生物信息学
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中文名称
PAM：可接受点突变矩阵;EST：表达序列标签;CDS：编码区序列
EXON：外显子;ORF：开发阅读框
名词解释
Fasta格式：
FASTA格式又称Pearson的格式，该种序列格式要求序列的标题行以大于号">"开头，下一行起为具体的序列。
一般建议每行的字符数不超过80个，以比对程序的处理。
医学主题词（MeSH）
是用规范化的医学术语来描述生物医学概念。
NIH的工作人员按MeSH词表规定，浏览生物医学期刊全文后标引出每篇文献中的MeSH主题词，其中论述文献中心的主题词称主要主题词（major topic headings），论述主题某一方面的内容的词称为副主题词。
直系同源（Orthologs）
是指来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。
序列模体（motif）：
通常指蛋白序列中相邻或相近的一组具有保守性的残基，与蛋白质分子及家族的功能有关。
计分矩阵（scoring matrix）：
记分矩阵是描述残基（氨基酸或碱基）在比对中出现的概率值的表。
在记分矩阵中的值是两种概率比值的对数，一个是在序列比对中氨基酸随机发生的概率。
这个值只是指出每个氨基酸出现的独立几率的概率。
另一个是在序列比对中，一对残基的出现的有意义的概率。
这些概率来源于已知有效的真实的序列的比对的样本。
简答题：
1、什么是生物信息学？其研究内容包括那些方面？
生物信息学从事对基因组研究相关生物信息的获取、加工、储存、分配、分析和解释。
这一定义包括了两层含义，一是对海量数据的收集、整理与服务，也就是管好这些数据；另一个是从中发现新的规律，也就是用好这些数据。
1.基因组相关信息的收集、储存、管理与提供
2.新基因的发现与鉴定
3.非编码区信息结构分析
4.生物进化的研究
5.完整基因组的比较研究
6.基因组信息分析的方法研究
7.大规模基因功能表达谱的分析
8.蛋白质分子空间结构的预测、模拟和分子设计
药物设计
2、什么是人类基因组计划？
人类基因组计划是一项规模宏大的科学计划，其旨在测定组成人类染色体（指单倍体）中所包含的30亿个核苷酸序列的碱基组成，从而绘制下人类基因组图谱，并且辨识并呈现其上的所有基因及其序列，进而破译人类遗传信息。
人类基因组计划是人类为了解自身的奥秘所迈出的重要一步，是继曼哈顿计划和阿波罗登月计划之后，人类科学史上的又一个伟大工程。
截至到2005年，人类基因组计划的测序工作已经基本（92%）完成。
其中，2001年人类基因组工作草图的发表（由公共基金资助的国际人类基因组计划和私人企业塞雷拉基因
组公司各自独立完成，并分别公开发表）被认为是人类基因组计划的里程碑。
引物设计的原则？
1.引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。
2.产物不能形成二级结构。
3.引物长度一般在15~30碱基之间。
4.G+C含量在40%~60%之间。
5.碱基要随机分布。
6.引物自身不能有连续4个碱基的互补。
7.引物之间不能有连续4个碱基的互补。
8.引物5′端可以修饰。
9.引物3′端不可修饰。
10.引物3′端要避开密码子的第3位。
GenBank格式：
GenBank格式的每个条目是一个纯文本文件，每行左端或为空格或为识别字，识别字为完整的英文字，不用缩写。
GenBank序列文件由单个的序列条目组成。
序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该字段的具体说明。
有些字段又分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。
每个序列条目以双斜杠“//”作结束标记。
旁系同源：
旁系同源（Paralogs）是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新的与原来有关的功能。
用来描述在同一物种内由于基因复制而分离的同源基因。
也可译作并系同源、横向同源。
旁系同源体常见于同一物种，但也不是绝对如此。
例如鼠的a球蛋白和b球蛋白基因是paralog；并且，鼠的a球蛋白和鸡的b球蛋白基因的关系也是paralog。
简答题：
一个质粒载体应具备组成要素？
1.复制起始位点Ori 即控制复制起始的位点。
原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。
而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。
2.抗生素抗性基因可以便于加以检测，如Amp r ,Kan r
3.多克隆位点MCS 克隆携带外源基因片段
4.P/E 启动子/增强子
5.Terms 终止信号
6.加poly（A）信号可以起到稳定mRNA作用。
