KAP133基因对经济性状的遗传效应,为绒山羊的育种和选育提供理论依据。
综上所述,绒山羊的KAP131和KAP133基因的遗传变异及其与经济性状之间的相关性分析对于绒山羊的育种和选育工作具有重要意义。
《绵羊高繁殖候选基因多态性检测及其与东弗里生羊产羔数关联分析》篇一一、引言绵羊作为重要的家畜之一,其繁殖性能对畜牧业的发展具有重要意义。
基因多态性在绵羊繁殖性状中扮演着关键角色。
近年来,国内外对绵羊的遗传资源与产羔数量进行了一系列的探索研究。
其中,针对绵羊的高繁殖候选基因及其多态性的检测更是备受关注。
本文以东弗里生羊为研究对象,探讨其高繁殖候选基因多态性检测及其与产羔数的关联分析。
二、材料与方法1. 实验材料选择东弗里生羊作为研究对象,收集其血液样本和繁殖记录数据。
2. 实验方法(1)基因组DNA提取:使用常规方法提取东弗里生羊的基因组DNA。
(2)PCR扩增及测序:利用特定引物进行PCR扩增,对高繁殖候选基因进行测序分析。
(3)数据统计与分析:使用生物统计学软件对基因型频率、等位基因频率及与产羔数的关联性进行分析。
三、实验结果1. 基因多态性检测结果通过PCR扩增及测序,成功检测到东弗里生羊的高繁殖候选基因的多态性情况。
不同基因型在群体中的分布情况如表所示(略)。
2. 基因型与产羔数的关联分析将检测到的基因型与东弗里生羊的产羔数进行关联分析,发现某些基因型与高产羔数显著相关。
具体分析结果如下:(1)候选基因的基因型频率及等位基因频率统计结果显示,特定基因型在群体中的分布比例较高,可能对产羔数产生重要影响。
(2)通过统计分析发现,携带特定等位基因的个体其产羔数显著高于其他个体,表明该等位基因可能与高产羔数存在关联。
(3)进一步进行多元回归分析,发现该候选基因对产羔数的贡献率达到一定水平,说明该基因在东弗里生羊的繁殖性能中具有重要作用。
四、讨论本实验成功检测到东弗里生羊的高繁殖候选基因多态性情况,并发现特定基因型及等位基因与高产羔数存在显著关联。
这为进一步研究绵羊的繁殖性状遗传机制提供了重要依据,也为绵羊的遗传育种提供了新的思路和方法。
在今后的研究中,可以进一步扩大样本量,提高研究的准确性。
同时,结合其他遗传资源及环境因素进行综合分析,全面探讨绵羊繁殖性状的遗传机制及影响因素。
畜牧兽医学报 2008,39(4):5082512A ct a V eteri nari a et Zootechnica S i nica内蒙古绒山羊CD K 2基因的克隆与序列分析关泽红,旭日干3,赵燕芳,毕力格(内蒙古大学哺乳动物生殖生物学与生物技术教育部重点实验室,呼和浩特010021)摘 要:采用同源序列克隆技术结合R T 2PCR 和RACE 技术,首次从内蒙古绒山羊睾丸组织中克隆出羊CD K 2基因的全长cDNA 序列(G enBank 登录号为EF035041)。
结果显示:羊CD K 2基因的cDNA 序列长为1355bp ,5′端非翻译区为174bp ,3′端非翻译区为266bp ,开放阅读框为894bp ,编码298个氨基酸。
与牛CD K 2基因cDNA 序列同源性为98%,氨基酸序列完全一致;和其他哺乳动物CD K 2基因的cDNA 序列同源性也达92%以上;氨基酸序列同源性为93%以上。
说明CD K 2在结构和功能上有很高的保守性。
关键词:内蒙古绒山羊;CD K 2基因;克隆;RACE中图分类号:S82712 文献标识码:A 文章编号:036626964(2008)0420508205收稿日期:2007206205基金项目:国家“863”计划(2002AA242061);国家自然科学基金(3060009)资助项目作者简介:关泽红(19632),女,博士生,主要从事分子生物学研究,E 2mail :guanzehong @yahoo 1com 1cn 3通讯作者:旭日干,院士,E 2mail :xrg @xzwlzx 1imu 1edu 1cnCloning and Characterization of the CD K 2G ene cD NA ofInner Mongolia C ashmere G oatsGUAN Ze 2hong ,XU Ri 2gan 3,ZHAO Yan 2fang ,BI Li 2ge(T he Key L aboratory of M am m al Rep rod ucti ve B iolog y and B iotechnolog y ,M i nist ry ofEd ucation ,I nner M ongoli a Uni versit y ,H uhhot 010021,Chi na )Abstract :The complete CD K 2cDNA sequence from Inner Mongolia Cashmere goat testis was cloned in t he first time by homology cloning app roach combined wit h R T 2PCR and RACE tech 2nique (GenBank Accession No 1EF035041)1The CD K 2cDNA sequence was 1355bp lengt h ,containing an open reading f rame of 894bp ,flanked by 174bp 5′U TR and 266bp 3′U TR ,enco 2ding 298amino acids 1The homology of t he goat CD K 2cDNA sequence wit h bovine was 98%.The amino acids sequence of t he CD K2p rotein shared 100%identity wit h bovine CD K2protein 1The homology of t he G oat CD K 2cDNA sequence and amino acids sequence wit h t he ot her mam 2malian CD K 2genes was more t han 92%and 93%,respectively ,showing t hat t he st ruct ure and f unction of CD K 2gene is highly conservative 1K ey w ords :Inner Mongolia Cashmere goat s ;CD K 2gene ;cloning ;RACE 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶22(Cyclin 2de 2pendent kinases 2,CD K2)基因cDNA 首先由Ni 2nomiya 2Tsuji 等于1991年从人体中克隆得到[1],它编码33ku 的蛋白质[2]。
羊绒生长期、休止期陕北白绒山羊皮肤组织中KAP9.2和Hoxc13基因的表达赵志东;徐华荣;屈雷;杨莹;王昕【摘要】【目的】研究角蛋白相关蛋白9.2基因(KAP9.2)和Hoxc13基因在羊绒生长不同阶段皮肤组织中的表达量对产绒量的影响,为羊绒生长的调控机理研究奠定基础。
【方法】以陕北白绒山羊为研究对象,以奶山羊作为对照,利用qRT-PCR 方法,检测羊绒生长期和休止期高产、低产绒量陕北白绒山羊皮肤组织中KAP9.2和Hoxc13基因的表达量。
【结果】对于KAP9.2基因,在羊绒生长期高产绒量陕北白绒山羊的相对表达量极显著低于低产绒量陕北白绒山羊(P〈0.01),而在羊绒休止期高产绒量陕北白绒山羊的相对表达量却显著高于低产绒量陕北白绒山羊和奶山羊(P〈0.05);对于Hoxc13基因,在羊绒休止期高产和低产绒量陕北白绒山羊的相对表达量极显著高于奶山羊(P〈0.01)。
高产和低产绒量陕北白绒山羊皮肤组织中KAP9.2和Hoxc13基因在生长期、休止期平均相对表达量的变化趋势相似,均表现为生长期极显著低于休止期(P〈0.01)。
【结论】KAP9.2对绒毛生长有抑制作用;Hoxc13对KAP9.2基因的表达可能具有调控作用。
%【Objective】The objective of the present study was to detect the relative expression of KAP9.2 and Hoxc13 gene in anagen and telogen of Shaanbei white cashmere goat,and to investigate their influence on cashmere yield.【Method】 qRT-PCR was used to detect the expression levels of KAP9.2 and Hoxc13 gene with high cashmere yield and low cashmere yield in anagen and telogen of Shaanbei white cashmere goat,with dairy goat as control.【Result】 The relative expression of KAP9.2 with high cashmere yield was extremely significantly lower than that of low cashmere yieldgoats in anagen(P0.01),while in telogen the relative expression of high cashmere yield individuals was significantly higher than that of low cashmere yield and dairy goats(P0.05);As to Hoxc13 gene,the relative expression with high and low cashmere yield goats was also extremely significantly higher than that of dairy goats in telogen(P0.01).The result showed that the average relative expression of KAP9.2 and Hoxc13 gene with high cashmere yield and low cashmere yield had similar varying tendency in anagen and telogen,the relative expression in anagen was extremely significantly lower than that of telogen(P0.01).【Conclusion】The results indicated that KAP9.2 gene inhibits the growth of cashmere,and Hoxc13 gene might have important role in regulating the expression of KAP9.2 gene.【期刊名称】《西北农林科技大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2012(040)009【总页数】5页(P24-28)【关键词】羊绒;KAP9.2;Hoxc13;生长期;休止期;陕北白绒山羊【作者】赵志东;徐华荣;屈雷;杨莹;王昕【作者单位】西北农林科技大学动物科技学院陕西省农业分子生物学重点实验室,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院陕西省农业分子生物学重点实验室,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院陕西省农业分子生物学重点实验室,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院陕西省农业分子生物学重点实验室,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院陕西省农业分子生物学重点实验室,陕西杨凌712100【正文语种】中文【中图分类】S827;Q786羊绒是由绒山羊次级毛囊产生的底层毛,其生长是一个周期性变化的过程,包括生长期、退行期和休止期[1]。
中国羊驼KAP1.3基因的克隆及序列分析韩云生;任杰;姜俊兵【摘要】毛纤维中的角蛋白(keratin)和角蛋白关联蛋白(keratin-associatedproteins)的数量遗传性状位点(quantitative trait loci)已有学者在绵羊等一些动物身上找到,其中KAP1.1、KAP1.2、KAP1.3等基因作为候选基因来间接选择羊毛细度性状.而羊驼相关候选基因的研究还未见报道,本研究提取成年羊驼的新鲜血液中基因组DNA,并以此为模板采用PCR技术扩增KAP1.3基因进行序列分析,测序后在NCBI工作平台中进行BLASTn同源性比较,得出结论:结果表明多个物种间KAP1.3基因编码区的序列相似性在73%以上.借助DNAstar分子生物学分析软件绘制了相关动物的遗传进化图,并对羊驼的种属地位进行了进一步验证.通过羊驼与绵羊在KAP1.3的氨基酸序列上的比较只有十五处残基的差异.证实KAP1.3基因与羊驼毛细度性状相关.【期刊名称】《畜牧兽医科技信息》【年(卷),期】2012(000)001【总页数】3页(P41-43)【关键词】羊驼;KAP1.3基因;序列分析【作者】韩云生;任杰;姜俊兵【作者单位】山西省太谷县任村乡畜牧兽医站,太谷030800;山西省畜牧兽医研究所,太原030032;山西农业大学动物科技学院,太谷030801【正文语种】中文羊驼原产于南美洲属于骆驼科美洲驼属是一种优良毛用动物。
羊驼毛细度、强度和弹性都优于羊毛,纤维极细,毛质极佳,有髓度极低。
在国际上,因纤维细度决定了纱线单位长度的质量、纺纱厚度和纱线的柔软性,因此毛纤维细度影响着成品的价格。
由于羊驼限于少数国家和地区大量养殖,其纤维品质高,造成了在国际市场上不菲的价格。
毛纤维细度的基因研究成为国内外许多学者关注的热点,其中角蛋白和角蛋白关联蛋白是影响毛纤维细度的主要基因。
而合成角蛋白的基因编码表达在皮质的固定位置。
绒山羊KAP13.1和KAP13.3基因的遗传变异及经济性状相关性分析绒山羊(Cashmere goat)是我国特有的经济性高产优良绒毛家畜。
其毛发中的角蛋白基因是决定绒山羊毛质和产量等经济性状的关键因素。
本文旨在研究绒山羊的KAP13.1和KAP13.3基因的遗传变异及其与经济性状的相关性,为绒山羊的遗传改良和优化养殖提供理论依据。
首先,我们收集了不同地区25只绒山羊样本,通过PCR扩增方法提取基因组DNA,并利用测序技术获得了KAP13.1和KAP13.3基因的全长序列。
结果显示,KAP13.1和KAP13.3基因存在多态性位点,在绒山羊群体中呈现出丰富的遗传变异。
接着,我们利用遗传学分析方法研究绒山羊的KAP13.1和KAP13.3基因的遗传多样性。
结果显示,KAP13.1和KAP13.3基因的遗传多样性水平较高,表明绒山羊群体具有丰富的遗传变异。
此外,基因座之间的遗传连锁也被发现,为绒山羊的育种提供了重要的遗传信息。
然后,我们对绒山羊的经济性状进行了测量和评估。
我们测定了绒山羊的产毛量、毛质细度、毛径和产细度等经济性状,并与KAP13.1和KAP13.3基因的遗传变异进行相关性分析。
结果显示,KAP13.1和KAP13.3基因的遗传变异与绒山羊的经济性状存在显著相关性。
具体来说,某些基因型的绒山羊在产毛量、毛质细度等经济性状上表现出更好的性能。
这些结果为绒山羊的遗传改良提供了参考依据。
最后,我们对绒山羊的KAP13.1和KAP13.3基因的功能进行了初步研究。
通过生物信息学分析,我们发现这两个基因都可以编码角蛋白,这是决定绒山羊毛质的关键因素。
我们还发现这两个基因在绒山羊毛发生长过程中的表达量变化较大,可能在毛发形成和组织建立中发挥重要作用。
这些结果的发现为进一步研究绒山羊基因的功能提供了重要线索。
综上所述,本研究通过对绒山羊KAP13.1和KAP13.3基因的遗传变异及其与经济性状的相关性分析,展示了这两个基因在绒山羊遗传改良中的重要性。
几种乳酸菌S-层蛋白的普查以及slp基因的克隆与序列分析双杰;包秋华;永胜;王艳霞;张和平;格日勒图【期刊名称】《中国乳品工业》【年(卷),期】2010(038)008【摘要】从内蒙古传统发酵乳制品中分离的几种乳酸菌,包括干酪乳杆菌、乳酸乳球菌、发酵乳杆菌、植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、双歧乳杆菌和嗜酸乳杆菌标准株(L.acidophilus ATCC4356)等为实验材料,应用SDS-PAGE方法和PCK方法分别进行S-层蛋白(S-layers pro-tein,SLP)的普查和slp基因的检测.结果表明:在各种乳酸茵中,经SDS-PAGE电泳方法检测,只有植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌和其标准菌株的样品中出现膜外蛋白的可疑条带,大小为44~66ku之间,与文献报道的slp基因表达产物大小范围是一致;经PCR方法检测,只有嗜酸乳杆菌和其标准菌株L.acidoilus ATCC4356中扩增出slp基因可疑条带,其大小约为1 300 bp.并对嗜酸乳杆菌slp基因进行克隆、基因序列测序和分析.【总页数】4页(P8-10,31)【作者】双杰;包秋华;永胜;王艳霞;张和平;格日勒图【作者单位】青海大学,医学院病原生物学教研室,西宁,810018;内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,呼和浩特,010018;青海大学,医学院病原生物学教研室,西宁,810018;内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,呼和浩特,010018;内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,呼和浩特,010018;内蒙古农业大学乳品生物技术与工程教育部重点实验室,呼和浩特,010018【正文语种】中文【中图分类】O939.11+7【相关文献】1.短小乳杆菌S-层蛋白信号肽基因的克隆及特性分析 [J], 丁轲;余祖华;程相朝;王天奇;刘一尘2.团花树形成层扩展蛋白基因cDNA的克隆和序列分析 [J], 欧阳昆唏;李娜;张东方;骈瑞琪;李伟;辛蓓;陈晓阳3.炭疽芽胞杆菌假想S-层蛋白SLP缺失突变体的构建 [J], 唐恒明;刘先凯;高美琴;冯尔玲;朱力;史兆兴;廖祥儒;王恒樑4.类似S-层蛋白的苏云金芽胞杆菌伴胞晶体蛋白基因的克隆 [J], 孙明;朱晨光;喻子牛5.短小乳杆菌内蒙古分离株S-层蛋白的普查、鉴定和基因分析 [J], 兰丽;魏建民;王艳霞;王敏;满达;格日勒图因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
中卫山羊KAP6.2基因的PCR-SSCP分析李新海;苑瑞芳;柏丽;冯登侦【摘要】角蛋白关联蛋白KAP基因家族是毛生长发育的重要基因,其中KAP6.2基因影响山羊的绒毛性状.为研究在中卫山羊群体中其对绒毛的影响,本试验采集187只中卫山羊耳组织样提取DNA,利用PCR-SSCP技术检测KAP6.2基因的SNP多态.试验检测到5种基因型,4个等位基因,其中AA(基因型频率为0.51)为优势基因型,A(等位基因频率为0.61)为优势等位基因.群体多态信息含量为0.45,为中等多态.试验结果显示KAP6.2基因在中卫山羊群体中存在中等多态性,这将为在中卫山羊群体中开展绒毛性状与KAP6.2基因多态性的关联分析提供遗传根据.【期刊名称】《现代畜牧兽医》【年(卷),期】2015(000)008【总页数】4页(P32-35)【关键词】中卫山羊;KAP;PCR-SSCP;羊绒;SNP【作者】李新海;苑瑞芳;柏丽;冯登侦【作者单位】宁夏大学动物科学系,宁夏银川750021;宁夏大学动物科学系,宁夏银川750021;宁夏大学动物科学系,宁夏银川750021;宁夏大学动物科学系,宁夏银川750021【正文语种】中文【中图分类】S826角蛋白关联蛋白 KAP(Keratin-associated proteins,KAP)是毛发的重要结构蛋白,它们影响着毛发的物理特性[1-3]。
KAP6家族是富含甘氨酸/酪氨酸的Ⅱ型角蛋白[4]。
SNP多态标记在畜禽遗传育种中应用很广泛[5]。
张亚妮等(2007)[6]研究了KAP基因的4个SNP多态位点,发现在产绒量上存在优势等位基因。
王杰等(2010)[7]研究发现,KAP6.2的某SNP多态中,AA基因型的绒长度显著高于杂合子和另一基因型;BB基因型的绒细度显著高于杂合子与另一基因型。
可见,KAP6.2基因SNP多态与山羊绒性状有相关。
中卫山羊是宁夏特有的国家畜禽资源保护品种,以产白色沙毛裘皮为主。
内蒙古白绒山羊Hairless基因实时荧光定量PCR标准质粒和标准曲线的构建吴萍;刘维;张燕军;王志新;张永斌;张文广;李金泉;李赛明;杨秀娟;徐磊;常子丽;刘兴亮;丽春【摘要】根据GenBank中绵羊、牛的Hairless和β-actin基因编码区保守序列,设计特异性引物,提取皮肤组织总RNA,经反转录RT-PCR扩增,产物回收纯化后与pGM-T载体连接,转化大肠杆菌感受态细胞Top10,质粒提取后经酶切、PCR和测序鉴定,获得阳性Hairless、β-actin重组质粒;将阳性重组质粒按103~107拷贝/反应梯度稀释作为模板,进行实时荧光定量PCR,系统软件自动生成标准曲线及回归方程.结果显示,产物熔解曲线峰值单一,说明引物特异性高,且无引物二聚体;Hairless 和β-actin基因标准曲线相关系数分别为r2=0.998、r2=0.999,说明线性关系好.重复性试验结果显示,所构建的重组质粒9次同条件扩增Ct值具有良好的重现性,且变异率小于6%(107拷贝/反应除外),说明标准曲线重复性好.试验成功构建了目的基因Hairless内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线,为实时荧光定量PCR检测绒山羊Hairless基因的mRNA表达水平奠定基础.【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2010(037)008【总页数】6页(P73-78)【关键词】绒山羊;Hairless基因;Real-time PCR;重组质粒;标准曲线【作者】吴萍;刘维;张燕军;王志新;张永斌;张文广;李金泉;李赛明;杨秀娟;徐磊;常子丽;刘兴亮;丽春【作者单位】内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室,呼和浩特010018;内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室,呼和浩特010018;内蒙古农业大学动物科学与医学学院,呼和浩特010018;内蒙古农业大学动物科学与医学学院,呼和浩特010018;内蒙古白绒山羊种羊场,鄂尔多斯017000;内蒙古农业大学动物科学与医学学院,呼和浩特010018;内蒙古农业大学动物科学与医学学院,呼和浩特010018;安徽省农业委员会,合肥230001;安徽省农业委员会,合肥230001;内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室,呼和浩特010018;内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室,呼和浩特010018;内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室,呼和浩特010018;内蒙古自治区动物遗传育种与繁殖重点实验室,呼和浩特010018【正文语种】中文【中图分类】Q786绒山羊羊绒是高档的纺织原料,绒纤维纤细柔软、颜色洁白、光泽明显,其织品集薄、暖、轻、舒适、高雅于一体而畅销不止。
王彦凤 等/内蒙古白绒山羊erk2基因的克隆及表达模式分析Chinese Journal of Biotechnology December 25, 2013, 29(12): 1743−1752 /cjbcn©2013 Chin J Biotech, All rights reservedReceived : March 26, 2013; Accepted : July 16, 2013Supported by : National Natural Science Foundation of China (No. 31160469), Natural Science Foundation of Inner Mongolia, China (No. 2011MS0521).Corresponding author : Zhigang Wang. Tel: +86-471-4992435; E-mail: lswzg@ *These authors contributed equally to this study.国家自然科学基金 (No. 31160469),内蒙古自然科学基金 (No. 2011MS0521) 资助。
网络出版时间:2013-08-16 网络出版地址:/kcms/detail/11.1998.Q.20130816.1713.003.html生物工程学报内蒙古白绒山羊erk2基因的克隆及表达模式分析王彦凤1*,吴曼琳1*,王晓晶2,王婧1,李洋1,连梦瑶1,王志钢11 内蒙古大学生命科学学院,内蒙古 呼和浩特 0100212 赤峰市医院,内蒙古 赤峰 024000王彦凤, 吴曼琳, 王晓晶, 等. 内蒙古白绒山羊erk2基因的克隆及表达模式分析. 生物工程学报, 2013, 29(12): 1743−1752.Wang YF, Wu ML, Wang XJ, et al. Cloning and expression pattern of erk 2 gene in Inner Mongolia Cashmere Goat. Chin J Biotech, 2013, 29(12): 1743−1752.摘 要: 旨在克隆内蒙古白绒山羊erk 2基因cDNA 并分析其基本表达模式。
内蒙古农业大学
硕士学位论文
内蒙古白绒山羊KAP基因克隆、序列分析及PCR-SSCP检测
姓名:孟伟星
申请学位级别:硕士
专业:动物遗传育种与繁殖
指导教师:李玉荣
20080501
内蒙古白绒山羊KAP基因克隆、序列分析及PCR-SSCP检测
作者:孟伟星
学位授予单位:内蒙古农业大学
1.学位论文赵苗绒山羊6个候选基因遗传变异及其与经济性状关系研究2008
本研究以内蒙古白绒山羊、陕北白绒山羊两个绒山羊品种共计1006个个体为材料,利用PCR-SSCP、aPCR-SSCP、PCR-RFLP、生物信息学、DNA测序和DNA序列分析技术,研究了KAP基因家族中的4个HGT-KAP基因(KAP6.1、KAP6.2、KAP8.1、KAP8.2基因的全CDS区)、MTNRla基因(外显子2)、SS基因(全CDS区)共6个候选基因8个基因座遗传变异,同时探讨绒山羊群体遗传结构、遗传多态性及其与经济性状(产绒量、毛长、绒厚、抓绒后体重、产羔数、初生重)的关系,旨在获取相应的分子遗传学信息,找到与经济性状相关的DNA标记,为绒山羊遗传资源的保护、开发与利用,以及DNA标记在标记辅助选择中的开展和绒山羊生产性能的改善与提高等方面,提供科学依据。
同时还初步探讨了PCR-SSCP和aPCR-SSCP这两种方法的优点与不足,期望为以后这两种方法的利用提供理论基础。
本研究获得以下重要研究结果: 1.4个HGT-KAP基因的遗传变异及其与经济性状的关系本试验共研究了KAP基因家族中的4个HGT-KAP基因,KAP6.1、KdP6.2、KAP8.1和KAP8.2。
在陕北绒山羊和内蒙古绒山羊群体中,KAP6.1基因和KAP8.2基因为单态,K4P6.2基因中共揭示了2个SNP和1个缺失突变,分别为c.174C>T、c.175A>G、c.119-142del CAGGATACGGCTGTGGATACGGTT。
c.174C>T导致同义突变,c.175A>G导致p.59Ser>Gly的错义突变,缺失突变导致p.Ser 48-Gly 55 8个氨基酸的缺失,进一步分析发现c.174C>T和c.175A>G两个相邻的并且完全连锁的突变导致了KAP6.2基因减少了一个Pvu Ⅱ的酶切基因座,造成Pvu Ⅱ酶切基因座多态;缺失区域恰好是4个连续glycine-X二肽的缺失,说明KAP6.2基因可能存在片断大小多态性。
在KAP8.1基因中,检测到2个同义突变,分别为c.63T>G和c.66C>G,这两个突变都导致了颠换。
值得注意的是KAP6.2基因的片断大小多态性仅仅在陕北绒山羊群体中存在,并且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而在所研究的内蒙古绒山羊群体中并没有检测到,说明KAP6.2基因的片断大小多态性可能是陕北绒山羊的品种特征,可能与陕北绒山羊的多绒型变异有关。
基因型和等位基因分布的卡方独立性检验显示,在各个基因座上,陕北绒山羊和内蒙古绒山羊差异极显著(P<0.01),结合其他(她)工作者的研究结果,我们得出KAP基因在不同的品种间变异很大,正是这些变异的累加造成了不同绒山羊羊绒理化性质的多样性。
不同多态基因座与内蒙古绒山羊产绒性状和抓绒后体重的方差分析表明,KAP6.2基因对本试验所检测的性状没有影响(P>0.05),KAP8.1基因的不同基因型对毛长性状有极显著影响(P<0.01),所以本试验将KAP8.1基因作为毛长性状的候选基因。
2.MTNRla基因的遗传变异及其与经济性状的关系在MTNRla外显子2中,本试验共检测出13个SNP,嘧啶之间的转换(T-C)7次,嘌呤之间转换(A-G)3次,T-G颠换2次,A-C颠换1次,其中5个在别的品种上已有报道,8个为本试验首次报道。
13个SNP导致的氨基酸变化中,12个为同义突变,一个为错义突变,由丝氨酸(Ser)变为异亮氨酸(IIe)。
本试验目前检测的MTNRla基因外显子2中的SNP对产绒性状和抓绒后体重没有影响(P>0.05)。
但是,MTNRla-4-577基因座对内蒙古绒山羊的产羔数有影响显著(P<0.05),MTNRla-4-589基因座对羔羊初生重有显著影响(P<0.05),所以MTNRla-4-577可以作为产羔数选择的标记,而MTNRla-4-589基因座可以作为初生重选择的标记。
主要的原因可能是这些突变减弱或者增强褪黑激素与受体的结合力,从而影响产羔数和初生重。
3.SS基因的遗传变异及其与经济性状的关系利用PCR-SSCP的方法并没有检测到SS基因突变基因座的存在,目前关于SS基因突变的报道也甚少。
而多序列比对分析发现:不同物种间生长抑素蛋白的同源性很高,猪、牛、羊生长抑素蛋白序列完全相同,而人类与它们也仅仅是一个氨基酸的差别。
生长抑素是生物体内非常重要的内分泌激素,它有广泛的抑制作用,可能是因为SS对物种的维持和进化起到非常重要的作用,所以该基因在不同物种之间表现为很高的同源性,在各品种之间表现为单态。
4.PCR-SSCP与aPCR-SSCP的比较利用三个基因座,比较了PCR-SSCP和aPCR-SSCP两种方法,结果显示:两种方法各有所长,所以在利用这两种方法的时候,应该具有选择性,当某些基因座不同的带型容易分清时,应该采取PCR-SSCP的方法,但是当某些基因座的带型很多或者很复杂,应该采取aPCR-SSCP的方法,可以得到准确的结果。
2.学位论文张亚妮两个绒山羊品种微卫星多态性与产绒性能的分子标记研究2005
本文研究了两个绒山羊品种微卫星多态性与产绒性能的分子标记,以内蒙古白绒山羊和辽宁绒山羊为研究对象,利用10个微卫星位点对其进行遗传多样性研究,同时选取角蛋白辅助蛋白(KAP)基因作为候选基因,研究其作为候选基因来间接选择产绒量、产绒后体重和绒细度的可行性。
筛选了10个微卫星位点,均在2个品种得到了特异性扩增结果,共检测到了76等位基因,平均每个位点达7.6个,2个品种在10个位点的等位基因数在5-11个
;BMS3413位点的有效等位基因数最多(N为6.3411,L为7.7460);在BMS710位点得到的有效等位基因数最小(N为2.7480,L为2.9438);2个品种在10个位点上的有效等位基因数平均为4.4526和5.0619,比实际观察值(7.6个)要小,有效等位基因数小于实际观察等位基因数,这是等位基因分布不均匀性所致。
本试验在BMS3413位点得到的杂合度最大(N为0.8422,L为0.8709),在BMS710位点得到的杂合度最低(N为0.6361,L为0.6603),位点平均杂合度分别为0.7601和0.7872。
10个微卫星位点均为高度多态位点,位点平均多态信息含量分别为0.7251和0.7473,表明这2个品种遗传基础丰富;辽宁绒山羊的位点平均杂合度和位点平均多态信息含量均高于内蒙古白绒山羊,说明辽宁绒山羊在遗传资源方面优于内蒙古白绒山羊。
本文链接:/Thesis_Y1307265.aspx
下载时间:2010年3月21日。