请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件!遗传连锁图谱构建1.打开软件: QTL IciMapping 软件可通过两种方式打开•双击QTL IciMapping 软件在桌面上的快捷图标•从”所有程序”菜单中选择QTLIciMapping 软件2.软件浏览. 单击StartPage中的”左箭头”或”右箭头”, 可以看到:•软件所能处理的遗传群体类型•共显性标记是如何编码的•显性标记是如何编码的•隐性标记是如何编码的3.建立一个”新工程”•单击”File”菜单•选择”New Project”•输入”工程名称”(例如, 图示中的工程名称为Tutorial)和选择路径 (例如, 图示中的路径为D:\)•单击”OK”完成”新工程”创建新建工程显示在”工程窗口”中所有与此工程相关的各种输入/输出, 按特定的组织形式自动保存在路径”D:\Tutorial\...”下的各种文件夹中4.向新建工程中导入遗传群体•单击”File”菜单, 然后选择File -> Open File -> *.map•或者单击”Open”, 然后选择*.map (Linkage mapconstruction) 文件类型•在文件列表中选择要打开的群体 (例如: “C:\CAAS\QTLIciMapping\Examples\MAP\ArabidopsisRIL.map”)•单击”打开(O)”完成由此选择打开EXCEL2003/2007文件5.MAP功能浏览: MAP功能把窗口分为4部分•工程窗口•标记整理信息和结果展示窗口•锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口•参数选择/设置窗口标记整理信息和结果展示窗口锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口参数选择/设置窗口工程窗口6.标记分群•单击Grouping下的箭头, 软件将利用默认/设定参数对标记进行分群, 例如图例中, 按LOD临界值3.00 的标准分群7.标记排序•单击Ordering下的箭头, 软件将利用默认/设定参数对标记进行排序, 例如图例中,利用nnTwoOpt算法排序遗传连锁图谱构建8.标记排序调整(此选项可跳过, 调整的目的是获得更短的图谱)•单击Rippling 下的箭头, 软件将利用默认/设定参数对标记顺序进行调整, 例如图例中, 利用SARF做标准, 窗口大小为59.结果输出•单击Outputting下的箭头, 软件将输出作图结果, 例如图例中, 输出成对标记间的LOD值, 重组率, 图距, 以及QTL分析中用到的输入文件这个图标只有在执行“Outputting”后才可用10.绘制连锁图谱•单击”MAP”图标•或者从”Figures”菜单中选择”Linkage Map”•单击”C<<“或”C>>”切换染色体•单击”C-=“绘制所有染色体的图谱10.绘制连锁图谱 (续)•单击”C-=“右边的下箭头, 选择特定染色体绘制图谱•在作图区域右击鼠标, 以复制/打印/保存连锁图谱•连锁图谱可以保存成多种文件格式遗传连锁图谱构建11.在”结果展示窗口”中浏览结果文件•在”工程窗口”的文件列表中, 双击待浏览的结果文件, 这个结果文件将显示在”结果浏览窗口”, 图例中, 打开/显示的文件是”Aradbidopsis.sum”•所有输出结果文件保存在”D:\Tutorial\MAP\Arabidopsis\Results\...”中•“Tutorial”是工程的名称•“MAP”指示软件的功能. 目前有7大功能•“ArabidopsisRIL”是导入遗传群体文件的前缀•“Results”是保存结果文件夹的名称遗传连锁图谱构建12.高级用户–锚定信息的管理•清空作图结果: 鼠标指向遗传群体文件名称”Arabidopsis.map”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Clear Results”, 然后在弹出的对话框中选择”OK”•建立新的锚定信息群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Anchor”. 锚定信息群“Anchor1[0]”出现在这个窗口内.•向锚定信息群中添加标记 (例如”SNP71”和”SNP251”):鼠标指向待添加标记”SNP71”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Anchor to -> Anchor1”将”SNP71” 添加到Anchor1中; 对”SNP251”重复上述过程.遗传连锁图谱构建13.高级用户–分组标记信息的管理•建立新的标记群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Group”. 一个新群”Group5[0]”出现在这个窗口内.•向新建标记群中添加标记 (例如”Group4”中的”F6L9.78”和”SNP53”):鼠标指向待移动标记”F6L9.78”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Move to ->Group5” 将”F6L9.78” 添加到”Group5[*]”中; 对”SNP53”重复上述过程.•从标记群中删除标记 (例如”Group4”中的”FRI”和”SNP254”):鼠标指向待删除标记” FRI”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Delete” 将”FRI”从”Group4[*]”中删除; 对”SNP254”重复上述过程.遗传连锁图谱构建14.高级用户–排序标记(即连锁群)信息的管理•连锁群间移动标记 (例如, 把“Chromosome5”和”Deleted Markers”中的一些标记移动到”Chromosome4”):鼠标指向所要移动的标记”F6L9.78”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Move to -> Chromosome4”将”F6L9.78”移动到”Chromosome4”; 对”SNP53”, “FRI”和”CNP254”重复上述过程.•对连锁群”Chromsome4”再排序: 鼠标指向连锁群”Chromsome4”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Ordering”实现对”Chromosome4”的重排序•对连锁群重命名: 鼠标指向连锁群”Chromsome4”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Rename”实现对”Chromosome4”的重命名, 或者…•将连锁群上移或下移•删除连锁群内的所有标记•改变连锁群首尾标记的循序遗传连锁图谱构建15.高级用户–在EXCEL中管理遗传群体的信息•工作表”GeneralInfo”定义遗传群体的一些基本信息, 每项信息占1行.•工作表”Genotype”定义遗传群体中每个个体的标记型, 每个标记占1行. 每行第1列为标记名称, 其他列为标记型.•工作表”Anchor”定义标记的锚定信息, 每个标记占1行. 每行第1列为标记名称, 第2列为锚定信息, 用正整数表示, 0表示未知锚定信息.•EXCEL中管理遗传群体的注意事项•从软件附带的EXCEL群体实例开始, 用这些实例做模板•不要改变EXCEL工作表的名称•确认信息的完整性, 不同工作表间无冲突. 例如, 工作表”GeneralInfo”定义群体大小为120, 那么工作表”Genotype”要包含121列. 每行第1列为标记名称, 其他120列为标记型.•文件名称, 标记名称, 性状名称中不包含空格.如何构建整合图谱?•选择软件的IMP功能•向工程中导入待整合的图谱. 例如, 把软件中附带的”Arab_1.imp”打开.•依次执行”Grouping”,“Ordering”, “Rippling (可选项)”, 和”Outputtin g”建立整合图谱.如果想要计算F2群体中, 2个显性标记间的重组率, 怎么办? •选择”Tool ->2pointREC”•选择群体类型•选择标记类型•输入不同标记型下的观测样本量•单击”RUN”•浏览重组率的估计值, 检验遗传连锁的LOD值, 以及位点间的图距等。
